Aritalab:Lecture/Bioinformatics

Revision as of 15:42, 4 January 2012

生物情報科学

• 計算と計算量

1. ハノイの塔
2. フィボナッチ数列、O記法
3. プログラミングの基礎
4. 判定問題、計算可能性
5. 停止問題

• 配列解析、動的計画法

1. 相同性
2. アライメント (プログラム例)
3. モチーフ探索
   1. （参考）制限酵素による切断

• 進化系統樹、多重アライメント

1. 多重アライメント
2. 進化系統樹

• タンパク質の構造、特徴

1. タンパク質の構造
2. タンパク質の構造予測

• ネットワーク解析

1. ランダムグラフ
2. スケールフリー性

関連サイト

統合TV 

統合データベースセンターが作成する、バイオインフォマティクスのビデオ講義です。ツールの使い方などが丁寧に解説されています。

Rでマイクロアレイデータ解析 

東大アグリバイオインフォマティクスの門田先生による解説です。

基礎論I　（東京大学）

授業資料　（上を参照）

教科書

“An Introduction to Bioinformatics Algorithms” Jones and Pevzner (MIT Press) 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」 Jones and Pevzner（著）、渋谷・坂内（訳）共立出版

評価方法

出席及び筆記試験。試験問題は授業を担当する各先生が作成します。

• 有田部分は、テキストに載っている簡単な事項に加え、授業内で解説した本ウェブサイト上の内容から出題します。

生命情報科学　（琉球大学）

評価方法

出席及び講義最後の簡単な筆記試験で評価します。