Help:HowToMake Metabolomics.jp Clone

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=Css, Jsファイルのコピー=
 
=Css, Jsファイルのコピー=

Revision as of 10:26, 23 February 2011

※制作中のページです※

このページでは、metabolomics.jpのクローンを作成するための手順を説明します。

Contents

基本セッティング

以下のガイドを参考にmediawikiのインストールを行って下さい。

http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Installation_guide/ja (本家/日本語)
http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Installation_guide (本家/English)

注意点

  • phpのコンパイルには以下のconfigureオプションを追加して下さい。
--with-mysql[=DIR]
--with-gd[=DIR]
--enable-mbstring
--enable-mbregex
--enable-zend-multibyte
--enable-soap

extensionのインストール

既存extension

metabolomics.jpでは以下の5つの既存extensionを利用しています。 各extensionのインストールについては、リンク先ページをご参照下さい。

  1. ParserFunctions
  2. Cite/Cite.php
  3. CategoryTree
  4. Variables
  5. ImageMap

Variablesについて

Variables extensionは必ずしも必要ではありません。
metabolomics.jpでは、以下のように「APPLETROOT」というDocumentRootからアプレットを置いたディレクトリへのパスを定義していますが、 アプレットを一つのディレクトリにまとめておき、ディレクトリを移動する可能性がある場合に有効です。

なお、イタリック体の部分は、環境に合わせて変更して下さい。

<?php

$wgCustomVariables = array(
         'APPLETROOT',
);

$wgHooks['MagicWordMagicWords'][]          = 'wfAddCustomVariable';
$wgHooks['MagicWordwgVariableIDs'][]       = 'wfAddCustomVariableID';
$wgHooks['LanguageGetMagic'][]             = 'wfAddCustomVariableLang';
$wgHooks['ParserGetVariableValueSwitch'][] = 'wfGetCustomVariable';

function wfAddCustomVariable(&$magicWords)
{
        foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) $magicWords[] = "MAG_$var";
        return true;
}

function wfAddCustomVariableID(&$variables)
{
        foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) $variables[] = constant("MAG_$var");
        return true;
}

function wfAddCustomVariableLang(&$langMagic, $langCode = 0)
{
        foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) {
                $magic = "MAG_$var";
                $langMagic[defined($magic) ? constant($magic) : $magic] = array(0,$var);
        }
        return true;
}

function wfGetCustomVariable( &$parser, &$cache, &$index, &$ret )
{
        global $egAppletRoot;

        switch ( $index ) {
        case MAG_APPLETROOT:
                $ret = PATH_TO_APPLETROOT;
                break;
        }

        return true;
}

チェック

以下のページをコピーして、同じ表示になれば上記extensionのインストールは完了です。

Help:CheckExistingExtension

独自extension

以下のtgzファイルは、metabolomics.jpで開発し、現在利用しているextensionの全ソースです。 2011/02/22現在での最新版をまとめてあります。

解凍すると、extensions、scripts、cronという3つのディレクトリが作られます。
extensionsはそのままextensions以下へ。
scriptsはCreateGraphのスクリプトファイルです。
cronはluaのscript_monitoring.shが入っています。


なお、このtgzに含まれているextensionは以下の通りです。 インストールや設定に関しては、下記リンクを参照して下さい。

  1. Wbr
  2. HTMLForm
  3. MySQLLikeSearch
  4. ExtendedFunctions
  5. ScriptFunctions
  6. CreateGraph
  7. Volatile
  8. Persistency
  9. ExMolFunctions
  10. HookInsert
  11. RemoteSearch
  12. YankRemoteImage
  13. JDXFunctions
  14. MassFunctions
  15. GetEnvironment
  16. MassBankAPI
  17. RowJSPage
  18. JavaApplet
  19. Secret 必須ではないextensionです。
  20. BathcDelete 必須ではないextensionです。

以下のページをコピーして、同じ表示になれば上記extensionのインストールは完了です。

Help:CheckOriginalExtension

Css, Jsファイルのコピー

以下のMediawiki名前空間に存在するページをコピーして下さい。

  1. Mediawiki:Common.css
  2. Mediawiki:Common.js
  3. Mediawiki:GoogleAPI.js


Jarファイルのコピー

以下のjarファイルをダウンロードし、

  1. MolCalculator.jar MOLから質量計算等を行うプログラム
  2. armDrawMetabolomics.jar MOLから画像生成を行うプログラム
  3. DisplayAll3.jar mass表示を行うプログラム
  4. TreeViewer.jar Speciesとフラボノイド分類を表示するプログラム
  5. JCVinpage.jar chromatogramとmass表示を行うプログラム


追加した名前空間一覧

  1. Tool
  2. Reference
  3. Species
  4. CrudeDrug
  5. Kampo
  6. Doc
  7. Element
  8. Index
  9. Volatile
  10. Persist
  11. Mol
  12. Enzyme
  13. AtomMap
  14. Pathway
  15. Prime
  16. PSC
  17. PSCReference
  18. Okamoto
  19. Steinmetz
  20. Edibility
  21. MassBank(現在は未使用です)
  22. P450
  23. Arabidopsis
  24. Ojima
  25. Bangladesh
  26. Aritalab(有田研究室についての名前空間です)
  27. KampoReference
  28. Tochimoto
  29. Pharm
  30. PharmReference
  31. PKS
  32. LCMS
  33. Draft(内部用です)

その他

metabolomics.jpではTeXを利用しています。mediawikiでTeXを使うための設定(本家)をご参照下さい。

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metabolites
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