Help:Extension/MolFunctions
From Metabolomics.JP
| Extension Information | |
| Implementation | |
| Description | |
| Author(s) | K, Suwa |
| Version | 0.1 |
| MediaWiki | 1.11.1 |
| License | |
| Hooks used | |
| Token type | |
Contents |
Molfiles形式のSKP部に、適切なデータを入れたmolファイルを用意することで、組成式、平均質量、精密質量、smilesを取得できるようになるextensionです。
例えば、以下のような記述です。各値のペアはタブ区切りです。
S SKP 5 ID FL3FECGS0010 FORMULA C20H18O11 EXACTMASS 434.084911418 AVERAGEMASS 434.35032 SMILES C(O)C(C1O)(COC1Oc(c2O)cc(O3)c(C(=O)C=C3c(c4)cc(c(O)c4)O)c2O)O M END
molファイルの格納されたディレクトリはファイル数が多くなってしまうため、IDの上位4文字のディレクトリを作成し、その中へグループ分けして格納して下さい。
例えば上記の「FL3FECGS0010」であれば、IDの上位4文字は「FL3F」なので「/path to mol directory/FL3F/FL3FECGS0010.mol」というパスになります。
molディレクトリへは、$_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]の値を使用してアクセスします。
そのため、Web経由以外からこのextensionが呼び出されると失敗します(例えば、maintenance/runJobs.phpによるjobの一括処理)。
そのため、121行目の「$path」にDocumentRootの絶対パスを書いておくと、正しく処理されます。
Requirements
None
Download
| version | source | size |
| 0.1(September 11,2008) | MolFunctions.phps |
Installtion
- Download source and rename to MolFunctions.php.
- Put in extensions/ directory.
- Insert follow line to LocalSettings.php
require_once( "$IP/MolFunctions.php" ); $ugMolPath = "path to mol directory from DocumentRoot"; (default: "/mol" )
