Aritalab:Lecture/Bioinformatics

From Metabolomics.JP
< Aritalab:Lecture(Difference between revisions)
Jump to: navigation, search
m (基礎論I (東京大学))
(=生物機能科学特別講義8 (山口大学)
Line 29: Line 29:
 
; 授業資料 (上を参照)
 
; 授業資料 (上を参照)
  
===生物機能科学特別講義8 (山口大学==
+
===生物機能科学特別講義8 (山口大学)==
 
; 授業資料 (上を参照)
 
; 授業資料 (上を参照)
  
Line 42: Line 42:
 
#隠れマルコフモデル (HMM,HMMアライメント)[木立]
 
#隠れマルコフモデル (HMM,HMMアライメント)[木立]
 
#乱択アルゴリズム (ギブスサンプラー)[木立]
 
#乱択アルゴリズム (ギブスサンプラー)[木立]
--->
 
;教科書
 
[http://www.amazon.com/Introduction-Bioinformatics-Algorithms-Computational-Molecular/dp/0262101068 “An Introduction to Bioinformatics Algorithms”] Jones and Pevzner (MIT Press)
 
[http://www.amazon.co.jp/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E3%81%AE%E3%81%9F%E3%82%81%E3%81%AE%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%B4%E3%83%AA%E3%82%BA%E3%83%A0%E5%85%A5%E9%96%80-Pavel-Pevzner/dp/4320056507 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」] Jones and Pevzner(著)、渋谷・坂内(訳)共立出版
 
;評価方法
 
出席及び筆記試験。試験問題は授業を担当する各先生が作成します。
 
<br/>
 
* 有田部分は、テキストに載っている簡単な事項に加え、授業内で解説した本ウェブサイト上の内容から出題します。
 
<!---
 
;早めに成績評価が必要な上級生へ
 
4年生の人で卒業単位の判定が2月上旬になる場合、以下の問題を解いたレポートを有田まで送ってください。単位の判定に間に合うように成績を評価します。
 
:Problem 5.17
 
:Problem 6.28
 
:Problem 8.13
 
:Problem 9.9
 
:Problem 10.14
 
 
--->
 
--->
  

Revision as of 23:27, 14 January 2012

Contents

生物情報科学

  • 計算と計算量
  1. ハノイの塔
  2. フィボナッチ数列O記法
  3. プログラミングの基礎
  4. 判定問題、計算可能性
  5. 停止問題
  • 配列解析、動的計画法
  1. 相同性
  2. アライメント (プログラム例)
  3. モチーフ探索
    1. (参考)制限酵素による切断
  • 進化系統樹、多重アライメント
  1. 多重アライメント
  2. 進化系統樹
  • タンパク質の構造、特徴
  1. タンパク質の構造
  2. タンパク質の構造予測
  • ネットワーク解析
  1. ランダムグラフ
  2. スケールフリー性

関連サイト

統合TV 
統合データベースセンターが作成する、バイオインフォマティクスのビデオ講義です。ツールの使い方などが丁寧に解説されています。
Rでマイクロアレイデータ解析 
東大アグリバイオインフォマティクスの門田先生による解説です。

基礎論I (東京大学)

授業資料 (上を参照)

=生物機能科学特別講義8 (山口大学)

授業資料 (上を参照)


生命情報科学 (琉球大学)

評価方法

出席及び講義最後の簡単な筆記試験で評価します。

Personal tools
Namespaces

Variants
Actions
Navigation
metabolites
Toolbox