Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Software
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| − | # 同じく[http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/data/bio/Yeast/Yeast.htm Pajekのデータサイト] | + | # 同じく[http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/data/bio/Yeast/Yeast.htm Pajekのデータサイト]から、酵母のタンパク質相互作用データをダウンロードして解凍します (.net ファイル) |
# Pajek を起動し、File → Network → Read から、解凍して出てきた yeast/YeastL.net データを読み込んでみましょう | # Pajek を起動し、File → Network → Read から、解凍して出てきた yeast/YeastL.net データを読み込んでみましょう | ||
| − | # Draw → Draw | + | # Draw → Draw を選択して描画します。最初は、円周上にびっしりリンクが並んだ画像が出てきます |
| − | # Layout | + | # Layout メニューから描画アルゴリズムを変更してみます |
| − | # 気に入ったレイアウトがあれば、Export → 2D → Bitmap | + | # 気に入ったレイアウトがあれば、Export → 2D → Bitmap にして出力します |
Revision as of 14:30, 26 May 2011
ソフトウェア
Pajek
- 利用法
- Pajekのサイトから最新版をダウンロードしてインストールします
- 同じくPajekのデータサイトから、酵母のタンパク質相互作用データをダウンロードして解凍します (.net ファイル)
- Pajek を起動し、File → Network → Read から、解凍して出てきた yeast/YeastL.net データを読み込んでみましょう
- Draw → Draw を選択して描画します。最初は、円周上にびっしりリンクが並んだ画像が出てきます
- Layout メニューから描画アルゴリズムを変更してみます
- 気に入ったレイアウトがあれば、Export → 2D → Bitmap にして出力します
