Aritalab:Lecture/NetworkBiology
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Revision as of 09:25, 7 July 2011
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ネットワーク生物学
概要
代謝やシグナル伝達経路から社会、ウェブネットワークに至るまで、様々な実体のネットワークモデルおよびその解析法を概観することを目標とする。 具体的には、最新の研究トピックを適時交えながら、ネットワーク解析の基礎について解説する。以下の数理モデルについて、それぞれ生物学的な例や知見を紹介する。
授業内容
- 4/14 スケールフリー性とバラバシ・アルバートモデル
- 4/21 休講
- 4/28 クラスター係数、平均頂点間距離と、エルデシュ・レニイモデル
- 5/12 リンク解析
- 5/19 マルコフ連鎖
- 前回と同じ
- 5/26 ランダムウォーク (拡散係数の部分を修正しました 5/26)
- 6/2 出生死亡過程
- 課題: １，２次元格子のランダムウォークが再帰的であり、３次元格子の場合はそうでないことをシミュレーションで確認してください （どれくらいの時間が必要でしょう） 〆切 6/20 （提出方法）
- 6/9 パーコレーション
- 6/16 グラフ上のパーコレーション
- 6/24 コンタクトプロセス
- 6/30 スモールワールド
- 課題: 二次元正方格子におけるパーコレーション確率を、シミュレーションで確認してください 〆切 7/15
- 代替課題: Kleinbergによるメッセージ伝達アルゴリズム の挙動をシミュレーションで確認してください
- 7/7 ネットワークモジュール
- 7/14
- 7/21 Zipfの法則とスケールフリー
