Aritalab:Lecture/NetworkBiology

Revision as of 14:24, 15 December 2011

代謝やシグナル伝達経路から社会、ウェブネットワークに至るまで、様々な実体のネットワークモデルおよびその解析法を概観することを目標とする。具体的には、最新の研究トピックを適時交えながら、ネットワーク解析の基礎について解説する。以下の数理モデルについて、それぞれ生物学的な例や知見を紹介する。

4/14 スケールフリー性とバラバシ・アルバートモデル
4/21 休講
4/28 クラスター係数、平均頂点間距離と、エルデシュ・レニイモデル
5/12 リンク解析
5/19 マルコフ連鎖
- 前回と同じ
5/26 ランダムウォーク　(拡散係数の部分を修正しました 5/26)
6/2 出生死亡過程
- 課題: １，２次元格子のランダムウォークが再帰的であり、３次元格子の場合はそうでないことをシミュレーションで確認してください　（どれくらいの時間が必要でしょう）　〆切 6/20 （提出方法）
6/9 パーコレーション
6/16 グラフ上のパーコレーション
6/24 コンタクトプロセス
6/30 スモールワールド
- 課題: 二次元正方格子におけるパーコレーション確率を、シミュレーションで確認してください　〆切 7/15
- 代替課題: Kleinbergによるメッセージ伝達アルゴリズムの挙動をシミュレーションで確認してください
7/7 ネットワークモジュール
7/14
7/21 Zipfの法則とスケールフリー

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 * 4/21 休講
 * 4/28 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Erdos-Renyi_Model|クラスター係数、平均頂点間距離と、エルデシュ・レニイモデル]]
-** [[Aritalab:Lecture/Programming/Environment|Javaプログラミングの準備]]
-** [[Aritalab:Lecture/Programming|プログラミングの作法]]
 * 5/12 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Link_Analysis|リンク解析]]
-** [[Aritalab:Lecture/Programming/Java|Javaの書き方]]
-** [[Aritalab:Lecture/Programming/Java/LinkedList|２重リンクリスト]]
 * 5/19 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Markov_Chains|マルコフ連鎖]]
 ** 前回と同じ
 * 5/26 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Random Walk|ランダムウォーク]]　(拡散係数の部分を修正しました 5/26)
-** [[Aritalab:Lecture/Programming/Java/Random|乱数の作り方]]
 * 6/2 [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Markov_Chains/Birth-death_Process|出生死亡過程]]
 ** 課題: １，２次元格子のランダムウォークが再帰的であり、３次元格子の場合はそうでないことをシミュレーションで確認してください　（どれくらいの時間が必要でしょう）　〆切 6/20 （[[Aritalab:Lecture/Programming|提出方法]]）