Help:Extension/ExMolFunctions

Latest revision as of 14:26, 1 March 2011

ExMolFunctionsはMol名前空間にMOLデータを保存すると、自動的に組成式、精密質量、平均質量、SMILESデータを計算し、ページに追加書き込みします。Mol名前空間のページにはMOLファイルの中身をそのまま保存します。そのため、wikiソースはそのままMOLファイルと全く同じ中身になります。

また、MOLデータから自動的に画像も生成し、ページ表示時に画像を差し込みます。ページ内には画像情報は書き込まれません。 画像はID(ページ名).pngとID(ページ名)n.pngの二つが作成されますが、この二つの違いはn付き画像は、原子に番号が振ってあることです。

アップロードされたMOLファイルは、$egMolPathで指定されたディレクトリへID（ページ名）の頭4桁のディレクトリ内に保存されます。

この機能はページ更新時に行われるため、importDumpなどの一括登録した場合には機能しません。そのため、一括登録した場合はupdateMol.phpに対象ページ名を列挙したファイルを渡すことで、強制的にページ更新を行うことが出来ます。

[edit] Example

[edit] 自動計算・画像生成

Mol名前空間にMOLファイルのデータをそのまま保存すれば、自動計算・画像生成が行われます。ただし、MOLファイルのフォーマットが正しくない場合は失敗する場合があります。

[edit] updateMol.php

updateMol.phpの31行目にWikiRootへのパスを設定します。

$IP = "/var/www/htdocs/mediawiki/";

updateMol.phpに渡すリストは以下のようになっています。これを例えばlist.txtとして保存します。

Mol:Page1
Mol:Page2
Mol:Page3

実行は以下のように行います。

php updateMol.php list.txt

これで、list.txt内に列挙したMol名前空間の全ページが更新され、組成式の計算や画像の生成が行われます。

[edit] Requirements

• GUI環境(Linuxにおいて、Xサーバが利用できない場合はXvfbが利用できます)
• Java 1.6
• MolCalculator.jar 質量計算等を行うプログラム
• armDrawMetabolomics.jar 画像生成を行うプログラム

[edit] Download

f5469c2ec82eb807747ba3c95e4ef650

107b89db96dabde0fcc79d4862d43c49

[edit] Installtion

1. Download the source code and rename it to ExMolFunctions.php and updateMol.php.
2. Place it in the extensions/ directory. updateMol.phpはwebからアクセスできない場所へ置いて下さい。
3. 上記jarファイル二つをダウンロードし、適当な場所へ置いて下さい。
4. Insert the follow lines to LocalSettings.php

   require_once( "$IP/extensions/ExMolFunctions.php" );
   $egMolCalculatorJar = 'path to MolCalculator.jar from /';
   $egMolImageJar = 'path to armDrawMetabolomics.jar from /';
   $egJavaBin = 'path to java binary from /';
   $egTmpPath = 'path to tmp directory from /';
   $egMolPath = 'MOLファイルを保存するDocumentRootからのディレクトリパス';
   $wgExtraNamespaces = array( ...
      xxx => "Mol", xxx+1 => "Mol_Talk",
      ...
   );
   

   All is required.
   

   Use 100 or larger numbers for xxx.