Help:HowToMake Metabolomics.jp Clone

From Metabolomics.JP
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==注意点==
 
==注意点==
# phpのコンパイルには以下のconfigureオプションを追加して下さい。
+
* phpのコンパイルには以下のconfigureオプションを追加して下さい。
 
  --enable-mbstring
 
  --enable-mbstring
 
  --enable-mbregex
 
  --enable-mbregex

Revision as of 14:47, 16 February 2011

※制作中のページです※

このページでは、metabolomics.jpのクローンを作成するための手順を説明します。

Contents

基本セッティング

以下のガイドを参考にmediawikiのインストールを行って下さい。

http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Installation_guide/ja(日本語)
http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Installation_guide(English)

注意点

  • phpのコンパイルには以下のconfigureオプションを追加して下さい。
--enable-mbstring
--enable-mbregex
--enable-zend-multibyte
--enable-soap

extensionのインストール

既存extension

metabolomics.jpでは以下の5つの既存extensionを利用しています。 各extensionのインストールについては、リンク先ページをご参照下さい。

  1. ParserFunctions
  2. Cite/Cite.php
  3. CategoryTree
  4. Variables
  5. ImageMap

Variablesについて

Variables extensionは必ずしも必要ではありません。
metabolomics.jpでは、以下のように「APPLETROOT」というDocumentRootからアプレットを置いたディレクトリへのパスを定義していますが、 アプレットを一つのディレクトリにまとめておき、ディレクトリを移動する可能性がある場合に有効です。

なお、イタリック体の部分は、環境に合わせて変更して下さい。

<?php

$wgCustomVariables = array(
         'APPLETROOT',
);

$wgHooks['MagicWordMagicWords'][]          = 'wfAddCustomVariable';
$wgHooks['MagicWordwgVariableIDs'][]       = 'wfAddCustomVariableID';
$wgHooks['LanguageGetMagic'][]             = 'wfAddCustomVariableLang';
$wgHooks['ParserGetVariableValueSwitch'][] = 'wfGetCustomVariable';

function wfAddCustomVariable(&$magicWords)
{
        foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) $magicWords[] = "MAG_$var";
        return true;
}

function wfAddCustomVariableID(&$variables)
{
        foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) $variables[] = constant("MAG_$var");
        return true;
}

function wfAddCustomVariableLang(&$langMagic, $langCode = 0)
{
        foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) {
                $magic = "MAG_$var";
                $langMagic[defined($magic) ? constant($magic) : $magic] = array(0,$var);
        }
        return true;
}

function wfGetCustomVariable( &$parser, &$cache, &$index, &$ret )
{
        global $egAppletRoot;

        switch ( $index ) {
        case MAG_APPLETROOT:
                $ret = PATH_TO_APPLETROOT;
                break;
        }

        return true;
}

チェック

以下のページをコピーして、同じ表示になれば上記extensionのインストールは完了です。

http://metabolomics.jp/wiki/Help:ExistingExtensionCheck

独自extension

以下のtgzファイルは、metabolomics.jpで開発し、現在利用しているextensionの全ソースです。 2011/02/XX現在での最新版をまとめてあります。

  • metabolomics.jp_extensions.tgz (2011/02/XX)

なお、このtgzに含まれているextensionは以下の通りです。 インストールや設定に関しては、下記リンクを参照して下さい。

  1. Wbr
  2. HTMLForm
  3. MySQLLikeSearch
  4. ScriptFunctions
  5. CreateGraph
  6. Volatile
  7. Persistency
  8. ExMolFunctions
  9. HookInsert
  10. RemoteSearch
  11. YankRemoteImage
  12. JDXFunctions
  13. MassFunctions
  14. GetEnvironment
  15. MassBankAPI
  16. RowJSPage
  17. JavaApplet

Css, Jsファイルのコピー

以下のMediawiki名前空間に存在するページをコピーして下さい。

  1. Mediawiki:Common.css
  2. Mediawiki:Common.js
  3. Mediawiki:GoogleAPI.js

追加した名前空間一覧

  1. Tool
  2. Reference
  3. Species
  4. CrudeDrug
  5. Kampo
  6. Doc
  7. Element
  8. Index
  9. Volatile
  10. Persist
  11. Mol
  12. Enzyme
  13. AtomMap
  14. Pathway
  15. Prime
  16. PSC
  17. PSCReference
  18. Okamoto
  19. Steinmetz
  20. Edibility
  21. MassBank(現在は未使用です)
  22. P450
  23. Arabidopsis
  24. Ojima
  25. Bangladesh
  26. Aritalab(有田研究室についての名前空間です)
  27. KampoReference
  28. Tochimoto
  29. Pharm
  30. PharmReference
  31. PKS
  32. LCMS
  33. Draft(内部用です)
Personal tools
Namespaces

Variants
Actions
Navigation
metabolites
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