Aritalab:Lecture/NetworkBiology

Revision as of 09:24, 30 June 2011

代謝やシグナル伝達経路から社会、ウェブネットワークに至るまで、様々な実体のネットワークモデルおよびその解析法を概観することを目標とする。具体的には、最新の研究トピックを適時交えながら、ネットワーク解析の基礎について解説する。以下の数理モデルについて、それぞれ生物学的な例や知見を紹介する。

4/14 スケールフリー性とバラバシ・アルバートモデル
4/21 休講
4/28 クラスター係数、平均頂点間距離と、エルデシュ・レニイモデル
- Javaプログラミングの準備
- プログラミングの作法
5/12 リンク解析
- Javaの書き方
- ２重リンクリスト
5/19 マルコフ連鎖
- 前回と同じ
5/26 ランダムウォーク　(拡散係数の部分を修正しました 5/26)
- 乱数の作り方
6/2 出生死亡過程
- 課題: １，２次元格子のランダムウォークが再帰的であり、３次元格子の場合はそうでないことをシミュレーションで確認してください　（どれくらいの時間が必要でしょう）　〆切 6/20 （提出方法）
6/9 パーコレーション
6/16 グラフ上のパーコレーション
6/24 コンタクトプロセス
6/30 スモールワールド
- 課題: 二次元正方格子におけるパーコレーション確率を、シミュレーションで確認してください　〆切 7/15
7/7 ネットワークモチーフ
7/14
7/21

@@ Line 26: / Line 26: @@
 * 6/30 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Watts-Strogatz_Model|スモールワールド]]
 ** 課題: 二次元正方格子におけるパーコレーション確率を、シミュレーションで確認してください　〆切 7/15
+* 7/7 ネットワークモチーフ
+* 7/14
+* 7/21
 <!---
 ;全体