Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Cytoscape

Revision as of 10:55, 14 June 2019

Cytoscapeによるネットワーク可視化

Cytoscapeは1990年代から継続して開発されるネットワーク可視化ツールです。もともとタンパク質相互作用ネットワークを表示するために作られたのでCytoscape（当時はNetscapeブラウザが隆盛だった）と名付けられました。画像が美しいので次第に多くのユーザに使われ、JavaScriptによるウェブ版もできました。

インストール

Cytoscape v.3 は Java8 でしか動きません。起動しても"The maximum heap size (-Xmx) might be too large or an antivirus or firewall tool could block the execution..." というメッセージが出るだけの場合、Java8 が使われているか確認してください。Windows の場合は https://cytoscape.org/troubleshooting.html に環境確認バッチファイルが用意されています。

Java8はAdoptOpenJDK (https://adoptopenjdk.net/) からインストールしましょう。Oracleは無償サポートを廃止するため、あまりお薦めしません。AdoptOpenJDKをインストールする際に、JAVA_HOME等を自動設定するスクリプトをONにすると楽です。

ネットワークの読み込み

初期画面でサンプル例を選ぶとすぐにネットワークを見られます。自前のデータはタブ区切りテキストやExcelファイルからでも読み込め、Excelの場合は頂点とするカラムを指定できます。 File -> Import -> Table from File

ネットワークのレイアウト

Layout メニューから選択

• グリッド ... 碁盤の目に置く形でほとんど使えない
• 階層型 ... 樹状のフローチャート以外には使えない
• 円環状 ... アトリビュートと呼ばれる特徴（次数などの中心度）に基づいてソートすると便利。次数の大きな頂点や次数相関をみられる。
• 直線状 ... これもほとんど使えない
• Prefuse Force ... 力学モデルに基づくレイアウト。Prefuseとは同名の描画Javaパッケージのこと。