http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?action=history&feed=atom&title=Aritalab%3ALecture%2FNetworkBiology%2FCytoscape 2026-06-03T15:15:06Z Revision history for this page on the wiki MediaWiki 1.19.1 http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Cytoscape&diff=315438&oldid=prev 2019-06-14T02:09:13Z

<p>‎<span dir="auto"><span class="autocomment">ネットワークのレイアウト</span></span></p> <table class='diff diff-contentalign-left'> <col class='diff-marker' /> <col class='diff-content' /> <col class='diff-marker' /> <col class='diff-content' /> <tr valign='top'> <td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td> <td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 02:09, 14 June 2019</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 13:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 13:</td></tr> <tr><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr> <tr><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>===ネットワークのレイアウト===</div></td><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>===ネットワークのレイアウト===</div></td></tr> <tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="background: #ffa; color:black; font-size: smaller;"><div>Layout <del class="diffchange diffchange-inline">メニューから選択</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div>Layout <ins class="diffchange diffchange-inline">メニューから選択。yFilesレイアウトとあるのは、yFilesという描画パッケージに基づくもの。</ins></div></td></tr> <tr><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* グリッド ... 碁盤の目に置く形でほとんど使えない</div></td><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* グリッド ... 碁盤の目に置く形でほとんど使えない</div></td></tr> <tr><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 階層型 ... 樹状のフローチャート以外には使えない</div></td><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>* 階層型 ... 樹状のフローチャート以外には使えない</div></td></tr> </table>

Adm http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Cytoscape&diff=315437&oldid=prev 2019-06-14T01:55:37Z

<p>‎<span dir="auto"><span class="autocomment">ネットワークのレイアウト</span></span></p> <table class='diff diff-contentalign-left'> <col class='diff-marker' /> <col class='diff-content' /> <col class='diff-marker' /> <col class='diff-content' /> <tr valign='top'> <td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">← Older revision</td> <td colspan='2' style="background-color: white; color:black;">Revision as of 01:55, 14 June 2019</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">Line 13:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 13:</td></tr> <tr><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"></td></tr> <tr><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>===ネットワークのレイアウト===</div></td><td class='diff-marker'>&#160;</td><td style="background: #eee; color:black; font-size: smaller;"><div>===ネットワークのレイアウト===</div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">Layout メニューから選択</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">* グリッド ... 碁盤の目に置く形でほとんど使えない</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">* 階層型 ... 樹状のフローチャート以外には使えない</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">* 円環状 ... アトリビュートと呼ばれる特徴（次数などの中心度）に基づいてソートすると便利。次数の大きな頂点や次数相関をみられる。</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">* 直線状 ... これもほとんど使えない</ins></div></td></tr> <tr><td colspan="2">&#160;</td><td class='diff-marker'>+</td><td style="background: #cfc; color:black; font-size: smaller;"><div><ins style="color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;">* Prefuse Force ... 力学モデルに基づくレイアウト。Prefuseとは同名の描画Javaパッケージのこと。</ins></div></td></tr> </table>

Adm http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Cytoscape&diff=315436&oldid=prev 2019-06-13T06:21:03Z

<p>Created page with &quot;==Cytoscapeによるネットワーク可視化== Cytoscapeは1990年代から継続して開発されるネットワーク可視化ツールです。もともとタンパク...&quot;</p> <p><b>New page</b></p><div>==Cytoscapeによるネットワーク可視化==<br /> <br /> Cytoscapeは1990年代から継続して開発されるネットワーク可視化ツールです。もともとタンパク質相互作用ネットワークを表示するために作られたのでCytoscape（当時はNetscapeブラウザが隆盛だった）と名付けられました。画像が美しいので次第に多くのユーザに使われ、JavaScriptによるウェブ版もできました。<br /> <br /> ===インストール===<br /> Cytoscape v.3 は Java8 でしか動きません。起動しても&quot;The maximum heap size (-Xmx) might be too large or an antivirus or firewall tool could block the execution...&quot; というメッセージが出るだけの場合、Java8 が使われているか確認してください。Windows の場合は https://cytoscape.org/troubleshooting.html に環境確認バッチファイルが用意されています。<br /> <br /> Java8はAdoptOpenJDK (https://adoptopenjdk.net/) からインストールしましょう。Oracleは無償サポートを廃止するため、あまりお薦めしません。AdoptOpenJDKをインストールする際に、JAVA_HOME等を自動設定するスクリプトをONにすると楽です。<br /> <br /> ===ネットワークの読み込み===<br /> 初期画面でサンプル例を選ぶとすぐにネットワークを見られます。自前のデータはタブ区切りテキストやExcelファイルからでも読み込め、Excelの場合は頂点とするカラムを指定できます。<br /> &lt;tt&gt;File -&gt; Import -&gt; Table from File&lt;/tt&gt;<br /> <br /> ===ネットワークのレイアウト===</div>

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