基本セッティング

以下のガイドを参考にmediawikiのインストールを行って下さい。

http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Installation_guide/ja (本家/日本語)
http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Installation_guide (本家/English)

注意点

phpのコンパイルには以下のconfigureオプションを追加して下さい。

--with-mysql[=DIR]
--with-gd[=DIR]
--enable-mbstring
--enable-mbregex
--enable-zend-multibyte
--enable-soap

extensionのインストール

既存extension

metabolomics.jpでは以下の5つの既存extensionを利用しています。各extensionのインストールについては、リンク先ページをご参照下さい。

Variablesについて

Variables extensionは必ずしも必要ではありません。
metabolomics.jpでは、以下のように「APPLETROOT」というDocumentRootからアプレットを置いたディレクトリへのパスを定義していますが、アプレットを一つのディレクトリにまとめておき、ディレクトリを移動する可能性がある場合に有効です。

なお、イタリック体の部分は、環境に合わせて変更して下さい。

<?php

$wgCustomVariables = array(
         'APPLETROOT',
);

$wgHooks['MagicWordMagicWords'][]          = 'wfAddCustomVariable';
$wgHooks['MagicWordwgVariableIDs'][]       = 'wfAddCustomVariableID';
$wgHooks['LanguageGetMagic'][]             = 'wfAddCustomVariableLang';
$wgHooks['ParserGetVariableValueSwitch'][] = 'wfGetCustomVariable';

function wfAddCustomVariable(&$magicWords)
{
        foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) $magicWords[] = "MAG_$var";
        return true;
}

function wfAddCustomVariableID(&$variables)
{
        foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) $variables[] = constant("MAG_$var");
        return true;
}

function wfAddCustomVariableLang(&$langMagic, $langCode = 0)
{
        foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) {
                $magic = "MAG_$var";
                $langMagic[defined($magic) ? constant($magic) : $magic] = array(0,$var);
        }
        return true;
}

function wfGetCustomVariable( &$parser, &$cache, &$index, &$ret )
{
        global $egAppletRoot;

        switch ( $index ) {
        case MAG_APPLETROOT:
                $ret = PATH_TO_APPLETROOT;
                break;
        }

        return true;
}

チェック

以下のページをコピーして、同じ表示になれば上記extensionのインストールは完了です。

Help:CheckExistingExtension

独自extension

以下のtgzファイルは、metabolomics.jpで開発し、現在利用しているextensionの全ソースです。 2011/02/22現在での最新版をまとめてあります。

metabolomics.jp_extensions.tgz (2011/02/22) md5:dad2c02dcc839addffcaa578474d68dc

※2011/3/1 graph.phpをバージョンアップしました。
※2011/3/24 HookInsert.phpをバージョンアップしました。

解凍すると、extensions、scripts、cronという3つのディレクトリが作られます。
extensionsはそのままextensions以下へ。
scriptsはCreateGraphのスクリプトファイルです。
cronはluaのscript_monitoring.shが入っています。

なお、このtgzに含まれているextensionは以下の通りです。インストールや設定に関しては、下記リンクを参照して下さい。

以下のページをコピーして、同じ表示になれば上記extensionのインストールは完了です。

Help:CheckOriginalExtension

Css, Jsファイルのコピー

以下のMediawiki名前空間に存在するページをコピーして下さい。

Jarファイルのコピー

以下のjarファイルをダウンロードし、

MolCalculator.jar MOLから質量計算等を行うプログラム
armDrawMetabolomics.jar MOLから画像生成を行うプログラム
DisplayAll3.jar mass表示を行うプログラム
TreeViewer.jar Speciesとフラボノイド分類を表示するプログラム
JCVinpage.jar chromatogramとmass表示を行うプログラム

追加した名前空間一覧

その他

metabolomics.jpではTeXを利用しています。mediawikiでTeXを使うための設定(本家)をご参照下さい。

Help:HowToMake Metabolomics.jp Clone

Contents

基本セッティング

注意点

extensionのインストール

既存extension

Variablesについて

チェック

独自extension

Css, Jsファイルのコピー

Jarファイルのコピー

追加した名前空間一覧

その他

Personal tools

Namespaces

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