Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Erdos-Renyi Model
From Metabolomics.JP
ここでは頂点がすべて連結した無向グラフを扱う。
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歴史
- 1998 D. J. Watts, Steven Strogatz "Collective dynamics of 'small-world' networks". Nature 393: 440–442. doi:10.1038/30918.
クラスター係数と平均頂点間距離
Link Analysisではグラフにおける各頂点の尺度としてcentralityとprestigeを紹介した。ここではネットワーク全体についての尺度としてクラスター係数と平均頂点間距離を紹介する。
クラスター係数
クラスター係数は隣接する頂点間の辺の密度の平均値にあたる。まず各頂点におけるクラスター係数を以下のように定義する。辺の長さはすべて1とする。
グラフ全体のクラスター係数はその平均値になる。
平均頂点間距離
平均頂点間距離はその字のごとく全頂点間の最短路の平均値にあたる。ここでは頂点間の最短経路をと書く。
様々なグラフ
格子
平面の場合は三角格子、正方格子が考えられる。特に、次元空間において辺の長さが単位距離の格子をZdと書く。
- 例. Z2において、
クラスター係数は定義のままだと0になって都合が悪いので、最短距離が以下の点には全て辺を持つZ'dを考えよう。
- 例. Z'dのクラスター係数は
2/(2d)(2d-1) . 2 d