Aritalab:Lecture/NetworkBiology

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===授業内容===
 
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* 4/14 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Barabasi-Albert_Model|スケールフリー性とバラバシ・アルバートモデル]]
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* 11/30 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Barabasi-Albert_Model|スケールフリー性、バラバシ・アルバートモデル]]
* 4/21 休講
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* 12/7 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Erdos-Renyi_Model|クラスター係数、平均頂点間距離、エルデシュ・レニイモデル]], [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Watts-Strogatz_Model|スモールワールド]]
* 4/28 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Erdos-Renyi_Model|クラスター係数、平均頂点間距離と、エルデシュ・レニイモデル]]
+
* 12/14 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Link_Analysis|リンク解析]], [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Random Walk|ランダムウォーク]]
* 5/12 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Link_Analysis|リンク解析]]
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* 12/21 休講
* 5/19 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Markov_Chains|マルコフ連鎖]]
+
* 1/11 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Markov_Chains|マルコフ連鎖]]
** 前回と同じ
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* 1/18 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Percolation|パーコレーション]], [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Percolation_on_Graph|グラフ上のパーコレーション]]
* 5/26 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Random Walk|ランダムウォーク]] (拡散係数の部分を修正しました 5/26)
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* 1/25 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Contact Process|コンタクトプロセス]]
* 6/2 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Markov_Chains/Birth-death_Process|出生死亡過程]]
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* 2/1 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Markov_Chains/Birth-death_Process|出生死亡過程]]
** 課題: 1,2次元格子のランダムウォークが再帰的であり、3次元格子の場合はそうでないことをシミュレーションで確認してください (どれくらいの時間が必要でしょう) 〆切 6/20 ([[Aritalab:Lecture/Programming|提出方法]])
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* 6/9 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Percolation|パーコレーション]]
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* 6/16 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Percolation_on_Graph|グラフ上のパーコレーション]]
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* 6/24 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Contact Process|コンタクトプロセス]]
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* 6/30 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Watts-Strogatz_Model|スモールワールド]]
+
** 課題: 二次元正方格子におけるパーコレーション確率を、シミュレーションで確認してください 〆切 7/15
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** 代替課題: [http://www.cs.cornell.edu/home/kleinber/swn.d/swn.html Kleinbergによるメッセージ伝達アルゴリズム] の挙動をシミュレーションで確認してください
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* 7/7 [[Aritalab:Lecture/Biochem/Modularity|ネットワークモジュール]]
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* 7/14
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* 7/21 Zipfの法則とスケールフリー
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Revision as of 13:05, 29 November 2012

Wiki Top Up one level レポートの書き方 Arita Laboratory

Contents

ネットワーク生物学

概要

代謝やシグナル伝達経路から社会、ウェブネットワークに至るまで、様々な実体のネットワークモデルおよびその解析法を概観することを目標とする。 具体的には、最新の研究トピックを適時交えながら、ネットワーク解析の基礎について解説する。以下の数理モデルについて、それぞれ生物学的な例や知見を紹介する。

授業内容


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