Aritalab:Lecture/Bioinformatics
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#全解探索 （制限酵素マッピング、モチーフ探索）[有田] | #全解探索 （制限酵素マッピング、モチーフ探索）[有田] | ||
#貪欲アルゴリズム （ゲノムリアレンジメント、リバーサル）[笠原] | #貪欲アルゴリズム （ゲノムリアレンジメント、リバーサル）[笠原] | ||
Revision as of 17:45, 19 October 2010
生物情報学基礎論I
- 【授業計画】 各回の主テーマと、カッコ内に具体的なトピックを記す。
- ガイダンス （バイオインフォマティクスとは何か）[有田]
- アルゴリズムと計算量 （計算量の記法、アルゴリズムの定義）[有田]
分子生物学の基礎 （配列情報と生物学の関係）[有田]- 全解探索 （制限酵素マッピング、モチーフ探索）[有田]
- 貪欲アルゴリズム （ゲノムリアレンジメント、リバーサル）[笠原]
- 動的計画法 （編集距離とアライメント、スコア行列）[笠原]
- 動的計画法その２ （各種アライメント、最適化への応用）[笠原]
- 分割統治法 （ブロックアライメント）[木立]
- グラフアルゴリズム （ハミルトン経路、タンパク質アラインメント）[笠原]
- 組み合わせパターンマッチング （ハッシュ、接尾辞木、接尾辞行列）[笠原]
- クラスタリングと系統樹 （系統樹の構築と最適化の基準）[木立]
- 隠れマルコフモデル （ＨＭＭ，ＨＭＭアライメント）[木立]
- 乱択アルゴリズム （ギブスサンプラー）[木立]
教科書
“An Introduction to Bioinformatics Algorithms” Jones and Pevzner (MIT Press) 「バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門」 Jones and Pevzner（著）、渋谷・坂内（訳）共立出版
評価方法
出席及び筆記試験
