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Refereed Journal Articles

  1. Mukaida S, Ogawa T, Ohishi K, Tanizawa Y, Ohta D, Arita M. "The effect of rapamycin on biodiesel-producing protist Euglena gracilis" Biosci Biotechnol Biochem, 80:1223-1229, 2016 (PubMed, Google Scholar )
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  14. Furuhashi T, Ogawa T, Nakai R, Nakazawa M, Okazawa A, Padermschoke A, Nishio K, Hirai MY, Arita M, Ohta D "Wax ester and lipophilic compound profiling of Euglena gracilis by gas chromatography-mass spectrometry: toward understanding of wax ester fermentation under hypoxia" Metabolomics, 11(1), 175-183, 2015 (PubMed, Google Scholar )
  15. Ogawa T, Furuhashi T, Okazawa A, Nakai R, Nakazawa M, Kind T, Fiehn O, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Exploration of Polar Lipid Accumulation Profiles in Euglena gracilis Using LipidBlast, a MS/MS Spectral Library Constructed in Silico" Bioscience Biotechnology and Biochemistry 78(1), 14-18, 2014 (PubMed, Google Scholar )
  16. Hasegawa Y, Arita M "Circadian clocks optimally adapt to sunlight for reliable synchronization" Journal of the Royal Society Interface 11(92):20131018, 2014 (PubMed, Google Scholar )
  17. Tsugawa H, Arita M, Kanazawa M, Ogiwara A, Bamba T, Fukusaki E "MRMPROBS: Data Assessment and Metabolite Identification Tool for Large-scale MRM-based Widely Targeted Metabolomics" Analytical Chemistry, 85(10), 5191–5199, 2013 (PubMed, Google Scholar )
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Refereed Conference Proceedings

  1. Arita M, Yoshimoto M, Suwa K, Hirai A, Kanaya S, Shibahara N, Tanaka K “Database for crude drugs and kampo medicine” Genome Informatics 25(1) Special Issue JSBi2010, 1-11, 2011 (PubMed, Google Scholar )
  2. Chang CW, Lyu PC, Arita M "Reconstructing phylogeny from metabolic substrate-product relationships" BMC Bioinformatics (Proceedings 9th APBC in Korea) 12(Suppl 1):S27, 2011 (PubMed, Google Scholar )
  3. Arita M, Suwa K, Yoshimoto M, Hirai A, Kanaya S "Ontology checking and integration of crude-drug and kampo information" Proceedings of the 2nd International Conference of Biomedical Engineering and Informatics (BMEI2009), Tianjin China, 3:1304-1307, 2009 (PubMed, Google Scholar )
  4. Horai H, Arita M, Ojima Y, Nihei Y, Kanaya S, Nishioka T "Traceable analysis of multiple-stage mass spectra through precursor-product annotations" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'09) (GI-Edition Lecture Notes in Informatics), Halle, Germany, 157:173-178, 2009 (PubMed, Google Scholar )
  5. Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Phase shifts of circadian transcripts in rat suprachiasmatic nucleus" Proceedings of the 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB2008), Lijiang China, 101-106, 2008 (PubMed, Google Scholar )
  6. Chen LC, Lin YC, Arita M, Tseng VS "A Novel Approach for Handling Missing Values in Microarray Data" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 45-50, 2008 (PubMed, Google Scholar )
  7. Wijekoon A, Kusano M, Arita M "Comparison of Gas Chromatography-Mass Spectrometry Data from Different Laboratories using Dynamic Programming" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 57-62, 2008 (PubMed, Google Scholar )
  8. Horai H, Arita M, Nishioka T "Comparison of ESI-MS Spectra in MassBank Database" Proceedings of the International Conference on BioMedical Engineering and Informatics (BMEI2008), Hainan China, 1:853-857, 2008 (PubMed, Google Scholar )
  9. Arita M, Tokimatsu T "Detection of monosaccharide types from coordinates" Proceedings of the 18th International Conference on Genome Informatics (Genome Informatics Series Vol.19), Singapore, 3-14, 2007 (PubMed, Google Scholar )
  10. Okada K, Asai K, Arita M "Flow Model of the Protein-protein Interaction Network for Finding Credible Interactions." Proceedings of 5th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2007), Hong Kong, 2007 (PubMed, Google Scholar )
  11. Tuji H, Altaf-Ul-Amin Md, Arita M, Nishio H, Shinbo Y, Kurokawa K, Kanaya S "Comparison of Protein Complexes Predicted from PPI Networks by DPClus and Newman Clustering Algorithms" IPSJ Transactions on Bioinformatics, 47 (SIG17):31-41, 2006 (PubMed, Google Scholar )
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  31. Morimoto N, Arita M, Suyama A "Stepwise generation of Hamiltonian path with molecules" Proceedings of 1st International Conference on Biocomputing and Emergent Computation (BCEC'97), Skovde Sweden, 184-192, World Scientific, 1997 (PubMed, Google Scholar )
  32. Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" Proceedings of 1st International IEEE Symposium on Intelligence in Neural and Biological Systems (INBS '95), Washington DC. USA, 92-99, IEEE Press, 1995 (PubMed, Google Scholar )
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  35. Arita M, Hagiya M, Shiratori T "GEISHA SYSTEM: an environment for simulating protein interaction" Proceedings of 5th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 80-90, Universal Academy Press, 1994 (PubMed, Google Scholar )

Commissioned Reviews and Book Chapters

  1. Arita M "From metabolic reactions to networks and pathways" Methods in Molecular Biology 804:93-106, Springer Verlag, 2012 (File:FromReactionsToPathways.pdf) (PubMed, Google Scholar )
  2. Arita M, Hagiya M, Takinoue M, Tanaka F "DNA Memory" In Handbook of Natural Computing (Volume II, Molecular Computation), Springer Verlag, 2011 (PubMed, Google Scholar )
  3. Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" Current Opinion in Biotechnology 20, 610-615, 2009 (PubMed, Google Scholar )
  4. Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Integrated omics approaches in plant systems biology" Current Opinion in Chemical Biology 13, 532–538, 2009 (PubMed, Google Scholar )
  5. Arita M, Fujiwara Y, Nakanishi Y "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM)" Chapter II.3 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 129-140, 2006 (PubMed, Google Scholar )
  6. Shinbo Y, Nakamura Y, Altaf-Ul-Amin Md, Asahi H, Kurokawa K, Arita M, Saito K, Ohta D, Shibata D, Kanaya S "KNApSAcK: A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database" Chapter II.6 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 165-184, 2006 (PubMed, Google Scholar )
  7. Arita M "Scale-freeness and biological networks" Journal of Biochemistry, 138, 1-4, Oxford Univ Press, 2005 (PubMed, Google Scholar )
  8. Arita M, Robert M, Tomita M "All systems go: launching cell simulation fueled by integrated experimental biology data" Current Opinion in Biotechnology, 16(3), 344-349, Elsevier, 2005 (PubMed, Google Scholar )
  9. Arita M "Introduction to the ARM Database: Database on Chemical Transformations in Metabolism for Tracing Pathways" Chapter 13 (pp.193-211) In Metabolomics: The Frontier of Systems Biology (Tomita M and Nishioka T eds.) Springer verlag, 2005 (PubMed, Google Scholar )
  10. Arita M "Writing Information Into DNA" In Aspects of Molecular Computing (Jonoska N, Paun G, and Rozenberg G eds.), LNCS(2950), 23-35, Springer Verlag, 2004 (File:WritingInformationIntoDNA.pdf) (PubMed, Google Scholar )

総説、書籍

研究以外の連載や本はこちらを御覧ください。

  1. 有田 正規,...,望月 敦史(代表) 計11名「数学協働プログラム提言　数理生命科学」 文部科学省 科学技術試験研究委託事業「数理・生命科学」WG（統計数理研究所） 12/26, 2014
  2. 美宅 成樹ほか　「大容量情報時代の次世代生物学」 日本学術会議 報告 (バイオインフォマティクス分科会), 9/17, 2014
  3. 有田 正規「理系総合のための生命科学 第3版」羊土社 2013 (27章 生物情報科学)
  4. 有田 正規（編）「使えるデータベース・ウェブツール」実験医学別冊 9月 29(15), 羊土社, 2011
  5. 有田 正規 「代謝産物の検索に役立つデータベース：化合物の素性・素行を調べるウェブサイト」 実験医学9月号 Vol.28(14), 2301-2303, 2010
  6. 有田 正規, 蓬莱 尚幸, 尾嶌 雄也, 二瓶 義人, 金谷 重彦, 西岡 孝明 「化合物情報とマススペクトルを活用するためのウェブ基盤」 CICSJ Bulletin, 27(2), 48-50, 日本化学会 情報化学部会, 2009
  7. 有田正規, 諏訪和大 「Wikiによるフラボノイドのデータベース」実験医学増刊,「バイオデータベースとソフトウェア最前線」, 4月, 1148-1154, 羊土社, 2008
  8. 福島敦史, 草野都, 有田正規, 斉藤和季 「植物メタボロミクス―代謝プロファイルからシステム解析へ」 実験医学, 1月号, 羊土社, 2008
  9. 有田正規　「生体ネットワークをどう研究するべきか」　数理科学5月号(527)79-83, サイエンス社, 2007
  10. 時松敏明, 有田正規　「代謝マップビューワで見るフラボノイド」　細胞工学, 25(12), 1388-1393, 2006
  11. 小林徹也, 有田正規, 森下喜弘, 合原一幸 「細胞内現象のシステム的理解―今理論に何が求められているのか？」 システム/制御/情報 50(8), システム制御情報学会誌 2006
  12. 杉峰伸明, 大塚一路, 有田正規, 合原一幸「ネットワーク的思考で生命現象をよみとく」（特集「意識・脳・身体の接続へ」）科学 76(3), 岩波書店 2006
  13. 有田 正規 「スケールフリーにご用心」 蛋白質核酸酵素 12月号増刊「ゲノムから生命システムへ」50(16 Suppl), 2294-2299, 共立出版, 2005
  14. 有田 正規、田口 良 「メタボロームによる脂質代謝パスウェイ解析」 実験医学増刊号 「ダイナミックに新展開する脂質研究 」23(6), 151-157, 羊土社, 2005
  15. 有田 正規 「代謝マップを電子化するARMプロジェクト」CICSJ Bulletin, 22(4), 64-67, 日本化学会 情報化学部会, 2004
  16. 有田 正規 「代謝ネットワークの解析法」 バイオインダストリー 特集「システム生物学の最前線」21(9), 34-39, シーエムシー出版, 2004
  17. 有田 正規 「ARMデータベース」（執筆分担） 冨田勝、西岡孝明（編） 「メタボローム研究の最前線」, シュプリンガー東京, 2003
  18. 有田 正規 「代謝の電子化と高分子への応用」 炎症と免疫 11(6), 46-51, 先端医学社 2003
  19. 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 蛋白質核酸酵素 48(7), 823-828, 共立出版, 2003
  20. 有田 正規 「代謝は原子レベルで記述しよう －電子化の意義と将来性－」 JITAニュース March, 16-19, 日本産業技術振興協会, 2003
  21. 有田 正規 「ベイジアンネットとバイオインフォマティクス」 人工知能学会誌 17(5), 539-545, 2002
  22. 有田 正規 「代謝の電子化と有用物質の生産」 実験医学 9月号 1868-1872, 羊土社, 2002
  23. 「DNAコンピュータ」（執筆分担。第4章配列設計担当） 萩谷昌己、横森貴（編）, 培風館, 148-164, 2002
  24. 有田 正規 「代謝ネットワークの情報解析」 日本計算工学会誌 6(1), 10-12, 2001
  25. 有田 正規 「パスウェイマップの探索」 日本シミュレーション学会誌, vol.20(2), 16-20, 2001
  26. 萩谷 昌己, 有田 正規 「分子計算とその物理的基礎」 日本物理学会誌, Vol.56, 6月号, 403-410, 2001
  27. 有田 正規 「遺伝子ネットワークと確率モデル」 ベイジアンネットチュートリアル予稿集 (BN2001), 50-53, 2001
  28. 有田 正規 「グラフで見る代謝」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.5, 149-156, 2000
  29. 西川 明男, 有田 正規, 三好 直人, 萩谷 昌己 「DNA計算の塩基配列設計におけるバランスの指標について」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.16, 67-69, 2000
  30. 有田 正規, 西岡 孝明 「生体内化学反応の階層分類」 バイオインダストリー 特集「バイオインフォマティクス」, 17(7), 45-50, シーエムシー出版 2000 (再掲: DNAチップ応用技術 II 第6章, 227-236, シーエムシー出版 2001)
  31. 有田 正規 「DNA計算における配列設計」 数理科学 特集「分子コンピューティング」, No.445 七月号, 32-38, サイエンス社 2000 (再掲：数理科学 SGCライブラリ31 「分子コンピュータの現状と展望」 萩谷昌己編著, II章3, サイエンス社 2004)
  32. 有田 正規 「代謝系の再構築」（執筆分担。第4章の1担当） ポストシークエンスのゲノム科学シリーズ 「ゲノム情報生物学」 高木利久、冨田勝（編）, 148-164, 中山書店 2000
  33. 角野宏司, 有田正規, 萩谷昌己, 白取知樹 「Computing-as-Editing(CAEP)に基づいた数式処理システムのユーザ・インタフェース」 インタラクティブシステムとソフトウェアIII, レクチャーノート/ソフトウェア学, 12, 161-170, 近代科学社 1995

Invited Talks and Lectures

¢ ... support of hotel & participation fee only

  1. Arita M "Comprehensive Acquisition of MS/MS Spectra Benefits Database Research" 6th International Singapore Lipid Symposium, December 1 (Nov30-Dec1), 2015 ¢
  2. Arita M "Impact of Metabolome Database in Plant Science" The 38th Naito Conference "Molecule-based biological systems", October 8 (7-10), Sapporo, Japan, 2014
  3. Arita M "MassBank Past, Present and Future" Norman Massbank Workshop, September 17 (-18), Duebendorf, Switzerland, 2014 (no travel support)
  4. Arita M "Genetic, Protein, and Metabolic Networks: Which Choice Is Amenable to Modelling" International Conference on Mathematical Modeling and Applications (ICMMA 2013), November 28 (26-28), Tokyo, Japan, 2013
  5. Arita M "Cyberinfrastructure for metabolomics and synthetic biology" International Symposium on Biotechnology for Green Growth, October 24 (-26), Kobe, Japan, 2012 ¢
  6. Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" International Conference of Research and Application on Traditional Complementary and Alternative Medicine (TCAM), June 22 (21-23), Muhammadiyah University of Surakarta (Indonesia), 2012
  7. Arita M "Update on Lipid Databank and other lipidomics initiatives" EMBL-EBI Industry Programme & MetaboLights Project Workshop May 22, Hinxton, 2012
  8. Arita M "Wiki-based Databases: Integration of knowledge through the web" C-NAIR Seminar Nasional, Gadjah Mada University (Indonesia) Dec 5, 2011 (no travel support)
  9. Arita M "Structural Classification for PKS in Aspergilli" IUMS2011 (International Union of Microbiological Societies Congress), Sep 9 (6-10), Sapporo, 2011 (no travel support)
  10. Arita M "Knowledge Management using a Wiki-based System and its Application to Mass Spectra" EBI Seminar, April 19, EBI, Hinxton UK, 2011
  11. Arita M "Wiki-based platform for PKS in Aspergilli" Pacifichem, Dec 19 (15-20), Honolulu (Hawaii), 2010 ¢
  12. Arita M "Circulating information and knowledge through a cyber-infrastructure" Mass Spectrometry Informatics in Systems Biology (MSiB) Oct 28-29, Helsinki, 2010 [JSPS Japan-Finland Bilateral Workshop (self-organized)]
  13. Arita M "Integration of Flavonoid Information through Wiki" Satellite Symposium of 4th International Conference on Polyphenols and Health (ICPH2009), Dec 11 (7-11), Yorkshire England, 2009 ¢
  14. Arita M "Web-based Resources for Metabolomics", Tutorial at the CBI-KSBSB joint conference (Bioinfo2009), Nov 4 (4-6), Haeundae Busan Korea, 2009 ¢
  15. Arita M "Data Management of Cross-disciplinary Information using Wiki", 16th International Conference on Cytochrome P450, June 21 (21-25), Okinawa Japan, 2009
  16. Arita M "Metabolic Pathway Analysis using Wiki", The Sixth International Aspergillus Meeting (Asperfest 6), March 15-17, Monterey USA, 2009 ¢
  17. Arita M "Wiki-based Database of Secondary Metabolites", JSPS-KOSEF Joint Seminar -Pioneering researches on fungal molecular biology-, November 19-20, Kanazawa Japan, 2008
  18. Arita M "Computational Analysis of Metabolism" iPlant Mechanistic modeling grand challenge workshop, November 7-10, Biosphere2 Arizona USA, 2008
  19. Arita M "Software Tools to Study Flavonoids", Systems Biology and Bioinformatics Symposium (SBBS07), March 27-29 Taipei Taiwan, 2007
  20. Arita M "Databaes for Flavonoids and Measurement in Arabidopsis", 2nd International Symposium on Environmental Metabolomics, March 24-25, University of Louisville(KY), USA, 2007
  21. Arita M "Metabolic Pathway Chart for Flavonoid", 2nd Taiwan-Japan Bilateral Symposium on Bioinformatics, Nov 7-9, Tainan Taiwan, 2006
  22. Arita M " Atomic-level analysis of metabolism and mass spectral database", Invited Lecture Course, May9-14, Center for Regulatory, Environmental, Analytical Metabolomics, University of Louisville(KY), USA, 2006
  23. Arita M "Metabolomics in Japan and the Need for a Metabolic Map Editor", 1st Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics, March 13-17, Tokyo Japan, 2006 ¢
  24. Arita M "ARM Database for Interactive Metabolic Maps", 1st International BioPAX Symposium, November 18, Tokyo Japan, 2005 ¢
  25. Arita M "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism", 1st Louisville Symposium on Environmental Metabolomics, November 5-6, Louisville (KY) USA, 2005
  26. Arita M "Interpretation of Metabolic Networks", 50th NIBB Conference, Structure and Dynamics of Complex Biological Networks, February 8-10, Okazaki Japan, 2005
  27. Arita M "Scale-free Network and Biological Network", Invited Lecture Course, June 9 - 13, Centre National de la Recherche Scientifique, Marseille, France, 2004
  28. Arita M "Computer Applications for Metabolome Analysis", ICSB2002 Satellite Meeting "Metabolome Analysis and Systems Biology", December 16, Stockholm Sweden, 2002 ¢
  29. Arita M "Computer Applications for Comprehensive Metabolite Analysis", Cambridge Healthtech Institute's Second Annual Metabolic Profiling: Pathways in Discovery, December 2 - 3, Research Triangle Park (North Carolina) USA, 2002
  30. Arita M "Atomic Representation of Metabolism", Invited Lecture Course, June26 - July 2, Department of Computer Science, University of Helsinki, Finland, 2002
  31. Arita M "Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM) Project", Workshop on Protein Interaction and Clinical Data Analysis, May 28 - 31, National University of Singapore, 2002
  32. Hagiya M. and Arita M "Several Approaches to Bio-simulation", International Symposium on Human Genome Project and Computer Science Sanjo Hall, March 9-10, Tokyo University, 1995 ¢

招待講演、トークイベント

  1. 有田 正規 「Comprehensive lipidomics and Mass/LipidBank databases」日本分子生物・生化学会大会（BMB2015）シンポジウム「リピドミクスから見えてきた脂質の新機能 –基礎から臨床まで-」12/4 神戸 2015
  2. 有田 正規 「科学者から見た学術のオープン化」林和弘氏、有田正規氏講演会「オープンな知がイノベーションを生む -オープンサイエンスの潮流と図書館の可能性-」(東大新図書館トークイベント14) 10/17 東京 2015
  3. 有田 正規 「代謝の杜:分子の食物連鎖」地域イベント伊豆経済大学 9/22 三島 2015
  4. 有田 正規 津川 裕司 「ノンターゲットMS/MSによる藻類脂質の網羅的解析とデータベース化」 健康・長寿研究談話会（旧ホスファチジルセリン研究会）11/7 品川 2014
  5. 有田 正規 "Database for Biology: which data deserve maintaining?" 第52回日本生物物理学会年会 シンポジウム「大容量生命情報時代の新しい生物学とは？」(兼オーガナイザ)　9/27 (25-27) 札幌 2014
  6. 有田 正規 津川 裕司 「藻類メタボロミクス：植物との違い」日本植物学会第78回大会シンポジウム「バイオリソースとゲノム情報から考える藻類研究の未来形」 9/12 (12-14) 東京 2014
  7. 有田 正規 「マススペクトルのデータベースを使いこなす」第31回日本植物細胞分子生物学会　バイオインフォマティクス講習会 9/12 (10-12) 札幌 2013
  8. 有田 正規 「和漢薬データベースの構築」日本薬学会第133年会　シンポジウム "和漢薬の科学基盤：共同研究による先駆的統合的解明" 3/29 (27-30) 横浜 2013
  9. 有田 正規　「ポリケチド合成酵素の進化解析」革新的バイオマテリアル実現のための高機能化ゲノムデザイン技術開発キックオフシンポジウム 10/30 東京 2012
  10. 有田 正規 「Knowledge Management using a Wiki-based System」 細胞を作る研究会 4.0 10/27(-28) 大阪 2011
  11. 有田 正規　「コミュニティとして機能するためのインフラストラクチャ」第84会日本生化学会大会シンポジウム "ゲノムデザインの最前線" 9/22 (21-24) 京都 2011
  12. 有田 正規　「ウェブを通じた生薬知識のアウトリーチ」南方資源利用技術研究会 11/26 那覇 2010
  13. 長谷川禎彦 有田正規 「細胞内のノイズと遺伝子スイッチ」細胞を作る研究会 3.0 11/12(-13) 駒場 2010
  14. 有田 正規 「Wikiを通じて学会をまとめよう　代謝データベースを例に」 第20回記念微生物資源ワークショップ 11/14 (13-14) 修善寺 2009
  15. 有田 正規 「和漢薬の知識流通を促すウェブ基盤の構築」 第30回和漢医薬学総合研究所特別セミナー「和漢薬とインフォマティクス」 10/9, 富山 2009
  16. 有田 正規 「和漢薬Wikiデータベースの開発」 第26回和漢医薬学会学術大会 メインテーマ企画「生薬とデータベース」 8/29 (29-30), 幕張 2009
  17. 有田 正規 「メタボロミクス解析におけるインフォマティクス」 日本薬物動態学会第２回ビジョン・シンポジウム 6/6 (5-6), 本郷 2009
  18. 有田 正規 「Wikiによるマススペクトルの共有と知識抽出」 日本質量分析学会 第57回質量分析総合討論会ワークショップ 「マススペクトルを日本発のツールで解析、整理しよう」 5/14, 大阪 2009
  19. 有田 正規 「Wikiによるオミクスデータ管理と知識発見」 農芸化学会大会シンポジウム「OMICSを基盤とした生物機能の戦略的高度化と物質生産」3/29 福岡 2009
  20. 有田 正規 「百科事典とデータベースを区別できない生物学者」 BMB2008 日本分子生物・生化学会合同年会シンポジウム「最新メタボロミクス事情と植物科学への貢献」(兼オーガナイザ)　 12/12 神戸 2008
  21. 有田 正規 「バイオデータベースのあるべき姿」 第五回　コンビナトリアル・バイオエンジニアリング会議 11/7 大阪 2008
  22. 有田 正規 「メタボロームデータベースを統合する：*Bankと*Wiki」 第2回メタボロームシンポジウム(兼実行委員) 10/30 鶴岡 2008
  23. 有田 正規　「Wiki をもちいたデータベース設計」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第7回連携研究会 9/13, Spring-8普及棟 2008
  24. 有田 正規 「ウィキによるフラボノイドのデータベース」 日本植物生理学会年会 シンポジウム「データベースの中に築く生物像」 3/20, 札幌 2008
  25. 有田 正規 「化学構造と植物種をつなぐフラボノイドデータベース」 日本化学会 化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム 12/7, 東京 2007
  26. 有田　正規　「メタボロミクス　－代謝を研究する新しいOmics分野－」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第六回連携研究会　8/4, Spring-8普及棟 2007
  27. 有田 正規 「マススペクトルデータベースMassBankの検索技法」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会ワークショップ 「ケミカルバイオロジーとマススペクトルデータベース」 5/15, 広島 2007
  28. 有田　正規 「原子レベルでみる代謝ネットワーク」 京大理　数学教室　研究集会「スケールフリーネットワークとランダムグラフ」　1/27, けいはんな 2007
  29. 有田 正規 「化学構造データベースから代謝経路へ」 奈良先端大 植物科学研究教育推進ユニットワークショップ 「植物研究にいかに役立てるか、『システム生物学』」 12/12, 奈良 2006
  30. 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップによるメタボローム解析」 日本医用マススペクトル学会 シンポジウム 「メタボローム解析への質量分析の応用」9/29, 名古屋 2006
  31. 有田　正規　「バクテリアの代謝はどこまでわかっているか」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第五回連携研究会　8/12, Spring-8普及棟 2006
  32. 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ 」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロミクスとバイオインフォマティクス」5/26, 大阪 2006
  33. 有田 正規 「メタボロームは本当に網羅的か」 日本分子生物学会 年会シンポジウム 12/7, 福岡 2005
  34. 有田 正規「バイオインフォマティクスの環境バイオへの適用可能性」 環境バイオ・新規提案検討国際ワークショップ －微生物集団機能の高効率利用・デザイン化技術の創出のために－ 10/21, 東京 2005
  35. 有田 正規「生体ネットワークの大域情報と局所情報をつなぐソフトウェア」 第10回分生研シンポジウム「情報生物学」9/22, 東京 2005
  36. 有田 正規「代謝のネットワークとスケールフリー性」 日本数理生物学会 第15回大会シンポジウム 「複雑ネットワークの展開」 9/16, 横浜 2005
  37. 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」5/26, 大宮 2005
  38. 有田 正規 「マップエディタを用いたオンデマンドの代謝解析」 日本農芸化学会シンポジウム「モノづくりの代謝工学」 3/29, 札幌 2005
  39. 有田 正規 「代謝のネットワーク解析：大域的特徴から分子構造変化まで」 (財)新世代研究所 中性子生体ナノマシン・バイオナノ合同研究会 1/28, 東海村 2005
  40. 有田 正規 「お気楽マップエディタによる代謝解析」 日本分子生物学会 年会ワークショップ 「メタボローム研究の新展開」 12/10, 神戸 2004
  41. 有田 正規 「生物ネットワークとスケールフリー性」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「分子ネットワークのシステム特性」 10/16, 横浜 2004
  42. 有田 正規 「脂質代謝を原子レベルで表現するデータベース」 日本脂質栄養学会 第13回大会 9/3, 酒田 2004
  43. 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップに基づくメタボローム解析」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」6/4, 名古屋 2004
  44. 有田 正規 「代謝の電子化と機能予測」 新資源生物変換研究会シンポジウム 12/5, 東京 2003
  45. 有田 正規 「代謝データベースとその盲点」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「メタボローム研究の最前線」 10/15, 横浜 2003
  46. 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「ポストゲノム時代を担う若手研究者」 5/16, つくば 2003
  47. 有田 正規 「ARMプロジェクト： 細胞内代謝の電子化技術」 基礎生物学研究所研究会「生命科学におけるInformaticsと Mathematics」　3/11-12, 岡崎 2003
  48. 有田 正規 「大腸菌の代謝経路再構築」 JST異分野研究者交流フォーラム 3/1-2, 大仁 2002
  49. 有田 正規 「計算論的バイオテクノロジー」 計測自動制御学会 第7回創発システムシンポジウム「創発夏の学校」, 8/24-26, 富山, 2001
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