Adm: Created page with "==オブジェクトデータベース== オブジェクト指向を用いる理由に以下の要求があります。とりわけ生物学で用いる大量データには、..."

2011-09-16T03:34:54Z

Created page with "==オブジェクトデータベース== オブジェクト指向を用いる理由に以下の要求があります。とりわけ生物学で用いる大量データには、..."

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==オブジェクトデータベース==
オブジェクト指向を用いる理由に以下の要求があります。とりわけ生物学で用いる大量データには、ユーザー定義型や参照の利用が必須です。
* データ型をユーザーが自由に定義したい
* 継承を使いたい
* データへの参照（ポインタなど）を使いたい

===SQLに即した記述===
オブジェクト型の関係データベースではSQL構文の中で以下のような記述ができるようになっています。
<pre>
CREATE TYPE protein_type AS
ROW (id INTEGER, name TEXT, seq TEXT, length INTEGER, comment TEXT, reference TEXT ARRAY[10])
REF IS SYSTEM GENERATED;

CREATE TABLE YeastProtein OF protein_type
REF IS yid SYSTEM GENERATED;

CREATE FUNCTION codon_usage(protein_type) RETURNS TEXT
AS EXTERNAL NAME 'c:/../codonUsage.class' LANGUAGE 'java';

CREATE TABLE Expressed
(id INTEGER, assay TEXT, protein REF(protein_type) SCOPE YeastProtein, amount INTEGER)
</pre>

===配列やリスト===
配列やリストは、collection 型と呼ばれます。SQL:1999では
* ROW (n1 t1, n2 t2, ..., nn tn)
* base ARRAY[i]
という形が導入されています。ただしARRAY[i]は入れ子にできません。
こうした型を用いて以下のような問い合わせを記述できます。
<pre>
SELECT DISTINCT E.assay, E.protein
FROM Expressed E
WHERE CARDINALITY(E.protein->reference) > 5
</pre>

===参照型===
参照型を導入することは簡単なように思えますが、様々なコストを伴います。
;オブジェクト ID
データベース上のオブジェクトには object id が与えられます。ユーザはこの値を利用可能ですが、オブジェクトの生成、消滅をきちんと認識して使わないと参照エラーを起こします。

;深い等価性と、浅い等価性
オブジェクトを比較する際に、参照先まで全て等しいかどうかという区別が必要になります。

;データの削除や更新
実体が削除されたのにもかかわらず、参照のみが残されるとデータの整合性が失われます。参照型の中身は実体が削除されたら null に戻さねばなりません。

Aritalab:Lecture/Database/Object - Revision history

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