Aritalab:Lecture/NetworkBiology

Revision as of 08:18, 25 December 2012

ネットワーク生物学

概要

代謝やシグナル伝達経路から社会、ウェブネットワークに至るまで、様々な実体のネットワークモデルおよびその解析法を概観することを目標とする。 具体的には、最新の研究トピックを適時交えながら、ネットワーク解析の基礎について解説する。以下の数理モデルについて、それぞれ生物学的な例や知見を紹介する。

授業内容

• 11/30 スケールフリー性、バラバシ・アルバートモデル
• 12/7 クラスター係数、平均頂点間距離、エルデシュ・レニイモデル, スモールワールド
• 12/14 リンク解析, ランダムウォーク
• 12/21 休講

冬休みの課題

スケールフリー性またはスモールワールド性を扱っている生物系の論文を読み、それらの特徴から生物学としておもしろい結果が得られているかどうかレポートしてください。論文の概要と、そこで示されている考え方の根拠がわかるように説明をお願いします。

長さ: A4用紙に3枚以上とします。関連する論文を複数扱っても構いません。

提出方法： Word または PDF を arita(AT)bi.s.su-tokyo.ac.jp まで送ってください。タイトルに「ネットワーク生物課題」としてください。

〆切: １月１１日

• 1/11 マルコフ連鎖
• 1/18 パーコレーション, グラフ上のパーコレーション
• 1/25 コンタクトプロセス
• 2/1 出生死亡過程