Aritalab:Lecture/Basic/Archaea - Revision history

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‎古細菌

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‎参考文献

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==古細菌の情報をまとめるページ==

===ビデオレクチャー===
[http://archaea.igb.uiuc.edu/program.php スライドみづらいらしい]

===参考文献===
* 古細菌研究の歴史(レビュー)<ref>Cavicchioli, R. (2010) Archaea - timeline of the third domain. Nature reviews, Microbiology 9, 51-61</ref>

* 生物全体での系統樹
** SSU rRNA<ref>Pace, N.R. (2009) Mapping the tree of life: progress and prospects. Microbiology and molecular biology reviews : MMBR 73, 565-76</ref>
** Conserved Proteins<ref>Ciccarelli, F.D. et al. (2006) Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science, 311, 1283-7</ref>

* 配列比較以外の系統樹構築方法についての概説<ref>Delsuc, F., Brinkmann, H. & Philippe, H. (2005) Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life. Nature reviews. Genetics 6, 361-75</ref>

* 16S rRNAをつかったアーキア系統樹で参考にした論文<ref>Yarza, P. et al. (2008) The All-Species Living Tree project: a 16S rRNA-based phylogenetic tree of all sequenced type strains. Systematic and applied microbiology 31, 241-50</ref>

;References
<references/>

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 ==古細菌==
-日本語ではアーキア (Archaea) を古細菌と呼ぶ場合が多いのですが、アーキアが細菌の一種だと考えられていた時代に使われていた archibacterium という用語の和訳であるため、時代に合いません。そのためここではアーキアという言葉を使います。
+日本語ではアーキア (Archaea) が古細菌と呼ばれることが多いのですが、アーキアが細菌の一種だと考えられていた時代に使われた archaebacteria という用語の和訳であるため、時代に合いません。そのためここではアーキアという言葉を使います。
 アーキアは(真性)バクテリア (Eubacteria) 、真核生物 (Eukarya)と並ぶ、生命の三大カテゴリーの１つです。地上では余りお目にかかりませんが、温泉や塩田、海底の熱水噴出孔などの極限環境や、海底ではアーキアが優勢です。特に海底は、地下1 m でバクテリア 13 %、アーキア 87 % になり<ref name=Lipp>Lipp JS, Morono Y, Inagaki F, Hinrichs KU (2008) Significant contribution of Archaea to extant biomass in marine subsurface sediments. ''Nature'' 454, 991-994</ref>、地球全体でみると、海底堆積物のアーキアが占める炭素量が、陸上の土壌微生物が占める炭素量や海中の微生物が占める炭素量を遙かに凌ぐことが知られています<ref name=Lipp/>。

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-==古細菌の情報をまとめるページ==
+==古細菌==
-===Archaeaの起源===
+日本語ではアーキア (Archaea) を古細菌と呼ぶ場合が多いのですが、アーキアが細菌の一種だと考えられていた時代に使われていた archibacterium という用語の和訳であるため、時代に合いません。そのためここではアーキアという言葉を使います。
-従来、Eocyte, Neomuran説のように真核生物がミトコンドリアを取り込んだという説と、古細菌がミトコンドリアを獲得したという説があった。真核生物はメタン生成菌と&alpha;プロテオバクテリアが融合して生まれてきたと考えられ<ref>Rivera MC, Lake JA (2004) The ring of life provides evidence for a genome fusion origin of eukaryotes. ''Nature'' 431(2005):152-5 PMID  15356622</ref>、メタン菌のヒストンと真核生物のヒストンの類似が根拠とされる<ref>Reeve J (2003) Archaeal chromatin and transcription. ''Mol Microbiol'' 48(3):587-98 PMID 12694606</ref>。
 * Pyruvate より ATP を生産する hydrogenosome &rarr; trichomonads, chytridiomycetes, ciliates に見られ収斂進化？
 * mitosome &rarr; entamoeba, giardia, microsporidia
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 ;References
 <references/>
 ==ビデオレクチャー==
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 ==参考文献==
 * 配列比較以外の系統樹構築方法についての概説 (Delsuc, F., Brinkmann, H. & Philippe, H. (2005) Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life. Nature reviews. Genetics 6, 361-375)
 * 16S rRNAをつかったアーキア系統樹で参考にした論文 (Yarza, P. et al. (2008) The All-Species Living Tree project: a 16S rRNA-based phylogenetic tree of all sequenced type strains. Systematic and applied microbiology 31, 241-50)

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 ===Archaeaの起源===
-従来、Eocyte, Neomuran説のように真核生物がミトコンドリアを取り込んだという説と、古細菌がミトコンドリアを獲得したという説があった。真核生物はメタン生成菌と&alpha;プロテオバクテリアが融合して生まれてきたと考えられ<ref>Rivera MC, Lake JA (2004) The ring of life provides evidence for a genome fusion origin of eukaryotes. ''Nature'' 431(7005):152-5 PMID  15356622</ref>、メタン菌のヒストンと真核生物のヒストンの類似が根拠とされる<ref>Reeve J (2003) Archaeal chromatin and transcription. ''Mol Microbiol'' 48(3):587-98 PMID 12694606</ref>。
+従来、Eocyte, Neomuran説のように真核生物がミトコンドリアを取り込んだという説と、古細菌がミトコンドリアを獲得したという説があった。真核生物はメタン生成菌と&alpha;プロテオバクテリアが融合して生まれてきたと考えられ<ref>Rivera MC, Lake JA (2004) The ring of life provides evidence for a genome fusion origin of eukaryotes. ''Nature'' 431(2005):152-5 PMID  15356622</ref>、メタン菌のヒストンと真核生物のヒストンの類似が根拠とされる<ref>Reeve J (2003) Archaeal chromatin and transcription. ''Mol Microbiol'' 48(3):587-98 PMID 12694606</ref>。
 古細菌は核もミトコンドリアも持たないが、真核生物なのにミトコンドリアも持たない変わり者たちをアーケゾア(Archaezoa)と呼ぶ。アーケゾアでも核内にミトコンドリア由来の遺伝子を持ち、ミトコンドリア共生後に失ったと考えられている<ref>Keeling PJ (1998) A kingdom’s progress: Archezoa and the origin of eukaryotes. [http://www.botany.ubc.ca/keeling/PDF/98King.pdf ''Bioessays'' 20:87-95]</ref>。

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 ===Archaeaの起源===
-真核生物はメタン生成菌とαプロテオバクテリアが融合して生まれてきたと考えられ<ref>Rivera MC, Lake JA (2004) The ring of life provides evidence for a genome fusion origin of eukaryotes. ''Nature'' 431(7005):152-5 PMID  15356622</ref>、メタン菌のヒストンと真核生物のヒストンの類似が根拠とされる<ref>Reeve J (2003) Archaeal chromatin and transcription. ''Mol Microbiol'' 48(3):587-98 PMID 12694606</ref>。
+従来、Eocyte, Neomuran説のように真核生物がミトコンドリアを取り込んだという説と、古細菌がミトコンドリアを獲得したという説があった。真核生物はメタン生成菌と&alpha;プロテオバクテリアが融合して生まれてきたと考えられ<ref>Rivera MC, Lake JA (2004) The ring of life provides evidence for a genome fusion origin of eukaryotes. ''Nature'' 431(7005):152-5 PMID  15356622</ref>、メタン菌のヒストンと真核生物のヒストンの類似が根拠とされる<ref>Reeve J (2003) Archaeal chromatin and transcription. ''Mol Microbiol'' 48(3):587-98 PMID 12694606</ref>。
-古細菌は核もミトコンドリアも持たないが、真核生物なのにミトコンドリアも持たない変わり者たちをアーケゾア(Archaezoa)と呼ぶ。アーケゾアでも核内にミトコンドリア遺伝子を持ち、ミトコンドリア共生後に失ったと考えられている<ref>Keeling PJ (1998) A kingdom’s progress: Archezoa and the origin of eukaryotes. [http://www.botany.ubc.ca/keeling/PDF/98King.pdf ''Bioessays'' 20:87-95]</ref>。
+古細菌は核もミトコンドリアも持たないが、真核生物なのにミトコンドリアも持たない変わり者たちをアーケゾア(Archaezoa)と呼ぶ。アーケゾアでも核内にミトコンドリア由来の遺伝子を持ち、ミトコンドリア共生後に失ったと考えられている<ref>Keeling PJ (1998) A kingdom’s progress: Archezoa and the origin of eukaryotes. [http://www.botany.ubc.ca/keeling/PDF/98King.pdf ''Bioessays'' 20:87-95]</ref>。
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 ==参考文献==
-* 古細菌研究の歴史(レビュー)<ref>Cavicchioli, R. (2010) Archaea - timeline of the third domain. Nature reviews, Microbiology 9, 51-61</ref>
+* 古細菌研究の歴史(レビュー) Cavicchioli, R. (2010) Archaea - timeline of the third domain. Nature reviews, Microbiology 9, 51-61
 * 生物全体での系統樹
-** SSU rRNA<ref>Pace, N.R. (2009) Mapping the tree of life: progress and prospects. Microbiology and molecular biology reviews : MMBR 73, 565-76</ref>
+** SSU rRNA (Pace, N.R. (2009) Mapping the tree of life: progress and prospects. Microbiology and molecular biology reviews : MMBR 73, 565-76)
-** Conserved Proteins<ref>Ciccarelli, F.D. et al. (2006) Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science, 311, 1283-7</ref>
+** Conserved Proteins (Ciccarelli, F.D. et al. (2006) Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science, 311, 1283-7)
-* 配列比較以外の系統樹構築方法についての概説<ref>Delsuc, F., Brinkmann, H. & Philippe, H. (2005) Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life. Nature reviews. Genetics 6, 361-75</ref>
+* 配列比較以外の系統樹構築方法についての概説 (Delsuc, F., Brinkmann, H. & Philippe, H. (2005) Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life. Nature reviews. Genetics 6, 361-375)
-* 16S rRNAをつかったアーキア系統樹で参考にした論文<ref>Yarza, P. et al. (2008) The All-Species Living Tree project: a 16S rRNA-based phylogenetic tree of all sequenced type strains. Systematic and applied microbiology 31, 241-50</ref>
+* 16S rRNAをつかったアーキア系統樹で参考にした論文 (Yarza, P. et al. (2008) The All-Species Living Tree project: a 16S rRNA-based phylogenetic tree of all sequenced type strains. Systematic and applied microbiology 31, 241-50)
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