Aritalab:Lecture/Basic/Archaea
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Revision as of 16:52, 7 January 2012
Contents |
古細菌の情報をまとめるページ
Archaeaの起源
従来、Eocyte, Neomuran説のように真核生物がミトコンドリアを取り込んだという説と、古細菌がミトコンドリアを獲得したという説があった。真核生物はメタン生成菌とαプロテオバクテリアが融合して生まれてきたと考えられ[1]、メタン菌のヒストンと真核生物のヒストンの類似が根拠とされる[2]。
古細菌は核もミトコンドリアも持たないが、真核生物なのにミトコンドリアも持たない変わり者たちをアーケゾア(Archaezoa)と呼ぶ。アーケゾアでも核内にミトコンドリア由来の遺伝子を持ち、ミトコンドリア共生後に失ったと考えられている[3]。
最近 Archaezoa が細胞小器官 (hydrogenosome, mitosome) をもつことが判明。
- Pyruvate より ATP を生産する hydrogenosome → trichomonads, chytridiomycetes, ciliates に見られ収斂進化？
- mitosome → entamoeba, giardia, microsporidia
- References
- ↑ Rivera MC, Lake JA (2004) The ring of life provides evidence for a genome fusion origin of eukaryotes. Nature 431(2005):152-5 PMID 15356622
- ↑ Reeve J (2003) Archaeal chromatin and transcription. Mol Microbiol 48(3):587-98 PMID 12694606
- ↑ Keeling PJ (1998) A kingdom’s progress: Archezoa and the origin of eukaryotes. Bioessays 20:87-95
ビデオレクチャー
コドン
AUAのよみかた 真核 AAU というtRNAのアンチコドンがIAUになる。
バクテリア MetのtRNAがIleも担当する。CAUというtRNAのアンチコドンがAUA, AUGとも対合する。TilSというリシジン合成酵素がCをL（リシジン）に変えてIleをコードする。 TilS はATP依存型でP-loopを持つ。
アーキア アンチコドン１文字目がAのtRNAがない。tRNA 修飾ヌクレオチドを含まない。 MAt4728というメチオニンtRNAと言われていたものは、IleのtRNAとわかった。(XAU) アンチコドン１文字目は分子量355の修飾塩基、agmatinylcytidine になっている。 構造はリシジンに似る。アグマチンを取り込む酵素は AF2259 (agmatine + ATP -> agmatidyl cytidine) TiaS（ATP依存型）ただしTilSと反応機構は異なる。 このため、アーキアはアグマチンの生合成を遮断すると致死になる。
参考文献
- 古細菌研究の歴史(レビュー) Cavicchioli, R. (2010) Archaea - timeline of the third domain. Nature reviews, Microbiology 9, 51-61
- Embley TM, Martin W "Eukaryotic evolution, changes and challenges" (review) Nature 440, 623-630
- 生物全体での系統樹
- SSU rRNA (Pace, N.R. (2009) Mapping the tree of life: progress and prospects. Microbiology and molecular biology reviews : MMBR 73, 565-76)
- Conserved Proteins (Ciccarelli, F.D. et al. (2006) Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science, 311, 1283-7)
- 配列比較以外の系統樹構築方法についての概説 (Delsuc, F., Brinkmann, H. & Philippe, H. (2005) Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life. Nature reviews. Genetics 6, 361-375)
- 16S rRNAをつかったアーキア系統樹で参考にした論文 (Yarza, P. et al. (2008) The All-Species Living Tree project: a 16S rRNA-based phylogenetic tree of all sequenced type strains. Systematic and applied microbiology 31, 241-50)
