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このページでは、metabolomics.jpのクローンを作成するための手順を説明します。

[edit] 基本セッティング

以下のガイドを参考にmediawikiのインストールを行って下さい。

http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Installation_guide/ja (本家/日本語)
http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Installation_guide (本家/English)

[edit] 注意点

• phpのコンパイルには以下のconfigureオプションを追加して下さい。

--with-mysql[=DIR]
--with-gd[=DIR]
--enable-mbstring
--enable-mbregex
--enable-zend-multibyte
--enable-soap

[edit] extensionのインストール

[edit] 既存extension

metabolomics.jpでは以下の5つの既存extensionを利用しています。 各extensionのインストールについては、リンク先ページをご参照下さい。

1. ParserFunctions
2. Cite/Cite.php
3. CategoryTree
4. Variables
5. ImageMap

[edit] Variablesについて

Variables extensionは必ずしも必要ではありません。
metabolomics.jpでは、以下のように「APPLETROOT」というDocumentRootからアプレットを置いたディレクトリへのパスを定義していますが、 アプレットを一つのディレクトリにまとめておき、ディレクトリを移動する可能性がある場合に有効です。

なお、イタリック体の部分は、環境に合わせて変更して下さい。

<?php

$wgCustomVariables = array(
         'APPLETROOT',
);

$wgHooks['MagicWordMagicWords'][]          = 'wfAddCustomVariable';
$wgHooks['MagicWordwgVariableIDs'][]       = 'wfAddCustomVariableID';
$wgHooks['LanguageGetMagic'][]             = 'wfAddCustomVariableLang';
$wgHooks['ParserGetVariableValueSwitch'][] = 'wfGetCustomVariable';

function wfAddCustomVariable(&$magicWords)
{
        foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) $magicWords[] = "MAG_$var";
        return true;
}

function wfAddCustomVariableID(&$variables)
{
        foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) $variables[] = constant("MAG_$var");
        return true;
}

function wfAddCustomVariableLang(&$langMagic, $langCode = 0)
{
        foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) {
                $magic = "MAG_$var";
                $langMagic[defined($magic) ? constant($magic) : $magic] = array(0,$var);
        }
        return true;
}

function wfGetCustomVariable( &$parser, &$cache, &$index, &$ret )
{
        global $egAppletRoot;

        switch ( $index ) {
        case MAG_APPLETROOT:
                $ret = PATH_TO_APPLETROOT;
                break;
        }

        return true;
}

[edit] チェック

以下のページをコピーして、同じ表示になれば上記extensionのインストールは完了です。

Help:CheckExistingExtension

[edit] 独自extension

以下のtgzファイルは、metabolomics.jpで開発し、現在利用しているextensionの全ソースです。 2011/02/22現在での最新版をまとめてあります。

• metabolomics.jp_extensions.tgz (2011/02/22) md5:dad2c02dcc839addffcaa578474d68dc

※2011/3/1 graph.phpをバージョンアップしました。
※2011/3/24 HookInsert.phpをバージョンアップしました。

解凍すると、extensions、scripts、cronという3つのディレクトリが作られます。
extensionsはそのままextensions以下へ。
scriptsはCreateGraphのスクリプトファイルです。
cronはluaのscript_monitoring.shが入っています。

なお、このtgzに含まれているextensionは以下の通りです。 インストールや設定に関しては、下記リンクを参照して下さい。

1. Wbr
2. HTMLForm
3. MySQLLikeSearch
4. ExtendedFunctions
5. ScriptFunctions
6. CreateGraph
7. Volatile
8. Persistency
9. ExMolFunctions
10. HookInsert
11. RemoteSearch
12. YankRemoteImage
13. JDXFunctions
14. MassFunctions
15. GetEnvironment
16. MassBankAPI
17. RowJSPage
18. JavaApplet
19. Secret 必須ではないextensionです。
20. BathcDelete 必須ではないextensionです。

以下のページをコピーして、同じ表示になれば上記extensionのインストールは完了です。

Help:CheckOriginalExtension

[edit] Css, Jsファイルのコピー

以下のMediawiki名前空間に存在するページをコピーして下さい。

1. Mediawiki:Common.css
2. Mediawiki:Common.js
3. Mediawiki:GoogleAPI.js

[edit] Jarファイルのコピー

以下のjarファイルをダウンロードし、

1. MolCalculator.jar MOLから質量計算等を行うプログラム
2. armDrawMetabolomics.jar MOLから画像生成を行うプログラム
3. DisplayAll3.jar mass表示を行うプログラム
4. TreeViewer.jar Speciesとフラボノイド分類を表示するプログラム
5. JCVinpage.jar chromatogramとmass表示を行うプログラム

[edit] 追加した名前空間一覧

1. Tool
2. Reference
3. Species
4. CrudeDrug
5. Kampo
6. Doc
7. Element
8. Index
9. Volatile
10. Persist
11. Mol
12. Enzyme
13. AtomMap
14. Pathway
15. Prime
16. PSC
17. PSCReference
18. Okamoto
19. Steinmetz
20. Edibility
21. MassBank(現在は未使用です)
22. P450
23. Arabidopsis
24. Ojima
25. Bangladesh
26. Aritalab(有田研究室についての名前空間です)
27. KampoReference
28. Tochimoto
29. Pharm
30. PharmReference
31. PKS
32. LCMS
33. Draft(内部用です)

[edit] その他

metabolomics.jpではTeXを利用しています。mediawikiでTeXを使うための設定(本家)をご参照下さい。