Help:Extension/ExMolFunctions

Extension Information
Implementation
Description
Author(s)	K, Suwa
Version	0.1
MediaWiki
License
Hooks used
Token type	other

ExMolFunctionsはMol名前空間にMOLデータを保存すると、自動的に組成式、精密質量、平均質量、SMILESデータを計算し、ページに追加書き込みします。Mol名前空間のページにはMOLファイルの中身をそのまま保存します。そのため、wikiソースはそのままMOLファイルと全く同じ中身になります。

また、MOLデータから自動的に画像も生成し、ページ表示時に画像を差し込みます。ページ内には画像情報は書き込まれません。 画像はID(ページ名).pngとID(ページ名)n.pngの二つが作成されますが、この二つの違いはn付き画像は、原子に番号が振ってあることです。

アップロードされたMOLファイルは、$egMolPathで指定されたディレクトリへID（ページ名）の頭4桁のディレクトリ内に保存されます。

この機能はページ更新時に行われるため、importDumpなどの一括登録した場合には機能しません。そのため、一括登録した場合はupdateMol.phpに対象ページ名を列挙したファイルを渡すことで、強制的にページ更新を行うことが出来ます。

Example

自動計算・画像生成

Mol名前空間にMOLファイルのデータをそのまま保存すれば、自動計算・画像生成が行われます。ただし、MOLファイルのフォーマットが正しくない場合は失敗する場合があります。

updateMol.php

updateMol.phpの31行目にWikiRootへのパスを設定します。

$IP = "/var/www/htdocs/mediawiki/";

updateMol.phpに渡すリストは以下のようになっています。これを例えばlist.txtとして保存します。

Mol:Page1
Mol:Page2
Mol:Page3

実行は以下のように行います。

php updateMol.php list.txt

これで、list.txt内に列挙したMol名前空間の全ページが更新され、組成式の計算や画像の生成が行われます。

Requirements

• GUI環境(Linuxにおいて、Xサーバが利用できない場合はXvfbが利用できます)
• Java 1.6
• MolCalculator.jar 質量計算等を行うプログラム
• armDrawMetabolomics.jar 画像生成を行うプログラム

Download

version	source	md5	OperationCheck version
0.1(March 13,2009)	ExMolFunctions.phps	f5469c2ec82eb807747ba3c95e4ef650	1.11.1, 1.16.2

version	source	md5	OperationCheck version
0.1(March 14,2009)	updateMol.phps	107b89db96dabde0fcc79d4862d43c49	1.11.1, 1.16.2

Installtion

1. Download the source code and rename it to ExMolFunctions.php and updateMol.php.
2. Place it in the extensions/ directory. updateMol.phpはwebからアクセスできない場所へ置いて下さい。
3. 上記jarファイル二つをダウンロードし、適当な場所へ置いて下さい。
4. Insert the follow lines to LocalSettings.php

   require_once( "$IP/extensions/ExMolFunctions.php" );
   $egMolCalculatorJar = 'path to MolCalculator.jar from /';
   $egMolImageJar = 'path to armDrawMetabolomics.jar from /';
   $egJavaBin = 'path to java binary from /';
   $egTmpPath = 'path to tmp directory from /';
   $egMolPath = 'MOLファイルを保存するDocumentRootからのディレクトリパス';
   $wgExtraNamespaces = array( ...
      xxx => "Mol", xxx+1 => "Mol_Talk",
      ...
   );
   

   All is required.
   

   Use 100 or larger numbers for xxx.