User:Aritalab/seminar/2014/Oct/JST-NSF

JST-NSFワークショップ

日時 10月4日（土）　午後14時より

場所 三島市民文化会館　ゆうゆうホール（三島駅南口より徒歩3分）第一会議室

プログラム　（敬省略）

14:00 - 14:15　有田　全体の流れ、スケジュールの確認など

14:15 - 14:45　金谷グループ研究進捗（金谷、小野）

アセンブルの結果 20万コンティグ、8万遺伝子取得。knapsack bicycle DB、GOによる解析では超長鎖脂肪酸遺伝子10遺伝子の変化は少ない。そこで、代謝経路連鎖解析 (MP linkage analysis)として隣接する遺伝子の発現量をあわせて検定する手法を開発

14:45 - 16:00 理研グループ研究進捗（福島、津川）

福島　アセンブルの結果 17万コンティグ、FPKM値が１(1 copy)以下の場合は捨てると25853遺伝子残る、blast2goにより分類

津川　MS-DIALの紹介、DDAのscan time 50 ms にたいして、DIA計測 (SWATH) は 10-30 msのため SQDG が計測しにくい。脂質のフラグメンテーションパターンを整理して、

16:00 - 16:50　有田グループ研究進捗（有田、向田）

Akie スペクトルの表示およびデータ変換インターフェースの紹介。複数サーバからデータを取得してサマリーを作成する構成の紹介。

向田　ミドリムシはラパマイシンで増殖阻害を受けないが脂質量は増加。FKBP12のアライメント結果。

16:50 - 17:25 太田グループ研究進捗（太田、岡澤、小川、西尾）

小川　府大GCMS計測データの公開準備。TIC、MSP/MSLフォーマット、ピークテーブルをサーバに送るパイプライン作成。問題点：RTが同じ混合物の扱い、RTでなくRIの導入

西尾　明条件下で、抜気したあとCO2を入れるとワックス蓄積。奇数鎖に多く入る。位置をみると13CO2はmalate, succinateにハッキリ入るがcitrateは少ない。

17:25 - 17:50 全体討論

18:00 懇親会 Coo

【大阪方面】 大阪方面 19:48 三島　－（ひかり）－　21:09 名古屋　 21:13 名古屋 －（のぞみ）－22:06 大阪

【前回の決定事項】

• 津川さんが府大に３日ほど滞在して計測データの取得および統合を検討
• MassBank, MS-DIAL, AI-output データをAkieさんに渡して統合の準備
• カロテノイドは750構造を早急に電子化
• missing valueがあっても機能するデータ解析手法
• citrateにおけるC13の入り方を再検討

【次回以降】

• 11/8（土） ユーグレナ研究会と合同＠奈良
• 島根大学、宮崎大学　（延長申請の後に検討）

出席者

有田、向田、太田、岡澤、小川、西尾、金谷、小野、福島、津川、Aki