Aritalab:Lecture/Bioinformatics

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* 計算と計算量
 
* 計算と計算量
 
# [[Aritalab:Lecture/Algorithm/Towers of Hanoi|ハノイの塔]]
 
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# [[Aritalab:Lecture/Algorithm/Fibonacci|フィボナッチ数列]] ([[Aritalab:Lecture/Algorithm/BigO|O記法]])
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# [[Aritalab:Lecture/Algorithm/Fibonacci|フィボナッチ数列]]、[[Aritalab:Lecture/Algorithm/BigO|O記法]]
 
# [[Aritalab:Lecture/Programming|プログラミングの基礎]]
 
# [[Aritalab:Lecture/Programming|プログラミングの基礎]]
 
# [[Aritalab:Lecture/Algorithm/NP|判定問題、計算可能性]]
 
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# [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/MultipleAlignment|多重アライメント]]
 
# [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/MultipleAlignment|多重アライメント]]
 
# [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/Phylogeny|進化系統樹]]
 
# [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/Phylogeny|進化系統樹]]
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* タンパク質の構造、特徴
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# [[Aritalab:Lecture/Biochem/Protein|タンパク質の構造]]
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# [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/Protein|タンパク質の構造予測]]
 
* ネットワーク解析
 
* ネットワーク解析
 
# [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Erdos-Renyi_Model|ランダムグラフ]]
 
# [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Erdos-Renyi_Model|ランダムグラフ]]
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; [http://togotv-curated.dbcls.jp/ 統合TV] : 統合データベースセンターが作成する、バイオインフォマティクスのビデオ講義です。ツールの使い方などが丁寧に解説されています。
 
; [http://togotv-curated.dbcls.jp/ 統合TV] : 統合データベースセンターが作成する、バイオインフォマティクスのビデオ講義です。ツールの使い方などが丁寧に解説されています。
 
; [http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r.html Rでマイクロアレイデータ解析] : 東大アグリバイオインフォマティクスの門田先生による解説です。
 
; [http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r.html Rでマイクロアレイデータ解析] : 東大アグリバイオインフォマティクスの門田先生による解説です。
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==基礎論I　（東京大学）==
 
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; 授業資料　（上を参照）
 
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<!----
 
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#貪欲アルゴリズム　（ゲノムリアレンジメント、リバーサル）[笠原]
 
−
#動的計画法　（編集距離とアライメント、スコア行列）[笠原]
 
−
#動的計画法その２　（各種アライメント、最適化への応用）[笠原]
 
−
#分割統治法　（ブロックアライメント）[木立]
 
−
#グラフアルゴリズム　（ハミルトン経路、タンパク質アラインメント）[笠原]
 
−
#組み合わせパターンマッチング　（ハッシュ、接尾辞木、接尾辞行列）[笠原]
 
−
#クラスタリングと系統樹　（系統樹の構築と最適化の基準）[木立]
 
−
#隠れマルコフモデル　（ＨＭＭ，ＨＭＭアライメント）[木立]
 
−
#乱択アルゴリズム　（ギブスサンプラー）[木立]
 
−
--->
 
−
;教科書
 
−
[http://www.amazon.com/Introduction-Bioinformatics-Algorithms-Computational-Molecular/dp/0262101068 “An Introduction to Bioinformatics Algorithms”] Jones and Pevzner (MIT Press)
 
−
[http://www.amazon.co.jp/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E3%81%AE%E3%81%9F%E3%82%81%E3%81%AE%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%B4%E3%83%AA%E3%82%BA%E3%83%A0%E5%85%A5%E9%96%80-Pavel-Pevzner/dp/4320056507 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」] Jones and Pevzner（著）、渋谷・坂内（訳）共立出版
 
−
;評価方法
 
−
出席及び筆記試験。試験問題は授業を担当する各先生が作成します。
 
−
<br/>
 
−
* 有田部分は、テキストに載っている簡単な事項に加え、授業内で解説した本ウェブサイト上の内容から出題します。
 
−
<!---
 
−
;早めに成績評価が必要な上級生へ
 
−
４年生の人で卒業単位の判定が２月上旬になる場合、以下の問題を解いたレポートを有田まで送ってください。単位の判定に間に合うように成績を評価します。
 
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:Problem 5.17
 
−
:Problem 6.28
 
−
:Problem 8.13
 
−
:Problem 9.9
 
−
:Problem 10.14
 
−
--->
 
−
 
−
==生命情報科学　（琉球大学）==
 
−
 
−
;評価方法
 
−
出席及び講義最後の簡単な筆記試験で評価します。勉強するにあたって以下のサイトも参考にしてください。
 

Latest revision as of 10:14, 16 November 2012

[edit] 生物情報科学

  • 計算と計算量
  1. ハノイの塔
  2. フィボナッチ数列、O記法
  3. プログラミングの基礎
  4. 判定問題、計算可能性
  5. 停止問題
  • 配列解析、動的計画法
  1. 相同性
  2. アライメント (プログラム例)
  3. モチーフ探索
    1. （参考）制限酵素による切断
  • 進化系統樹、多重アライメント
  1. 多重アライメント
  2. 進化系統樹
  • タンパク質の構造、特徴
  1. タンパク質の構造
  2. タンパク質の構造予測
  • ネットワーク解析
  1. ランダムグラフ
  2. スケールフリー性

[edit] 関連サイト

統合TV 
統合データベースセンターが作成する、バイオインフォマティクスのビデオ講義です。ツールの使い方などが丁寧に解説されています。
Rでマイクロアレイデータ解析 
東大アグリバイオインフォマティクスの門田先生による解説です。
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