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Publication List

Refereed Journal Articles

  1. Horai H, Arita M, Kanaya S, Nihei Y, Ikeda T, Suwa K, Ojima Y, Tanaka K, Tanaka S, Aoshima K, Oda Y, Kakazu Y, Kusano M, Tohge T, Matsuda F, Sawada Y, Hirai MY, Nakanishi H, Ikeda K, Akimoto N, Maoka T, Takahashi H, Ara T, Sakurai N, Suzuki H, Shibata D, Neumann S, Iida T, Tanaka K, Funatsu K, Matsuura F, Soga T, Taguchi R, Saito K, Nishioka T "MassBank: a public repository for sharing mass spectral data for life sciences" Journal of Mass Spectrometry 45(7), 703-714, 2010 (PubMed, Google Scholar )
  2. Redestig H, Kusano M, Fukushima A, Matsuda F, Saito K, Arita M "Consolidating metabolite identifiers to enable contextual and multi-platform metabolomics data analysis" BMC Bioinformatics 11:214, 2010 (PubMed, Google Scholar )
  3. Takemoto K, Arita M "Nested structure acquired through simple evolutionary process" Journal of Theoretical Biology 264(3), 782-786, 2010 (PubMed, Google Scholar )
  4. Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Period–phase map: two-dimensional selection of circadian rhythm-related genes" IET System Biology 3(6), 487-495, 2009 (PubMed, Google Scholar )
  5. Fukushima A, Kanaya S, Arita M "Characterizing gene coexpression modules in Oryza sativa based on a graph-clustering approach" Plant Biotechnology 26, 485-493, 2009 (PubMed, Google Scholar )
  6. Redestig H, Fukushima A, Stenlund H, Moritz T, Arita M, Saito K, Kusano M "Compensation for systematic cross-contribution improves normalization of mass spectrometry based metabolomics data" Analytical Chemistry 81(19), 7974-7980, 2009 (PubMed, Google Scholar )
  7. Hasegawa Y, Arita M "Properties of the maximum q-likelihood estimator for independent random variables" Physica A 388, 3399-3412, 2009 (PubMed, Google Scholar )
  8. Takemoto K, Arita M "Heterogeneous distribution of metabolites across plant species" Physica A 388(13), 2771-2780, 2009 journal home (PubMed, Google Scholar )
  9. Arita M "A pitfall of wiki solution for biological databases" Briefings Bioinformatics 10(3), 295-296, 2009
    Interview article by a web magazine "Bioinform" in Jan 2009 (PubMed, Google Scholar )
  10. Fukushima A, Wada M, Kanaya S, Arita M "SVD-based anatomy of gene-expression for correlation analysis in Arabidopsis thaliana" DNA research 15(6), 367-374, 2008 　 (PubMed, Google Scholar )
  11. Arita M, Suwa K "Search extension transforms Wiki into a relational system: a case for flavonoid metabolite database" BMC BioData Mining 1:7, 2008 　 (PubMed, Google Scholar )
  12. Sato S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Time-resolved metabolomics reveals metabolic modulation in rice foliage" BMC Systems Biology 2:51, 2008 (PubMed, Google Scholar )
  13. Kusano M, Fukushima A, Arita M, Jonsson P, Moritz T, Kobayashi M, Hayashi N, Tohge T, Saito K "Unbiased characterization of genotype-dependent metabolic regulations by metabolo mic approach in Arabidopsis thaliana" BMC Systems Biology 1:53, 2007 (PubMed, Google Scholar )
  14. Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Automated classification of alternative splicing and transcriptional initiation and construction of visual database of classified patterns" Bioinformatics 22(10), 1211-1216, 2006 (PubMed, Google Scholar )
  15. Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Species-specific variation of alternative splicing and transcriptional initiation in six eukaryotes" Gene 364, 53-62, 2005 (PubMed, Google Scholar )
  16. Arita R, Arita M, Kawai M, Mashima Y, Yamada M "Evaluation of corneal endothelial pump function with a cold stress test" Cornea 24(5), 571-575, 2005 (PubMed, Google Scholar )
  17. Sugimoto M, Kikuchi S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Large-scale prediction of cationic metabolite identity and migration time in capillary electrophoresis mass spectrometry using artificial neural networks" Analytical Chemistry 77(1), 78-84, 2005 (PubMed, Google Scholar )
  18. Arita M, Ohashi Y "Secret signatures inside genomic DNA" Biotechnology Progress 20(5), 1605-1607, 2004 (PubMed, Google Scholar )
  19. Hirai MY, Yano M, Goodenowe DB, Kanaya S, Kimura T, Awazuhara M, Arita M, Fujiwara T, Saito K "Integration of transriptomics and metabolomics for understanding of global responses to nutritional stresses in Arabidopsis thaliana" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(27), 10205-10210, 2004 (PubMed, Google Scholar )
  20. Arita M "Computational resources for metabolomics" Briefings in Functional Genomics and Proteomics 3(1), 84-93, 2004 (PubMed, Google Scholar )
  21. Arita M "Comma-free design for DNA words" Communications of the ACM, 47(5), 99-100, 2004 (PubMed, Google Scholar )
  22. Arita M "The metabolic world of Escherichia coli is not small" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(6), 1543-1547, 2004 (PubMed, Google Scholar )
  23. Yamazaki Y, Kitajima M, Arita M, Takayama H, Sudo H, Yamazaki M, Aimi N, Saito K "Biosynthesis of camptothecin. In silico and in vivo tracer study from [1-13C]glucose" Plant Physiology 134(1), 161-170, 2004 ([1-13Cglucose%22 PubMed], [1-13Cglucose%22 Google Scholar] )
  24. Arita M "In silico Atomic tracing by substrate-product relationships in Escherichia coli intermediary metabolism" Genome Research 13(11), 2455-2466, 2003 (PubMed, Google Scholar )
  25. Kikuchi S, Tominaga D, Arita M, Takahashi K, Tomita M "Dynamic modeling of genetic networks using genetic algorithm and S-system" Bioinformatics 19(5), 643-650, 2003 (PubMed, Google Scholar )
  26. Arita M, Kobayashi S "DNA sequence design using templates" New Generation Computing 20(3), 263-277, 2002 (PubMed, Google Scholar )
  27. Arita M "Graph modeling of metabolism" Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence (JSAI), 15(4), 703-710, 2000 (PubMed, Google Scholar )
  28. Arita M "Metabolic reconstruction using shortest paths" Simulation Practice and Theory 8(2), 109-125, 2000 (PubMed, Google Scholar )
  29. Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" International Journal of Artificial Intelligence Tools 4(4), 511-524, 1995 (PubMed, Google Scholar )

Refereed Conference Proceedings

  1. Arita M, Suwa K, Yoshimoto M, Hirai A, Kanaya S "Ontology checking and integration of crude-drug and kampo information" Proceedings of the 2nd International Conference of Biomedical Engineering and Informatics (BMEI2009), Tianjin China, 3:1304-1307, 2009 (PubMed, Google Scholar )
  2. Horai H, Arita M, Ojima Y, Nihei Y, Kanaya S, Nishioka T "Traceable analysis of multiple-stage mass spectra through precursor-product annotations" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'09) (GI-Edition Lecture Notes in Informatics), Halle, Germany, 157:173-178, 2009 (PubMed, Google Scholar )
  3. Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Phase shifts of circadian transcripts in rat suprachiasmatic nucleus" Proceedings of the 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB2008), Lijiang China, 101-106, 2008 (PubMed, Google Scholar )
  4. Chen L-C, Lin Y-C, Arita M, Tseng VS "A Novel Approach for Handling Missing Values in Microarray Data" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 45-50, 2008 (PubMed, Google Scholar )
  5. Wijekoon A, Kusano M, Arita M "Comparison of Gas Chromatography-Mass Spectrometry Data from Different Laboratories using Dynamic Programming" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 57-62, 2008 (PubMed, Google Scholar )
  6. Horai H, Arita M, Nishioka T "Comparison of ESI-MS Spectra in MassBank Database" Proceedings of the International Conference on BioMedical Engineering and Informatics (BMEI2008), Hainan China, 1:853-857, 2008 (PubMed, Google Scholar )
  7. Arita M, Tokimatsu T "Detection of monosaccharide types from coordinates" Proceedings of the 18th International Conference on Genome Informatics (Genome Informatics Series Vol.19), Singapore, 3-14, 2007 (PubMed, Google Scholar )
  8. Okada K, Asai K, Arita M "Flow Model of the Protein-protein Interaction Network for Finding Credible Interactions." Proceedings of 5th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2007), Hong Kong, 2007 (PubMed, Google Scholar )
  9. Tuji H, Altaf-Ul-Amin Md, Arita M, Nishio H, Shinbo Y, Kurokawa K, Kanaya S "Comparison of Protein Complexes Predicted from PPI Networks by DPClus and Newman Clustering Algorithms" IPSJ Transactions on Bioinformatics, 47 (SIG17):31-41, 2006 (PubMed, Google Scholar )
  10. Oka H, Arita M "Searching Similar Motifs in Protein Interaction Networks" Proceedings of 1st International Workshop on Biomedical Data Engineering, Tokyo Japan, 52-59, 2005 (PubMed, Google Scholar )
  11. Ueno Y, Arita M, Kumagai T, Asai K "Processing sequence annotation data using the lua programming language" Proceedings of 14th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.14), Yokohama Japan, 154-163, 2003 (PubMed, Google Scholar )
  12. Arita M, Tsuda K, Asai K "Modeling splicing sites with pairwise correlations." Bioinformatics (Proceedings 1st European Conference on Computational Biology, Saarbrucken Germany), 18:S27-S34, Oxford Univ Press, 2002 (PubMed, Google Scholar )
  13. Kobayashi S, Kondo T, Arita M "On template method for DNA sequence design" Proceedings of 8th DNA Based Computers, Sapporo Japan, LNCS(2568) 205-214, Springer Verlag, 2002 (PubMed, Google Scholar )
  14. Arita M, Kobayashi S "The power of sequence design" Proceedings of 4th International Conference on Computational Intelligence and Multimedia Applications, Yokosuka Japan, 163-166, IEEE Press, 2001 (PubMed, Google Scholar )
  15. (Journal version listed above, titled "DNA sequence design using templates.") (PubMed, Google Scholar )
  16. Komiya K, Sakamoto K, Gouzu H, Yokoyama S, Arita M, Nishikawa A, Hagiya M "Successive state transitions with I/O interface by molecules." Proceedings of 6th DNA Based Computers, Leiden Netherland, LNCS(2054) 17-26, Springer Verlag, 2001 (PubMed, Google Scholar )
  17. Arita M, Nishikawa A, Hagiya M, Komiya K, Gouzu H, Sakamoto K "Improving sequence design for DNA computing" Proceedings of 5th Gnenetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO'00), Las Vegas USA, 875-882, Morgan-Kaufmann, 2000 (PubMed, Google Scholar )
  18. Arita M, Asai K, Nishioka T "Reconstructing metabolic pathways with new enzyme classification" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'00), Heidelberg Germany, 99-106, Logos-Verlag, 2000 (PubMed, Google Scholar )
  19. Arita M "Bio-computing in the 21st century" Proceedings of 5th International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB'00), Ohita Japan, 737-740, 2000 (PubMed, Google Scholar )
  20. Arita M "Metabolic reconstruction using shortest path algorithm" Proceedings of 1st Conference on Modelling and Simulation in Biological, Medical, and Biomedical Engineering (BioMedSim'99), Paris France, 1-4, 1999 (PubMed, Google Scholar )
  21. (Journal version listed above, titled "Metabolic reconstruction using shortest paths.") (PubMed, Google Scholar )
  22. Ueno Y, Asai K, Arita M "Integrating application programs for bioinformatics using a web browser" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 166-175, 1999 (PubMed, Google Scholar )
  23. Arita M, Asai K, Nishioka T "Finding precursor compounds in secondary metabolism" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 113-120, 1999 (PubMed, Google Scholar )
  24. Hagiya M, Arita M, Kiga D, Sakamoto K, Yokoyama S "Towards parallel evaluation and learning of boolean mu-formulas with molecules" (PubMed, Google Scholar )
  25. DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:57-72, American Mathematics Society, 1999 (PubMed, Google Scholar )
  26. Morimoto N, Arita M, Suyama A "Solid phase DNA solution to the Hamiltonian path problem" DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:193-206, American Mathematics Society, 1999 (PubMed, Google Scholar )
  27. Arita M, Hagiya M, Suyama A "Joining and rotating data with molecules" Proceedings of IEEE 4th International Conference on Evolutional Computation (ICEC'97), Indianapolis USA, 243-248, IEEE Press, 1997 (PubMed, Google Scholar )
  28. Arita M, Suyama A, Hagiya M "A heuristic approach for Hamiltonian path problem with molecules" Proceedings of 2nd Annual Conference on Genetic Programming, Stanford USA, 457-462, Morgan Kaufmann, 1997 (PubMed, Google Scholar )
  29. Morimoto N, Arita M, Suyama A "Stepwise generation of Hamiltonian path with molecules" Proceedings of 1st International Conference on Biocomputing and Emergent Computation (BCEC'97), Skovde Sweden, 184-192, World Scientific, 1997 (PubMed, Google Scholar )
  30. Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" Proceedings of 1st International IEEE Symposium on Intelligence in Neural and Biological Systems (INBS '95), Washington DC. USA, 92-99, IEEE Press, 1995 (PubMed, Google Scholar )
  31. (Journal version listed above, with the same title.) (PubMed, Google Scholar )
  32. Arita M "SIMFLY2: simulation of a fly embryo" Proceedings of 6th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 29-38, Universal Academy Press, 1995 (PubMed, Google Scholar )
  33. Arita M, Hagiya M, Shiratori T "GEISHA SYSTEM: an environment for simulating protein interaction" Proceedings of 5th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 80-90, Universal Academy Press, 1994 (PubMed, Google Scholar )

Commissioned Reviews and Book Chapters

  1. Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" Current Opinion in Biotechnology 20, 610-615, 2009 (PubMed, Google Scholar )
  2. Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Integrated omics approaches in plant systems biology" Current Opinion in Chemical Biology 13, 532–538, 2009 (PubMed, Google Scholar )
  3. Arita M "In vivo DNA Memory" In Handbook of DNA Computing, Springer Verlag (PubMed, Google Scholar )
  4. Arita M, Fujiwara Y, Nakanishi Y "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM)" Chapter II.3 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 129-140, 2006 (PubMed, Google Scholar )
  5. Shinbo Y, Nakamura Y, Altaf-Ul-Amin Md, Asahi H, Kurokawa K, Arita M, Saito K, Ohta D, Shibata D, Kanaya S "KNApSAcK: A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database" Chapter II.6 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 165-184, 2006 (PubMed, Google Scholar )
  6. Arita M "Scale-freeness and biological networks" Journal of Biochemistry, 138, 1-4, Oxford Univ Press, 2005 (PubMed, Google Scholar )
  7. Arita M, Robert M, Tomita M "All systems go: launching cell simulation fueled by integrated experimental biology data" Current Opinion in Biotechnology, 16(3), 344-349, Elsevier, 2005 (PubMed, Google Scholar )
  8. Arita M "Introduction to the ARM Database: Database on Chemical Transformations in Metabolism for Tracing Pathways" Chapter 13 (pp.193-211) In Metabolomics: The Frontier of Systems Biology (Tomita M and Nishioka T eds.) Springer verlag, 2005 (PubMed, Google Scholar )
  9. Arita M "Writing Information Into DNA" In Aspects of Molecular Computing (Jonoska N, Paun G, and Rozenberg G eds.), LNCS(2950), 23-35, Springer Verlag, 2004 (PubMed, Google Scholar )

総説、書籍

  1. 有田 正規, 蓬莱 尚幸, 尾嶌 雄也, 二瓶 義人, 金谷 重彦, 西岡 孝明 「化合物情報とマススペクトルを活用するためのウェブ基盤」 CICSJ Bulletin, 27(2), 48-50, 日本化学会 情報化学部会, 2009
  2. 有田正規, 諏訪和大 「Wikiによるフラボノイドのデータベース」実験医学増刊,「バイオデータベースとソフトウェア最前線」, 4月, 1148-1154, 羊土社, 2008.
  3. 福島敦史, 草野都, 有田正規, 斉藤和季 「植物メタボロミクス―代謝プロファイルからシステム解析へ」 実験医学, 1月号, 羊土社, 2008.
  4. 有田正規　「生体ネットワークをどう研究するべきか」　数理科学5月号(527)79-83, サイエンス社, 2007.
  5. 時松敏明, 有田正規　「代謝マップビューワで見るフラボノイド」　細胞工学, 25(12), 1388-1393, 2006.
  6. 小林徹也, 有田正規, 森下喜弘, 合原一幸 「細胞内現象のシステム的理解―今理論に何が求められているのか？」 システム/制御/情報 50(8), システム制御情報学会誌 2006.
  7. 杉峰伸明, 大塚一路, 有田正規, 合原一幸「ネットワーク的思考で生命現象をよみとく」（特集「意識・脳・身体の接続へ」）科学 76(3), 岩波書店 2006.
  8. 有田 正規 「スケールフリーにご用心」 蛋白質核酸酵素 12月号増刊「ゲノムから生命システムへ」50(16 Suppl), 2294-2299, 共立出版, 2005.
  9. 有田 正規、田口 良 「メタボロームによる脂質代謝パスウェイ解析」 実験医学増刊号 「ダイナミックに新展開する脂質研究 」23(6), 151-157, 羊土社, 2005.
  10. 有田 正規 「代謝マップを電子化するARMプロジェクト」CICSJ Bulletin, 22(4), 64-67, 日本化学会 情報化学部会, 2004.
  11. 有田 正規 「代謝ネットワークの解析法」 バイオインダストリー 特集「システム生物学の最前線」21(9), 34-39, シーエムシー出版, 2004.
  12. 有田 正規 「ARMデータベース」（執筆分担） 冨田勝、西岡孝明（編） 「メタボローム研究の最前線」, シュプリンガー東京, 2003.
  13. 有田 正規 「代謝の電子化と高分子への応用」 炎症と免疫 11(6), 46-51, 先端医学社 2003.
  14. 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 蛋白質核酸酵素 48(7), 823-828, 共立出版, 2003.
  15. 有田 正規 「代謝は原子レベルで記述しよう －電子化の意義と将来性－」 JITAニュース March, 16-19, 日本産業技術振興協会, 2003.
  16. 有田 正規 「ベイジアンネットとバイオインフォマティクス」 人工知能学会誌 17(5), 539-545, 2002.
  17. 有田 正規 「代謝の電子化と有用物質の生産」 実験医学 9月号 1868-1872, 羊土社, 2002. 「DNAコンピュータ」（執筆分担。第4章配列設計担当）
  18. 萩谷昌己、横森貴（編）, 培風館, 148-164, 2002. 有田 正規 「代謝ネットワークの情報解析」 日本計算工学会誌 6(1), 10-12, 2001.
  19. 有田 正規 「パスウェイマップの探索」 日本シミュレーション学会誌, vol.20(2), 16-20, 2001.
  20. 萩谷 昌己, 有田 正規 「分子計算とその物理的基礎」 日本物理学会誌, Vol.56, 6月号, 403-410, 2001.
  21. 有田 正規 「遺伝子ネットワークと確率モデル」 ベイジアンネットチュートリアル予稿集 (BN2001), 50-53, 2001.
  22. 有田 正規 「グラフで見る代謝」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.5, 149-156, 2000.
  23. 西川 明男, 有田 正規, 三好 直人, 萩谷 昌己 「DNA計算の塩基配列設計におけるバランスの指標について」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.16, 67-69, 2000.
  24. 有田 正規, 西岡 孝明 「生体内化学反応の階層分類」 バイオインダストリー 特集「バイオインフォマティクス」, 17(7), 45-50, シーエムシー出版 2000. (再掲: DNAチップ応用技術 II 第6章, 227-236, シーエムシー出版 2001.)
  25. 有田 正規 「DNA計算における配列設計」 数理科学 特集「分子コンピューティング」, No.445 七月号, 32-38, サイエンス社 2000. (再掲：数理科学 SGCライブラリ31 「分子コンピュータの現状と展望」 萩谷昌己編著, II章3, サイエンス社 2004.)
  26. 有田 正規 「代謝系の再構築」（執筆分担。第4章の1担当） ポストシークエンスのゲノム科学シリーズ 「ゲノム情報生物学」 高木利久、冨田勝（編）, 148-164, 中山書店 2000.
  27. 角野宏司, 有田正規, 萩谷昌己, 白取知樹 「Computing-as-Editing(CAEP)に基づいた数式処理システムのユーザ・インタフェース」 インタラクティブシステムとソフトウェアIII, レクチャーノート/ソフトウェア学, 12, 161-170, 近代科学社 1995

Invited Talks and Lectures

  1. Arita M "Integration of Flavonoid Information through Wiki" Satellite Symposium of 4th International Conference on Polyphenols and Health (ICPH2009), Dec 11 (7-11), Yorkshire England, 2009 ¢
  2. Arita M "Web-based Resources for Metabolomics", Tutorial at the CBI-KSBSB joint conference (Bioinfo2009), Nov 4 (4-6), Haeundae Busan Korea, 2009 ¢
  3. Arita M "Data Management of Cross-disciplinary Information using Wiki", 16th International Conference on Cytochrome P450, June 21 (21-25), Okinawa Japan, 2009
  4. Arita M "Metabolic Pathway Analysis using Wiki", The Sixth International Aspergillus Meeting (Asperfest 6), March 15-17, Monterey USA, 2009 ¢
  5. Arita M "Wiki-based Database of Secondary Metabolites", JSPS-KOSEF Joint Seminar -Pioneering researches on fungal molecular biology-, November 19-20, Kanazawa Japan, 2008
  6. Arita M "Computational Analysis of Metabolism" iPlant Mechanistic modeling grand challenge workshop, November 7-10, Biosphere2 Arizona USA, 2008
  7. Arita M "Software Tools to Study Flavonoids", Systems Biology and Bioinformatics Symposium (SBBS07), March 27-29 Taipei Taiwan, 2007
  8. Arita M "Databaes for Flavonoids and Measurement in Arabidopsis", 2nd International Symposium on Environmental Metabolomics, March 24-25, University of Louisville(KY), USA, 2007
  9. Arita M "Metabolic Pathway Chart for Flavonoid", 2nd Taiwan-Japan Bilateral Symposium on Bioinformatics, Nov 7-9, Tainan Taiwan, 2006
  10. Arita M " Atomic-level analysis of metabolism and mass spectral database", Invited Lecture Course, May9-14, Center for Regulatory, Environmental, Analytical Metabolomics, University of Louisville(KY), USA, 2006
  11. Arita M "Metabolomics in Japan and the Need for a Metabolic Map Editor", 1st Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics, March 13-17, Tokyo Japan, 2006 ¢
  12. Arita M "ARM Database for Interactive Metabolic Maps", 1st International BioPAX Symposium, November 18, Tokyo Japan, 2005 ¢
  13. Arita M "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism", 1st Louisville Symposium on Environmental Metabolomics, November 5-6, Louisville (KY) USA, 2005
  14. Arita M "Interpretation of Metabolic Networks", 50th NIBB Conference, Structure and Dynamics of Complex Biological Networks, February 8-10, Okazaki Japan, 2005
  15. Arita M "Scale-free Network and Biological Network", Invited Lecture Course, June 9 - 13, Centre National de la Recherche Scientifique, Marseille, France, 2004
  16. Arita M "Computer Applications for Metabolome Analysis", ICSB2002 Satellite Meeting "Metabolome Analysis and Systems Biology", December 16, Stockholm Sweden, 2002 ¢
  17. Arita M "Computer Applications for Comprehensive Metabolite Analysis", Cambridge Healthtech Institute's Second Annual Metabolic Profiling: Pathways in Discovery, December 2 - 3, Research Triangle Park (North Carolina) USA, 2002
  18. Arita M "Atomic Representation of Metabolism", Invited Lecture Course, June26 - July 2, Department of Computer Science, University of Helsinki, Finland, 2002
  19. Arita M "Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM) Project", Workshop on Protein Interaction and Clinical Data Analysis, May 28 - 31, National University of Singapore, 2002
  20. Hagiya M. and Arita M "Several Approaches to Bio-simulation", International Symposium on Human Genome Project and Computer Science Sanjo Hall, March 9-10, Tokyo University, 1995 ¢

招待講演

  1. 有田 正規 「Wikiを通じて学会をまとめよう　代謝データベースを例に」 第20回記念微生物資源ワークショップ 11/14 (13-14) 修善寺 2009
  2. 有田 正規 「和漢薬の知識流通を促すウェブ基盤の構築」 第30回和漢医薬学総合研究所特別セミナー「和漢薬とインフォマティクス」 10/9, 富山 2009
  3. 有田 正規 「和漢薬Wikiデータベースの開発」 第26回和漢医薬学会学術大会 メインテーマ企画「生薬とデータベース」 8/29 (29-30), 幕張 2009
  4. 有田 正規 「メタボロミクス解析におけるインフォマティクス」 日本薬物動態学会第２回ビジョン・シンポジウム 6/6 (5-6), 本郷 2009
  5. 有田 正規 「Wikiによるマススペクトルの共有と知識抽出」 日本質量分析学会 第57回質量分析総合討論会ワークショップ 「マススペクトルを日本発のツールで解析、整理しよう」 5/14, 大阪 2009
  6. 有田 正規 「Wikiによるオミクスデータ管理と知識発見」 農芸化学会大会シンポジウム「OMICSを基盤とした生物機能の戦略的高度化と物質生産」3/29 福岡 2009
  7. 有田 正規 「百科事典とデータベースを区別できない生物学者」 BMB2008 日本分子生物・生化学会合同年会シンポジウム「最新メタボロミクス事情と植物科学への貢献」(兼オーガナイザ)　 12/12 神戸 2008
  8. 有田 正規 「バイオデータベースのあるべき姿」 第五回　コンビナトリアル・バイオエンジニアリング会議 11/7 大阪 2008
  9. 有田 正規 「メタボロームデータベースを統合する：*Bankと*Wiki」 第2回メタボロームシンポジウム(兼実行委員) 10/30 鶴岡 2008
  10. 有田 正規　「Wiki をもちいたデータベース設計」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第7回連携研究会 9/13, Spring-8普及棟 2008
  11. 有田 正規 「ウィキによるフラボノイドのデータベース」 日本植物生理学会年会 シンポジウム「データベースの中に築く生物像」 3/20, 札幌 2008
  12. 有田 正規 「化学構造と植物種をつなぐフラボノイドデータベース」 日本化学会 化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム 12/7, 東京 2007
  13. 有田　正規　「メタボロミクス　－代謝を研究する新しいOmics分野－」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第六回連携研究会　8/4, Spring-8普及棟 2007
  14. 有田 正規 「マススペクトルデータベースMassBankの検索技法」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会ワークショップ 「ケミカルバイオロジーとマススペクトルデータベース」 5/15, 広島 2007
  15. 有田　正規 「原子レベルでみる代謝ネットワーク」 京大理　数学教室　研究集会「スケールフリーネットワークとランダムグラフ」　1/27, けいはんな 2007
  16. 有田 正規 「化学構造データベースから代謝経路へ」 奈良先端大 植物科学研究教育推進ユニットワークショップ 「植物研究にいかに役立てるか、『システム生物学』」 12/12, 奈良 2006
  17. 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップによるメタボローム解析」 日本医用マススペクトル学会 シンポジウム 「メタボローム解析への質量分析の応用」9/29, 名古屋 2006
  18. 有田　正規　「バクテリアの代謝はどこまでわかっているか」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第五回連携研究会　8/12, Spring-8普及棟 2006
  19. 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ 」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロミクスとバイオインフォマティクス」5/26, 大阪 2006
  20. 有田 正規 「メタボロームは本当に網羅的か」 日本分子生物学会 年会シンポジウム 12/7, 福岡 2005
  21. 有田 正規「バイオインフォマティクスの環境バイオへの適用可能性」 環境バイオ・新規提案検討国際ワークショップ －微生物集団機能の高効率利用・デザイン化技術の創出のために－ 10/21, 東京 2005
  22. 有田 正規「生体ネットワークの大域情報と局所情報をつなぐソフトウェア」 第10回分生研シンポジウム「情報生物学」9/22, 東京 2005
  23. 有田 正規「代謝のネットワークとスケールフリー性」 日本数理生物学会 第15回大会シンポジウム 「複雑ネットワークの展開」 9/16, 横浜 2005
  24. 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」5/26, 大宮 2005
  25. 有田 正規 「マップエディタを用いたオンデマンドの代謝解析」 日本農芸化学会シンポジウム「モノづくりの代謝工学」 3/29, 札幌 2005
  26. 有田 正規 「代謝のネットワーク解析：大域的特徴から分子構造変化まで」 (財)新世代研究所 中性子生体ナノマシン・バイオナノ合同研究会 1/28, 東海村 2005
  27. 有田 正規 「お気楽マップエディタによる代謝解析」 日本分子生物学会 年会ワークショップ 「メタボローム研究の新展開」 12/10, 神戸 2004
  28. 有田 正規 「生物ネットワークとスケールフリー性」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「分子ネットワークのシステム特性」 10/16, 横浜 2004
  29. 有田 正規 「脂質代謝を原子レベルで表現するデータベース」 日本脂質栄養学会 第13回大会 9/3, 酒田 2004
  30. 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップに基づくメタボローム解析」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」6/4, 名古屋 2004
  31. 有田 正規 「代謝の電子化と機能予測」 新資源生物変換研究会シンポジウム 12/5, 東京 2003
  32. 有田 正規 「代謝データベースとその盲点」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「メタボローム研究の最前線」 10/15, 横浜 2003
  33. 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「ポストゲノム時代を担う若手研究者」 5/16, つくば 2003
  34. 有田 正規 「ARMプロジェクト： 細胞内代謝の電子化技術」 基礎生物学研究所研究会「生命科学におけるInformaticsと Mathematics」　3/11-12, 岡崎 2003
  35. 有田 正規 「大腸菌の代謝経路再構築」 JST異分野研究者交流フォーラム 3/1-2, 大仁 2002
  36. 有田 正規 「計算論的バイオテクノロジー」 計測自動制御学会 第7回創発システムシンポジウム「創発夏の学校」, 8/24-26, 富山, 2001

連載、執筆

  • 羊土社 Bioテクノロジー ジャーナル(隔月刊) バイオテク ムーブメント欄 バイオインフォマティクス担当 (2003～2006年)
  • 岩波書店 「科学」 科学通信 (2010年～)
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