MediaWiki:Lipoquality.js

From Metabolomics.JP
(Difference between revisions)
Jump to: navigation, search
 
(19 intermediate revisions by one user not shown)
Line 1: Line 1:
 +
// Last-Update: 2018/10/11
 
// html /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
// html /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
// <span id="search"></span><span id="show"></span>
 
// <span id="search"></span><span id="show"></span>
 
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
−
// 2017/01/06 ・新フォーマットに対応
+
//
−
//            ・barchartにおいて、ratioと絶対量で切り替え可能とした
+
−
//            ※ cutoffをどうするか検討中
+
−
// 2016/10/26 ・ヒートマップを拡大した状態でsetDataするとおかしな挙動になるため
+
−
//            　必ずzoomOutするよう修正
+
−
//            ・画像出力できるよう修正
+
−
//            ・画像出力時、X軸がおかしくなるバグを修正
+
−
// 2016/10/18 ・highchartsの仕様が変わったようで、setDataやズームをするとX軸がおかしくなるので、
+
−
//            　setCategoriesを使用して対処
+
 
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  
Line 16: Line 9:
 
mw.loader.load( ['jquery.ui.sortable'] );
 
mw.loader.load( ['jquery.ui.sortable'] );
 
mw.loader.load('https://code.highcharts.com/stock/highstock.js', "text/javascript");
 
mw.loader.load('https://code.highcharts.com/stock/highstock.js', "text/javascript");
 +
importScript( 'MediaWiki:LipoqualityCommon.js' );
 +
importScript( 'MediaWiki:LipoqualityGet.js'    );
 +
importScript( 'MediaWiki:LipoqualitySearch.js' );
 +
importScript( 'MediaWiki:LipoqualityChart.js'  );
  
 
// initialize //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
// initialize //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
−
addOnloadHook(init);  
+
addOnloadHook(lipoqulityInit);  
  
−
// 初期化 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
var gChartType;
−
const DEFAULT_BAR_COLOR = "#7cb5ec";
+
 
−
var barColor = DEFAULT_BAR_COLOR;
+
// 初期化 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
−
function init()
+
function lipoqulityInit()
 
{
 
{
 
// highstock.jsに依存するため、別で読み込む
 
// highstock.jsに依存するため、別で読み込む
Line 33: Line 30:
 
document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(exportingJS);
 
document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(exportingJS);
  
 +
// 検索、表示、チェックボタンを作成
 +
// 検索ボタン
 
var searchButton = document.createElement("input");
 
var searchButton = document.createElement("input");
−
searchButton.value = "search";
+
searchButton.value   = "search";
−
searchButton.id   = "searchButton";
+
searchButton.id       = "searchButton";
−
searchButton.type = "button";
+
searchButton.type     = "button";
 +
searchButton.disabled = true;
 
searchButton.style.width = "100%";
 
searchButton.style.width = "100%";
−
searchButton.onclick = function(){search()};
+
searchButton.onclick = function(){
 +
var sampleSource = document.getElementById("samplesource").value;
 +
var sampleType  = document.getElementById("sampletype").value;
 +
var lipidClass  = document.getElementById("lipidclass").value;
 +
search(sampleSource, sampleType, lipidClass);
 +
};
 
document.getElementById("search").appendChild(searchButton);
 
document.getElementById("search").appendChild(searchButton);
 +
// グラフ表示ボタン
 
var showButton = document.createElement("input");
 
var showButton = document.createElement("input");
 
showButton.value = "show graph";
 
showButton.value = "show graph";
 
showButton.id    = "showButton";
 
showButton.id    = "showButton";
 
showButton.type  = "button";
 
showButton.type  = "button";
−
showButton.disabled = "yes";
+
showButton.disabled = true;
−
showButton.onclick = function(){barColor = DEFAULT_BAR_COLOR; showChart()};
+
showButton.onclick = function(){barColor = DEFAULT_BAR_COLOR; showChart(getSelectedIDs())};
 
document.getElementById("show").appendChild(showButton);
 
document.getElementById("show").appendChild(showButton);
 +
// チェックボタン
 
var checkButton = document.createElement("input");
 
var checkButton = document.createElement("input");
 
checkButton.value = "all check/uncheck";
 
checkButton.value = "all check/uncheck";
 +
checkButton.id    = "allswitch";
 
checkButton.type  = "button";
 
checkButton.type  = "button";
 
checkButton.onclick = function(){checkAllResult()};
 
checkButton.onclick = function(){checkAllResult()};
Line 54: Line 62:
 
document.getElementById("graphform").style.display = "none";
 
document.getElementById("graphform").style.display = "none";
  
−
// insert "Reset zoom" button
+
// コンポーネント初期化
−
var resetZoomButton    = document.createElement("input");
+
lipoqulityChartInit();
−
resetZoomButton.setAttribute("type", "button");
+
−
resetZoomButton.value            = "Reset zoom";
+
−
resetZoomButton.id              = "resetZoomButton";
+
−
resetZoomButton.style.visibility = "hidden";
+
−
resetZoomButton.onclick          = unzoomBarCharts;
+
−
document.getElementById("resetZoom").appendChild(resetZoomButton);
+
  
 +
// コンボボックスの初期化
 
setCombobox('SampleSource');
 
setCombobox('SampleSource');
 
setCombobox('SampleType');
 
setCombobox('SampleType');
 
setCombobox('LipidClass');
 
setCombobox('LipidClass');
  
−
$(window).resize(function() {
+
// 全データの取得
−
resizeChart();
+
retrieveAllDataFromText(hasRetrievedAllData);
−
});
+
 
}
 
}
−
// ウィンドウサイズが変更されたとき、チャートの幅も修正する ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
// 全データの取得が完了した後の処理 /////////////////////////////////////
−
function resizeChart()
+
// return なし
 +
function hasRetrievedAllData()
 
{
 
{
−
if(chart == undefined || chart.length == 0)
+
// GETメソッドによる検索を行う場合の処理 /////////////////////////////
−
return;
+
var query  = window.location.search.substring(1);
 +
var params = query.split('&');
 +
var sampleSource = "All";
 +
var sampleType  = "All";
 +
var lipidClass  = "";
 +
var chain        = "";
 +
var chart       = "";
 +
var species      = "";
 +
var sampleName  = "";
 +
// パラメータの取得
 +
// ss = SampleSource - デフォルトはAll
 +
// st = SampleType - デフォルトはAll
 +
// lc = LipidClass - デフォルトは空文字。この文字列が入っていないと、検索は行わない
 +
// chain = Lipid chain - chainグラフの表示には必須項目。16:0/16:0/16:0のようにスラッシュ区切り
 +
for(var i = 0; i < params.length; i++){
 +
var w = params[i].split('=');
 +
var name  = decodeURIComponent(w[0]);
 +
var value = decodeURIComponent(w[1]);
 +
if(name == "ss"){ // sample source
 +
sampleSource = value;
  
−
if(chart[0].options.chart.type != "heatmap"){
+
} else if(name == "st"){ // sample type
−
// barchart & piechart
+
sampleType = value;
−
var height  = 300;
+
 
−
var pieWidth = 400;
+
} else if(name == "lc"){ // lipid class
−
var width = $(window).width() - $("#sortableList").width() - $("#mw-panel").width() - pieWidth;
+
lipidClass = value;
−
if(width < 300)
+
 
−
width = 300;
+
} else if(name == "ct"){ // lipid chain
−
for(var i = 0; i < chart.length; i ++)
+
chart = value;
−
$("#container" + i).highcharts().setSize(width, height);
+
 
−
for(var i = 0; i < piechart.length; i ++)
+
} else if(name == "sp"){ // species
−
$("#pieContainer" + i).highcharts().setSize(pieWidth, height);
+
species = value;
 +
 
 +
} else if(name == "sn"){ // sample name
 +
sampleName = value;
 +
}
 +
}
 +
// speciesが指定された場合、対象データ以外を削除する ///////////
 +
if(species.length > 0){
 +
var spReg = new RegExp(translateForReg(species), "i");
 +
for(key in gAllData){
 +
if(!spReg.test(key)){ // speciesが合致するか
 +
delete gAllData[key];
 +
}
 +
}
 +
}
 +
////////////////////////////////////////////////////////////////
 +
var index = lipidClass.indexOf(" ");
 +
if(index > 0){
 +
chain = lipidClass.substring(index+1);
 +
lipidClass = lipidClass.substring(0, index);
 
} else {
 
} else {
−
var height = 400;
+
index = lipidClass.indexOf("(");
−
var width = $(window).width() - $("#sortableList").width() - $("#mw-panel").width();
+
if(index >= 0){
−
// heatmap
+
chain = lipidClass.substring(index+1, lipidClass.length-1);
−
for(var i = 0; i < chart.length; i ++)
+
lipidClass = lipidClass.substring(0, index);
−
$("#container" + i).highcharts().setSize(width, height);
+
}
 
}
 
}
−
}
+
if(chart == "c" && chain.length > 0){
 +
// lipidclass基準の棒グラフを表示
 +
selectCombobox([sampleSource, sampleType, lipidClass]);
 +
var result = retrieveChainData(sampleName, sampleSource, sampleType, lipidClass, chain); // speciesからsamplenameに変更
 +
if(result.x.length > 0){
 +
showChainChart(result);
 +
}
  
 +
} else if(chart == "b" && lipidClass.length > 0){
 +
// bar(棒グラフ)を表示
 +
selectCombobox([sampleSource, sampleType, lipidClass]);
 +
search(sampleSource, sampleType, lipidClass);
 +
if(document.getElementsByClassName("results").length > 0){
 +
document.getElementById('allswitch').click();
 +
document.getElementById('bar').checked = true;
 +
showChart(getSelectedIDs());
 +
}
 +
}
 +
 +
document.getElementById('loading').style.display = "none";
 +
// 検索ボタンは有効化しておく
 +
document.getElementById("searchButton").disabled = false;
 +
}
 +
function getSelectedIDs()
 +
{
 +
var targets = [];
 +
var boxes = document.getElementsByName('target');
 +
for(var i = 0; i < boxes.length; i ++){
 +
if(boxes[i].checked)
 +
targets.push(boxes[i].value);
 +
}
 +
if(targets.length == 0){
 +
alert("選択してください");
 +
return [];
 +
}
 +
return targets;
 +
}
 
// 検索ボックスの初期化 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
// 検索ボックスの初期化 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 +
// param name カテゴリ名
 +
// return なし
 
function setCombobox(name)
 
function setCombobox(name)
 
{
 
{
Line 129: Line 207:
 
}
 
}
  
−
// search
+
// AJAXを使って、コンボボックスの選択項目を取得する
 
xmlHttpRequest.open('GET', url, true);
 
xmlHttpRequest.open('GET', url, true);
 
xmlHttpRequest.responseType = 'text';
 
xmlHttpRequest.responseType = 'text';
 
xmlHttpRequest.send(null);
 
xmlHttpRequest.send(null);
 
}
 
}
−
// XSS対策用 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
// 指定されたコンボボックスの値をセットする /////////////////////////////////////
−
function escape(text)
+
// param targets - 選択するSampleSource, SampleType, LipidClassの項目値
 +
// return なし
 +
function selectCombobox(targets)
 
{
 
{
−
if(isFinite(text))
+
var ids = ["samplesource", "sampletype", "lipidclass"];
−
return text;
+
 
−
return text.replace(/&/g, "&amp;").replace(/</g, "&lt;").replace(/>/g, "&gt;");
+
// 一つでもコンボボックスの初期化が終わっていなければ、処理を後回しにする
−
}
+
var counter = 1;
−
function attrEscape(text)
+
for(var i = 0; i < ids.length; i ++)
−
{
+
counter *= document.getElementById(ids[i]).options.length;
−
if(isFinite(text))
+
if(counter == 0){
−
return text;
+
window.setTimeout( function() { selectCombobox(targets) }, 50 );
−
return text.replace(/&/g, "&amp;").replace(/</g, "&lt;").replace(/>/g, "&gt;").replace(/"/g, "&quot;").replace(/'/g, "&rsquo;");
+
return;
−
}
+
}
−
function inchiEscape(text)
+
 
−
{
+
// コンボボックスの値をセットする
−
if(isFinite(text))
+
for(var i = 0; i < ids.length; i ++){
−
return text;
+
var cb = document.getElementById(ids[i]);
−
return text.replace(/^InChIKey=/, "").replace(/[^A-Z0-9-]/g, "");
+
for(var j = 0; j < cb.options.length; j ++){
 +
if(cb.options[j].value == targets[i]){
 +
cb.selectedIndex = j;
 +
break;
 +
}
 +
}
 +
}
 
}
 
}
 
// 検索 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
// 検索 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
−
function search()
+
// param sampleSource - 検索対象のSampleSource
 +
// param sampleType  - 検索対象のSampleType
 +
// param lipidClass  - 検索対象のLipidClass
 +
// return なし
 +
function search(sampleSource, sampleType, lipidClass)
 
{
 
{
−
document.getElementById("searchButton").disabled = true;
+
// 検索ボタン等を無効化しておく
−
document.getElementById('hit').innerHTML = '';
+
document.getElementById("searchButton").disabled     = true;
−
document.getElementById("showButton").disabled = "yes";
+
document.getElementById("showButton") .disabled      = true;
−
document.getElementById("graphform").style.display = "none";
+
document.getElementById('hit')         .innerHTML    = "";
 +
document.getElementById("graphform")   .style.display = "none";
  
−
var classification = document.getElementById("samplesource").value;
+
// 「検索中」を表示
−
var sample  = document.getElementById("sampletype").value;
+
document.getElementById('searching').style.display = "block";
−
var type    = document.getElementById("lipidclass").value;
+
  
−
var url = 'https://script.google.com/macros/s/AKfycbxW5WpkJH0PUmmLrMtrluvkaKmz0OTTfeBucudy5-LxalQ7vus/exec?classification=' + classification + '&sample=' + sample + '&type=' + type + '&q=search&callback=hasSearched';
+
// 検索を行う
 +
var result = lipoqualitySearch(sampleSource, sampleType, lipidClass);
 +
// var url = 'https://script.google.com/macros/s/AKfycbxW5WpkJH0PUmmLrMtrluvkaKmz0OTTfeBucudy5-LxalQ7vus/exec?classification=' + classification + '&sample=' + sample + '&type=' + type + '&q=search&callback=hasSearched';
 
// var url = '/lipo/json.txt'
 
// var url = '/lipo/json.txt'
  
−
document.getElementById('searching').style.display = "block";
+
// 過去の検索結果を削除する
−
 
+
−
// remove old elements
+
 
var root = document.getElementById('result');
 
var root = document.getElementById('result');
 
root.textContent = '';
 
root.textContent = '';
Line 176: Line 266:
 
root.removeChild(root.childNodes[i]);
 
root.removeChild(root.childNodes[i]);
  
−
// jsonpを使って検索
+
// 「検索中」を非表示
−
var jsonp = document.createElement('script');
+
−
jsonp.src = url;
+
−
document.head.appendChild(jsonp);
+
−
}
+
−
 
+
−
function hasSearched(jsonp)
+
−
{
+
 
document.getElementById('searching').style.display = "none";
 
document.getElementById('searching').style.display = "none";
 
var root = document.getElementById('result');
 
var root = document.getElementById('result');
  
−
var result = jsonp;
+
// var result = jsonp;
 
//var result = JSON.parse(escape(jsonp));
 
//var result = JSON.parse(escape(jsonp));
 
document.getElementById('hit').innerHTML = 'result. ' + escape(result.length) + ' hit(s).';
 
document.getElementById('hit').innerHTML = 'result. ' + escape(result.length) + ' hit(s).';
−
// 最長文字数を調べる
+
// チェックボックスを並べるため、最長文字数を調べる
 
var lenmax = 0;
 
var lenmax = 0;
 
for(var i = 0; i < result.length; i ++){
 
for(var i = 0; i < result.length; i ++){
Line 198: Line 281:
 
lenmax += 6; // "(meta)"分
 
lenmax += 6; // "(meta)"分
 
lenmax /= 1.5;
 
lenmax /= 1.5;
 +
// チェックボックスの作成
 
for(var i = 0; i < result.length; i ++){
 
for(var i = 0; i < result.length; i ++){
 
var span = document.createElement('span');
 
var span = document.createElement('span');
Line 215: Line 299:
 
var title = document.createElement('label');
 
var title = document.createElement('label');
 
title.setAttribute('for', attrEscape(result[i].title));
 
title.setAttribute('for', attrEscape(result[i].title));
−
title.innerHTML = escape(result[i].title) + ' <a href="' + result[i].meta["Method link"] + '" target="_blank">(meta)</a>';
+
title.innerHTML = escape(result[i].title) + ' <a href="' + result[i]["Method link"] + '" target="_blank">(meta)</a>';
 
span.appendChild(title);
 
span.appendChild(title);
  
 
root.appendChild(span);
 
root.appendChild(span);
 
}
 
}
 +
// 検索ボタンを有効化
 
document.getElementById("searchButton").disabled = false;
 
document.getElementById("searchButton").disabled = false;
  
 
document.getElementById("graphform").style.display = "block";
 
document.getElementById("graphform").style.display = "block";
 
}
 
}
 +
// チェックボックスの状態に応じて、グラフ表示ボタンを有効/無効化する /////////////////
 +
// return なし
 
function checkSelection()
 
function checkSelection()
 
{
 
{
Line 236: Line 323:
 
document.getElementById("showButton").disabled = disabled;
 
document.getElementById("showButton").disabled = disabled;
 
}
 
}
 +
// すべてのチェックボックスをチェックする/アンチェックする //////////////////////
 +
// return なし
 
function checkAllResult()
 
function checkAllResult()
 
{
 
{
 
var c = document.getElementsByClassName("results");
 
var c = document.getElementsByClassName("results");
 +
 +
// チェックするか、アンチェックするかを調べる
 
var checked = 0;
 
var checked = 0;
 
for(var i = 0; i < c.length; i ++){
 
for(var i = 0; i < c.length; i ++){
Line 247: Line 338:
 
if(checked == c.length)
 
if(checked == c.length)
 
state = false;
 
state = false;
 +
 +
// チェック状態を変更する
 
for(var i = 0; i < c.length; i ++)
 
for(var i = 0; i < c.length; i ++)
 
c[i].checked = state;
 
c[i].checked = state;
  
 
checkSelection();
 
checkSelection();
−
}
 
−
// チャート表示 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
−
function showChart()
 
−
{
 
−
var targets = '';
 
−
var boxes = document.getElementsByName('target');
 
−
for(var i = 0; i < boxes.length; i ++){
 
−
if(boxes[i].checked)
 
−
targets += ',' + boxes[i].value;
 
−
}
 
−
if(targets.length == 0){
 
−
alert("選択してください");
 
−
return;
 
−
}
 
−
targets = targets.substring(1);
 
−
document.getElementById("resetZoomButton").style.visibility = "hidden";
 
−
 
−
document.getElementById("showButton").disabled = true;
 
−
document.getElementById("bar")      .disabled = true;
 
−
document.getElementById("heatmap")  .disabled = true;
 
−
document.getElementById("sortableList").style.display = "none";
 
−
 
−
var sortableList = document.getElementById("sortableList");
 
−
for(var i = sortableList.childNodes.length-1; i >= 0; i --)
 
−
sortableList.removeChild(sortableList.childNodes[i]);
 
−
var rateDiv = document.getElementById("rate");
 
−
for(var i = rateDiv.childNodes.length-1; i >= 0; i --)
 
−
rateDiv.removeChild(rateDiv.childNodes[i]);
 
−
 
−
var chartType;
 
−
if(document.getElementById('bar').checked)
 
−
chartType = 'bar';
 
−
else
 
−
chartType = 'heatmap';
 
−
 
−
retrieveChartData(targets, chartType);
 
−
}
 
−
// データ取得  ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
−
function retrieveChartData(targets, chartType)
 
−
{
 
−
var url = 'https://script.google.com/macros/s/AKfycbxW5WpkJH0PUmmLrMtrluvkaKmz0OTTfeBucudy5-LxalQ7vus/exec?id=' + targets + '&type=' + chartType + '&q=data&callback=hasRetrieved';
 
−
//var url = '/lipo/data.php?id=' +  targets + '&type=' + chartType + '&q=data';
 
−
 
−
// jsonpを使った取得
 
−
var cutoff = document.getElementById("cutoff");
 
−
for(var i = cutoff.childNodes.length-1; i >= 0; i --)
 
−
cutoff.removeChild(cutoff.childNodes[i]);
 
−
var pieRoot = document.getElementById('pieContainer');
 
−
for(var i = pieRoot.childNodes.length-1; i >= 0; i --)
 
−
pieRoot.removeChild(pieRoot.childNodes[i]);
 
−
var root = document.getElementById('container');
 
−
for(var i = root.childNodes.length-1; i >= 0; i --)
 
−
root.removeChild(root.childNodes[i]);
 
−
document.getElementById('retrieving').style.display = "block";
 
−
var jsonp = document.createElement('script');
 
−
jsonp.src = url;
 
−
document.head.appendChild(jsonp);
 
−
}
 
−
 
−
// コールバック関数(jsonp)  ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
−
function hasRetrieved(jsonp)
 
−
{
 
−
document.getElementById('retrieving').style.display = "none";
 
−
 
−
var root = document.getElementById('container');
 
−
// remove old elements
 
−
root.textContent = '';
 
−
// for(var i = root.childNodes.length-1; i >= 0; i --)
 
−
// root.removeChild(root.childNodes[i]);
 
−
 
−
var chartType;
 
−
if(document.getElementById('bar').checked)
 
−
chartType = 'bar';
 
−
else
 
−
chartType = 'heatmap';
 
−
 
−
var cutoff    = document.getElementById("cutoff");
 
−
var cutoffText = document.createElement("input");
 
−
cutoffText.id    = "cutoffValue";
 
−
cutoffText.type  = "number";
 
−
cutoffText.value = 0;
 
−
cutoffText.min  = 0;
 
−
cutoffText.max  = 80;
 
−
cutoffText.style.width = "4em";
 
−
cutoffText.style.textAlign = "right";
 
−
cutoff.appendChild(cutoffText);
 
−
var cutoffButton = document.createElement("input");
 
−
cutoffButton.value = "< cutoff";
 
−
cutoffButton.type  = "button";
 
−
cutoff.appendChild(cutoffButton);
 
−
 
−
var result = jsonp;
 
−
//var result = JSON.parse(escape(jsonp));
 
−
if(chartType == 'bar')
 
−
showBarChart(result);
 
−
else
 
−
showHeatmap(result);
 
−
document.getElementById("showButton").disabled = false;
 
−
document.getElementById("bar")      .disabled = false;
 
−
document.getElementById("heatmap")  .disabled = false;
 
−
document.getElementById("sortableList").style.display = "block";
 
−
}
 
−
 
−
// バーチャート ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
−
var gBarData;
 
−
function getInchiOnBar(seq, x)
 
−
{
 
−
window.open("http://jcbl.jp/wiki/LBG" + gBarData[seq][x], "new");
 
−
console.log(seq + "/" + x + " => " + gBarData[seq][x]);
 
−
}
 
−
var chart;
 
−
var piechart;
 
−
var defaultTickInterval = currentTickInterval = 5;
 
−
// バーチャートのズーム解除 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
−
function unzoomBarCharts() {
 
−
for(var i = 0; i < chart.length; i ++){
 
−
//chart[i].xAxis[0].options.tickInterval = defaultTickInterval;
 
−
chart[i].xAxis[0].isDirty = true;
 
−
chart[i].xAxis[0].setExtremes(null, null, animation=true);
 
−
}
 
−
document.getElementById("resetZoomButton").style.visibility = "hidden";
 
−
}
 
−
// データの切り替え（表示/非表示、0-intensity) ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
−
function setBarchartData()
 
−
{ // inchiキー未処理 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
−
var target = [];
 
−
var cutoff = parseInt(document.getElementById("cutoffValue").value);
 
−
for(var j = 0; j < chart[0].data.length; j ++){
 
−
var not0 = false;
 
−
for(var i = 0; i < chart.length; i ++){
 
−
if(chart[i].data[j][1] >= cutoff){
 
−
not0 = true;
 
−
break;
 
−
}
 
−
}
 
−
target[j] = not0;
 
−
}
 
−
 
−
for(var j = 0; j < chart.length; j ++){
 
−
var i = 0;
 
−
var data = [];
 
−
var xLabels = [];
 
−
for(var k = 0,l = 0; k < chart[j].data.length; k ++){
 
−
if(target[k]){
 
−
// data[i]      = [chart[j].xLabels[k], chart[j].data[k][1]];
 
−
if(document.getElementById("ratio").checked)
 
−
data[i]      = [chart[j].xLabels[k], chart[j].srcdata[k] * 100 / chart[j].max];
 
−
else
 
−
data[i]      = [chart[j].xLabels[k], chart[j].srcdata[k]];
 
−
xLabels[i++] = chart[j].xLabels[k];
 
−
}
 
−
}
 
−
if(document.getElementById("ratio").checked)
 
−
chart[j].yAxis[0].setExtremes(0, 100);
 
−
else
 
−
chart[j].yAxis[0].setExtremes(0, chart[j].max);
 
−
chart[j].yAxis[0].axisTitle.attr({text: "Intensity"});
 
−
chart[j].xAxis[0].categories = xLabels;
 
−
chart[j].series[0].setData(data, true);
 
−
}
 
−
 
−
unzoomBarCharts();
 
−
}
 
−
// 表示 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
−
function showBarChart(result)
 
−
{
 
−
function computeTickInterval(xMin, xMax)
 
−
{
 
−
var zoomRange = xMax - xMin;
 
−
 
−
if(zoomRange <= 2)
 
−
currentTickInterval = 0.5;
 
−
if(zoomRange < 20)
 
−
currentTickInterval = 1;
 
−
else if(zoomRange < 100)
 
−
currentTickInterval = 5;
 
−
}
 
−
 
−
// create ignore 0-intensity button
 
−
document.getElementById("cutoffValue").onchange = function(){
 
−
setBarchartData();
 
−
};
 
−
 
−
// create sortable list
 
−
var sortableList = document.getElementById("sortableList");
 
−
for(var i = 0; i < result[0].map.length; i ++){
 
−
var line = document.createElement("div");
 
−
var cbox = document.createElement("input");
 
−
cbox.setAttribute("type", "checkbox");
 
−
cbox.setAttribute("checked", "yes");
 
−
cbox.setAttribute("seq", i);
 
−
cbox.id = "item" + i;
 
−
cbox.onchange = function(e){
 
−
// 表示/非表示の切り替え
 
−
var seq = this.getAttribute("seq");
 
−
var option;
 
−
if(this.checked){
 
−
option = "block";
 
−
} else {
 
−
option = "none";
 
−
}
 
−
document.getElementById("container" + seq).style.display = option;
 
−
document.getElementById("pieContainer" + seq).style.display = option;
 
−
};
 
−
line.appendChild(cbox);
 
−
var label = document.createElement("label");
 
−
label.setAttribute("for", "item" + i);
 
−
label.innerHTML = (i+1) + "." + escape(result[0].map[i].title);
 
−
line.appendChild(label);
 
−
sortableList.appendChild(line);
 
−
}
 
−
$('#sortableList').sortable({
 
−
cursor: 'move',
 
−
update: function(event, ui){
 
−
var sortableList = document.getElementById("sortableList");
 
−
for(var i = 0; i < sortableList.childNodes.length; i ++){
 
−
var seq = sortableList.childNodes[i].childNodes[0].getAttribute("seq");
 
−
document.getElementById("container" + seq).setAttribute("order", i);
 
−
document.getElementById("pieContainer" + seq).setAttribute("order", i);
 
−
}
 
−
$("#container").html(
 
−
$("#container > div").sort(function(o1,o2)
 
−
{
 
−
var n1 = parseInt($(o1).attr("order"), 10);
 
−
var n2 = parseInt($(o2).attr("order"), 10);
 
−
if(n1 < n2) return -1;
 
−
if(n1 > n2) return 1;
 
−
return 0;
 
−
})
 
−
);
 
−
$("#pieContainer").html(
 
−
$("#pieContainer > div").sort(function(o1,o2)
 
−
{
 
−
var n1 = parseInt($(o1).attr("order"), 10);
 
−
var n2 = parseInt($(o2).attr("order"), 10);
 
−
if(n1 < n2) return -1;
 
−
if(n1 > n2) return 1;
 
−
return 0;
 
−
})
 
−
);
 
−
}
 
−
});
 
−
 
−
// create barchart(s)
 
−
gBarData = [];
 
−
chart    = [];
 
−
piechart = [];
 
−
var root    = document.getElementById('container');
 
−
var pieRoot = document.getElementById('pieContainer');
 
−
for(var i = 0; i < result[0].map.length; i ++){
 
−
gBarData[i] = [];
 
−
// データの整理
 
−
var data = [];
 
−
var srcdata = [];
 
−
var xLabels = [];
 
−
for(var j = 0; j < result[0].map[i].data.length; j ++){
 
−
// data[j] = [attrEscape(result[0].x[j]), attrEscape(result[0].map[i].data[j][0] * 100 / result[0].map[i].max)];
 
−
data[j]    = [attrEscape(result[0].x[j]), attrEscape(result[0].map[i].data[j][0] * 100 / result[0].map[i].max)];
 
−
srcdata[j] = attrEscape(result[0].map[i].data[j][0]);
 
−
xLabels[j] = attrEscape(result[0].x[j]);
 
−
// gBarData[i][j] = inchiEscape(result[0].map[i].data[j][2]); // InChIキー
 
−
var type = result[0].map[i].title.replace(/.*\//,"");
 
−
gBarData[i][j] = type + attrEscape(result[0].x[j]).replace("/","-"); // InChIキー
 
−
}
 
−
 
−
// barchartの追加
 
−
var parent = document.createElement('div');
 
−
parent.id = 'container' + i;
 
−
parent.setAttribute("order", i);
 
−
root.appendChild(parent);
 
−
chart[i] = new Highcharts.Chart({
 
−
chart: {
 
−
type: 'column',
 
−
zoomType: 'x',
 
−
renderTo: parent,
 
−
height: 250,
 
−
resetZoomButton: {
 
−
theme: {
 
−
display: 'none'
 
−
}
 
−
}
 
−
},
 
−
title: {
 
−
text: (i+1) + '.' + attrEscape(result[0].map[i].title)
 
−
},
 
−
xAxis: {
 
−
min: 0,
 
−
type: 'category',
 
−
labels: {
 
−
rotation: -90,
 
−
style: {
 
−
fontSize: '11px',
 
−
fontFamily: 'Verdana, sans-serif'
 
−
},
 
−
step: 1
 
−
},
 
−
events : {
 
−
afterSetExtremes: function(){
 
−
if(!this.chart.options.chart.isZoomed){
 
−
if(this.chart.options.chart.isZoomed !== undefined)
 
−
document.getElementById("resetZoomButton").style.visibility = "visible";
 
−
 
−
var xMin = this.chart.xAxis[0].min;
 
−
var xMax = this.chart.xAxis[0].max;
 
−
 
−
var zmRange = computeTickInterval(xMin, xMax);
 
−
for(var i = 0; i < chart.length; i ++){
 
−
chart[i].xAxis[0].options.tickInterval = zmRange;
 
−
chart[i].xAxis[0].isDirty = true;
 
−
if(chart[i] !== this){
 
−
chart[i].options.chart.isZoomed = true;
 
−
chart[i].xAxis[0].setExtremes(xMin, xMax, true);
 
−
chart[i].options.chart.isZoomed = false;
 
−
}
 
−
}
 
−
}
 
−
},
 
−
}
 
−
},
 
−
scrollbar: {
 
−
enabled: true
 
−
},
 
−
yAxis: {
 
−
min: 0,
 
−
max: 100,
 
−
title: {
 
−
text: 'Relative Intensity(%)'
 
−
}
 
−
},
 
−
legend: {
 
−
enabled: false
 
−
},
 
−
tooltip: {
 
−
pointFormat: '<b>{point.y:.1f} %</b>'
 
−
},
 
−
series: [{
 
−
name: 'Population',
 
−
data: data,
 
−
color: barColor,
 
−
events: {
 
−
  click: function(event) {
 
−
//alert(event.point.name);
 
−
var index = event.target.farthestViewportElement.parentNode.parentElement.id.replace("container","");
 
−
getInchiOnBar(index, event.point.x);
 
−
  }
 
−
}
 
−
}]
 
−
});
 
−
chart[i].xAxis[0].categories = xLabels;
 
−
chart[i].data    = data;
 
−
chart[i].srcdata = srcdata;
 
−
chart[i].max    = result[0].map[i].max;
 
−
chart[i].xLabels = xLabels;
 
−
 
−
// piechartの追加
 
−
var pieParent = document.createElement('div');
 
−
pieParent.id = 'pieContainer' + i;
 
−
pieParent.setAttribute("order", i);
 
−
pieRoot.appendChild(pieParent);
 
−
piechart[i] = new Highcharts.Chart({
 
−
chart: {
 
−
plotBackgroundColor: null,
 
−
plotBorderWidth: null,
 
−
plotShadow: false,
 
−
type: 'pie',
 
−
renderTo: pieParent,
 
−
height: 250
 
−
},
 
−
title: {
 
−
text: (i+1) + '.ratio'
 
−
},
 
−
tooltip: {
 
−
pointFormat: '{series.name}: <b>{point.percentage:.1f}%</b>'
 
−
},
 
−
plotOptions: {
 
−
pie: {
 
−
allowPointSelect: true,
 
−
cursor: 'pointer',
 
−
dataLabels: {
 
−
enabled: true,
 
−
format: '<b>{point.name}</b>: {point.percentage:.1f} %',
 
−
style: {
 
−
color: (Highcharts.theme && Highcharts.theme.contrastTextColor) || 'black'
 
−
}
 
−
}
 
−
}
 
−
},
 
−
series: [{
 
−
name: 'Rate',
 
−
colorByPoint: true,
 
−
data: result[0].map[i].pie,
 
−
events: {
 
−
click: function(event) {
 
−
barColor = event.point.color;
 
−
 
−
var nextType = event.point.name;
 
−
var targets = '';
 
−
var sortableList = document.getElementById("sortableList");
 
−
for(var i = 0; i < sortableList.childNodes.length; i ++){
 
−
var w = sortableList.childNodes[i].childNodes[1].innerHTML.replace(/^[0-9]+./,"").split("/");
 
−
targets += "," + w[0] + "/" + w[1] + "/" + nextType;
 
−
}
 
−
targets = targets.substring(1);
 
−
document.getElementById("showButton").disabled = true;
 
−
document.getElementById("bar")      .disabled = true;
 
−
document.getElementById("heatmap")  .disabled = true;
 
−
document.getElementById("sortableList").style.display = "none";
 
−
 
−
var sortableList = document.getElementById("sortableList");
 
−
for(var i = sortableList.childNodes.length-1; i >= 0; i --)
 
−
sortableList.removeChild(sortableList.childNodes[i]);
 
−
 
−
retrieveChartData(targets, 'bar');
 
−
}
 
−
}
 
−
}]
 
−
});
 
−
}
 
−
// それぞれのレート/全体でのレート
 
−
var ratioCbox = document.createElement("input");
 
−
ratioCbox.setAttribute("type", "checkbox");
 
−
ratioCbox.setAttribute("checked", "no");
 
−
ratioCbox.id = "ratio";
 
−
ratioCbox.onchange = function(e){
 
−
setBarchartData();
 
−
};
 
−
var label = document.createElement("label");
 
−
label.setAttribute("for", "ratio");
 
−
label.innerHTML = "ratio";
 
−
document.getElementById("rate").appendChild(ratioCbox);
 
−
document.getElementById("rate").appendChild(label);
 
−
 
−
resizeChart();
 
−
}
 
−
// ヒートマップ ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
−
var chart;
 
−
var gHeatmapData;
 
−
function getInchiOnHeatmap(seq, x, y) // 未使用
 
−
{
 
−
window.open("http://jcbl.jp/wiki/LBG" + gHeatmapData[seq].map[0].title.replace(/.*\//, "") + gHeatmapData[seq].x[x].replace("/","-"), "new");
 
−
// console.log(seq + "/" + y + "/" + x + " => " + gHeatmapData[seq][y][x]);
 
−
console.log(seq + "/" + y + "/" + x + " => " + gHeatmapData[seq].x[x].replace("/","-"));
 
−
 
−
}
 
−
function jumpToJcbl(inchi)
 
−
{
 
−
window.open("http://jcbl.jp/","new");
 
−
console.log(inchi);
 
−
}
 
−
// データの切り替え（表示/非表示、0-intensity) ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
−
function setHeatmapData(index, seq)
 
−
{
 
−
var i = 0;
 
−
var length = gHeatmapData[index].map.length;
 
−
 
−
var target = [];
 
−
var cutoff = parseInt(document.getElementById("cutoffValue").value);
 
−
var xLabels = [];
 
−
for(var k = 0; k < gHeatmapData[index].map[0].data.length; k ++){
 
−
var not0 = false;
 
−
for(var j = 0; j < length; j ++){
 
−
if(gHeatmapData[index].map[j].data[k][0] >= cutoff){
 
−
not0 = true;
 
−
break;
 
−
}
 
−
}
 
−
target[k] = not0;
 
−
if(not0)
 
−
xLabels[i++] = gHeatmapData[index].x[k];
 
−
}
 
−
 
−
var data = [];
 
−
var yLabels = [];
 
−
chart[index].inchi = [];
 
−
i = 0;
 
−
// 表示されている中での最大値を取得する
 
−
var maxOfDisplayedAll = 0;
 
−
for(var j = 0; j < seq.length && j < length; j ++){
 
−
if(maxOfDisplayedAll < gHeatmapData[index].map[seq[j]].max)
 
−
maxOfDisplayedAll = gHeatmapData[index].map[seq[j]].max;
 
−
}
 
−
var max = 0;
 
−
for(var j = 0; j < seq.length && j < length; j ++){
 
−
if(document.getElementById("eachInRate").checked)
 
−
max = gHeatmapData[index].map[seq[j]].max;
 
−
else
 
−
max = maxOfDisplayedAll;
 
−
// max = gHeatmapData[index].maxOfAll; // 常に全ての最大値を基準にする場合はこちらを使う
 
−
chart[index].inchi[j] = [];
 
−
for(var k = 0,l = 0; k < gHeatmapData[index].map[seq[j]].data.length; k ++){
 
−
if(target[k]){
 
−
data[i] = [l++, seq.length-j-1, attrEscape(gHeatmapData[index].map[seq[j]].data[k][0] * 100 / max)];
 
−
chart[index].inchi[j][k] = inchiEscape(gHeatmapData[index].map[seq[j]].data[k][2]);
 
−
i ++;
 
−
}
 
−
}
 
−
yLabels[j] = (parseInt(seq[j])+1) + "." + attrEscape(gHeatmapData[index].map[seq[j]].title.replace(/\/[^\/]+$/, ""));
 
−
}
 
−
yLabels.reverse();
 
−
chart[index].zoomOut();
 
−
chart[index].series[0].setData(data, true);
 
−
chart[index].yAxis[0].setCategories(yLabels);
 
−
chart[index].xAxis[0].setCategories(xLabels);
 
−
}
 
−
// 表示 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
−
function showHeatmap(result)
 
−
{
 
−
gHeatmapData = [];
 
−
var root = document.getElementById('container');
 
−
 
−
var sortableList = document.getElementById("sortableList");
 
−
chart = [];
 
−
gHeatmapData = result;
 
−
for(var i = 0; i < result.length; i ++){
 
−
// タイトル
 
−
var title = attrEscape(result[i].title);
 
−
 
−
// 親要素
 
−
var parent = document.createElement('div');
 
−
parent.id = 'container' + i;
 
−
root.appendChild(parent);
 
−
 
−
var index = 0;
 
−
var data = [];
 
−
var yLabels = [];
 
−
var length = result[i].map.length
 
−
var inchi = [];
 
−
for(var j = 0; j < length; j ++){
 
−
inchi[j] = [];
 
−
for(var k = 0; k < result[i].map[j].data.length; k ++){
 
−
data[index] = [k, length-j-1, attrEscape(result[i].map[j].data[k][0] * 100 / result[i].map[j].max)];
 
−
// data[index] = [k, length-j-1, attrEscape(result[i].map[j].data[k][0] * 100 / result[i].maxOfAll)];
 
−
inchi[j][k] = inchiEscape(result[i].map[j].data[k][2]);
 
−
index ++;
 
−
}
 
−
yLabels[j] = (j+1) + "." + attrEscape(result[i].map[j].title.replace(/\/[^\/]+$/, ""));
 
−
}
 
−
yLabels.reverse();
 
−
for(var j = 0; j < result[i].x.length; j ++)
 
−
result[i].x[j] = attrEscape(result[i].x[j]);
 
−
 
−
// create ignore 0-intensity button
 
−
document.getElementById("cutoffValue").onchange = function(){
 
−
// 表示/非表示の切り替え // 下と同じなので、後でまとめる
 
−
for(var index = 0; index < chart.length; index ++){
 
−
var sortableList = document.getElementById("sortableList" + index);
 
−
var sequence = [];
 
−
for(var i = 0, j = 0; i < sortableList.childNodes.length; i ++){
 
−
if(sortableList.childNodes[i].childNodes[0].checked)
 
−
sequence[j++] = sortableList.childNodes[i].childNodes[0].getAttribute("seq");
 
−
}
 
−
setHeatmapData(index, sequence);
 
−
}
 
−
};
 
−
 
−
// create sortable list
 
−
var listDiv = document.createElement("div");
 
−
listDiv.id = "sortableList" + i;
 
−
for(var j = 0; j < result[i].map.length; j ++){
 
−
var line = document.createElement("div");
 
−
var cbox = document.createElement("input");
 
−
cbox.setAttribute("type", "checkbox");
 
−
cbox.setAttribute("checked", "yes");
 
−
cbox.setAttribute("seq", j);
 
−
cbox.id = "item" + j;
 
−
cbox.onchange = function(e){
 
−
// 表示/非表示の切り替え
 
−
var index = this.parentElement.parentElement.id.replace("sortableList", "");
 
−
var sortableList = document.getElementById("sortableList" + index);
 
−
var sequence = [];
 
−
for(var i = 0, j = 0; i < sortableList.childNodes.length; i ++){
 
−
if(sortableList.childNodes[i].childNodes[0].checked)
 
−
sequence[j++] = sortableList.childNodes[i].childNodes[0].getAttribute("seq");
 
−
}
 
−
setHeatmapData(index, sequence);
 
−
};
 
−
line.appendChild(cbox);
 
−
var label = document.createElement("label");
 
−
label.setAttribute("for", "item" + j);
 
−
label.innerHTML = (j+1) + "." + escape(result[i].map[j].title);
 
−
line.appendChild(label);
 
−
listDiv.appendChild(line);
 
−
}
 
−
sortableList.appendChild(listDiv);
 
−
$('#sortableList' + i).sortable({
 
−
cursor: 'move',
 
−
update: function(event, ui){
 
−
var index = ui.item[0].parentElement.id.replace("sortableList", "");
 
−
var sortableList = document.getElementById("sortableList" + index);
 
−
var sequence = [];
 
−
for(var i = 0, j = 0; i < sortableList.childNodes.length; i ++){
 
−
if(sortableList.childNodes[i].childNodes[0].checked)
 
−
sequence[j++] = sortableList.childNodes[i].childNodes[0].getAttribute("seq");
 
−
}
 
−
setHeatmapData(index, sequence);
 
−
}
 
−
});
 
−
$('#sortableList').sortable(false);
 
−
 
−
// それぞれのレート/全体でのレート
 
−
var rateCbox = document.createElement("input");
 
−
rateCbox.setAttribute("type", "checkbox");
 
−
rateCbox.setAttribute("checked", "yes");
 
−
rateCbox.id = "eachInRate";
 
−
rateCbox.onchange = function(e){
 
−
// rateの切り替え
 
−
var index = 0; // つであると仮定するので、複数ある場合は修正が必要なことに注意
 
−
var sortableList = document.getElementById("sortableList" + index);
 
−
var sequence = [];
 
−
for(var i = 0, j = 0; i < sortableList.childNodes.length; i ++){
 
−
if(sortableList.childNodes[i].childNodes[0].checked)
 
−
sequence[j++] = sortableList.childNodes[i].childNodes[0].getAttribute("seq");
 
−
}
 
−
setHeatmapData(index, sequence);
 
−
};
 
−
var label = document.createElement("label");
 
−
label.setAttribute("for", "eachInRate");
 
−
label.innerHTML = "Each in rate";
 
−
document.getElementById("rate").appendChild(rateCbox);
 
−
document.getElementById("rate").appendChild(label);
 
−
 
−
// ヒートマップ
 
−
chart[i] = new Highcharts.Chart({
 
−
 
−
chart: {
 
−
type: 'heatmap',
 
−
zoomType: 'xy',
 
−
animation: 1,
 
−
marginBottom: 0,
 
−
plotBorderWidth: 1,
 
−
renderTo: parent,
 
−
animation: true,
 
−
},
 
−
 
−
scrollbar: {
 
−
enabled: true
 
−
},
 
−
 
−
title: {
 
−
text: title,
 
−
align: 'left'
 
−
},
 
−
 
−
xAxis: {
 
−
categories: result[i].x,
 
−
opposite: true,
 
−
labels: {
 
−
rotation: -90,
 
−
style: {
 
−
fontSize: '11px',
 
−
fontFamily: 'Verdana, sans-serif'
 
−
},
 
−
step: 1
 
−
},
 
−
},
 
−
 
−
yAxis: {
 
−
categories: yLabels,
 
−
title: null,
 
−
labels: {
 
−
step: 1
 
−
}
 
−
},
 
−
 
−
colorAxis: {
 
−
min: 0,
 
−
max: 100,
 
−
minColor: '#ffffff',
 
−
maxColor: Highcharts.getOptions().colors[8]
 
−
},
 
−
 
−
legend: {
 
−
align: 'right',
 
−
layout: 'vertical',
 
−
margin: 0,
 
−
verticalAlign: 'top',
 
−
y: 100,
 
−
symbolHeight: 145
 
−
},
 
−
 
−
tooltip: {
 
−
formatter: function () {
 
−
return this.series.yAxis.categories[this.point.y] + '<br />' +
 
−
this.series.xAxis.categories[this.point.x] + '<br />' +
 
−
(Math.round(this.point.value*10)/10) + ' %';
 
−
}
 
−
},
 
−
 
−
series: [{
 
−
name: 'HEK',
 
−
borderWidth: 1,
 
−
data: data,
 
−
dataLabels: {
 
−
enabled: false,
 
−
color: '#000000'
 
−
},
 
−
point: {
 
−
events: {
 
−
/*mouseOver: function() {
 
−
var index = event.target.farthestViewportElement.parentNode.parentElement.id.replace("container", "");
 
−
var target = getTarget(this.series.chart.xAxis[0].labelGroup.element.childNodes, result[index].x[this.x]);
 
−
if(target != null){
 
−
target.css('fill', 'red');
 
−
target.css('fontWeight', 'bold');
 
−
}
 
−
 
−
  $(this.series.chart.yAxis[0].labelGroup.element.childNodes[this.y]).css('fill', 'red');
 
−
  $(this.series.chart.yAxis[0].labelGroup.element.childNodes[this.y]).css('fontWeight', 'bold');
 
−
},
 
−
mouseOut: function() {
 
−
var index = event.target.farthestViewportElement.parentNode.parentElement.id.replace("container", "");
 
−
var target = getTarget(this.series.chart.xAxis[0].labelGroup.element.childNodes, result[index].x[this.x]);
 
−
if(target != null){
 
−
target.css('fill', '#666666');
 
−
target.css('fontWeight', '');
 
−
}
 
−
 
−
$(this.series.chart.yAxis[0].labelGroup.element.childNodes[this.y]).css('fill', '#666666');
 
−
$(this.series.chart.yAxis[0].labelGroup.element.childNodes[this.y]).css('fontWeight', '');
 
−
},*/
 
−
click: function(event){
 
−
// var index = event.target.farthestViewportElement.parentNode.parentElement.id.replace("container","");
 
−
getInchiOnHeatmap(0, event.point.x, event.point.y);
 
−
// jumpToJcbl(event.point.series.chart.inchi[event.point.y][event.point.x]);
 
−
}
 
−
}
 
−
}
 
−
}]
 
−
 
−
});
 
−
chart[i].inchi = inchi;
 
−
//chart.setSize(600,300,false);
 
−
}
 
−
resizeChart();
 
−
}
 
−
 
−
// ※未使用※ ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
−
function getTarget(children, target)
 
−
{
 
−
for(var i = 0; i < children.length; i ++){
 
−
if(target == children[i].childNodes[0].textContent){
 
−
return $(children[i]);
 
−
}
 
−
// console.log(children[i].childNodes[0].textContent);
 
−
}
 
−
return null;
 
 
}
 
}

Latest revision as of 09:04, 25 October 2018

// Last-Update: 2018/10/11
// html /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
// <span id="search"></span><span id="show"></span>
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
//
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

// external script //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
mw.loader.load( ['jquery.ui.sortable'] );
mw.loader.load('https://code.highcharts.com/stock/highstock.js', "text/javascript");
importScript( 'MediaWiki:LipoqualityCommon.js' );
importScript( 'MediaWiki:LipoqualityGet.js'    );
importScript( 'MediaWiki:LipoqualitySearch.js' );
importScript( 'MediaWiki:LipoqualityChart.js'  );

// initialize //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
addOnloadHook(lipoqulityInit); 

var gChartType;

// 初期化 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
function lipoqulityInit()
{
	// highstock.jsに依存するため、別で読み込む
	var heatmapJS = document.createElement("script");
	heatmapJS.src = "https://code.highcharts.com/modules/heatmap.js";
	document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(heatmapJS);
	var exportingJS = document.createElement("script");
	exportingJS.src = "https://code.highcharts.com/modules/exporting.js";
	document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(exportingJS);

	// 検索、表示、チェックボタンを作成
		// 検索ボタン
	var searchButton = document.createElement("input");
	searchButton.value    = "search";
	searchButton.id       = "searchButton";
	searchButton.type     = "button";
	searchButton.disabled = true;
	searchButton.style.width = "100%";
	searchButton.onclick = function(){
		var sampleSource = document.getElementById("samplesource").value;
		var sampleType   = document.getElementById("sampletype").value;
		var lipidClass   = document.getElementById("lipidclass").value;
		search(sampleSource, sampleType, lipidClass);
	};
	document.getElementById("search").appendChild(searchButton);
		// グラフ表示ボタン
	var showButton = document.createElement("input");
	showButton.value = "show graph";
	showButton.id    = "showButton";
	showButton.type  = "button";
	showButton.disabled = true;
	showButton.onclick = function(){barColor = DEFAULT_BAR_COLOR; showChart(getSelectedIDs())};
	document.getElementById("show").appendChild(showButton);
		// チェックボタン
	var checkButton = document.createElement("input");
	checkButton.value = "all check/uncheck";
	checkButton.id    = "allswitch";
	checkButton.type  = "button";
	checkButton.onclick = function(){checkAllResult()};
	document.getElementById("check").appendChild(checkButton);
	document.getElementById("graphform").style.display = "none";

	// コンポーネント初期化
	lipoqulityChartInit();

	// コンボボックスの初期化
	setCombobox('SampleSource');
	setCombobox('SampleType');
	setCombobox('LipidClass');

	// 全データの取得
	retrieveAllDataFromText(hasRetrievedAllData);
}
// 全データの取得が完了した後の処理 /////////////////////////////////////
// return なし
function hasRetrievedAllData()
{
	// GETメソッドによる検索を行う場合の処理 /////////////////////////////
	var query  = window.location.search.substring(1);
	var params = query.split('&');
	var sampleSource = "All";
	var sampleType   = "All";
	var lipidClass   = "";
	var chain        = "";
	var chart        = "";
	var species      = "";
	var sampleName   = "";
	// パラメータの取得
	// ss = SampleSource - デフォルトはAll
	// st = SampleType - デフォルトはAll
	// lc = LipidClass - デフォルトは空文字。この文字列が入っていないと、検索は行わない
	// chain = Lipid chain - chainグラフの表示には必須項目。16:0/16:0/16:0のようにスラッシュ区切り
	for(var i = 0; i < params.length; i++){
		var w = params[i].split('=');
		var name  = decodeURIComponent(w[0]);
		var value = decodeURIComponent(w[1]);
		if(name == "ss"){ // sample source
			sampleSource = value;

		} else if(name == "st"){ // sample type
			sampleType = value;

		} else if(name == "lc"){ // lipid class
			lipidClass = value;

		} else if(name == "ct"){ // lipid chain
			chart = value;

		} else if(name == "sp"){ // species
			species = value;

		} else if(name == "sn"){ // sample name
			sampleName = value;
		}
	}
// speciesが指定された場合、対象データ以外を削除する ///////////
	if(species.length > 0){
		var spReg = new RegExp(translateForReg(species), "i");
		for(key in gAllData){
			if(!spReg.test(key)){ // speciesが合致するか
				delete gAllData[key];
			}
		}
	}
////////////////////////////////////////////////////////////////
	var index = lipidClass.indexOf(" ");
	if(index > 0){
		chain = lipidClass.substring(index+1);
		lipidClass = lipidClass.substring(0, index);
	} else {
		index = lipidClass.indexOf("(");
		if(index >= 0){
			chain = lipidClass.substring(index+1, lipidClass.length-1);
			lipidClass = lipidClass.substring(0, index);
		}
	}
	if(chart == "c" && chain.length > 0){
		// lipidclass基準の棒グラフを表示
		selectCombobox([sampleSource, sampleType, lipidClass]);
		var result = retrieveChainData(sampleName, sampleSource, sampleType, lipidClass, chain); // speciesからsamplenameに変更
		if(result.x.length > 0){
			showChainChart(result);
		}

	} else if(chart == "b" && lipidClass.length > 0){
		// bar(棒グラフ)を表示
		selectCombobox([sampleSource, sampleType, lipidClass]);
		search(sampleSource, sampleType, lipidClass);
		if(document.getElementsByClassName("results").length > 0){
			document.getElementById('allswitch').click();
			document.getElementById('bar').checked = true;
			showChart(getSelectedIDs());
		}
	}

	document.getElementById('loading').style.display = "none";
	// 検索ボタンは有効化しておく
	document.getElementById("searchButton").disabled = false;
}
function getSelectedIDs()
{
	var targets = [];
	var boxes = document.getElementsByName('target');
	for(var i = 0; i < boxes.length; i ++){
		if(boxes[i].checked)
			targets.push(boxes[i].value);
	}
	if(targets.length == 0){
		alert("選択してください");
		return [];
	}
	return targets;
}
// 検索ボックスの初期化 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
// param name カテゴリ名
// return なし
function setCombobox(name)
{
	var url = '/mediawiki/api.php?action=query&prop=revisions&redirects=1&titles=Lipoquality:' + name + '&rvprop=content&format=xml'

	var xmlHttpRequest = new XMLHttpRequest();
	xmlHttpRequest.onreadystatechange = function()
	{
		var READYSTATE_COMPLETED = 4;
		if(this.readyState == READYSTATE_COMPLETED){
			var HTTP_STATUS_OK = 200;
			if(this.status == HTTP_STATUS_OK) {
				// success
				var parser = new DOMParser();
				var dom = parser.parseFromString(this.response.trim(), "text/xml");
				var text = dom.getElementsByTagName("rev");
				var lines = text[0].textContent.split("\n");
				var select = document.getElementById(name.toLowerCase());
				if(name != 'LipidClass')
					lines.unshift('All');
				for(var i = 0; i < lines.length; i ++){
					var opt = document.createElement('option');
					opt.value = opt.textContent = lines[i].replace(/^\*/, '').replace(/^ */, '').replace(/ *$/, '').replace(/"/g, "&quot;").replace(/'/g, "&rsquo");;
					select.appendChild(opt);
				}
			} else {
				// error
				console.log('search failed. ' + this.status + ':' + this.statusText + "/" + this.readyState);
			}
		}
	}

	// AJAXを使って、コンボボックスの選択項目を取得する
	xmlHttpRequest.open('GET', url, true);
	xmlHttpRequest.responseType = 'text';
	xmlHttpRequest.send(null);
}
// 指定されたコンボボックスの値をセットする /////////////////////////////////////
// param targets - 選択するSampleSource, SampleType, LipidClassの項目値
// return なし
function selectCombobox(targets)
{
	var ids = ["samplesource", "sampletype", "lipidclass"];

	// 一つでもコンボボックスの初期化が終わっていなければ、処理を後回しにする
	var counter = 1;
	for(var i = 0; i < ids.length; i ++)
		counter *= document.getElementById(ids[i]).options.length;
	if(counter == 0){
		window.setTimeout( function() { selectCombobox(targets) }, 50 );
		return;
	}

	// コンボボックスの値をセットする
	for(var i = 0; i < ids.length; i ++){
		var cb = document.getElementById(ids[i]);
		for(var j = 0; j < cb.options.length; j ++){
			if(cb.options[j].value == targets[i]){
				cb.selectedIndex = j;
				break;
			}
		}
	}
}
// 検索 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
// param sampleSource - 検索対象のSampleSource
// param sampleType   - 検索対象のSampleType
// param lipidClass   - 検索対象のLipidClass
// return なし
function search(sampleSource, sampleType, lipidClass)
{
	// 検索ボタン等を無効化しておく
	document.getElementById("searchButton").disabled      = true;
	document.getElementById("showButton")  .disabled      = true;
	document.getElementById('hit')         .innerHTML     = "";
	document.getElementById("graphform")   .style.display = "none";

	// 「検索中」を表示
	document.getElementById('searching').style.display = "block";

	// 検索を行う
	var result = lipoqualitySearch(sampleSource, sampleType, lipidClass);
//	var url = 'https://script.google.com/macros/s/AKfycbxW5WpkJH0PUmmLrMtrluvkaKmz0OTTfeBucudy5-LxalQ7vus/exec?classification=' + classification + '&sample=' + sample + '&type=' + type + '&q=search&callback=hasSearched';
//	var url = '/lipo/json.txt'

	// 過去の検索結果を削除する
	var root = document.getElementById('result');
	root.textContent = '';
	for(var i = root.childNodes.length-1; i >= 0; i --)
		root.removeChild(root.childNodes[i]);

	// 「検索中」を非表示
	document.getElementById('searching').style.display = "none";
	var root = document.getElementById('result');

//	var result = jsonp;
	//var result = JSON.parse(escape(jsonp));
	document.getElementById('hit').innerHTML = 'result. ' + escape(result.length) + ' hit(s).';
	// チェックボックスを並べるため、最長文字数を調べる
	var lenmax = 0;
	for(var i = 0; i < result.length; i ++){
		if(result[i].title.length > lenmax)
			lenmax = result[i].title.length;
	}
	lenmax += 6; // "(meta)"分
	lenmax /= 1.5;
	// チェックボックスの作成
	for(var i = 0; i < result.length; i ++){
		var span = document.createElement('span');
		span.style.display = "inline-block";
		span.style.width   = lenmax + "em";

		var check = document.createElement('input');
		check.type = 'checkbox';
		check.id	= attrEscape(result[i].title);
		check.value = attrEscape(result[i].title);
		check.name  = 'target';
		check.className = "results";
		check.onchange = function(e){
			checkSelection();
		};
		span.appendChild(check);
		var title = document.createElement('label');
		title.setAttribute('for', attrEscape(result[i].title));
		title.innerHTML = escape(result[i].title) + ' <a href="' + result[i]["Method link"] + '" target="_blank">(meta)</a>';
		span.appendChild(title);

		root.appendChild(span);
	}
	// 検索ボタンを有効化
	document.getElementById("searchButton").disabled = false;

	document.getElementById("graphform").style.display = "block";
}
// チェックボックスの状態に応じて、グラフ表示ボタンを有効/無効化する /////////////////
// return なし
function checkSelection()
{
	var c = document.getElementsByClassName("results");
	var disabled = true;
	for(var i = 0; i < c.length; i ++){
		if(c[i].checked){
			disabled = false;
			break;
		}
	}
	document.getElementById("showButton").disabled = disabled;
}
// すべてのチェックボックスをチェックする/アンチェックする //////////////////////
// return なし
function checkAllResult()
{
	var c = document.getElementsByClassName("results");

	// チェックするか、アンチェックするかを調べる
	var checked = 0;
	for(var i = 0; i < c.length; i ++){
		if(c[i].checked)
			checked ++;
	}
	var state = true;
	if(checked == c.length)
		state = false;

	// チェック状態を変更する
	for(var i = 0; i < c.length; i ++)
		c[i].checked = state;

	checkSelection();
}
Retrieved from "http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=MediaWiki:Lipoquality.js&oldid=315409"
Personal tools
Namespaces

Variants
Actions
Navigation
metabolites
Toolbox