Aritalab:Lecture/Bioinformatics
From Metabolomics.JP
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| − | + | # [[Aritalab:Lecture/Algorithm/Fibonacci|フィボナッチ数列]] ([[Aritalab:Lecture/Algorithm/BigO|O記法]]) | |
| − | + | # [[Aritalab:Lecture/Programming|プログラミングの基礎]] | |
| − | + | # [[Aritalab:Lecture/Algorithm/NP|判定問題、計算可能性]] | |
| − | + | # [[Aritalab:Lecture/Algorithm/Halting_Problem|停止問題]] | |
| − | + | * 配列解析、動的計画法 | |
| − | + | # [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/Homology|相同性]] | |
| − | + | # [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/Alignment|アライメント]] ([[Aritalab:Lecture/Programming/Java/Alignment|プログラム例]]) | |
| − | + | # [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/MotifFinding|モチーフ探索]] | |
| − | ## [[Aritalab:Lecture/Algorithm/NP| | + | ## （参考）[[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/PartialDigestion|制限酵素による切断]] |
| − | + | * 進化系統樹、多重アライメント | |
| − | ## [[Aritalab:Lecture/ | + | # [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/MultipleAlignment|多重アライメント]] |
| − | # | + | # [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/Phylogeny|進化系統樹]] |
| − | ## [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/PartialDigestion|制限酵素による切断]] | + | * ネットワーク解析 |
| − | ## [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/ | + | # [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Erdos-Renyi_Model|ランダムグラフ]] |
| + | # [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Barabasi-Albert_Model|スケールフリー性]] | ||
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| + | ==関連サイト== | ||
| + | ; [http://togotv-curated.dbcls.jp/ 統合TV] : 統合データベースセンターが作成する、バイオインフォマティクスのビデオ講義です。ツールの使い方などが丁寧に解説されています。 | ||
| + | ; [http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r.html Rでマイクロアレイデータ解析] : 東大アグリバイオインフォマティクスの門田先生による解説です。 | ||
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| + | ==基礎論I （東京大学）== | ||
| + | ; 授業資料 （上を参照） | ||
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[http://www.amazon.com/Introduction-Bioinformatics-Algorithms-Computational-Molecular/dp/0262101068 “An Introduction to Bioinformatics Algorithms”] Jones and Pevzner (MIT Press) | [http://www.amazon.com/Introduction-Bioinformatics-Algorithms-Computational-Molecular/dp/0262101068 “An Introduction to Bioinformatics Algorithms”] Jones and Pevzner (MIT Press) | ||
[http://www.amazon.co.jp/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E3%81%AE%E3%81%9F%E3%82%81%E3%81%AE%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%B4%E3%83%AA%E3%82%BA%E3%83%A0%E5%85%A5%E9%96%80-Pavel-Pevzner/dp/4320056507 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」] Jones and Pevzner（著）、渋谷・坂内（訳）共立出版 | [http://www.amazon.co.jp/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E3%81%AE%E3%81%9F%E3%82%81%E3%81%AE%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%B4%E3%83%AA%E3%82%BA%E3%83%A0%E5%85%A5%E9%96%80-Pavel-Pevzner/dp/4320056507 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」] Jones and Pevzner（著）、渋谷・坂内（訳）共立出版 | ||
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出席及び筆記試験。試験問題は授業を担当する各先生が作成します。 | 出席及び筆記試験。試験問題は授業を担当する各先生が作成します。 | ||
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;早めに成績評価が必要な上級生へ | ;早めに成績評価が必要な上級生へ | ||
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| + | ==生命情報科学 （琉球大学）== | ||
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| + | ;評価方法 | ||
| + | 出席及び講義最後の簡単な筆記試験で評価します。勉強するにあたって以下のサイトも参考にしてください。 | ||
Revision as of 13:18, 20 December 2011
Contents |
生物情報学
- 計算と計算量
- 配列解析、動的計画法
- 進化系統樹、多重アライメント
- ネットワーク解析
関連サイト
- 統合TV
- 統合データベースセンターが作成する、バイオインフォマティクスのビデオ講義です。ツールの使い方などが丁寧に解説されています。
- Rでマイクロアレイデータ解析
- 東大アグリバイオインフォマティクスの門田先生による解説です。
基礎論I （東京大学）
- 授業資料 （上を参照）
- 教科書
“An Introduction to Bioinformatics Algorithms” Jones and Pevzner (MIT Press) 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」 Jones and Pevzner（著）、渋谷・坂内（訳）共立出版
- 評価方法
出席及び筆記試験。試験問題は授業を担当する各先生が作成します。
- 有田部分は、テキストに載っている簡単な事項に加え、授業内で解説した本ウェブサイト上の内容から出題します。
生命情報科学 （琉球大学）
- 評価方法
出席及び講義最後の簡単な筆記試験で評価します。勉強するにあたって以下のサイトも参考にしてください。
