Aritalab:Lecture/Basic/CodonTable
From Metabolomics.JP
Codon Table
| UUU | UUA | UAU | UAA | GAA | GAU | GUG | GUU |
| UUC | UUG | UAC | UAG | GAG | GAC | GUA | GUC |
| UCU | UCA | UGU | UGA | GGA | GGU | GCA | GCU |
| UCC | UCG | UGC | UGG | GGG | GGC | GCG | GCC |
| CCC | CCG | CGC | CGG | AGG | AGC | ACG | ACC |
| CCU | CCA | CGU | CGA | AGA | AGU | ACA | ACU |
| CUC | CUA | CAC | CAG | AAG | AAC | AUA | AUC |
| CUU | CUG | CAU | CAA | AAA | AAU | AUG | AUU |
細菌と古細菌では、GUG, UUG が開始コドン。
Isoleucine
イソロイシンは AUU, AUC, AUA にコードされますが、生物によって AUA コドン認識の分子機構は異なります。
- バクテリア
成熟していない tRNA(Ile2) がメチオニンのコドンである AUG を認識し、メチオニルtRNA合成酵素 (MetRS) によってメチオニンを付加されて、あたかもメチオニンtRNAとして働きます。しかし、アンチコドン(CAT)の一文字目Cの2-ケト基がリシジン合成酵素 (TilS) によってリシンに置換されると、イソロイシンのコドンである AUA を認識し、イソロイシルtRNA合成酵素 (IleRS) が働くことで、イソロイシンtRNAとして働きます。
イソロイシンのコドン位置にメチオニンを取り込む間違いを防ぐため、リシジン合成酵素がtRNA(Ile2)がプロセシング（5'と3'にある配列やイントロンの除去と、CCA末端の付加）をうけて成熟する以前に作用し、メチオニルtRNA合成酵素が働く前にリシジン化することがわかっています[1]。
- 古細菌
古細菌でもバクテリア同様、メチオニンを受容する tRNA(Ile) の一文字目が修飾を受けてイソロイシンtRNAへと変化することが知られています。ただしいずれの古細菌にも TilS は存在せず、代わりにCの2-ケト基がアグマチンに置換された2アグマチニルシチジン化します。修飾酵素としてアグマチジン合成酵素 (TiaS) が Haloarcula marismortui で見つかっています[2]。TilS と TiaS は配列相同性が低く、異なる進化を経たと考えられています。
- ↑ Nakanishi K, Bonnefond L, Kimura S, Suzuki T, Ishitani R, Nureki O (2009) "Structural basis for translational fidelity ensured by transfer RNA lysidine synthetase" Nature 461(7267):1144-8
- ↑ Ikeuchi Y, Kimura S, Numata T, Nakamura D, Yokogawa T, Ogata T, Wada T, Suzuki T, Suzuki T (2010) "Agmatine-conjugated cytidine in a tRNA anticodon is essential for AUA decoding in archaea" Nature Chem Biol 6(4):277-82
