Sandbox6 - Revision history

Editor at 08:56, 25 March 2009

2009-03-25T08:56:17Z

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Editor: *

2008-12-17T05:59:37Z

Editor: /* BMMC mono-cyclic asssembled cyclic 単環化合物 */

2008-12-17T05:40:23Z

‎BMMC mono-cyclic asssembled cyclic 単環化合物

Editor: /* BMMC mono-cyclic asssembled cyclic 単環化合物 */

2008-12-17T05:11:21Z

‎BMMC mono-cyclic asssembled cyclic 単環化合物

Editor: /* BMMC mono-cyclic asssembled cyclic 単環化合物 */

2008-12-17T04:58:36Z

‎BMMC mono-cyclic asssembled cyclic 単環化合物

Editor at 05:16, 5 September 2008

2008-09-05T05:16:00Z

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2008-09-05T05:13:49Z

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2008-07-17T02:46:15Z

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2008-07-17T01:27:17Z

← Older revision		Revision as of 08:56, 25 March 2009
Line 131:		Line 131:
	*s: Alkyl		*s: Alkyl
	*t: Cyclic		*t: Cyclic
		+
		+	==糖類(BMSU)方法==
		+	===BMSUMn Monosaccharide===
		+	n: number of carbon
		+	*A aldose アルドース
		+	*K ketose ケトース
		+	*H sugar alcohol 糖アルコール
		+	*U uronic acid ウロン酸
		+	*N amino sugar アミノ糖
		+	*L saccharic lactone 糖ラクトン
		+	*X
		+	===BMSUDn Disaccharide===
		+	n: number of carbon
		+	===BMSUPn Polysaccharide===
		+	*C glucose
		+	*G galactose
		+	*F fructose
		+	*M mannnose
		+	*I inositol
		+	*X xylose
		+	*A arabinose

@@ Line 5: / Line 5: @@
 *2nd: 化合物の大まかな構造、組成による分類
 *3rd, 4th: 2nd クラスをさらに分類する。基幹構造、分子構造の特徴、共通点による。
-桁目は上位8桁では表現されていない修飾基、付加構造などを示す。
+桁目は上位8桁では表現されていない修飾基、付加構造などを示す。おまけ。
-（注）あくまでおまけ。
 -12桁目はそのクラス内での通し番号（特に意味は持たせていない。現状（初期状態）は体系名順）
@@ Line 13: / Line 12: @@
 ===BMIO inorganics 無機化合物===
 *BMIOOX-- oxidized elements 炭素を含まない酸化物
 *BMIOMT-- metals and halogens 金属元素、ハロゲン化合物
 *BMIONT-- nitrogen compounds 窒素化合物
 *BMIOPP-- phosphates 無機リン酸化合物
 *BMIOSF-- sulfates 硫黄化合物
 ===BMAA amino acids アミノ酸===
-タンパク質構成アミノ酸、炭素鎖以外による修飾物、異性体（D体、L体、βアミノ酸）などがBMAAに分類される。BMAAには含まれないアミノ酸、アミノ酸誘導体はBMAXに含まれる。
+*BMAASn 鎖状アミノ酸
+*BMAABn 分岐アミノ酸
-rdクラスは側鎖の種類により鎖状アミノ酸(BMAASn)、分岐アミノ酸(BMAABn)、環状アミノ酸(BMAACC)に分けられる。また鎖状、分岐はその炭素鎖の長さによりさらに分類される。4thクラスは側鎖の官能基により分類される。
+*BMAACC 環状アミノ酸
 ===BMAX amino acid derivatives アミノ酸誘導体===
-BMAAには含まれないアミノ酸、アミノ酸誘導体、ペプチドがBMAXに含まれる。3rd, 4thクラスの分類方法はBMAAの場合と同じである。ペプチドはジペプチド(BMAXDP--)、トリペプチド(BMAXTP--)に分けられる。
+*BMAXSn 鎖状アミノ酸誘導体
 ===BMFY fatty acyls 有機酸、関連物質===
-このクラスは有機酸、脂肪酸関連物質を集めたものであるが、それ以外の物質も含まれる（アルコール、、アルデヒド、アミンなど）。
+*BMFYSn 直鎖型
-主として特定の基幹構造を持たない化合物群である。
+*BMFYBn 分岐型
-rdクラスでは分子の形状（直鎖型か分岐型）および炭素鎖（主鎖）の長さという項目で分類される(BMFYSn,BMFYBn)。
+====官能基====
-thクラスはその分子の主要な官能基（C1に結合している官能基）を示す。
-−
-thクラスの一覧
 *CA: carboxylic acid　カルボン酸
 *DA: dicarboxylic acid　ジカルボン酸
@@ Line 79: / Line 66: @@
 *BMMCPYUR uracil　ウラシル（ウリジン）
 *BMMCPYXX other　その他のピリミジン類
 ====BMMCAC-- aliphatic cyclic molecules 脂環式化合物====
 *BMMCACCH cyclohexane シクロヘキサン
 *BMMCACEN cyclohexene シクロヘキセン
 *BMMCACDE cyclohexadiene シクロヘキサジエン
 *BMMCACXX その他
-====BMMCHC-- hetero cyclic ヘテロ環化合物====
+====BMMC others ====
-上記の環状化合物以外で、ヘテロ環をもつ化合物。
+*BMMCPD-- pyridine ring ピリジン
-====BMMCAS-- assembled 環集合化合物====
+*BMMCIZ-- imidazole ring イミダゾール
-複数の単環構造を分子内にもつ化合物で単環どうしが直接は結合しておらず、他の原子団を介して結合している。
+*BMMCTZ-- thiazole ring チアゾール
-縮合環、架橋構造は除く。
+*BMMCQN-- quinone ring キノン
 ===BMCC conjugated cyclic 多環化合物(縮合環、架橋環)===
 ====BMCCPU purine ring プリン環====
@@ Line 127: / Line 101: @@
 *BMCCPPCL chlorophyl クロロフィル
 *BMCCPPBL bilirubin ビリルビン
-====BMCCID-- indole インドール====
+====BMCC others====
-====BMCCVE-- tocopherol トコフェロール（ビタミンE）====
+*BMCCID-- indole インドール====
-====BMCCQI-- quinoline キノリン====
+*BMCCVE-- tocopherol トコフェロール（ビタミンE）====
-====BMCCNP-- naphthalen ナフタレン====
+*BMCCQI-- quinoline キノリン====
-====BMCCCC-- condensed ring その他の縮合環化合物====
+*BMCCNP-- naphthalen ナフタレン====
-====BMCCBR-- bridged structure 架橋環構造化合物====
+*BMCCCC-- condensed ring その他の縮合環化合物====
 ==Modifications==

@@ Line 109: / Line 109: @@
 複数の単環構造を分子内にもつ化合物で単環どうしが直接は結合しておらず、他の原子団を介して結合している。
 縮合環、架橋構造は除く。
 ==Modifications==

@@ Line 73: / Line 73: @@
 *BMMCBZ4S with 4-6 substitutions
 ====BMMCPY pyrimidine ring ピリミジン====
-ベンゼン環の1位および3位の炭素が窒素で置換された構造を持つ。
+ベンゼン環の1位および3位の炭素が窒素で置換された構造をもつ。
 核酸塩基であるチミン、シトシン、ウラシルの骨格構造となる。
 *BMMCPYCT cytosine　シトシン（シチジン）
@@ Line 80: / Line 80: @@
 *BMMCPYXX other　その他のピリミジン類
 ====BMMCPD-- pyridine ring ピリジン====
-ベンゼン環内の1つの炭素が窒素で置換された構造を持つ。
+ベンゼン環内の1つの炭素が窒素で置換された構造をもつ。
 植物はピリジン誘導体のアルカロイドを持つ。ニコチンなど。
 ====BMMCIZ-- imidazole ring イミダゾール====
-五員環の1位および3位の炭素が窒素で置換された構造を持つ。
+五員環の1位および3位の炭素が窒素で置換された構造をもつ。
 ヒスチジンの側鎖。
 ====BMMCTZ-- thiazole ring チアゾール====
-五員環の1位の炭素が硫黄、3位の炭素が窒素で置換された構造を持つ。
+五員環の1位の炭素が硫黄、3位の炭素が窒素で置換された構造をもつ。
 チアミン(ビタミンB1)に含まれる構造。
 ====BMMCQN-- quinone ring キノン====
@@ Line 94: / Line 94: @@
 レチノール構造をもつ化合物。ビタミンA類。
 ====BMMCPL-- pyrrolidine ピロリジン====
 ====BMMCLA-- lacton ラクトン====
 ====BMMCAC-- aliphatic cyclic molecules 脂環式化合物====
 *BMMCACCH cyclohexane シクロヘキサン
 *BMMCACEN cyclohexene シクロヘキセン
@@ Line 101: / Line 105: @@
 *BMMCACXX その他
 ====BMMCHC-- hetero cyclic ヘテロ環化合物====
 ====BMMCAS-- assembled 環集合化合物====
 ==Modifications==

@@ Line 87: / Line 87: @@
 ====BMMCTZ-- thiazole ring チアゾール====
 五員環の1位の炭素が硫黄、3位の炭素が窒素で置換された構造を持つ。
-チアミン(ビタミンB1)に含まれる構造
+チアミン(ビタミンB1)に含まれる構造。
 ====BMMCQN-- quinone ring キノン====
 ====BMMCVA-- retinol ring レチノール====
 ====BMMCPL-- pyrrolidine ピロリジン====
 ====BMMCLA-- lacton ラクトン====

@@ Line 81: / Line 81: @@
-====Modification====
+==Modifications==
 概ね以下の優先順位でクラスを与える
 *a: CoA

← Older revision		Revision as of 05:13, 5 September 2008
Line 79:		Line 79:
	*BMMCPYUR uracil　ウラシル（ウリジン）		*BMMCPYUR uracil　ウラシル（ウリジン）
	*BMMCPYXX other　その他のピリミジン類		*BMMCPYXX other　その他のピリミジン類
		+
		+
		+	====Modification====
		+	概ね以下の優先順位でクラスを与える
		+	*a: CoA
		+	*b: Trimethylammonium
		+	*c: Metal
		+	*d: Halogen
		+	*e: Phosphate
		+	*f: Sulfate
		+	*g: Ester
		+	*h: Ether,methoxy
		+	*i: Acetamido,Acetyl
		+	*j: Succinyl,Pyruvyl
		+	*k: Carboxylic acid
		+	*l: Amido
		+	*m: Amino
		+	*n: Cyano,nitro,nitryl
		+	*o: Formyl,Aldehyde
		+	*p: oxo,ketone,carbonyl
		+	*q: Hydroxy,oxime
		+	*r: methyl
		+	*s: Alkyl
		+	*t: Cyclic

← Older revision		Revision as of 02:46, 17 July 2008
Line 60:		Line 60:
	*ES: ester　エステル		*ES: ester　エステル
	*ET: ether　エーテル		*ET: ether　エーテル
		+
		+	===BMMC mono-cyclic asssembled cyclic 単環化合物===
		+	単環化合物（芳香環、ヘテロ環、環式有機化合物）
		+	環集合(単環どうしが直接は結合しておらず、他の原子団を介して結合している)
		+	====BMMCBZ benzene ring ベンゼン環====
		+	ベンゼン環を含む化合物。さらに環上の置換基の数で分類する。2つの場合はその位置関係も。
		+	*BMMCBZ1S with 1 substitution or no substitutions
		+	*BMMCBZ2O with 2 substitutions (ortho position)
		+	*BMMCBZ2M with 2 substitutions (meta position)
		+	*BMMCBZ2P with 2 substitutions (para position)
		+	*BMMCBZ3S with 3 substitutions
		+	*BMMCBZ4S with 4-6 substitutions
		+	====BMMCPY pyrimidine ring ピリミジン====
		+	ベンゼン環の1位および3位の炭素が窒素で置換された構造を持つ。
		+	核酸塩基であるチミン、シトシン、ウラシルの骨格構造となる。
		+	*BMMCPYCT cytosine　シトシン（シチジン）
		+	*BMMCPYTY thymine　チミン（チミジン）
		+	*BMMCPYUR uracil　ウラシル（ウリジン）
		+	*BMMCPYXX other　その他のピリミジン類

@@ Line 12: / Line 12: @@
 ===BMIO inorganics 無機化合物===
-BMIOOX-- oxidized elements 炭素を含まない酸化物
+*BMIOOX-- oxidized elements 炭素を含まない酸化物
-*酸素、水などの代謝活動の基盤となる分子（嫌気性細菌は除く）
+酸素、水などの代謝活動の基盤となる分子（嫌気性細菌は除く）
-BMIOMT-- metals and halogens 金属元素、ハロゲン化合物
+*BMIOMT-- metals and halogens 金属元素、ハロゲン化合物
-*金属元素は単体として存在するほか、核酸やタンパク質などに配位結合し存在する。
+金属元素は単体として存在するほか、核酸やタンパク質などに配位結合し存在する。
-*ナトリウム、カリウム、カルシウムなどは細胞内の膜電位、pH、浸透圧などの調整に関わる。
+ナトリウム、カリウム、カルシウムなどは細胞内の膜電位、pH、浸透圧などの調整に関わる。
-*銅、鉄、亜鉛などは、電子伝達体として働き、生体内の化学反応の多くに関わる。
+銅、鉄、亜鉛などは、電子伝達体として働き、生体内の化学反応の多くに関わる。
-*存在量は制御されており、欠乏、過剰摂取は疾病につながる。
+存在量は制御されており、欠乏、過剰摂取は疾病につながる。
-*一般にミネラルと呼ばれる栄養素のひとつである。
+一般にミネラルと呼ばれる栄養素のひとつである。
-BMIONT-- nitrogen compounds 窒素化合物
+*BMIONT-- nitrogen compounds 窒素化合物
-*アンモニアなどの無機窒素化合物。
+アンモニアなどの無機窒素化合物。
-*窒素分子が窒素固定や窒素同化により無機窒素化合物に変換される。
+窒素分子が窒素固定や窒素同化により無機窒素化合物に変換される。
-*植物では無機化合物からアミノ酸が合成される。
+植物では無機化合物からアミノ酸が合成される。
-BMIOPP-- phosphates 無機リン酸化合物
+*BMIOPP-- phosphates 無機リン酸化合物
-*リン酸はDNA、RNA、ATPなどの重要な生体分子を構成する要素である。
+リン酸はDNA、RNA、ATPなどの重要な生体分子を構成する要素である。
-BMIOSF-- sulfates 硫黄化合物
+*BMIOSF-- sulfates 硫黄化合物
-*硫酸などの無機硫黄化合物
+硫酸などの無機硫黄化合物
-*硫酸は種々の化合物と硫酸塩を作り可溶化させる。
+硫酸は種々の化合物と硫酸塩を作り可溶化させる。
-*硫化物を構成する。
+硫化物を構成する。
 ===BMAA amino acids アミノ酸===
-タンパク質構成アミノ酸、炭素鎖以外による修飾物、異性体（D体、L体、βアミノ酸）などがBMAAに分類される。BMAAには含まれないアミノ酸、アミノ酸誘導体、ペプチドはBMAXに含まれる。
+タンパク質構成アミノ酸、炭素鎖以外による修飾物、異性体（D体、L体、βアミノ酸）などがBMAAに分類される。BMAAには含まれないアミノ酸、アミノ酸誘導体はBMAXに含まれる。
 rdクラスは側鎖の種類により鎖状アミノ酸(BMAASn)、分岐アミノ酸(BMAABn)、環状アミノ酸(BMAACC)に分けられる。また鎖状、分岐はその炭素鎖の長さによりさらに分類される。4thクラスは側鎖の官能基により分類される。