Aritalab:Lecture/Programming/Unix - Revision history

Adm at 04:49, 1 June 2022

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Adm at 06:54, 31 May 2022

2022-05-31T06:54:01Z

Adm at 05:11, 4 October 2011

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Adm at 01:43, 20 October 2010

2010-10-20T01:43:53Z

Adm at 01:43, 20 October 2010

2010-10-20T01:43:39Z

Adm at 01:43, 20 October 2010

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Adm: New page: ==WindowsでUnix環境を使う== * Cygwin のページに行って、必要なツールをインストールしてください。デフォルトのオプションで gcc (Cコンパイラ...

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New page: ==WindowsでUnix環境を使う== * Cygwin のページに行って、必要なツールをインストールしてください。デフォルトのオプションで gcc (Cコンパイラ...

New page

==WindowsでUnix環境を使う==
* Cygwin のページに行って、必要なツールをインストールしてください。デフォルトのオプションで gcc (Cコンパイラ) は入りますが g++ (c++コンパイラ) は入らないので自分で必要な要素を指定してください。

==Unixコマンドの基本==
コマンドのオプションや詳細は、"<tt>man コマンド名</tt>"や"<tt>コマンド名 --help</tt>"と打って調べましょう。
;ファイルシステム
; ls : 指定されたディレクトリのファイル名を表示
; cd : ディレクトリ間を移動
; pwd : 現在のディレクトリを表示
; cp : ファイルをコピー
; mv : ファイル（名）を移動
; rm : ファイルやディレクトリを削除
; mkdir : ディレクトリを作成
; rmdir : ディレクトリを削除 (rmでも削除できる)
; touch : 空のファイルを作成

; テキストファイル操作
; cat : 指定されたファイルを連結して標準出力に出す
; echo : 指定された文字列を標準出力に出す
; less : 指定されたファイルを表示
; wc : ファイルの文字数、ワード数、行数
; grep : 指定ファイルから、キーワードを含む行を検索
; sort : ファイルをアルファベット順や数の大きさ順に行単位でソート�
:: タブ区切りのテキストをソートしたい時
:: <tt>TAB = 'echo -e "\t"'<br/>sort -t"$TAB" file</tt>
; diff : 引数を二つ指定し、ファイル同士の違いを表示
; cut : 各行の指定箇所を切り出す
; head : ファイルの先頭１０行を出力
; tail : ファイルの末尾１０行を出力

;ファイル圧縮
; gzip : ファイルを�� 拡張子のついた形に圧縮
:: 解凍するには <tt>gunzip</tt> または　<tt>gzip -d</tt>
; tar : アーカイブファイルを作成
:: 作成は <tt>tar cvf [tarfile] [file1] [file2] ...</tt>
:: 展開は <tt>tar xvf [tarfile]</tt>

;その他
; * : 空文字を含む任意の文字列
; ? : 任意の一文字
; | : パイプ。左側のコマンドの標準出力を、右側のコマンドの標準入力につなぐ
; > : リダイレクト。左側のコマンドの標準出力をファイルに書き出す

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	</td></tr>		</td></tr>
	</table>		</table>
−	~~== ゲノム解析に必要なツールとデータ==~~
−	~~conda を使って以下のように準備しておきます。~~
−	~~<pre>~~
−	~~(base) $ conda install -y -c bioconda fastqc fastp megahit seqkit~~
−	~~...~~
−	~~(base) $ curl -O ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp//ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX02218~~
−	~~6/DRR024501_1.fastq.bz2~~
−	~~(base) $ curl -O ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp//ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX02218~~
−	~~6/DRR024501_2.fastq.bz2~~
−	~~...~~
−	~~(base) $ bunzip2 *.bz2~~
−	~~...~~
−	~~>seqkit stats *.fastq~~
−	~~(base) $ seqkit stats *.fastq~~
−	~~file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len~~
−	~~DRR024501_1.fastq FASTQ DNA 2,971,310 745,798,810 251 251 251~~
−	~~DRR024501_2.fastq FASTQ DNA 2,971,310 745,798,810 251 251 251~~
−	~~</pre>~~

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		+	{{Lecture/Header}}
		+
	==WindowsでUnix環境を使う==		==WindowsでUnix環境を使う==
	[http://www.cygwin.com Cygwin] のページに行って、必要なツールをインストールしてください。デフォルトのオプションで gcc (Cコンパイラ) は入りますが g++ (c++コンパイラ) は入らないので自分で必要な要素を指定してください。		[http://www.cygwin.com Cygwin] のページに行って、必要なツールをインストールしてください。デフォルトのオプションで gcc (Cコンパイラ) は入りますが g++ (c++コンパイラ) は入らないので自分で必要な要素を指定してください。

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 ==WindowsでUnix環境を使う==
-* Cygwin のページに行って、必要なツールをインストールしてください。デフォルトのオプションで gcc (Cコンパイラ) は入りますが g&#43;&#43; (c&#43;&#43;コンパイラ) は入らないので自分で必要な要素を指定してください。
+[http://www.cygwin.com Cygwin] のページに行って、必要なツールをインストールしてください。デフォルトのオプションで gcc (Cコンパイラ) は入りますが g&#43;&#43; (c&#43;&#43;コンパイラ) は入らないので自分で必要な要素を指定してください。
 ==Unixコマンドの基本==

@@ Line 1: / Line 1: @@
 {{Lecture/Header}}
-==WindowsでUnix環境を使う==
+==Windows・MacでUnix環境を使う==
-[http://www.cygwin.com Cygwin] のページに行って、必要なツールをインストールしてください。デフォルトのオプションで gcc (Cコンパイラ) は入りますが g&#43;&#43; (c&#43;&#43;コンパイラ) は入らないので自分で必要な要素を指定してください。
+Mac は Unix ライクなコンソールを備えていますが、Windowsは Ubuntu （LinuxOSの一種）をインストールする必要があります。
 ==Unixコマンドの基本==
 コマンドのオプションや詳細は、"<tt>man コマンド名</tt>"や"<tt>コマンド名 --help</tt>"と打って調べましょう。
 ;ファイルシステム
 ; ls : 指定されたディレクトリのファイル名を表示
@@ Line 16: / Line 34: @@
 ; rmdir : ディレクトリを削除 (rmでも削除できる)
 ; touch : 空のファイルを作成
+</td><td>
 ; テキストファイル操作
 ; cat : 指定されたファイルを連結して標準出力に出す
@@ Line 30: / Line 48: @@
 ; head : ファイルの先頭１０行を出力
 ; tail : ファイルの末尾１０行を出力
+</td><td>
 ;ファイル圧縮
 ; gzip : ファイルを.gz拡張子のついた形に圧縮
@@ Line 43: / Line 61: @@
 ; | : パイプ。左側のコマンドの標準出力を、右側のコマンドの標準入力につなぐ
 ; > : リダイレクト。左側のコマンドの標準出力をファイルに書き出す

@@ Line 23: / Line 23: @@
 ; wc : ファイルの文字数、ワード数、行数
 ; grep : 指定ファイルから、キーワードを含む行を検索
-; sort : ファイルをアルファベット順や数の大きさ順に行単位でソート�
+; sort : ファイルをアルファベット順や数の大きさ順に行単位でソート
-:: タブ区切りのテキストをソートしたい時
+:: タブ区切りのテキストをソートしたい時は$TAB指定
 :: <tt>TAB = 'echo -e "\t"'<br/>sort -t"$TAB" file</tt>
 ; diff : 引数を二つ指定し、ファイル同士の違いを表示
@@ Line 32: / Line 32: @@
 ;ファイル圧縮
-; gzip : ファイルを�� 拡張子のついた形に圧縮
+; gzip : ファイルを.gz拡張子のついた形に圧縮
 :: 解凍するには <tt>gunzip</tt> または　<tt>gzip -d</tt>
 ; tar : アーカイブファイルを作成