Aritalab:Lecture/Bioinformatics

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; 【授業計画】 各回の主テーマと、カッコ内に具体的なトピックを記します。
 
; 【授業計画】 各回の主テーマと、カッコ内に具体的なトピックを記します。
  
#ガイダンス (バイオインフォマティクスとは何か)
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#ガイダンス
## [[Aritalab:Lecture/Algorithm/Fibonacci|フィボナッチ数列]]
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## バイオインフォマティクスとは何か
## [[Aritalab:Lecture/Algorithm/BigO|O記法]]
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## バイオインフォマティクスの歴史
 
#アルゴリズムと計算量 (計算量の記法、アルゴリズムの定義)
 
#アルゴリズムと計算量 (計算量の記法、アルゴリズムの定義)
 
## [[Aritalab:Lecture/Automata/TM|チューリング機械]]
 
## [[Aritalab:Lecture/Automata/TM|チューリング機械]]
 
## [[Aritalab:Lecture/Algorithm/NP|PとNP]]
 
## [[Aritalab:Lecture/Algorithm/NP|PとNP]]
## [[Aritalab:Lecture/Algorithm/CooksTheorem|クックの定理]] (&larr; 試験範囲外)
 
 
#<s>分子生物学の基礎 (配列情報と生物学の関係)</s>
 
#<s>分子生物学の基礎 (配列情報と生物学の関係)</s>
#全解探索 (制限酵素マッピング、モチーフ探索)<br/>教科書にある全解探索の見積もり方法を理解しておきましょう。
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#全解探索 (制限酵素マッピング、モチーフ探索)
## [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/PartialDigestion|制限酵素マッピング]]
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## [[Aritalab:Lecture/Bioinformatics/MotifFinding|モチーフ発見]]
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#貪欲アルゴリズム (ゲノムリアレンジメント、リバーサル)[笠原]
 
#貪欲アルゴリズム (ゲノムリアレンジメント、リバーサル)[笠原]

Revision as of 14:27, 17 October 2011

Contents

生物情報学

基礎論I

【授業計画】 各回の主テーマと、カッコ内に具体的なトピックを記します。
  1. ガイダンス
    1. バイオインフォマティクスとは何か
    2. バイオインフォマティクスの歴史
  2. アルゴリズムと計算量 (計算量の記法、アルゴリズムの定義)
    1. チューリング機械
    2. PとNP
  3. 分子生物学の基礎 (配列情報と生物学の関係)
  4. 全解探索 (制限酵素マッピング、モチーフ探索)


教科書

“An Introduction to Bioinformatics Algorithms” Jones and Pevzner (MIT Press) 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」 Jones and Pevzner(著)、渋谷・坂内(訳)共立出版

評価方法

出席及び筆記試験。試験問題は授業を担当する各先生が作成します。

  • 有田部分は、テキストに載っている簡単な事項に加え、授業内で解説した本ウェブサイト上の内容から出題します。ただし、Cookの定理の詳細と、授業で説明していないのにウェブ上で説明されている事項(例えばチューリング機械の等価性)に関する出題はありません。


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