User:Aritalab/Masanori Arita
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| − | * DNAコンピュータ（平成８～１４年度）<br/>平成８年にDNA計算実験を行い、その後のDNA計算分野の基礎となる配列設計問題に取り組みました。テンプレート法と名づけた配列設計法はNew Generation Computing Award (2002) | + | * DNAコンピュータ（平成８～１４年度）<br/>平成８年にDNA計算実験を行い、その後のDNA計算分野の基礎となる配列設計問題に取り組みました。テンプレート法と名づけた配列設計法はNew Generation Computing Award (2002)を受賞し、産業技術総合研究所標準計測部門における標準DNAの設計に利用されました |
| − | * 情報媒体としてのDNA（平成１４～１６年度）<br/>DNA内に人為情報を記録する手法を発表し、Handbook of Natural Computing（Elsevier）で”in vivo DNA | + | ** Arita M, Kobayashi S "DNA sequence design using templates" New Generation Computing 20(3), 263-277, 2002 |
| − | * 代謝ネットワークの電子化（平成１３～現在）<br/> | + | * 情報媒体としてのDNA（平成１４～１６年度）<br/>DNA内に人為情報を記録する手法を発表し、Handbook of Natural Computing（Elsevier）で”in vivo DNA memory”を共同執筆しました |
| − | * Wikiを用いたデータベース設計（平成１７～現在）<br/> | + | ** Arita M "Writing Information Into DNA" In Aspects of Molecular Computing (Jonoska N, Paun G, and Rozenberg G eds.), LNCS(2950), 23-35, Springer Verlag, 2004 |
| + | * 代謝ネットワークの電子化（平成１３～現在）<br/>代謝ネットワークを原子レベルで表現し、各原子をトレース可能なソフトウェアを構築しました。現在も産総研の遺伝子デザインプロジェクトで利用されています。 | ||
| + | ** Arita M "In silico Atomic tracing by substrate-product relationships in Escherichia coli intermediary metabolism" Genome Research 13(11), 2455-2466, 2003 | ||
| + | ** Arita M "The metabolic world of Escherichia coli is not small" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(6), 1543-1547, 2004 | ||
| + | * Wikiを用いたデータベース設計（平成１７～現在）<br/>Wikiソフトウェアに検索コマンドを組み込むことでデータベースとして機能させる手法を提案しています。この機能を用いてフラボノイドのデータベースを設計、公開。様々な分野の融合を試みています。この仕組みは日本脂質生化学会 [http://lipidbank.jp]、日本質量分析学会の公式データベース [http://massbank.jp] に利用されています。 | ||
| + | ** Horai H, Arita M, et al. "MassBank: a public repository for sharing mass spectral data for life sciences" Journal of Mass Spectrometry 45(7), 703-714, 2010 | ||
| + | * 脂質メタボロミクス（平成２４～現在）<br/>脂質生化学と分析化学のノウハウを活かしたソフトウェア開発により網羅的なメタボローム解析技術を推進しています。 | ||
| + | ** Tsugawa et al. "MS-DIAL: data-independent MS/MS deconvolution for comprehensive metabolome analysis" Nature Methods 12(6), 523-526, 2015 | ||
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* [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology|授業資料]] (lecture materials in Japanese) | * [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology|授業資料]] (lecture materials in Japanese) | ||
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Latest revision as of 11:32, 10 June 2015
[edit] Masanori Arita (有田正規)
- 国立遺伝学研究所 生命ネットワーク研究室 教授
- 理研環境資源科学研究センター メタボローム情報チームリーダー（兼務）
[edit] 研究
- DNAコンピュータ（平成８～１４年度）
平成８年にDNA計算実験を行い、その後のDNA計算分野の基礎となる配列設計問題に取り組みました。テンプレート法と名づけた配列設計法はNew Generation Computing Award (2002)を受賞し、産業技術総合研究所標準計測部門における標準DNAの設計に利用されました- Arita M, Kobayashi S "DNA sequence design using templates" New Generation Computing 20(3), 263-277, 2002
- 情報媒体としてのDNA（平成１４～１６年度）
DNA内に人為情報を記録する手法を発表し、Handbook of Natural Computing（Elsevier）で”in vivo DNA memory”を共同執筆しました- Arita M "Writing Information Into DNA" In Aspects of Molecular Computing (Jonoska N, Paun G, and Rozenberg G eds.), LNCS(2950), 23-35, Springer Verlag, 2004
- 代謝ネットワークの電子化（平成１３～現在）
代謝ネットワークを原子レベルで表現し、各原子をトレース可能なソフトウェアを構築しました。現在も産総研の遺伝子デザインプロジェクトで利用されています。- Arita M "In silico Atomic tracing by substrate-product relationships in Escherichia coli intermediary metabolism" Genome Research 13(11), 2455-2466, 2003
- Arita M "The metabolic world of Escherichia coli is not small" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(6), 1543-1547, 2004
- Wikiを用いたデータベース設計（平成１７～現在）
Wikiソフトウェアに検索コマンドを組み込むことでデータベースとして機能させる手法を提案しています。この機能を用いてフラボノイドのデータベースを設計、公開。様々な分野の融合を試みています。この仕組みは日本脂質生化学会 [1]、日本質量分析学会の公式データベース [2] に利用されています。- Horai H, Arita M, et al. "MassBank: a public repository for sharing mass spectral data for life sciences" Journal of Mass Spectrometry 45(7), 703-714, 2010
- 脂質メタボロミクス（平成２４～現在）
脂質生化学と分析化学のノウハウを活かしたソフトウェア開発により網羅的なメタボローム解析技術を推進しています。- Tsugawa et al. "MS-DIAL: data-independent MS/MS deconvolution for comprehensive metabolome analysis" Nature Methods 12(6), 523-526, 2015
[edit] Teaching, Lecture Materials
- 指導歴 (teaching experience in Japanese)
- 授業資料 (lecture materials in Japanese)
- 連載、執筆
- Profile
- Publication List
