Revision as of 11:11, 3 June 2011

生物情報学

基礎論I

【授業計画】　各回の主テーマと、カッコ内に具体的なトピックを記します。

まだ資料を作成中で夏以降に決定します。

1. ガイダンス　（バイオインフォマティクスとは何か）
   1. フィボナッチ数列
   2. O記法
2. アルゴリズムと計算量　（計算量の記法、アルゴリズムの定義）
   1. チューリング機械
   2. PとNP
   3. クックの定理　（← 試験範囲外）
3. 分子生物学の基礎　（配列情報と生物学の関係）
4. 全解探索　（制限酵素マッピング、モチーフ探索）
   教科書にある全解探索の見積もり方法を理解しておきましょう。
   1. 制限酵素マッピング
   2. モチーフ発見

教科書

“An Introduction to Bioinformatics Algorithms” Jones and Pevzner (MIT Press) 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」 Jones and Pevzner（著）、渋谷・坂内（訳）共立出版

評価方法

出席及び筆記試験。試験問題は授業を担当する各先生が作成します。

• 有田部分は、テキストに載っている簡単な事項に加え、授業内で解説した本ウェブサイト上の内容から出題します。ただし、Cookの定理の詳細と、授業で説明していないのにウェブ上で説明されている事項（例えばチューリング機械の等価性）に関する出題はありません。

早めに成績評価が必要な上級生へ (last updated 1/28)

４年生の人で卒業単位の判定が２月上旬になる場合、以下の問題を解いたレポートを有田まで送ってください。単位の判定に間に合うように成績を評価します。

Problem 5.17

Problem 6.28

Problem 8.13

Problem 9.9

Problem 10.14