Aritalab:Lecture/NetworkBiology

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(ネットワーク生物学)
 
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==ネットワーク生物学==
 
==ネットワーク生物学==
  
===概要===
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* [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Network|ネットワークとはなにか]]
代謝やシグナル伝達経路から社会、ウェブネットワークに至るまで、様々な実体のネットワークモデルおよびその解析法を概観することを目標とする。
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* [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Erdos-Renyi_Model|エルデシュ・レニイモデル]]
具体的には、最新の研究トピックを適時交えながら、ネットワーク解析の基礎について解説する。以下の数理モデルについて、それぞれ生物学的な例や知見を紹介する。
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* [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/CC_APL|クラスター係数、平均頂点間距離]]
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* [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Link_Analysis|リンク解析]]
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* [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Degree_Distribution|次数分布]]
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* [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Watts-Strogatz_Model|スモールワールド]]
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* [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Barabasi-Albert_Model|スケールフリー性、バラバシ・アルバートモデル]]
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* [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Percolation|パーコレーション]]
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* [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Percolation_on_Graph|グラフ上のパーコレーション]]
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* [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Contact Process|コンタクトプロセス]]
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* [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Markov_Chains/Birth-death_Process|出生死亡過程]]
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参考
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* [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Random Walk|ランダムウォーク]]
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* [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Markov_Chains|マルコフ連鎖]]
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===授業内容===
 
* 4/14 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Barabasi-Albert_Model|スケールフリー性とバラバシ・アルバートモデル]]
 
* 4/21 休講
 
* 4/28 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Erdos-Renyi_Model|クラスター係数、平均頂点間距離と、エルデシュ・レニイモデル]]
 
** [[Aritalab:Lecture/Programming/Environment|Javaプログラミングの準備]]
 
** [[Aritalab:Lecture/Programming|プログラミングの作法]]
 
* 5/12 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Link_Analysis|リンク解析]]
 
** [[Aritalab:Lecture/Programming/Java|Javaの書き方]]
 
** [[Aritalab:Lecture/Programming/Java/LinkedList|2重リンクリスト]]
 
* 5/19 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Markov_Chains|マルコフ連鎖]]
 
** 前回と同じ
 
* 5/26 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Random Walk|ランダムウォーク]] (拡散係数の部分を修正しました 5/26)
 
** [[Aritalab:Lecture/Programming/Java/Random|乱数の作り方]]
 
* 6/2 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Markov_Chains/Birth-death_Process|出生死亡過程]]
 
** 課題: 1,2次元格子のランダムウォークが再帰的であり、3次元格子の場合はそうでないことをシミュレーションで確認してください (どれくらいの時間が必要でしょう) 〆切 6/20 ([[Aritalab:Lecture/Programming|提出方法]])
 
* 6/9 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Percolation|パーコレーション]]
 
* 6/16 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Percolation_on_Graph|グラフ上のパーコレーション]]
 
* 6/24 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Contact Process|コンタクトプロセス]]
 
* 6/30 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Watts-Strogatz_Model|スモールワールド]]
 
** 課題: 二次元正方格子におけるパーコレーション確率を、シミュレーションで確認してください 〆切 7/15
 
* 7/7 ネットワークモチーフ
 
* 7/14
 
* 7/21
 
 
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Latest revision as of 11:37, 6 August 2016

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Contents

[edit] ネットワーク生物学


参考


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