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Contents

基礎代謝物分類方法

基礎代謝物データベースで用いられる12桁のIDは以下のような意味を持つ。 先頭8桁はそれぞれ2桁ごとに区切られ(順に 1st, 2nd, 3rd, 4thクラス)、それぞれ化合物の属するクラスを示す。

  • 1st: BM 固定となり基礎代謝物であることを示す。
  • 2nd: 化合物の大まかな構造、組成による分類
  • 3rd, 4th: 2nd クラスをさらに分類する。基幹構造、分子構造の特徴、共通点による。

9桁目は上位8桁では表現されていない修飾基、付加構造などを示す。おまけ。 10-12桁目はそのクラス内での通し番号(特に意味は持たせていない。現状(初期状態)は体系名順)

以下、各クラスについての解説

BMIO inorganics 無機化合物

  • BMIOOX-- oxidized elements 炭素を含まない酸化物
  • BMIOMT-- metals and halogens 金属元素、ハロゲン化合物
  • BMIONT-- nitrogen compounds 窒素化合物
  • BMIOPP-- phosphates 無機リン酸化合物
  • BMIOSF-- sulfates 硫黄化合物

BMAA amino acids アミノ酸

  • BMAASn 鎖状アミノ酸
  • BMAABn 分岐アミノ酸
  • BMAACC 環状アミノ酸

BMAX amino acid derivatives アミノ酸誘導体

  • BMAXSn 鎖状アミノ酸誘導体
  • BMAXBn 分岐アミノ酸誘導体
  • BMAXDP-- ジペプチド
  • BMAXTP-- トリペプチド


BMFY fatty acyls 有機酸、関連物質

  • BMFYSn 直鎖型
  • BMFYBn 分岐型

官能基

  • CA: carboxylic acid カルボン酸
  • DA: dicarboxylic acid ジカルボン酸
  • SA: semialdehyde セミアルデヒド
  • AL: aldehyde アルデヒド
  • HO: alchol hydroxy アルコール
  • AM: amide アミド
  • AN: amine and other nitrous functional group(cyano, nitrile, nitro) アミンとその他の含窒素官能基
  • PH: phosphate リン酸
  • SF: sulfur containing functional group チオール、スルホン酸などの含硫黄官能基
  • KT: ketone ケトン
  • HL: halogens ハロゲン
  • MT: metals 金属
  • ES: ester エステル
  • ET: ether エーテル

BMMC mono-cyclic asssembled cyclic 単環化合物

単環化合物(芳香環、ヘテロ環、環式有機化合物) 環集合(単環どうしが直接は結合しておらず、他の原子団を介して結合している)

BMMCBZ benzene ring ベンゼン環

ベンゼン環を含む化合物。さらに環上の置換基の数で分類する。2つの場合はその位置関係も。

  • BMMCBZ1S with 1 substitution or no substitutions
  • BMMCBZ2O with 2 substitutions (ortho position)
  • BMMCBZ2M with 2 substitutions (meta position)
  • BMMCBZ2P with 2 substitutions (para position)
  • BMMCBZ3S with 3 substitutions
  • BMMCBZ4S with 4-6 substitutions

BMMCPY pyrimidine ring ピリミジン

ベンゼン環の1位および3位の炭素が窒素で置換された構造をもつ。 核酸塩基であるチミン、シトシン、ウラシルの骨格構造となる。

  • BMMCPYCT cytosine シトシン(シチジン)
  • BMMCPYTY thymine チミン(チミジン)
  • BMMCPYUR uracil ウラシル(ウリジン)
  • BMMCPYXX other その他のピリミジン類

BMMCAC-- aliphatic cyclic molecules 脂環式化合物

  • BMMCACCH cyclohexane シクロヘキサン
  • BMMCACEN cyclohexene シクロヘキセン
  • BMMCACDE cyclohexadiene シクロヘキサジエン
  • BMMCACXX その他

BMMC others

  • BMMCPD-- pyridine ring ピリジン
  • BMMCIZ-- imidazole ring イミダゾール
  • BMMCTZ-- thiazole ring チアゾール
  • BMMCQN-- quinone ring キノン
  • BMMCVA-- retinol ring レチノール
  • BMMCPL-- pyrrolidine ピロリジン
  • BMMCLA-- lacton ラクトン
  • BMMCHC-- hetero cyclic ヘテロ環化合物
  • BMMCAS-- assembled 環集合化合物


BMCC conjugated cyclic 多環化合物(縮合環、架橋環)

BMCCPU purine ring プリン環

  • BMCCPUAD アデニン(アデニン、ヌクレオシド)
  • BMCCPUAP アデニン(ヌクレオチド)
  • BMCCPUGU グアニン(グアノシン)
  • BMCCPUXA キサンチン

BMCCPT pteridine ring プテリジン環

  • BMCCPTFL flavin フラビン
  • BMCCPTFO folic acid 葉酸
  • BMCCPTPT pteridine その他のプテリジン類

BMCCPP porphyrin ring ポルフィリン環

  • BMCCPPPO pyrrole ピロール
  • BMCCPPPR porphyrinogen ポルフィリノーゲン
  • BMCCPPHM heme ヘム
  • BMCCPPPC precorrin プレコリン
  • BMCCPPCB cobalamin コバラミン
  • BMCCPPCL chlorophyl クロロフィル
  • BMCCPPBL bilirubin ビリルビン

BMCC others

  • BMCCID-- indole インドール====
  • BMCCVE-- tocopherol トコフェロール(ビタミンE)====
  • BMCCQI-- quinoline キノリン====
  • BMCCNP-- naphthalen ナフタレン====
  • BMCCCC-- condensed ring その他の縮合環化合物====
  • BMCCBR-- bridged structure 架橋環構造化合物====

Modifications

概ね以下の優先順位でクラスを与える

  • a: CoA
  • b: Trimethylammonium
  • c: Metal
  • d: Halogen
  • e: Phosphate
  • f: Sulfate
  • g: Ester
  • h: Ether,methoxy
  • i: Acetamido,Acetyl
  • j: Succinyl,Pyruvyl
  • k: Carboxylic acid
  • l: Amido
  • m: Amino
  • n: Cyano,nitro,nitryl
  • o: Formyl,Aldehyde
  • p: oxo,ketone,carbonyl
  • q: Hydroxy,oxime
  • r: methyl
  • s: Alkyl
  • t: Cyclic

糖類(BMSU)方法

BMSUMn Monosaccharide

n: number of carbon

  • A aldose アルドース
  • K ketose ケトース
  • H sugar alcohol 糖アルコール
  • U uronic acid ウロン酸
  • N amino sugar アミノ糖
  • L saccharic lactone 糖ラクトン
  • X

BMSUDn Disaccharide

n: number of carbon

BMSUPn Polysaccharide

  • C glucose
  • G galactose
  • F fructose
  • M mannnose
  • I inositol
  • X xylose
  • A arabinose
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