http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?action=history&feed=atom&title=Aritalab%3ALecture%2FNetworkBiology%2FNetwork
Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Network - Revision history
2026-04-14T09:14:38Z
Revision history for this page on the wiki
MediaWiki 1.19.1
http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Network&diff=315342&oldid=prev
Adm: /* 学習事項 */
2017-08-01T23:43:15Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">学習事項</span></span></p>
<table class='diff diff-contentalign-left'>
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 23:43, 1 August 2017</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 2:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 2:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* グラフの定義</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* グラフの定義</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 生物学と数学／情報科学ではネットワークの取り扱いが異なる</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 生物学と数学／情報科学ではネットワークの取り扱いが異なる</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">:: </del>生物学では推移律が成立しない関係をネットワークで取り扱い（相同性など）、その結果を実体に敷衍して解釈する（例えば進化など）</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">** </ins>生物学では推移律が成立しない関係をネットワークで取り扱い（相同性など）、その結果を実体に敷衍して解釈する（例えば進化など）</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">:: </del>数学／情報科学ではネットワークという構造そのものを研究対象とする</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">** </ins>数学／情報科学ではネットワークという構造そのものを研究対象とする</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div> </div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">* 生物学では、ネットワークの中で「有意な」（生物学的に面白い）頂点を探す研究が多い</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>==ネットワークとはなにか==</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>==ネットワークとはなにか==</div></td></tr>
</table>
Adm
http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Network&diff=314788&oldid=prev
Adm: /* ネットワークとはなにか */
2016-08-06T01:50:30Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">ネットワークとはなにか</span></span></p>
<table class='diff diff-contentalign-left'>
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 01:50, 6 August 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 17:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 17:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>;K<sub>5</sub>完全グラフ : 頂点数 5 で、各頂点が他の全頂点と結ばれたグラフです。いわゆる星形の周りを辺で囲んだ形になります。どの頂点も次数が 4 で、辺を交差させること無く平面に描けないという特徴を持ちます（非平面グラフ）。</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>;K<sub>5</sub>完全グラフ : 頂点数 5 で、各頂点が他の全頂点と結ばれたグラフです。いわゆる星形の周りを辺で囲んだ形になります。どの頂点も次数が 4 で、辺を交差させること無く平面に描けないという特徴を持ちます（非平面グラフ）。</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>;K<sub>3,3</sub>完全二部グラフ : 頂点数 3 のセット二組の間でのみ、全頂点間に辺があるグラフです。どの頂点も次数は 3 で、非平面グラフです。</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>;K<sub>3,3</sub>完全二部グラフ : 頂点数 3 のセット二組の間でのみ、全頂点間に辺があるグラフです。どの頂点も次数は 3 で、非平面グラフです。</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></del></div></td><td colspan="2"> </td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></del></div></td><td colspan="2"> </td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">{| style="text-align:top;"</del></div></td><td colspan="2"> </td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">| width="300px"|</del></div></td><td colspan="2"> </td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">Petersen graph の点彩色数が 3 であることを確認しよう。辺彩色数が 4 であることも確認しよう。<br/>[[File:PetersenGraph.png|120px]]</del></div></td><td colspan="2"> </td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">|</del></div></td><td colspan="2"> </td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">| width="300px" |</del></div></td><td colspan="2"> </td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">完全二部グラフ K<sub>3,3</sub> が平面に描けないことを確認しよう<br/>[[File:CompleteBipartiteK33.png|120px]]</del></div></td><td colspan="2"> </td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">|}</del></div></td><td colspan="2"> </td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>計算機科学では、辺に流量などの重みをつけたとき、グラフではなくネットワークと呼ぶことが多くあります。これはオペレーションズリサーチにおいて流量計画問題などが盛んにおこなわれたことと関係するようです。一般には、流量やコストなど整数や実数を辺に割り振ります。</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>計算機科学では、辺に流量などの重みをつけたとき、グラフではなくネットワークと呼ぶことが多くあります。これはオペレーションズリサーチにおいて流量計画問題などが盛んにおこなわれたことと関係するようです。一般には、流量やコストなど整数や実数を辺に割り振ります。</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">生物学では、残念なことにネットワークに対する正確な定義はありません。実際の物理化学現象とは関係のないネットワークも研究されることがあります。</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">残念なことに、生物学ではネットワークに対する正確な定義はありません。実際の物理化学現象とは関係のないネットワークも研究されることがあります。</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">;</del>生物学におけるネットワークの例</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>生物学におけるネットワークの例</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 代謝・シグナル伝達のネットワーク</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 代謝・シグナル伝達のネットワーク</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 遺伝子相同性のネットワーク</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 遺伝子相同性のネットワーク</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* タンパク質内の近接原子ネットワーク</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* タンパク質内の近接原子ネットワーク</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">;</del>社会学におけるネットワークの例</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>社会学におけるネットワークの例</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 電話やSNSの友達ネットワーク</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 電話やSNSの友達ネットワーク</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 会話のネットワーク（時間情報あり）</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 会話のネットワーク（時間情報あり）</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* コミュニティや役職のネットワーク</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* コミュニティや役職のネットワーク</div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">==演習問題==</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">{| style="text-align:top;"</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">| width="300px"|</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">Petersen graph の点彩色数が 3 であることを確認しよう。辺彩色数が 4 であることも確認しよう。<br/>[[File:PetersenGraph.png|120px]]</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">|</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">| width="300px" |</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">完全二部グラフ K<sub>3,3</sub> が平面に描けないことを確認しよう<br/>[[File:CompleteBipartiteK33.png|120px]]</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">|}</ins></div></td></tr>
</table>
Adm
http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Network&diff=314773&oldid=prev
Adm: /* ネットワークとはなにか */
2016-08-03T01:31:18Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">ネットワークとはなにか</span></span></p>
<table class='diff diff-contentalign-left'>
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 01:31, 3 August 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 29:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 29:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>計算機科学では、辺に流量などの重みをつけたとき、グラフではなくネットワークと呼ぶことが多くあります。これはオペレーションズリサーチにおいて流量計画問題などが盛んにおこなわれたことと関係するようです。一般には、流量やコストなど整数や実数を辺に割り振ります。</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>計算機科学では、辺に流量などの重みをつけたとき、グラフではなくネットワークと呼ぶことが多くあります。これはオペレーションズリサーチにおいて流量計画問題などが盛んにおこなわれたことと関係するようです。一般には、流量やコストなど整数や実数を辺に割り振ります。</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">;計算機科学の特徴</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">生物学では、残念なことにネットワークに対する正確な定義はありません。実際の物理化学現象とは関係のないネットワークも研究されることがあります。</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">* アルゴリズムに重点を置く</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">* 浮動小数点を用いる実数値ではなく整数値の扱いが多い</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">生物学では、残念なことに正確な定義はありません。個々の研究者が自分の思い込むネットワークを勝手に提唱し、論文を書いている状態です。そのため、実際の物理化学現象とは全く関係のないネットワークまで研究されています。</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>;<ins class="diffchange diffchange-inline">生物学におけるネットワークの例</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div> </div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* <ins class="diffchange diffchange-inline">代謝・シグナル伝達のネットワーク</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>;<del class="diffchange diffchange-inline">生物学における、現実とは乖離したネットワークの例</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>* <ins class="diffchange diffchange-inline">遺伝子相同性のネットワーク</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* <del class="diffchange diffchange-inline">遺伝子ネットワーク</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>* <del class="diffchange diffchange-inline">相同性ネットワーク</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* タンパク質内の近接原子ネットワーク</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* タンパク質内の近接原子ネットワーク</div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">;社会学におけるネットワークの例</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">* 電話やSNSの友達ネットワーク</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">* 会話のネットワーク（時間情報あり）</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">* コミュニティや役職のネットワーク</ins></div></td></tr>
</table>
Adm
http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Network&diff=314772&oldid=prev
Adm: /* ネットワークとはなにか */
2016-08-03T00:02:43Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">ネットワークとはなにか</span></span></p>
<table class='diff diff-contentalign-left'>
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 00:02, 3 August 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 21:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 21:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>{| style="text-align:top;"</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>{| style="text-align:top;"</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>| width="300px"|</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>| width="300px"|</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Petersen graph の点彩色数が 3 <del class="diffchange diffchange-inline">であることを確認しよう。時間があれば辺彩色数が </del>4 <del class="diffchange diffchange-inline">であることも確認しよう</del><br/>[[File:PetersenGraph.png|120px]]</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Petersen graph の点彩色数が 3 <ins class="diffchange diffchange-inline">であることを確認しよう。辺彩色数が </ins>4 <ins class="diffchange diffchange-inline">であることも確認しよう。</ins><br/>[[File:PetersenGraph.png|120px]]</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>|</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>|</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>| width="300px" |</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>| width="300px" |</div></td></tr>
</table>
Adm
http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Network&diff=314770&oldid=prev
Adm at 23:56, 2 August 2016
2016-08-02T23:56:24Z
<p></p>
<table class='diff diff-contentalign-left'>
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 23:56, 2 August 2016</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 19:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 19:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">* </del>Petersen graph <del class="diffchange diffchange-inline">の彩色数が </del>3 <del class="diffchange diffchange-inline">であることを確認する</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">{| style="text-align:top;"</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">* </del>完全二部グラフ K<sub>3,3</sub> <del class="diffchange diffchange-inline">が平面に描けないことを確認する</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">| width="300px"|</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Petersen graph <ins class="diffchange diffchange-inline">の点彩色数が </ins>3 <ins class="diffchange diffchange-inline">であることを確認しよう。時間があれば辺彩色数が 4 であることも確認しよう<br/>[[File:PetersenGraph.png|120px]]</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">|</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">| width="300px" |</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>完全二部グラフ K<sub>3,3</sub> <ins class="diffchange diffchange-inline">が平面に描けないことを確認しよう<br/>[[File:CompleteBipartiteK33.png|120px]]</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">|}</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>計算機科学では、辺に流量などの重みをつけたとき、グラフではなくネットワークと呼ぶことが多くあります。これはオペレーションズリサーチにおいて流量計画問題などが盛んにおこなわれたことと関係するようです。一般には、流量やコストなど整数や実数を辺に割り振ります。</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>計算機科学では、辺に流量などの重みをつけたとき、グラフではなくネットワークと呼ぶことが多くあります。これはオペレーションズリサーチにおいて流量計画問題などが盛んにおこなわれたことと関係するようです。一般には、流量やコストなど整数や実数を辺に割り振ります。</div></td></tr>
</table>
Adm
http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Network&diff=314720&oldid=prev
Adm at 21:40, 27 August 2015
2015-08-27T21:40:31Z
<p></p>
<table class='diff diff-contentalign-left'>
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 21:40, 27 August 2015</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">==学習事項==</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">* グラフの定義</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">* 生物学と数学／情報科学ではネットワークの取り扱いが異なる</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">:: 生物学では推移律が成立しない関係をネットワークで取り扱い（相同性など）、その結果を実体に敷衍して解釈する（例えば進化など）</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">:: 数学／情報科学ではネットワークという構造そのものを研究対象とする</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>==ネットワークとはなにか==</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>==ネットワークとはなにか==</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">数学ではグラフ理論という分野があり、ネットワークのことをグラフと呼びます。正確なグラフの定義は以下のようになります。</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">グラフ理論では、ネットワークのことをグラフと呼びます。正確なグラフの定義は以下のようになります。</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>頂点の集合 V と辺の集合 E の間に ''f'' : E &rarr; V &times; V という関係を導入した構造 G := ( ''f'' , V, E)  </div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>頂点の集合 V と辺の集合 E の間に ''f'' : E &rarr; V &times; V という関係を導入した構造 G := ( ''f'' , V, E)  </div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>辺は頂点を 1 対 1 で結ぶ関係であることに注意してください。多対多を結ぶ辺をもつグラフはハイパーグラフと呼ばれ、Berge などが研究対象にした時期もありましたが、理論的な解析は難しいようです。一般に、グラフ理論では辺や点に数値を割り振ることはおこないません。</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>辺は頂点を 1 対 1 で結ぶ関係であることに注意してください。多対多を結ぶ辺をもつグラフはハイパーグラフと呼ばれ、Berge などが研究対象にした時期もありましたが、理論的な解析は難しいようです。一般に、グラフ理論では辺や点に数値を割り振ることはおこないません。</div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">頂点に接続する辺の数を次数 (degree) といいます。</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">;K<sub>5</sub>完全グラフ : 頂点数 5 で、各頂点が他の全頂点と結ばれたグラフです。いわゆる星形の周りを辺で囲んだ形になります。どの頂点も次数が 4 で、辺を交差させること無く平面に描けないという特徴を持ちます（非平面グラフ）。</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">;K<sub>3,3</sub>完全二部グラフ : 頂点数 3 のセット二組の間でのみ、全頂点間に辺があるグラフです。どの頂点も次数は 3 で、非平面グラフです。</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">;グラフの例</del></div></td><td colspan="2"> </td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* Petersen graph の彩色数が 3 であることを確認する</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* Petersen graph の彩色数が 3 であることを確認する</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 完全二部グラフ K<sub>3,3</sub> が平面に描けないことを確認する</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 完全二部グラフ K<sub>3,3</sub> が平面に描けないことを確認する</div></td></tr>
</table>
Adm
http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Network&diff=314719&oldid=prev
Adm: /* ネットワークとはなにか */
2015-08-27T07:32:47Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">ネットワークとはなにか</span></span></p>
<table class='diff diff-contentalign-left'>
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 07:32, 27 August 2015</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>==ネットワークとはなにか==</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>==ネットワークとはなにか==</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div><del class="diffchange diffchange-inline">数学ではグラフ理論という分野があり、ネットワークのことをグラフと呼びます。正確なグラフの定義は、 </del>頂点の集合 V と辺の集合 E の間に ''f'' : E &rarr; V &times; V という関係を導入した構造 G := ( ''f'' , V, E) <del class="diffchange diffchange-inline">を指します。辺は頂点を </del>1<del class="diffchange diffchange-inline">:</del>1 で結ぶ関係であることに注意してください。多対多を結ぶ辺をもつグラフはハイパーグラフと呼ばれ、Berge などが研究対象にした時期もありましたが、理論的な解析は難しいようです。一般に、グラフ理論では辺や点に数値を割り振ることはおこないません。</div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">数学ではグラフ理論という分野があり、ネットワークのことをグラフと呼びます。正確なグラフの定義は以下のようになります。</ins></div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div> </div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>頂点の集合 V と辺の集合 E の間に ''f'' : E &rarr; V &times; V という関係を導入した構造 G := ( ''f'' , V, E)  </div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div> </div></td></tr>
<tr><td colspan="2"> </td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins class="diffchange diffchange-inline">辺は頂点を </ins>1 <ins class="diffchange diffchange-inline">対 </ins>1 で結ぶ関係であることに注意してください。多対多を結ぶ辺をもつグラフはハイパーグラフと呼ばれ、Berge などが研究対象にした時期もありましたが、理論的な解析は難しいようです。一般に、グラフ理論では辺や点に数値を割り振ることはおこないません。</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>;グラフの例</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>;グラフの例</div></td></tr>
</table>
Adm
http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Network&diff=314577&oldid=prev
Adm at 11:03, 27 July 2014
2014-07-27T11:03:26Z
<p></p>
<table class='diff diff-contentalign-left'>
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<col class='diff-marker' />
<col class='diff-content' />
<tr valign='top'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 11:03, 27 July 2014</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 15:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 15:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>生物学では、残念なことに正確な定義はありません。個々の研究者が自分の思い込むネットワークを勝手に提唱し、論文を書いている状態です。そのため、実際の物理化学現象とは全く関係のないネットワークまで研究されています。</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>生物学では、残念なことに正確な定義はありません。個々の研究者が自分の思い込むネットワークを勝手に提唱し、論文を書いている状態です。そのため、実際の物理化学現象とは全く関係のないネットワークまで研究されています。</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>;<del class="diffchange diffchange-inline">現実とは乖離したネットワークの例</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>;<ins class="diffchange diffchange-inline">生物学における、現実とは乖離したネットワークの例</ins></div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 遺伝子ネットワーク</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 遺伝子ネットワーク</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 相同性ネットワーク</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 相同性ネットワーク</div></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* タンパク質内の近接原子ネットワーク</div></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* タンパク質内の近接原子ネットワーク</div></td></tr>
</table>
Adm
http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Network&diff=314576&oldid=prev
Adm: Created page with "==ネットワークとはなにか== 数学ではグラフ理論という分野があり、ネットワークのことをグラフと呼びます。正確なグラフの定..."
2014-07-27T11:03:08Z
<p>Created page with "==ネットワークとはなにか== 数学ではグラフ理論という分野があり、ネットワークのことをグラフと呼びます。正確なグラフの定..."</p>
<p><b>New page</b></p><div>==ネットワークとはなにか==<br />
<br />
数学ではグラフ理論という分野があり、ネットワークのことをグラフと呼びます。正確なグラフの定義は、 頂点の集合 V と辺の集合 E の間に ''f'' : E &rarr; V &times; V という関係を導入した構造 G := ( ''f'' , V, E) を指します。辺は頂点を 1:1 で結ぶ関係であることに注意してください。多対多を結ぶ辺をもつグラフはハイパーグラフと呼ばれ、Berge などが研究対象にした時期もありましたが、理論的な解析は難しいようです。一般に、グラフ理論では辺や点に数値を割り振ることはおこないません。<br />
<br />
;グラフの例<br />
* Petersen graph の彩色数が 3 であることを確認する<br />
* 完全二部グラフ K<sub>3,3</sub> が平面に描けないことを確認する<br />
<br />
計算機科学では、辺に流量などの重みをつけたとき、グラフではなくネットワークと呼ぶことが多くあります。これはオペレーションズリサーチにおいて流量計画問題などが盛んにおこなわれたことと関係するようです。一般には、流量やコストなど整数や実数を辺に割り振ります。<br />
<br />
;計算機科学の特徴<br />
* アルゴリズムに重点を置く<br />
* 浮動小数点を用いる実数値ではなく整数値の扱いが多い<br />
<br />
生物学では、残念なことに正確な定義はありません。個々の研究者が自分の思い込むネットワークを勝手に提唱し、論文を書いている状態です。そのため、実際の物理化学現象とは全く関係のないネットワークまで研究されています。<br />
<br />
;現実とは乖離したネットワークの例<br />
* 遺伝子ネットワーク<br />
* 相同性ネットワーク<br />
* タンパク質内の近接原子ネットワーク</div>
Adm