http://metabolomics.jp/mediawiki/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=AdmMetabolomics.JP - User contributions [en]2026-04-12T17:14:05ZUser contributionsMediaWiki 1.19.1http://metabolomics.jp/wiki/Category:BACategory:BA2024-06-28T02:59:40Z<p>Adm: Created page with "{| class="wikitable" |- ! 胆汁酸 || 略称 || C3 || C6 || C7 || C12 || 末端 || |- | タウロコール酸 || TCA || α-OH || H || α-OH || α-OH || Tau |rowspan="4"| 抱..."</p>
<hr />
<div>{| class="wikitable" <br />
|-<br />
! 胆汁酸 || 略称 || C3 || C6 || C7 || C12 || 末端 ||<br />
|-<br />
| タウロコール酸 || TCA || α-OH || H || α-OH || α-OH || Tau<br />
|rowspan="4"| 抱合型 胆汁酸<br />
|-<br />
| タウロケノデオキシコール酸 || TCDCA || α-OH || H || α-OH || H || Tau<br />
|-<br />
| グリココール酸 || GCA || α-OH || H || α-OH || α-OH || Gly<br />
|-<br />
| グリコケノデオキシコール酸 || GCDCA || α-OH || H || α-OH || H || Gly<br />
|-<br />
| コール酸 || CA || α-OH || H || α-OH || α-OH || OH <br />
|rowspan="2"| 脱抱合 by bile salt hydrolase (BSH) (''Bifidobacterium, Bacteroides, Clostridium, Lactobacillaceae'')<br />
|-<br />
| ケノデオキシコール酸 || CDCA || α-OH || H || α-OH || H || OH<br />
|-<br />
| ウルソコール酸 || UCA || α-OH || H || <font color=”red”>β</font>-OH || α-OH || OH <br />
|rowspan="2"| C7-epi by hydroxysteroid dehydrogenase (HSDH) (''Clostridium, Stenotrophomonas'')<br />
|-<br />
| ウルソデオキシコール酸 || UDCA || α-OH || H || <font color=”red”>β</font>-OH || H || OH<br />
|-<br />
| デオキシコール酸 || DCA || α-OH || H || <font color=”red”>H</font> || α-OH || OH <br />
|rowspan="2"| C7-deoxy by bile acid inducible genes (bai) (''Clostridium, Ruminococcaceae, Lachnospiraceae, Peptostreptococcaceae'')<br />
|-<br />
| リトコール酸 || LCA || α-OH || H || <font color=”red”>H</font> || H || OH<br />
<br />
|-<br />
| イソコール酸 || iCA || <font color=”red”>β</font>-OH || H || α-OH || α-OH || OH <br />
|rowspan="2"| C3-epi by HSDH (''Eggerthella, Clostridium'') 細菌毒性の低下<br />
|-<br />
| イソケノデオキシコール酸 || iCDCA || <font color=”red”>β</font>-OH || H || α-OH || H || OH<br />
|-<br />
| イソデオキシコール酸 || iDCA || <font color=”red”>β</font>-OH || H || <font color=”red”>H</font> || α-OH || OH <br />
|rowspan="2"| C3-epi, C7-deoxy 細菌毒性の低下<br />
|-<br />
| イソリトコール酸 || iLCA || <font color=”red”>β</font>-OH || H || <font color=”red”>H</font> || H || OH<br />
|-<br />
| 12-エピデオキシコール酸 || 12-epiDCA || α-OH || H || H || β-OH || OH<br />
| C12-epi by HSDH (''Eggerthella, Clostridium, Collinsella'')<br />
|-<br />
| 12-オキソケノデオキシコール酸 || 12-oxoCDCA || α-OH || H || H || oxo || OH || C12-oxo<br />
|-<br />
| 7-オキソデオキシコール酸 || 7-oxoDCA || α-OH || H || oxo || α-OH || OH <br />
|rowspan="2"| C7-oxo<br />
|-<br />
| 7-オキソリトコール酸 || 7-oxoLCA || α-OH || H || oxo || H || OH<br />
|-<br />
| 3-オキソコール酸 || 3-oxoCA || oxo || H || α-OH || α-OH || OH <br />
|rowspan="2"| C3-oxo<br />
|-<br />
| 3-オキソケノデオキシコール酸 || 3-oxoCDCA || oxo || H || α-OH || H || OH<br />
|-<br />
| フェニルアラノコール酸 || PheCA || α-OH || H || α-OH || α-OH || Phe<br />
|rowspan="3"| 再抱合型<br />
|-<br />
| チロソコール酸 || TyrCA || α-OH || H || α-OH || α-OH || Tyr<br />
|-<br />
| ロイコール酸 || LeuCA || α-OH || H || α-OH || α-OH || Leu<br />
|-<br />
| α-ミュリコール酸 || αMCA || α-OH || β-OH || α-OH || H || OH || C6-hydroxy<br />
|-<br />
| β-ミュリコール酸 || βMCA || α-OH || β-OH || β-OH || H || OH <br />
|rowspan="2"| C6-hydroxy (from urso)<br />
|-<br />
| ω-ミュリコール酸 || ωMCA || α-OH || α-OH || β-OH || H || OH <br />
|}</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Basic/ReportAritalab:Lecture/Basic/Report2023-08-15T05:37:00Z<p>Adm: /* 論文・レポートの文体 */</p>
<hr />
<div>{{Lecture/Header}}<br />
<br />
=論文・レポートの書き方=<br />
<br />
大学に入ると長いレポート（といってもA4用紙に5枚ぐらい）を書かされます。レポートを課す先生側は研究者として論文を書き慣れているため、その形式を「論文形式で」とか「自分のやったことがわかるように」と簡単に言う場合が多いです。しかしほとんど書いた経験のない学生の側からすると、内容のあるレポートを書き上げるのは一苦労でしょう。ではレポートをどう書けばよいのか、その形式を簡単に紹介します。<br />
みなレポート書く際には苦労します。その苦労を上手に表現できることが重要です。<br />
<br />
<br />
==論文・レポートには決まった書き方がある==<br />
===章立てをしよう===<br />
学術論文はたいてい<br />
# Introduction (またはBackground)<br />
# Results<br />
# Discussion<br />
# Materials and Methods<br />
# References<br />
という構成になっています。構成は分野によって異なります。例えば Materials & Methods といった要素がない数学や計算機科学の場合は<br />
# Introduction / Background<br />
# Related Works<br />
# Results / Algorithms 等<br />
# Discussion<br />
# References<br />
となるでしょう。数学の問題や証明が課題となっている場合、Related works や Discussionは不要かもしれません。章立てはレポート内容にあわせましょう。いずれにせよ、適切な「章立て」は必要です。<br />
<br />
===章の中身を書き分けよう===<br />
次に各章で書くべき内容を簡単に解説します。レポートは、それを初めて読む人でも内容がわかること、そして自分が実施したことを（大まかにでも）再現できるようにすることが重要です。<br />
<br />
; Introduction/Background<br />
: 日本語では「序論」や「背景」とも書きます。レポートの場合はまず課題の内容を記し、その位置づけや重要性を簡潔に記してください。学術論文の場合は半年ぐらい文献調査に費やします。その結果を冒頭に記述するので「背景」という見出しになります。<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの書き出し<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの書き出し <br />
|-<br />
| valign="top" | 私は〇〇を題材に選びました。これは私が以前から気になっていた内容で、常々〇〇したいと考えを温めてきたものです。そこで〇〇よりデータを収集し〇〇しようと考えました…<br />
| 課題： 〇〇のデータを収集して〇〇処理すること<br />
利用データ： 次のサイトより取得 …<br />
<br />
''背景''<br />
<br />
〇〇とは東アジアを中心にみられる自然現象であり、様々な角度より…<br />
|}<br />
左は感想文のスタイルで書き始めていますが、自分の主観が前面に出ていて客観性がありません。日本語で「～と考えました」と書く人は多いですが、そもそもレポートとは考えたことを記載するものです。わざわざ書く必要はありません。<br />
それに対して右はまず取り組む課題と利用データを手短に示した上で「背景」の記述を始めています。<br />
<br />
; Results<br />
: 日本語では「結果」や「結論」になります（結論が背景の次にくることに注意）。自分が課題に取り組んで得た結果を記してください。数学の証明問題であれば、数式を含めた証明の道筋を記述します。プログラミング演習であれば、プログラムの概要と得られた結果を記述します。ここでプログラムのソースコードをそのまま貼り付けたり、あるいは逆に結論だけを記載してはいけません。プログラムの概要と、そのプログラムに行き着いた経緯を記すことが重要です。他の人がその内容を読んで、結果を再現できるように解説します。内容は可能な限り客観的にします。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの結果<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの結果<br />
|-<br />
| valign="top" | 結果を図１に示します。うまく分類することができました。◯◯と〇〇は似たような傾向がみられます。この原因として考えられるものに〇〇があるかもしれません。<br />
| valign="top" | 分類の結果、◯◯と〇〇は同じグループとなった（図１）。この結果はパラメータを◯から◯まで変化させても変わらなかった。このパラメータは◯◯をモデルしており、その値の変化は〇〇に相当している。<br />
|}<br />
左は結果の解釈を図１に任せてしまっており、何がうまく分類できているのか、どんな傾向が見られるかが文章で表現できていません。図表の解釈や印象は人によって思いのほか異なります。文章のみでできる限り客観的に記載し、図は補助的に利用しましょう。また原因の考察や推測は「結果」ではなく「考察」の部分に記載します。<br />
; Discussion<br />
: 得られた結果の「考察」です。数学の問題であれば応用先、プログラミング演習であればエラーの可能性や実行時間の考察、実現できなかったことや結論の一般性、今後の課題などをここに記します。ここに個人の見解や意見を反映させてもよいです。要するに、ある程度の私見が入る部分になります。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの考察<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの考察<br />
|-<br />
| valign="top" | 今回のデータはフォーマットが揃っておらず、修正にとても苦労した。非常におもしろい課題だったが、個人的にはもう少し課題の出し方を工夫してほしかった…<br />
| valign="top" | データを扱う際にはフォーマットの統一が重要である。これを手作業で実施することは難しいうえ、各所で同じ作業を繰り返すことは非効率であろう。興味深いテーマであることと解析の簡便さは必ずしも両立しない…<br />
|}<br />
同じ内容を記載するにも「苦労した」とか「こうしてほしい」と書くと自分の意見になってしまいます。一般性をもたせる書き方をするだけで（同じ意味でも）立派にみえるでしょう。<br />
<br />
; Materials and Methods<br />
: 生命科学の実験に関する論文では、ここに試薬や実験手続きの詳細を記します。証明やプログラムの内容が煩雑になる場合は、この部分に詳細を書いても良いでしょう。<br />
<br />
; References<br />
: 日本語では「参考文献」にあたります。参考にした論文や書籍は必ず記述してください。参考にすることは「書き写す」こととは違うことに注意しましょう。また文献情報は読んだ人がその文献を探し出せるように記述することが必須です。参考文献の情報がきちんと書かれていると、印象がとても良くなります。<br />
<br />
* 書籍を引用する場合 ... 著者、書名、出版社、出版年（出版地）を記してください。場合によっては文献として利用した章やページの番号を記すとより親切です。<br />
** 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981<br />
** Darwin C "On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life" John Murray, 1859, London<br />
* 論文を引用する場合 ... 著者、論文名、雑誌名、巻号ページ、年を記してください。（Science誌やNature誌のように誌面が非常に限られる雑誌は論文名を省略しますが、大多数の学術論文は引用する論文のタイトルまで詳細に記述します。<br />
** Watson JD, Crick FHC "A structure for Deoxyribose Nucleic Acid" ''Nature'' 171:737,1953<br />
* ウェブサイトを引用する場合 ... サイトの概要と http アドレスを記載します。アドレスだけを記載しないように。<br />
** Mark Newman によるネットワークデータ集 http://www-personal.umich.edu/~mejn/netdata/<br />
* SNS や blog を引用したい場合 ... 基本的に、書き換えや削除が可能なSNSやblog記事は引用できません。<br />
<br />
==論文・レポートの文体==<br />
レポートを書く際に文体は重要です。日本語なら「ですます」調でも「である」調でも構いませんが、全体を一つの文体で統一しましょう。英語で書く場合、ラテン語系の言葉で書くか、口語調（アングロサクソン系）の言葉かの選択になります。両者が混ざると文章としておかしな雰囲気になります。<br />
<br />
; Style Manual<br />
論文の書き方は時代背景や分野によっても大きく変化します。論文や原稿の書き方を示したものはStyle Manualと言われ、以下のものが有名です。<br />
<br />
* "The Chicago Manual of Style, 15th ed." University Of Chicago Press, 2003 ([http://www.chicagomanualofstyle.org/tools_citationguide.html オンライン版])<br />
<br />
アメリカ化学会の出す論文のスタイルマニュアル<br />
* Coghill AM, Garson LR (2006) "ACS Style Guide: Effective Communication of Scientific Information, 3rd ed." American Chemical Society and Oxford University Press: Washington, DC and Oxford.<br />
<br />
===受身か I か We なのか===<br />
英語論文において、客観性を保つために論文は受身で書くというスタイルが昔は主流でした。しかし最近は、"We tested ..." のように主語を明示的に書くことを推奨する英文誌もあります。例えば[http://genome.cshlp.org/site/misc/ifora_mspreparation.xhtml Genome Research]誌のガイドラインには "We prefer the manuscript be written in active rather than passive voice. " と書かれています。<br />
さらに、単著でも主語は we にするというスタイルが昔は常識でした。しかし最近は、I で記述する論文も見かけます。論文の場合は各雑誌の編集方針に合わせてください。学位論文の場合は単著であることを強調するので I で書くことが多いようです。日本語のレポートで「私は」と書いても全く問題ありません。ただし「面白かった」とか「困った」といった主観的な言葉は極力避けましょう。<br />
<br />
===読むとためになる参考書===<br />
* 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981 （古い本のため受け身で書こうとか、今の時代にそぐわない内容もあります。それでも非常に勉強になります。）<br />
* Strunk Jr W, White EB "The Elements of Style, 4th ed." Pearson Education Company, 2000 （これは全ての学生に勧めている名著です。）<br />
<br />
==プログラミング課題のレポート==<br />
<br />
プログラムの課題を出すと、自分で書いたプログラムや実行結果だけを送ってくる人がいます。<br />
いったん課題を提出された側の立場にたって、それで成績評価が可能かどうか考えてみてください。（無理ですよね。）<br />
自分がどのような工夫を施して、それをどのように実現したのか、過程を書いた上でプログラムを添付するようにして下さい。<br />
<br />
またプログラムを提出する際はソースコードを添付します。実行形式を添付されても、何もわかりません。（こちらで実行ファイルを開くことはしません。）<br />
<br />
{{twocolumn<br />
|<br />
;困った課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。課題を提出します。<br />
<br />
以下が出力結果です。プログラムコードは添付します。<br />
<br />
（としてテキストファイルが添付されている。）<br />
<br />
入力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
出力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
よってうまく動いているようです。<br />
</pre><br />
<br />
<br />
;好ましい課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。○月×日の課題を提出します。<br />
<br />
PDFの中に考察とプログラムコードがあります。<br />
<br />
（としてPDFが添付されている。）<br />
<br />
</pre><br />
<br />
|<br />
<br/><br />
左のようなレポートを提出されても、まず<br />
* 具体例が 1 つだけでは、動作が正しいのか分からない。<br />
* ソースコードがテキストファイルで、文字コードも分からない。<br />
* 提出者や課題内容がメール本文に書かれており、レポートというより単なるメールになっている。<br />
といった問題があります。<br />
<br />
課題の提出スタイルとして、少なくとも A4 の紙にプリントアウトできる内容で送るようにして下さい。メールの本文にいろいろ書く必要はありません。<br />
<br />
提出するPDFファイル（またはMSワードファイル）には、授業名、課題提出日、学籍番号と氏名を必ず書くようにして下さい。またプログラムが実行できたという内容だけでなく、何を工夫したのかを記述して下さい。重要なのはプログラムのソースコードではなく、工夫を記述した '''文章''' の部分です。<br />
<br />
}}</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Basic/ReportAritalab:Lecture/Basic/Report2023-08-15T05:34:33Z<p>Adm: /* 受身か I か We なのか */</p>
<hr />
<div>{{Lecture/Header}}<br />
<br />
=論文・レポートの書き方=<br />
<br />
大学に入ると長いレポート（といってもA4用紙に5枚ぐらい）を書かされます。レポートを課す先生側は研究者として論文を書き慣れているため、その形式を「論文形式で」とか「自分のやったことがわかるように」と簡単に言う場合が多いです。しかしほとんど書いた経験のない学生の側からすると、内容のあるレポートを書き上げるのは一苦労でしょう。ではレポートをどう書けばよいのか、その形式を簡単に紹介します。<br />
みなレポート書く際には苦労します。その苦労を上手に表現できることが重要です。<br />
<br />
<br />
==論文・レポートには決まった書き方がある==<br />
===章立てをしよう===<br />
学術論文はたいてい<br />
# Introduction (またはBackground)<br />
# Results<br />
# Discussion<br />
# Materials and Methods<br />
# References<br />
という構成になっています。構成は分野によって異なります。例えば Materials & Methods といった要素がない数学や計算機科学の場合は<br />
# Introduction / Background<br />
# Related Works<br />
# Results / Algorithms 等<br />
# Discussion<br />
# References<br />
となるでしょう。数学の問題や証明が課題となっている場合、Related works や Discussionは不要かもしれません。章立てはレポート内容にあわせましょう。いずれにせよ、適切な「章立て」は必要です。<br />
<br />
===章の中身を書き分けよう===<br />
次に各章で書くべき内容を簡単に解説します。レポートは、それを初めて読む人でも内容がわかること、そして自分が実施したことを（大まかにでも）再現できるようにすることが重要です。<br />
<br />
; Introduction/Background<br />
: 日本語では「序論」や「背景」とも書きます。レポートの場合はまず課題の内容を記し、その位置づけや重要性を簡潔に記してください。学術論文の場合は半年ぐらい文献調査に費やします。その結果を冒頭に記述するので「背景」という見出しになります。<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの書き出し<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの書き出し <br />
|-<br />
| valign="top" | 私は〇〇を題材に選びました。これは私が以前から気になっていた内容で、常々〇〇したいと考えを温めてきたものです。そこで〇〇よりデータを収集し〇〇しようと考えました…<br />
| 課題： 〇〇のデータを収集して〇〇処理すること<br />
利用データ： 次のサイトより取得 …<br />
<br />
''背景''<br />
<br />
〇〇とは東アジアを中心にみられる自然現象であり、様々な角度より…<br />
|}<br />
左は感想文のスタイルで書き始めていますが、自分の主観が前面に出ていて客観性がありません。日本語で「～と考えました」と書く人は多いですが、そもそもレポートとは考えたことを記載するものです。わざわざ書く必要はありません。<br />
それに対して右はまず取り組む課題と利用データを手短に示した上で「背景」の記述を始めています。<br />
<br />
; Results<br />
: 日本語では「結果」や「結論」になります（結論が背景の次にくることに注意）。自分が課題に取り組んで得た結果を記してください。数学の証明問題であれば、数式を含めた証明の道筋を記述します。プログラミング演習であれば、プログラムの概要と得られた結果を記述します。ここでプログラムのソースコードをそのまま貼り付けたり、あるいは逆に結論だけを記載してはいけません。プログラムの概要と、そのプログラムに行き着いた経緯を記すことが重要です。他の人がその内容を読んで、結果を再現できるように解説します。内容は可能な限り客観的にします。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの結果<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの結果<br />
|-<br />
| valign="top" | 結果を図１に示します。うまく分類することができました。◯◯と〇〇は似たような傾向がみられます。この原因として考えられるものに〇〇があるかもしれません。<br />
| valign="top" | 分類の結果、◯◯と〇〇は同じグループとなった（図１）。この結果はパラメータを◯から◯まで変化させても変わらなかった。このパラメータは◯◯をモデルしており、その値の変化は〇〇に相当している。<br />
|}<br />
左は結果の解釈を図１に任せてしまっており、何がうまく分類できているのか、どんな傾向が見られるかが文章で表現できていません。図表の解釈や印象は人によって思いのほか異なります。文章のみでできる限り客観的に記載し、図は補助的に利用しましょう。また原因の考察や推測は「結果」ではなく「考察」の部分に記載します。<br />
; Discussion<br />
: 得られた結果の「考察」です。数学の問題であれば応用先、プログラミング演習であればエラーの可能性や実行時間の考察、実現できなかったことや結論の一般性、今後の課題などをここに記します。ここに個人の見解や意見を反映させてもよいです。要するに、ある程度の私見が入る部分になります。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの考察<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの考察<br />
|-<br />
| valign="top" | 今回のデータはフォーマットが揃っておらず、修正にとても苦労した。非常におもしろい課題だったが、個人的にはもう少し課題の出し方を工夫してほしかった…<br />
| valign="top" | データを扱う際にはフォーマットの統一が重要である。これを手作業で実施することは難しいうえ、各所で同じ作業を繰り返すことは非効率であろう。興味深いテーマであることと解析の簡便さは必ずしも両立しない…<br />
|}<br />
同じ内容を記載するにも「苦労した」とか「こうしてほしい」と書くと自分の意見になってしまいます。一般性をもたせる書き方をするだけで（同じ意味でも）立派にみえるでしょう。<br />
<br />
; Materials and Methods<br />
: 生命科学の実験に関する論文では、ここに試薬や実験手続きの詳細を記します。証明やプログラムの内容が煩雑になる場合は、この部分に詳細を書いても良いでしょう。<br />
<br />
; References<br />
: 日本語では「参考文献」にあたります。参考にした論文や書籍は必ず記述してください。参考にすることは「書き写す」こととは違うことに注意しましょう。また文献情報は読んだ人がその文献を探し出せるように記述することが必須です。参考文献の情報がきちんと書かれていると、印象がとても良くなります。<br />
<br />
* 書籍を引用する場合 ... 著者、書名、出版社、出版年（出版地）を記してください。場合によっては文献として利用した章やページの番号を記すとより親切です。<br />
** 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981<br />
** Darwin C "On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life" John Murray, 1859, London<br />
* 論文を引用する場合 ... 著者、論文名、雑誌名、巻号ページ、年を記してください。（Science誌やNature誌のように誌面が非常に限られる雑誌は論文名を省略しますが、大多数の学術論文は引用する論文のタイトルまで詳細に記述します。<br />
** Watson JD, Crick FHC "A structure for Deoxyribose Nucleic Acid" ''Nature'' 171:737,1953<br />
* ウェブサイトを引用する場合 ... サイトの概要と http アドレスを記載します。アドレスだけを記載しないように。<br />
** Mark Newman によるネットワークデータ集 http://www-personal.umich.edu/~mejn/netdata/<br />
* SNS や blog を引用したい場合 ... 基本的に、書き換えや削除が可能なSNSやblog記事は引用できません。<br />
<br />
==論文・レポートの文体==<br />
レポートを書く際に文体は重要です。「ですます」調でも「である」調でも構いませんが、全体を一つの文体で統一しましょう。<br />
<br />
; Style Manual<br />
論文の書き方は時代背景や分野によっても大きく変化します。論文や原稿の書き方を示したものはStyle Manualと言われ、以下のものが有名です。<br />
<br />
* "The Chicago Manual of Style, 15th ed." University Of Chicago Press, 2003 ([http://www.chicagomanualofstyle.org/tools_citationguide.html オンライン版])<br />
<br />
アメリカ化学会の出す論文のスタイルマニュアル<br />
* Coghill AM, Garson LR (2006) "ACS Style Guide: Effective Communication of Scientific Information, 3rd ed." American Chemical Society and Oxford University Press: Washington, DC and Oxford.<br />
<br />
===受身か I か We なのか===<br />
英語論文において、客観性を保つために論文は受身で書くというスタイルが昔は主流でした。しかし最近は、"We tested ..." のように主語を明示的に書くことを推奨する英文誌もあります。例えば[http://genome.cshlp.org/site/misc/ifora_mspreparation.xhtml Genome Research]誌のガイドラインには "We prefer the manuscript be written in active rather than passive voice. " と書かれています。<br />
さらに、単著でも主語は we にするというスタイルが昔は常識でした。しかし最近は、I で記述する論文も見かけます。論文の場合は各雑誌の編集方針に合わせてください。学位論文の場合は単著であることを強調するので I で書くことが多いようです。日本語のレポートで「私は」と書いても全く問題ありません。ただし「面白かった」とか「困った」といった主観的な言葉は極力避けましょう。<br />
<br />
===読むとためになる参考書===<br />
* 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981 （古い本のため受け身で書こうとか、今の時代にそぐわない内容もあります。それでも非常に勉強になります。）<br />
* Strunk Jr W, White EB "The Elements of Style, 4th ed." Pearson Education Company, 2000 （これは全ての学生に勧めている名著です。）<br />
<br />
<br />
==プログラミング課題のレポート==<br />
<br />
プログラムの課題を出すと、自分で書いたプログラムや実行結果だけを送ってくる人がいます。<br />
いったん課題を提出された側の立場にたって、それで成績評価が可能かどうか考えてみてください。（無理ですよね。）<br />
自分がどのような工夫を施して、それをどのように実現したのか、過程を書いた上でプログラムを添付するようにして下さい。<br />
<br />
またプログラムを提出する際はソースコードを添付します。実行形式を添付されても、何もわかりません。（こちらで実行ファイルを開くことはしません。）<br />
<br />
{{twocolumn<br />
|<br />
;困った課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。課題を提出します。<br />
<br />
以下が出力結果です。プログラムコードは添付します。<br />
<br />
（としてテキストファイルが添付されている。）<br />
<br />
入力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
出力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
よってうまく動いているようです。<br />
</pre><br />
<br />
<br />
;好ましい課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。○月×日の課題を提出します。<br />
<br />
PDFの中に考察とプログラムコードがあります。<br />
<br />
（としてPDFが添付されている。）<br />
<br />
</pre><br />
<br />
|<br />
<br/><br />
左のようなレポートを提出されても、まず<br />
* 具体例が 1 つだけでは、動作が正しいのか分からない。<br />
* ソースコードがテキストファイルで、文字コードも分からない。<br />
* 提出者や課題内容がメール本文に書かれており、レポートというより単なるメールになっている。<br />
といった問題があります。<br />
<br />
課題の提出スタイルとして、少なくとも A4 の紙にプリントアウトできる内容で送るようにして下さい。メールの本文にいろいろ書く必要はありません。<br />
<br />
提出するPDFファイル（またはMSワードファイル）には、授業名、課題提出日、学籍番号と氏名を必ず書くようにして下さい。またプログラムが実行できたという内容だけでなく、何を工夫したのかを記述して下さい。重要なのはプログラムのソースコードではなく、工夫を記述した '''文章''' の部分です。<br />
<br />
}}</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Basic/ReportAritalab:Lecture/Basic/Report2023-08-15T05:29:52Z<p>Adm: /* 章の中身を書き分けよう */</p>
<hr />
<div>{{Lecture/Header}}<br />
<br />
=論文・レポートの書き方=<br />
<br />
大学に入ると長いレポート（といってもA4用紙に5枚ぐらい）を書かされます。レポートを課す先生側は研究者として論文を書き慣れているため、その形式を「論文形式で」とか「自分のやったことがわかるように」と簡単に言う場合が多いです。しかしほとんど書いた経験のない学生の側からすると、内容のあるレポートを書き上げるのは一苦労でしょう。ではレポートをどう書けばよいのか、その形式を簡単に紹介します。<br />
みなレポート書く際には苦労します。その苦労を上手に表現できることが重要です。<br />
<br />
<br />
==論文・レポートには決まった書き方がある==<br />
===章立てをしよう===<br />
学術論文はたいてい<br />
# Introduction (またはBackground)<br />
# Results<br />
# Discussion<br />
# Materials and Methods<br />
# References<br />
という構成になっています。構成は分野によって異なります。例えば Materials & Methods といった要素がない数学や計算機科学の場合は<br />
# Introduction / Background<br />
# Related Works<br />
# Results / Algorithms 等<br />
# Discussion<br />
# References<br />
となるでしょう。数学の問題や証明が課題となっている場合、Related works や Discussionは不要かもしれません。章立てはレポート内容にあわせましょう。いずれにせよ、適切な「章立て」は必要です。<br />
<br />
===章の中身を書き分けよう===<br />
次に各章で書くべき内容を簡単に解説します。レポートは、それを初めて読む人でも内容がわかること、そして自分が実施したことを（大まかにでも）再現できるようにすることが重要です。<br />
<br />
; Introduction/Background<br />
: 日本語では「序論」や「背景」とも書きます。レポートの場合はまず課題の内容を記し、その位置づけや重要性を簡潔に記してください。学術論文の場合は半年ぐらい文献調査に費やします。その結果を冒頭に記述するので「背景」という見出しになります。<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの書き出し<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの書き出し <br />
|-<br />
| valign="top" | 私は〇〇を題材に選びました。これは私が以前から気になっていた内容で、常々〇〇したいと考えを温めてきたものです。そこで〇〇よりデータを収集し〇〇しようと考えました…<br />
| 課題： 〇〇のデータを収集して〇〇処理すること<br />
利用データ： 次のサイトより取得 …<br />
<br />
''背景''<br />
<br />
〇〇とは東アジアを中心にみられる自然現象であり、様々な角度より…<br />
|}<br />
左は感想文のスタイルで書き始めていますが、自分の主観が前面に出ていて客観性がありません。日本語で「～と考えました」と書く人は多いですが、そもそもレポートとは考えたことを記載するものです。わざわざ書く必要はありません。<br />
それに対して右はまず取り組む課題と利用データを手短に示した上で「背景」の記述を始めています。<br />
<br />
; Results<br />
: 日本語では「結果」や「結論」になります（結論が背景の次にくることに注意）。自分が課題に取り組んで得た結果を記してください。数学の証明問題であれば、数式を含めた証明の道筋を記述します。プログラミング演習であれば、プログラムの概要と得られた結果を記述します。ここでプログラムのソースコードをそのまま貼り付けたり、あるいは逆に結論だけを記載してはいけません。プログラムの概要と、そのプログラムに行き着いた経緯を記すことが重要です。他の人がその内容を読んで、結果を再現できるように解説します。内容は可能な限り客観的にします。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの結果<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの結果<br />
|-<br />
| valign="top" | 結果を図１に示します。うまく分類することができました。◯◯と〇〇は似たような傾向がみられます。この原因として考えられるものに〇〇があるかもしれません。<br />
| valign="top" | 分類の結果、◯◯と〇〇は同じグループとなった（図１）。この結果はパラメータを◯から◯まで変化させても変わらなかった。このパラメータは◯◯をモデルしており、その値の変化は〇〇に相当している。<br />
|}<br />
左は結果の解釈を図１に任せてしまっており、何がうまく分類できているのか、どんな傾向が見られるかが文章で表現できていません。図表の解釈や印象は人によって思いのほか異なります。文章のみでできる限り客観的に記載し、図は補助的に利用しましょう。また原因の考察や推測は「結果」ではなく「考察」の部分に記載します。<br />
; Discussion<br />
: 得られた結果の「考察」です。数学の問題であれば応用先、プログラミング演習であればエラーの可能性や実行時間の考察、実現できなかったことや結論の一般性、今後の課題などをここに記します。ここに個人の見解や意見を反映させてもよいです。要するに、ある程度の私見が入る部分になります。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの考察<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの考察<br />
|-<br />
| valign="top" | 今回のデータはフォーマットが揃っておらず、修正にとても苦労した。非常におもしろい課題だったが、個人的にはもう少し課題の出し方を工夫してほしかった…<br />
| valign="top" | データを扱う際にはフォーマットの統一が重要である。これを手作業で実施することは難しいうえ、各所で同じ作業を繰り返すことは非効率であろう。興味深いテーマであることと解析の簡便さは必ずしも両立しない…<br />
|}<br />
同じ内容を記載するにも「苦労した」とか「こうしてほしい」と書くと自分の意見になってしまいます。一般性をもたせる書き方をするだけで（同じ意味でも）立派にみえるでしょう。<br />
<br />
; Materials and Methods<br />
: 生命科学の実験に関する論文では、ここに試薬や実験手続きの詳細を記します。証明やプログラムの内容が煩雑になる場合は、この部分に詳細を書いても良いでしょう。<br />
<br />
; References<br />
: 日本語では「参考文献」にあたります。参考にした論文や書籍は必ず記述してください。参考にすることは「書き写す」こととは違うことに注意しましょう。また文献情報は読んだ人がその文献を探し出せるように記述することが必須です。参考文献の情報がきちんと書かれていると、印象がとても良くなります。<br />
<br />
* 書籍を引用する場合 ... 著者、書名、出版社、出版年（出版地）を記してください。場合によっては文献として利用した章やページの番号を記すとより親切です。<br />
** 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981<br />
** Darwin C "On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life" John Murray, 1859, London<br />
* 論文を引用する場合 ... 著者、論文名、雑誌名、巻号ページ、年を記してください。（Science誌やNature誌のように誌面が非常に限られる雑誌は論文名を省略しますが、大多数の学術論文は引用する論文のタイトルまで詳細に記述します。<br />
** Watson JD, Crick FHC "A structure for Deoxyribose Nucleic Acid" ''Nature'' 171:737,1953<br />
* ウェブサイトを引用する場合 ... サイトの概要と http アドレスを記載します。アドレスだけを記載しないように。<br />
** Mark Newman によるネットワークデータ集 http://www-personal.umich.edu/~mejn/netdata/<br />
* SNS や blog を引用したい場合 ... 基本的に、書き換えや削除が可能なSNSやblog記事は引用できません。<br />
<br />
==論文・レポートの文体==<br />
レポートを書く際に文体は重要です。「ですます」調でも「である」調でも構いませんが、全体を一つの文体で統一しましょう。<br />
<br />
; Style Manual<br />
論文の書き方は時代背景や分野によっても大きく変化します。論文や原稿の書き方を示したものはStyle Manualと言われ、以下のものが有名です。<br />
<br />
* "The Chicago Manual of Style, 15th ed." University Of Chicago Press, 2003 ([http://www.chicagomanualofstyle.org/tools_citationguide.html オンライン版])<br />
<br />
アメリカ化学会の出す論文のスタイルマニュアル<br />
* Coghill AM, Garson LR (2006) "ACS Style Guide: Effective Communication of Scientific Information, 3rd ed." American Chemical Society and Oxford University Press: Washington, DC and Oxford.<br />
<br />
===受身か I か We なのか===<br />
英語論文において、客観性を保つために論文は受身で書くというスタイルが昔は主流でした。しかし最近は、"We tested ..." のように主語を明示的に書くことを推奨する英文誌もあります。例えば[http://genome.cshlp.org/site/misc/ifora_mspreparation.xhtml Genome Research]には "We prefer the manuscript be written in active rather than passive voice. " と書かれています。<br />
さらに、単著でも主語は we にするというスタイルが昔は常識でした。しかし最近は、I で記述する論文も見かけます。論文の場合は各雑誌の編集方針に合わせてください。学位論文の場合は単著であることを強調するので I で書くことが多いようです。日本語のレポートで「私は」と書いても全く問題ありません。ただし「面白かった」とか「困った」といった主観的な言葉は極力避けましょう。<br />
<br />
===読むとためになる参考書===<br />
* 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981 （古い本のため受け身で書こうとか、今の時代にそぐわない内容もあります。それでも非常に勉強になります。）<br />
* Strunk Jr W, White EB "The Elements of Style, 4th ed." Pearson Education Company, 2000 （これは全ての学生に勧めている名著です。）<br />
<br />
<br />
==プログラミング課題のレポート==<br />
<br />
プログラムの課題を出すと、自分で書いたプログラムや実行結果だけを送ってくる人がいます。<br />
いったん課題を提出された側の立場にたって、それで成績評価が可能かどうか考えてみてください。（無理ですよね。）<br />
自分がどのような工夫を施して、それをどのように実現したのか、過程を書いた上でプログラムを添付するようにして下さい。<br />
<br />
またプログラムを提出する際はソースコードを添付します。実行形式を添付されても、何もわかりません。（こちらで実行ファイルを開くことはしません。）<br />
<br />
{{twocolumn<br />
|<br />
;困った課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。課題を提出します。<br />
<br />
以下が出力結果です。プログラムコードは添付します。<br />
<br />
（としてテキストファイルが添付されている。）<br />
<br />
入力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
出力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
よってうまく動いているようです。<br />
</pre><br />
<br />
<br />
;好ましい課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。○月×日の課題を提出します。<br />
<br />
PDFの中に考察とプログラムコードがあります。<br />
<br />
（としてPDFが添付されている。）<br />
<br />
</pre><br />
<br />
|<br />
<br/><br />
左のようなレポートを提出されても、まず<br />
* 具体例が 1 つだけでは、動作が正しいのか分からない。<br />
* ソースコードがテキストファイルで、文字コードも分からない。<br />
* 提出者や課題内容がメール本文に書かれており、レポートというより単なるメールになっている。<br />
といった問題があります。<br />
<br />
課題の提出スタイルとして、少なくとも A4 の紙にプリントアウトできる内容で送るようにして下さい。メールの本文にいろいろ書く必要はありません。<br />
<br />
提出するPDFファイル（またはMSワードファイル）には、授業名、課題提出日、学籍番号と氏名を必ず書くようにして下さい。またプログラムが実行できたという内容だけでなく、何を工夫したのかを記述して下さい。重要なのはプログラムのソースコードではなく、工夫を記述した '''文章''' の部分です。<br />
<br />
}}</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Basic/ReportAritalab:Lecture/Basic/Report2023-08-15T05:27:23Z<p>Adm: /* 章の中身を書き分けよう */</p>
<hr />
<div>{{Lecture/Header}}<br />
<br />
=論文・レポートの書き方=<br />
<br />
大学に入ると長いレポート（といってもA4用紙に5枚ぐらい）を書かされます。レポートを課す先生側は研究者として論文を書き慣れているため、その形式を「論文形式で」とか「自分のやったことがわかるように」と簡単に言う場合が多いです。しかしほとんど書いた経験のない学生の側からすると、内容のあるレポートを書き上げるのは一苦労でしょう。ではレポートをどう書けばよいのか、その形式を簡単に紹介します。<br />
みなレポート書く際には苦労します。その苦労を上手に表現できることが重要です。<br />
<br />
<br />
==論文・レポートには決まった書き方がある==<br />
===章立てをしよう===<br />
学術論文はたいてい<br />
# Introduction (またはBackground)<br />
# Results<br />
# Discussion<br />
# Materials and Methods<br />
# References<br />
という構成になっています。構成は分野によって異なります。例えば Materials & Methods といった要素がない数学や計算機科学の場合は<br />
# Introduction / Background<br />
# Related Works<br />
# Results / Algorithms 等<br />
# Discussion<br />
# References<br />
となるでしょう。数学の問題や証明が課題となっている場合、Related works や Discussionは不要かもしれません。章立てはレポート内容にあわせましょう。いずれにせよ、適切な「章立て」は必要です。<br />
<br />
===章の中身を書き分けよう===<br />
次に各章で書くべき内容を簡単に解説します。レポートは、それを初めて読む人でも内容がわかること、そして自分が実施したことを（大まかにでも）再現できるようにすることが重要です。<br />
<br />
; Introduction/Background<br />
: 日本語では「序論」や「背景」とも書きます。レポートの場合はまず課題の内容を記し、その位置づけや重要性を簡潔に記してください。学術論文の場合は半年ぐらい文献調査に費やします。その結果を冒頭に記述するので「背景」という見出しになります。<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの書き出し<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの書き出し <br />
|-<br />
| valign="top" | 私は〇〇を題材に選びました。これは私が以前から気になっていた内容で、常々〇〇したいと考えを温めてきたものです。そこで〇〇よりデータを収集し〇〇しようと考えました…<br />
| 課題： 〇〇のデータを収集して〇〇処理すること<br />
利用データ： 次のサイトより取得 …<br />
<br />
''背景''<br />
<br />
〇〇とは東アジアを中心にみられる自然現象であり、様々な角度より…<br />
|}<br />
左は感想文のスタイルで書き始めていますが、自分の主観が前面に出ていて客観性がありません。日本語で「～と考えました」と書く人は多いですが、そもそもレポートとは考えたことを記載するものです。わざわざ書く必要はありません。<br />
それに対して右はまず取り組む課題と利用データを手短に示した上で「背景」の記述を始めています。<br />
<br />
; Results<br />
: 日本語では「結果」や「結論」になります（結論が背景の次にくることに注意）。自分が課題に取り組んで得た結果を記してください。数学の証明問題であれば、数式を含めた証明の道筋を記述します。プログラミング演習であれば、プログラムの概要と得られた結果を記述します。ここでプログラムのソースコードをそのまま貼り付けたり、あるいは逆に結論だけを記載してはいけません。プログラムの概要と、そのプログラムに行き着いた経緯を記すことが重要です。他の人がその内容を読んで、結果を再現できるように解説します。内容は可能な限り客観的にします。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの結果<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの結果<br />
|-<br />
| valign="top" | 結果を図１に示します。うまく分類することができました。◯◯と〇〇は似たような傾向がみられます。この原因として考えられるものに〇〇があるかもしれません。<br />
| valign="top" | 分類の結果、◯◯と〇〇は同じグループとなった（図１）。この結果はパラメータを◯から◯まで変化させても変わらなかった。このパラメータは◯◯をモデルしており、その値の変化は〇〇に相当している。<br />
|}<br />
左は結果の解釈を図１に任せてしまっており、何がうまく分類できているのか、どんな傾向が見られるかが文章で表現できていません。図表の解釈や印象は人によって思いのほか異なります。文章のみでできる限り客観的に記載し、図は補助的に利用しましょう。また原因の考察や推測は「結果」ではなく「考察」の部分に記載します。<br />
; Discussion<br />
: 得られた結果の「考察」です。数学の問題であれば応用先、プログラミング演習であればエラーの可能性や実行時間の考察、実現できなかったことや結論の一般性、今後の課題などをここに記します。ここに個人の見解や意見を反映させてもよいです。要するに、ある程度の私見が入る部分になります。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの考察<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの考察<br />
|-<br />
| valign="top" | 今回のデータはフォーマットが揃っておらず、修正にとても苦労した。非常におもしろい課題だったが、個人的にはもう少し内容を工夫してほしかった…<br />
| valign="top" | データを扱う際にはフォーマットの統一が重要である。これを手作業で実施することは難しいうえ、各所で同じ作業を繰り返すことは非効率であろう。興味深いテーマであることと解析の簡便さは必ずしも両立しない…<br />
|}<br />
同じ内容を記載するにも「苦労した」とか「こうしてほしい」と書くと自分の意見になってしまいます。一般性をもたせる書き方をするだけで（同じ意味でも）立派にみえるでしょう。<br />
<br />
; Materials and Methods<br />
: 生命科学の実験に関する論文では、ここに試薬や実験手続きの詳細を記します。証明やプログラムの内容が煩雑になる場合は、この部分に詳細を書いても良いでしょう。<br />
<br />
; References<br />
: 日本語では「参考文献」にあたります。参考にした論文や書籍は必ず記述してください。参考にすることは「書き写す」こととは違うことに注意しましょう。また文献情報は読んだ人がその文献を探し出せるように記述することが必須です。参考文献の情報がきちんと書かれていると、印象がとても良くなります。<br />
<br />
* 書籍を引用する場合 ... 著者、書名、出版社、出版年（出版地）を記してください。場合によっては文献として利用した章やページの番号を記すとより親切です。<br />
** 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981<br />
** Darwin C "On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life" John Murray, 1859, London<br />
* 論文を引用する場合 ... 著者、論文名、雑誌名、巻号ページ、年を記してください。（Science誌やNature誌のように誌面が非常に限られる雑誌は論文名を省略しますが、大多数の学術論文は引用する論文のタイトルまで詳細に記述します。<br />
** Watson JD, Crick FHC "A structure for Deoxyribose Nucleic Acid" ''Nature'' 171:737,1953<br />
* ウェブサイトを引用する場合 ... サイトの概要と http アドレスを記載します。アドレスだけを記載しないように。<br />
** Mark Newman によるネットワークデータ集 http://www-personal.umich.edu/~mejn/netdata/<br />
* SNS や blog を引用したい場合 ... 基本的に、書き換えや削除が可能なSNSやblog記事は引用できません。<br />
<br />
==論文・レポートの文体==<br />
レポートを書く際に文体は重要です。「ですます」調でも「である」調でも構いませんが、全体を一つの文体で統一しましょう。<br />
<br />
; Style Manual<br />
論文の書き方は時代背景や分野によっても大きく変化します。論文や原稿の書き方を示したものはStyle Manualと言われ、以下のものが有名です。<br />
<br />
* "The Chicago Manual of Style, 15th ed." University Of Chicago Press, 2003 ([http://www.chicagomanualofstyle.org/tools_citationguide.html オンライン版])<br />
<br />
アメリカ化学会の出す論文のスタイルマニュアル<br />
* Coghill AM, Garson LR (2006) "ACS Style Guide: Effective Communication of Scientific Information, 3rd ed." American Chemical Society and Oxford University Press: Washington, DC and Oxford.<br />
<br />
===受身か I か We なのか===<br />
英語論文において、客観性を保つために論文は受身で書くというスタイルが昔は主流でした。しかし最近は、"We tested ..." のように主語を明示的に書くことを推奨する英文誌もあります。例えば[http://genome.cshlp.org/site/misc/ifora_mspreparation.xhtml Genome Research]には "We prefer the manuscript be written in active rather than passive voice. " と書かれています。<br />
さらに、単著でも主語は we にするというスタイルが昔は常識でした。しかし最近は、I で記述する論文も見かけます。論文の場合は各雑誌の編集方針に合わせてください。学位論文の場合は単著であることを強調するので I で書くことが多いようです。日本語のレポートで「私は」と書いても全く問題ありません。ただし「面白かった」とか「困った」といった主観的な言葉は極力避けましょう。<br />
<br />
===読むとためになる参考書===<br />
* 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981 （古い本のため受け身で書こうとか、今の時代にそぐわない内容もあります。それでも非常に勉強になります。）<br />
* Strunk Jr W, White EB "The Elements of Style, 4th ed." Pearson Education Company, 2000 （これは全ての学生に勧めている名著です。）<br />
<br />
<br />
==プログラミング課題のレポート==<br />
<br />
プログラムの課題を出すと、自分で書いたプログラムや実行結果だけを送ってくる人がいます。<br />
いったん課題を提出された側の立場にたって、それで成績評価が可能かどうか考えてみてください。（無理ですよね。）<br />
自分がどのような工夫を施して、それをどのように実現したのか、過程を書いた上でプログラムを添付するようにして下さい。<br />
<br />
またプログラムを提出する際はソースコードを添付します。実行形式を添付されても、何もわかりません。（こちらで実行ファイルを開くことはしません。）<br />
<br />
{{twocolumn<br />
|<br />
;困った課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。課題を提出します。<br />
<br />
以下が出力結果です。プログラムコードは添付します。<br />
<br />
（としてテキストファイルが添付されている。）<br />
<br />
入力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
出力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
よってうまく動いているようです。<br />
</pre><br />
<br />
<br />
;好ましい課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。○月×日の課題を提出します。<br />
<br />
PDFの中に考察とプログラムコードがあります。<br />
<br />
（としてPDFが添付されている。）<br />
<br />
</pre><br />
<br />
|<br />
<br/><br />
左のようなレポートを提出されても、まず<br />
* 具体例が 1 つだけでは、動作が正しいのか分からない。<br />
* ソースコードがテキストファイルで、文字コードも分からない。<br />
* 提出者や課題内容がメール本文に書かれており、レポートというより単なるメールになっている。<br />
といった問題があります。<br />
<br />
課題の提出スタイルとして、少なくとも A4 の紙にプリントアウトできる内容で送るようにして下さい。メールの本文にいろいろ書く必要はありません。<br />
<br />
提出するPDFファイル（またはMSワードファイル）には、授業名、課題提出日、学籍番号と氏名を必ず書くようにして下さい。またプログラムが実行できたという内容だけでなく、何を工夫したのかを記述して下さい。重要なのはプログラムのソースコードではなく、工夫を記述した '''文章''' の部分です。<br />
<br />
}}</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Basic/ReportAritalab:Lecture/Basic/Report2023-08-15T05:24:08Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>{{Lecture/Header}}<br />
<br />
=論文・レポートの書き方=<br />
<br />
大学に入ると長いレポート（といってもA4用紙に5枚ぐらい）を書かされます。レポートを課す先生側は研究者として論文を書き慣れているため、その形式を「論文形式で」とか「自分のやったことがわかるように」と簡単に言う場合が多いです。しかしほとんど書いた経験のない学生の側からすると、内容のあるレポートを書き上げるのは一苦労でしょう。ではレポートをどう書けばよいのか、その形式を簡単に紹介します。<br />
みなレポート書く際には苦労します。その苦労を上手に表現できることが重要です。<br />
<br />
<br />
==論文・レポートには決まった書き方がある==<br />
===章立てをしよう===<br />
学術論文はたいてい<br />
# Introduction (またはBackground)<br />
# Results<br />
# Discussion<br />
# Materials and Methods<br />
# References<br />
という構成になっています。構成は分野によって異なります。例えば Materials & Methods といった要素がない数学や計算機科学の場合は<br />
# Introduction / Background<br />
# Related Works<br />
# Results / Algorithms 等<br />
# Discussion<br />
# References<br />
となるでしょう。数学の問題や証明が課題となっている場合、Related works や Discussionは不要かもしれません。章立てはレポート内容にあわせましょう。いずれにせよ、適切な「章立て」は必要です。<br />
<br />
===章の中身を書き分けよう===<br />
次に各章で書くべき内容を簡単に解説します。レポートは、それを初めて読む人でも内容がわかること、そして自分が実施したことを（大まかにでも）再現できるようにすることが重要です。<br />
<br />
; Introduction/Background<br />
: 日本語では「序論」や「背景」とも書きます。レポートの場合はまず課題の内容を記し、その位置づけや重要性を簡潔に記してください。学術論文の場合は半年ぐらい文献調査に費やします。その結果を冒頭に記述するので「背景」という見出しになります。<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの書き出し<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの書き出し <br />
|-<br />
| valign="top" | 私は〇〇を題材に選びました。これは私が以前から気になっていた内容で、常々〇〇したいと考えてきたものです。そこで〇〇よりデータを収集し〇〇しようと考えました…<br />
| 課題： 〇〇のデータを収集して〇〇処理すること<br />
利用データ： 次のサイトより取得 …<br />
<br />
''背景''<br />
<br />
〇〇とは東アジアを中心にみられる自然現象であり、様々な角度より…<br />
|}<br />
左は感想文のスタイルで書き始めていますが、自分の主観が前面に出ていて客観性がありません。それに対して右はまず取り組む課題と利用データを示した上で「背景」の記述を始めています。<br />
<br />
; Results<br />
: 日本語では「結果」や「結論」になります（結論が背景の次にくることに注意）。自分が課題に取り組んで得た結果を記してください。数学の証明問題であれば、数式を含めた証明の道筋を記述します。プログラミング演習であれば、プログラムの概要と得られた結果を記述します。ここでプログラムのソースコードをそのまま貼り付けたり、あるいは逆に結論だけを記載してはいけません。プログラムの概要と、そのプログラムに行き着いた経緯を記すことが重要です。他の人がその内容を読んで、結果を再現できるように解説します。内容は可能な限り客観的にします。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの結果<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの結果<br />
|-<br />
| valign="top" | 結果を図１に示します。うまく分類することができました。◯◯と〇〇は似たような傾向がみられます。この原因として考えられるものに〇〇があるかもしれません。<br />
| valign="top" | 分類の結果、◯◯と〇〇は同じグループとなった（図１）。この結果はパラメータを◯から◯まで変化させても変わらなかった。このパラメータは◯◯をモデルしており、その値の変化は〇〇に相当している。<br />
|}<br />
左は結果の解釈を図１に任せてしまっており、何がうまく分類できているのか、どんな傾向が見られるかが文章で表現できていません。図表の解釈や印象は人によって思いのほか異なります。文章のみでできる限り客観的に記載し、図は補助的に利用しましょう。また原因の考察や推測は「結果」ではなく「考察」の部分に記載します。<br />
; Discussion<br />
: 得られた結果の「考察」です。数学の問題であれば応用先、プログラミング演習であればエラーの可能性や実行時間の考察、実現できなかったことや結論の一般性、今後の課題などをここに記します。ここに個人の見解や意見を反映させてもよいです。要するに、ある程度の私見が入る部分になります。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの考察<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの考察<br />
|-<br />
| valign="top" | 今回のデータはフォーマットが揃っておらず、修正にとても苦労した。非常におもしろい課題だったが、個人的にはもう少し内容を工夫してほしかった…<br />
| valign="top" | データを扱う際にはフォーマットの統一が重要である。これを手作業で実施することは難しいうえ、各所で同じ作業を繰り返すことは非効率であろう。興味深いテーマであることと解析の簡便さは必ずしも両立しない…<br />
|}<br />
同じ内容を記載するにも「苦労した」とか「こうしてほしい」と書くと自分の意見になってしまいます。一般性をもたせる書き方をするだけで（同じ意味でも）立派にみえるでしょう。<br />
<br />
; Materials and Methods<br />
: 生命科学の実験に関する論文では、ここに試薬や実験手続きの詳細を記します。証明やプログラムの内容が煩雑になる場合は、この部分に詳細を書いても良いでしょう。<br />
<br />
; References<br />
: 日本語では「参考文献」にあたります。参考にした論文や書籍は必ず記述してください。参考にすることは「書き写す」こととは違うことに注意しましょう。また文献情報は読んだ人がその文献を探し出せるように記述することが必須です。参考文献の情報がきちんと書かれていると、印象がとても良くなります。<br />
<br />
* 書籍を引用する場合 ... 著者、書名、出版社、出版年（出版地）を記してください。場合によっては文献として利用した章やページの番号を記すとより親切です。<br />
** 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981<br />
** Darwin C "On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life" John Murray, 1859, London<br />
* 論文を引用する場合 ... 著者、論文名、雑誌名、巻号ページ、年を記してください。（Science誌やNature誌のように誌面が非常に限られる雑誌は論文名を省略しますが、大多数の学術論文は引用する論文のタイトルまで詳細に記述します。<br />
** Watson JD, Crick FHC "A structure for Deoxyribose Nucleic Acid" ''Nature'' 171:737,1953<br />
* ウェブサイトを引用する場合 ... サイトの概要と http アドレスを記載します。アドレスだけを記載しないように。<br />
** Mark Newman によるネットワークデータ集 http://www-personal.umich.edu/~mejn/netdata/<br />
* SNS や blog を引用したい場合 ... 基本的に、書き換えや削除が可能なSNSやblog記事は引用できません。 <br />
<br />
==論文・レポートの文体==<br />
レポートを書く際に文体は重要です。「ですます」調でも「である」調でも構いませんが、全体を一つの文体で統一しましょう。<br />
<br />
; Style Manual<br />
論文の書き方は時代背景や分野によっても大きく変化します。論文や原稿の書き方を示したものはStyle Manualと言われ、以下のものが有名です。<br />
<br />
* "The Chicago Manual of Style, 15th ed." University Of Chicago Press, 2003 ([http://www.chicagomanualofstyle.org/tools_citationguide.html オンライン版])<br />
<br />
アメリカ化学会の出す論文のスタイルマニュアル<br />
* Coghill AM, Garson LR (2006) "ACS Style Guide: Effective Communication of Scientific Information, 3rd ed." American Chemical Society and Oxford University Press: Washington, DC and Oxford.<br />
<br />
===受身か I か We なのか===<br />
英語論文において、客観性を保つために論文は受身で書くというスタイルが昔は主流でした。しかし最近は、"We tested ..." のように主語を明示的に書くことを推奨する英文誌もあります。例えば[http://genome.cshlp.org/site/misc/ifora_mspreparation.xhtml Genome Research]には "We prefer the manuscript be written in active rather than passive voice. " と書かれています。<br />
さらに、単著でも主語は we にするというスタイルが昔は常識でした。しかし最近は、I で記述する論文も見かけます。論文の場合は各雑誌の編集方針に合わせてください。学位論文の場合は単著であることを強調するので I で書くことが多いようです。日本語のレポートで「私は」と書いても全く問題ありません。ただし「面白かった」とか「困った」といった主観的な言葉は極力避けましょう。<br />
<br />
===読むとためになる参考書===<br />
* 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981 （古い本のため受け身で書こうとか、今の時代にそぐわない内容もあります。それでも非常に勉強になります。）<br />
* Strunk Jr W, White EB "The Elements of Style, 4th ed." Pearson Education Company, 2000 （これは全ての学生に勧めている名著です。）<br />
<br />
<br />
==プログラミング課題のレポート==<br />
<br />
プログラムの課題を出すと、自分で書いたプログラムや実行結果だけを送ってくる人がいます。<br />
いったん課題を提出された側の立場にたって、それで成績評価が可能かどうか考えてみてください。（無理ですよね。）<br />
自分がどのような工夫を施して、それをどのように実現したのか、過程を書いた上でプログラムを添付するようにして下さい。<br />
<br />
またプログラムを提出する際はソースコードを添付します。実行形式を添付されても、何もわかりません。（こちらで実行ファイルを開くことはしません。）<br />
<br />
{{twocolumn<br />
|<br />
;困った課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。課題を提出します。<br />
<br />
以下が出力結果です。プログラムコードは添付します。<br />
<br />
（としてテキストファイルが添付されている。）<br />
<br />
入力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
出力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
よってうまく動いているようです。<br />
</pre><br />
<br />
<br />
;好ましい課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。○月×日の課題を提出します。<br />
<br />
PDFの中に考察とプログラムコードがあります。<br />
<br />
（としてPDFが添付されている。）<br />
<br />
</pre><br />
<br />
|<br />
<br/><br />
左のようなレポートを提出されても、まず<br />
* 具体例が 1 つだけでは、動作が正しいのか分からない。<br />
* ソースコードがテキストファイルで、文字コードも分からない。<br />
* 提出者や課題内容がメール本文に書かれており、レポートというより単なるメールになっている。<br />
といった問題があります。<br />
<br />
課題の提出スタイルとして、少なくとも A4 の紙にプリントアウトできる内容で送るようにして下さい。メールの本文にいろいろ書く必要はありません。<br />
<br />
提出するPDFファイル（またはMSワードファイル）には、授業名、課題提出日、学籍番号と氏名を必ず書くようにして下さい。またプログラムが実行できたという内容だけでなく、何を工夫したのかを記述して下さい。重要なのはプログラムのソースコードではなく、工夫を記述した '''文章''' の部分です。<br />
<br />
}}</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Basic/ReportAritalab:Lecture/Basic/Report2023-08-15T05:22:17Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>{{Lecture/Header}}<br />
<br />
=論文・レポートの書き方=<br />
<br />
大学に入ると長いレポート（といってもA4用紙に5枚ぐらい）を書かされます。レポートを課す先生側は研究者として論文を書き慣れているため、その形式を「論文形式で」とか「自分のやったことがわかるように」と簡単に言う場合が多いです。しかしほとんど書いた経験のない学生の側からすると、内容のあるレポートを書き上げるのは一苦労でしょう。ではレポートをどう書けばよいのか、その形式を簡単に紹介します。<br />
みなレポート書く際には苦労します。その苦労を上手に表現できることが重要です。<br />
<br />
<br />
==論文・レポートには決まった書き方がある==<br />
===章立てをしよう===<br />
学術論文はたいてい<br />
# Introduction (またはBackground)<br />
# Results<br />
# Discussion<br />
# Materials and Methods<br />
# References<br />
という構成になっています。構成は分野によって異なります。例えば Materials & Methods といった要素がない数学や計算機科学の場合は<br />
# Introduction / Background<br />
# Related Works<br />
# Results / Algorithms 等<br />
# Discussion<br />
# References<br />
となるでしょう。数学の問題や証明が課題となっている場合、Discussionは不要かもしれません。章立てはレポート内容にあわせるとして、まず適切な「章立て」をおこないましょう。<br />
<br />
===章の中身を書き分けよう===<br />
次に各章で書くべき内容を簡単に解説します。レポートは、それを初めて読む人でも内容がわかること、そして自分が実施したことを（大まかにでも）再現できるようにすることが重要です。<br />
<br />
; Introduction/Background<br />
: 日本語では「序論」や「背景」とも書きます。レポートの場合はまず課題の内容を記し、その位置づけや重要性を簡潔に記してください。学術論文の場合は半年ぐらい文献調査に費やします。その結果を冒頭に記述するので「背景」という見出しになります。<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの書き出し<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの書き出し <br />
|-<br />
| valign="top" | 私は〇〇を題材に選びました。これは私が以前から気になっていた内容で、常々〇〇したいと考えてきたものです。そこで〇〇よりデータを収集し〇〇しようと考えました…<br />
| 課題： 〇〇のデータを収集して〇〇処理すること<br />
利用データ： 次のサイトより取得 …<br />
<br />
''背景''<br />
<br />
〇〇とは東アジアを中心にみられる自然現象であり、様々な角度より…<br />
|}<br />
左は感想文のスタイルで書き始めていますが、自分の主観が前面に出ていて客観性がありません。それに対して右はまず取り組む課題と利用データを示した上で「背景」の記述を始めています。<br />
<br />
; Results<br />
: 日本語では「結果」や「結論」になります（結論が背景の次にくることに注意）。自分が課題に取り組んで得た結果を記してください。数学の証明問題であれば、数式を含めた証明の道筋を記述します。プログラミング演習であれば、プログラムの概要と得られた結果を記述します。ここでプログラムのソースコードをそのまま貼り付けたり、あるいは逆に結論だけを記載してはいけません。プログラムの概要と、そのプログラムに行き着いた経緯を記すことが重要です。他の人がその内容を読んで、結果を再現できるように解説します。内容は可能な限り客観的にします。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの結果<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの結果<br />
|-<br />
| valign="top" | 結果を図１に示します。うまく分類することができました。◯◯と〇〇は似たような傾向がみられます。この原因として考えられるものに〇〇があるかもしれません。<br />
| valign="top" | 分類の結果、◯◯と〇〇は同じグループとなった（図１）。この結果はパラメータを◯から◯まで変化させても変わらなかった。このパラメータは◯◯をモデルしており、その値の変化は〇〇に相当している。<br />
|}<br />
左は結果の解釈を図１に任せてしまっており、何がうまく分類できているのか、どんな傾向が見られるかが文章で表現できていません。図表の解釈や印象は人によって思いのほか異なります。文章のみでできる限り客観的に記載し、図は補助的に利用しましょう。また原因の考察や推測は「結果」ではなく「考察」の部分に記載します。<br />
; Discussion<br />
: 得られた結果の「考察」です。数学の問題であれば応用先、プログラミング演習であればエラーの可能性や実行時間の考察、実現できなかったことや結論の一般性、今後の課題などをここに記します。ここに個人の見解や意見を反映させてもよいです。要するに、ある程度の私見が入る部分になります。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの考察<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの考察<br />
|-<br />
| valign="top" | 今回のデータはフォーマットが揃っておらず、修正にとても苦労した。非常におもしろい課題だったが、個人的にはもう少し内容を工夫してほしかった…<br />
| valign="top" | データを扱う際にはフォーマットの統一が重要である。これを手作業で実施することは難しいうえ、各所で同じ作業を繰り返すことは非効率であろう。興味深いテーマであることと解析の簡便さは必ずしも両立しない…<br />
|}<br />
同じ内容を記載するにも「苦労した」とか「こうしてほしい」と書くと自分の意見になってしまいます。一般性をもたせる書き方をするだけで（同じ意味でも）立派にみえるでしょう。<br />
<br />
; Materials and Methods<br />
: 生命科学の実験に関する論文では、ここに試薬や実験手続きの詳細を記します。証明やプログラムの内容が煩雑になる場合は、この部分に詳細を書いても良いでしょう。<br />
<br />
; References<br />
: 日本語では「参考文献」にあたります。参考にした論文や書籍は必ず記述してください。参考にすることは「書き写す」こととは違うことに注意しましょう。また文献情報は読んだ人がその文献を探し出せるように記述することが必須です。参考文献の情報がきちんと書かれていると、印象がとても良くなります。<br />
<br />
* 書籍を引用する場合 ... 著者、書名、出版社、出版年（出版地）を記してください。場合によっては文献として利用した章やページの番号を記すとより親切です。<br />
** 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981<br />
** Darwin C "On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life" John Murray, 1859, London<br />
* 論文を引用する場合 ... 著者、論文名、雑誌名、巻号ページ、年を記してください。（Science誌やNature誌のように誌面が非常に限られる雑誌は論文名を省略しますが、大多数の学術論文は引用する論文のタイトルまで詳細に記述します。<br />
** Watson JD, Crick FHC "A structure for Deoxyribose Nucleic Acid" ''Nature'' 171:737,1953<br />
* ウェブサイトを引用する場合 ... サイトの概要と http アドレスを記載します。アドレスだけを記載しないように。<br />
** Mark Newman によるネットワークデータ集 http://www-personal.umich.edu/~mejn/netdata/<br />
* SNS や blog を引用したい場合 ... 基本的に、書き換えや削除が可能なSNSやblog記事は引用できません。 <br />
<br />
==論文・レポートの文体==<br />
レポートを書く際に文体は重要です。「ですます」調でも「である」調でも構いませんが、全体を一つの文体で統一しましょう。<br />
<br />
; Style Manual<br />
論文の書き方は時代背景や分野によっても大きく変化します。論文や原稿の書き方を示したものはStyle Manualと言われ、以下のものが有名です。<br />
<br />
* "The Chicago Manual of Style, 15th ed." University Of Chicago Press, 2003 ([http://www.chicagomanualofstyle.org/tools_citationguide.html オンライン版])<br />
<br />
アメリカ化学会の出す論文のスタイルマニュアル<br />
* Coghill AM, Garson LR (2006) "ACS Style Guide: Effective Communication of Scientific Information, 3rd ed." American Chemical Society and Oxford University Press: Washington, DC and Oxford.<br />
<br />
===受身か I か We なのか===<br />
英語論文において、客観性を保つために論文は受身で書くというスタイルが昔は主流でした。しかし最近は、"We tested ..." のように主語を明示的に書くことを推奨する英文誌もあります。例えば[http://genome.cshlp.org/site/misc/ifora_mspreparation.xhtml Genome Research]には "We prefer the manuscript be written in active rather than passive voice. " と書かれています。<br />
さらに、単著でも主語は we にするというスタイルが昔は常識でした。しかし最近は、I で記述する論文も見かけます。論文の場合は各雑誌の編集方針に合わせてください。学位論文の場合は単著であることを強調するので I で書くことが多いようです。日本語のレポートで「私は」と書いても全く問題ありません。ただし「面白かった」とか「困った」といった主観的な言葉は極力避けましょう。<br />
<br />
===読むとためになる参考書===<br />
* 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981 （古い本のため受け身で書こうとか、今の時代にそぐわない内容もあります。それでも非常に勉強になります。）<br />
* Strunk Jr W, White EB "The Elements of Style, 4th ed." Pearson Education Company, 2000 （これは全ての学生に勧めている名著です。）<br />
<br />
<br />
==プログラミング課題のレポート==<br />
<br />
プログラムの課題を出すと、自分で書いたプログラムや実行結果だけを送ってくる人がいます。<br />
いったん課題を提出された側の立場にたって、それで成績評価が可能かどうか考えてみてください。（無理ですよね。）<br />
自分がどのような工夫を施して、それをどのように実現したのか、過程を書いた上でプログラムを添付するようにして下さい。<br />
<br />
またプログラムを提出する際はソースコードを添付します。実行形式を添付されても、何もわかりません。（こちらで実行ファイルを開くことはしません。）<br />
<br />
{{twocolumn<br />
|<br />
;困った課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。課題を提出します。<br />
<br />
以下が出力結果です。プログラムコードは添付します。<br />
<br />
（としてテキストファイルが添付されている。）<br />
<br />
入力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
出力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
よってうまく動いているようです。<br />
</pre><br />
<br />
<br />
;好ましい課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。○月×日の課題を提出します。<br />
<br />
PDFの中に考察とプログラムコードがあります。<br />
<br />
（としてPDFが添付されている。）<br />
<br />
</pre><br />
<br />
|<br />
<br/><br />
左のようなレポートを提出されても、まず<br />
* 具体例が 1 つだけでは、動作が正しいのか分からない。<br />
* ソースコードがテキストファイルで、文字コードも分からない。<br />
* 提出者や課題内容がメール本文に書かれており、レポートというより単なるメールになっている。<br />
といった問題があります。<br />
<br />
課題の提出スタイルとして、少なくとも A4 の紙にプリントアウトできる内容で送るようにして下さい。メールの本文にいろいろ書く必要はありません。<br />
<br />
提出するPDFファイル（またはMSワードファイル）には、授業名、課題提出日、学籍番号と氏名を必ず書くようにして下さい。またプログラムが実行できたという内容だけでなく、何を工夫したのかを記述して下さい。重要なのはプログラムのソースコードではなく、工夫を記述した '''文章''' の部分です。<br />
<br />
}}</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Basic/ReportAritalab:Lecture/Basic/Report2023-08-15T03:21:14Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>{{Lecture/Header}}<br />
<br />
=論文・レポートの書き方=<br />
<br />
大学に入ると長いレポート（といってもA4用紙に5枚以内）を書かされます。レポートを課す先生側は研究者として論文を書き慣れているため、その形式を「論文形式で」とか「自分のやったことがわかるように」と簡単に言う場合が多いです。しかしほとんど書いた経験のない学生の側からすると、内容のあるレポートを書き上げるのは一苦労でしょう。ではレポートをどう書けばよいのか、その形式を簡単に紹介します。<br />
みなレポート書く際には苦労します。その苦労を上手に表現できることが重要です。<br />
<br />
<br />
==論文・レポートには決まった書き方がある==<br />
===章立てをしよう===<br />
学術論文はたいてい<br />
# Introduction (またはBackground)<br />
# Results<br />
# Discussion<br />
# Materials and Methods<br />
# References<br />
という構成になっています。構成は分野によって異なります。例えば Materials & Methods といった要素がない数学や計算機科学の場合は<br />
# Introduction / Background<br />
# Related Works<br />
# Results / Algorithms 等<br />
# Discussion<br />
# References<br />
となるでしょう。数学の問題や証明が課題となっている場合、Discussionは不要かもしれません。章立てはレポート内容にあわせるとして、まず適切な「章立て」をおこないましょう。<br />
<br />
===章の中身を書き分けよう===<br />
次に各章で書くべき内容を簡単に解説します。レポートは、それを初めて読む人でも内容がわかること、そして自分が実施したことを（大まかにでも）再現できるようにすることが重要です。<br />
<br />
; Introduction/Background<br />
: 日本語では「序論」や「背景」とも書きます。レポートの場合はまず課題の内容を記し、その位置づけや重要性を簡潔に記してください。学術論文の場合は半年ぐらい文献調査に費やします。その結果を冒頭に記述するので「背景」という見出しになります。<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの書き出し<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの書き出し <br />
|-<br />
| valign="top" | 私は〇〇を題材に選びました。これは私が以前から気になっていた内容で、常々〇〇したいと考えてきたものです。そこで〇〇よりデータを収集し〇〇しようと考えました…<br />
| 課題： 〇〇のデータを収集して〇〇処理すること<br />
利用データ： 次のサイトより取得 …<br />
<br />
''背景''<br />
<br />
〇〇とは東アジアを中心にみられる自然現象であり、様々な角度より…<br />
|}<br />
左は感想文のスタイルで書き始めていますが、自分の主観が前面に出ていて客観性がありません。それに対して右はまず取り組む課題と利用データを示した上で「背景」の記述を始めています。<br />
<br />
; Results<br />
: 日本語では「結果」や「結論」になります（結論が背景の次にくることに注意）。自分が課題に取り組んで得た結果を記してください。数学の証明問題であれば、数式を含めた証明の道筋を記述します。プログラミング演習であれば、プログラムの概要と得られた結果を記述します。ここでプログラムのソースコードをそのまま貼り付けたり、あるいは逆に結論だけを記載してはいけません。プログラムの概要と、そのプログラムに行き着いた経緯を記すことが重要です。他の人がその内容を読んで、結果を再現できるように解説します。内容は可能な限り客観的にします。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの結果<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの結果<br />
|-<br />
| valign="top" | 結果を図１に示します。うまく分類することができました。◯◯と〇〇は似たような傾向がみられます。この原因として考えられるものに〇〇があるかもしれません。<br />
| valign="top" | 分類の結果、◯◯と〇〇は同じグループとなった（図１）。この結果はパラメータを◯から◯まで変化させても変わらなかった。このパラメータは◯◯をモデルしており、その値の変化は〇〇に相当している。<br />
|}<br />
左は結果の解釈を図１に任せてしまっており、何がうまく分類できているのか、どんな傾向が見られるかが文章で表現できていません。図表の解釈や印象は人によって思いのほか異なります。文章のみでできる限り客観的に記載し、図は補助的に利用しましょう。また原因の考察や推測は「結果」ではなく「考察」の部分に記載します。<br />
; Discussion<br />
: 得られた結果の「考察」です。数学の問題であれば応用先、プログラミング演習であればエラーの可能性や実行時間の考察、実現できなかったことや結論の一般性、今後の課題などをここに記します。ここに個人の見解や意見を反映させてもよいです。要するに、ある程度の私見が入る部分になります。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの考察<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの考察<br />
|-<br />
| valign="top" | 今回のデータはフォーマットが揃っておらず、修正にとても苦労した。非常におもしろい課題だったが、個人的にはもう少し内容を工夫してほしかった…<br />
| valign="top" | データを扱う際にはフォーマットの統一が重要である。これを手作業で実施することは難しいうえ、各所で同じ作業を繰り返すことは非効率であろう。興味深いテーマであることと解析の簡便さは必ずしも両立しない…<br />
|}<br />
同じ内容を記載するにも「苦労した」とか「こうしてほしい」と書くと自分の意見になってしまいます。一般性をもたせる書き方をするだけで（同じ意味でも）立派にみえるでしょう。<br />
<br />
; Materials and Methods<br />
: 生命科学の実験に関する論文では、ここに試薬や実験手続きの詳細を記します。証明やプログラムの内容が煩雑になる場合は、この部分に詳細を書いても良いでしょう。<br />
<br />
; References<br />
: 日本語では「参考文献」にあたります。参考にした論文や書籍は必ず記述してください。参考にすることは「書き写す」こととは違うことに注意しましょう。また文献情報は読んだ人がその文献を探し出せるように記述することが必須です。参考文献の情報がきちんと書かれていると、印象がとても良くなります。<br />
<br />
* 書籍を引用する場合 ... 著者、書名、出版社、出版年（出版地）を記してください。場合によっては文献として利用した章やページの番号を記すとより親切です。<br />
** 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981<br />
** Darwin C "On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life" John Murray, 1859, London<br />
* 論文を引用する場合 ... 著者、論文名、雑誌名、巻号ページ、年を記してください。（Science誌やNature誌のように誌面が非常に限られる雑誌は論文名を省略しますが、大多数の学術論文は引用する論文のタイトルまで詳細に記述します。<br />
** Watson JD, Crick FHC "A structure for Deoxyribose Nucleic Acid" ''Nature'' 171:737,1953<br />
* ウェブサイトを引用する場合 ... サイトの概要と http アドレスを記載します。アドレスだけを記載しないように。<br />
** Mark Newman によるネットワークデータ集 http://www-personal.umich.edu/~mejn/netdata/<br />
* SNS や blog を引用したい場合 ... 基本的に、書き換えや削除が可能なSNSやblog記事は引用できません。 <br />
<br />
==論文・レポートの文体==<br />
レポートを書く際に文体は重要です。「ですます」調でも「である」調でも構いませんが、全体を一つの文体で統一しましょう。<br />
<br />
; Style Manual<br />
論文の書き方は時代背景や分野によっても大きく変化します。論文や原稿の書き方を示したものはStyle Manualと言われ、以下のものが有名です。<br />
<br />
* "The Chicago Manual of Style, 15th ed." University Of Chicago Press, 2003 ([http://www.chicagomanualofstyle.org/tools_citationguide.html オンライン版])<br />
<br />
アメリカ化学会の出す論文のスタイルマニュアル<br />
* Coghill AM, Garson LR (2006) "ACS Style Guide: Effective Communication of Scientific Information, 3rd ed." American Chemical Society and Oxford University Press: Washington, DC and Oxford.<br />
<br />
===受身か I か We なのか===<br />
英語論文において、客観性を保つために論文は受身で書くというスタイルが昔は主流でした。しかし最近は、"We tested ..." のように主語を明示的に書くことを推奨する英文誌もあります。例えば[http://genome.cshlp.org/site/misc/ifora_mspreparation.xhtml Genome Research]には "We prefer the manuscript be written in active rather than passive voice. " と書かれています。<br />
さらに、単著でも主語は we にするというスタイルが昔は常識でした。しかし最近は、I で記述する論文も見かけます。論文の場合は各雑誌の編集方針に合わせてください。学位論文の場合は単著であることを強調するので I で書くことが多いようです。日本語のレポートで「私は」と書いても全く問題ありません。ただし「面白かった」とか「困った」といった主観的な言葉は極力避けましょう。<br />
<br />
===読むとためになる参考書===<br />
* 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981 （古い本のため受け身で書こうとか、今の時代にそぐわない内容もあります。それでも非常に勉強になります。）<br />
* Strunk Jr W, White EB "The Elements of Style, 4th ed." Pearson Education Company, 2000 （これは全ての学生に勧めている名著です。）<br />
<br />
<br />
==プログラミング課題のレポート==<br />
<br />
プログラムの課題を出すと、自分で書いたプログラムや実行結果だけを送ってくる人がいます。<br />
いったん課題を提出された側の立場にたって、それで成績評価が可能かどうか考えてみてください。（無理ですよね。）<br />
自分がどのような工夫を施して、それをどのように実現したのか、過程を書いた上でプログラムを添付するようにして下さい。<br />
<br />
またプログラムを提出する際はソースコードを添付します。実行形式を添付されても、何もわかりません。（こちらで実行ファイルを開くことはしません。）<br />
<br />
{{twocolumn<br />
|<br />
;困った課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。課題を提出します。<br />
<br />
以下が出力結果です。プログラムコードは添付します。<br />
<br />
（としてテキストファイルが添付されている。）<br />
<br />
入力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
出力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
よってうまく動いているようです。<br />
</pre><br />
<br />
<br />
;好ましい課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。○月×日の課題を提出します。<br />
<br />
PDFの中に考察とプログラムコードがあります。<br />
<br />
（としてPDFが添付されている。）<br />
<br />
</pre><br />
<br />
|<br />
<br/><br />
左のようなレポートを提出されても、まず<br />
* 具体例が 1 つだけでは、動作が正しいのか分からない。<br />
* ソースコードがテキストファイルで、文字コードも分からない。<br />
* 提出者や課題内容がメール本文に書かれており、レポートというより単なるメールになっている。<br />
といった問題があります。<br />
<br />
課題の提出スタイルとして、少なくとも A4 の紙にプリントアウトできる内容で送るようにして下さい。メールの本文にいろいろ書く必要はありません。<br />
<br />
提出するPDFファイル（またはMSワードファイル）には、授業名、課題提出日、学籍番号と氏名を必ず書くようにして下さい。またプログラムが実行できたという内容だけでなく、何を工夫したのかを記述して下さい。重要なのはプログラムのソースコードではなく、工夫を記述した '''文章''' の部分です。<br />
<br />
}}</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Basic/ReportAritalab:Lecture/Basic/Report2023-08-15T03:20:11Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>{{Lecture/Header}}<br />
<br />
=論文・レポートの書き方=<br />
<br />
大学に入ると長いレポート（といってもA4用紙に5枚以内）を書かされます。レポートを課す先生側は研究者として論文を書き慣れているため、その形式を「論文形式で」とか「自分のやったことがわかるように」と簡単に言う場合が多いです。しかしほとんど書いた経験のない学生の側からすると、内容のあるレポートを書き上げるのは一苦労でしょう。ではレポートをどう書けばよいのか、その形式を簡単に紹介します。<br />
<br />
==論文・レポートには決まった書き方がある==<br />
===章立てをしよう===<br />
学術論文はたいてい<br />
# Introduction (またはBackground)<br />
# Results<br />
# Discussion<br />
# Materials and Methods<br />
# References<br />
という構成になっています。構成は分野によって異なります。例えば Materials & Methods といった要素がない数学や計算機科学の場合は<br />
# Introduction / Background<br />
# Related Works<br />
# Results / Algorithms 等<br />
# Discussion<br />
# References<br />
となるでしょう。数学の問題や証明が課題となっている場合、Discussionは不要かもしれません。章立てはレポート内容にあわせるとして、まず適切な「章立て」をおこないましょう。<br />
<br />
===章の中身を書き分けよう===<br />
次に各章で書くべき内容を簡単に解説します。レポートは、それを初めて読む人でも内容がわかること、そして自分が実施したことを（大まかにでも）再現できるようにすることが重要です。<br />
<br />
; Introduction/Background<br />
: 日本語では「序論」や「背景」とも書きます。レポートの場合はまず課題の内容を記し、その位置づけや重要性を簡潔に記してください。学術論文の場合は半年ぐらい文献調査に費やします。その結果を冒頭に記述するので「背景」という見出しになります。<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの書き出し<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの書き出し <br />
|-<br />
| valign="top" | 私は〇〇を題材に選びました。これは私が以前から気になっていた内容で、常々〇〇したいと考えてきたものです。そこで〇〇よりデータを収集し〇〇しようと考えました…<br />
| 課題： 〇〇のデータを収集して〇〇処理すること<br />
利用データ： 次のサイトより取得 …<br />
<br />
''背景''<br />
<br />
〇〇とは東アジアを中心にみられる自然現象であり、様々な角度より…<br />
|}<br />
左は感想文のスタイルで書き始めていますが、自分の主観が前面に出ていて客観性がありません。それに対して右はまず取り組む課題と利用データを示した上で「背景」の記述を始めています。<br />
<br />
; Results<br />
: 日本語では「結果」や「結論」になります（結論が背景の次にくることに注意）。自分が課題に取り組んで得た結果を記してください。数学の証明問題であれば、数式を含めた証明の道筋を記述します。プログラミング演習であれば、プログラムの概要と得られた結果を記述します。ここでプログラムのソースコードをそのまま貼り付けたり、あるいは逆に結論だけを記載してはいけません。プログラムの概要と、そのプログラムに行き着いた経緯を記すことが重要です。他の人がその内容を読んで、結果を再現できるように解説します。内容は可能な限り客観的にします。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの結果<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの結果<br />
|-<br />
| valign="top" | 結果を図１に示します。うまく分類することができました。◯◯と〇〇は似たような傾向がみられます。この原因として考えられるものに〇〇があるかもしれません。<br />
| valign="top" | 分類の結果、◯◯と〇〇は同じグループとなった（図１）。この結果はパラメータを◯から◯まで変化させても変わらなかった。このパラメータは◯◯をモデルしており、その値の変化は〇〇に相当している。<br />
|}<br />
左は結果の解釈を図１に任せてしまっており、何がうまく分類できているのか、どんな傾向が見られるかが文章で表現できていません。図表の解釈や印象は人によって思いのほか異なります。文章のみでできる限り客観的に記載し、図は補助的に利用しましょう。また原因の考察や推測は「結果」ではなく「考察」の部分に記載します。<br />
; Discussion<br />
: 得られた結果の「考察」です。数学の問題であれば応用先、プログラミング演習であればエラーの可能性や実行時間の考察、実現できなかったことや結論の一般性、今後の課題などをここに記します。ここに個人の見解や意見を反映させてもよいです。要するに、ある程度の私見が入る部分になります。<br />
<br />
{| class="wikitable" style="width:80%"<br />
! style="width:40%" | 良くないレポートの考察<br />
! style="width:40%" | 良いレポートの考察<br />
|-<br />
| valign="top" | 今回のデータはフォーマットが揃っておらず、修正にとても苦労した。非常におもしろい課題だったが、個人的にはもう少し内容を工夫してほしかった…<br />
| valign="top" | データを扱う際にはフォーマットの統一が重要である。これを手作業で実施することは難しいうえ、各所で同じ作業を繰り返すことは非効率であろう。興味深いテーマであることと解析の簡便さは必ずしも両立しない…<br />
|}<br />
同じ内容を記載するにも「苦労した」とか「こうしてほしい」と書くと自分の意見になってしまいます。一般性をもたせる書き方をするだけで（同じ意味でも）立派にみえるでしょう。<br />
<br />
; Materials and Methods<br />
: 生命科学の実験に関する論文では、ここに試薬や実験手続きの詳細を記します。証明やプログラムの内容が煩雑になる場合は、この部分に詳細を書いても良いでしょう。<br />
<br />
; References<br />
: 日本語では「参考文献」にあたります。参考にした論文や書籍は必ず記述してください。参考にすることは「書き写す」こととは違うことに注意しましょう。また文献情報は読んだ人がその文献を探し出せるように記述することが必須です。参考文献の情報がきちんと書かれていると、印象がとても良くなります。<br />
<br />
* 書籍を引用する場合 ... 著者、書名、出版社、出版年（出版地）を記してください。場合によっては文献として利用した章やページの番号を記すとより親切です。<br />
** 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981<br />
** Darwin C "On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life" John Murray, 1859, London<br />
* 論文を引用する場合 ... 著者、論文名、雑誌名、巻号ページ、年を記してください。（Science誌やNature誌のように誌面が非常に限られる雑誌は論文名を省略しますが、大多数の学術論文は引用する論文のタイトルまで詳細に記述します。<br />
** Watson JD, Crick FHC "A structure for Deoxyribose Nucleic Acid" ''Nature'' 171:737,1953<br />
* ウェブサイトを引用する場合 ... サイトの概要と http アドレスを記載します。アドレスだけを記載しないように。<br />
** Mark Newman によるネットワークデータ集 http://www-personal.umich.edu/~mejn/netdata/<br />
* SNS や blog を引用したい場合 ... 基本的に、書き換えや削除が可能なSNSやblog記事は引用できません。 <br />
<br />
==論文・レポートの文体==<br />
レポートを書く際に文体は重要です。「ですます」調でも「である」調でも構いませんが、全体を一つの文体で統一しましょう。<br />
<br />
; Style Manual<br />
論文の書き方は時代背景や分野によっても大きく変化します。論文や原稿の書き方を示したものはStyle Manualと言われ、以下のものが有名です。<br />
<br />
* "The Chicago Manual of Style, 15th ed." University Of Chicago Press, 2003 ([http://www.chicagomanualofstyle.org/tools_citationguide.html オンライン版])<br />
<br />
アメリカ化学会の出す論文のスタイルマニュアル<br />
* Coghill AM, Garson LR (2006) "ACS Style Guide: Effective Communication of Scientific Information, 3rd ed." American Chemical Society and Oxford University Press: Washington, DC and Oxford.<br />
<br />
===受身か I か We なのか===<br />
英語論文において、客観性を保つために論文は受身で書くというスタイルが昔は主流でした。しかし最近は、"We tested ..." のように主語を明示的に書くことを推奨する英文誌もあります。例えば[http://genome.cshlp.org/site/misc/ifora_mspreparation.xhtml Genome Research]には "We prefer the manuscript be written in active rather than passive voice. " と書かれています。<br />
さらに、単著でも主語は we にするというスタイルが昔は常識でした。しかし最近は、I で記述する論文も見かけます。論文の場合は各雑誌の編集方針に合わせてください。学位論文の場合は単著であることを強調するので I で書くことが多いようです。日本語のレポートで「私は」と書いても全く問題ありません。ただし「面白かった」とか「困った」といった主観的な言葉は極力避けましょう。<br />
<br />
===読むとためになる参考書===<br />
* 木下 是雄 「理科系の作文技術」 中公新書, 1981 （古い本のため受け身で書こうとか、今の時代にそぐわない内容もあります。それでも非常に勉強になります。）<br />
* Strunk Jr W, White EB "The Elements of Style, 4th ed." Pearson Education Company, 2000 （これは全ての学生に勧めている名著です。）<br />
<br />
<br />
==プログラミング課題のレポート==<br />
<br />
プログラムの課題を出すと、自分で書いたプログラムや実行結果だけを送ってくる人がいます。<br />
いったん課題を提出された側の立場にたって、それで成績評価が可能かどうか考えてみてください。（無理ですよね。）<br />
自分がどのような工夫を施して、それをどのように実現したのか、過程を書いた上でプログラムを添付するようにして下さい。<br />
<br />
またプログラムを提出する際はソースコードを添付します。実行形式を添付されても、何もわかりません。（こちらで実行ファイルを開くことはしません。）<br />
<br />
{{twocolumn<br />
|<br />
;困った課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。課題を提出します。<br />
<br />
以下が出力結果です。プログラムコードは添付します。<br />
<br />
（としてテキストファイルが添付されている。）<br />
<br />
入力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
出力<br />
<br />
...<br />
<br />
<br />
よってうまく動いているようです。<br />
</pre><br />
<br />
<br />
;好ましい課題提出メールの例<br />
<br />
<pre><br />
学籍番号○○の××です。○月×日の課題を提出します。<br />
<br />
PDFの中に考察とプログラムコードがあります。<br />
<br />
（としてPDFが添付されている。）<br />
<br />
</pre><br />
<br />
|<br />
<br/><br />
左のようなレポートを提出されても、まず<br />
* 具体例が 1 つだけでは、動作が正しいのか分からない。<br />
* ソースコードがテキストファイルで、文字コードも分からない。<br />
* 提出者や課題内容がメール本文に書かれており、レポートというより単なるメールになっている。<br />
といった問題があります。<br />
<br />
課題の提出スタイルとして、少なくとも A4 の紙にプリントアウトできる内容で送るようにして下さい。メールの本文にいろいろ書く必要はありません。<br />
<br />
提出するPDFファイル（またはMSワードファイル）には、授業名、課題提出日、学籍番号と氏名を必ず書くようにして下さい。またプログラムが実行できたという内容だけでなく、何を工夫したのかを記述して下さい。重要なのはプログラムのソースコードではなく、工夫を記述した '''文章''' の部分です。<br />
<br />
}}</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Programming/NGSAritalab:Lecture/Programming/NGS2022-06-01T05:37:01Z<p>Adm: /* ゲノム解析に必要なツールとデータ */</p>
<hr />
<div>== ゲノム解析に必要なツールとデータ==<br />
conda を使って以下のように準備しておきます。Lactobacillus hokkaidonensis [PMID 25879859] のペアエンド配列で、MiSeqによるリードです。<br />
もともと 300万リードずつあります。<br />
<pre><br />
(base) $ conda install -y -c bioconda fastqc fastp megahit seqkit<br />
...<br />
(base) $ curl -O ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp//ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX02218<br />
6/DRR024501_1.fastq.bz2<br />
(base) $ curl -O ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp//ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX02218<br />
6/DRR024501_2.fastq.bz2<br />
...<br />
(base) $ bunzip2 *.bz2<br />
...<br />
</pre><br />
<br />
アセンブル用にここから 50万リードだけ抽出します。リード長が250、ゲノムサイズが 2.5 Mbase 程度のため、100万リード抽出すると<br />
: 1,000,000 * 250 / (2.5 * 1,000,000) = 100 平均カバレッジ<br />
となります。100倍あるとリードの厚みが薄い部分でも 10 本ぐらいカバーするので安心です。<br />
<pre><br />
(base) $ seqkit stats *.fastq<br />
file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len<br />
DRR024501_1.fastq FASTQ DNA 2,971,310 745,798,810 251 251 251<br />
DRR024501_2.fastq FASTQ DNA 2,971,310 745,798,810 251 251 251<br />
(base) $ seqkit sample -n 500000 DRX022186/DRR024501_1.fastq > DRX022186/DRR024501_1.1M.fastq<br />
(base) $ seqkit sample -n 500000 DRX022186/DRR024501_2.fastq > DRX022186/DRR024501_2.1M.fastq<br />
</pre><br />
<br />
==NGS解析の基礎==<br />
<br />
; 配列のクオリティチェックとアダプター配列等の除去<br />
<pre><br />
(base) $ fastqc ファイル名<br />
(base) $ fastp -i 入力ファイル -o 出力ファイル -I 入力ファイル -O 出力ファイル<br />
</pre><br />
<br />
; 配列のアセンブリ<br />
オプションの -G N は、不明塩基（N)をギャップとみなす指定。-a は詳細な結果表示。<br />
<pre><br />
(base) $ megahit -1 forward側リード -2 reverse側リード -o out_megahit<br />
(base) $ seqkit stats -a -G N 出力ファイル/final.contigs.fa<br />
</pre><br />
<br />
; 短いコンティグの除去<br />
seqkitを使って 1000 以下のコンティグを除去します。sort オプションは -l で長さによる降順です。<br />
<pre><br />
(base) $ seqkit seq --min-len 1000 out_megahit/final.contigs.fa | seqkit sort -l > contigs.1000.fa<br />
(base) $ seqkit stats -a -G Nn contigs.1000.fa<br />
file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len Q1 Q2 Q3 sum_gap N50 Q20(%) Q30(%)<br />
contigs.1000.fa FASTA DNA 47 2,346,749 1,080 49,930.8 206,021 8,824.5 36,083 83,358.5 0 96,158 0 0<br />
</pre><br />
コンティグの長さは平均で 49,930 あり N50 値が 96,158 となります。これはコンティグを長いものから順番に並べたとき、全長の50%にくるコンティグの長さが 96K であることを意味します。</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Programming/NGSAritalab:Lecture/Programming/NGS2022-06-01T04:49:45Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>== ゲノム解析に必要なツールとデータ==<br />
conda を使って以下のように準備しておきます。<br />
<pre><br />
(base) $ conda install -y -c bioconda fastqc fastp megahit seqkit<br />
...<br />
(base) $ curl -O ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp//ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX02218<br />
6/DRR024501_1.fastq.bz2<br />
(base) $ curl -O ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp//ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX02218<br />
6/DRR024501_2.fastq.bz2<br />
...<br />
(base) $ bunzip2 *.bz2<br />
...<br />
>seqkit stats *.fastq<br />
(base) $ seqkit stats *.fastq<br />
file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len<br />
DRR024501_1.fastq FASTQ DNA 2,971,310 745,798,810 251 251 251<br />
DRR024501_2.fastq FASTQ DNA 2,971,310 745,798,810 251 251 251<br />
</pre><br />
<br />
==NGS解析の基礎==<br />
<br />
; 配列のクオリティチェックとアダプター配列等の除去<br />
<pre><br />
(base) $ fastqc ファイル名<br />
(base) $ fastp -i 入力ファイル -o 出力ファイル -I 入力ファイル -O 出力ファイル<br />
</pre><br />
<br />
; 配列のアセンブリ<br />
オプションの -G N は、不明塩基（N)をギャップとみなす指定。-a は詳細な結果表示。<br />
<pre><br />
(base) $ megahit -1 forward側リード -2 reverse側リード -o out_megahit<br />
(base) $ seqkit stats -a -G N 出力ファイル/final.contigs.fa<br />
</pre><br />
<br />
; 短いコンティグの除去<br />
seqkitを使って 1000 以下のコンティグを除去します。sort オプションは -l で長さによる降順です。<br />
<pre><br />
(base) $ seqkit seq --min-len 1000 out_megahit/final.contigs.fa | seqkit sort -l > contigs.1000.fa<br />
(base) $ seqkit stats -a -G Nn contigs.1000.fa<br />
file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len Q1 Q2 Q3 sum_gap N50 Q20(%) Q30(%)<br />
contigs.1000.fa FASTA DNA 47 2,346,749 1,080 49,930.8 206,021 8,824.5 36,083 83,358.5 0 96,158 0 0<br />
</pre><br />
コンティグの長さは平均で 49,930 あり N50 値が 96,158 となります。これはコンティグを長いものから順番に並べたとき、全長の50%にくるコンティグの長さが 96K であることを意味します。</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Programming/UnixAritalab:Lecture/Programming/Unix2022-06-01T04:49:18Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>{{Lecture/Header}}<br />
<br />
==Windows・MacでUnix環境を使う==<br />
Mac は Unix ライクなコンソールを備えていますが、Windowsは Ubuntu （LinuxOSの一種）をインストールする必要があります。<br />
まず以下のサイトのとおりに、Windows 上に WSL をインストールします。これで Ubuntu のコンソールを使えるようになります。<br />
<br />
- [https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/wsl/install]<br />
<br />
次に miniconda というパッケージマネジャーをインストールします。Minicondaは様々なソフトウェアを Linux 上に導入する conda パッケージの最小版になります。<br />
<br />
- [https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html]<br />
<br />
Windows用の .exe ファイルをインストールすると windows powershell 用に環境が整ってしまいます。WSLで導入した Ubuntu から実行するには以下のようにします。<br />
<pre><br />
> curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh<br />
...<br />
> bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh<br />
...<br />
</pre><br />
これで miniconda が入ります。<br />
<br />
==Unixコマンドの基本==<br />
コマンドのオプションや詳細は、"<tt>man コマンド名</tt>"や"<tt>コマンド名 --help</tt>"と打って調べましょう。<br />
<table><br />
<tr valign="top"><td><br />
;ファイルシステム<br />
; ls : 指定されたディレクトリのファイル名を表示<br />
; cd : ディレクトリ間を移動<br />
; pwd : 現在のディレクトリを表示<br />
; cp : ファイルをコピー<br />
; mv : ファイル（名）を移動<br />
; rm : ファイルやディレクトリを削除<br />
; mkdir : ディレクトリを作成<br />
; rmdir : ディレクトリを削除 (rmでも削除できる)<br />
; touch : 空のファイルを作成<br />
</td><td><br />
; テキストファイル操作<br />
; cat : 指定されたファイルを連結して標準出力に出す<br />
; echo : 指定された文字列を標準出力に出す<br />
; less : 指定されたファイルを表示<br />
; wc : ファイルの文字数、ワード数、行数<br />
; grep : 指定ファイルから、キーワードを含む行を検索<br />
; sort : ファイルをアルファベット順や数の大きさ順に行単位でソート<br />
:: タブ区切りのテキストをソートしたい時は$TAB指定<br />
:: <tt>TAB = 'echo -e "\t"'<br/>sort -t"$TAB" file</tt><br />
; diff : 引数を二つ指定し、ファイル同士の違いを表示<br />
; cut : 各行の指定箇所を切り出す<br />
; head : ファイルの先頭１０行を出力<br />
; tail : ファイルの末尾１０行を出力<br />
</td><td><br />
;ファイル圧縮<br />
; gzip : ファイルを.gz拡張子のついた形に圧縮<br />
:: 解凍するには <tt>gunzip</tt> または <tt>gzip -d</tt><br />
; tar : アーカイブファイルを作成<br />
:: 作成は <tt>tar cvf [tarfile] [file1] [file2] ...</tt><br />
:: 展開は <tt>tar xvf [tarfile]</tt><br />
<br />
;その他<br />
; * : 空文字を含む任意の文字列<br />
; ? : 任意の一文字<br />
; | : パイプ。左側のコマンドの標準出力を、右側のコマンドの標準入力につなぐ<br />
; > : リダイレクト。左側のコマンドの標準出力をファイルに書き出す<br />
</td></tr><br />
</table></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/ProgrammingAritalab:Lecture/Programming2022-05-31T07:19:43Z<p>Adm: /* プログラミングスタイル */</p>
<hr />
<div>{{Lecture/Header}}<br />
<br />
<!---<br />
==情報基礎実験（演習）==<br />
<br />
担当教員は６名です（浅井、有田、笠原、木立、森下）。各教員の出す課題全てについてレポートを提出してください。〆切は各教員から告げられます。<br />
---><br />
<br />
==課題の出し方==<br />
<br />
[[Aritalab:Lecture/Basic/Report|レポートの書き方]]にしたがって、レポートを提出してください。MS WordまたはPDFのどちらでも構いません。<br />
; プログラム課題のレポートを出したり、質問をする際に、してはならないこと<br />
* レポート本文として、プログラムだけを貼り付けて提出する<br />
:: 出されたほうは、何をするプログラムかわかりません。例えばファイルシステムの中身をすべて消去するようなプログラムを書かれていても、判定することは難しいです。そのため、提出されたプログラムを「実行して確かめる」ことは基本的におこないません。必ず、プログラム中にコメントを入れたり、何をするプログラムか、解説してください。<br />
* バグの原因を教えてもらうときに、「動かない」という情報しか書かない<br />
:: 最低限、エラーメッセージやプログラムの挙動を解説してください。<br />
* すべてをメール本文中に書く<br />
:: プログラムや解説をメール本文中に書かれても、それを読むメールシステムによってインデントが崩れたりするので返答が難しくなります。<br />
<br />
質問や課題を提出される側の身になってレポートを出すようにお願いします。<br />
<br />
==使用言語==<br />
バイオインフォマティクスで使われるプログラミング言語は様々（Perl, Ruby, Python, Java, C, Cpp...)ですが、この演習ではJavaかC&#43;&#43;を用いてください。理由として<br />
* 大規模なプログラムが書ける<br />
* 計算コストがはっきりわかる<br />
ことが挙げられます。<br />
<br />
==開発環境の準備==<br />
* [[Aritalab:Lecture/Programming/Environment|インストールと教科書]]<br />
<br />
==プログラミングスタイル==<br />
* [[Aritalab:Lecture/Programming/Style|プログラムの書き方全般]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Programming/Debug|デバッグの仕方]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Programming/Unix|Unix コマンド]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Programming/NGS|次世代シーケンス解析]]<br />
<br />
==Javaで書く人に向けて==<br />
* [[Aritalab:Lecture/Programming/Java|Javaの書き方]]<br />
<br />
==C&#43;&#43;で書く人に向けて==<br />
* [[Aritalab:Lecture/Programming/Cpp|C&#43;&#43;の書き方]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Programming/Cpp/Macro|マクロについて]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Programming/Cpp/Tips|書き方のヒント]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Programming/Cpp/Genome|Visual Studioを用いたプログラム作成]]</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Programming/NGSAritalab:Lecture/Programming/NGS2022-05-31T07:18:58Z<p>Adm: Created page with "==NGS解析の基礎== ; 配列のクオリティチェックとアダプター配列等の除去 <pre> (base) $ fastqc ファイル名 (base) $ fastp -i 入力ファイル -..."</p>
<hr />
<div>==NGS解析の基礎==<br />
<br />
; 配列のクオリティチェックとアダプター配列等の除去<br />
<pre><br />
(base) $ fastqc ファイル名<br />
(base) $ fastp -i 入力ファイル -o 出力ファイル -I 入力ファイル -O 出力ファイル<br />
</pre><br />
<br />
; 配列のアセンブリ<br />
オプションの -G N は、不明塩基（N)をギャップとみなす指定。-a は詳細な結果表示。<br />
<pre><br />
(base) $ megahit -1 forward側リード -2 reverse側リード -o out_megahit<br />
(base) $ seqkit stats -a -G N 出力ファイル/final.contigs.fa<br />
</pre><br />
<br />
; 短いコンティグの除去<br />
seqkitを使って 1000 以下のコンティグを除去します。sort オプションは -l で長さによる降順です。<br />
<pre><br />
(base) $ seqkit seq --min-len 1000 out_megahit/final.contigs.fa | seqkit sort -l > contigs.1000.fa<br />
(base) $ seqkit stats -a -G Nn contigs.1000.fa<br />
file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len Q1 Q2 Q3 sum_gap N50 Q20(%) Q30(%)<br />
contigs.1000.fa FASTA DNA 47 2,346,749 1,080 49,930.8 206,021 8,824.5 36,083 83,358.5 0 96,158 0 0<br />
</pre><br />
コンティグの長さは平均で 49,930 あり N50 値が 96,158 となります。これはコンティグを長いものから順番に並べたとき、全長の50%にくるコンティグの長さが 96K であることを意味します。</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Programming/UnixAritalab:Lecture/Programming/Unix2022-05-31T06:54:01Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>{{Lecture/Header}}<br />
<br />
==Windows・MacでUnix環境を使う==<br />
Mac は Unix ライクなコンソールを備えていますが、Windowsは Ubuntu （LinuxOSの一種）をインストールする必要があります。<br />
まず以下のサイトのとおりに、Windows 上に WSL をインストールします。これで Ubuntu のコンソールを使えるようになります。<br />
<br />
- [https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/wsl/install]<br />
<br />
次に miniconda というパッケージマネジャーをインストールします。Minicondaは様々なソフトウェアを Linux 上に導入する conda パッケージの最小版になります。<br />
<br />
- [https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html]<br />
<br />
Windows用の .exe ファイルをインストールすると windows powershell 用に環境が整ってしまいます。WSLで導入した Ubuntu から実行するには以下のようにします。<br />
<pre><br />
> curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh<br />
...<br />
> bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh<br />
...<br />
</pre><br />
これで miniconda が入ります。<br />
<br />
==Unixコマンドの基本==<br />
コマンドのオプションや詳細は、"<tt>man コマンド名</tt>"や"<tt>コマンド名 --help</tt>"と打って調べましょう。<br />
<table><br />
<tr valign="top"><td><br />
;ファイルシステム<br />
; ls : 指定されたディレクトリのファイル名を表示<br />
; cd : ディレクトリ間を移動<br />
; pwd : 現在のディレクトリを表示<br />
; cp : ファイルをコピー<br />
; mv : ファイル（名）を移動<br />
; rm : ファイルやディレクトリを削除<br />
; mkdir : ディレクトリを作成<br />
; rmdir : ディレクトリを削除 (rmでも削除できる)<br />
; touch : 空のファイルを作成<br />
</td><td><br />
; テキストファイル操作<br />
; cat : 指定されたファイルを連結して標準出力に出す<br />
; echo : 指定された文字列を標準出力に出す<br />
; less : 指定されたファイルを表示<br />
; wc : ファイルの文字数、ワード数、行数<br />
; grep : 指定ファイルから、キーワードを含む行を検索<br />
; sort : ファイルをアルファベット順や数の大きさ順に行単位でソート<br />
:: タブ区切りのテキストをソートしたい時は$TAB指定<br />
:: <tt>TAB = 'echo -e "\t"'<br/>sort -t"$TAB" file</tt><br />
; diff : 引数を二つ指定し、ファイル同士の違いを表示<br />
; cut : 各行の指定箇所を切り出す<br />
; head : ファイルの先頭１０行を出力<br />
; tail : ファイルの末尾１０行を出力<br />
</td><td><br />
;ファイル圧縮<br />
; gzip : ファイルを.gz拡張子のついた形に圧縮<br />
:: 解凍するには <tt>gunzip</tt> または <tt>gzip -d</tt><br />
; tar : アーカイブファイルを作成<br />
:: 作成は <tt>tar cvf [tarfile] [file1] [file2] ...</tt><br />
:: 展開は <tt>tar xvf [tarfile]</tt><br />
<br />
;その他<br />
; * : 空文字を含む任意の文字列<br />
; ? : 任意の一文字<br />
; | : パイプ。左側のコマンドの標準出力を、右側のコマンドの標準入力につなぐ<br />
; > : リダイレクト。左側のコマンドの標準出力をファイルに書き出す<br />
</td></tr><br />
</table><br />
== ゲノム解析に必要なツールとデータ==<br />
conda を使って以下のように準備しておきます。<br />
<pre><br />
(base) $ conda install -y -c bioconda fastqc fastp megahit seqkit<br />
...<br />
(base) $ curl -O ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp//ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX02218<br />
6/DRR024501_1.fastq.bz2<br />
(base) $ curl -O ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp//ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX02218<br />
6/DRR024501_2.fastq.bz2<br />
...<br />
(base) $ bunzip2 *.bz2<br />
...<br />
>seqkit stats *.fastq<br />
(base) $ seqkit stats *.fastq<br />
file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len<br />
DRR024501_1.fastq FASTQ DNA 2,971,310 745,798,810 251 251 251<br />
DRR024501_2.fastq FASTQ DNA 2,971,310 745,798,810 251 251 251<br />
</pre></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Math/PLS/R_PLSAritalab:Lecture/Math/PLS/R PLS2021-06-17T11:16:31Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>;参考資料<br />
* [http://mevik.net/work/software/pls.html PLSパッケージの解説]<br />
<br />
==RによるPLS==<br />
<br />
Rでは pls パッケージを使います。<br />
<br />
<pre><br />
> install.packages("pls")<br />
> library(pls)<br />
> summary(oliveoil)<br />
chemical.Acidity chemical.Peroxide chemical.K232 chemical.K270 chemical.DK <br />
Min. :0.150000 Min. : 8.1400 Min. :1.33100 Min. :0.08500000 Min. :-0.00500 <br />
1st Qu.:0.190000 1st Qu.:10.9500 1st Qu.:1.53600 1st Qu.:0.10150000 1st Qu.:-0.00325 <br />
Median :0.260000 Median :12.4000 Median :1.65350 Median :0.11600000 Median :-0.00200 <br />
Mean :0.311875 Mean :13.2525 Mean :1.70825 Mean :0.11814375 Mean :-0.00175 <br />
3rd Qu.:0.312500 3rd Qu.:15.3750 3rd Qu.:1.89325 3rd Qu.:0.12850000 3rd Qu.: 0.00000 <br />
Max. :0.730000 Max. :19.4000 Max. :2.22200 Max. :0.16800000 Max. : 0.00300 <br />
sensory.yellow sensory.green sensory.brown sensory.glossy sensory.transp sensory.syrup <br />
Min. :21.400 Min. : 9.7000 Min. : 8.00000 Min. :67.7000 Min. :63.50000 Min. :42.300 <br />
1st Qu.:32.075 1st Qu.:12.0750 1st Qu.:10.02500 1st Qu.:77.8000 1st Qu.:74.17500 1st Qu.:46.150 <br />
Median :52.800 Median :31.1500 Median :10.80000 Median :80.4000 Median :77.20000 Median :47.500 <br />
Mean :50.875 Mean :33.5125 Mean :12.33125 Mean :80.8125 Mean :78.19375 Mean :47.975 <br />
3rd Qu.:68.800 3rd Qu.:54.7000 3rd Qu.:11.97500 3rd Qu.:85.3750 3rd Qu.:84.87500 3rd Qu.:50.650 <br />
Max. :73.500 Max. :73.4000 Max. :28.40000 Max. :89.9000 Max. :89.70000 Max. :52.800 <br />
</pre><br />
ここではオリーブオイル 16種（ギリシャ5, イタリア5, スペイン6）のデータを利用します。chemical カテゴリーに Acidity, Peroxide, K232, K270, DK の 5 項目、sensory カテゴリーに yellow, green, brown, glossy, transp, syrup の 6 項目の情報があります。<br />
"Chemical" はオイルの品質基準で，いずれも低い方がよいとされます。<br />
* Acidity 脂肪酸の割合 (EUにおける許容最大値 0.80)<br />
* Peroxide 酸化の状態 (EUにおける許容最大値 20)<br />
* K232, K270, DeltaK オイルに含まれる酸性物質の量 (EUにおける許容最大値それぞれ 2.50, 0.20, 0.01)<br />
"Sensory" は官能試験のスコアです。どちらも相関の高い軸を持っています。まず産地で色分けするために rownames を数値に変換しておきます。pairsというコマンドは列の組み合わせ全てについて散布図を作るコマンドです。<br />
<pre><br />
> label <- unclass(as.factor(substring(rownames(oliveoil),1,1)))<br />
> pairs(oliveoil$chemistry, pch=21, bg=label)<br />
> pairs(oliveoil$sensory, pch=21, bg=label)<br />
</pre><br />
<br />
[[File:oliveoilChemicalPairsR.png|250px]] [[File:oliveoilSensoryPairsR.png|250px]]<br />
3 軸のchemical 主成分で、6項目の値を予測してみます。<br />
<pre><br />
> s <- plsr(sensory ~ chemical, ncomp=3, data=oliveoil)<br />
> summary(s)<br />
Data: X dimension: 16 5 <br />
Y dimension: 16 6<br />
Fit method: kernelpls<br />
Number of components considered: 3<br />
TRAINING: % variance explained<br />
1 comps 2 comps 3 comps<br />
X 99.59 99.87 100.00<br />
yellow 17.33 47.00 49.48<br />
green 11.64 43.80 45.38<br />
brown 60.41 63.24 68.91<br />
glossy 45.00 51.46 52.98<br />
transp 35.81 45.65 45.96<br />
syrup 57.62 58.80 58.80<br />
</pre><br />
3軸目では説明能力があまり上がっていないことがわかります。Root Mean Square Error Prediction (RMSEP) を，plot 関数で図示します。Yellow, green が2軸目でうまく予測できるようです。<br />
<pre><br />
> plot(RMSEP(s))<br />
</pre><br />
各項目の予測精度や軸の成分も plot 関数でわかります。AcidityとPeroxideで多くが説明できるようです。<br />
<pre><br />
> plot(s, ncomp=2, line=TRUE, pch=21, bg=label)<br />
> plot(s, "loadings", comps=1:3)<br />
> plot(s, "scores", comps=1:2, pch=21, bg=label)<br />
</pre></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Math/PLS/R_PLSAritalab:Lecture/Math/PLS/R PLS2021-06-17T08:11:53Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>;参考資料<br />
* [http://mevik.net/work/software/pls.html PLSパッケージの解説]<br />
<br />
==RによるPLS==<br />
<br />
Rでは pls パッケージを使います。<br />
<br />
<pre><br />
> install.packages("pls")<br />
> library(pls)<br />
> summary(oliveoil)<br />
chemical.Acidity chemical.Peroxide chemical.K232 chemical.K270 chemical.DK <br />
Min. :0.150000 Min. : 8.1400 Min. :1.33100 Min. :0.08500000 Min. :-0.00500 <br />
1st Qu.:0.190000 1st Qu.:10.9500 1st Qu.:1.53600 1st Qu.:0.10150000 1st Qu.:-0.00325 <br />
Median :0.260000 Median :12.4000 Median :1.65350 Median :0.11600000 Median :-0.00200 <br />
Mean :0.311875 Mean :13.2525 Mean :1.70825 Mean :0.11814375 Mean :-0.00175 <br />
3rd Qu.:0.312500 3rd Qu.:15.3750 3rd Qu.:1.89325 3rd Qu.:0.12850000 3rd Qu.: 0.00000 <br />
Max. :0.730000 Max. :19.4000 Max. :2.22200 Max. :0.16800000 Max. : 0.00300 <br />
sensory.yellow sensory.green sensory.brown sensory.glossy sensory.transp sensory.syrup <br />
Min. :21.400 Min. : 9.7000 Min. : 8.00000 Min. :67.7000 Min. :63.50000 Min. :42.300 <br />
1st Qu.:32.075 1st Qu.:12.0750 1st Qu.:10.02500 1st Qu.:77.8000 1st Qu.:74.17500 1st Qu.:46.150 <br />
Median :52.800 Median :31.1500 Median :10.80000 Median :80.4000 Median :77.20000 Median :47.500 <br />
Mean :50.875 Mean :33.5125 Mean :12.33125 Mean :80.8125 Mean :78.19375 Mean :47.975 <br />
3rd Qu.:68.800 3rd Qu.:54.7000 3rd Qu.:11.97500 3rd Qu.:85.3750 3rd Qu.:84.87500 3rd Qu.:50.650 <br />
Max. :73.500 Max. :73.4000 Max. :28.40000 Max. :89.9000 Max. :89.70000 Max. :52.800 <br />
</pre><br />
ここではオリーブオイル 16種（ギリシャ5, イタリア5, スペイン6）のデータを利用します。chemical カテゴリーに Acidity, Peroxide, K232, K270, DK の 5 項目、sensory カテゴリーに yellow, green, brown, glossy, transp, syrup の 6 項目の情報があります。<br />
"Chemical" はオイルの品質基準で，いずれも低い方がよいとされます。<br />
* Acidity 脂肪酸の割合 (EUにおける許容最大値 0.80)<br />
* Peroxide 酸化の状態 (EUにおける許容最大値 20)<br />
* K232, K270, DeltaK オイルに含まれる酸性物質の量 (EUにおける許容最大値それぞれ 2.50, 0.20, 0.01)<br />
"Sensory" は官能試験のスコアです。どちらも相関の高い軸を持っています。まず産地で色分けするために rownames を数値に変換しておきます。<br />
<pre><br />
> label <- unclass(as.factor(substring(rownames(oliveoil),1,1)))<br />
> mat <- as.data.frame(matrix(oliveoil$chemical, 16, 5))<br />
> plot(mat, pch=21, bg=label)<br />
</pre><br />
<br />
[[File:oliveoilChemicalPairsR.png|250px]] [[File:oliveoilSensoryPairsR.png|250px]]<br />
3 軸のchemical 主成分で、6項目の値を予測してみます。<br />
<pre><br />
> s <- plsr(sensory ~ chemical, ncomp=3, data=oliveoil)<br />
> summary(s)<br />
Data: X dimension: 16 5 <br />
Y dimension: 16 6<br />
Fit method: kernelpls<br />
Number of components considered: 3<br />
TRAINING: % variance explained<br />
1 comps 2 comps 3 comps<br />
X 99.59 99.87 100.00<br />
yellow 17.33 47.00 49.48<br />
green 11.64 43.80 45.38<br />
brown 60.41 63.24 68.91<br />
glossy 45.00 51.46 52.98<br />
transp 35.81 45.65 45.96<br />
syrup 57.62 58.80 58.80<br />
</pre><br />
3軸目では説明能力があまり上がっていないことがわかります。Root Mean Square Error Prediction (RMSEP) を，plot 関数で図示します。Yellow, green が2軸目でうまく予測できるようです。<br />
<pre><br />
> plot(RMSEP(s))<br />
</pre><br />
各項目の予測精度や軸の成分も plot 関数でわかります。AcidityとPeroxideで多くが説明できるようです。<br />
<pre><br />
> plot(s, ncomp=2, line=TRUE, pch=21, bg=label)<br />
> plot(s, "loadings", comps=1:3)<br />
> plot(s, "scores", comps=1:2, pch=21, bg=label)<br />
</pre></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Math/PLS/R_PLSAritalab:Lecture/Math/PLS/R PLS2021-06-17T07:18:38Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>;参考資料<br />
* [http://mevik.net/work/software/pls.html PLSパッケージの解説]<br />
<br />
==RによるPLS==<br />
<br />
Rでは pls パッケージを使います。<br />
<br />
<pre><br />
> install.packages("pls")<br />
> library(pls)<br />
> summary(oliveoil)<br />
chemical.Acidity chemical.Peroxide chemical.K232 chemical.K270 chemical.DK <br />
Min. :0.150000 Min. : 8.1400 Min. :1.33100 Min. :0.08500000 Min. :-0.00500 <br />
1st Qu.:0.190000 1st Qu.:10.9500 1st Qu.:1.53600 1st Qu.:0.10150000 1st Qu.:-0.00325 <br />
Median :0.260000 Median :12.4000 Median :1.65350 Median :0.11600000 Median :-0.00200 <br />
Mean :0.311875 Mean :13.2525 Mean :1.70825 Mean :0.11814375 Mean :-0.00175 <br />
3rd Qu.:0.312500 3rd Qu.:15.3750 3rd Qu.:1.89325 3rd Qu.:0.12850000 3rd Qu.: 0.00000 <br />
Max. :0.730000 Max. :19.4000 Max. :2.22200 Max. :0.16800000 Max. : 0.00300 <br />
sensory.yellow sensory.green sensory.brown sensory.glossy sensory.transp sensory.syrup <br />
Min. :21.400 Min. : 9.7000 Min. : 8.00000 Min. :67.7000 Min. :63.50000 Min. :42.300 <br />
1st Qu.:32.075 1st Qu.:12.0750 1st Qu.:10.02500 1st Qu.:77.8000 1st Qu.:74.17500 1st Qu.:46.150 <br />
Median :52.800 Median :31.1500 Median :10.80000 Median :80.4000 Median :77.20000 Median :47.500 <br />
Mean :50.875 Mean :33.5125 Mean :12.33125 Mean :80.8125 Mean :78.19375 Mean :47.975 <br />
3rd Qu.:68.800 3rd Qu.:54.7000 3rd Qu.:11.97500 3rd Qu.:85.3750 3rd Qu.:84.87500 3rd Qu.:50.650 <br />
Max. :73.500 Max. :73.4000 Max. :28.40000 Max. :89.9000 Max. :89.70000 Max. :52.800 <br />
</pre><br />
ここではオリーブオイル 16種（ギリシャ5, イタリア5, スペイン6）のデータを利用します。chemical カテゴリーに Acidity, Peroxide, K232, K270, DK の 5 項目、sensory カテゴリーに yellow, green, brown, glossy, transp, syrup の 6 項目の情報があります。<br />
"Chemical" はオイルの品質基準で，いずれも低い方がよいとされます。<br />
* Acidity 脂肪酸の割合 (EUにおける許容最大値 0.80)<br />
* Peroxide 酸化の状態 (EUにおける許容最大値 20)<br />
* K232, K270, DeltaK オイルに含まれる酸性物質の量 (EUにおける許容最大値それぞれ 2.50, 0.20, 0.01)<br />
"Sensory" は官能試験のスコアです。どちらも相関の高い軸を持っています。まず産地で色分けするために rownames を数値に変換しておきます。<br />
<pre><br />
> label <- unclass(as.factor(substring(rownames(oliveoil),1,1)))<br />
> plot(oliveoil$chemical, pch=21, bg=label)<br />
</pre><br />
<br />
[[File:oliveoilChemicalPairsR.png|250px]] [[File:oliveoilSensoryPairsR.png|250px]]<br />
3 軸のchemical 主成分で、6項目の値を予測してみます。<br />
<pre><br />
> s <- plsr(sensory ~ chemical, ncomp=3, data=oliveoil)<br />
> summary(s)<br />
Data: X dimension: 16 5 <br />
Y dimension: 16 6<br />
Fit method: kernelpls<br />
Number of components considered: 3<br />
TRAINING: % variance explained<br />
1 comps 2 comps 3 comps<br />
X 99.59 99.87 100.00<br />
yellow 17.33 47.00 49.48<br />
green 11.64 43.80 45.38<br />
brown 60.41 63.24 68.91<br />
glossy 45.00 51.46 52.98<br />
transp 35.81 45.65 45.96<br />
syrup 57.62 58.80 58.80<br />
</pre><br />
3軸目では説明能力があまり上がっていないことがわかります。Root Mean Square Error Prediction (RMSEP) を，plot 関数で図示します。Yellow, green が2軸目でうまく予測できるようです。<br />
<pre><br />
> plot(RMSEP(s))<br />
</pre><br />
各項目の予測精度や軸の成分も plot 関数でわかります。AcidityとPeroxideで多くが説明できるようです。<br />
<pre><br />
> plot(s, ncomp=2, line=TRUE, pch=21, bg=label)<br />
> plot(s, "loadings", comps=1:3)<br />
> plot(s, "scores", comps=1:2, pch=21, bg=label)<br />
</pre></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Math/PLS/R_PLSAritalab:Lecture/Math/PLS/R PLS2020-06-19T01:25:21Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>;参考資料<br />
* [http://mevik.net/work/software/pls.html PLSパッケージの解説]<br />
<br />
==RによるPLS==<br />
<br />
Rでは pls パッケージを使います。<br />
<br />
<pre><br />
> install.packages("pls")<br />
> library(pls)<br />
> summary(oliveoil)<br />
chemical.Acidity chemical.Peroxide chemical.K232 chemical.K270 chemical.DK <br />
Min. :0.150000 Min. : 8.1400 Min. :1.33100 Min. :0.08500000 Min. :-0.00500 <br />
1st Qu.:0.190000 1st Qu.:10.9500 1st Qu.:1.53600 1st Qu.:0.10150000 1st Qu.:-0.00325 <br />
Median :0.260000 Median :12.4000 Median :1.65350 Median :0.11600000 Median :-0.00200 <br />
Mean :0.311875 Mean :13.2525 Mean :1.70825 Mean :0.11814375 Mean :-0.00175 <br />
3rd Qu.:0.312500 3rd Qu.:15.3750 3rd Qu.:1.89325 3rd Qu.:0.12850000 3rd Qu.: 0.00000 <br />
Max. :0.730000 Max. :19.4000 Max. :2.22200 Max. :0.16800000 Max. : 0.00300 <br />
sensory.yellow sensory.green sensory.brown sensory.glossy sensory.transp sensory.syrup <br />
Min. :21.400 Min. : 9.7000 Min. : 8.00000 Min. :67.7000 Min. :63.50000 Min. :42.300 <br />
1st Qu.:32.075 1st Qu.:12.0750 1st Qu.:10.02500 1st Qu.:77.8000 1st Qu.:74.17500 1st Qu.:46.150 <br />
Median :52.800 Median :31.1500 Median :10.80000 Median :80.4000 Median :77.20000 Median :47.500 <br />
Mean :50.875 Mean :33.5125 Mean :12.33125 Mean :80.8125 Mean :78.19375 Mean :47.975 <br />
3rd Qu.:68.800 3rd Qu.:54.7000 3rd Qu.:11.97500 3rd Qu.:85.3750 3rd Qu.:84.87500 3rd Qu.:50.650 <br />
Max. :73.500 Max. :73.4000 Max. :28.40000 Max. :89.9000 Max. :89.70000 Max. :52.800 <br />
</pre><br />
ここではオリーブオイル 16種（ギリシャ5, イタリア5, スペイン6）のデータを利用します。chemical カテゴリーに Acidity, Peroxide, K232, K270, DK の 5 項目、sensory カテゴリーに yellow, green, brown, glossy, transp, syrup の 6 項目の情報があります。<br />
"Chemical" はオイルの品質基準で，いずれも低い方がよいとされます。<br />
* Acidity 脂肪酸の割合 (EUにおける許容最大値 0.80)<br />
* Peroxide 酸化の状態 (EUにおける許容最大値 20)<br />
* K232, K270, DeltaK オイルに含まれる酸性物質の量 (EUにおける許容最大値それぞれ 2.50, 0.20, 0.01)<br />
"Sensory" は官能試験のスコアです。どちらも相関の高い軸を持っています。まず産地で色分けするために rownames を数値に変換しておきます。<br />
<pre><br />
> label <- unclass(type.convert(substring(rownames(oliveoil),1,1)))<br />
> plot(oliveoil$chemical, pch=21, bg=label)<br />
</pre><br />
<br />
[[File:oliveoilChemicalPairsR.png|250px]] [[File:oliveoilSensoryPairsR.png|250px]]<br />
3 軸のchemical 主成分で、6項目の値を予測してみます。<br />
<pre><br />
> s <- plsr(sensory ~ chemical, ncomp=3, data=oliveoil)<br />
> summary(s)<br />
Data: X dimension: 16 5 <br />
Y dimension: 16 6<br />
Fit method: kernelpls<br />
Number of components considered: 3<br />
TRAINING: % variance explained<br />
1 comps 2 comps 3 comps<br />
X 99.59 99.87 100.00<br />
yellow 17.33 47.00 49.48<br />
green 11.64 43.80 45.38<br />
brown 60.41 63.24 68.91<br />
glossy 45.00 51.46 52.98<br />
transp 35.81 45.65 45.96<br />
syrup 57.62 58.80 58.80<br />
</pre><br />
3軸目では説明能力があまり上がっていないことがわかります。Root Mean Square Error Prediction (RMSEP) を，plot 関数で図示します。Yellow, green が2軸目でうまく予測できるようです。<br />
<pre><br />
> plot(RMSEP(s))<br />
</pre><br />
各項目の予測精度や軸の成分も plot 関数でわかります。AcidityとPeroxideで多くが説明できるようです。<br />
<pre><br />
> plot(s, ncomp=2, line=TRUE, pch=21, bg=label)<br />
> plot(s, "loadings", comps=1:3)<br />
> plot(s, "scores", comps=1:2, pch=21, bg=label)<br />
</pre></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Math/PLS/R_PLSAritalab:Lecture/Math/PLS/R PLS2020-06-19T01:20:35Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>;参考資料<br />
* [http://mevik.net/work/software/pls.html PLSパッケージの解説]<br />
<br />
==RによるPLS==<br />
<br />
Rでは pls パッケージを使います。<br />
<br />
<pre><br />
> install.packages("pls")<br />
> library(pls)<br />
> summary(oliveoil)<br />
chemical.Acidity chemical.Peroxide chemical.K232 chemical.K270 chemical.DK <br />
Min. :0.150000 Min. : 8.1400 Min. :1.33100 Min. :0.08500000 Min. :-0.00500 <br />
1st Qu.:0.190000 1st Qu.:10.9500 1st Qu.:1.53600 1st Qu.:0.10150000 1st Qu.:-0.00325 <br />
Median :0.260000 Median :12.4000 Median :1.65350 Median :0.11600000 Median :-0.00200 <br />
Mean :0.311875 Mean :13.2525 Mean :1.70825 Mean :0.11814375 Mean :-0.00175 <br />
3rd Qu.:0.312500 3rd Qu.:15.3750 3rd Qu.:1.89325 3rd Qu.:0.12850000 3rd Qu.: 0.00000 <br />
Max. :0.730000 Max. :19.4000 Max. :2.22200 Max. :0.16800000 Max. : 0.00300 <br />
sensory.yellow sensory.green sensory.brown sensory.glossy sensory.transp sensory.syrup <br />
Min. :21.400 Min. : 9.7000 Min. : 8.00000 Min. :67.7000 Min. :63.50000 Min. :42.300 <br />
1st Qu.:32.075 1st Qu.:12.0750 1st Qu.:10.02500 1st Qu.:77.8000 1st Qu.:74.17500 1st Qu.:46.150 <br />
Median :52.800 Median :31.1500 Median :10.80000 Median :80.4000 Median :77.20000 Median :47.500 <br />
Mean :50.875 Mean :33.5125 Mean :12.33125 Mean :80.8125 Mean :78.19375 Mean :47.975 <br />
3rd Qu.:68.800 3rd Qu.:54.7000 3rd Qu.:11.97500 3rd Qu.:85.3750 3rd Qu.:84.87500 3rd Qu.:50.650 <br />
Max. :73.500 Max. :73.4000 Max. :28.40000 Max. :89.9000 Max. :89.70000 Max. :52.800 <br />
</pre><br />
ここではオリーブオイル 16種（ギリシャ5, イタリア5, スペイン6）のデータを利用します。chemical カテゴリーに Acidity, Peroxide, K232, K270, DK の 5 項目、sensory カテゴリーに yellow, green, brown, glossy, transp, syrup の 6 項目の情報があります。<br />
<br />
"Chemical" はオイルの品質基準で，いずれも低い方がよいとされます。<br />
* Acidity 脂肪酸の割合 (EUにおける許容最大値 0.80)<br />
* Peroxide 酸化の状態 (EUにおける許容最大値 20)<br />
* K232, K270, DeltaK オイルに含まれる酸性物質の量 (EUにおける許容最大値それぞれ 2.50, 0.20, 0.01)<br />
"Sensory" は官能試験のスコアです。どちらも相関の高い軸を持っています。まず産地で色分けするために rownames を数値に変換しておきます。<br />
<pre><br />
> label <- unclass(type.convert(substring(rownames(oliveoil),1,1)))<br />
> plot(oliveoil$chemical, pch=21, bg=label)<br />
</pre><br />
<br />
[[File:oliveoilChemicalPairsR.png|250px]] [[File:oliveoilSensoryPairsR.png|250px]]<br />
<br />
<br />
3 軸のchemical 主成分で、6項目の値を予測してみます。<br />
<br />
<pre><br />
> s <- plsr(sensory ~ chemical, ncomp=3, data=oliveoil)<br />
> summary(s)<br />
Data: X dimension: 16 5 <br />
Y dimension: 16 6<br />
Fit method: kernelpls<br />
Number of components considered: 3<br />
TRAINING: % variance explained<br />
1 comps 2 comps 3 comps<br />
X 99.59 99.87 100.00<br />
yellow 17.33 47.00 49.48<br />
green 11.64 43.80 45.38<br />
brown 60.41 63.24 68.91<br />
glossy 45.00 51.46 52.98<br />
transp 35.81 45.65 45.96<br />
syrup 57.62 58.80 58.80<br />
<br />
</pre><br />
<br />
3軸目では説明能力があまり上がっていないことがわかります。Root Mean Square Error Prediction (RMSEP) を，plot 関数で図示します。Yellow, green が2軸目でうまく予測できるようです。<br />
<pre><br />
> plot(RMSEP(s))<br />
</pre><br />
各項目の予測精度や軸の成分も plot 関数でわかります。AcidityとPeroxideで多くが説明できるようです。<br />
<br />
<br />
<pre><br />
> plot(s, ncomp=2, line=TRUE)<br />
> plot(s, "loadings", comps=1:3)<br />
> plot(s, "scores", comps=1:2)<br />
</pre></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/File:OliveoilSensoryPairsR.pngFile:OliveoilSensoryPairsR.png2020-06-19T01:17:51Z<p>Adm: Adm uploaded a new version of &quot;File:OliveoilSensoryPairsR.png&quot;</p>
<hr />
<div></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/File:OliveoilSensoryPairsR.pngFile:OliveoilSensoryPairsR.png2020-06-19T01:17:50Z<p>Adm: Adm uploaded a new version of &quot;File:OliveoilSensoryPairsR.png&quot;</p>
<hr />
<div></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/File:OliveoilChemicalPairsR.pngFile:OliveoilChemicalPairsR.png2020-06-19T01:17:20Z<p>Adm: Adm uploaded a new version of &quot;File:OliveoilChemicalPairsR.png&quot;</p>
<hr />
<div></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Math/PLS/R_PLSAritalab:Lecture/Math/PLS/R PLS2020-06-19T00:50:57Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>;参考資料<br />
* [http://mevik.net/work/software/pls.html PLSパッケージの解説]<br />
<br />
==RによるPLS==<br />
<br />
Rでは pls パッケージを使います。<br />
<br />
<pre><br />
> install.packages("pls")<br />
> library(pls)<br />
> summary(oliveoil)<br />
chemical.Acidity chemical.Peroxide chemical.K232 chemical.K270 chemical.DK <br />
Min. :0.150000 Min. : 8.1400 Min. :1.33100 Min. :0.08500000 Min. :-0.00500 <br />
1st Qu.:0.190000 1st Qu.:10.9500 1st Qu.:1.53600 1st Qu.:0.10150000 1st Qu.:-0.00325 <br />
Median :0.260000 Median :12.4000 Median :1.65350 Median :0.11600000 Median :-0.00200 <br />
Mean :0.311875 Mean :13.2525 Mean :1.70825 Mean :0.11814375 Mean :-0.00175 <br />
3rd Qu.:0.312500 3rd Qu.:15.3750 3rd Qu.:1.89325 3rd Qu.:0.12850000 3rd Qu.: 0.00000 <br />
Max. :0.730000 Max. :19.4000 Max. :2.22200 Max. :0.16800000 Max. : 0.00300 <br />
sensory.yellow sensory.green sensory.brown sensory.glossy sensory.transp sensory.syrup <br />
Min. :21.400 Min. : 9.7000 Min. : 8.00000 Min. :67.7000 Min. :63.50000 Min. :42.300 <br />
1st Qu.:32.075 1st Qu.:12.0750 1st Qu.:10.02500 1st Qu.:77.8000 1st Qu.:74.17500 1st Qu.:46.150 <br />
Median :52.800 Median :31.1500 Median :10.80000 Median :80.4000 Median :77.20000 Median :47.500 <br />
Mean :50.875 Mean :33.5125 Mean :12.33125 Mean :80.8125 Mean :78.19375 Mean :47.975 <br />
3rd Qu.:68.800 3rd Qu.:54.7000 3rd Qu.:11.97500 3rd Qu.:85.3750 3rd Qu.:84.87500 3rd Qu.:50.650 <br />
Max. :73.500 Max. :73.4000 Max. :28.40000 Max. :89.9000 Max. :89.70000 Max. :52.800 <br />
</pre><br />
ここではオリーブオイル 16種（ギリシャ5, イタリア5, スペイン6）のデータを利用します。chemical カテゴリーに Acidity, Peroxide, K232, K270, DK の 5 項目、sensory カテゴリーに yellow, green, brown, glossy, transp, syrup の 6 項目の情報があります。<br />
<br />
"Chemical" はオイルの品質基準で，いずれも低い方がよいとされます。<br />
* Acidity 脂肪酸の割合 (EUにおける許容最大値 0.80)<br />
* Peroxide 酸化の状態 (EUにおける許容最大値 20)<br />
* K232, K270, DeltaK オイルに含まれる酸性物質の量 (EUにおける許容最大値それぞれ 2.50, 0.20, 0.01)<br />
"Sensory" は官能試験のスコアです。どちらも相関の高い軸を持っています。<br />
<br />
[[File:oliveoilChemicalPairsR.png|250px]] [[File:oliveoilSensoryPairsR.png|250px]]<br />
<br />
<br />
3 軸のchemical 主成分で、6項目の値を予測してみます。<br />
<br />
<pre><br />
> s <- plsr(sensory ~ chemical, ncomp=3, data=oliveoil)<br />
> summary(s)<br />
Data: X dimension: 16 5 <br />
Y dimension: 16 6<br />
Fit method: kernelpls<br />
Number of components considered: 3<br />
TRAINING: % variance explained<br />
1 comps 2 comps 3 comps<br />
X 99.59 99.87 100.00<br />
yellow 17.33 47.00 49.48<br />
green 11.64 43.80 45.38<br />
brown 60.41 63.24 68.91<br />
glossy 45.00 51.46 52.98<br />
transp 35.81 45.65 45.96<br />
syrup 57.62 58.80 58.80<br />
<br />
</pre><br />
<br />
3軸目では説明能力があまり上がっていないことがわかります。Root Mean Square Error Prediction (RMSEP) を，plot 関数で図示します。Yellow, green が2軸目でうまく予測できるようです。<br />
<pre><br />
> plot(RMSEP(s))<br />
</pre><br />
各項目の予測精度や軸の成分も plot 関数でわかります。AcidityとPeroxideで多くが説明できるようです。<br />
<br />
<br />
<pre><br />
> plot(s, ncomp=2, line=TRUE)<br />
> plot(s, "loadings", comps=1:3)<br />
> plot(s, "scores", comps=1:2)<br />
</pre></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Math/PLS/R_PLSAritalab:Lecture/Math/PLS/R PLS2020-06-19T00:20:26Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>;参考資料<br />
* [http://mevik.net/work/software/pls.html PLSパッケージの解説]<br />
<br />
==RによるPLS==<br />
<br />
Rでは pls パッケージを使います。<br />
<br />
<pre><br />
> install.packages("pls")<br />
> library(pls)<br />
> summary(oliveoil)<br />
chemical.Acidity chemical.Peroxide chemical.K232 chemical.K270 chemical.DK <br />
Min. :0.150000 Min. : 8.1400 Min. :1.33100 Min. :0.08500000 Min. :-0.00500 <br />
1st Qu.:0.190000 1st Qu.:10.9500 1st Qu.:1.53600 1st Qu.:0.10150000 1st Qu.:-0.00325 <br />
Median :0.260000 Median :12.4000 Median :1.65350 Median :0.11600000 Median :-0.00200 <br />
Mean :0.311875 Mean :13.2525 Mean :1.70825 Mean :0.11814375 Mean :-0.00175 <br />
3rd Qu.:0.312500 3rd Qu.:15.3750 3rd Qu.:1.89325 3rd Qu.:0.12850000 3rd Qu.: 0.00000 <br />
Max. :0.730000 Max. :19.4000 Max. :2.22200 Max. :0.16800000 Max. : 0.00300 <br />
sensory.yellow sensory.green sensory.brown sensory.glossy sensory.transp sensory.syrup <br />
Min. :21.400 Min. : 9.7000 Min. : 8.00000 Min. :67.7000 Min. :63.50000 Min. :42.300 <br />
1st Qu.:32.075 1st Qu.:12.0750 1st Qu.:10.02500 1st Qu.:77.8000 1st Qu.:74.17500 1st Qu.:46.150 <br />
Median :52.800 Median :31.1500 Median :10.80000 Median :80.4000 Median :77.20000 Median :47.500 <br />
Mean :50.875 Mean :33.5125 Mean :12.33125 Mean :80.8125 Mean :78.19375 Mean :47.975 <br />
3rd Qu.:68.800 3rd Qu.:54.7000 3rd Qu.:11.97500 3rd Qu.:85.3750 3rd Qu.:84.87500 3rd Qu.:50.650 <br />
Max. :73.500 Max. :73.4000 Max. :28.40000 Max. :89.9000 Max. :89.70000 Max. :52.800 <br />
</pre><br />
ここではオリーブオイル 16種（ギリシャ5, イタリア5, スペイン6）のデータを利用します。chemical カテゴリーに Acidity, Peroxide, K232, K270, DK の 5 項目、sensory カテゴリーに yellow, green, brown, glossy, transp, syrup の 6 項目の情報があります。<br />
<br />
"Chemical" はオイルの品質基準で，いずれも低い方がよいとされます。<br />
* Acidity 脂肪酸の割合 (EUにおける許容最大値 0.80)<br />
* Peroxide 酸化の状態 (EUにおける許容最大値 20)<br />
* K232, K270, DeltaK オイルに含まれる酸性物質の量 (EUにおける許容最大値それぞれ 2.50, 0.20, 0.01)<br />
"Sensory" は官能試験のスコアです。どちらも相関の高い軸を持っています。<br />
<br />
[[File:oliveoilChemicalPairsR.png|250px]] [[File:oliveoilSensoryPairsR.png|250px]]<br />
<br />
<br />
3 軸のchemical 主成分で、6項目の値を予測してみます。<br />
<br />
<pre><br />
> s <- plsr(sensory ~ chemical, ncomp=3, data=oliveoil)<br />
> summary(s)<br />
Data: X dimension: 16 5 <br />
Y dimension: 16 6<br />
Fit method: kernelpls<br />
Number of components considered: 3<br />
TRAINING: % variance explained<br />
1 comps 2 comps 3 comps<br />
X 99.59 99.87 100.00<br />
yellow 17.33 47.00 49.48<br />
green 11.64 43.80 45.38<br />
brown 60.41 63.24 68.91<br />
glossy 45.00 51.46 52.98<br />
transp 35.81 45.65 45.96<br />
syrup 57.62 58.80 58.80<br />
<br />
</pre><br />
<br />
3軸目では説明能力があまり上がっていないことがわかります。<br />
各項目への一致度や軸のローディングは plot 関数でわかります。<br />
<br />
<pre><br />
> plot(s, ncomp=2, asp=1, line=TRUE)<br />
> plot(s, "loadings", comps=1:2, legendpos = "topleft")<br />
</pre></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/File:OliveoilSensoryPairsR.pngFile:OliveoilSensoryPairsR.png2020-06-19T00:17:13Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/File:OliveoilChemicalPairsR.pngFile:OliveoilChemicalPairsR.png2020-06-19T00:16:51Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/User:Aritalab/Masanori_Arita/PublicationUser:Aritalab/Masanori Arita/Publication2020-05-27T02:34:36Z<p>Adm: /* Refereed Journal Articles */</p>
<hr />
<div>==Refereed Journal Articles==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Ohbuchi K, Sakurai N, Kitagawa H, Sato M, Suzuki H, Kushida H, Nishi A, Yamamoto M, Hanazaki K, Arita M "Differential annotation of converted metabolites (DAC-Met): Exploration of Maoto (Ma-huang-tang)-derived metabolites in plasma using high-resolution mass spectrometry" Metabolomics 16(5), 63, 2020<br />
Kaminuma E, Baba Y, Mochizuki M, Matsumoto H, Ozaki H, Okayama T, Kato T, Oki S, Fujisawa T, Nakamura Y, Arita M, Ogasawara O, Kashima H, Takagi T "DDBJ Data Analysis Challenge: A Machine Learning Competition to Predict Arabidopsis Chromatin Feature Annotations From DNA Sequences" Genes & Genetic Systems 95(1), 43-50, 2020<br />
Tada I, Tsugawa H, Meister I, Zhang P, Shu R, Katsumi R, Wheelock CE, Arita M, Chaleckis R “Creating a Reliable Mass Spectral-Retention Time Library for All Ion Fragmentation-Based Metabolomics” Metabolites 9(11), 251, 2019<br />
Tsugawa H, Satoh A, Uchino H, Cajka T, Arita M, Arita M "Mass Spectrometry Data Repository Enhances Novel Metabolite Discoveries with Advances in Computational Metabolomics" Metabolites 9(6): E119, 2019<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kajikawa A, Kanesaki Y, Kubota E, Arita M, Dicks L, Endo A "Pseudofructophilic Leuconostoc citreum strain F192-5, isolated from satsuma mandarin peel" Applied and Environmental Microbiology, 85(20), e01077-19, 2019<br />
Modesto M, Satti M, Watanabe K, Puglisi E, Morelli L, Huang CH, Liou JS, Miyashita M, Tamura T, Saito S, Mori K, Huang L, Sciavilla P, Sandri C, Spiezio C, Vitali F, Cavalieri D, Perpetuini G, Tofalo R, Bonetti A, Arita M, Mattarelli P “Characterization of Bifidobacterium species in feaces of the Egyptian fruit bat: Description of B. vespertilionis sp. nov. and B. rousetti sp. nov.” Systematic and Applied Microbiology 42(6), 126017, 2019<br />
Modesto M, Satti M, Watanabe K, Sciavilla P, Felis GE, Sandri C, Spiezio C, Arita M, Mattarelli P "Alloscardovia theropitheci sp. nov., isolated from the faeces of gelada baboon, the 'bleeding heart' monkey (Theropithecus gelada)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 69(10), 3041-3048, 2019<br />
Modesto M, Watanabe K, Arita M, Satti M, Oki K, Sciavilla P, Patavino C, Cammà C, Michelini S, Sgorbati B, Mattarelli P "Bifidobacterium jacchi sp. nov., isolated from the faeces of a baby common marmoset (Callithrix jacchus)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 69(8), 2477-2485, 2019<br />
Tsugawa H, Nakabayashi R, Mori T, Yamada Y, Takahashi M, Rai A, Sugiyama R, Yamamoto H, Nakaya T, Yamazaki M, Kooke R, Bac-Molenaar JA, Oztolan-Erol N, Keurentjes JJB, Arita M, Saito K "A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms" Nature Methods 16(4), 295-298, 2019<br />
Lipidomics Standards Initiative Consortium “Lipidomics needs more standardization” Nature Metabolism 1, 745-747, 2019<br />
Sato M, Arita M, Kawashima T “Uncovering Ecdysozoa-specific Sphingomyelin Synthase by Phylogenetic Analysis of Metazoan Sequences” Zoological Science 36(4), 316-321, 2019<br />
Itoh H, Matsui M, Miyamura Y, Takeda I, Ishii J, Kumagai T, Machida M, Shibata T, Arita M "Biosynthesis of Novel Statins by Combining Heterologous Genes from Xylaria and Aspergillus" ACS Synthetic Biology, 7(12), 2783-2789, 2018<br />
Burla B, Arita M, Arita M, Bendt AK, Cazenave-Gassiot A, Dennis EA, Ekroos K, Han X, Ikeda K, Liebisch G, Lin MK, Loh TP, Meikle PJ, Orešič M, Quehenberger O, Shevchenko A, Torta F, Wakelam MJO, Wheelock CE, Wenk MR "MS-based lipidomics of human blood plasma: a community-initiated position paper to develop accepted guidelines" Journal of Lipid Research, 59(10), 2001-2017, 2018<br />
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Horai H, Arita M, Nishioka T "Comparison of ESI-MS Spectra in MassBank Database" Proceedings of the International Conference on BioMedical Engineering and Informatics (BMEI2008), Hainan China, 1:853-857, 2008<br />
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Okada K, Asai K, Arita M "Flow Model of the Protein-protein Interaction Network for Finding Credible Interactions." Proceedings of 5th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2007), Hong Kong, 2007<br />
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(Journal version listed above, with the same title.)<br />
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==Reviews, Editorials, Book Chapters==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
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Endo A, Tanizawa Y, Arita M "Isolation and Identification of Lactic Acid Bacteria from Environmental Samples" Methods in Molecular Biology, 1887, 3-13, 2019<br />
Endo A, Maeno S, Tanizawa Y, Kneifel W, Arita M, Dicks L, Salminen S "Fructophilic Lactic Acid Bacteria, a Unique Group of Fructose-Fermenting Microbes" Applied and Environmental Microbiology, 84(19), 2018<br />
Kind T, Tsugawa H, Cajka T, Ma Y, Lai Z, Mehta SS, Wohlgemuth G, Barupal DK, Showalter MR, Arita M, Fiehn O "Identification of small molecules using accurate mass MS/MS search" Mass Spectrometry Reviews, 37(4):513-532, 2018 doi: 10.1002/mas.21535<br />
Carroll AJ, Salek RM, Arita M, Kopka J, Walther D. "Editorial: Metabolome Informatics and Statistics: Current State and Emerging Trends" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 4:63, 2016<br />
Salek RM, Arita M, Dayalan S, Ebbels T, Jones AR, Neumann S, Rocca-Serra P, Viant MR, Vizcaino JA. "Embedding standards in metabolomics: the Metabolomics Society data standards task group" Metabolomics, 11(4), 782-783, 2015<br />
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Arita M, Hagiya M, Takinoue M, Tanaka F "DNA Memory" In Handbook of Natural Computing (Volume II, Molecular Computation), Springer Verlag, 2011<br />
Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" Current Opinion in Biotechnology 20, 610-615, 2009 <br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Integrated omics approaches in plant systems biology" Current Opinion in Chemical Biology 13, 532–538, 2009<br />
Arita M, Fujiwara Y, Nakanishi Y "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM)" Chapter II.3 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 129-140, 2006<br />
Shinbo Y, Nakamura Y, Altaf-Ul-Amin Md, Asahi H, Kurokawa K, Arita M, Saito K, Ohta D, Shibata D, Kanaya S "KNApSAcK: A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database" Chapter II.6 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 165-184, 2006<br />
Arita M "Scale-freeness and biological networks" Journal of Biochemistry, 138, 1-4, Oxford Univ Press, 2005 <br />
Arita M, Robert M, Tomita M "All systems go: launching cell simulation fueled by integrated experimental biology data" Current Opinion in Biotechnology, 16(3), 344-349, Elsevier, 2005 <br />
Arita M "Introduction to the ARM Database: Database on Chemical Transformations in Metabolism for Tracing Pathways" Chapter 13 (pp.193-211) In Metabolomics: The Frontier of Systems Biology (Tomita M and Nishioka T eds.) Springer verlag, 2005<br />
Arita M "Writing Information Into DNA" In Aspects of Molecular Computing (Jonoska N, Paun G, and Rozenberg G eds.), LNCS(2950), 23-35, Springer Verlag, 2004 ([[File:writingInformationIntoDNA.pdf]])<br />
}}<br />
<br />
==総説、書籍==<br />
研究以外の連載や本は[[User:Aritalab/Masanori_Arita/Publication-J|こちら]]を御覧ください。<br />
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# 有田正規、遠藤 明仁, 多田 一風太, 谷沢 靖洋, 遠野 雅徳「データベースから発見されたガセリ菌のサブグループ」化学と生物, 56(7), 459-460, 2018<br />
# 有田正規、津川裕司 「化学とメタボロミクス」 化学, 72(2), 26-30, 2017<br />
# 津川裕司、有田正規 「生体内の低分子代謝産物を網羅的に捉えるための新技術」化学と生物, 54(3), 151-153, 2016<br />
# 有田 正規,...,望月 敦史(代表) 計11名[http://coop-math.ism.ac.jp/info/coop-math-life 「数学協働プログラム提言 数理生命科学」] 文部科学省 科学技術試験研究委託事業「数理・生命科学」WG（統計数理研究所） 12/26, 2014<br />
# 美宅 成樹ほか [http://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-22-h140917-1.pdf 「大容量情報時代の次世代生物学」] 日本学術会議 報告 (バイオインフォマティクス分科会), 9/17, 2014<br />
# 有田 正規「理系総合のための生命科学 第3版」羊土社 2013 (27章 生物情報科学)<br />
# 有田 正規（編）「使えるデータベース・ウェブツール」実験医学別冊 9月 29(15), 羊土社, 2011<br />
# 有田 正規 「代謝産物の検索に役立つデータベース：化合物の素性・素行を調べるウェブサイト」 実験医学9月号 Vol.28(14), 2301-2303, 2010<br />
# 有田 正規, 蓬莱 尚幸, 尾嶌 雄也, 二瓶 義人, 金谷 重彦, 西岡 孝明 「化合物情報とマススペクトルを活用するためのウェブ基盤」 CICSJ Bulletin, 27(2), 48-50, 日本化学会 情報化学部会, 2009<br />
# 有田正規, 諏訪和大 「Wikiによるフラボノイドのデータベース」実験医学増刊,「バイオデータベースとソフトウェア最前線」, 4月, 1148-1154, 羊土社, 2008<br />
# 福島敦史, 草野都, 有田正規, 斉藤和季 「植物メタボロミクス―代謝プロファイルからシステム解析へ」 実験医学, 1月号, 羊土社, 2008<br />
# 有田正規 「生体ネットワークをどう研究するべきか」 数理科学5月号(527)79-83, サイエンス社, 2007<br />
# 時松敏明, 有田正規 「代謝マップビューワで見るフラボノイド」 細胞工学, 25(12), 1388-1393, 2006<br />
# 小林徹也, 有田正規, 森下喜弘, 合原一幸 「細胞内現象のシステム的理解―今理論に何が求められているのか？」 システム/制御/情報 50(8), システム制御情報学会誌 2006<br />
# 杉峰伸明, 大塚一路, 有田正規, 合原一幸「ネットワーク的思考で生命現象をよみとく」（特集「意識・脳・身体の接続へ」）科学 76(3), 岩波書店 2006<br />
# 有田 正規 「スケールフリーにご用心」 蛋白質核酸酵素 12月号増刊「ゲノムから生命システムへ」50(16 Suppl), 2294-2299, 共立出版, 2005<br />
# 有田 正規、田口 良 「メタボロームによる脂質代謝パスウェイ解析」 実験医学増刊号 「ダイナミックに新展開する脂質研究 」23(6), 151-157, 羊土社, 2005<br />
# 有田 正規 「代謝マップを電子化するARMプロジェクト」CICSJ Bulletin, 22(4), 64-67, 日本化学会 情報化学部会, 2004<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの解析法」 バイオインダストリー 特集「システム生物学の最前線」21(9), 34-39, シーエムシー出版, 2004<br />
# 有田 正規 「ARMデータベース」（執筆分担） 冨田勝、西岡孝明（編） 「メタボローム研究の最前線」, シュプリンガー東京, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と高分子への応用」 炎症と免疫 11(6), 46-51, 先端医学社 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 蛋白質核酸酵素 48(7), 823-828, 共立出版, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝は原子レベルで記述しよう －電子化の意義と将来性－」 JITAニュース March, 16-19, 日本産業技術振興協会, 2003<br />
# 有田 正規 「ベイジアンネットとバイオインフォマティクス」 人工知能学会誌 17(5), 539-545, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と有用物質の生産」 実験医学 9月号 1868-1872, 羊土社, 2002<br />
#「DNAコンピュータ」（執筆分担。第4章配列設計担当） 萩谷昌己、横森貴（編）, 培風館, 148-164, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの情報解析」 日本計算工学会誌 6(1), 10-12, 2001<br />
# 有田 正規 「パスウェイマップの探索」 日本シミュレーション学会誌, vol.20(2), 16-20, 2001<br />
# 萩谷 昌己, 有田 正規 「分子計算とその物理的基礎」 日本物理学会誌, Vol.56, 6月号, 403-410, 2001<br />
# 有田 正規 「遺伝子ネットワークと確率モデル」 ベイジアンネットチュートリアル予稿集 (BN2001), 50-53, 2001<br />
# 有田 正規 「グラフで見る代謝」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.5, 149-156, 2000<br />
# 西川 明男, 有田 正規, 三好 直人, 萩谷 昌己 「DNA計算の塩基配列設計におけるバランスの指標について」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.16, 67-69, 2000<br />
# 有田 正規, 西岡 孝明 「生体内化学反応の階層分類」 バイオインダストリー 特集「バイオインフォマティクス」, 17(7), 45-50, シーエムシー出版 2000 (再掲: DNAチップ応用技術 II 第6章, 227-236, シーエムシー出版 2001)<br />
# 有田 正規 「DNA計算における配列設計」 数理科学 特集「分子コンピューティング」, No.445 七月号, 32-38, サイエンス社 2000 (再掲：数理科学 SGCライブラリ31 「分子コンピュータの現状と展望」 萩谷昌己編著, II章3, サイエンス社 2004)<br />
# 有田 正規 「代謝系の再構築」（執筆分担。第4章の1担当） ポストシークエンスのゲノム科学シリーズ 「ゲノム情報生物学」 高木利久、冨田勝（編）, 148-164, 中山書店 2000<br />
# 角野宏司, 有田正規, 萩谷昌己, 白取知樹 「Computing-as-Editing(CAEP)に基づいた数式処理システムのユーザ・インタフェース」 インタラクティブシステムとソフトウェアIII, レクチャーノート/ソフトウェア学, 12, 161-170, 近代科学社 1995<br />
<br />
==Invited Talks and Lectures==<br />
<small>¢ ... support of hotel & participation fee only</small><br />
# Arita M "Data sharing and the power of omics integration" 6th Global Forum of Leaders for Agricultural Science and Technology (GLAST), Chengdu, China, Nov 12 (12-14), 2019<br />
# Arita M, Noureen M "Consensis genome structure and cluster analysis strains from NAG" Helicobacter pylori Genome Project workshop, National Cancer Institute (NCI), Rockville, USA, 26 Aug (26-27), 2019<br />
# Arita M "Cheminformatics for Predicting Structures from Mass Spectra" 1st Annual Conference of Chinese Society of Metabolomics (plenary), Shanghai, China, 20 Apr (19-21), 2019<br />
# Arita M "Open genome analysis in the post-genomic era" International Workshop on Data Science, Mishima, 15 Nov (12-15), 2018<br />
# Arita M "Computational Metabolomics" 6th Annual Korea Metabolomics Society (plenary), Seoul, Korea, 6 Apr (5-6), 2018<br />
# Arita M "Distribution of Glycosphingolipids Revealed by LipidBank" International Life Science Integration Workshop, Tokyo, 5 Mar (5-6), 2018 ¢<br />
# Arita M "Identifying Metabolites with Theoretical References" The 26th International KOGO Annual Conference (plenary), Seoul, Korea, 6 Sep (6-8), 2017<br />
# Arita M "Prediction of Molecular Structures from their Spectra" The 4th International Conference on Plant Metabolism (ICPM 2017), 17 Jul (16-20), 2017<br />
# Arita M "Computational Mass Spectrometry" SLING workshop `Mass spectrometry-based lipidomics of human blood plasma' National University of Singapore, 2 May, 2017 (teleconference talk)<br />
# Arita M "Comprehensive Acquisition of MS/MS Spectra Benefits Database Research" 6th International Singapore Lipid Symposium, 1 Dec (Nov30-Dec1), 2015 ¢<br />
# Arita M "Impact of Metabolome Database in Plant Science" The 38th Naito Conference "Molecule-based biological systems", 8 Oct (7-10), Sapporo, Japan, 2014<br />
# Arita M "MassBank Past, Present and Future" Norman Massbank Workshop, 17 Sep (17-18), Duebendorf, Switzerland, 2014 (no travel support)<br />
# Arita M "Genetic, Protein, and Metabolic Networks: Which Choice Is Amenable to Modelling" International Conference on Mathematical Modeling and Applications (ICMMA 2013), 28 Nov (26-28), Tokyo, Japan, 2013<br />
# Arita M "Cyberinfrastructure for metabolomics and synthetic biology" International Symposium on Biotechnology for Green Growth, 24 Oct (24-26), Kobe, Japan, 2012 ¢<br />
# Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" International Conference of Research and Application on Traditional Complementary and Alternative Medicine (TCAM), 22 June (21-23), Muhammadiyah University of Surakarta (Indonesia), 2012<br />
# Arita M "Update on Lipid Databank and other lipidomics initiatives" EMBL-EBI Industry Programme & MetaboLights Project Workshop, 22 May, Hinxton, 2012<br />
# Arita M "Wiki-based Databases: Integration of knowledge through the web" C-NAIR Seminar Nasional, Gadjah Mada University (Indonesia) 5 Dec, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Structural Classification for PKS in Aspergilli" IUMS2011 (International Union of Microbiological Societies Congress), 9 Sep (6-10), Sapporo, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Knowledge Management using a Wiki-based System and its Application to Mass Spectra" EBI Seminar, 19 Apr, EBI, Hinxton UK, 2011<br />
# Arita M "Wiki-based platform for PKS in Aspergilli" Pacifichem, Dec 19 (15-20), Honolulu (Hawaii), 2010 ¢<br />
# Arita M "Circulating information and knowledge through a cyber-infrastructure" Mass Spectrometry Informatics in Systems Biology (MSiB) Oct 28-29, Helsinki, 2010 [JSPS Japan-Finland Bilateral Workshop (self-organized)]<br />
# Arita M "Integration of Flavonoid Information through Wiki" Satellite Symposium of 4th International Conference on Polyphenols and Health (ICPH2009), Dec 11 (7-11), Yorkshire England, 2009 ¢<br />
# Arita M "Web-based Resources for Metabolomics", Tutorial at the CBI-KSBSB joint conference (Bioinfo2009), Nov 4 (4-6), Haeundae Busan Korea, 2009 ¢<br />
# Arita M "Data Management of Cross-disciplinary Information using Wiki", 16th International Conference on Cytochrome P450, June 21 (21-25), Okinawa Japan, 2009<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Analysis using Wiki", The Sixth International Aspergillus Meeting (Asperfest 6), March 15-17, Monterey USA, 2009 ¢<br />
# Arita M "Wiki-based Database of Secondary Metabolites", JSPS-KOSEF Joint Seminar -Pioneering researches on fungal molecular biology-, November 19-20, Kanazawa Japan, 2008<br />
# Arita M "Computational Analysis of Metabolism" iPlant Mechanistic modeling grand challenge workshop, November 7-10, Biosphere2 Arizona USA, 2008<br />
# Arita M "Software Tools to Study Flavonoids", Systems Biology and Bioinformatics Symposium (SBBS07), March 27-29 Taipei Taiwan, 2007<br />
# Arita M "Databaes for Flavonoids and Measurement in Arabidopsis", 2nd International Symposium on Environmental Metabolomics, March 24-25, University of Louisville(KY), USA, 2007<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Chart for Flavonoid", 2nd Taiwan-Japan Bilateral Symposium on Bioinformatics, Nov 7-9, Tainan Taiwan, 2006<br />
# Arita M " Atomic-level analysis of metabolism and mass spectral database", Invited Lecture Course, May9-14, Center for Regulatory, Environmental, Analytical Metabolomics, University of Louisville(KY), USA, 2006<br />
# Arita M "Metabolomics in Japan and the Need for a Metabolic Map Editor", 1st Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics, March 13-17, Tokyo Japan, 2006 ¢<br />
# Arita M "ARM Database for Interactive Metabolic Maps", 1st International BioPAX Symposium, November 18, Tokyo Japan, 2005 ¢<br />
# Arita M "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism", 1st Louisville Symposium on Environmental Metabolomics, November 5-6, Louisville (KY) USA, 2005<br />
# Arita M "Interpretation of Metabolic Networks", 50th NIBB Conference, Structure and Dynamics of Complex Biological Networks, February 8-10, Okazaki Japan, 2005<br />
# Arita M "Scale-free Network and Biological Network", Invited Lecture Course, June 9 - 13, Centre National de la Recherche Scientifique, Marseille, France, 2004<br />
# Arita M "Computer Applications for Metabolome Analysis", ICSB2002 Satellite Meeting "Metabolome Analysis and Systems Biology", December 16, Stockholm Sweden, 2002 ¢<br />
# Arita M "Computer Applications for Comprehensive Metabolite Analysis", Cambridge Healthtech Institute's Second Annual Metabolic Profiling: Pathways in Discovery, December 2 - 3, Research Triangle Park (North Carolina) USA, 2002<br />
# Arita M "Atomic Representation of Metabolism", Invited Lecture Course, June26 - July 2, Department of Computer Science, University of Helsinki, Finland, 2002<br />
# Arita M "Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM) Project", Workshop on Protein Interaction and Clinical Data Analysis, May 28 - 31, National University of Singapore, 2002<br />
# Hagiya M. and Arita M "Several Approaches to Bio-simulation", International Symposium on Human Genome Project and Computer Science Sanjo Hall, March 9-10, Tokyo University, 1995 ¢<br />
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==招待講演、トークイベント== <br />
# 有田 正規 「バイオインフォマティクスが推し進めるバイオの世界」バイオインフォマティクスフォーラム, 8/24, 那覇, 2019<br />
# 有田 正規 「データ時代における学術出版とデータベース」第90回日本医学図書館協会総会, 5/31, 2019<br />
# 有田 正規 「学術データは誰のものか」日本医学会第五回研究倫理教育研修会, 5/30, 東京, 2019<br />
# 有田 正規 「元素から眺める地球・生命・食事」静岡県保育所連合会東部支部総会, 5/14, 沼津, 2019<br />
# 有田 正規 「生薬情報のデータベース」薬用資源の持続的利用促進に関する研究会, 11/21, 草津（滋賀）, 2018<br />
# 有田 正規 「遺伝子から見た地球生命」静岡県教育研究会夏季研究大会（理科）, 8/8, 三島, 2018<br />
# 有田 正規 「生命科学データ共有のあり方」Japan Open Science Summit, 6/19, 東京, 2018<br />
# 有田 正規 「DNAレベルからみたミシマサイコ」ミシマサイコの会 3/24 三島 2018<br />
# 有田 正規 「たべものは体の中でどうなるか」三島遺伝学講座 3/4 三島 2018<br />
# 有田 正規 「これからのスペクトルデータベース」日本質量分析学会第65回質量分析総合討論会（基調講演） 5/17 つくば 2017<br />
# 有田 正規 津川裕司 「MS2スペクトルのフラグメンテーション解析と前駆体構造予測」日本分子生物学会年会 シンポジウム「生命システムを俯瞰するための質量分析情報解析技術とデータベースの活用」 11/30 横浜 2016<br />
# 有田 正規 「クリエイティブは毒か薬か」 三島市クリエイティブファクトリー 「うるまの部屋」第一回 9/16 2016<br />
# 有田 正規 「Comprehensive lipidomics and Mass/LipidBank databases」日本分子生物・生化学会大会（BMB2015）シンポジウム「リピドミクスから見えてきた脂質の新機能 –基礎から臨床まで-」12/4 神戸 2015<br />
# 有田 正規 「科学者から見た学術のオープン化」林和弘氏、有田正規氏講演会「オープンな知がイノベーションを生む -オープンサイエンスの潮流と図書館の可能性-」(東大新図書館トークイベント14) 10/17 東京 2015<br />
# 有田 正規 「代謝の杜:分子の食物連鎖」[http://izukeidai.tumblr.com/post/128890729785/%E5%A4%A7%E8%AC%9B%E5%A0%82%E3%82%A4%E3%82%BA%E3%82%B1%E3%83%BC%E5%A4%A7%E3%81%AB%E6%9C%AC%E7%89%A9%E3%81%AE%E6%95%99%E6%8E%88%E3%81%AE%E8%AC%9B%E7%BE%A9%E7%99%BB%E5%A0%B4%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80-1%E6%9C%89%E7%94%B0%E6%AD%A3%E8%A6%8F%E6%95%99%E6%8E%88-22%E6%97%A5 地域イベント伊豆経済大学] 9/22 三島 2015<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「ノンターゲットMS/MSによる藻類脂質の網羅的解析とデータベース化」 健康・長寿研究談話会（旧ホスファチジルセリン研究会）11/7 品川 2014<br />
# 有田 正規 "Database for Biology: which data deserve maintaining?" 第52回日本生物物理学会年会 シンポジウム「大容量生命情報時代の新しい生物学とは？」(兼オーガナイザ) 9/27 (25-27) 札幌 2014<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「藻類メタボロミクス：植物との違い」日本植物学会第78回大会シンポジウム「バイオリソースとゲノム情報から考える藻類研究の未来形」 9/12 (12-14) 東京 2014<br />
# 有田 正規 「マススペクトルのデータベースを使いこなす」第31回日本植物細胞分子生物学会 バイオインフォマティクス講習会 9/12 (10-12) 札幌 2013<br />
# 有田 正規 「和漢薬データベースの構築」日本薬学会第133年会 シンポジウム "和漢薬の科学基盤：共同研究による先駆的統合的解明" 3/29 (27-30) 横浜 2013<br />
# 有田 正規 「ポリケチド合成酵素の進化解析」革新的バイオマテリアル実現のための高機能化ゲノムデザイン技術開発キックオフシンポジウム 10/30 東京 2012<br />
# 有田 正規 「Knowledge Management using a Wiki-based System」 細胞を作る研究会 4.0 10/27(-28) 大阪 2011<br />
# 有田 正規 「コミュニティとして機能するためのインフラストラクチャ」第84会日本生化学会大会シンポジウム "ゲノムデザインの最前線" 9/22 (21-24) 京都 2011<br />
# 有田 正規 「ウェブを通じた生薬知識のアウトリーチ」南方資源利用技術研究会 11/26 那覇 2010<br />
# 長谷川禎彦 有田正規 「細胞内のノイズと遺伝子スイッチ」細胞を作る研究会 3.0 11/12(-13) 駒場 2010<br />
# 有田 正規 「Wikiを通じて学会をまとめよう 代謝データベースを例に」 第20回記念微生物資源ワークショップ 11/14 (13-14) 修善寺 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬の知識流通を促すウェブ基盤の構築」 第30回和漢医薬学総合研究所特別セミナー「和漢薬とインフォマティクス」 10/9, 富山 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬Wikiデータベースの開発」 第26回和漢医薬学会学術大会 メインテーマ企画「生薬とデータベース」 8/29 (29-30), 幕張 2009<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス解析におけるインフォマティクス」 日本薬物動態学会第２回ビジョン・シンポジウム 6/6 (5-6), 本郷 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるマススペクトルの共有と知識抽出」 日本質量分析学会 第57回質量分析総合討論会ワークショップ 「マススペクトルを日本発のツールで解析、整理しよう」 5/14, 大阪 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるオミクスデータ管理と知識発見」 農芸化学会大会シンポジウム「OMICSを基盤とした生物機能の戦略的高度化と物質生産」3/29 福岡 2009<br />
# 有田 正規 「百科事典とデータベースを区別できない生物学者」 BMB2008 日本分子生物・生化学会合同年会シンポジウム「最新メタボロミクス事情と植物科学への貢献」(兼オーガナイザ) 12/12 神戸 2008<br />
# 有田 正規 「バイオデータベースのあるべき姿」 第五回 コンビナトリアル・バイオエンジニアリング会議 11/7 大阪 2008<br />
# 有田 正規 「メタボロームデータベースを統合する：*Bankと*Wiki」 第2回メタボロームシンポジウム(兼実行委員) 10/30 鶴岡 2008<br />
# 有田 正規 「Wiki をもちいたデータベース設計」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第7回連携研究会 9/13, Spring-8普及棟 2008<br />
# 有田 正規 「ウィキによるフラボノイドのデータベース」 日本植物生理学会年会 シンポジウム「データベースの中に築く生物像」 3/20, 札幌 2008<br />
# 有田 正規 「化学構造と植物種をつなぐフラボノイドデータベース」 日本化学会 化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム 12/7, 東京 2007<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス －代謝を研究する新しいOmics分野－」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第六回連携研究会 8/4, Spring-8普及棟 2007<br />
# 有田 正規 「マススペクトルデータベースMassBankの検索技法」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会ワークショップ 「ケミカルバイオロジーとマススペクトルデータベース」 5/15, 広島 2007<br />
# 有田 正規 「原子レベルでみる代謝ネットワーク」 京大理 数学教室 研究集会「スケールフリーネットワークとランダムグラフ」 1/27, けいはんな 2007<br />
# 有田 正規 「化学構造データベースから代謝経路へ」 奈良先端大 植物科学研究教育推進ユニットワークショップ 「植物研究にいかに役立てるか、『システム生物学』」 12/12, 奈良 2006<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップによるメタボローム解析」 日本医用マススペクトル学会 シンポジウム 「メタボローム解析への質量分析の応用」9/29, 名古屋 2006<br />
# 有田 正規 「バクテリアの代謝はどこまでわかっているか」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第五回連携研究会 8/12, Spring-8普及棟 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ 」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロミクスとバイオインフォマティクス」5/26, 大阪 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームは本当に網羅的か」 日本分子生物学会 年会シンポジウム 12/7, 福岡 2005<br />
# 有田 正規「バイオインフォマティクスの環境バイオへの適用可能性」 環境バイオ・新規提案検討国際ワークショップ －微生物集団機能の高効率利用・デザイン化技術の創出のために－ 10/21, 東京 2005<br />
# 有田 正規「生体ネットワークの大域情報と局所情報をつなぐソフトウェア」 第10回分生研シンポジウム「情報生物学」9/22, 東京 2005<br />
# 有田 正規「代謝のネットワークとスケールフリー性」 日本数理生物学会 第15回大会シンポジウム 「複雑ネットワークの展開」 9/16, 横浜 2005<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」5/26, 大宮 2005<br />
# 有田 正規 「マップエディタを用いたオンデマンドの代謝解析」 日本農芸化学会シンポジウム「モノづくりの代謝工学」 3/29, 札幌 2005<br />
# 有田 正規 「代謝のネットワーク解析：大域的特徴から分子構造変化まで」 (財)新世代研究所 中性子生体ナノマシン・バイオナノ合同研究会 1/28, 東海村 2005<br />
# 有田 正規 「お気楽マップエディタによる代謝解析」 日本分子生物学会 年会ワークショップ 「メタボローム研究の新展開」 12/10, 神戸 2004<br />
# 有田 正規 「生物ネットワークとスケールフリー性」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「分子ネットワークのシステム特性」 10/16, 横浜 2004<br />
# 有田 正規 「脂質代謝を原子レベルで表現するデータベース」 日本脂質栄養学会 第13回大会 9/3, 酒田 2004<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップに基づくメタボローム解析」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」6/4, 名古屋 2004<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と機能予測」 新資源生物変換研究会シンポジウム 12/5, 東京 2003<br />
# 有田 正規 「代謝データベースとその盲点」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「メタボローム研究の最前線」 10/15, 横浜 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「ポストゲノム時代を担う若手研究者」 5/16, つくば 2003<br />
# 有田 正規 「ARMプロジェクト： 細胞内代謝の電子化技術」 基礎生物学研究所研究会「生命科学におけるInformaticsと Mathematics」 3/11-12, 岡崎 2003<br />
# 有田 正規 「大腸菌の代謝経路再構築」 JST異分野研究者交流フォーラム 3/1-2, 大仁 2002<br />
# 有田 正規 「計算論的バイオテクノロジー」 計測自動制御学会 第7回創発システムシンポジウム「創発夏の学校」, 8/24-26, 富山, 2001<br />
<br />
==Meeting series and Workshops==<br />
* AYRCOB Conference Series (http://ayrcob.org/) 2008-2016<br />
* International Metabolomics Society<br />
** Board Member (2014 Oct-2016 Sep)<br />
** Organization and talks<br />
*** Workshop "Data Sharing and Standardisation" (SF, 29 Jun, 2015; Dublin, 27 Jun 2016; Brisbane, 26 Jun, 2017)<br />
*** NSF-JST "Metabolomics for a Low Carbon Society", San Francisco, 28 Jun 2015<br />
*** JST-NSF "Metabolomics Measurement Technology and Application" Tsuruoka, 23 Jun 2014<br />
* Annual Metabolome Symposium (domestic) 2006-2018<br />
** Mishima meeting (2015)<br />
* NII Shonan meeting "Computational metabolomics", March 20-23, Shonan, 2017 (organizer)<br />
* NIG International Symposium (commemorating DDBJ 30th) "Life, Environment and Evolution revealed by Genomes" (general chair)<br />
* ROIS International Workshop on Data Science (DSWS2018) "Present & Future of Open Data & Open Science" (local organizer)</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/User:Aritalab/Masanori_Arita/PublicationUser:Aritalab/Masanori Arita/Publication2020-05-26T22:34:07Z<p>Adm: /* Refereed Journal Articles */</p>
<hr />
<div>==Refereed Journal Articles==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Tada I, Tsugawa H, Meister I, Zhang P, Shu R, Katsumi R, Wheelock CE, Arita M, Chaleckis R “Creating a Reliable Mass Spectral-Retention Time Library for All Ion Fragmentation-Based Metabolomics” Metabolites 9(11), 251, 2019<br />
Tsugawa H, Satoh A, Uchino H, Cajka T, Arita M, Arita M "Mass Spectrometry Data Repository Enhances Novel Metabolite Discoveries with Advances in Computational Metabolomics" Metabolites 9(6): E119, 2019<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kajikawa A, Kanesaki Y, Kubota E, Arita M, Dicks L, Endo A "Pseudofructophilic Leuconostoc citreum strain F192-5, isolated from satsuma mandarin peel" Applied and Environmental Microbiology, 85(20), e01077-19, 2019<br />
Modesto M, Satti M, Watanabe K, Puglisi E, Morelli L, Huang CH, Liou JS, Miyashita M, Tamura T, Saito S, Mori K, Huang L, Sciavilla P, Sandri C, Spiezio C, Vitali F, Cavalieri D, Perpetuini G, Tofalo R, Bonetti A, Arita M, Mattarelli P “Characterization of Bifidobacterium species in feaces of the Egyptian fruit bat: Description of B. vespertilionis sp. nov. and B. rousetti sp. nov.” Systematic and Applied Microbiology 42(6), 126017, 2019<br />
Modesto M, Satti M, Watanabe K, Sciavilla P, Felis GE, Sandri C, Spiezio C, Arita M, Mattarelli P "Alloscardovia theropitheci sp. nov., isolated from the faeces of gelada baboon, the 'bleeding heart' monkey (Theropithecus gelada)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 69(10), 3041-3048, 2019<br />
Modesto M, Watanabe K, Arita M, Satti M, Oki K, Sciavilla P, Patavino C, Cammà C, Michelini S, Sgorbati B, Mattarelli P "Bifidobacterium jacchi sp. nov., isolated from the faeces of a baby common marmoset (Callithrix jacchus)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 69(8), 2477-2485, 2019<br />
Tsugawa H, Nakabayashi R, Mori T, Yamada Y, Takahashi M, Rai A, Sugiyama R, Yamamoto H, Nakaya T, Yamazaki M, Kooke R, Bac-Molenaar JA, Oztolan-Erol N, Keurentjes JJB, Arita M, Saito K "A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms" Nature Methods 16(4), 295-298, 2019<br />
Lipidomics Standards Initiative Consortium “Lipidomics needs more standardization” Nature Metabolism 1, 745-747, 2019<br />
Sato M, Arita M, Kawashima T “Uncovering Ecdysozoa-specific Sphingomyelin Synthase by Phylogenetic Analysis of Metazoan Sequences” Zoological Science 36(4), 316-321, 2019<br />
Itoh H, Matsui M, Miyamura Y, Takeda I, Ishii J, Kumagai T, Machida M, Shibata T, Arita M "Biosynthesis of Novel Statins by Combining Heterologous Genes from Xylaria and Aspergillus" ACS Synthetic Biology, 7(12), 2783-2789, 2018<br />
Burla B, Arita M, Arita M, Bendt AK, Cazenave-Gassiot A, Dennis EA, Ekroos K, Han X, Ikeda K, Liebisch G, Lin MK, Loh TP, Meikle PJ, Orešič M, Quehenberger O, Shevchenko A, Torta F, Wakelam MJO, Wheelock CE, Wenk MR "MS-based lipidomics of human blood plasma: a community-initiated position paper to develop accepted guidelines" Journal of Lipid Research, 59(10), 2001-2017, 2018<br />
Tanizawa Y, Tada I, Kobayashi H, Endo A, Maeno S, Toyoda A, Arita M, Nakamura Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Tohno M "Lactobacillus paragasseri sp. nov., a sister taxon of Lactobacillus gasseri, based on whole-genome sequence analyses" International journal of systematic and evolutionary microbiology 68: 3512-3517, 2018<br />
Tanaka W, Arita M "Physicochemical Prediction of Metabolite Fragmentation in Tandem Mass Spectrometry" Mass Spectrometry (Tokyo), 7(1):A0066, 2018<br />
Itoh H, Miura A, Matsui M, Arazoe T, Nishida K, Kumagai T, Arita M, Tamano K, Machida M, Shibata T "Knockout of the SREBP system increases production of the polyketide FR901512 in filamentous fungal sp. No. 14919 and lovastatin in Aspergillus terreus ATCC20542" Applied Microbiology and Biotechnology, 102(3):1393-1405, 2018<br />
Lai Z, Tsugawa H, Wohlgemuth G, Mehta S, Mueller M, Zheng Y, Ogiwara A, Meissen J, Showalter M, Takeuchi K, Kind T, Beal P, Arita M, Fiehn O "Identifying metabolites by integrating metabolome databases with mass spectrometry cheminformatics" Nature Methods 15:53-56, 2018<br />
Tohno M, Tanizawa Y, Irisawa T, Masuda T, Sakamoto M, Arita M, Ohkuma M, Kobayashi H "Lactobacillus silagincola sp. nov. and Lactobacillus pentosiphilus sp. nov., isolated from silage" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 67(9):3639-3644, 2017<br />
Tanizawa Y, Kobayashi H, Kaminuma E, Sakamoto M, Ohkuma M, Nakamura Y, Arita M, Tohno M "Genomic characterization reconfirms the taxonomic status of Lactobacillus parakefiri" Bioscience of microbiota food and health 36(3):129-134, 2017<br />
Tada I, Tanizawa Y, Endo A, Tohno M, Arita M "Revealing the genomic differences between two subgroups in Lactobacillus gasseri" Bioscience of microbiota food and health 36(4):155-159, 2017 <br />
Tsugawa H, Ikeda K, Tanaka W, Senoo Y, Arita M, Arita M "Comprehensive identification of sphingolipid species by in silico retention time and tandem mass spectral library" Journal of Cheminformatics 9:19, 2017 doi: 10.1186/s13321-017-0205-3<br />
Wohlgemuth G, Mehta SS, Mejia RF, Neumann S, Pedrosa D, Pluskal T, Schymanski EL, Willighagen EL, Wilson M, Wishart DS, Arita M, Dorrestein PC, Bandeira N, Wang M, Schulze T, Salek RM, Steinbeck C, Nainala VC, Mistrik R, Nishioka T, Fiehn O "SPLASH, a hashed identifier for mass spectra" Nature Biotechnol 34(11):1099-1101, 2016<br />
Padermshoke A, Ogawa T, Nishio K, Nakazawa M, Nakamoto M, Okazawa A, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Critical Involvement of Environmental Carbon Dioxide Fixation to Drive Wax Ester Fermentation in Euglena" PLoS ONE 11(9):e0162827, 2016<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kanesaki Y, Kubota E, Kumar H, Dicks L, Salminen S, Nakagawa J, Arita M, Endo A "Genomic characterization of a fructophilic bee symbiont Lactobacillus kunkeei reveals its niche-specific adaptation" Syst Appl Microbiol 39(8):516-526, 2016<br />
Yamada O, Machida M, Hosoyama A, Goto M, Takahashi T, Futagami T, Yamagata Y, Takeuchi M, Kobayashi T, Koike H, Abe K, Asai K, Arita M, Fujita N, Fukuda K, Higa KI, Horikawa H, Ishikawa T, Jinno K, Kato Y, Kirimura K, Mizutani O, Nakasone K, Sano M, Shiraishi Y, Tsukahara M, Gomi K "Genome sequence of Aspergillus luchuensis NBRC 4314" DNA Research 23(6):507-515, 2016<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M "DFAST and DAGA: web-based integrated genome annotation tools and resources" Biosci Microbiota Food Health. 35(4):173-184, 2016<br />
Tsugawa H, Kind T, Nakabayashi R, Yukihira D, Tanaka W, Cajka T, Saito K, Fiehn O, Arita M. "Hydrogen Rearrangement Rules: Computational MS/MS Fragmentation and Structure Elucidation Using MS-FINDER Software" Analytical Chemistry 88(16):7946-7958, 2016<br />
Sriyudthsak K, Mejia RF, Arita M, Hirai MY. "PASMet: a web-based platform for prediction, modelling and analyses of metabolic systems" Nucleic Acids Research, 44(W1):W205-211, 2016<br />
Mukaida S, Ogawa T, Ohishi K, Tanizawa Y, Ohta D, Arita M. "The effect of rapamycin on biodiesel-producing protist Euglena gracilis" Biosci Biotechnol Biochem, 80:1223-1229, 2016<br />
Rocca-Serra P, Salek RM, Arita M, Correa E, Dayalan S, Gonzalez-Beltran A, Ebbels T, Goodacre R, Hastings J, Haug K, Koulman A, Nikolski M, Oresic M, Sansone SA, Schober D, Smith J, Steinbeck C, Viant MR, Neumann S "Data standards can boost metabolomics research, and if there is a will, there is a way" Metabolomics 12(1):14, 2016<br />
Endo A, Tanizawa Y, Tanaka N, Maeno S, Kumar H, Shiwa Y, Okada S, Yoshikawa H, Dicks L, Nakagawa J, Arita M "Comparative genomics of Fructobacillus spp. and Leuconostoc spp. reveals niche-specific evolution of Fructobacillus spp." BMC Genomics 16(1):1117, 2015<br />
Tanaka K, Arita M, Sakurai H, Ono N, Tezuka Y "Analysis of Chemical Properties of Edible and Medicinal Ginger by Metabolomics Approach" Biomed Research International 2015:671058, 2015<br />
Tsugawa H, Cajka T, Kind T, Ma Y, Higgins B, Ikeda K, Kanazawa M, VanderGheynst J, Fiehn O, Arita M "MS-DIAL: data-independent MS/MS deconvolution for comprehensive metabolome analysis" Nature Methods 12(6), 523-526, 2015<br />
Li D, Ono N, Sato T, Sugiura T, Altaf-Ul-Amin M, Ohta D, Suzuki H, Arita M, Tanaka K, Ma Z, Kanaya S "Targeted Integration of RNA-Seq and Metabolite Data to Elucidate Curcuminoid Biosynthesis in Four Curcuma Species" Plant Cell Physiology, 56(5), 843-851, 2015<br />
Ara T, Enomoto M, Arita M, Ikeda C, Kera K, Yamada M, Nishioka T, Ikeda T, Nihei Y, Shibata D, Kanaya S, Sakurai N "Metabolonote: a wiki-based database for managing hierarchical metadata of metabolome analyses" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 3:38, 2015<br />
Tanizawa Y, Tohno M, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M "Complete genome sequence and analysis of Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260(T), a psychrotrophic lactic acid bacterium isolated from silage" BMC Genomics, 16:240, 2015<br />
Tanaka K, Arita M, Li D, Ono N, Tezuka Y, Kanaya S "Metabolomic Characterization of a Low Phytic Acid and High Anti-oxidative Cultivar of Turmeric" Natural Product Communications, 10(2), 329-334, 2015<br />
Tsugawa H, Ohta E, Izumi Y, Ogiwara A, Yukihira D, Bamba T, Fukusaki E, Arita M "MRM-DIFF: Data Processing Strategy for Differential Analysis in Large Scale MRM-based Lipidomics Studies" Frontiers in Genetics, 5:471, 2015<br />
Hasegawa Y, Arita M "Optimal implementations for reliable circadian clocks" Physical Review Letters, 113(10), 108101, 2014<br />
Tsugawa H, Kanazawa M, Ogiwara A, Arita M "MRMPROBS suite for metabolomics using large-scale MRM assays" Bioinformatics, 30(16), 2379-2380, 2014<br />
Furuhashi T, Ogawa T, Nakai R, Nakazawa M, Okazawa A, Padermschoke A, Nishio K, Hirai MY, Arita M, Ohta D "Wax ester and lipophilic compound profiling of Euglena gracilis by gas chromatography-mass spectrometry: toward understanding of wax ester fermentation under hypoxia" Metabolomics, 11(1), 175-183, 2015<br />
Ogawa T, Furuhashi T, Okazawa A, Nakai R, Nakazawa M, Kind T, Fiehn O, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Exploration of Polar Lipid Accumulation Profiles in Euglena gracilis Using LipidBlast, a MS/MS Spectral Library Constructed in Silico" Bioscience Biotechnology and Biochemistry 78(1), 14-18, 2014<br />
Hasegawa Y, Arita M "Circadian clocks optimally adapt to sunlight for reliable synchronization" Journal of the Royal Society Interface 11(92):20131018, 2014<br />
Tsugawa H, Arita M, Kanazawa M, Ogiwara A, Bamba T, Fukusaki E "MRMPROBS: Data Assessment and Metabolite Identification Tool for Large-scale MRM-based Widely Targeted Metabolomics" Analytical Chemistry, 85(10), 5191–5199, 2013<br />
Hasegawa Y, Arita M "Enhanced entrainability of genetic oscillators by period mismatch" Journal of the Royal Society Interface 10(81) 20121020, 2013<br />
Hasegawa Y, Arita M "Fluctuating noise drives Brownian transport" Journal of the Royal Society Interface 9(77), 3554-3363, 2012<br />
Peng CH, Lin SH, Peng SC, Lyu PC, Arita M, Tang CY "Feature Identification of Compensatory Gene Pairs without Sequence Homology in Yeast" Comparative and Functional Genomics 2012(653174), 2012<br />
Lin SH, Yoshimoto M, Lyu PC, Tang CY, Arita M "Phylogenomic and Domain Analysis of Iterative Polyketide Synthases in Aspergillus Species" Journal of Evolutionary Bioinformatics, 7:1-14, 2012<br />
Hasegawa Y, Arita M "Escape Process and Stochastic Resonance Under Noise Intensity Fluctuation" Physics Letters A, 375, 3450-3458, 2011<br />
Redestig H, Kusano M, Ebana K, Kobayashi M, Oikawa A, Okazaki Y, Matsuda F, Arita M, Fujita N, Saito K "Exploring molecular backgrounds of quality traits in rice by predictive models based on high-coverage metabolomics" BMC Systems Biology 5(1):176, 2011<br />
Tsugawa H, Tsujimoto Y, Arita M, Bamba T, Fukusaki E "GC/MS based metabolomics: development of a data mining system for metabolite identification by using soft independent modeling of class analogy (SIMCA)" BMC Bioinformatics 12:131, 2011<br />
Scalbert A, Andres-Lacueva C, Arita M, Kroon P, Manach C, Urpi-Sarda M, Wishart D "Databases on Food Phytochemicals and Their Health-Promoting Effects" Journal of Agricultural and Food Chemistry 59(9), 4331-4348, 2011<br />
Hasegawa Y, Arita M "Noise-intensity fluctuation in Langevin model and its higher-order Fokker–Planck equation" Physica A 390(6) 1051-1063, 2011<br />
Tanaka K, Hayashi K, Fahad A, Arita M "Multi-stage mass spectrometric analysis of saponins in glycyrrhiza radix" Natural Product Communications 6(1):7-10, 2011<br />
Kusano M, Redestig H, Hirai T, Oikawa A, Matsuda F, Fukushima A, Arita M, Watanabe S, Yano M, Hiwasa-Tanase K, Ezura H, Saito K "Covering chemical diversity of genetically-modified tomatoes using metabolomics for objective substantial equivalence assessment" PLoS One 6(2):e16989, 2011<br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Metabolomic correlation-network modules in Arabidopsis based on a graph-clustering approach" BMC Systems Biology 5:1, 2011<br />
Horai H, Arita M, Kanaya S, Nihei Y, Ikeda T, Suwa K, Ojima Y, Tanaka K, Tanaka S, Aoshima K, Oda Y, Kakazu Y, Kusano M, Tohge T, Matsuda F, Sawada Y, Hirai MY, Nakanishi H, Ikeda K, Akimoto N, Maoka T, Takahashi H, Ara T, Sakurai N, Suzuki H, Shibata D, Neumann S, Iida T, Tanaka K, Funatsu K, Matsuura F, Soga T, Taguchi R, Saito K, Nishioka T "MassBank: a public repository for sharing mass spectral data for life sciences" Journal of Mass Spectrometry 45(7), 703-714, 2010<br />
Redestig H, Kusano M, Fukushima A, Matsuda F, Saito K, Arita M "Consolidating metabolite identifiers to enable contextual and multi-platform metabolomics data analysis" BMC Bioinformatics 11:214, 2010<br />
Hasegawa Y, Arita M "Bistable stochastic processes in the q-exponential family" Physica A 389(21):4450-4461, 2010<br />
Takemoto K, Arita M "Nested structure acquired through simple evolutionary process" Journal of Theoretical Biology 264(3), 782-786, 2010<br />
Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Period–phase map: two-dimensional selection of circadian rhythm-related genes" IET System Biology 3(6), 487-495, 2009 <br />
Fukushima A, Kanaya S, Arita M "Characterizing gene coexpression modules in Oryza sativa based on a graph-clustering approach" Plant Biotechnology 26, 485-493, 2009<br />
Redestig H, Fukushima A, Stenlund H, Moritz T, Arita M, Saito K, Kusano M "Compensation for systematic cross-contribution improves normalization of mass spectrometry based metabolomics data" Analytical Chemistry 81(19), 7974-7980, 2009 <br />
Hasegawa Y, Arita M "Properties of the maximum q-likelihood estimator for independent random variables" Physica A 388, 3399-3412, 2009<br />
Takemoto K, Arita M "Heterogeneous distribution of metabolites across plant species" Physica A 388(13), 2771-2780, 2009<br />
Arita M "A pitfall of wiki solution for biological databases" Briefings Bioinformatics 10(3), 295-296, 2009<br/>Interview article by a web magazine "Bioinform" in Jan 2009<br />
Fukushima A, Wada M, Kanaya S, Arita M "SVD-based anatomy of gene-expression for correlation analysis in Arabidopsis thaliana" DNA research 15(6), 367-374, 2008 <br />
Arita M, Suwa K "Search extension transforms Wiki into a relational system: a case for flavonoid metabolite database" BMC BioData Mining 1:7, 2008 <br />
Sato S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Time-resolved metabolomics reveals metabolic modulation in rice foliage" BMC Systems Biology 2:51, 2008 <br />
Kusano M, Fukushima A, Arita M, Jonsson P, Moritz T, Kobayashi M, Hayashi N, Tohge T, Saito K "Unbiased characterization of genotype-dependent metabolic regulations by metabolo mic approach in Arabidopsis thaliana" BMC Systems Biology 1:53, 2007 <br />
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Automated classification of alternative splicing and transcriptional initiation and construction of visual database of classified patterns" Bioinformatics 22(10), 1211-1216, 2006 <br />
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Species-specific variation of alternative splicing and transcriptional initiation in six eukaryotes" Gene 364, 53-62, 2005 <br />
Arita R, Arita M, Kawai M, Mashima Y, Yamada M "Evaluation of corneal endothelial pump function with a cold stress test" Cornea 24(5), 571-575, 2005 <br />
Sugimoto M, Kikuchi S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Large-scale prediction of cationic metabolite identity and migration time in capillary electrophoresis mass spectrometry using artificial neural networks" Analytical Chemistry 77(1), 78-84, 2005 <br />
Arita M, Ohashi Y "Secret signatures inside genomic DNA" Biotechnology Progress 20(5), 1605-1607, 2004 <br />
Hirai MY, Yano M, Goodenowe DB, Kanaya S, Kimura T, Awazuhara M, Arita M, Fujiwara T, Saito K "Integration of transriptomics and metabolomics for understanding of global responses to nutritional stresses in Arabidopsis thaliana" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(27), 10205-10210, 2004 <br />
Arita M "Computational resources for metabolomics" Briefings in Functional Genomics and Proteomics 3(1), 84-93, 2004 <br />
Arita M "Comma-free design for DNA words" Communications of the ACM, 47(5), 99-100, 2004 <br />
Arita M "The metabolic world of Escherichia coli is not small" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(6), 1543-1547, 2004 <br />
Yamazaki Y, Kitajima M, Arita M, Takayama H, Sudo H, Yamazaki M, Aimi N, Saito K "Biosynthesis of camptothecin. In silico and in vivo tracer study from [1-13C]glucose" Plant Physiology 134(1), 161-170, 2004 <br />
Arita M "In silico Atomic tracing by substrate-product relationships in Escherichia coli intermediary metabolism" Genome Research 13(11), 2455-2466, 2003 <br />
Kikuchi S, Tominaga D, Arita M, Takahashi K, Tomita M "Dynamic modeling of genetic networks using genetic algorithm and S-system" Bioinformatics 19(5), 643-650, 2003 <br />
Arita M, Kobayashi S "DNA sequence design using templates" New Generation Computing 20(3), 263-277, 2002 <br />
Arita M "Graph modeling of metabolism" Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence (JSAI), 15(4), 703-710, 2000<br />
Arita M "Metabolic reconstruction using shortest paths" Simulation Practice and Theory 8(2), 109-125, 2000<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" International Journal of Artificial Intelligence Tools 4(4), 511-524, 1995<br />
}}<br />
<br />
==Refereed Conference Proceedings==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Noureen M, Tada I, Kawashima T, Arita M “Rearrangement analysis of multiple bacterial genomes” BMC Bioinformatics 20 (Proceedings GIW 2019 in Australia; Suppl 23), 631, 2019<br />
Satti M, Tanizawa Y, Endo A, Arita M "Comparative analysis of probiotic bacteria based on a new definition of core genome" Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Proceedings GIW 2017), 16(3):1840012, 2018<br />
Tada I, Tanizawa Y, Arita M "Visualization of consensus genome structure without using a reference genome" BMC Genomics (Proceedings APBC 2017), 18(Suppl 2):208, 2017<br />
Arita M, Yoshimoto M, Suwa K, Hirai A, Kanaya S, Shibahara N, Tanaka K “Database for crude drugs and kampo medicine” Genome Informatics 25(1) Special Issue JSBi2010, 1-11, 2011<br />
Chang CW, Lyu PC, Arita M "Reconstructing phylogeny from metabolic substrate-product relationships" BMC Bioinformatics (Proceedings 9th APBC in Korea) 12(Suppl 1):S27, 2011<br />
Arita M, Suwa K, Yoshimoto M, Hirai A, Kanaya S "Ontology checking and integration of crude-drug and kampo information" Proceedings of the 2nd International Conference of Biomedical Engineering and Informatics (BMEI2009), Tianjin China, 3:1304-1307, 2009<br />
Horai H, Arita M, Ojima Y, Nihei Y, Kanaya S, Nishioka T "Traceable analysis of multiple-stage mass spectra through precursor-product annotations" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'09) (GI-Edition Lecture Notes in Informatics), Halle, Germany, 157:173-178, 2009<br />
Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Phase shifts of circadian transcripts in rat suprachiasmatic nucleus" Proceedings of the 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB2008), Lijiang China, 101-106, 2008<br />
Chen LC, Lin YC, Arita M, Tseng VS "A Novel Approach for Handling Missing Values in Microarray Data" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 45-50, 2008<br />
Wijekoon A, Kusano M, Arita M "Comparison of Gas Chromatography-Mass Spectrometry Data from Different Laboratories using Dynamic Programming" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 57-62, 2008<br />
Horai H, Arita M, Nishioka T "Comparison of ESI-MS Spectra in MassBank Database" Proceedings of the International Conference on BioMedical Engineering and Informatics (BMEI2008), Hainan China, 1:853-857, 2008<br />
Arita M, Tokimatsu T "Detection of monosaccharide types from coordinates" Proceedings of the 18th International Conference on Genome Informatics (Genome Informatics Series Vol.19), Singapore, 3-14, 2007 <br />
Okada K, Asai K, Arita M "Flow Model of the Protein-protein Interaction Network for Finding Credible Interactions." Proceedings of 5th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2007), Hong Kong, 2007<br />
Tuji H, Altaf-Ul-Amin Md, Arita M, Nishio H, Shinbo Y, Kurokawa K, Kanaya S "Comparison of Protein Complexes Predicted from PPI Networks by DPClus and Newman Clustering Algorithms" IPSJ Transactions on Bioinformatics, 47 (SIG17):31-41, 2006<br />
Oka H, Arita M "Searching Similar Motifs in Protein Interaction Networks" Proceedings of 1st International Workshop on Biomedical Data Engineering, Tokyo Japan, 52-59, 2005<br />
Ueno Y, Arita M, Kumagai T, Asai K "Processing sequence annotation data using the lua programming language" Proceedings of 14th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.14), Yokohama Japan, 154-163, 2003 <br />
Arita M, Tsuda K, Asai K "Modeling splicing sites with pairwise correlations." Bioinformatics (Proceedings 1st European Conference on Computational Biology, Saarbrucken Germany), 18:S27-S34, Oxford Univ Press, 2002 <br />
Kobayashi S, Kondo T, Arita M "On template method for DNA sequence design" Proceedings of 8th DNA Based Computers, Sapporo Japan, LNCS(2568) 205-214, Springer Verlag, 2002<br />
Arita M, Kobayashi S "The power of sequence design" Proceedings of 4th International Conference on Computational Intelligence and Multimedia Applications, Yokosuka Japan, 163-166, IEEE Press, 2001<br />
(Journal version listed above, titled "DNA sequence design using templates.")<br />
Komiya K, Sakamoto K, Gouzu H, Yokoyama S, Arita M, Nishikawa A, Hagiya M "Successive state transitions with I/O interface by molecules." Proceedings of 6th DNA Based Computers, Leiden Netherland, LNCS(2054) 17-26, Springer Verlag, 2001<br />
Arita M, Nishikawa A, Hagiya M, Komiya K, Gouzu H, Sakamoto K "Improving sequence design for DNA computing" Proceedings of 5th Gnenetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO'00), Las Vegas USA, 875-882, Morgan-Kaufmann, 2000<br />
Arita M, Asai K, Nishioka T "Reconstructing metabolic pathways with new enzyme classification" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'00), Heidelberg Germany, 99-106, Logos-Verlag, 2000<br />
Arita M "Bio-computing in the 21st century" Proceedings of 5th International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB'00), Ohita Japan, 737-740, 2000<br />
Arita M "Metabolic reconstruction using shortest path algorithm" Proceedings of 1st Conference on Modelling and Simulation in Biological, Medical, and Biomedical Engineering (BioMedSim'99), Paris France, 1-4, 1999<br />
(Journal version listed above, titled "Metabolic reconstruction using shortest paths.")<br />
Ueno Y, Asai K, Arita M "Integrating application programs for bioinformatics using a web browser" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 166-175, 1999 <br />
Arita M, Asai K, Nishioka T "Finding precursor compounds in secondary metabolism" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 113-120, 1999 <br />
Hagiya M, Arita M, Kiga D, Sakamoto K, Yokoyama S "Towards parallel evaluation and learning of boolean mu-formulas with molecules"<br />
DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:57-72, American Mathematics Society, 1999<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Solid phase DNA solution to the Hamiltonian path problem" DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:193-206, American Mathematics Society, 1999<br />
Arita M, Hagiya M, Suyama A "Joining and rotating data with molecules" Proceedings of IEEE 4th International Conference on Evolutional Computation (ICEC'97), Indianapolis USA, 243-248, IEEE Press, 1997<br />
Arita M, Suyama A, Hagiya M "A heuristic approach for Hamiltonian path problem with molecules" Proceedings of 2nd Annual Conference on Genetic Programming, Stanford USA, 457-462, Morgan Kaufmann, 1997<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Stepwise generation of Hamiltonian path with molecules" Proceedings of 1st International Conference on Biocomputing and Emergent Computation (BCEC'97), Skovde Sweden, 184-192, World Scientific, 1997<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" Proceedings of 1st International IEEE Symposium on Intelligence in Neural and Biological Systems (INBS '95), Washington DC. USA, 92-99, IEEE Press, 1995<br />
(Journal version listed above, with the same title.)<br />
Arita M "SIMFLY2: simulation of a fly embryo" Proceedings of 6th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 29-38, Universal Academy Press, 1995<br />
Arita M, Hagiya M, Shiratori T "GEISHA SYSTEM: an environment for simulating protein interaction" Proceedings of 5th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 80-90, Universal Academy Press, 1994<br />
}}<br />
<br />
==Reviews, Editorials, Book Chapters==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Arita M, Nakamura Y "Generating Publication-Ready Prokaryotic Genome Annotations with DFAST" Methods in Molecular Biology, 1962, 215-226, 2019<br />
Endo A, Tanizawa Y, Arita M "Isolation and Identification of Lactic Acid Bacteria from Environmental Samples" Methods in Molecular Biology, 1887, 3-13, 2019<br />
Endo A, Maeno S, Tanizawa Y, Kneifel W, Arita M, Dicks L, Salminen S "Fructophilic Lactic Acid Bacteria, a Unique Group of Fructose-Fermenting Microbes" Applied and Environmental Microbiology, 84(19), 2018<br />
Kind T, Tsugawa H, Cajka T, Ma Y, Lai Z, Mehta SS, Wohlgemuth G, Barupal DK, Showalter MR, Arita M, Fiehn O "Identification of small molecules using accurate mass MS/MS search" Mass Spectrometry Reviews, 37(4):513-532, 2018 doi: 10.1002/mas.21535<br />
Carroll AJ, Salek RM, Arita M, Kopka J, Walther D. "Editorial: Metabolome Informatics and Statistics: Current State and Emerging Trends" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 4:63, 2016<br />
Salek RM, Arita M, Dayalan S, Ebbels T, Jones AR, Neumann S, Rocca-Serra P, Viant MR, Vizcaino JA. "Embedding standards in metabolomics: the Metabolomics Society data standards task group" Metabolomics, 11(4), 782-783, 2015<br />
Arita M "From metabolic reactions to networks and pathways" Methods in Molecular Biology 804:93-106, Springer Verlag, 2012 ([[File:fromReactionsToPathways.pdf]])<br />
Arita M, Hagiya M, Takinoue M, Tanaka F "DNA Memory" In Handbook of Natural Computing (Volume II, Molecular Computation), Springer Verlag, 2011<br />
Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" Current Opinion in Biotechnology 20, 610-615, 2009 <br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Integrated omics approaches in plant systems biology" Current Opinion in Chemical Biology 13, 532–538, 2009<br />
Arita M, Fujiwara Y, Nakanishi Y "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM)" Chapter II.3 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 129-140, 2006<br />
Shinbo Y, Nakamura Y, Altaf-Ul-Amin Md, Asahi H, Kurokawa K, Arita M, Saito K, Ohta D, Shibata D, Kanaya S "KNApSAcK: A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database" Chapter II.6 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 165-184, 2006<br />
Arita M "Scale-freeness and biological networks" Journal of Biochemistry, 138, 1-4, Oxford Univ Press, 2005 <br />
Arita M, Robert M, Tomita M "All systems go: launching cell simulation fueled by integrated experimental biology data" Current Opinion in Biotechnology, 16(3), 344-349, Elsevier, 2005 <br />
Arita M "Introduction to the ARM Database: Database on Chemical Transformations in Metabolism for Tracing Pathways" Chapter 13 (pp.193-211) In Metabolomics: The Frontier of Systems Biology (Tomita M and Nishioka T eds.) Springer verlag, 2005<br />
Arita M "Writing Information Into DNA" In Aspects of Molecular Computing (Jonoska N, Paun G, and Rozenberg G eds.), LNCS(2950), 23-35, Springer Verlag, 2004 ([[File:writingInformationIntoDNA.pdf]])<br />
}}<br />
<br />
==総説、書籍==<br />
研究以外の連載や本は[[User:Aritalab/Masanori_Arita/Publication-J|こちら]]を御覧ください。<br />
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# 有田正規、遠藤 明仁, 多田 一風太, 谷沢 靖洋, 遠野 雅徳「データベースから発見されたガセリ菌のサブグループ」化学と生物, 56(7), 459-460, 2018<br />
# 有田正規、津川裕司 「化学とメタボロミクス」 化学, 72(2), 26-30, 2017<br />
# 津川裕司、有田正規 「生体内の低分子代謝産物を網羅的に捉えるための新技術」化学と生物, 54(3), 151-153, 2016<br />
# 有田 正規,...,望月 敦史(代表) 計11名[http://coop-math.ism.ac.jp/info/coop-math-life 「数学協働プログラム提言 数理生命科学」] 文部科学省 科学技術試験研究委託事業「数理・生命科学」WG（統計数理研究所） 12/26, 2014<br />
# 美宅 成樹ほか [http://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-22-h140917-1.pdf 「大容量情報時代の次世代生物学」] 日本学術会議 報告 (バイオインフォマティクス分科会), 9/17, 2014<br />
# 有田 正規「理系総合のための生命科学 第3版」羊土社 2013 (27章 生物情報科学)<br />
# 有田 正規（編）「使えるデータベース・ウェブツール」実験医学別冊 9月 29(15), 羊土社, 2011<br />
# 有田 正規 「代謝産物の検索に役立つデータベース：化合物の素性・素行を調べるウェブサイト」 実験医学9月号 Vol.28(14), 2301-2303, 2010<br />
# 有田 正規, 蓬莱 尚幸, 尾嶌 雄也, 二瓶 義人, 金谷 重彦, 西岡 孝明 「化合物情報とマススペクトルを活用するためのウェブ基盤」 CICSJ Bulletin, 27(2), 48-50, 日本化学会 情報化学部会, 2009<br />
# 有田正規, 諏訪和大 「Wikiによるフラボノイドのデータベース」実験医学増刊,「バイオデータベースとソフトウェア最前線」, 4月, 1148-1154, 羊土社, 2008<br />
# 福島敦史, 草野都, 有田正規, 斉藤和季 「植物メタボロミクス―代謝プロファイルからシステム解析へ」 実験医学, 1月号, 羊土社, 2008<br />
# 有田正規 「生体ネットワークをどう研究するべきか」 数理科学5月号(527)79-83, サイエンス社, 2007<br />
# 時松敏明, 有田正規 「代謝マップビューワで見るフラボノイド」 細胞工学, 25(12), 1388-1393, 2006<br />
# 小林徹也, 有田正規, 森下喜弘, 合原一幸 「細胞内現象のシステム的理解―今理論に何が求められているのか？」 システム/制御/情報 50(8), システム制御情報学会誌 2006<br />
# 杉峰伸明, 大塚一路, 有田正規, 合原一幸「ネットワーク的思考で生命現象をよみとく」（特集「意識・脳・身体の接続へ」）科学 76(3), 岩波書店 2006<br />
# 有田 正規 「スケールフリーにご用心」 蛋白質核酸酵素 12月号増刊「ゲノムから生命システムへ」50(16 Suppl), 2294-2299, 共立出版, 2005<br />
# 有田 正規、田口 良 「メタボロームによる脂質代謝パスウェイ解析」 実験医学増刊号 「ダイナミックに新展開する脂質研究 」23(6), 151-157, 羊土社, 2005<br />
# 有田 正規 「代謝マップを電子化するARMプロジェクト」CICSJ Bulletin, 22(4), 64-67, 日本化学会 情報化学部会, 2004<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの解析法」 バイオインダストリー 特集「システム生物学の最前線」21(9), 34-39, シーエムシー出版, 2004<br />
# 有田 正規 「ARMデータベース」（執筆分担） 冨田勝、西岡孝明（編） 「メタボローム研究の最前線」, シュプリンガー東京, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と高分子への応用」 炎症と免疫 11(6), 46-51, 先端医学社 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 蛋白質核酸酵素 48(7), 823-828, 共立出版, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝は原子レベルで記述しよう －電子化の意義と将来性－」 JITAニュース March, 16-19, 日本産業技術振興協会, 2003<br />
# 有田 正規 「ベイジアンネットとバイオインフォマティクス」 人工知能学会誌 17(5), 539-545, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と有用物質の生産」 実験医学 9月号 1868-1872, 羊土社, 2002<br />
#「DNAコンピュータ」（執筆分担。第4章配列設計担当） 萩谷昌己、横森貴（編）, 培風館, 148-164, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの情報解析」 日本計算工学会誌 6(1), 10-12, 2001<br />
# 有田 正規 「パスウェイマップの探索」 日本シミュレーション学会誌, vol.20(2), 16-20, 2001<br />
# 萩谷 昌己, 有田 正規 「分子計算とその物理的基礎」 日本物理学会誌, Vol.56, 6月号, 403-410, 2001<br />
# 有田 正規 「遺伝子ネットワークと確率モデル」 ベイジアンネットチュートリアル予稿集 (BN2001), 50-53, 2001<br />
# 有田 正規 「グラフで見る代謝」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.5, 149-156, 2000<br />
# 西川 明男, 有田 正規, 三好 直人, 萩谷 昌己 「DNA計算の塩基配列設計におけるバランスの指標について」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.16, 67-69, 2000<br />
# 有田 正規, 西岡 孝明 「生体内化学反応の階層分類」 バイオインダストリー 特集「バイオインフォマティクス」, 17(7), 45-50, シーエムシー出版 2000 (再掲: DNAチップ応用技術 II 第6章, 227-236, シーエムシー出版 2001)<br />
# 有田 正規 「DNA計算における配列設計」 数理科学 特集「分子コンピューティング」, No.445 七月号, 32-38, サイエンス社 2000 (再掲：数理科学 SGCライブラリ31 「分子コンピュータの現状と展望」 萩谷昌己編著, II章3, サイエンス社 2004)<br />
# 有田 正規 「代謝系の再構築」（執筆分担。第4章の1担当） ポストシークエンスのゲノム科学シリーズ 「ゲノム情報生物学」 高木利久、冨田勝（編）, 148-164, 中山書店 2000<br />
# 角野宏司, 有田正規, 萩谷昌己, 白取知樹 「Computing-as-Editing(CAEP)に基づいた数式処理システムのユーザ・インタフェース」 インタラクティブシステムとソフトウェアIII, レクチャーノート/ソフトウェア学, 12, 161-170, 近代科学社 1995<br />
<br />
==Invited Talks and Lectures==<br />
<small>¢ ... support of hotel & participation fee only</small><br />
# Arita M "Data sharing and the power of omics integration" 6th Global Forum of Leaders for Agricultural Science and Technology (GLAST), Chengdu, China, Nov 12 (12-14), 2019<br />
# Arita M, Noureen M "Consensis genome structure and cluster analysis strains from NAG" Helicobacter pylori Genome Project workshop, National Cancer Institute (NCI), Rockville, USA, 26 Aug (26-27), 2019<br />
# Arita M "Cheminformatics for Predicting Structures from Mass Spectra" 1st Annual Conference of Chinese Society of Metabolomics (plenary), Shanghai, China, 20 Apr (19-21), 2019<br />
# Arita M "Open genome analysis in the post-genomic era" International Workshop on Data Science, Mishima, 15 Nov (12-15), 2018<br />
# Arita M "Computational Metabolomics" 6th Annual Korea Metabolomics Society (plenary), Seoul, Korea, 6 Apr (5-6), 2018<br />
# Arita M "Distribution of Glycosphingolipids Revealed by LipidBank" International Life Science Integration Workshop, Tokyo, 5 Mar (5-6), 2018 ¢<br />
# Arita M "Identifying Metabolites with Theoretical References" The 26th International KOGO Annual Conference (plenary), Seoul, Korea, 6 Sep (6-8), 2017<br />
# Arita M "Prediction of Molecular Structures from their Spectra" The 4th International Conference on Plant Metabolism (ICPM 2017), 17 Jul (16-20), 2017<br />
# Arita M "Computational Mass Spectrometry" SLING workshop `Mass spectrometry-based lipidomics of human blood plasma' National University of Singapore, 2 May, 2017 (teleconference talk)<br />
# Arita M "Comprehensive Acquisition of MS/MS Spectra Benefits Database Research" 6th International Singapore Lipid Symposium, 1 Dec (Nov30-Dec1), 2015 ¢<br />
# Arita M "Impact of Metabolome Database in Plant Science" The 38th Naito Conference "Molecule-based biological systems", 8 Oct (7-10), Sapporo, Japan, 2014<br />
# Arita M "MassBank Past, Present and Future" Norman Massbank Workshop, 17 Sep (17-18), Duebendorf, Switzerland, 2014 (no travel support)<br />
# Arita M "Genetic, Protein, and Metabolic Networks: Which Choice Is Amenable to Modelling" International Conference on Mathematical Modeling and Applications (ICMMA 2013), 28 Nov (26-28), Tokyo, Japan, 2013<br />
# Arita M "Cyberinfrastructure for metabolomics and synthetic biology" International Symposium on Biotechnology for Green Growth, 24 Oct (24-26), Kobe, Japan, 2012 ¢<br />
# Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" International Conference of Research and Application on Traditional Complementary and Alternative Medicine (TCAM), 22 June (21-23), Muhammadiyah University of Surakarta (Indonesia), 2012<br />
# Arita M "Update on Lipid Databank and other lipidomics initiatives" EMBL-EBI Industry Programme & MetaboLights Project Workshop, 22 May, Hinxton, 2012<br />
# Arita M "Wiki-based Databases: Integration of knowledge through the web" C-NAIR Seminar Nasional, Gadjah Mada University (Indonesia) 5 Dec, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Structural Classification for PKS in Aspergilli" IUMS2011 (International Union of Microbiological Societies Congress), 9 Sep (6-10), Sapporo, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Knowledge Management using a Wiki-based System and its Application to Mass Spectra" EBI Seminar, 19 Apr, EBI, Hinxton UK, 2011<br />
# Arita M "Wiki-based platform for PKS in Aspergilli" Pacifichem, Dec 19 (15-20), Honolulu (Hawaii), 2010 ¢<br />
# Arita M "Circulating information and knowledge through a cyber-infrastructure" Mass Spectrometry Informatics in Systems Biology (MSiB) Oct 28-29, Helsinki, 2010 [JSPS Japan-Finland Bilateral Workshop (self-organized)]<br />
# Arita M "Integration of Flavonoid Information through Wiki" Satellite Symposium of 4th International Conference on Polyphenols and Health (ICPH2009), Dec 11 (7-11), Yorkshire England, 2009 ¢<br />
# Arita M "Web-based Resources for Metabolomics", Tutorial at the CBI-KSBSB joint conference (Bioinfo2009), Nov 4 (4-6), Haeundae Busan Korea, 2009 ¢<br />
# Arita M "Data Management of Cross-disciplinary Information using Wiki", 16th International Conference on Cytochrome P450, June 21 (21-25), Okinawa Japan, 2009<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Analysis using Wiki", The Sixth International Aspergillus Meeting (Asperfest 6), March 15-17, Monterey USA, 2009 ¢<br />
# Arita M "Wiki-based Database of Secondary Metabolites", JSPS-KOSEF Joint Seminar -Pioneering researches on fungal molecular biology-, November 19-20, Kanazawa Japan, 2008<br />
# Arita M "Computational Analysis of Metabolism" iPlant Mechanistic modeling grand challenge workshop, November 7-10, Biosphere2 Arizona USA, 2008<br />
# Arita M "Software Tools to Study Flavonoids", Systems Biology and Bioinformatics Symposium (SBBS07), March 27-29 Taipei Taiwan, 2007<br />
# Arita M "Databaes for Flavonoids and Measurement in Arabidopsis", 2nd International Symposium on Environmental Metabolomics, March 24-25, University of Louisville(KY), USA, 2007<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Chart for Flavonoid", 2nd Taiwan-Japan Bilateral Symposium on Bioinformatics, Nov 7-9, Tainan Taiwan, 2006<br />
# Arita M " Atomic-level analysis of metabolism and mass spectral database", Invited Lecture Course, May9-14, Center for Regulatory, Environmental, Analytical Metabolomics, University of Louisville(KY), USA, 2006<br />
# Arita M "Metabolomics in Japan and the Need for a Metabolic Map Editor", 1st Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics, March 13-17, Tokyo Japan, 2006 ¢<br />
# Arita M "ARM Database for Interactive Metabolic Maps", 1st International BioPAX Symposium, November 18, Tokyo Japan, 2005 ¢<br />
# Arita M "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism", 1st Louisville Symposium on Environmental Metabolomics, November 5-6, Louisville (KY) USA, 2005<br />
# Arita M "Interpretation of Metabolic Networks", 50th NIBB Conference, Structure and Dynamics of Complex Biological Networks, February 8-10, Okazaki Japan, 2005<br />
# Arita M "Scale-free Network and Biological Network", Invited Lecture Course, June 9 - 13, Centre National de la Recherche Scientifique, Marseille, France, 2004<br />
# Arita M "Computer Applications for Metabolome Analysis", ICSB2002 Satellite Meeting "Metabolome Analysis and Systems Biology", December 16, Stockholm Sweden, 2002 ¢<br />
# Arita M "Computer Applications for Comprehensive Metabolite Analysis", Cambridge Healthtech Institute's Second Annual Metabolic Profiling: Pathways in Discovery, December 2 - 3, Research Triangle Park (North Carolina) USA, 2002<br />
# Arita M "Atomic Representation of Metabolism", Invited Lecture Course, June26 - July 2, Department of Computer Science, University of Helsinki, Finland, 2002<br />
# Arita M "Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM) Project", Workshop on Protein Interaction and Clinical Data Analysis, May 28 - 31, National University of Singapore, 2002<br />
# Hagiya M. and Arita M "Several Approaches to Bio-simulation", International Symposium on Human Genome Project and Computer Science Sanjo Hall, March 9-10, Tokyo University, 1995 ¢<br />
<br />
==招待講演、トークイベント== <br />
# 有田 正規 「バイオインフォマティクスが推し進めるバイオの世界」バイオインフォマティクスフォーラム, 8/24, 那覇, 2019<br />
# 有田 正規 「データ時代における学術出版とデータベース」第90回日本医学図書館協会総会, 5/31, 2019<br />
# 有田 正規 「学術データは誰のものか」日本医学会第五回研究倫理教育研修会, 5/30, 東京, 2019<br />
# 有田 正規 「元素から眺める地球・生命・食事」静岡県保育所連合会東部支部総会, 5/14, 沼津, 2019<br />
# 有田 正規 「生薬情報のデータベース」薬用資源の持続的利用促進に関する研究会, 11/21, 草津（滋賀）, 2018<br />
# 有田 正規 「遺伝子から見た地球生命」静岡県教育研究会夏季研究大会（理科）, 8/8, 三島, 2018<br />
# 有田 正規 「生命科学データ共有のあり方」Japan Open Science Summit, 6/19, 東京, 2018<br />
# 有田 正規 「DNAレベルからみたミシマサイコ」ミシマサイコの会 3/24 三島 2018<br />
# 有田 正規 「たべものは体の中でどうなるか」三島遺伝学講座 3/4 三島 2018<br />
# 有田 正規 「これからのスペクトルデータベース」日本質量分析学会第65回質量分析総合討論会（基調講演） 5/17 つくば 2017<br />
# 有田 正規 津川裕司 「MS2スペクトルのフラグメンテーション解析と前駆体構造予測」日本分子生物学会年会 シンポジウム「生命システムを俯瞰するための質量分析情報解析技術とデータベースの活用」 11/30 横浜 2016<br />
# 有田 正規 「クリエイティブは毒か薬か」 三島市クリエイティブファクトリー 「うるまの部屋」第一回 9/16 2016<br />
# 有田 正規 「Comprehensive lipidomics and Mass/LipidBank databases」日本分子生物・生化学会大会（BMB2015）シンポジウム「リピドミクスから見えてきた脂質の新機能 –基礎から臨床まで-」12/4 神戸 2015<br />
# 有田 正規 「科学者から見た学術のオープン化」林和弘氏、有田正規氏講演会「オープンな知がイノベーションを生む -オープンサイエンスの潮流と図書館の可能性-」(東大新図書館トークイベント14) 10/17 東京 2015<br />
# 有田 正規 「代謝の杜:分子の食物連鎖」[http://izukeidai.tumblr.com/post/128890729785/%E5%A4%A7%E8%AC%9B%E5%A0%82%E3%82%A4%E3%82%BA%E3%82%B1%E3%83%BC%E5%A4%A7%E3%81%AB%E6%9C%AC%E7%89%A9%E3%81%AE%E6%95%99%E6%8E%88%E3%81%AE%E8%AC%9B%E7%BE%A9%E7%99%BB%E5%A0%B4%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80-1%E6%9C%89%E7%94%B0%E6%AD%A3%E8%A6%8F%E6%95%99%E6%8E%88-22%E6%97%A5 地域イベント伊豆経済大学] 9/22 三島 2015<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「ノンターゲットMS/MSによる藻類脂質の網羅的解析とデータベース化」 健康・長寿研究談話会（旧ホスファチジルセリン研究会）11/7 品川 2014<br />
# 有田 正規 "Database for Biology: which data deserve maintaining?" 第52回日本生物物理学会年会 シンポジウム「大容量生命情報時代の新しい生物学とは？」(兼オーガナイザ) 9/27 (25-27) 札幌 2014<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「藻類メタボロミクス：植物との違い」日本植物学会第78回大会シンポジウム「バイオリソースとゲノム情報から考える藻類研究の未来形」 9/12 (12-14) 東京 2014<br />
# 有田 正規 「マススペクトルのデータベースを使いこなす」第31回日本植物細胞分子生物学会 バイオインフォマティクス講習会 9/12 (10-12) 札幌 2013<br />
# 有田 正規 「和漢薬データベースの構築」日本薬学会第133年会 シンポジウム "和漢薬の科学基盤：共同研究による先駆的統合的解明" 3/29 (27-30) 横浜 2013<br />
# 有田 正規 「ポリケチド合成酵素の進化解析」革新的バイオマテリアル実現のための高機能化ゲノムデザイン技術開発キックオフシンポジウム 10/30 東京 2012<br />
# 有田 正規 「Knowledge Management using a Wiki-based System」 細胞を作る研究会 4.0 10/27(-28) 大阪 2011<br />
# 有田 正規 「コミュニティとして機能するためのインフラストラクチャ」第84会日本生化学会大会シンポジウム "ゲノムデザインの最前線" 9/22 (21-24) 京都 2011<br />
# 有田 正規 「ウェブを通じた生薬知識のアウトリーチ」南方資源利用技術研究会 11/26 那覇 2010<br />
# 長谷川禎彦 有田正規 「細胞内のノイズと遺伝子スイッチ」細胞を作る研究会 3.0 11/12(-13) 駒場 2010<br />
# 有田 正規 「Wikiを通じて学会をまとめよう 代謝データベースを例に」 第20回記念微生物資源ワークショップ 11/14 (13-14) 修善寺 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬の知識流通を促すウェブ基盤の構築」 第30回和漢医薬学総合研究所特別セミナー「和漢薬とインフォマティクス」 10/9, 富山 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬Wikiデータベースの開発」 第26回和漢医薬学会学術大会 メインテーマ企画「生薬とデータベース」 8/29 (29-30), 幕張 2009<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス解析におけるインフォマティクス」 日本薬物動態学会第２回ビジョン・シンポジウム 6/6 (5-6), 本郷 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるマススペクトルの共有と知識抽出」 日本質量分析学会 第57回質量分析総合討論会ワークショップ 「マススペクトルを日本発のツールで解析、整理しよう」 5/14, 大阪 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるオミクスデータ管理と知識発見」 農芸化学会大会シンポジウム「OMICSを基盤とした生物機能の戦略的高度化と物質生産」3/29 福岡 2009<br />
# 有田 正規 「百科事典とデータベースを区別できない生物学者」 BMB2008 日本分子生物・生化学会合同年会シンポジウム「最新メタボロミクス事情と植物科学への貢献」(兼オーガナイザ) 12/12 神戸 2008<br />
# 有田 正規 「バイオデータベースのあるべき姿」 第五回 コンビナトリアル・バイオエンジニアリング会議 11/7 大阪 2008<br />
# 有田 正規 「メタボロームデータベースを統合する：*Bankと*Wiki」 第2回メタボロームシンポジウム(兼実行委員) 10/30 鶴岡 2008<br />
# 有田 正規 「Wiki をもちいたデータベース設計」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第7回連携研究会 9/13, Spring-8普及棟 2008<br />
# 有田 正規 「ウィキによるフラボノイドのデータベース」 日本植物生理学会年会 シンポジウム「データベースの中に築く生物像」 3/20, 札幌 2008<br />
# 有田 正規 「化学構造と植物種をつなぐフラボノイドデータベース」 日本化学会 化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム 12/7, 東京 2007<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス －代謝を研究する新しいOmics分野－」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第六回連携研究会 8/4, Spring-8普及棟 2007<br />
# 有田 正規 「マススペクトルデータベースMassBankの検索技法」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会ワークショップ 「ケミカルバイオロジーとマススペクトルデータベース」 5/15, 広島 2007<br />
# 有田 正規 「原子レベルでみる代謝ネットワーク」 京大理 数学教室 研究集会「スケールフリーネットワークとランダムグラフ」 1/27, けいはんな 2007<br />
# 有田 正規 「化学構造データベースから代謝経路へ」 奈良先端大 植物科学研究教育推進ユニットワークショップ 「植物研究にいかに役立てるか、『システム生物学』」 12/12, 奈良 2006<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップによるメタボローム解析」 日本医用マススペクトル学会 シンポジウム 「メタボローム解析への質量分析の応用」9/29, 名古屋 2006<br />
# 有田 正規 「バクテリアの代謝はどこまでわかっているか」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第五回連携研究会 8/12, Spring-8普及棟 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ 」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロミクスとバイオインフォマティクス」5/26, 大阪 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームは本当に網羅的か」 日本分子生物学会 年会シンポジウム 12/7, 福岡 2005<br />
# 有田 正規「バイオインフォマティクスの環境バイオへの適用可能性」 環境バイオ・新規提案検討国際ワークショップ －微生物集団機能の高効率利用・デザイン化技術の創出のために－ 10/21, 東京 2005<br />
# 有田 正規「生体ネットワークの大域情報と局所情報をつなぐソフトウェア」 第10回分生研シンポジウム「情報生物学」9/22, 東京 2005<br />
# 有田 正規「代謝のネットワークとスケールフリー性」 日本数理生物学会 第15回大会シンポジウム 「複雑ネットワークの展開」 9/16, 横浜 2005<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」5/26, 大宮 2005<br />
# 有田 正規 「マップエディタを用いたオンデマンドの代謝解析」 日本農芸化学会シンポジウム「モノづくりの代謝工学」 3/29, 札幌 2005<br />
# 有田 正規 「代謝のネットワーク解析：大域的特徴から分子構造変化まで」 (財)新世代研究所 中性子生体ナノマシン・バイオナノ合同研究会 1/28, 東海村 2005<br />
# 有田 正規 「お気楽マップエディタによる代謝解析」 日本分子生物学会 年会ワークショップ 「メタボローム研究の新展開」 12/10, 神戸 2004<br />
# 有田 正規 「生物ネットワークとスケールフリー性」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「分子ネットワークのシステム特性」 10/16, 横浜 2004<br />
# 有田 正規 「脂質代謝を原子レベルで表現するデータベース」 日本脂質栄養学会 第13回大会 9/3, 酒田 2004<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップに基づくメタボローム解析」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」6/4, 名古屋 2004<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と機能予測」 新資源生物変換研究会シンポジウム 12/5, 東京 2003<br />
# 有田 正規 「代謝データベースとその盲点」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「メタボローム研究の最前線」 10/15, 横浜 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「ポストゲノム時代を担う若手研究者」 5/16, つくば 2003<br />
# 有田 正規 「ARMプロジェクト： 細胞内代謝の電子化技術」 基礎生物学研究所研究会「生命科学におけるInformaticsと Mathematics」 3/11-12, 岡崎 2003<br />
# 有田 正規 「大腸菌の代謝経路再構築」 JST異分野研究者交流フォーラム 3/1-2, 大仁 2002<br />
# 有田 正規 「計算論的バイオテクノロジー」 計測自動制御学会 第7回創発システムシンポジウム「創発夏の学校」, 8/24-26, 富山, 2001<br />
<br />
==Meeting series and Workshops==<br />
* AYRCOB Conference Series (http://ayrcob.org/) 2008-2016<br />
* International Metabolomics Society<br />
** Board Member (2014 Oct-2016 Sep)<br />
** Organization and talks<br />
*** Workshop "Data Sharing and Standardisation" (SF, 29 Jun, 2015; Dublin, 27 Jun 2016; Brisbane, 26 Jun, 2017)<br />
*** NSF-JST "Metabolomics for a Low Carbon Society", San Francisco, 28 Jun 2015<br />
*** JST-NSF "Metabolomics Measurement Technology and Application" Tsuruoka, 23 Jun 2014<br />
* Annual Metabolome Symposium (domestic) 2006-2018<br />
** Mishima meeting (2015)<br />
* NII Shonan meeting "Computational metabolomics", March 20-23, Shonan, 2017 (organizer)<br />
* NIG International Symposium (commemorating DDBJ 30th) "Life, Environment and Evolution revealed by Genomes" (general chair)<br />
* ROIS International Workshop on Data Science (DSWS2018) "Present & Future of Open Data & Open Science" (local organizer)</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/User:Aritalab/Masanori_Arita/PublicationUser:Aritalab/Masanori Arita/Publication2020-01-08T13:53:31Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>==Refereed Journal Articles==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Modesto M, Satti M, Watanabe K, Puglisi E, Morelli L, Huang CH, Liou JS, Miyashita M, Tamura T, Saito S, Mori K, Huang L, Sciavilla P, Sandri C, Spiezio C, Vitali F, Cavalieri D, Perpetuini G, Tofalo R, Bonetti A, Arita M, Mattarelli P “Characterization of Bifidobacterium species in feaces of the Egyptian fruit bat: Description of B. vespertilionis sp. nov. and B. rousetti sp. nov.” Systematic and Applied Microbiology 42(6), 126017, 2019<br />
Tada I, Tsugawa H, Meister I, Zhang P, Shu R, Katsumi R, Wheelock CE, Arita M, Chaleckis R “Creating a Reliable Mass Spectral-Retention Time Library for All Ion Fragmentation-Based Metabolomics” Metabolites 9(11), 251, 2019<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kajikawa A, Kanesaki Y, Kubota E, Arita M, Dicks L, Endo A "A pseudo-fructophilic Leuconostoc citreum strain F192-5 isolated from the peel of satsuma mandarin" Applied and Environmental Microbiology, 2019<br />
Modesto M, Satti M, Watanabe K, Sciavilla P, Felis GE, Sandri C, Spiezio C, Arita M, Mattarelli P "Alloscardovia theropitheci sp. nov., isolated from the faeces of gelada baboon, the 'bleeding heart' monkey (Theropithecus gelada)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2019<br />
Tsugawa H, Satoh A, Uchino H, Cajka T, Arita M, Arita M "Mass Spectrometry Data Repository Enhances Novel Metabolite Discoveries with Advances in Computational Metabolomics" Metabolites 9(6): E119, 2019<br />
Modesto M, Watanabe K, Arita M, Satti M, Oki K, Sciavilla P, Patavino C, Cammà C, Michelini S, Sgorbati B, Mattarelli P "Bifidobacterium jacchi sp. nov., isolated from the faeces of a baby common marmoset (Callithrix jacchus)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 69(8), 2477-2485, 2019<br />
Tsugawa H, Nakabayashi R, Mori T, Yamada Y, Takahashi M, Rai A, Sugiyama R, Yamamoto H, Nakaya T, Yamazaki M, Kooke R, Bac-Molenaar JA, Oztolan-Erol N, Keurentjes JJB, Arita M, Saito K "A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms" Nature Methods 16(4), 295-298, 2019<br />
Lipidomics Standards Initiative Consortium “Lipidomics needs more standardization” Nature Metabolism 1, 745-747, 2019<br />
Sato M, Arita M, Kawashima T “Uncovering Ecdysozoa-specific Sphingomyelin Synthase by Phylogenetic Analysis of Metazoan Sequences” Zoological Science 36(4), 316-321, 2019<br />
Itoh H, Matsui M, Miyamura Y, Takeda I, Ishii J, Kumagai T, Machida M, Shibata T, Arita M "Biosynthesis of Novel Statins by Combining Heterologous Genes from Xylaria and Aspergillus" ACS Synthetic Biology, 7(12), 2783-2789, 2018<br />
Burla B, Arita M, Arita M, Bendt AK, Cazenave-Gassiot A, Dennis EA, Ekroos K, Han X, Ikeda K, Liebisch G, Lin MK, Loh TP, Meikle PJ, Orešič M, Quehenberger O, Shevchenko A, Torta F, Wakelam MJO, Wheelock CE, Wenk MR "MS-based lipidomics of human blood plasma: a community-initiated position paper to develop accepted guidelines" Journal of Lipid Research, 59(10), 2001-2017, 2018<br />
Tanizawa Y, Tada I, Kobayashi H, Endo A, Maeno S, Toyoda A, Arita M, Nakamura Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Tohno M "Lactobacillus paragasseri sp. nov., a sister taxon of Lactobacillus gasseri, based on whole-genome sequence analyses" International journal of systematic and evolutionary microbiology 68: 3512-3517, 2018<br />
Tanaka W, Arita M "Physicochemical Prediction of Metabolite Fragmentation in Tandem Mass Spectrometry" Mass Spectrometry (Tokyo), 7(1):A0066, 2018<br />
Itoh H, Miura A, Matsui M, Arazoe T, Nishida K, Kumagai T, Arita M, Tamano K, Machida M, Shibata T "Knockout of the SREBP system increases production of the polyketide FR901512 in filamentous fungal sp. No. 14919 and lovastatin in Aspergillus terreus ATCC20542" Applied Microbiology and Biotechnology, 102(3):1393-1405, 2018<br />
Lai Z, Tsugawa H, Wohlgemuth G, Mehta S, Mueller M, Zheng Y, Ogiwara A, Meissen J, Showalter M, Takeuchi K, Kind T, Beal P, Arita M, Fiehn O "Identifying metabolites by integrating metabolome databases with mass spectrometry cheminformatics" Nature Methods 15:53-56, 2018<br />
Tohno M, Tanizawa Y, Irisawa T, Masuda T, Sakamoto M, Arita M, Ohkuma M, Kobayashi H "Lactobacillus silagincola sp. nov. and Lactobacillus pentosiphilus sp. nov., isolated from silage" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 67(9):3639-3644, 2017<br />
Tanizawa Y, Kobayashi H, Kaminuma E, Sakamoto M, Ohkuma M, Nakamura Y, Arita M, Tohno M "Genomic characterization reconfirms the taxonomic status of Lactobacillus parakefiri" Bioscience of microbiota food and health 36(3):129-134, 2017<br />
Tada I, Tanizawa Y, Endo A, Tohno M, Arita M "Revealing the genomic differences between two subgroups in Lactobacillus gasseri" Bioscience of microbiota food and health 36(4):155-159, 2017 <br />
Tsugawa H, Ikeda K, Tanaka W, Senoo Y, Arita M, Arita M "Comprehensive identification of sphingolipid species by in silico retention time and tandem mass spectral library" Journal of Cheminformatics 9:19, 2017 doi: 10.1186/s13321-017-0205-3<br />
Wohlgemuth G, Mehta SS, Mejia RF, Neumann S, Pedrosa D, Pluskal T, Schymanski EL, Willighagen EL, Wilson M, Wishart DS, Arita M, Dorrestein PC, Bandeira N, Wang M, Schulze T, Salek RM, Steinbeck C, Nainala VC, Mistrik R, Nishioka T, Fiehn O "SPLASH, a hashed identifier for mass spectra" Nature Biotechnol 34(11):1099-1101, 2016<br />
Padermshoke A, Ogawa T, Nishio K, Nakazawa M, Nakamoto M, Okazawa A, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Critical Involvement of Environmental Carbon Dioxide Fixation to Drive Wax Ester Fermentation in Euglena" PLoS ONE 11(9):e0162827, 2016<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kanesaki Y, Kubota E, Kumar H, Dicks L, Salminen S, Nakagawa J, Arita M, Endo A "Genomic characterization of a fructophilic bee symbiont Lactobacillus kunkeei reveals its niche-specific adaptation" Syst Appl Microbiol 39(8):516-526, 2016<br />
Yamada O, Machida M, Hosoyama A, Goto M, Takahashi T, Futagami T, Yamagata Y, Takeuchi M, Kobayashi T, Koike H, Abe K, Asai K, Arita M, Fujita N, Fukuda K, Higa KI, Horikawa H, Ishikawa T, Jinno K, Kato Y, Kirimura K, Mizutani O, Nakasone K, Sano M, Shiraishi Y, Tsukahara M, Gomi K "Genome sequence of Aspergillus luchuensis NBRC 4314" DNA Research 23(6):507-515, 2016<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M "DFAST and DAGA: web-based integrated genome annotation tools and resources" Biosci Microbiota Food Health. 35(4):173-184, 2016<br />
Tsugawa H, Kind T, Nakabayashi R, Yukihira D, Tanaka W, Cajka T, Saito K, Fiehn O, Arita M. "Hydrogen Rearrangement Rules: Computational MS/MS Fragmentation and Structure Elucidation Using MS-FINDER Software" Analytical Chemistry 88(16):7946-7958, 2016<br />
Sriyudthsak K, Mejia RF, Arita M, Hirai MY. "PASMet: a web-based platform for prediction, modelling and analyses of metabolic systems" Nucleic Acids Research, 44(W1):W205-211, 2016<br />
Mukaida S, Ogawa T, Ohishi K, Tanizawa Y, Ohta D, Arita M. "The effect of rapamycin on biodiesel-producing protist Euglena gracilis" Biosci Biotechnol Biochem, 80:1223-1229, 2016<br />
Rocca-Serra P, Salek RM, Arita M, Correa E, Dayalan S, Gonzalez-Beltran A, Ebbels T, Goodacre R, Hastings J, Haug K, Koulman A, Nikolski M, Oresic M, Sansone SA, Schober D, Smith J, Steinbeck C, Viant MR, Neumann S "Data standards can boost metabolomics research, and if there is a will, there is a way" Metabolomics 12(1):14, 2016<br />
Endo A, Tanizawa Y, Tanaka N, Maeno S, Kumar H, Shiwa Y, Okada S, Yoshikawa H, Dicks L, Nakagawa J, Arita M "Comparative genomics of Fructobacillus spp. and Leuconostoc spp. reveals niche-specific evolution of Fructobacillus spp." BMC Genomics 16(1):1117, 2015<br />
Tanaka K, Arita M, Sakurai H, Ono N, Tezuka Y "Analysis of Chemical Properties of Edible and Medicinal Ginger by Metabolomics Approach" Biomed Research International 2015:671058, 2015<br />
Tsugawa H, Cajka T, Kind T, Ma Y, Higgins B, Ikeda K, Kanazawa M, VanderGheynst J, Fiehn O, Arita M "MS-DIAL: data-independent MS/MS deconvolution for comprehensive metabolome analysis" Nature Methods 12(6), 523-526, 2015<br />
Li D, Ono N, Sato T, Sugiura T, Altaf-Ul-Amin M, Ohta D, Suzuki H, Arita M, Tanaka K, Ma Z, Kanaya S "Targeted Integration of RNA-Seq and Metabolite Data to Elucidate Curcuminoid Biosynthesis in Four Curcuma Species" Plant Cell Physiology, 56(5), 843-851, 2015<br />
Ara T, Enomoto M, Arita M, Ikeda C, Kera K, Yamada M, Nishioka T, Ikeda T, Nihei Y, Shibata D, Kanaya S, Sakurai N "Metabolonote: a wiki-based database for managing hierarchical metadata of metabolome analyses" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 3:38, 2015<br />
Tanizawa Y, Tohno M, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M "Complete genome sequence and analysis of Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260(T), a psychrotrophic lactic acid bacterium isolated from silage" BMC Genomics, 16:240, 2015<br />
Tanaka K, Arita M, Li D, Ono N, Tezuka Y, Kanaya S "Metabolomic Characterization of a Low Phytic Acid and High Anti-oxidative Cultivar of Turmeric" Natural Product Communications, 10(2), 329-334, 2015<br />
Tsugawa H, Ohta E, Izumi Y, Ogiwara A, Yukihira D, Bamba T, Fukusaki E, Arita M "MRM-DIFF: Data Processing Strategy for Differential Analysis in Large Scale MRM-based Lipidomics Studies" Frontiers in Genetics, 5:471, 2015<br />
Hasegawa Y, Arita M "Optimal implementations for reliable circadian clocks" Physical Review Letters, 113(10), 108101, 2014<br />
Tsugawa H, Kanazawa M, Ogiwara A, Arita M "MRMPROBS suite for metabolomics using large-scale MRM assays" Bioinformatics, 30(16), 2379-2380, 2014<br />
Furuhashi T, Ogawa T, Nakai R, Nakazawa M, Okazawa A, Padermschoke A, Nishio K, Hirai MY, Arita M, Ohta D "Wax ester and lipophilic compound profiling of Euglena gracilis by gas chromatography-mass spectrometry: toward understanding of wax ester fermentation under hypoxia" Metabolomics, 11(1), 175-183, 2015<br />
Ogawa T, Furuhashi T, Okazawa A, Nakai R, Nakazawa M, Kind T, Fiehn O, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Exploration of Polar Lipid Accumulation Profiles in Euglena gracilis Using LipidBlast, a MS/MS Spectral Library Constructed in Silico" Bioscience Biotechnology and Biochemistry 78(1), 14-18, 2014<br />
Hasegawa Y, Arita M "Circadian clocks optimally adapt to sunlight for reliable synchronization" Journal of the Royal Society Interface 11(92):20131018, 2014<br />
Tsugawa H, Arita M, Kanazawa M, Ogiwara A, Bamba T, Fukusaki E "MRMPROBS: Data Assessment and Metabolite Identification Tool for Large-scale MRM-based Widely Targeted Metabolomics" Analytical Chemistry, 85(10), 5191–5199, 2013<br />
Hasegawa Y, Arita M "Enhanced entrainability of genetic oscillators by period mismatch" Journal of the Royal Society Interface 10(81) 20121020, 2013<br />
Hasegawa Y, Arita M "Fluctuating noise drives Brownian transport" Journal of the Royal Society Interface 9(77), 3554-3363, 2012<br />
Peng CH, Lin SH, Peng SC, Lyu PC, Arita M, Tang CY "Feature Identification of Compensatory Gene Pairs without Sequence Homology in Yeast" Comparative and Functional Genomics 2012(653174), 2012<br />
Lin SH, Yoshimoto M, Lyu PC, Tang CY, Arita M "Phylogenomic and Domain Analysis of Iterative Polyketide Synthases in Aspergillus Species" Journal of Evolutionary Bioinformatics, 7:1-14, 2012<br />
Hasegawa Y, Arita M "Escape Process and Stochastic Resonance Under Noise Intensity Fluctuation" Physics Letters A, 375, 3450-3458, 2011<br />
Redestig H, Kusano M, Ebana K, Kobayashi M, Oikawa A, Okazaki Y, Matsuda F, Arita M, Fujita N, Saito K "Exploring molecular backgrounds of quality traits in rice by predictive models based on high-coverage metabolomics" BMC Systems Biology 5(1):176, 2011<br />
Tsugawa H, Tsujimoto Y, Arita M, Bamba T, Fukusaki E "GC/MS based metabolomics: development of a data mining system for metabolite identification by using soft independent modeling of class analogy (SIMCA)" BMC Bioinformatics 12:131, 2011<br />
Scalbert A, Andres-Lacueva C, Arita M, Kroon P, Manach C, Urpi-Sarda M, Wishart D "Databases on Food Phytochemicals and Their Health-Promoting Effects" Journal of Agricultural and Food Chemistry 59(9), 4331-4348, 2011<br />
Hasegawa Y, Arita M "Noise-intensity fluctuation in Langevin model and its higher-order Fokker–Planck equation" Physica A 390(6) 1051-1063, 2011<br />
Tanaka K, Hayashi K, Fahad A, Arita M "Multi-stage mass spectrometric analysis of saponins in glycyrrhiza radix" Natural Product Communications 6(1):7-10, 2011<br />
Kusano M, Redestig H, Hirai T, Oikawa A, Matsuda F, Fukushima A, Arita M, Watanabe S, Yano M, Hiwasa-Tanase K, Ezura H, Saito K "Covering chemical diversity of genetically-modified tomatoes using metabolomics for objective substantial equivalence assessment" PLoS One 6(2):e16989, 2011<br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Metabolomic correlation-network modules in Arabidopsis based on a graph-clustering approach" BMC Systems Biology 5:1, 2011<br />
Horai H, Arita M, Kanaya S, Nihei Y, Ikeda T, Suwa K, Ojima Y, Tanaka K, Tanaka S, Aoshima K, Oda Y, Kakazu Y, Kusano M, Tohge T, Matsuda F, Sawada Y, Hirai MY, Nakanishi H, Ikeda K, Akimoto N, Maoka T, Takahashi H, Ara T, Sakurai N, Suzuki H, Shibata D, Neumann S, Iida T, Tanaka K, Funatsu K, Matsuura F, Soga T, Taguchi R, Saito K, Nishioka T "MassBank: a public repository for sharing mass spectral data for life sciences" Journal of Mass Spectrometry 45(7), 703-714, 2010<br />
Redestig H, Kusano M, Fukushima A, Matsuda F, Saito K, Arita M "Consolidating metabolite identifiers to enable contextual and multi-platform metabolomics data analysis" BMC Bioinformatics 11:214, 2010<br />
Hasegawa Y, Arita M "Bistable stochastic processes in the q-exponential family" Physica A 389(21):4450-4461, 2010<br />
Takemoto K, Arita M "Nested structure acquired through simple evolutionary process" Journal of Theoretical Biology 264(3), 782-786, 2010<br />
Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Period–phase map: two-dimensional selection of circadian rhythm-related genes" IET System Biology 3(6), 487-495, 2009 <br />
Fukushima A, Kanaya S, Arita M "Characterizing gene coexpression modules in Oryza sativa based on a graph-clustering approach" Plant Biotechnology 26, 485-493, 2009<br />
Redestig H, Fukushima A, Stenlund H, Moritz T, Arita M, Saito K, Kusano M "Compensation for systematic cross-contribution improves normalization of mass spectrometry based metabolomics data" Analytical Chemistry 81(19), 7974-7980, 2009 <br />
Hasegawa Y, Arita M "Properties of the maximum q-likelihood estimator for independent random variables" Physica A 388, 3399-3412, 2009<br />
Takemoto K, Arita M "Heterogeneous distribution of metabolites across plant species" Physica A 388(13), 2771-2780, 2009<br />
Arita M "A pitfall of wiki solution for biological databases" Briefings Bioinformatics 10(3), 295-296, 2009<br/>Interview article by a web magazine "Bioinform" in Jan 2009<br />
Fukushima A, Wada M, Kanaya S, Arita M "SVD-based anatomy of gene-expression for correlation analysis in Arabidopsis thaliana" DNA research 15(6), 367-374, 2008 <br />
Arita M, Suwa K "Search extension transforms Wiki into a relational system: a case for flavonoid metabolite database" BMC BioData Mining 1:7, 2008 <br />
Sato S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Time-resolved metabolomics reveals metabolic modulation in rice foliage" BMC Systems Biology 2:51, 2008 <br />
Kusano M, Fukushima A, Arita M, Jonsson P, Moritz T, Kobayashi M, Hayashi N, Tohge T, Saito K "Unbiased characterization of genotype-dependent metabolic regulations by metabolo mic approach in Arabidopsis thaliana" BMC Systems Biology 1:53, 2007 <br />
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Automated classification of alternative splicing and transcriptional initiation and construction of visual database of classified patterns" Bioinformatics 22(10), 1211-1216, 2006 <br />
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Species-specific variation of alternative splicing and transcriptional initiation in six eukaryotes" Gene 364, 53-62, 2005 <br />
Arita R, Arita M, Kawai M, Mashima Y, Yamada M "Evaluation of corneal endothelial pump function with a cold stress test" Cornea 24(5), 571-575, 2005 <br />
Sugimoto M, Kikuchi S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Large-scale prediction of cationic metabolite identity and migration time in capillary electrophoresis mass spectrometry using artificial neural networks" Analytical Chemistry 77(1), 78-84, 2005 <br />
Arita M, Ohashi Y "Secret signatures inside genomic DNA" Biotechnology Progress 20(5), 1605-1607, 2004 <br />
Hirai MY, Yano M, Goodenowe DB, Kanaya S, Kimura T, Awazuhara M, Arita M, Fujiwara T, Saito K "Integration of transriptomics and metabolomics for understanding of global responses to nutritional stresses in Arabidopsis thaliana" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(27), 10205-10210, 2004 <br />
Arita M "Computational resources for metabolomics" Briefings in Functional Genomics and Proteomics 3(1), 84-93, 2004 <br />
Arita M "Comma-free design for DNA words" Communications of the ACM, 47(5), 99-100, 2004 <br />
Arita M "The metabolic world of Escherichia coli is not small" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(6), 1543-1547, 2004 <br />
Yamazaki Y, Kitajima M, Arita M, Takayama H, Sudo H, Yamazaki M, Aimi N, Saito K "Biosynthesis of camptothecin. In silico and in vivo tracer study from [1-13C]glucose" Plant Physiology 134(1), 161-170, 2004 <br />
Arita M "In silico Atomic tracing by substrate-product relationships in Escherichia coli intermediary metabolism" Genome Research 13(11), 2455-2466, 2003 <br />
Kikuchi S, Tominaga D, Arita M, Takahashi K, Tomita M "Dynamic modeling of genetic networks using genetic algorithm and S-system" Bioinformatics 19(5), 643-650, 2003 <br />
Arita M, Kobayashi S "DNA sequence design using templates" New Generation Computing 20(3), 263-277, 2002 <br />
Arita M "Graph modeling of metabolism" Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence (JSAI), 15(4), 703-710, 2000<br />
Arita M "Metabolic reconstruction using shortest paths" Simulation Practice and Theory 8(2), 109-125, 2000<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" International Journal of Artificial Intelligence Tools 4(4), 511-524, 1995<br />
}}<br />
<br />
==Refereed Conference Proceedings==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Noureen M, Tada I, Kawashima T, Arita M “Rearrangement analysis of multiple bacterial genomes” BMC Bioinformatics 20 (Proceedings GIW 2019 in Australia; Suppl 23), 631, 2019<br />
Satti M, Tanizawa Y, Endo A, Arita M "Comparative analysis of probiotic bacteria based on a new definition of core genome" Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Proceedings GIW 2017), 16(3):1840012, 2018<br />
Tada I, Tanizawa Y, Arita M "Visualization of consensus genome structure without using a reference genome" BMC Genomics (Proceedings APBC 2017), 18(Suppl 2):208, 2017<br />
Arita M, Yoshimoto M, Suwa K, Hirai A, Kanaya S, Shibahara N, Tanaka K “Database for crude drugs and kampo medicine” Genome Informatics 25(1) Special Issue JSBi2010, 1-11, 2011<br />
Chang CW, Lyu PC, Arita M "Reconstructing phylogeny from metabolic substrate-product relationships" BMC Bioinformatics (Proceedings 9th APBC in Korea) 12(Suppl 1):S27, 2011<br />
Arita M, Suwa K, Yoshimoto M, Hirai A, Kanaya S "Ontology checking and integration of crude-drug and kampo information" Proceedings of the 2nd International Conference of Biomedical Engineering and Informatics (BMEI2009), Tianjin China, 3:1304-1307, 2009<br />
Horai H, Arita M, Ojima Y, Nihei Y, Kanaya S, Nishioka T "Traceable analysis of multiple-stage mass spectra through precursor-product annotations" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'09) (GI-Edition Lecture Notes in Informatics), Halle, Germany, 157:173-178, 2009<br />
Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Phase shifts of circadian transcripts in rat suprachiasmatic nucleus" Proceedings of the 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB2008), Lijiang China, 101-106, 2008<br />
Chen LC, Lin YC, Arita M, Tseng VS "A Novel Approach for Handling Missing Values in Microarray Data" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 45-50, 2008<br />
Wijekoon A, Kusano M, Arita M "Comparison of Gas Chromatography-Mass Spectrometry Data from Different Laboratories using Dynamic Programming" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 57-62, 2008<br />
Horai H, Arita M, Nishioka T "Comparison of ESI-MS Spectra in MassBank Database" Proceedings of the International Conference on BioMedical Engineering and Informatics (BMEI2008), Hainan China, 1:853-857, 2008<br />
Arita M, Tokimatsu T "Detection of monosaccharide types from coordinates" Proceedings of the 18th International Conference on Genome Informatics (Genome Informatics Series Vol.19), Singapore, 3-14, 2007 <br />
Okada K, Asai K, Arita M "Flow Model of the Protein-protein Interaction Network for Finding Credible Interactions." Proceedings of 5th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2007), Hong Kong, 2007<br />
Tuji H, Altaf-Ul-Amin Md, Arita M, Nishio H, Shinbo Y, Kurokawa K, Kanaya S "Comparison of Protein Complexes Predicted from PPI Networks by DPClus and Newman Clustering Algorithms" IPSJ Transactions on Bioinformatics, 47 (SIG17):31-41, 2006<br />
Oka H, Arita M "Searching Similar Motifs in Protein Interaction Networks" Proceedings of 1st International Workshop on Biomedical Data Engineering, Tokyo Japan, 52-59, 2005<br />
Ueno Y, Arita M, Kumagai T, Asai K "Processing sequence annotation data using the lua programming language" Proceedings of 14th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.14), Yokohama Japan, 154-163, 2003 <br />
Arita M, Tsuda K, Asai K "Modeling splicing sites with pairwise correlations." Bioinformatics (Proceedings 1st European Conference on Computational Biology, Saarbrucken Germany), 18:S27-S34, Oxford Univ Press, 2002 <br />
Kobayashi S, Kondo T, Arita M "On template method for DNA sequence design" Proceedings of 8th DNA Based Computers, Sapporo Japan, LNCS(2568) 205-214, Springer Verlag, 2002<br />
Arita M, Kobayashi S "The power of sequence design" Proceedings of 4th International Conference on Computational Intelligence and Multimedia Applications, Yokosuka Japan, 163-166, IEEE Press, 2001<br />
(Journal version listed above, titled "DNA sequence design using templates.")<br />
Komiya K, Sakamoto K, Gouzu H, Yokoyama S, Arita M, Nishikawa A, Hagiya M "Successive state transitions with I/O interface by molecules." Proceedings of 6th DNA Based Computers, Leiden Netherland, LNCS(2054) 17-26, Springer Verlag, 2001<br />
Arita M, Nishikawa A, Hagiya M, Komiya K, Gouzu H, Sakamoto K "Improving sequence design for DNA computing" Proceedings of 5th Gnenetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO'00), Las Vegas USA, 875-882, Morgan-Kaufmann, 2000<br />
Arita M, Asai K, Nishioka T "Reconstructing metabolic pathways with new enzyme classification" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'00), Heidelberg Germany, 99-106, Logos-Verlag, 2000<br />
Arita M "Bio-computing in the 21st century" Proceedings of 5th International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB'00), Ohita Japan, 737-740, 2000<br />
Arita M "Metabolic reconstruction using shortest path algorithm" Proceedings of 1st Conference on Modelling and Simulation in Biological, Medical, and Biomedical Engineering (BioMedSim'99), Paris France, 1-4, 1999<br />
(Journal version listed above, titled "Metabolic reconstruction using shortest paths.")<br />
Ueno Y, Asai K, Arita M "Integrating application programs for bioinformatics using a web browser" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 166-175, 1999 <br />
Arita M, Asai K, Nishioka T "Finding precursor compounds in secondary metabolism" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 113-120, 1999 <br />
Hagiya M, Arita M, Kiga D, Sakamoto K, Yokoyama S "Towards parallel evaluation and learning of boolean mu-formulas with molecules"<br />
DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:57-72, American Mathematics Society, 1999<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Solid phase DNA solution to the Hamiltonian path problem" DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:193-206, American Mathematics Society, 1999<br />
Arita M, Hagiya M, Suyama A "Joining and rotating data with molecules" Proceedings of IEEE 4th International Conference on Evolutional Computation (ICEC'97), Indianapolis USA, 243-248, IEEE Press, 1997<br />
Arita M, Suyama A, Hagiya M "A heuristic approach for Hamiltonian path problem with molecules" Proceedings of 2nd Annual Conference on Genetic Programming, Stanford USA, 457-462, Morgan Kaufmann, 1997<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Stepwise generation of Hamiltonian path with molecules" Proceedings of 1st International Conference on Biocomputing and Emergent Computation (BCEC'97), Skovde Sweden, 184-192, World Scientific, 1997<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" Proceedings of 1st International IEEE Symposium on Intelligence in Neural and Biological Systems (INBS '95), Washington DC. USA, 92-99, IEEE Press, 1995<br />
(Journal version listed above, with the same title.)<br />
Arita M "SIMFLY2: simulation of a fly embryo" Proceedings of 6th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 29-38, Universal Academy Press, 1995<br />
Arita M, Hagiya M, Shiratori T "GEISHA SYSTEM: an environment for simulating protein interaction" Proceedings of 5th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 80-90, Universal Academy Press, 1994<br />
}}<br />
<br />
==Reviews, Editorials, Book Chapters==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Arita M, Nakamura Y "Generating Publication-Ready Prokaryotic Genome Annotations with DFAST" Methods in Molecular Biology, 1962, 215-226, 2019<br />
Endo A, Tanizawa Y, Arita M "Isolation and Identification of Lactic Acid Bacteria from Environmental Samples" Methods in Molecular Biology, 1887, 3-13, 2019<br />
Endo A, Maeno S, Tanizawa Y, Kneifel W, Arita M, Dicks L, Salminen S "Fructophilic Lactic Acid Bacteria, a Unique Group of Fructose-Fermenting Microbes" Applied and Environmental Microbiology, 84(19), 2018<br />
Kind T, Tsugawa H, Cajka T, Ma Y, Lai Z, Mehta SS, Wohlgemuth G, Barupal DK, Showalter MR, Arita M, Fiehn O "Identification of small molecules using accurate mass MS/MS search" Mass Spectrometry Reviews, 37(4):513-532, 2018 doi: 10.1002/mas.21535<br />
Carroll AJ, Salek RM, Arita M, Kopka J, Walther D. "Editorial: Metabolome Informatics and Statistics: Current State and Emerging Trends" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 4:63, 2016<br />
Salek RM, Arita M, Dayalan S, Ebbels T, Jones AR, Neumann S, Rocca-Serra P, Viant MR, Vizcaino JA. "Embedding standards in metabolomics: the Metabolomics Society data standards task group" Metabolomics, 11(4), 782-783, 2015<br />
Arita M "From metabolic reactions to networks and pathways" Methods in Molecular Biology 804:93-106, Springer Verlag, 2012 ([[File:fromReactionsToPathways.pdf]])<br />
Arita M, Hagiya M, Takinoue M, Tanaka F "DNA Memory" In Handbook of Natural Computing (Volume II, Molecular Computation), Springer Verlag, 2011<br />
Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" Current Opinion in Biotechnology 20, 610-615, 2009 <br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Integrated omics approaches in plant systems biology" Current Opinion in Chemical Biology 13, 532–538, 2009<br />
Arita M, Fujiwara Y, Nakanishi Y "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM)" Chapter II.3 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 129-140, 2006<br />
Shinbo Y, Nakamura Y, Altaf-Ul-Amin Md, Asahi H, Kurokawa K, Arita M, Saito K, Ohta D, Shibata D, Kanaya S "KNApSAcK: A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database" Chapter II.6 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 165-184, 2006<br />
Arita M "Scale-freeness and biological networks" Journal of Biochemistry, 138, 1-4, Oxford Univ Press, 2005 <br />
Arita M, Robert M, Tomita M "All systems go: launching cell simulation fueled by integrated experimental biology data" Current Opinion in Biotechnology, 16(3), 344-349, Elsevier, 2005 <br />
Arita M "Introduction to the ARM Database: Database on Chemical Transformations in Metabolism for Tracing Pathways" Chapter 13 (pp.193-211) In Metabolomics: The Frontier of Systems Biology (Tomita M and Nishioka T eds.) Springer verlag, 2005<br />
Arita M "Writing Information Into DNA" In Aspects of Molecular Computing (Jonoska N, Paun G, and Rozenberg G eds.), LNCS(2950), 23-35, Springer Verlag, 2004 ([[File:writingInformationIntoDNA.pdf]])<br />
}}<br />
<br />
==総説、書籍==<br />
研究以外の連載や本は[[User:Aritalab/Masanori_Arita/Publication-J|こちら]]を御覧ください。<br />
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# 有田正規、遠藤 明仁, 多田 一風太, 谷沢 靖洋, 遠野 雅徳「データベースから発見されたガセリ菌のサブグループ」化学と生物, 56(7), 459-460, 2018<br />
# 有田正規、津川裕司 「化学とメタボロミクス」 化学, 72(2), 26-30, 2017<br />
# 津川裕司、有田正規 「生体内の低分子代謝産物を網羅的に捉えるための新技術」化学と生物, 54(3), 151-153, 2016<br />
# 有田 正規,...,望月 敦史(代表) 計11名[http://coop-math.ism.ac.jp/info/coop-math-life 「数学協働プログラム提言 数理生命科学」] 文部科学省 科学技術試験研究委託事業「数理・生命科学」WG（統計数理研究所） 12/26, 2014<br />
# 美宅 成樹ほか [http://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-22-h140917-1.pdf 「大容量情報時代の次世代生物学」] 日本学術会議 報告 (バイオインフォマティクス分科会), 9/17, 2014<br />
# 有田 正規「理系総合のための生命科学 第3版」羊土社 2013 (27章 生物情報科学)<br />
# 有田 正規（編）「使えるデータベース・ウェブツール」実験医学別冊 9月 29(15), 羊土社, 2011<br />
# 有田 正規 「代謝産物の検索に役立つデータベース：化合物の素性・素行を調べるウェブサイト」 実験医学9月号 Vol.28(14), 2301-2303, 2010<br />
# 有田 正規, 蓬莱 尚幸, 尾嶌 雄也, 二瓶 義人, 金谷 重彦, 西岡 孝明 「化合物情報とマススペクトルを活用するためのウェブ基盤」 CICSJ Bulletin, 27(2), 48-50, 日本化学会 情報化学部会, 2009<br />
# 有田正規, 諏訪和大 「Wikiによるフラボノイドのデータベース」実験医学増刊,「バイオデータベースとソフトウェア最前線」, 4月, 1148-1154, 羊土社, 2008<br />
# 福島敦史, 草野都, 有田正規, 斉藤和季 「植物メタボロミクス―代謝プロファイルからシステム解析へ」 実験医学, 1月号, 羊土社, 2008<br />
# 有田正規 「生体ネットワークをどう研究するべきか」 数理科学5月号(527)79-83, サイエンス社, 2007<br />
# 時松敏明, 有田正規 「代謝マップビューワで見るフラボノイド」 細胞工学, 25(12), 1388-1393, 2006<br />
# 小林徹也, 有田正規, 森下喜弘, 合原一幸 「細胞内現象のシステム的理解―今理論に何が求められているのか？」 システム/制御/情報 50(8), システム制御情報学会誌 2006<br />
# 杉峰伸明, 大塚一路, 有田正規, 合原一幸「ネットワーク的思考で生命現象をよみとく」（特集「意識・脳・身体の接続へ」）科学 76(3), 岩波書店 2006<br />
# 有田 正規 「スケールフリーにご用心」 蛋白質核酸酵素 12月号増刊「ゲノムから生命システムへ」50(16 Suppl), 2294-2299, 共立出版, 2005<br />
# 有田 正規、田口 良 「メタボロームによる脂質代謝パスウェイ解析」 実験医学増刊号 「ダイナミックに新展開する脂質研究 」23(6), 151-157, 羊土社, 2005<br />
# 有田 正規 「代謝マップを電子化するARMプロジェクト」CICSJ Bulletin, 22(4), 64-67, 日本化学会 情報化学部会, 2004<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの解析法」 バイオインダストリー 特集「システム生物学の最前線」21(9), 34-39, シーエムシー出版, 2004<br />
# 有田 正規 「ARMデータベース」（執筆分担） 冨田勝、西岡孝明（編） 「メタボローム研究の最前線」, シュプリンガー東京, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と高分子への応用」 炎症と免疫 11(6), 46-51, 先端医学社 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 蛋白質核酸酵素 48(7), 823-828, 共立出版, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝は原子レベルで記述しよう －電子化の意義と将来性－」 JITAニュース March, 16-19, 日本産業技術振興協会, 2003<br />
# 有田 正規 「ベイジアンネットとバイオインフォマティクス」 人工知能学会誌 17(5), 539-545, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と有用物質の生産」 実験医学 9月号 1868-1872, 羊土社, 2002<br />
#「DNAコンピュータ」（執筆分担。第4章配列設計担当） 萩谷昌己、横森貴（編）, 培風館, 148-164, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの情報解析」 日本計算工学会誌 6(1), 10-12, 2001<br />
# 有田 正規 「パスウェイマップの探索」 日本シミュレーション学会誌, vol.20(2), 16-20, 2001<br />
# 萩谷 昌己, 有田 正規 「分子計算とその物理的基礎」 日本物理学会誌, Vol.56, 6月号, 403-410, 2001<br />
# 有田 正規 「遺伝子ネットワークと確率モデル」 ベイジアンネットチュートリアル予稿集 (BN2001), 50-53, 2001<br />
# 有田 正規 「グラフで見る代謝」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.5, 149-156, 2000<br />
# 西川 明男, 有田 正規, 三好 直人, 萩谷 昌己 「DNA計算の塩基配列設計におけるバランスの指標について」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.16, 67-69, 2000<br />
# 有田 正規, 西岡 孝明 「生体内化学反応の階層分類」 バイオインダストリー 特集「バイオインフォマティクス」, 17(7), 45-50, シーエムシー出版 2000 (再掲: DNAチップ応用技術 II 第6章, 227-236, シーエムシー出版 2001)<br />
# 有田 正規 「DNA計算における配列設計」 数理科学 特集「分子コンピューティング」, No.445 七月号, 32-38, サイエンス社 2000 (再掲：数理科学 SGCライブラリ31 「分子コンピュータの現状と展望」 萩谷昌己編著, II章3, サイエンス社 2004)<br />
# 有田 正規 「代謝系の再構築」（執筆分担。第4章の1担当） ポストシークエンスのゲノム科学シリーズ 「ゲノム情報生物学」 高木利久、冨田勝（編）, 148-164, 中山書店 2000<br />
# 角野宏司, 有田正規, 萩谷昌己, 白取知樹 「Computing-as-Editing(CAEP)に基づいた数式処理システムのユーザ・インタフェース」 インタラクティブシステムとソフトウェアIII, レクチャーノート/ソフトウェア学, 12, 161-170, 近代科学社 1995<br />
<br />
==Invited Talks and Lectures==<br />
<small>¢ ... support of hotel & participation fee only</small><br />
# Arita M "Data sharing and the power of omics integration" 6th Global Forum of Leaders for Agricultural Science and Technology (GLAST), Chengdu, China, Nov 12 (12-14), 2019<br />
# Arita M, Noureen M "Consensis genome structure and cluster analysis strains from NAG" Helicobacter pylori Genome Project workshop, National Cancer Institute (NCI), Rockville, USA, 26 Aug (26-27), 2019<br />
# Arita M "Cheminformatics for Predicting Structures from Mass Spectra" 1st Annual Conference of Chinese Society of Metabolomics (plenary), Shanghai, China, 20 Apr (19-21), 2019<br />
# Arita M "Open genome analysis in the post-genomic era" International Workshop on Data Science, Mishima, 15 Nov (12-15), 2018<br />
# Arita M "Computational Metabolomics" 6th Annual Korea Metabolomics Society (plenary), Seoul, Korea, 6 Apr (5-6), 2018<br />
# Arita M "Distribution of Glycosphingolipids Revealed by LipidBank" International Life Science Integration Workshop, Tokyo, 5 Mar (5-6), 2018 ¢<br />
# Arita M "Identifying Metabolites with Theoretical References" The 26th International KOGO Annual Conference (plenary), Seoul, Korea, 6 Sep (6-8), 2017<br />
# Arita M "Prediction of Molecular Structures from their Spectra" The 4th International Conference on Plant Metabolism (ICPM 2017), 17 Jul (16-20), 2017<br />
# Arita M "Computational Mass Spectrometry" SLING workshop `Mass spectrometry-based lipidomics of human blood plasma' National University of Singapore, 2 May, 2017 (teleconference talk)<br />
# Arita M "Comprehensive Acquisition of MS/MS Spectra Benefits Database Research" 6th International Singapore Lipid Symposium, 1 Dec (Nov30-Dec1), 2015 ¢<br />
# Arita M "Impact of Metabolome Database in Plant Science" The 38th Naito Conference "Molecule-based biological systems", 8 Oct (7-10), Sapporo, Japan, 2014<br />
# Arita M "MassBank Past, Present and Future" Norman Massbank Workshop, 17 Sep (17-18), Duebendorf, Switzerland, 2014 (no travel support)<br />
# Arita M "Genetic, Protein, and Metabolic Networks: Which Choice Is Amenable to Modelling" International Conference on Mathematical Modeling and Applications (ICMMA 2013), 28 Nov (26-28), Tokyo, Japan, 2013<br />
# Arita M "Cyberinfrastructure for metabolomics and synthetic biology" International Symposium on Biotechnology for Green Growth, 24 Oct (24-26), Kobe, Japan, 2012 ¢<br />
# Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" International Conference of Research and Application on Traditional Complementary and Alternative Medicine (TCAM), 22 June (21-23), Muhammadiyah University of Surakarta (Indonesia), 2012<br />
# Arita M "Update on Lipid Databank and other lipidomics initiatives" EMBL-EBI Industry Programme & MetaboLights Project Workshop, 22 May, Hinxton, 2012<br />
# Arita M "Wiki-based Databases: Integration of knowledge through the web" C-NAIR Seminar Nasional, Gadjah Mada University (Indonesia) 5 Dec, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Structural Classification for PKS in Aspergilli" IUMS2011 (International Union of Microbiological Societies Congress), 9 Sep (6-10), Sapporo, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Knowledge Management using a Wiki-based System and its Application to Mass Spectra" EBI Seminar, 19 Apr, EBI, Hinxton UK, 2011<br />
# Arita M "Wiki-based platform for PKS in Aspergilli" Pacifichem, Dec 19 (15-20), Honolulu (Hawaii), 2010 ¢<br />
# Arita M "Circulating information and knowledge through a cyber-infrastructure" Mass Spectrometry Informatics in Systems Biology (MSiB) Oct 28-29, Helsinki, 2010 [JSPS Japan-Finland Bilateral Workshop (self-organized)]<br />
# Arita M "Integration of Flavonoid Information through Wiki" Satellite Symposium of 4th International Conference on Polyphenols and Health (ICPH2009), Dec 11 (7-11), Yorkshire England, 2009 ¢<br />
# Arita M "Web-based Resources for Metabolomics", Tutorial at the CBI-KSBSB joint conference (Bioinfo2009), Nov 4 (4-6), Haeundae Busan Korea, 2009 ¢<br />
# Arita M "Data Management of Cross-disciplinary Information using Wiki", 16th International Conference on Cytochrome P450, June 21 (21-25), Okinawa Japan, 2009<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Analysis using Wiki", The Sixth International Aspergillus Meeting (Asperfest 6), March 15-17, Monterey USA, 2009 ¢<br />
# Arita M "Wiki-based Database of Secondary Metabolites", JSPS-KOSEF Joint Seminar -Pioneering researches on fungal molecular biology-, November 19-20, Kanazawa Japan, 2008<br />
# Arita M "Computational Analysis of Metabolism" iPlant Mechanistic modeling grand challenge workshop, November 7-10, Biosphere2 Arizona USA, 2008<br />
# Arita M "Software Tools to Study Flavonoids", Systems Biology and Bioinformatics Symposium (SBBS07), March 27-29 Taipei Taiwan, 2007<br />
# Arita M "Databaes for Flavonoids and Measurement in Arabidopsis", 2nd International Symposium on Environmental Metabolomics, March 24-25, University of Louisville(KY), USA, 2007<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Chart for Flavonoid", 2nd Taiwan-Japan Bilateral Symposium on Bioinformatics, Nov 7-9, Tainan Taiwan, 2006<br />
# Arita M " Atomic-level analysis of metabolism and mass spectral database", Invited Lecture Course, May9-14, Center for Regulatory, Environmental, Analytical Metabolomics, University of Louisville(KY), USA, 2006<br />
# Arita M "Metabolomics in Japan and the Need for a Metabolic Map Editor", 1st Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics, March 13-17, Tokyo Japan, 2006 ¢<br />
# Arita M "ARM Database for Interactive Metabolic Maps", 1st International BioPAX Symposium, November 18, Tokyo Japan, 2005 ¢<br />
# Arita M "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism", 1st Louisville Symposium on Environmental Metabolomics, November 5-6, Louisville (KY) USA, 2005<br />
# Arita M "Interpretation of Metabolic Networks", 50th NIBB Conference, Structure and Dynamics of Complex Biological Networks, February 8-10, Okazaki Japan, 2005<br />
# Arita M "Scale-free Network and Biological Network", Invited Lecture Course, June 9 - 13, Centre National de la Recherche Scientifique, Marseille, France, 2004<br />
# Arita M "Computer Applications for Metabolome Analysis", ICSB2002 Satellite Meeting "Metabolome Analysis and Systems Biology", December 16, Stockholm Sweden, 2002 ¢<br />
# Arita M "Computer Applications for Comprehensive Metabolite Analysis", Cambridge Healthtech Institute's Second Annual Metabolic Profiling: Pathways in Discovery, December 2 - 3, Research Triangle Park (North Carolina) USA, 2002<br />
# Arita M "Atomic Representation of Metabolism", Invited Lecture Course, June26 - July 2, Department of Computer Science, University of Helsinki, Finland, 2002<br />
# Arita M "Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM) Project", Workshop on Protein Interaction and Clinical Data Analysis, May 28 - 31, National University of Singapore, 2002<br />
# Hagiya M. and Arita M "Several Approaches to Bio-simulation", International Symposium on Human Genome Project and Computer Science Sanjo Hall, March 9-10, Tokyo University, 1995 ¢<br />
<br />
==招待講演、トークイベント== <br />
# 有田 正規 「バイオインフォマティクスが推し進めるバイオの世界」バイオインフォマティクスフォーラム, 8/24, 那覇, 2019<br />
# 有田 正規 「データ時代における学術出版とデータベース」第90回日本医学図書館協会総会, 5/31, 2019<br />
# 有田 正規 「学術データは誰のものか」日本医学会第五回研究倫理教育研修会, 5/30, 東京, 2019<br />
# 有田 正規 「元素から眺める地球・生命・食事」静岡県保育所連合会東部支部総会, 5/14, 沼津, 2019<br />
# 有田 正規 「生薬情報のデータベース」薬用資源の持続的利用促進に関する研究会, 11/21, 草津（滋賀）, 2018<br />
# 有田 正規 「遺伝子から見た地球生命」静岡県教育研究会夏季研究大会（理科）, 8/8, 三島, 2018<br />
# 有田 正規 「生命科学データ共有のあり方」Japan Open Science Summit, 6/19, 東京, 2018<br />
# 有田 正規 「DNAレベルからみたミシマサイコ」ミシマサイコの会 3/24 三島 2018<br />
# 有田 正規 「たべものは体の中でどうなるか」三島遺伝学講座 3/4 三島 2018<br />
# 有田 正規 「これからのスペクトルデータベース」日本質量分析学会第65回質量分析総合討論会（基調講演） 5/17 つくば 2017<br />
# 有田 正規 津川裕司 「MS2スペクトルのフラグメンテーション解析と前駆体構造予測」日本分子生物学会年会 シンポジウム「生命システムを俯瞰するための質量分析情報解析技術とデータベースの活用」 11/30 横浜 2016<br />
# 有田 正規 「クリエイティブは毒か薬か」 三島市クリエイティブファクトリー 「うるまの部屋」第一回 9/16 2016<br />
# 有田 正規 「Comprehensive lipidomics and Mass/LipidBank databases」日本分子生物・生化学会大会（BMB2015）シンポジウム「リピドミクスから見えてきた脂質の新機能 –基礎から臨床まで-」12/4 神戸 2015<br />
# 有田 正規 「科学者から見た学術のオープン化」林和弘氏、有田正規氏講演会「オープンな知がイノベーションを生む -オープンサイエンスの潮流と図書館の可能性-」(東大新図書館トークイベント14) 10/17 東京 2015<br />
# 有田 正規 「代謝の杜:分子の食物連鎖」[http://izukeidai.tumblr.com/post/128890729785/%E5%A4%A7%E8%AC%9B%E5%A0%82%E3%82%A4%E3%82%BA%E3%82%B1%E3%83%BC%E5%A4%A7%E3%81%AB%E6%9C%AC%E7%89%A9%E3%81%AE%E6%95%99%E6%8E%88%E3%81%AE%E8%AC%9B%E7%BE%A9%E7%99%BB%E5%A0%B4%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80-1%E6%9C%89%E7%94%B0%E6%AD%A3%E8%A6%8F%E6%95%99%E6%8E%88-22%E6%97%A5 地域イベント伊豆経済大学] 9/22 三島 2015<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「ノンターゲットMS/MSによる藻類脂質の網羅的解析とデータベース化」 健康・長寿研究談話会（旧ホスファチジルセリン研究会）11/7 品川 2014<br />
# 有田 正規 "Database for Biology: which data deserve maintaining?" 第52回日本生物物理学会年会 シンポジウム「大容量生命情報時代の新しい生物学とは？」(兼オーガナイザ) 9/27 (25-27) 札幌 2014<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「藻類メタボロミクス：植物との違い」日本植物学会第78回大会シンポジウム「バイオリソースとゲノム情報から考える藻類研究の未来形」 9/12 (12-14) 東京 2014<br />
# 有田 正規 「マススペクトルのデータベースを使いこなす」第31回日本植物細胞分子生物学会 バイオインフォマティクス講習会 9/12 (10-12) 札幌 2013<br />
# 有田 正規 「和漢薬データベースの構築」日本薬学会第133年会 シンポジウム "和漢薬の科学基盤：共同研究による先駆的統合的解明" 3/29 (27-30) 横浜 2013<br />
# 有田 正規 「ポリケチド合成酵素の進化解析」革新的バイオマテリアル実現のための高機能化ゲノムデザイン技術開発キックオフシンポジウム 10/30 東京 2012<br />
# 有田 正規 「Knowledge Management using a Wiki-based System」 細胞を作る研究会 4.0 10/27(-28) 大阪 2011<br />
# 有田 正規 「コミュニティとして機能するためのインフラストラクチャ」第84会日本生化学会大会シンポジウム "ゲノムデザインの最前線" 9/22 (21-24) 京都 2011<br />
# 有田 正規 「ウェブを通じた生薬知識のアウトリーチ」南方資源利用技術研究会 11/26 那覇 2010<br />
# 長谷川禎彦 有田正規 「細胞内のノイズと遺伝子スイッチ」細胞を作る研究会 3.0 11/12(-13) 駒場 2010<br />
# 有田 正規 「Wikiを通じて学会をまとめよう 代謝データベースを例に」 第20回記念微生物資源ワークショップ 11/14 (13-14) 修善寺 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬の知識流通を促すウェブ基盤の構築」 第30回和漢医薬学総合研究所特別セミナー「和漢薬とインフォマティクス」 10/9, 富山 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬Wikiデータベースの開発」 第26回和漢医薬学会学術大会 メインテーマ企画「生薬とデータベース」 8/29 (29-30), 幕張 2009<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス解析におけるインフォマティクス」 日本薬物動態学会第２回ビジョン・シンポジウム 6/6 (5-6), 本郷 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるマススペクトルの共有と知識抽出」 日本質量分析学会 第57回質量分析総合討論会ワークショップ 「マススペクトルを日本発のツールで解析、整理しよう」 5/14, 大阪 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるオミクスデータ管理と知識発見」 農芸化学会大会シンポジウム「OMICSを基盤とした生物機能の戦略的高度化と物質生産」3/29 福岡 2009<br />
# 有田 正規 「百科事典とデータベースを区別できない生物学者」 BMB2008 日本分子生物・生化学会合同年会シンポジウム「最新メタボロミクス事情と植物科学への貢献」(兼オーガナイザ) 12/12 神戸 2008<br />
# 有田 正規 「バイオデータベースのあるべき姿」 第五回 コンビナトリアル・バイオエンジニアリング会議 11/7 大阪 2008<br />
# 有田 正規 「メタボロームデータベースを統合する：*Bankと*Wiki」 第2回メタボロームシンポジウム(兼実行委員) 10/30 鶴岡 2008<br />
# 有田 正規 「Wiki をもちいたデータベース設計」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第7回連携研究会 9/13, Spring-8普及棟 2008<br />
# 有田 正規 「ウィキによるフラボノイドのデータベース」 日本植物生理学会年会 シンポジウム「データベースの中に築く生物像」 3/20, 札幌 2008<br />
# 有田 正規 「化学構造と植物種をつなぐフラボノイドデータベース」 日本化学会 化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム 12/7, 東京 2007<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス －代謝を研究する新しいOmics分野－」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第六回連携研究会 8/4, Spring-8普及棟 2007<br />
# 有田 正規 「マススペクトルデータベースMassBankの検索技法」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会ワークショップ 「ケミカルバイオロジーとマススペクトルデータベース」 5/15, 広島 2007<br />
# 有田 正規 「原子レベルでみる代謝ネットワーク」 京大理 数学教室 研究集会「スケールフリーネットワークとランダムグラフ」 1/27, けいはんな 2007<br />
# 有田 正規 「化学構造データベースから代謝経路へ」 奈良先端大 植物科学研究教育推進ユニットワークショップ 「植物研究にいかに役立てるか、『システム生物学』」 12/12, 奈良 2006<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップによるメタボローム解析」 日本医用マススペクトル学会 シンポジウム 「メタボローム解析への質量分析の応用」9/29, 名古屋 2006<br />
# 有田 正規 「バクテリアの代謝はどこまでわかっているか」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第五回連携研究会 8/12, Spring-8普及棟 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ 」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロミクスとバイオインフォマティクス」5/26, 大阪 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームは本当に網羅的か」 日本分子生物学会 年会シンポジウム 12/7, 福岡 2005<br />
# 有田 正規「バイオインフォマティクスの環境バイオへの適用可能性」 環境バイオ・新規提案検討国際ワークショップ －微生物集団機能の高効率利用・デザイン化技術の創出のために－ 10/21, 東京 2005<br />
# 有田 正規「生体ネットワークの大域情報と局所情報をつなぐソフトウェア」 第10回分生研シンポジウム「情報生物学」9/22, 東京 2005<br />
# 有田 正規「代謝のネットワークとスケールフリー性」 日本数理生物学会 第15回大会シンポジウム 「複雑ネットワークの展開」 9/16, 横浜 2005<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」5/26, 大宮 2005<br />
# 有田 正規 「マップエディタを用いたオンデマンドの代謝解析」 日本農芸化学会シンポジウム「モノづくりの代謝工学」 3/29, 札幌 2005<br />
# 有田 正規 「代謝のネットワーク解析：大域的特徴から分子構造変化まで」 (財)新世代研究所 中性子生体ナノマシン・バイオナノ合同研究会 1/28, 東海村 2005<br />
# 有田 正規 「お気楽マップエディタによる代謝解析」 日本分子生物学会 年会ワークショップ 「メタボローム研究の新展開」 12/10, 神戸 2004<br />
# 有田 正規 「生物ネットワークとスケールフリー性」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「分子ネットワークのシステム特性」 10/16, 横浜 2004<br />
# 有田 正規 「脂質代謝を原子レベルで表現するデータベース」 日本脂質栄養学会 第13回大会 9/3, 酒田 2004<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップに基づくメタボローム解析」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」6/4, 名古屋 2004<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と機能予測」 新資源生物変換研究会シンポジウム 12/5, 東京 2003<br />
# 有田 正規 「代謝データベースとその盲点」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「メタボローム研究の最前線」 10/15, 横浜 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「ポストゲノム時代を担う若手研究者」 5/16, つくば 2003<br />
# 有田 正規 「ARMプロジェクト： 細胞内代謝の電子化技術」 基礎生物学研究所研究会「生命科学におけるInformaticsと Mathematics」 3/11-12, 岡崎 2003<br />
# 有田 正規 「大腸菌の代謝経路再構築」 JST異分野研究者交流フォーラム 3/1-2, 大仁 2002<br />
# 有田 正規 「計算論的バイオテクノロジー」 計測自動制御学会 第7回創発システムシンポジウム「創発夏の学校」, 8/24-26, 富山, 2001<br />
<br />
==Meeting series and Workshops==<br />
* AYRCOB Conference Series (http://ayrcob.org/) 2008-2016<br />
* International Metabolomics Society<br />
** Board Member (2014 Oct-2016 Sep)<br />
** Organization and talks<br />
*** Workshop "Data Sharing and Standardisation" (SF, 29 Jun, 2015; Dublin, 27 Jun 2016; Brisbane, 26 Jun, 2017)<br />
*** NSF-JST "Metabolomics for a Low Carbon Society", San Francisco, 28 Jun 2015<br />
*** JST-NSF "Metabolomics Measurement Technology and Application" Tsuruoka, 23 Jun 2014<br />
* Annual Metabolome Symposium (domestic) 2006-2018<br />
** Mishima meeting (2015)<br />
* NII Shonan meeting "Computational metabolomics", March 20-23, Shonan, 2017 (organizer)<br />
* NIG International Symposium (commemorating DDBJ 30th) "Life, Environment and Evolution revealed by Genomes" (general chair)<br />
* ROIS International Workshop on Data Science (DSWS2018) "Present & Future of Open Data & Open Science" (local organizer)</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/User:Aritalab/Masanori_Arita/PublicationUser:Aritalab/Masanori Arita/Publication2019-12-09T15:15:04Z<p>Adm: /* Invited Talks and Lectures */</p>
<hr />
<div>==Refereed Journal Articles==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kajikawa A, Kanesaki Y, Kubota E, Arita M, Dicks L, Endo A "A pseudo-fructophilic Leuconostoc citreum strain F192-5 isolated from the peel of satsuma mandarin" Applied and Environmental Microbiology, 2019<br />
Modesto M, Satti M, Watanabe K, Sciavilla P, Felis GE, Sandri C, Spiezio C, Arita M, Mattarelli P "Alloscardovia theropitheci sp. nov., isolated from the faeces of gelada baboon, the 'bleeding heart' monkey (Theropithecus gelada)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2019<br />
Tsugawa H, Satoh A, Uchino H, Cajka T, Arita M, Arita M "Mass Spectrometry Data Repository Enhances Novel Metabolite Discoveries with Advances in Computational Metabolomics" Metabolites 9(6):E119, 2019<br />
Modesto M, Watanabe K, Arita M, Satti M, Oki K, Sciavilla P, Patavino C, Cammà C, Michelini S, Sgorbati B, Mattarelli P "Bifidobacterium jacchi sp. nov., isolated from the faeces of a baby common marmoset (Callithrix jacchus)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 69(8):2477-2485, 2019<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Arita M, Nakamura Y "Generating Publication-Ready Prokaryotic Genome Annotations with DFAST" Methods in Molecular Biology, 1962, 215-226, 2019<br />
Tsugawa H, Nakabayashi R, Mori T, Yamada Y, Takahashi M, Rai A, Sugiyama R, Yamamoto H, Nakaya T, Yamazaki M, Kooke R, Bac-Molenaar JA, Oztolan-Erol N, Keurentjes JJB, Arita M, Saito K "A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms" Nature Methods, 16(4), 295-298, 2019<br />
Endo A, Tanizawa Y, Arita M "Isolation and Identification of Lactic Acid Bacteria from Environmental Samples" Methods in Molecular Biology, 1887, 3-13, 2019<br />
Itoh H, Matsui M, Miyamura Y, Takeda I, Ishii J, Kumagai T, Machida M, Shibata T, Arita M "Biosynthesis of Novel Statins by Combining Heterologous Genes from Xylaria and Aspergillus" ACS Synthetic Biology, 7(12), 2783-2789, 2018<br />
Burla B, Arita M, Arita M, Bendt AK, Cazenave-Gassiot A, Dennis EA, Ekroos K, Han X, Ikeda K, Liebisch G, Lin MK, Loh TP, Meikle PJ, Orešič M, Quehenberger O, Shevchenko A, Torta F, Wakelam MJO, Wheelock CE, Wenk MR "MS-based lipidomics of human blood plasma: a community-initiated position paper to develop accepted guidelines" Journal of Lipid Research, 59(10), 2001-2017, 2018<br />
Tanizawa Y, Tada I, Kobayashi H, Endo A, Maeno S, Toyoda A, Arita M, Nakamura Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Tohno M "Lactobacillus paragasseri sp. nov., a sister taxon of Lactobacillus gasseri, based on whole-genome sequence analyses" International journal of systematic and evolutionary microbiology 68: 3512-3517, 2018<br />
Tanaka W, Arita M "Physicochemical Prediction of Metabolite Fragmentation in Tandem Mass Spectrometry" Mass Spectrometry (Tokyo), 7(1):A0066, 2018<br />
Itoh H, Miura A, Matsui M, Arazoe T, Nishida K, Kumagai T, Arita M, Tamano K, Machida M, Shibata T "Knockout of the SREBP system increases production of the polyketide FR901512 in filamentous fungal sp. No. 14919 and lovastatin in Aspergillus terreus ATCC20542" Applied Microbiology and Biotechnology, 102(3):1393-1405, 2018<br />
Lai Z, Tsugawa H, Wohlgemuth G, Mehta S, Mueller M, Zheng Y, Ogiwara A, Meissen J, Showalter M, Takeuchi K, Kind T, Beal P, Arita M, Fiehn O "Identifying metabolites by integrating metabolome databases with mass spectrometry cheminformatics" Nature Methods 15:53-56, 2018<br />
Tohno M, Tanizawa Y, Irisawa T, Masuda T, Sakamoto M, Arita M, Ohkuma M, Kobayashi H "Lactobacillus silagincola sp. nov. and Lactobacillus pentosiphilus sp. nov., isolated from silage" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 67(9):3639-3644, 2017<br />
Tanizawa Y, Kobayashi H, Kaminuma E, Sakamoto M, Ohkuma M, Nakamura Y, Arita M, Tohno M "Genomic characterization reconfirms the taxonomic status of Lactobacillus parakefiri" Bioscience of microbiota food and health 36(3):129-134, 2017<br />
Tada I, Tanizawa Y, Endo A, Tohno M, Arita M "Revealing the genomic differences between two subgroups in Lactobacillus gasseri" Bioscience of microbiota food and health 36(4):155-159, 2017 <br />
Tsugawa H, Ikeda K, Tanaka W, Senoo Y, Arita M, Arita M "Comprehensive identification of sphingolipid species by in silico retention time and tandem mass spectral library" Journal of Cheminformatics 9:19, 2017 doi: 10.1186/s13321-017-0205-3<br />
Wohlgemuth G, Mehta SS, Mejia RF, Neumann S, Pedrosa D, Pluskal T, Schymanski EL, Willighagen EL, Wilson M, Wishart DS, Arita M, Dorrestein PC, Bandeira N, Wang M, Schulze T, Salek RM, Steinbeck C, Nainala VC, Mistrik R, Nishioka T, Fiehn O "SPLASH, a hashed identifier for mass spectra" Nature Biotechnol 34(11):1099-1101, 2016<br />
Padermshoke A, Ogawa T, Nishio K, Nakazawa M, Nakamoto M, Okazawa A, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Critical Involvement of Environmental Carbon Dioxide Fixation to Drive Wax Ester Fermentation in Euglena" PLoS ONE 11(9):e0162827, 2016<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kanesaki Y, Kubota E, Kumar H, Dicks L, Salminen S, Nakagawa J, Arita M, Endo A "Genomic characterization of a fructophilic bee symbiont Lactobacillus kunkeei reveals its niche-specific adaptation" Syst Appl Microbiol 39(8):516-526, 2016<br />
Yamada O, Machida M, Hosoyama A, Goto M, Takahashi T, Futagami T, Yamagata Y, Takeuchi M, Kobayashi T, Koike H, Abe K, Asai K, Arita M, Fujita N, Fukuda K, Higa KI, Horikawa H, Ishikawa T, Jinno K, Kato Y, Kirimura K, Mizutani O, Nakasone K, Sano M, Shiraishi Y, Tsukahara M, Gomi K "Genome sequence of Aspergillus luchuensis NBRC 4314" DNA Research 23(6):507-515, 2016<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M "DFAST and DAGA: web-based integrated genome annotation tools and resources" Biosci Microbiota Food Health. 35(4):173-184, 2016<br />
Tsugawa H, Kind T, Nakabayashi R, Yukihira D, Tanaka W, Cajka T, Saito K, Fiehn O, Arita M. "Hydrogen Rearrangement Rules: Computational MS/MS Fragmentation and Structure Elucidation Using MS-FINDER Software" Analytical Chemistry 88(16):7946-7958, 2016<br />
Sriyudthsak K, Mejia RF, Arita M, Hirai MY. "PASMet: a web-based platform for prediction, modelling and analyses of metabolic systems" Nucleic Acids Research, 44(W1):W205-211, 2016<br />
Mukaida S, Ogawa T, Ohishi K, Tanizawa Y, Ohta D, Arita M. "The effect of rapamycin on biodiesel-producing protist Euglena gracilis" Biosci Biotechnol Biochem, 80:1223-1229, 2016<br />
Rocca-Serra P, Salek RM, Arita M, Correa E, Dayalan S, Gonzalez-Beltran A, Ebbels T, Goodacre R, Hastings J, Haug K, Koulman A, Nikolski M, Oresic M, Sansone SA, Schober D, Smith J, Steinbeck C, Viant MR, Neumann S "Data standards can boost metabolomics research, and if there is a will, there is a way" Metabolomics 12(1):14, 2016<br />
Endo A, Tanizawa Y, Tanaka N, Maeno S, Kumar H, Shiwa Y, Okada S, Yoshikawa H, Dicks L, Nakagawa J, Arita M "Comparative genomics of Fructobacillus spp. and Leuconostoc spp. reveals niche-specific evolution of Fructobacillus spp." BMC Genomics 16(1):1117, 2015<br />
Tanaka K, Arita M, Sakurai H, Ono N, Tezuka Y "Analysis of Chemical Properties of Edible and Medicinal Ginger by Metabolomics Approach" Biomed Research International 2015:671058, 2015<br />
Tsugawa H, Cajka T, Kind T, Ma Y, Higgins B, Ikeda K, Kanazawa M, VanderGheynst J, Fiehn O, Arita M "MS-DIAL: data-independent MS/MS deconvolution for comprehensive metabolome analysis" Nature Methods 12(6), 523-526, 2015<br />
Li D, Ono N, Sato T, Sugiura T, Altaf-Ul-Amin M, Ohta D, Suzuki H, Arita M, Tanaka K, Ma Z, Kanaya S "Targeted Integration of RNA-Seq and Metabolite Data to Elucidate Curcuminoid Biosynthesis in Four Curcuma Species" Plant Cell Physiology, 56(5), 843-851, 2015<br />
Ara T, Enomoto M, Arita M, Ikeda C, Kera K, Yamada M, Nishioka T, Ikeda T, Nihei Y, Shibata D, Kanaya S, Sakurai N "Metabolonote: a wiki-based database for managing hierarchical metadata of metabolome analyses" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 3:38, 2015<br />
Tanizawa Y, Tohno M, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M "Complete genome sequence and analysis of Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260(T), a psychrotrophic lactic acid bacterium isolated from silage" BMC Genomics, 16:240, 2015<br />
Tanaka K, Arita M, Li D, Ono N, Tezuka Y, Kanaya S "Metabolomic Characterization of a Low Phytic Acid and High Anti-oxidative Cultivar of Turmeric" Natural Product Communications, 10(2), 329-334, 2015<br />
Tsugawa H, Ohta E, Izumi Y, Ogiwara A, Yukihira D, Bamba T, Fukusaki E, Arita M "MRM-DIFF: Data Processing Strategy for Differential Analysis in Large Scale MRM-based Lipidomics Studies" Frontiers in Genetics, 5:471, 2015<br />
Hasegawa Y, Arita M "Optimal implementations for reliable circadian clocks" Physical Review Letters, 113(10), 108101, 2014<br />
Tsugawa H, Kanazawa M, Ogiwara A, Arita M "MRMPROBS suite for metabolomics using large-scale MRM assays" Bioinformatics, 30(16), 2379-2380, 2014<br />
Furuhashi T, Ogawa T, Nakai R, Nakazawa M, Okazawa A, Padermschoke A, Nishio K, Hirai MY, Arita M, Ohta D "Wax ester and lipophilic compound profiling of Euglena gracilis by gas chromatography-mass spectrometry: toward understanding of wax ester fermentation under hypoxia" Metabolomics, 11(1), 175-183, 2015<br />
Ogawa T, Furuhashi T, Okazawa A, Nakai R, Nakazawa M, Kind T, Fiehn O, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Exploration of Polar Lipid Accumulation Profiles in Euglena gracilis Using LipidBlast, a MS/MS Spectral Library Constructed in Silico" Bioscience Biotechnology and Biochemistry 78(1), 14-18, 2014<br />
Hasegawa Y, Arita M "Circadian clocks optimally adapt to sunlight for reliable synchronization" Journal of the Royal Society Interface 11(92):20131018, 2014<br />
Tsugawa H, Arita M, Kanazawa M, Ogiwara A, Bamba T, Fukusaki E "MRMPROBS: Data Assessment and Metabolite Identification Tool for Large-scale MRM-based Widely Targeted Metabolomics" Analytical Chemistry, 85(10), 5191–5199, 2013<br />
Hasegawa Y, Arita M "Enhanced entrainability of genetic oscillators by period mismatch" Journal of the Royal Society Interface 10(81) 20121020, 2013<br />
Hasegawa Y, Arita M "Fluctuating noise drives Brownian transport" Journal of the Royal Society Interface 9(77), 3554-3363, 2012<br />
Peng CH, Lin SH, Peng SC, Lyu PC, Arita M, Tang CY "Feature Identification of Compensatory Gene Pairs without Sequence Homology in Yeast" Comparative and Functional Genomics 2012(653174), 2012<br />
Lin SH, Yoshimoto M, Lyu PC, Tang CY, Arita M "Phylogenomic and Domain Analysis of Iterative Polyketide Synthases in Aspergillus Species" Journal of Evolutionary Bioinformatics, 7:1-14, 2012<br />
Hasegawa Y, Arita M "Escape Process and Stochastic Resonance Under Noise Intensity Fluctuation" Physics Letters A, 375, 3450-3458, 2011<br />
Redestig H, Kusano M, Ebana K, Kobayashi M, Oikawa A, Okazaki Y, Matsuda F, Arita M, Fujita N, Saito K "Exploring molecular backgrounds of quality traits in rice by predictive models based on high-coverage metabolomics" BMC Systems Biology 5(1):176, 2011<br />
Tsugawa H, Tsujimoto Y, Arita M, Bamba T, Fukusaki E "GC/MS based metabolomics: development of a data mining system for metabolite identification by using soft independent modeling of class analogy (SIMCA)" BMC Bioinformatics 12:131, 2011<br />
Scalbert A, Andres-Lacueva C, Arita M, Kroon P, Manach C, Urpi-Sarda M, Wishart D "Databases on Food Phytochemicals and Their Health-Promoting Effects" Journal of Agricultural and Food Chemistry 59(9), 4331-4348, 2011<br />
Hasegawa Y, Arita M "Noise-intensity fluctuation in Langevin model and its higher-order Fokker–Planck equation" Physica A 390(6) 1051-1063, 2011<br />
Tanaka K, Hayashi K, Fahad A, Arita M "Multi-stage mass spectrometric analysis of saponins in glycyrrhiza radix" Natural Product Communications 6(1):7-10, 2011<br />
Kusano M, Redestig H, Hirai T, Oikawa A, Matsuda F, Fukushima A, Arita M, Watanabe S, Yano M, Hiwasa-Tanase K, Ezura H, Saito K "Covering chemical diversity of genetically-modified tomatoes using metabolomics for objective substantial equivalence assessment" PLoS One 6(2):e16989, 2011<br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Metabolomic correlation-network modules in Arabidopsis based on a graph-clustering approach" BMC Systems Biology 5:1, 2011<br />
Horai H, Arita M, Kanaya S, Nihei Y, Ikeda T, Suwa K, Ojima Y, Tanaka K, Tanaka S, Aoshima K, Oda Y, Kakazu Y, Kusano M, Tohge T, Matsuda F, Sawada Y, Hirai MY, Nakanishi H, Ikeda K, Akimoto N, Maoka T, Takahashi H, Ara T, Sakurai N, Suzuki H, Shibata D, Neumann S, Iida T, Tanaka K, Funatsu K, Matsuura F, Soga T, Taguchi R, Saito K, Nishioka T "MassBank: a public repository for sharing mass spectral data for life sciences" Journal of Mass Spectrometry 45(7), 703-714, 2010<br />
Redestig H, Kusano M, Fukushima A, Matsuda F, Saito K, Arita M "Consolidating metabolite identifiers to enable contextual and multi-platform metabolomics data analysis" BMC Bioinformatics 11:214, 2010<br />
Hasegawa Y, Arita M "Bistable stochastic processes in the q-exponential family" Physica A 389(21):4450-4461, 2010<br />
Takemoto K, Arita M "Nested structure acquired through simple evolutionary process" Journal of Theoretical Biology 264(3), 782-786, 2010<br />
Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Period–phase map: two-dimensional selection of circadian rhythm-related genes" IET System Biology 3(6), 487-495, 2009 <br />
Fukushima A, Kanaya S, Arita M "Characterizing gene coexpression modules in Oryza sativa based on a graph-clustering approach" Plant Biotechnology 26, 485-493, 2009<br />
Redestig H, Fukushima A, Stenlund H, Moritz T, Arita M, Saito K, Kusano M "Compensation for systematic cross-contribution improves normalization of mass spectrometry based metabolomics data" Analytical Chemistry 81(19), 7974-7980, 2009 <br />
Hasegawa Y, Arita M "Properties of the maximum q-likelihood estimator for independent random variables" Physica A 388, 3399-3412, 2009<br />
Takemoto K, Arita M "Heterogeneous distribution of metabolites across plant species" Physica A 388(13), 2771-2780, 2009<br />
Arita M "A pitfall of wiki solution for biological databases" Briefings Bioinformatics 10(3), 295-296, 2009<br/>Interview article by a web magazine "Bioinform" in Jan 2009<br />
Fukushima A, Wada M, Kanaya S, Arita M "SVD-based anatomy of gene-expression for correlation analysis in Arabidopsis thaliana" DNA research 15(6), 367-374, 2008 <br />
Arita M, Suwa K "Search extension transforms Wiki into a relational system: a case for flavonoid metabolite database" BMC BioData Mining 1:7, 2008 <br />
Sato S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Time-resolved metabolomics reveals metabolic modulation in rice foliage" BMC Systems Biology 2:51, 2008 <br />
Kusano M, Fukushima A, Arita M, Jonsson P, Moritz T, Kobayashi M, Hayashi N, Tohge T, Saito K "Unbiased characterization of genotype-dependent metabolic regulations by metabolo mic approach in Arabidopsis thaliana" BMC Systems Biology 1:53, 2007 <br />
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Automated classification of alternative splicing and transcriptional initiation and construction of visual database of classified patterns" Bioinformatics 22(10), 1211-1216, 2006 <br />
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Species-specific variation of alternative splicing and transcriptional initiation in six eukaryotes" Gene 364, 53-62, 2005 <br />
Arita R, Arita M, Kawai M, Mashima Y, Yamada M "Evaluation of corneal endothelial pump function with a cold stress test" Cornea 24(5), 571-575, 2005 <br />
Sugimoto M, Kikuchi S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Large-scale prediction of cationic metabolite identity and migration time in capillary electrophoresis mass spectrometry using artificial neural networks" Analytical Chemistry 77(1), 78-84, 2005 <br />
Arita M, Ohashi Y "Secret signatures inside genomic DNA" Biotechnology Progress 20(5), 1605-1607, 2004 <br />
Hirai MY, Yano M, Goodenowe DB, Kanaya S, Kimura T, Awazuhara M, Arita M, Fujiwara T, Saito K "Integration of transriptomics and metabolomics for understanding of global responses to nutritional stresses in Arabidopsis thaliana" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(27), 10205-10210, 2004 <br />
Arita M "Computational resources for metabolomics" Briefings in Functional Genomics and Proteomics 3(1), 84-93, 2004 <br />
Arita M "Comma-free design for DNA words" Communications of the ACM, 47(5), 99-100, 2004 <br />
Arita M "The metabolic world of Escherichia coli is not small" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(6), 1543-1547, 2004 <br />
Yamazaki Y, Kitajima M, Arita M, Takayama H, Sudo H, Yamazaki M, Aimi N, Saito K "Biosynthesis of camptothecin. In silico and in vivo tracer study from [1-13C]glucose" Plant Physiology 134(1), 161-170, 2004 <br />
Arita M "In silico Atomic tracing by substrate-product relationships in Escherichia coli intermediary metabolism" Genome Research 13(11), 2455-2466, 2003 <br />
Kikuchi S, Tominaga D, Arita M, Takahashi K, Tomita M "Dynamic modeling of genetic networks using genetic algorithm and S-system" Bioinformatics 19(5), 643-650, 2003 <br />
Arita M, Kobayashi S "DNA sequence design using templates" New Generation Computing 20(3), 263-277, 2002 <br />
Arita M "Graph modeling of metabolism" Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence (JSAI), 15(4), 703-710, 2000<br />
Arita M "Metabolic reconstruction using shortest paths" Simulation Practice and Theory 8(2), 109-125, 2000<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" International Journal of Artificial Intelligence Tools 4(4), 511-524, 1995<br />
}}<br />
<br />
==Refereed Conference Proceedings==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Satti M, Tanizawa Y, Endo A, Arita M "Comparative analysis of probiotic bacteria based on a new definition of core genome" Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Proceedings GIW 2017), 16(3):1840012, 2018<br />
Tada I, Tanizawa Y, Arita M "Visualization of consensus genome structure without using a reference genome" BMC Genomics (Proceedings APBC 2017), 18(Suppl 2):208, 2017<br />
Arita M, Yoshimoto M, Suwa K, Hirai A, Kanaya S, Shibahara N, Tanaka K “Database for crude drugs and kampo medicine” Genome Informatics 25(1) Special Issue JSBi2010, 1-11, 2011<br />
Chang CW, Lyu PC, Arita M "Reconstructing phylogeny from metabolic substrate-product relationships" BMC Bioinformatics (Proceedings 9th APBC in Korea) 12(Suppl 1):S27, 2011<br />
Arita M, Suwa K, Yoshimoto M, Hirai A, Kanaya S "Ontology checking and integration of crude-drug and kampo information" Proceedings of the 2nd International Conference of Biomedical Engineering and Informatics (BMEI2009), Tianjin China, 3:1304-1307, 2009<br />
Horai H, Arita M, Ojima Y, Nihei Y, Kanaya S, Nishioka T "Traceable analysis of multiple-stage mass spectra through precursor-product annotations" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'09) (GI-Edition Lecture Notes in Informatics), Halle, Germany, 157:173-178, 2009<br />
Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Phase shifts of circadian transcripts in rat suprachiasmatic nucleus" Proceedings of the 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB2008), Lijiang China, 101-106, 2008<br />
Chen LC, Lin YC, Arita M, Tseng VS "A Novel Approach for Handling Missing Values in Microarray Data" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 45-50, 2008<br />
Wijekoon A, Kusano M, Arita M "Comparison of Gas Chromatography-Mass Spectrometry Data from Different Laboratories using Dynamic Programming" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 57-62, 2008<br />
Horai H, Arita M, Nishioka T "Comparison of ESI-MS Spectra in MassBank Database" Proceedings of the International Conference on BioMedical Engineering and Informatics (BMEI2008), Hainan China, 1:853-857, 2008<br />
Arita M, Tokimatsu T "Detection of monosaccharide types from coordinates" Proceedings of the 18th International Conference on Genome Informatics (Genome Informatics Series Vol.19), Singapore, 3-14, 2007 <br />
Okada K, Asai K, Arita M "Flow Model of the Protein-protein Interaction Network for Finding Credible Interactions." Proceedings of 5th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2007), Hong Kong, 2007<br />
Tuji H, Altaf-Ul-Amin Md, Arita M, Nishio H, Shinbo Y, Kurokawa K, Kanaya S "Comparison of Protein Complexes Predicted from PPI Networks by DPClus and Newman Clustering Algorithms" IPSJ Transactions on Bioinformatics, 47 (SIG17):31-41, 2006<br />
Oka H, Arita M "Searching Similar Motifs in Protein Interaction Networks" Proceedings of 1st International Workshop on Biomedical Data Engineering, Tokyo Japan, 52-59, 2005<br />
Ueno Y, Arita M, Kumagai T, Asai K "Processing sequence annotation data using the lua programming language" Proceedings of 14th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.14), Yokohama Japan, 154-163, 2003 <br />
Arita M, Tsuda K, Asai K "Modeling splicing sites with pairwise correlations." Bioinformatics (Proceedings 1st European Conference on Computational Biology, Saarbrucken Germany), 18:S27-S34, Oxford Univ Press, 2002 <br />
Kobayashi S, Kondo T, Arita M "On template method for DNA sequence design" Proceedings of 8th DNA Based Computers, Sapporo Japan, LNCS(2568) 205-214, Springer Verlag, 2002<br />
Arita M, Kobayashi S "The power of sequence design" Proceedings of 4th International Conference on Computational Intelligence and Multimedia Applications, Yokosuka Japan, 163-166, IEEE Press, 2001<br />
(Journal version listed above, titled "DNA sequence design using templates.")<br />
Komiya K, Sakamoto K, Gouzu H, Yokoyama S, Arita M, Nishikawa A, Hagiya M "Successive state transitions with I/O interface by molecules." Proceedings of 6th DNA Based Computers, Leiden Netherland, LNCS(2054) 17-26, Springer Verlag, 2001<br />
Arita M, Nishikawa A, Hagiya M, Komiya K, Gouzu H, Sakamoto K "Improving sequence design for DNA computing" Proceedings of 5th Gnenetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO'00), Las Vegas USA, 875-882, Morgan-Kaufmann, 2000<br />
Arita M, Asai K, Nishioka T "Reconstructing metabolic pathways with new enzyme classification" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'00), Heidelberg Germany, 99-106, Logos-Verlag, 2000<br />
Arita M "Bio-computing in the 21st century" Proceedings of 5th International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB'00), Ohita Japan, 737-740, 2000<br />
Arita M "Metabolic reconstruction using shortest path algorithm" Proceedings of 1st Conference on Modelling and Simulation in Biological, Medical, and Biomedical Engineering (BioMedSim'99), Paris France, 1-4, 1999<br />
(Journal version listed above, titled "Metabolic reconstruction using shortest paths.")<br />
Ueno Y, Asai K, Arita M "Integrating application programs for bioinformatics using a web browser" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 166-175, 1999 <br />
Arita M, Asai K, Nishioka T "Finding precursor compounds in secondary metabolism" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 113-120, 1999 <br />
Hagiya M, Arita M, Kiga D, Sakamoto K, Yokoyama S "Towards parallel evaluation and learning of boolean mu-formulas with molecules"<br />
DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:57-72, American Mathematics Society, 1999<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Solid phase DNA solution to the Hamiltonian path problem" DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:193-206, American Mathematics Society, 1999<br />
Arita M, Hagiya M, Suyama A "Joining and rotating data with molecules" Proceedings of IEEE 4th International Conference on Evolutional Computation (ICEC'97), Indianapolis USA, 243-248, IEEE Press, 1997<br />
Arita M, Suyama A, Hagiya M "A heuristic approach for Hamiltonian path problem with molecules" Proceedings of 2nd Annual Conference on Genetic Programming, Stanford USA, 457-462, Morgan Kaufmann, 1997<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Stepwise generation of Hamiltonian path with molecules" Proceedings of 1st International Conference on Biocomputing and Emergent Computation (BCEC'97), Skovde Sweden, 184-192, World Scientific, 1997<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" Proceedings of 1st International IEEE Symposium on Intelligence in Neural and Biological Systems (INBS '95), Washington DC. USA, 92-99, IEEE Press, 1995<br />
(Journal version listed above, with the same title.)<br />
Arita M "SIMFLY2: simulation of a fly embryo" Proceedings of 6th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 29-38, Universal Academy Press, 1995<br />
Arita M, Hagiya M, Shiratori T "GEISHA SYSTEM: an environment for simulating protein interaction" Proceedings of 5th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 80-90, Universal Academy Press, 1994<br />
}}<br />
<br />
==Reviews, Editorials, Book Chapters==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Endo A, Maeno S, Tanizawa Y, Kneifel W, Arita M, Dicks L, Salminen S "Fructophilic Lactic Acid Bacteria, a Unique Group of Fructose-Fermenting Microbes" Applied and Environmental Microbiology, 84(19), 2018<br />
Kind T, Tsugawa H, Cajka T, Ma Y, Lai Z, Mehta SS, Wohlgemuth G, Barupal DK, Showalter MR, Arita M, Fiehn O "Identification of small molecules using accurate mass MS/MS search" Mass Spectrometry Reviews, 37(4):513-532, 2018 doi: 10.1002/mas.21535<br />
Carroll AJ, Salek RM, Arita M, Kopka J, Walther D. "Editorial: Metabolome Informatics and Statistics: Current State and Emerging Trends" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 4:63, 2016<br />
Salek RM, Arita M, Dayalan S, Ebbels T, Jones AR, Neumann S, Rocca-Serra P, Viant MR, Vizcaino JA. "Embedding standards in metabolomics: the Metabolomics Society data standards task group" Metabolomics, 11(4), 782-783, 2015<br />
Arita M "From metabolic reactions to networks and pathways" Methods in Molecular Biology 804:93-106, Springer Verlag, 2012 ([[File:fromReactionsToPathways.pdf]])<br />
Arita M, Hagiya M, Takinoue M, Tanaka F "DNA Memory" In Handbook of Natural Computing (Volume II, Molecular Computation), Springer Verlag, 2011<br />
Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" Current Opinion in Biotechnology 20, 610-615, 2009 <br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Integrated omics approaches in plant systems biology" Current Opinion in Chemical Biology 13, 532–538, 2009<br />
Arita M, Fujiwara Y, Nakanishi Y "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM)" Chapter II.3 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 129-140, 2006<br />
Shinbo Y, Nakamura Y, Altaf-Ul-Amin Md, Asahi H, Kurokawa K, Arita M, Saito K, Ohta D, Shibata D, Kanaya S "KNApSAcK: A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database" Chapter II.6 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 165-184, 2006<br />
Arita M "Scale-freeness and biological networks" Journal of Biochemistry, 138, 1-4, Oxford Univ Press, 2005 <br />
Arita M, Robert M, Tomita M "All systems go: launching cell simulation fueled by integrated experimental biology data" Current Opinion in Biotechnology, 16(3), 344-349, Elsevier, 2005 <br />
Arita M "Introduction to the ARM Database: Database on Chemical Transformations in Metabolism for Tracing Pathways" Chapter 13 (pp.193-211) In Metabolomics: The Frontier of Systems Biology (Tomita M and Nishioka T eds.) Springer verlag, 2005<br />
Arita M "Writing Information Into DNA" In Aspects of Molecular Computing (Jonoska N, Paun G, and Rozenberg G eds.), LNCS(2950), 23-35, Springer Verlag, 2004 ([[File:writingInformationIntoDNA.pdf]])<br />
}}<br />
<br />
==総説、書籍==<br />
研究以外の連載や本は[[User:Aritalab/Masanori_Arita/Publication-J|こちら]]を御覧ください。<br />
<br />
# 有田正規、遠藤 明仁, 多田 一風太, 谷沢 靖洋, 遠野 雅徳「データベースから発見されたガセリ菌のサブグループ」化学と生物, 56(7), 459-460, 2018<br />
# 有田正規、津川裕司 「化学とメタボロミクス」 化学, 72(2), 26-30, 2017<br />
# 津川裕司、有田正規 「生体内の低分子代謝産物を網羅的に捉えるための新技術」化学と生物, 54(3), 151-153, 2016<br />
# 有田 正規,...,望月 敦史(代表) 計11名[http://coop-math.ism.ac.jp/info/coop-math-life 「数学協働プログラム提言 数理生命科学」] 文部科学省 科学技術試験研究委託事業「数理・生命科学」WG（統計数理研究所） 12/26, 2014<br />
# 美宅 成樹ほか [http://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-22-h140917-1.pdf 「大容量情報時代の次世代生物学」] 日本学術会議 報告 (バイオインフォマティクス分科会), 9/17, 2014<br />
# 有田 正規「理系総合のための生命科学 第3版」羊土社 2013 (27章 生物情報科学)<br />
# 有田 正規（編）「使えるデータベース・ウェブツール」実験医学別冊 9月 29(15), 羊土社, 2011<br />
# 有田 正規 「代謝産物の検索に役立つデータベース：化合物の素性・素行を調べるウェブサイト」 実験医学9月号 Vol.28(14), 2301-2303, 2010<br />
# 有田 正規, 蓬莱 尚幸, 尾嶌 雄也, 二瓶 義人, 金谷 重彦, 西岡 孝明 「化合物情報とマススペクトルを活用するためのウェブ基盤」 CICSJ Bulletin, 27(2), 48-50, 日本化学会 情報化学部会, 2009<br />
# 有田正規, 諏訪和大 「Wikiによるフラボノイドのデータベース」実験医学増刊,「バイオデータベースとソフトウェア最前線」, 4月, 1148-1154, 羊土社, 2008<br />
# 福島敦史, 草野都, 有田正規, 斉藤和季 「植物メタボロミクス―代謝プロファイルからシステム解析へ」 実験医学, 1月号, 羊土社, 2008<br />
# 有田正規 「生体ネットワークをどう研究するべきか」 数理科学5月号(527)79-83, サイエンス社, 2007<br />
# 時松敏明, 有田正規 「代謝マップビューワで見るフラボノイド」 細胞工学, 25(12), 1388-1393, 2006<br />
# 小林徹也, 有田正規, 森下喜弘, 合原一幸 「細胞内現象のシステム的理解―今理論に何が求められているのか？」 システム/制御/情報 50(8), システム制御情報学会誌 2006<br />
# 杉峰伸明, 大塚一路, 有田正規, 合原一幸「ネットワーク的思考で生命現象をよみとく」（特集「意識・脳・身体の接続へ」）科学 76(3), 岩波書店 2006<br />
# 有田 正規 「スケールフリーにご用心」 蛋白質核酸酵素 12月号増刊「ゲノムから生命システムへ」50(16 Suppl), 2294-2299, 共立出版, 2005<br />
# 有田 正規、田口 良 「メタボロームによる脂質代謝パスウェイ解析」 実験医学増刊号 「ダイナミックに新展開する脂質研究 」23(6), 151-157, 羊土社, 2005<br />
# 有田 正規 「代謝マップを電子化するARMプロジェクト」CICSJ Bulletin, 22(4), 64-67, 日本化学会 情報化学部会, 2004<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの解析法」 バイオインダストリー 特集「システム生物学の最前線」21(9), 34-39, シーエムシー出版, 2004<br />
# 有田 正規 「ARMデータベース」（執筆分担） 冨田勝、西岡孝明（編） 「メタボローム研究の最前線」, シュプリンガー東京, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と高分子への応用」 炎症と免疫 11(6), 46-51, 先端医学社 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 蛋白質核酸酵素 48(7), 823-828, 共立出版, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝は原子レベルで記述しよう －電子化の意義と将来性－」 JITAニュース March, 16-19, 日本産業技術振興協会, 2003<br />
# 有田 正規 「ベイジアンネットとバイオインフォマティクス」 人工知能学会誌 17(5), 539-545, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と有用物質の生産」 実験医学 9月号 1868-1872, 羊土社, 2002<br />
#「DNAコンピュータ」（執筆分担。第4章配列設計担当） 萩谷昌己、横森貴（編）, 培風館, 148-164, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの情報解析」 日本計算工学会誌 6(1), 10-12, 2001<br />
# 有田 正規 「パスウェイマップの探索」 日本シミュレーション学会誌, vol.20(2), 16-20, 2001<br />
# 萩谷 昌己, 有田 正規 「分子計算とその物理的基礎」 日本物理学会誌, Vol.56, 6月号, 403-410, 2001<br />
# 有田 正規 「遺伝子ネットワークと確率モデル」 ベイジアンネットチュートリアル予稿集 (BN2001), 50-53, 2001<br />
# 有田 正規 「グラフで見る代謝」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.5, 149-156, 2000<br />
# 西川 明男, 有田 正規, 三好 直人, 萩谷 昌己 「DNA計算の塩基配列設計におけるバランスの指標について」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.16, 67-69, 2000<br />
# 有田 正規, 西岡 孝明 「生体内化学反応の階層分類」 バイオインダストリー 特集「バイオインフォマティクス」, 17(7), 45-50, シーエムシー出版 2000 (再掲: DNAチップ応用技術 II 第6章, 227-236, シーエムシー出版 2001)<br />
# 有田 正規 「DNA計算における配列設計」 数理科学 特集「分子コンピューティング」, No.445 七月号, 32-38, サイエンス社 2000 (再掲：数理科学 SGCライブラリ31 「分子コンピュータの現状と展望」 萩谷昌己編著, II章3, サイエンス社 2004)<br />
# 有田 正規 「代謝系の再構築」（執筆分担。第4章の1担当） ポストシークエンスのゲノム科学シリーズ 「ゲノム情報生物学」 高木利久、冨田勝（編）, 148-164, 中山書店 2000<br />
# 角野宏司, 有田正規, 萩谷昌己, 白取知樹 「Computing-as-Editing(CAEP)に基づいた数式処理システムのユーザ・インタフェース」 インタラクティブシステムとソフトウェアIII, レクチャーノート/ソフトウェア学, 12, 161-170, 近代科学社 1995<br />
<br />
==Invited Talks and Lectures==<br />
<small>¢ ... support of hotel & participation fee only</small><br />
# Arita M "Data sharing and the power of omics integration" 6th Global Forum of Leaders for Agricultural Science and Technology (GLAST), Chengdu, China, Nov 12 (12-14), 2019<br />
# Arita M, Noureen M "Consensis genome structure and cluster analysis strains from NAG" Helicobacter pylori Genome Project workshop, National Cancer Institute (NCI), Rockville, USA, 26 Aug (26-27), 2019<br />
# Arita M "Cheminformatics for Predicting Structures from Mass Spectra" 1st Annual Conference of Chinese Society of Metabolomics (plenary), Shanghai, China, 20 Apr (19-21), 2019<br />
# Arita M "Open genome analysis in the post-genomic era" International Workshop on Data Science, Mishima, 15 Nov (12-15), 2018<br />
# Arita M "Computational Metabolomics" 6th Annual Korea Metabolomics Society (plenary), Seoul, Korea, 6 Apr (5-6), 2018<br />
# Arita M "Distribution of Glycosphingolipids Revealed by LipidBank" International Life Science Integration Workshop, Tokyo, 5 Mar (5-6), 2018 ¢<br />
# Arita M "Identifying Metabolites with Theoretical References" The 26th International KOGO Annual Conference (plenary), Seoul, Korea, 6 Sep (6-8), 2017<br />
# Arita M "Prediction of Molecular Structures from their Spectra" The 4th International Conference on Plant Metabolism (ICPM 2017), 17 Jul (16-20), 2017<br />
# Arita M "Computational Mass Spectrometry" SLING workshop `Mass spectrometry-based lipidomics of human blood plasma' National University of Singapore, 2 May, 2017 (teleconference talk)<br />
# Arita M "Comprehensive Acquisition of MS/MS Spectra Benefits Database Research" 6th International Singapore Lipid Symposium, 1 Dec (Nov30-Dec1), 2015 ¢<br />
# Arita M "Impact of Metabolome Database in Plant Science" The 38th Naito Conference "Molecule-based biological systems", 8 Oct (7-10), Sapporo, Japan, 2014<br />
# Arita M "MassBank Past, Present and Future" Norman Massbank Workshop, 17 Sep (17-18), Duebendorf, Switzerland, 2014 (no travel support)<br />
# Arita M "Genetic, Protein, and Metabolic Networks: Which Choice Is Amenable to Modelling" International Conference on Mathematical Modeling and Applications (ICMMA 2013), 28 Nov (26-28), Tokyo, Japan, 2013<br />
# Arita M "Cyberinfrastructure for metabolomics and synthetic biology" International Symposium on Biotechnology for Green Growth, 24 Oct (24-26), Kobe, Japan, 2012 ¢<br />
# Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" International Conference of Research and Application on Traditional Complementary and Alternative Medicine (TCAM), 22 June (21-23), Muhammadiyah University of Surakarta (Indonesia), 2012<br />
# Arita M "Update on Lipid Databank and other lipidomics initiatives" EMBL-EBI Industry Programme & MetaboLights Project Workshop, 22 May, Hinxton, 2012<br />
# Arita M "Wiki-based Databases: Integration of knowledge through the web" C-NAIR Seminar Nasional, Gadjah Mada University (Indonesia) 5 Dec, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Structural Classification for PKS in Aspergilli" IUMS2011 (International Union of Microbiological Societies Congress), 9 Sep (6-10), Sapporo, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Knowledge Management using a Wiki-based System and its Application to Mass Spectra" EBI Seminar, 19 Apr, EBI, Hinxton UK, 2011<br />
# Arita M "Wiki-based platform for PKS in Aspergilli" Pacifichem, Dec 19 (15-20), Honolulu (Hawaii), 2010 ¢<br />
# Arita M "Circulating information and knowledge through a cyber-infrastructure" Mass Spectrometry Informatics in Systems Biology (MSiB) Oct 28-29, Helsinki, 2010 [JSPS Japan-Finland Bilateral Workshop (self-organized)]<br />
# Arita M "Integration of Flavonoid Information through Wiki" Satellite Symposium of 4th International Conference on Polyphenols and Health (ICPH2009), Dec 11 (7-11), Yorkshire England, 2009 ¢<br />
# Arita M "Web-based Resources for Metabolomics", Tutorial at the CBI-KSBSB joint conference (Bioinfo2009), Nov 4 (4-6), Haeundae Busan Korea, 2009 ¢<br />
# Arita M "Data Management of Cross-disciplinary Information using Wiki", 16th International Conference on Cytochrome P450, June 21 (21-25), Okinawa Japan, 2009<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Analysis using Wiki", The Sixth International Aspergillus Meeting (Asperfest 6), March 15-17, Monterey USA, 2009 ¢<br />
# Arita M "Wiki-based Database of Secondary Metabolites", JSPS-KOSEF Joint Seminar -Pioneering researches on fungal molecular biology-, November 19-20, Kanazawa Japan, 2008<br />
# Arita M "Computational Analysis of Metabolism" iPlant Mechanistic modeling grand challenge workshop, November 7-10, Biosphere2 Arizona USA, 2008<br />
# Arita M "Software Tools to Study Flavonoids", Systems Biology and Bioinformatics Symposium (SBBS07), March 27-29 Taipei Taiwan, 2007<br />
# Arita M "Databaes for Flavonoids and Measurement in Arabidopsis", 2nd International Symposium on Environmental Metabolomics, March 24-25, University of Louisville(KY), USA, 2007<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Chart for Flavonoid", 2nd Taiwan-Japan Bilateral Symposium on Bioinformatics, Nov 7-9, Tainan Taiwan, 2006<br />
# Arita M " Atomic-level analysis of metabolism and mass spectral database", Invited Lecture Course, May9-14, Center for Regulatory, Environmental, Analytical Metabolomics, University of Louisville(KY), USA, 2006<br />
# Arita M "Metabolomics in Japan and the Need for a Metabolic Map Editor", 1st Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics, March 13-17, Tokyo Japan, 2006 ¢<br />
# Arita M "ARM Database for Interactive Metabolic Maps", 1st International BioPAX Symposium, November 18, Tokyo Japan, 2005 ¢<br />
# Arita M "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism", 1st Louisville Symposium on Environmental Metabolomics, November 5-6, Louisville (KY) USA, 2005<br />
# Arita M "Interpretation of Metabolic Networks", 50th NIBB Conference, Structure and Dynamics of Complex Biological Networks, February 8-10, Okazaki Japan, 2005<br />
# Arita M "Scale-free Network and Biological Network", Invited Lecture Course, June 9 - 13, Centre National de la Recherche Scientifique, Marseille, France, 2004<br />
# Arita M "Computer Applications for Metabolome Analysis", ICSB2002 Satellite Meeting "Metabolome Analysis and Systems Biology", December 16, Stockholm Sweden, 2002 ¢<br />
# Arita M "Computer Applications for Comprehensive Metabolite Analysis", Cambridge Healthtech Institute's Second Annual Metabolic Profiling: Pathways in Discovery, December 2 - 3, Research Triangle Park (North Carolina) USA, 2002<br />
# Arita M "Atomic Representation of Metabolism", Invited Lecture Course, June26 - July 2, Department of Computer Science, University of Helsinki, Finland, 2002<br />
# Arita M "Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM) Project", Workshop on Protein Interaction and Clinical Data Analysis, May 28 - 31, National University of Singapore, 2002<br />
# Hagiya M. and Arita M "Several Approaches to Bio-simulation", International Symposium on Human Genome Project and Computer Science Sanjo Hall, March 9-10, Tokyo University, 1995 ¢<br />
<br />
==招待講演、トークイベント== <br />
# 有田 正規 「バイオインフォマティクスが推し進めるバイオの世界」バイオインフォマティクスフォーラム, 8/24, 那覇, 2019<br />
# 有田 正規 「データ時代における学術出版とデータベース」第90回日本医学図書館協会総会, 5/31, 2019<br />
# 有田 正規 「学術データは誰のものか」日本医学会第五回研究倫理教育研修会, 5/30, 東京, 2019<br />
# 有田 正規 「元素から眺める地球・生命・食事」静岡県保育所連合会東部支部総会, 5/14, 沼津, 2019<br />
# 有田 正規 「生薬情報のデータベース」薬用資源の持続的利用促進に関する研究会, 11/21, 草津（滋賀）, 2018<br />
# 有田 正規 「遺伝子から見た地球生命」静岡県教育研究会夏季研究大会（理科）, 8/8, 三島, 2018<br />
# 有田 正規 「生命科学データ共有のあり方」Japan Open Science Summit, 6/19, 東京, 2018<br />
# 有田 正規 「DNAレベルからみたミシマサイコ」ミシマサイコの会 3/24 三島 2018<br />
# 有田 正規 「たべものは体の中でどうなるか」三島遺伝学講座 3/4 三島 2018<br />
# 有田 正規 「これからのスペクトルデータベース」日本質量分析学会第65回質量分析総合討論会（基調講演） 5/17 つくば 2017<br />
# 有田 正規 津川裕司 「MS2スペクトルのフラグメンテーション解析と前駆体構造予測」日本分子生物学会年会 シンポジウム「生命システムを俯瞰するための質量分析情報解析技術とデータベースの活用」 11/30 横浜 2016<br />
# 有田 正規 「クリエイティブは毒か薬か」 三島市クリエイティブファクトリー 「うるまの部屋」第一回 9/16 2016<br />
# 有田 正規 「Comprehensive lipidomics and Mass/LipidBank databases」日本分子生物・生化学会大会（BMB2015）シンポジウム「リピドミクスから見えてきた脂質の新機能 –基礎から臨床まで-」12/4 神戸 2015<br />
# 有田 正規 「科学者から見た学術のオープン化」林和弘氏、有田正規氏講演会「オープンな知がイノベーションを生む -オープンサイエンスの潮流と図書館の可能性-」(東大新図書館トークイベント14) 10/17 東京 2015<br />
# 有田 正規 「代謝の杜:分子の食物連鎖」[http://izukeidai.tumblr.com/post/128890729785/%E5%A4%A7%E8%AC%9B%E5%A0%82%E3%82%A4%E3%82%BA%E3%82%B1%E3%83%BC%E5%A4%A7%E3%81%AB%E6%9C%AC%E7%89%A9%E3%81%AE%E6%95%99%E6%8E%88%E3%81%AE%E8%AC%9B%E7%BE%A9%E7%99%BB%E5%A0%B4%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80-1%E6%9C%89%E7%94%B0%E6%AD%A3%E8%A6%8F%E6%95%99%E6%8E%88-22%E6%97%A5 地域イベント伊豆経済大学] 9/22 三島 2015<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「ノンターゲットMS/MSによる藻類脂質の網羅的解析とデータベース化」 健康・長寿研究談話会（旧ホスファチジルセリン研究会）11/7 品川 2014<br />
# 有田 正規 "Database for Biology: which data deserve maintaining?" 第52回日本生物物理学会年会 シンポジウム「大容量生命情報時代の新しい生物学とは？」(兼オーガナイザ) 9/27 (25-27) 札幌 2014<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「藻類メタボロミクス：植物との違い」日本植物学会第78回大会シンポジウム「バイオリソースとゲノム情報から考える藻類研究の未来形」 9/12 (12-14) 東京 2014<br />
# 有田 正規 「マススペクトルのデータベースを使いこなす」第31回日本植物細胞分子生物学会 バイオインフォマティクス講習会 9/12 (10-12) 札幌 2013<br />
# 有田 正規 「和漢薬データベースの構築」日本薬学会第133年会 シンポジウム "和漢薬の科学基盤：共同研究による先駆的統合的解明" 3/29 (27-30) 横浜 2013<br />
# 有田 正規 「ポリケチド合成酵素の進化解析」革新的バイオマテリアル実現のための高機能化ゲノムデザイン技術開発キックオフシンポジウム 10/30 東京 2012<br />
# 有田 正規 「Knowledge Management using a Wiki-based System」 細胞を作る研究会 4.0 10/27(-28) 大阪 2011<br />
# 有田 正規 「コミュニティとして機能するためのインフラストラクチャ」第84会日本生化学会大会シンポジウム "ゲノムデザインの最前線" 9/22 (21-24) 京都 2011<br />
# 有田 正規 「ウェブを通じた生薬知識のアウトリーチ」南方資源利用技術研究会 11/26 那覇 2010<br />
# 長谷川禎彦 有田正規 「細胞内のノイズと遺伝子スイッチ」細胞を作る研究会 3.0 11/12(-13) 駒場 2010<br />
# 有田 正規 「Wikiを通じて学会をまとめよう 代謝データベースを例に」 第20回記念微生物資源ワークショップ 11/14 (13-14) 修善寺 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬の知識流通を促すウェブ基盤の構築」 第30回和漢医薬学総合研究所特別セミナー「和漢薬とインフォマティクス」 10/9, 富山 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬Wikiデータベースの開発」 第26回和漢医薬学会学術大会 メインテーマ企画「生薬とデータベース」 8/29 (29-30), 幕張 2009<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス解析におけるインフォマティクス」 日本薬物動態学会第２回ビジョン・シンポジウム 6/6 (5-6), 本郷 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるマススペクトルの共有と知識抽出」 日本質量分析学会 第57回質量分析総合討論会ワークショップ 「マススペクトルを日本発のツールで解析、整理しよう」 5/14, 大阪 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるオミクスデータ管理と知識発見」 農芸化学会大会シンポジウム「OMICSを基盤とした生物機能の戦略的高度化と物質生産」3/29 福岡 2009<br />
# 有田 正規 「百科事典とデータベースを区別できない生物学者」 BMB2008 日本分子生物・生化学会合同年会シンポジウム「最新メタボロミクス事情と植物科学への貢献」(兼オーガナイザ) 12/12 神戸 2008<br />
# 有田 正規 「バイオデータベースのあるべき姿」 第五回 コンビナトリアル・バイオエンジニアリング会議 11/7 大阪 2008<br />
# 有田 正規 「メタボロームデータベースを統合する：*Bankと*Wiki」 第2回メタボロームシンポジウム(兼実行委員) 10/30 鶴岡 2008<br />
# 有田 正規 「Wiki をもちいたデータベース設計」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第7回連携研究会 9/13, Spring-8普及棟 2008<br />
# 有田 正規 「ウィキによるフラボノイドのデータベース」 日本植物生理学会年会 シンポジウム「データベースの中に築く生物像」 3/20, 札幌 2008<br />
# 有田 正規 「化学構造と植物種をつなぐフラボノイドデータベース」 日本化学会 化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム 12/7, 東京 2007<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス －代謝を研究する新しいOmics分野－」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第六回連携研究会 8/4, Spring-8普及棟 2007<br />
# 有田 正規 「マススペクトルデータベースMassBankの検索技法」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会ワークショップ 「ケミカルバイオロジーとマススペクトルデータベース」 5/15, 広島 2007<br />
# 有田 正規 「原子レベルでみる代謝ネットワーク」 京大理 数学教室 研究集会「スケールフリーネットワークとランダムグラフ」 1/27, けいはんな 2007<br />
# 有田 正規 「化学構造データベースから代謝経路へ」 奈良先端大 植物科学研究教育推進ユニットワークショップ 「植物研究にいかに役立てるか、『システム生物学』」 12/12, 奈良 2006<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップによるメタボローム解析」 日本医用マススペクトル学会 シンポジウム 「メタボローム解析への質量分析の応用」9/29, 名古屋 2006<br />
# 有田 正規 「バクテリアの代謝はどこまでわかっているか」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第五回連携研究会 8/12, Spring-8普及棟 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ 」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロミクスとバイオインフォマティクス」5/26, 大阪 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームは本当に網羅的か」 日本分子生物学会 年会シンポジウム 12/7, 福岡 2005<br />
# 有田 正規「バイオインフォマティクスの環境バイオへの適用可能性」 環境バイオ・新規提案検討国際ワークショップ －微生物集団機能の高効率利用・デザイン化技術の創出のために－ 10/21, 東京 2005<br />
# 有田 正規「生体ネットワークの大域情報と局所情報をつなぐソフトウェア」 第10回分生研シンポジウム「情報生物学」9/22, 東京 2005<br />
# 有田 正規「代謝のネットワークとスケールフリー性」 日本数理生物学会 第15回大会シンポジウム 「複雑ネットワークの展開」 9/16, 横浜 2005<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」5/26, 大宮 2005<br />
# 有田 正規 「マップエディタを用いたオンデマンドの代謝解析」 日本農芸化学会シンポジウム「モノづくりの代謝工学」 3/29, 札幌 2005<br />
# 有田 正規 「代謝のネットワーク解析：大域的特徴から分子構造変化まで」 (財)新世代研究所 中性子生体ナノマシン・バイオナノ合同研究会 1/28, 東海村 2005<br />
# 有田 正規 「お気楽マップエディタによる代謝解析」 日本分子生物学会 年会ワークショップ 「メタボローム研究の新展開」 12/10, 神戸 2004<br />
# 有田 正規 「生物ネットワークとスケールフリー性」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「分子ネットワークのシステム特性」 10/16, 横浜 2004<br />
# 有田 正規 「脂質代謝を原子レベルで表現するデータベース」 日本脂質栄養学会 第13回大会 9/3, 酒田 2004<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップに基づくメタボローム解析」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」6/4, 名古屋 2004<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と機能予測」 新資源生物変換研究会シンポジウム 12/5, 東京 2003<br />
# 有田 正規 「代謝データベースとその盲点」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「メタボローム研究の最前線」 10/15, 横浜 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「ポストゲノム時代を担う若手研究者」 5/16, つくば 2003<br />
# 有田 正規 「ARMプロジェクト： 細胞内代謝の電子化技術」 基礎生物学研究所研究会「生命科学におけるInformaticsと Mathematics」 3/11-12, 岡崎 2003<br />
# 有田 正規 「大腸菌の代謝経路再構築」 JST異分野研究者交流フォーラム 3/1-2, 大仁 2002<br />
# 有田 正規 「計算論的バイオテクノロジー」 計測自動制御学会 第7回創発システムシンポジウム「創発夏の学校」, 8/24-26, 富山, 2001<br />
<br />
==Meeting series and Workshops==<br />
* AYRCOB Conference Series (http://ayrcob.org/) 2008-2016<br />
* International Metabolomics Society<br />
** Board Member (2014 Oct-2016 Sep)<br />
** Organization and talks<br />
*** Workshop "Data Sharing and Standardisation" (SF, 29 Jun, 2015; Dublin, 27 Jun 2016; Brisbane, 26 Jun, 2017)<br />
*** NSF-JST "Metabolomics for a Low Carbon Society", San Francisco, 28 Jun 2015<br />
*** JST-NSF "Metabolomics Measurement Technology and Application" Tsuruoka, 23 Jun 2014<br />
* Annual Metabolome Symposium (domestic) 2006-2018<br />
** Mishima meeting (2015)<br />
* NII Shonan meeting "Computational metabolomics", March 20-23, Shonan, 2017 (organizer)<br />
* NIG International Symposium (commemorating DDBJ 30th) "Life, Environment and Evolution revealed by Genomes" (general chair)<br />
* ROIS International Workshop on Data Science (DSWS2018) "Present & Future of Open Data & Open Science" (local organizer)</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/User:Aritalab/Masanori_Arita/PublicationUser:Aritalab/Masanori Arita/Publication2019-12-09T15:11:56Z<p>Adm: /* Invited Talks and Lectures */</p>
<hr />
<div>==Refereed Journal Articles==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kajikawa A, Kanesaki Y, Kubota E, Arita M, Dicks L, Endo A "A pseudo-fructophilic Leuconostoc citreum strain F192-5 isolated from the peel of satsuma mandarin" Applied and Environmental Microbiology, 2019<br />
Modesto M, Satti M, Watanabe K, Sciavilla P, Felis GE, Sandri C, Spiezio C, Arita M, Mattarelli P "Alloscardovia theropitheci sp. nov., isolated from the faeces of gelada baboon, the 'bleeding heart' monkey (Theropithecus gelada)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2019<br />
Tsugawa H, Satoh A, Uchino H, Cajka T, Arita M, Arita M "Mass Spectrometry Data Repository Enhances Novel Metabolite Discoveries with Advances in Computational Metabolomics" Metabolites 9(6):E119, 2019<br />
Modesto M, Watanabe K, Arita M, Satti M, Oki K, Sciavilla P, Patavino C, Cammà C, Michelini S, Sgorbati B, Mattarelli P "Bifidobacterium jacchi sp. nov., isolated from the faeces of a baby common marmoset (Callithrix jacchus)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 69(8):2477-2485, 2019<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Arita M, Nakamura Y "Generating Publication-Ready Prokaryotic Genome Annotations with DFAST" Methods in Molecular Biology, 1962, 215-226, 2019<br />
Tsugawa H, Nakabayashi R, Mori T, Yamada Y, Takahashi M, Rai A, Sugiyama R, Yamamoto H, Nakaya T, Yamazaki M, Kooke R, Bac-Molenaar JA, Oztolan-Erol N, Keurentjes JJB, Arita M, Saito K "A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms" Nature Methods, 16(4), 295-298, 2019<br />
Endo A, Tanizawa Y, Arita M "Isolation and Identification of Lactic Acid Bacteria from Environmental Samples" Methods in Molecular Biology, 1887, 3-13, 2019<br />
Itoh H, Matsui M, Miyamura Y, Takeda I, Ishii J, Kumagai T, Machida M, Shibata T, Arita M "Biosynthesis of Novel Statins by Combining Heterologous Genes from Xylaria and Aspergillus" ACS Synthetic Biology, 7(12), 2783-2789, 2018<br />
Burla B, Arita M, Arita M, Bendt AK, Cazenave-Gassiot A, Dennis EA, Ekroos K, Han X, Ikeda K, Liebisch G, Lin MK, Loh TP, Meikle PJ, Orešič M, Quehenberger O, Shevchenko A, Torta F, Wakelam MJO, Wheelock CE, Wenk MR "MS-based lipidomics of human blood plasma: a community-initiated position paper to develop accepted guidelines" Journal of Lipid Research, 59(10), 2001-2017, 2018<br />
Tanizawa Y, Tada I, Kobayashi H, Endo A, Maeno S, Toyoda A, Arita M, Nakamura Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Tohno M "Lactobacillus paragasseri sp. nov., a sister taxon of Lactobacillus gasseri, based on whole-genome sequence analyses" International journal of systematic and evolutionary microbiology 68: 3512-3517, 2018<br />
Tanaka W, Arita M "Physicochemical Prediction of Metabolite Fragmentation in Tandem Mass Spectrometry" Mass Spectrometry (Tokyo), 7(1):A0066, 2018<br />
Itoh H, Miura A, Matsui M, Arazoe T, Nishida K, Kumagai T, Arita M, Tamano K, Machida M, Shibata T "Knockout of the SREBP system increases production of the polyketide FR901512 in filamentous fungal sp. No. 14919 and lovastatin in Aspergillus terreus ATCC20542" Applied Microbiology and Biotechnology, 102(3):1393-1405, 2018<br />
Lai Z, Tsugawa H, Wohlgemuth G, Mehta S, Mueller M, Zheng Y, Ogiwara A, Meissen J, Showalter M, Takeuchi K, Kind T, Beal P, Arita M, Fiehn O "Identifying metabolites by integrating metabolome databases with mass spectrometry cheminformatics" Nature Methods 15:53-56, 2018<br />
Tohno M, Tanizawa Y, Irisawa T, Masuda T, Sakamoto M, Arita M, Ohkuma M, Kobayashi H "Lactobacillus silagincola sp. nov. and Lactobacillus pentosiphilus sp. nov., isolated from silage" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 67(9):3639-3644, 2017<br />
Tanizawa Y, Kobayashi H, Kaminuma E, Sakamoto M, Ohkuma M, Nakamura Y, Arita M, Tohno M "Genomic characterization reconfirms the taxonomic status of Lactobacillus parakefiri" Bioscience of microbiota food and health 36(3):129-134, 2017<br />
Tada I, Tanizawa Y, Endo A, Tohno M, Arita M "Revealing the genomic differences between two subgroups in Lactobacillus gasseri" Bioscience of microbiota food and health 36(4):155-159, 2017 <br />
Tsugawa H, Ikeda K, Tanaka W, Senoo Y, Arita M, Arita M "Comprehensive identification of sphingolipid species by in silico retention time and tandem mass spectral library" Journal of Cheminformatics 9:19, 2017 doi: 10.1186/s13321-017-0205-3<br />
Wohlgemuth G, Mehta SS, Mejia RF, Neumann S, Pedrosa D, Pluskal T, Schymanski EL, Willighagen EL, Wilson M, Wishart DS, Arita M, Dorrestein PC, Bandeira N, Wang M, Schulze T, Salek RM, Steinbeck C, Nainala VC, Mistrik R, Nishioka T, Fiehn O "SPLASH, a hashed identifier for mass spectra" Nature Biotechnol 34(11):1099-1101, 2016<br />
Padermshoke A, Ogawa T, Nishio K, Nakazawa M, Nakamoto M, Okazawa A, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Critical Involvement of Environmental Carbon Dioxide Fixation to Drive Wax Ester Fermentation in Euglena" PLoS ONE 11(9):e0162827, 2016<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kanesaki Y, Kubota E, Kumar H, Dicks L, Salminen S, Nakagawa J, Arita M, Endo A "Genomic characterization of a fructophilic bee symbiont Lactobacillus kunkeei reveals its niche-specific adaptation" Syst Appl Microbiol 39(8):516-526, 2016<br />
Yamada O, Machida M, Hosoyama A, Goto M, Takahashi T, Futagami T, Yamagata Y, Takeuchi M, Kobayashi T, Koike H, Abe K, Asai K, Arita M, Fujita N, Fukuda K, Higa KI, Horikawa H, Ishikawa T, Jinno K, Kato Y, Kirimura K, Mizutani O, Nakasone K, Sano M, Shiraishi Y, Tsukahara M, Gomi K "Genome sequence of Aspergillus luchuensis NBRC 4314" DNA Research 23(6):507-515, 2016<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M "DFAST and DAGA: web-based integrated genome annotation tools and resources" Biosci Microbiota Food Health. 35(4):173-184, 2016<br />
Tsugawa H, Kind T, Nakabayashi R, Yukihira D, Tanaka W, Cajka T, Saito K, Fiehn O, Arita M. "Hydrogen Rearrangement Rules: Computational MS/MS Fragmentation and Structure Elucidation Using MS-FINDER Software" Analytical Chemistry 88(16):7946-7958, 2016<br />
Sriyudthsak K, Mejia RF, Arita M, Hirai MY. "PASMet: a web-based platform for prediction, modelling and analyses of metabolic systems" Nucleic Acids Research, 44(W1):W205-211, 2016<br />
Mukaida S, Ogawa T, Ohishi K, Tanizawa Y, Ohta D, Arita M. "The effect of rapamycin on biodiesel-producing protist Euglena gracilis" Biosci Biotechnol Biochem, 80:1223-1229, 2016<br />
Rocca-Serra P, Salek RM, Arita M, Correa E, Dayalan S, Gonzalez-Beltran A, Ebbels T, Goodacre R, Hastings J, Haug K, Koulman A, Nikolski M, Oresic M, Sansone SA, Schober D, Smith J, Steinbeck C, Viant MR, Neumann S "Data standards can boost metabolomics research, and if there is a will, there is a way" Metabolomics 12(1):14, 2016<br />
Endo A, Tanizawa Y, Tanaka N, Maeno S, Kumar H, Shiwa Y, Okada S, Yoshikawa H, Dicks L, Nakagawa J, Arita M "Comparative genomics of Fructobacillus spp. and Leuconostoc spp. reveals niche-specific evolution of Fructobacillus spp." BMC Genomics 16(1):1117, 2015<br />
Tanaka K, Arita M, Sakurai H, Ono N, Tezuka Y "Analysis of Chemical Properties of Edible and Medicinal Ginger by Metabolomics Approach" Biomed Research International 2015:671058, 2015<br />
Tsugawa H, Cajka T, Kind T, Ma Y, Higgins B, Ikeda K, Kanazawa M, VanderGheynst J, Fiehn O, Arita M "MS-DIAL: data-independent MS/MS deconvolution for comprehensive metabolome analysis" Nature Methods 12(6), 523-526, 2015<br />
Li D, Ono N, Sato T, Sugiura T, Altaf-Ul-Amin M, Ohta D, Suzuki H, Arita M, Tanaka K, Ma Z, Kanaya S "Targeted Integration of RNA-Seq and Metabolite Data to Elucidate Curcuminoid Biosynthesis in Four Curcuma Species" Plant Cell Physiology, 56(5), 843-851, 2015<br />
Ara T, Enomoto M, Arita M, Ikeda C, Kera K, Yamada M, Nishioka T, Ikeda T, Nihei Y, Shibata D, Kanaya S, Sakurai N "Metabolonote: a wiki-based database for managing hierarchical metadata of metabolome analyses" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 3:38, 2015<br />
Tanizawa Y, Tohno M, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M "Complete genome sequence and analysis of Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260(T), a psychrotrophic lactic acid bacterium isolated from silage" BMC Genomics, 16:240, 2015<br />
Tanaka K, Arita M, Li D, Ono N, Tezuka Y, Kanaya S "Metabolomic Characterization of a Low Phytic Acid and High Anti-oxidative Cultivar of Turmeric" Natural Product Communications, 10(2), 329-334, 2015<br />
Tsugawa H, Ohta E, Izumi Y, Ogiwara A, Yukihira D, Bamba T, Fukusaki E, Arita M "MRM-DIFF: Data Processing Strategy for Differential Analysis in Large Scale MRM-based Lipidomics Studies" Frontiers in Genetics, 5:471, 2015<br />
Hasegawa Y, Arita M "Optimal implementations for reliable circadian clocks" Physical Review Letters, 113(10), 108101, 2014<br />
Tsugawa H, Kanazawa M, Ogiwara A, Arita M "MRMPROBS suite for metabolomics using large-scale MRM assays" Bioinformatics, 30(16), 2379-2380, 2014<br />
Furuhashi T, Ogawa T, Nakai R, Nakazawa M, Okazawa A, Padermschoke A, Nishio K, Hirai MY, Arita M, Ohta D "Wax ester and lipophilic compound profiling of Euglena gracilis by gas chromatography-mass spectrometry: toward understanding of wax ester fermentation under hypoxia" Metabolomics, 11(1), 175-183, 2015<br />
Ogawa T, Furuhashi T, Okazawa A, Nakai R, Nakazawa M, Kind T, Fiehn O, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Exploration of Polar Lipid Accumulation Profiles in Euglena gracilis Using LipidBlast, a MS/MS Spectral Library Constructed in Silico" Bioscience Biotechnology and Biochemistry 78(1), 14-18, 2014<br />
Hasegawa Y, Arita M "Circadian clocks optimally adapt to sunlight for reliable synchronization" Journal of the Royal Society Interface 11(92):20131018, 2014<br />
Tsugawa H, Arita M, Kanazawa M, Ogiwara A, Bamba T, Fukusaki E "MRMPROBS: Data Assessment and Metabolite Identification Tool for Large-scale MRM-based Widely Targeted Metabolomics" Analytical Chemistry, 85(10), 5191–5199, 2013<br />
Hasegawa Y, Arita M "Enhanced entrainability of genetic oscillators by period mismatch" Journal of the Royal Society Interface 10(81) 20121020, 2013<br />
Hasegawa Y, Arita M "Fluctuating noise drives Brownian transport" Journal of the Royal Society Interface 9(77), 3554-3363, 2012<br />
Peng CH, Lin SH, Peng SC, Lyu PC, Arita M, Tang CY "Feature Identification of Compensatory Gene Pairs without Sequence Homology in Yeast" Comparative and Functional Genomics 2012(653174), 2012<br />
Lin SH, Yoshimoto M, Lyu PC, Tang CY, Arita M "Phylogenomic and Domain Analysis of Iterative Polyketide Synthases in Aspergillus Species" Journal of Evolutionary Bioinformatics, 7:1-14, 2012<br />
Hasegawa Y, Arita M "Escape Process and Stochastic Resonance Under Noise Intensity Fluctuation" Physics Letters A, 375, 3450-3458, 2011<br />
Redestig H, Kusano M, Ebana K, Kobayashi M, Oikawa A, Okazaki Y, Matsuda F, Arita M, Fujita N, Saito K "Exploring molecular backgrounds of quality traits in rice by predictive models based on high-coverage metabolomics" BMC Systems Biology 5(1):176, 2011<br />
Tsugawa H, Tsujimoto Y, Arita M, Bamba T, Fukusaki E "GC/MS based metabolomics: development of a data mining system for metabolite identification by using soft independent modeling of class analogy (SIMCA)" BMC Bioinformatics 12:131, 2011<br />
Scalbert A, Andres-Lacueva C, Arita M, Kroon P, Manach C, Urpi-Sarda M, Wishart D "Databases on Food Phytochemicals and Their Health-Promoting Effects" Journal of Agricultural and Food Chemistry 59(9), 4331-4348, 2011<br />
Hasegawa Y, Arita M "Noise-intensity fluctuation in Langevin model and its higher-order Fokker–Planck equation" Physica A 390(6) 1051-1063, 2011<br />
Tanaka K, Hayashi K, Fahad A, Arita M "Multi-stage mass spectrometric analysis of saponins in glycyrrhiza radix" Natural Product Communications 6(1):7-10, 2011<br />
Kusano M, Redestig H, Hirai T, Oikawa A, Matsuda F, Fukushima A, Arita M, Watanabe S, Yano M, Hiwasa-Tanase K, Ezura H, Saito K "Covering chemical diversity of genetically-modified tomatoes using metabolomics for objective substantial equivalence assessment" PLoS One 6(2):e16989, 2011<br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Metabolomic correlation-network modules in Arabidopsis based on a graph-clustering approach" BMC Systems Biology 5:1, 2011<br />
Horai H, Arita M, Kanaya S, Nihei Y, Ikeda T, Suwa K, Ojima Y, Tanaka K, Tanaka S, Aoshima K, Oda Y, Kakazu Y, Kusano M, Tohge T, Matsuda F, Sawada Y, Hirai MY, Nakanishi H, Ikeda K, Akimoto N, Maoka T, Takahashi H, Ara T, Sakurai N, Suzuki H, Shibata D, Neumann S, Iida T, Tanaka K, Funatsu K, Matsuura F, Soga T, Taguchi R, Saito K, Nishioka T "MassBank: a public repository for sharing mass spectral data for life sciences" Journal of Mass Spectrometry 45(7), 703-714, 2010<br />
Redestig H, Kusano M, Fukushima A, Matsuda F, Saito K, Arita M "Consolidating metabolite identifiers to enable contextual and multi-platform metabolomics data analysis" BMC Bioinformatics 11:214, 2010<br />
Hasegawa Y, Arita M "Bistable stochastic processes in the q-exponential family" Physica A 389(21):4450-4461, 2010<br />
Takemoto K, Arita M "Nested structure acquired through simple evolutionary process" Journal of Theoretical Biology 264(3), 782-786, 2010<br />
Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Period–phase map: two-dimensional selection of circadian rhythm-related genes" IET System Biology 3(6), 487-495, 2009 <br />
Fukushima A, Kanaya S, Arita M "Characterizing gene coexpression modules in Oryza sativa based on a graph-clustering approach" Plant Biotechnology 26, 485-493, 2009<br />
Redestig H, Fukushima A, Stenlund H, Moritz T, Arita M, Saito K, Kusano M "Compensation for systematic cross-contribution improves normalization of mass spectrometry based metabolomics data" Analytical Chemistry 81(19), 7974-7980, 2009 <br />
Hasegawa Y, Arita M "Properties of the maximum q-likelihood estimator for independent random variables" Physica A 388, 3399-3412, 2009<br />
Takemoto K, Arita M "Heterogeneous distribution of metabolites across plant species" Physica A 388(13), 2771-2780, 2009<br />
Arita M "A pitfall of wiki solution for biological databases" Briefings Bioinformatics 10(3), 295-296, 2009<br/>Interview article by a web magazine "Bioinform" in Jan 2009<br />
Fukushima A, Wada M, Kanaya S, Arita M "SVD-based anatomy of gene-expression for correlation analysis in Arabidopsis thaliana" DNA research 15(6), 367-374, 2008 <br />
Arita M, Suwa K "Search extension transforms Wiki into a relational system: a case for flavonoid metabolite database" BMC BioData Mining 1:7, 2008 <br />
Sato S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Time-resolved metabolomics reveals metabolic modulation in rice foliage" BMC Systems Biology 2:51, 2008 <br />
Kusano M, Fukushima A, Arita M, Jonsson P, Moritz T, Kobayashi M, Hayashi N, Tohge T, Saito K "Unbiased characterization of genotype-dependent metabolic regulations by metabolo mic approach in Arabidopsis thaliana" BMC Systems Biology 1:53, 2007 <br />
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Automated classification of alternative splicing and transcriptional initiation and construction of visual database of classified patterns" Bioinformatics 22(10), 1211-1216, 2006 <br />
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Species-specific variation of alternative splicing and transcriptional initiation in six eukaryotes" Gene 364, 53-62, 2005 <br />
Arita R, Arita M, Kawai M, Mashima Y, Yamada M "Evaluation of corneal endothelial pump function with a cold stress test" Cornea 24(5), 571-575, 2005 <br />
Sugimoto M, Kikuchi S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Large-scale prediction of cationic metabolite identity and migration time in capillary electrophoresis mass spectrometry using artificial neural networks" Analytical Chemistry 77(1), 78-84, 2005 <br />
Arita M, Ohashi Y "Secret signatures inside genomic DNA" Biotechnology Progress 20(5), 1605-1607, 2004 <br />
Hirai MY, Yano M, Goodenowe DB, Kanaya S, Kimura T, Awazuhara M, Arita M, Fujiwara T, Saito K "Integration of transriptomics and metabolomics for understanding of global responses to nutritional stresses in Arabidopsis thaliana" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(27), 10205-10210, 2004 <br />
Arita M "Computational resources for metabolomics" Briefings in Functional Genomics and Proteomics 3(1), 84-93, 2004 <br />
Arita M "Comma-free design for DNA words" Communications of the ACM, 47(5), 99-100, 2004 <br />
Arita M "The metabolic world of Escherichia coli is not small" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(6), 1543-1547, 2004 <br />
Yamazaki Y, Kitajima M, Arita M, Takayama H, Sudo H, Yamazaki M, Aimi N, Saito K "Biosynthesis of camptothecin. In silico and in vivo tracer study from [1-13C]glucose" Plant Physiology 134(1), 161-170, 2004 <br />
Arita M "In silico Atomic tracing by substrate-product relationships in Escherichia coli intermediary metabolism" Genome Research 13(11), 2455-2466, 2003 <br />
Kikuchi S, Tominaga D, Arita M, Takahashi K, Tomita M "Dynamic modeling of genetic networks using genetic algorithm and S-system" Bioinformatics 19(5), 643-650, 2003 <br />
Arita M, Kobayashi S "DNA sequence design using templates" New Generation Computing 20(3), 263-277, 2002 <br />
Arita M "Graph modeling of metabolism" Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence (JSAI), 15(4), 703-710, 2000<br />
Arita M "Metabolic reconstruction using shortest paths" Simulation Practice and Theory 8(2), 109-125, 2000<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" International Journal of Artificial Intelligence Tools 4(4), 511-524, 1995<br />
}}<br />
<br />
==Refereed Conference Proceedings==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Satti M, Tanizawa Y, Endo A, Arita M "Comparative analysis of probiotic bacteria based on a new definition of core genome" Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Proceedings GIW 2017), 16(3):1840012, 2018<br />
Tada I, Tanizawa Y, Arita M "Visualization of consensus genome structure without using a reference genome" BMC Genomics (Proceedings APBC 2017), 18(Suppl 2):208, 2017<br />
Arita M, Yoshimoto M, Suwa K, Hirai A, Kanaya S, Shibahara N, Tanaka K “Database for crude drugs and kampo medicine” Genome Informatics 25(1) Special Issue JSBi2010, 1-11, 2011<br />
Chang CW, Lyu PC, Arita M "Reconstructing phylogeny from metabolic substrate-product relationships" BMC Bioinformatics (Proceedings 9th APBC in Korea) 12(Suppl 1):S27, 2011<br />
Arita M, Suwa K, Yoshimoto M, Hirai A, Kanaya S "Ontology checking and integration of crude-drug and kampo information" Proceedings of the 2nd International Conference of Biomedical Engineering and Informatics (BMEI2009), Tianjin China, 3:1304-1307, 2009<br />
Horai H, Arita M, Ojima Y, Nihei Y, Kanaya S, Nishioka T "Traceable analysis of multiple-stage mass spectra through precursor-product annotations" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'09) (GI-Edition Lecture Notes in Informatics), Halle, Germany, 157:173-178, 2009<br />
Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Phase shifts of circadian transcripts in rat suprachiasmatic nucleus" Proceedings of the 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB2008), Lijiang China, 101-106, 2008<br />
Chen LC, Lin YC, Arita M, Tseng VS "A Novel Approach for Handling Missing Values in Microarray Data" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 45-50, 2008<br />
Wijekoon A, Kusano M, Arita M "Comparison of Gas Chromatography-Mass Spectrometry Data from Different Laboratories using Dynamic Programming" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 57-62, 2008<br />
Horai H, Arita M, Nishioka T "Comparison of ESI-MS Spectra in MassBank Database" Proceedings of the International Conference on BioMedical Engineering and Informatics (BMEI2008), Hainan China, 1:853-857, 2008<br />
Arita M, Tokimatsu T "Detection of monosaccharide types from coordinates" Proceedings of the 18th International Conference on Genome Informatics (Genome Informatics Series Vol.19), Singapore, 3-14, 2007 <br />
Okada K, Asai K, Arita M "Flow Model of the Protein-protein Interaction Network for Finding Credible Interactions." Proceedings of 5th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2007), Hong Kong, 2007<br />
Tuji H, Altaf-Ul-Amin Md, Arita M, Nishio H, Shinbo Y, Kurokawa K, Kanaya S "Comparison of Protein Complexes Predicted from PPI Networks by DPClus and Newman Clustering Algorithms" IPSJ Transactions on Bioinformatics, 47 (SIG17):31-41, 2006<br />
Oka H, Arita M "Searching Similar Motifs in Protein Interaction Networks" Proceedings of 1st International Workshop on Biomedical Data Engineering, Tokyo Japan, 52-59, 2005<br />
Ueno Y, Arita M, Kumagai T, Asai K "Processing sequence annotation data using the lua programming language" Proceedings of 14th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.14), Yokohama Japan, 154-163, 2003 <br />
Arita M, Tsuda K, Asai K "Modeling splicing sites with pairwise correlations." Bioinformatics (Proceedings 1st European Conference on Computational Biology, Saarbrucken Germany), 18:S27-S34, Oxford Univ Press, 2002 <br />
Kobayashi S, Kondo T, Arita M "On template method for DNA sequence design" Proceedings of 8th DNA Based Computers, Sapporo Japan, LNCS(2568) 205-214, Springer Verlag, 2002<br />
Arita M, Kobayashi S "The power of sequence design" Proceedings of 4th International Conference on Computational Intelligence and Multimedia Applications, Yokosuka Japan, 163-166, IEEE Press, 2001<br />
(Journal version listed above, titled "DNA sequence design using templates.")<br />
Komiya K, Sakamoto K, Gouzu H, Yokoyama S, Arita M, Nishikawa A, Hagiya M "Successive state transitions with I/O interface by molecules." Proceedings of 6th DNA Based Computers, Leiden Netherland, LNCS(2054) 17-26, Springer Verlag, 2001<br />
Arita M, Nishikawa A, Hagiya M, Komiya K, Gouzu H, Sakamoto K "Improving sequence design for DNA computing" Proceedings of 5th Gnenetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO'00), Las Vegas USA, 875-882, Morgan-Kaufmann, 2000<br />
Arita M, Asai K, Nishioka T "Reconstructing metabolic pathways with new enzyme classification" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'00), Heidelberg Germany, 99-106, Logos-Verlag, 2000<br />
Arita M "Bio-computing in the 21st century" Proceedings of 5th International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB'00), Ohita Japan, 737-740, 2000<br />
Arita M "Metabolic reconstruction using shortest path algorithm" Proceedings of 1st Conference on Modelling and Simulation in Biological, Medical, and Biomedical Engineering (BioMedSim'99), Paris France, 1-4, 1999<br />
(Journal version listed above, titled "Metabolic reconstruction using shortest paths.")<br />
Ueno Y, Asai K, Arita M "Integrating application programs for bioinformatics using a web browser" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 166-175, 1999 <br />
Arita M, Asai K, Nishioka T "Finding precursor compounds in secondary metabolism" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 113-120, 1999 <br />
Hagiya M, Arita M, Kiga D, Sakamoto K, Yokoyama S "Towards parallel evaluation and learning of boolean mu-formulas with molecules"<br />
DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:57-72, American Mathematics Society, 1999<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Solid phase DNA solution to the Hamiltonian path problem" DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:193-206, American Mathematics Society, 1999<br />
Arita M, Hagiya M, Suyama A "Joining and rotating data with molecules" Proceedings of IEEE 4th International Conference on Evolutional Computation (ICEC'97), Indianapolis USA, 243-248, IEEE Press, 1997<br />
Arita M, Suyama A, Hagiya M "A heuristic approach for Hamiltonian path problem with molecules" Proceedings of 2nd Annual Conference on Genetic Programming, Stanford USA, 457-462, Morgan Kaufmann, 1997<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Stepwise generation of Hamiltonian path with molecules" Proceedings of 1st International Conference on Biocomputing and Emergent Computation (BCEC'97), Skovde Sweden, 184-192, World Scientific, 1997<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" Proceedings of 1st International IEEE Symposium on Intelligence in Neural and Biological Systems (INBS '95), Washington DC. USA, 92-99, IEEE Press, 1995<br />
(Journal version listed above, with the same title.)<br />
Arita M "SIMFLY2: simulation of a fly embryo" Proceedings of 6th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 29-38, Universal Academy Press, 1995<br />
Arita M, Hagiya M, Shiratori T "GEISHA SYSTEM: an environment for simulating protein interaction" Proceedings of 5th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 80-90, Universal Academy Press, 1994<br />
}}<br />
<br />
==Reviews, Editorials, Book Chapters==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Endo A, Maeno S, Tanizawa Y, Kneifel W, Arita M, Dicks L, Salminen S "Fructophilic Lactic Acid Bacteria, a Unique Group of Fructose-Fermenting Microbes" Applied and Environmental Microbiology, 84(19), 2018<br />
Kind T, Tsugawa H, Cajka T, Ma Y, Lai Z, Mehta SS, Wohlgemuth G, Barupal DK, Showalter MR, Arita M, Fiehn O "Identification of small molecules using accurate mass MS/MS search" Mass Spectrometry Reviews, 37(4):513-532, 2018 doi: 10.1002/mas.21535<br />
Carroll AJ, Salek RM, Arita M, Kopka J, Walther D. "Editorial: Metabolome Informatics and Statistics: Current State and Emerging Trends" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 4:63, 2016<br />
Salek RM, Arita M, Dayalan S, Ebbels T, Jones AR, Neumann S, Rocca-Serra P, Viant MR, Vizcaino JA. "Embedding standards in metabolomics: the Metabolomics Society data standards task group" Metabolomics, 11(4), 782-783, 2015<br />
Arita M "From metabolic reactions to networks and pathways" Methods in Molecular Biology 804:93-106, Springer Verlag, 2012 ([[File:fromReactionsToPathways.pdf]])<br />
Arita M, Hagiya M, Takinoue M, Tanaka F "DNA Memory" In Handbook of Natural Computing (Volume II, Molecular Computation), Springer Verlag, 2011<br />
Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" Current Opinion in Biotechnology 20, 610-615, 2009 <br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Integrated omics approaches in plant systems biology" Current Opinion in Chemical Biology 13, 532–538, 2009<br />
Arita M, Fujiwara Y, Nakanishi Y "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM)" Chapter II.3 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 129-140, 2006<br />
Shinbo Y, Nakamura Y, Altaf-Ul-Amin Md, Asahi H, Kurokawa K, Arita M, Saito K, Ohta D, Shibata D, Kanaya S "KNApSAcK: A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database" Chapter II.6 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 165-184, 2006<br />
Arita M "Scale-freeness and biological networks" Journal of Biochemistry, 138, 1-4, Oxford Univ Press, 2005 <br />
Arita M, Robert M, Tomita M "All systems go: launching cell simulation fueled by integrated experimental biology data" Current Opinion in Biotechnology, 16(3), 344-349, Elsevier, 2005 <br />
Arita M "Introduction to the ARM Database: Database on Chemical Transformations in Metabolism for Tracing Pathways" Chapter 13 (pp.193-211) In Metabolomics: The Frontier of Systems Biology (Tomita M and Nishioka T eds.) Springer verlag, 2005<br />
Arita M "Writing Information Into DNA" In Aspects of Molecular Computing (Jonoska N, Paun G, and Rozenberg G eds.), LNCS(2950), 23-35, Springer Verlag, 2004 ([[File:writingInformationIntoDNA.pdf]])<br />
}}<br />
<br />
==総説、書籍==<br />
研究以外の連載や本は[[User:Aritalab/Masanori_Arita/Publication-J|こちら]]を御覧ください。<br />
<br />
# 有田正規、遠藤 明仁, 多田 一風太, 谷沢 靖洋, 遠野 雅徳「データベースから発見されたガセリ菌のサブグループ」化学と生物, 56(7), 459-460, 2018<br />
# 有田正規、津川裕司 「化学とメタボロミクス」 化学, 72(2), 26-30, 2017<br />
# 津川裕司、有田正規 「生体内の低分子代謝産物を網羅的に捉えるための新技術」化学と生物, 54(3), 151-153, 2016<br />
# 有田 正規,...,望月 敦史(代表) 計11名[http://coop-math.ism.ac.jp/info/coop-math-life 「数学協働プログラム提言 数理生命科学」] 文部科学省 科学技術試験研究委託事業「数理・生命科学」WG（統計数理研究所） 12/26, 2014<br />
# 美宅 成樹ほか [http://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-22-h140917-1.pdf 「大容量情報時代の次世代生物学」] 日本学術会議 報告 (バイオインフォマティクス分科会), 9/17, 2014<br />
# 有田 正規「理系総合のための生命科学 第3版」羊土社 2013 (27章 生物情報科学)<br />
# 有田 正規（編）「使えるデータベース・ウェブツール」実験医学別冊 9月 29(15), 羊土社, 2011<br />
# 有田 正規 「代謝産物の検索に役立つデータベース：化合物の素性・素行を調べるウェブサイト」 実験医学9月号 Vol.28(14), 2301-2303, 2010<br />
# 有田 正規, 蓬莱 尚幸, 尾嶌 雄也, 二瓶 義人, 金谷 重彦, 西岡 孝明 「化合物情報とマススペクトルを活用するためのウェブ基盤」 CICSJ Bulletin, 27(2), 48-50, 日本化学会 情報化学部会, 2009<br />
# 有田正規, 諏訪和大 「Wikiによるフラボノイドのデータベース」実験医学増刊,「バイオデータベースとソフトウェア最前線」, 4月, 1148-1154, 羊土社, 2008<br />
# 福島敦史, 草野都, 有田正規, 斉藤和季 「植物メタボロミクス―代謝プロファイルからシステム解析へ」 実験医学, 1月号, 羊土社, 2008<br />
# 有田正規 「生体ネットワークをどう研究するべきか」 数理科学5月号(527)79-83, サイエンス社, 2007<br />
# 時松敏明, 有田正規 「代謝マップビューワで見るフラボノイド」 細胞工学, 25(12), 1388-1393, 2006<br />
# 小林徹也, 有田正規, 森下喜弘, 合原一幸 「細胞内現象のシステム的理解―今理論に何が求められているのか？」 システム/制御/情報 50(8), システム制御情報学会誌 2006<br />
# 杉峰伸明, 大塚一路, 有田正規, 合原一幸「ネットワーク的思考で生命現象をよみとく」（特集「意識・脳・身体の接続へ」）科学 76(3), 岩波書店 2006<br />
# 有田 正規 「スケールフリーにご用心」 蛋白質核酸酵素 12月号増刊「ゲノムから生命システムへ」50(16 Suppl), 2294-2299, 共立出版, 2005<br />
# 有田 正規、田口 良 「メタボロームによる脂質代謝パスウェイ解析」 実験医学増刊号 「ダイナミックに新展開する脂質研究 」23(6), 151-157, 羊土社, 2005<br />
# 有田 正規 「代謝マップを電子化するARMプロジェクト」CICSJ Bulletin, 22(4), 64-67, 日本化学会 情報化学部会, 2004<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの解析法」 バイオインダストリー 特集「システム生物学の最前線」21(9), 34-39, シーエムシー出版, 2004<br />
# 有田 正規 「ARMデータベース」（執筆分担） 冨田勝、西岡孝明（編） 「メタボローム研究の最前線」, シュプリンガー東京, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と高分子への応用」 炎症と免疫 11(6), 46-51, 先端医学社 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 蛋白質核酸酵素 48(7), 823-828, 共立出版, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝は原子レベルで記述しよう －電子化の意義と将来性－」 JITAニュース March, 16-19, 日本産業技術振興協会, 2003<br />
# 有田 正規 「ベイジアンネットとバイオインフォマティクス」 人工知能学会誌 17(5), 539-545, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と有用物質の生産」 実験医学 9月号 1868-1872, 羊土社, 2002<br />
#「DNAコンピュータ」（執筆分担。第4章配列設計担当） 萩谷昌己、横森貴（編）, 培風館, 148-164, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの情報解析」 日本計算工学会誌 6(1), 10-12, 2001<br />
# 有田 正規 「パスウェイマップの探索」 日本シミュレーション学会誌, vol.20(2), 16-20, 2001<br />
# 萩谷 昌己, 有田 正規 「分子計算とその物理的基礎」 日本物理学会誌, Vol.56, 6月号, 403-410, 2001<br />
# 有田 正規 「遺伝子ネットワークと確率モデル」 ベイジアンネットチュートリアル予稿集 (BN2001), 50-53, 2001<br />
# 有田 正規 「グラフで見る代謝」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.5, 149-156, 2000<br />
# 西川 明男, 有田 正規, 三好 直人, 萩谷 昌己 「DNA計算の塩基配列設計におけるバランスの指標について」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.16, 67-69, 2000<br />
# 有田 正規, 西岡 孝明 「生体内化学反応の階層分類」 バイオインダストリー 特集「バイオインフォマティクス」, 17(7), 45-50, シーエムシー出版 2000 (再掲: DNAチップ応用技術 II 第6章, 227-236, シーエムシー出版 2001)<br />
# 有田 正規 「DNA計算における配列設計」 数理科学 特集「分子コンピューティング」, No.445 七月号, 32-38, サイエンス社 2000 (再掲：数理科学 SGCライブラリ31 「分子コンピュータの現状と展望」 萩谷昌己編著, II章3, サイエンス社 2004)<br />
# 有田 正規 「代謝系の再構築」（執筆分担。第4章の1担当） ポストシークエンスのゲノム科学シリーズ 「ゲノム情報生物学」 高木利久、冨田勝（編）, 148-164, 中山書店 2000<br />
# 角野宏司, 有田正規, 萩谷昌己, 白取知樹 「Computing-as-Editing(CAEP)に基づいた数式処理システムのユーザ・インタフェース」 インタラクティブシステムとソフトウェアIII, レクチャーノート/ソフトウェア学, 12, 161-170, 近代科学社 1995<br />
<br />
==Invited Talks and Lectures==<br />
<small>¢ ... support of hotel & participation fee only</small><br />
# Arita M "Data sharing and the power of omics integration" 6th Global Forum of Leaders for Agricultural Science and Technology (GLAST), Chengdu, China, Nov 12 (12-14), 2019<br />
# Arita M, Noureen M "Consensis genome structure and cluster analysis strains from NAG" Helicobacter pylori GP workshop, National Cancer Institute (NCI), Rockville, USA, 26 Aug (26-27), 2019<br />
# Arita M "Cheminformatics for Predicting Structures from Mass Spectra" 1st Annual Conference of Chinese Society of Metabolomics (plenary), Shanghai, China, 20 Apr (19-21), 2019<br />
# Arita M "Open genome analysis in the post-genomic era" International Workshop on Data Science, Mishima, 15 Nov (12-15), 2018<br />
# Arita M "Computational Metabolomics" 6th Annual Korea Metabolomics Society (plenary), Seoul, Korea, 6 Apr (5-6), 2018<br />
# Arita M "Distribution of Glycosphingolipids Revealed by LipidBank" International Life Science Integration Workshop, Tokyo, 5 Mar (5-6), 2018 ¢<br />
# Arita M "Identifying Metabolites with Theoretical References" The 26th International KOGO Annual Conference (plenary), Seoul, Korea, 6 Sep (6-8), 2017<br />
# Arita M "Prediction of Molecular Structures from their Spectra" The 4th International Conference on Plant Metabolism (ICPM 2017), 17 Jul (16-20), 2017<br />
# Arita M "Computational Mass Spectrometry" SLING workshop `Mass spectrometry-based lipidomics of human blood plasma' National University of Singapore, 2 May, 2017 (teleconference talk)<br />
# Arita M "Comprehensive Acquisition of MS/MS Spectra Benefits Database Research" 6th International Singapore Lipid Symposium, 1 Dec (Nov30-Dec1), 2015 ¢<br />
# Arita M "Impact of Metabolome Database in Plant Science" The 38th Naito Conference "Molecule-based biological systems", 8 Oct (7-10), Sapporo, Japan, 2014<br />
# Arita M "MassBank Past, Present and Future" Norman Massbank Workshop, 17 Sep (17-18), Duebendorf, Switzerland, 2014 (no travel support)<br />
# Arita M "Genetic, Protein, and Metabolic Networks: Which Choice Is Amenable to Modelling" International Conference on Mathematical Modeling and Applications (ICMMA 2013), 28 Nov (26-28), Tokyo, Japan, 2013<br />
# Arita M "Cyberinfrastructure for metabolomics and synthetic biology" International Symposium on Biotechnology for Green Growth, 24 Oct (24-26), Kobe, Japan, 2012 ¢<br />
# Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" International Conference of Research and Application on Traditional Complementary and Alternative Medicine (TCAM), 22 June (21-23), Muhammadiyah University of Surakarta (Indonesia), 2012<br />
# Arita M "Update on Lipid Databank and other lipidomics initiatives" EMBL-EBI Industry Programme & MetaboLights Project Workshop, 22 May, Hinxton, 2012<br />
# Arita M "Wiki-based Databases: Integration of knowledge through the web" C-NAIR Seminar Nasional, Gadjah Mada University (Indonesia) 5 Dec, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Structural Classification for PKS in Aspergilli" IUMS2011 (International Union of Microbiological Societies Congress), 9 Sep (6-10), Sapporo, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Knowledge Management using a Wiki-based System and its Application to Mass Spectra" EBI Seminar, 19 Apr, EBI, Hinxton UK, 2011<br />
# Arita M "Wiki-based platform for PKS in Aspergilli" Pacifichem, Dec 19 (15-20), Honolulu (Hawaii), 2010 ¢<br />
# Arita M "Circulating information and knowledge through a cyber-infrastructure" Mass Spectrometry Informatics in Systems Biology (MSiB) Oct 28-29, Helsinki, 2010 [JSPS Japan-Finland Bilateral Workshop (self-organized)]<br />
# Arita M "Integration of Flavonoid Information through Wiki" Satellite Symposium of 4th International Conference on Polyphenols and Health (ICPH2009), Dec 11 (7-11), Yorkshire England, 2009 ¢<br />
# Arita M "Web-based Resources for Metabolomics", Tutorial at the CBI-KSBSB joint conference (Bioinfo2009), Nov 4 (4-6), Haeundae Busan Korea, 2009 ¢<br />
# Arita M "Data Management of Cross-disciplinary Information using Wiki", 16th International Conference on Cytochrome P450, June 21 (21-25), Okinawa Japan, 2009<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Analysis using Wiki", The Sixth International Aspergillus Meeting (Asperfest 6), March 15-17, Monterey USA, 2009 ¢<br />
# Arita M "Wiki-based Database of Secondary Metabolites", JSPS-KOSEF Joint Seminar -Pioneering researches on fungal molecular biology-, November 19-20, Kanazawa Japan, 2008<br />
# Arita M "Computational Analysis of Metabolism" iPlant Mechanistic modeling grand challenge workshop, November 7-10, Biosphere2 Arizona USA, 2008<br />
# Arita M "Software Tools to Study Flavonoids", Systems Biology and Bioinformatics Symposium (SBBS07), March 27-29 Taipei Taiwan, 2007<br />
# Arita M "Databaes for Flavonoids and Measurement in Arabidopsis", 2nd International Symposium on Environmental Metabolomics, March 24-25, University of Louisville(KY), USA, 2007<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Chart for Flavonoid", 2nd Taiwan-Japan Bilateral Symposium on Bioinformatics, Nov 7-9, Tainan Taiwan, 2006<br />
# Arita M " Atomic-level analysis of metabolism and mass spectral database", Invited Lecture Course, May9-14, Center for Regulatory, Environmental, Analytical Metabolomics, University of Louisville(KY), USA, 2006<br />
# Arita M "Metabolomics in Japan and the Need for a Metabolic Map Editor", 1st Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics, March 13-17, Tokyo Japan, 2006 ¢<br />
# Arita M "ARM Database for Interactive Metabolic Maps", 1st International BioPAX Symposium, November 18, Tokyo Japan, 2005 ¢<br />
# Arita M "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism", 1st Louisville Symposium on Environmental Metabolomics, November 5-6, Louisville (KY) USA, 2005<br />
# Arita M "Interpretation of Metabolic Networks", 50th NIBB Conference, Structure and Dynamics of Complex Biological Networks, February 8-10, Okazaki Japan, 2005<br />
# Arita M "Scale-free Network and Biological Network", Invited Lecture Course, June 9 - 13, Centre National de la Recherche Scientifique, Marseille, France, 2004<br />
# Arita M "Computer Applications for Metabolome Analysis", ICSB2002 Satellite Meeting "Metabolome Analysis and Systems Biology", December 16, Stockholm Sweden, 2002 ¢<br />
# Arita M "Computer Applications for Comprehensive Metabolite Analysis", Cambridge Healthtech Institute's Second Annual Metabolic Profiling: Pathways in Discovery, December 2 - 3, Research Triangle Park (North Carolina) USA, 2002<br />
# Arita M "Atomic Representation of Metabolism", Invited Lecture Course, June26 - July 2, Department of Computer Science, University of Helsinki, Finland, 2002<br />
# Arita M "Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM) Project", Workshop on Protein Interaction and Clinical Data Analysis, May 28 - 31, National University of Singapore, 2002<br />
# Hagiya M. and Arita M "Several Approaches to Bio-simulation", International Symposium on Human Genome Project and Computer Science Sanjo Hall, March 9-10, Tokyo University, 1995 ¢<br />
<br />
==招待講演、トークイベント== <br />
# 有田 正規 「バイオインフォマティクスが推し進めるバイオの世界」バイオインフォマティクスフォーラム, 8/24, 那覇, 2019<br />
# 有田 正規 「データ時代における学術出版とデータベース」第90回日本医学図書館協会総会, 5/31, 2019<br />
# 有田 正規 「学術データは誰のものか」日本医学会第五回研究倫理教育研修会, 5/30, 東京, 2019<br />
# 有田 正規 「元素から眺める地球・生命・食事」静岡県保育所連合会東部支部総会, 5/14, 沼津, 2019<br />
# 有田 正規 「生薬情報のデータベース」薬用資源の持続的利用促進に関する研究会, 11/21, 草津（滋賀）, 2018<br />
# 有田 正規 「遺伝子から見た地球生命」静岡県教育研究会夏季研究大会（理科）, 8/8, 三島, 2018<br />
# 有田 正規 「生命科学データ共有のあり方」Japan Open Science Summit, 6/19, 東京, 2018<br />
# 有田 正規 「DNAレベルからみたミシマサイコ」ミシマサイコの会 3/24 三島 2018<br />
# 有田 正規 「たべものは体の中でどうなるか」三島遺伝学講座 3/4 三島 2018<br />
# 有田 正規 「これからのスペクトルデータベース」日本質量分析学会第65回質量分析総合討論会（基調講演） 5/17 つくば 2017<br />
# 有田 正規 津川裕司 「MS2スペクトルのフラグメンテーション解析と前駆体構造予測」日本分子生物学会年会 シンポジウム「生命システムを俯瞰するための質量分析情報解析技術とデータベースの活用」 11/30 横浜 2016<br />
# 有田 正規 「クリエイティブは毒か薬か」 三島市クリエイティブファクトリー 「うるまの部屋」第一回 9/16 2016<br />
# 有田 正規 「Comprehensive lipidomics and Mass/LipidBank databases」日本分子生物・生化学会大会（BMB2015）シンポジウム「リピドミクスから見えてきた脂質の新機能 –基礎から臨床まで-」12/4 神戸 2015<br />
# 有田 正規 「科学者から見た学術のオープン化」林和弘氏、有田正規氏講演会「オープンな知がイノベーションを生む -オープンサイエンスの潮流と図書館の可能性-」(東大新図書館トークイベント14) 10/17 東京 2015<br />
# 有田 正規 「代謝の杜:分子の食物連鎖」[http://izukeidai.tumblr.com/post/128890729785/%E5%A4%A7%E8%AC%9B%E5%A0%82%E3%82%A4%E3%82%BA%E3%82%B1%E3%83%BC%E5%A4%A7%E3%81%AB%E6%9C%AC%E7%89%A9%E3%81%AE%E6%95%99%E6%8E%88%E3%81%AE%E8%AC%9B%E7%BE%A9%E7%99%BB%E5%A0%B4%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80-1%E6%9C%89%E7%94%B0%E6%AD%A3%E8%A6%8F%E6%95%99%E6%8E%88-22%E6%97%A5 地域イベント伊豆経済大学] 9/22 三島 2015<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「ノンターゲットMS/MSによる藻類脂質の網羅的解析とデータベース化」 健康・長寿研究談話会（旧ホスファチジルセリン研究会）11/7 品川 2014<br />
# 有田 正規 "Database for Biology: which data deserve maintaining?" 第52回日本生物物理学会年会 シンポジウム「大容量生命情報時代の新しい生物学とは？」(兼オーガナイザ) 9/27 (25-27) 札幌 2014<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「藻類メタボロミクス：植物との違い」日本植物学会第78回大会シンポジウム「バイオリソースとゲノム情報から考える藻類研究の未来形」 9/12 (12-14) 東京 2014<br />
# 有田 正規 「マススペクトルのデータベースを使いこなす」第31回日本植物細胞分子生物学会 バイオインフォマティクス講習会 9/12 (10-12) 札幌 2013<br />
# 有田 正規 「和漢薬データベースの構築」日本薬学会第133年会 シンポジウム "和漢薬の科学基盤：共同研究による先駆的統合的解明" 3/29 (27-30) 横浜 2013<br />
# 有田 正規 「ポリケチド合成酵素の進化解析」革新的バイオマテリアル実現のための高機能化ゲノムデザイン技術開発キックオフシンポジウム 10/30 東京 2012<br />
# 有田 正規 「Knowledge Management using a Wiki-based System」 細胞を作る研究会 4.0 10/27(-28) 大阪 2011<br />
# 有田 正規 「コミュニティとして機能するためのインフラストラクチャ」第84会日本生化学会大会シンポジウム "ゲノムデザインの最前線" 9/22 (21-24) 京都 2011<br />
# 有田 正規 「ウェブを通じた生薬知識のアウトリーチ」南方資源利用技術研究会 11/26 那覇 2010<br />
# 長谷川禎彦 有田正規 「細胞内のノイズと遺伝子スイッチ」細胞を作る研究会 3.0 11/12(-13) 駒場 2010<br />
# 有田 正規 「Wikiを通じて学会をまとめよう 代謝データベースを例に」 第20回記念微生物資源ワークショップ 11/14 (13-14) 修善寺 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬の知識流通を促すウェブ基盤の構築」 第30回和漢医薬学総合研究所特別セミナー「和漢薬とインフォマティクス」 10/9, 富山 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬Wikiデータベースの開発」 第26回和漢医薬学会学術大会 メインテーマ企画「生薬とデータベース」 8/29 (29-30), 幕張 2009<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス解析におけるインフォマティクス」 日本薬物動態学会第２回ビジョン・シンポジウム 6/6 (5-6), 本郷 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるマススペクトルの共有と知識抽出」 日本質量分析学会 第57回質量分析総合討論会ワークショップ 「マススペクトルを日本発のツールで解析、整理しよう」 5/14, 大阪 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるオミクスデータ管理と知識発見」 農芸化学会大会シンポジウム「OMICSを基盤とした生物機能の戦略的高度化と物質生産」3/29 福岡 2009<br />
# 有田 正規 「百科事典とデータベースを区別できない生物学者」 BMB2008 日本分子生物・生化学会合同年会シンポジウム「最新メタボロミクス事情と植物科学への貢献」(兼オーガナイザ) 12/12 神戸 2008<br />
# 有田 正規 「バイオデータベースのあるべき姿」 第五回 コンビナトリアル・バイオエンジニアリング会議 11/7 大阪 2008<br />
# 有田 正規 「メタボロームデータベースを統合する：*Bankと*Wiki」 第2回メタボロームシンポジウム(兼実行委員) 10/30 鶴岡 2008<br />
# 有田 正規 「Wiki をもちいたデータベース設計」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第7回連携研究会 9/13, Spring-8普及棟 2008<br />
# 有田 正規 「ウィキによるフラボノイドのデータベース」 日本植物生理学会年会 シンポジウム「データベースの中に築く生物像」 3/20, 札幌 2008<br />
# 有田 正規 「化学構造と植物種をつなぐフラボノイドデータベース」 日本化学会 化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム 12/7, 東京 2007<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス －代謝を研究する新しいOmics分野－」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第六回連携研究会 8/4, Spring-8普及棟 2007<br />
# 有田 正規 「マススペクトルデータベースMassBankの検索技法」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会ワークショップ 「ケミカルバイオロジーとマススペクトルデータベース」 5/15, 広島 2007<br />
# 有田 正規 「原子レベルでみる代謝ネットワーク」 京大理 数学教室 研究集会「スケールフリーネットワークとランダムグラフ」 1/27, けいはんな 2007<br />
# 有田 正規 「化学構造データベースから代謝経路へ」 奈良先端大 植物科学研究教育推進ユニットワークショップ 「植物研究にいかに役立てるか、『システム生物学』」 12/12, 奈良 2006<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップによるメタボローム解析」 日本医用マススペクトル学会 シンポジウム 「メタボローム解析への質量分析の応用」9/29, 名古屋 2006<br />
# 有田 正規 「バクテリアの代謝はどこまでわかっているか」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第五回連携研究会 8/12, Spring-8普及棟 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ 」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロミクスとバイオインフォマティクス」5/26, 大阪 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームは本当に網羅的か」 日本分子生物学会 年会シンポジウム 12/7, 福岡 2005<br />
# 有田 正規「バイオインフォマティクスの環境バイオへの適用可能性」 環境バイオ・新規提案検討国際ワークショップ －微生物集団機能の高効率利用・デザイン化技術の創出のために－ 10/21, 東京 2005<br />
# 有田 正規「生体ネットワークの大域情報と局所情報をつなぐソフトウェア」 第10回分生研シンポジウム「情報生物学」9/22, 東京 2005<br />
# 有田 正規「代謝のネットワークとスケールフリー性」 日本数理生物学会 第15回大会シンポジウム 「複雑ネットワークの展開」 9/16, 横浜 2005<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」5/26, 大宮 2005<br />
# 有田 正規 「マップエディタを用いたオンデマンドの代謝解析」 日本農芸化学会シンポジウム「モノづくりの代謝工学」 3/29, 札幌 2005<br />
# 有田 正規 「代謝のネットワーク解析：大域的特徴から分子構造変化まで」 (財)新世代研究所 中性子生体ナノマシン・バイオナノ合同研究会 1/28, 東海村 2005<br />
# 有田 正規 「お気楽マップエディタによる代謝解析」 日本分子生物学会 年会ワークショップ 「メタボローム研究の新展開」 12/10, 神戸 2004<br />
# 有田 正規 「生物ネットワークとスケールフリー性」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「分子ネットワークのシステム特性」 10/16, 横浜 2004<br />
# 有田 正規 「脂質代謝を原子レベルで表現するデータベース」 日本脂質栄養学会 第13回大会 9/3, 酒田 2004<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップに基づくメタボローム解析」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」6/4, 名古屋 2004<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と機能予測」 新資源生物変換研究会シンポジウム 12/5, 東京 2003<br />
# 有田 正規 「代謝データベースとその盲点」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「メタボローム研究の最前線」 10/15, 横浜 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「ポストゲノム時代を担う若手研究者」 5/16, つくば 2003<br />
# 有田 正規 「ARMプロジェクト： 細胞内代謝の電子化技術」 基礎生物学研究所研究会「生命科学におけるInformaticsと Mathematics」 3/11-12, 岡崎 2003<br />
# 有田 正規 「大腸菌の代謝経路再構築」 JST異分野研究者交流フォーラム 3/1-2, 大仁 2002<br />
# 有田 正規 「計算論的バイオテクノロジー」 計測自動制御学会 第7回創発システムシンポジウム「創発夏の学校」, 8/24-26, 富山, 2001<br />
<br />
==Meeting series and Workshops==<br />
* AYRCOB Conference Series (http://ayrcob.org/) 2008-2016<br />
* International Metabolomics Society<br />
** Board Member (2014 Oct-2016 Sep)<br />
** Organization and talks<br />
*** Workshop "Data Sharing and Standardisation" (SF, 29 Jun, 2015; Dublin, 27 Jun 2016; Brisbane, 26 Jun, 2017)<br />
*** NSF-JST "Metabolomics for a Low Carbon Society", San Francisco, 28 Jun 2015<br />
*** JST-NSF "Metabolomics Measurement Technology and Application" Tsuruoka, 23 Jun 2014<br />
* Annual Metabolome Symposium (domestic) 2006-2018<br />
** Mishima meeting (2015)<br />
* NII Shonan meeting "Computational metabolomics", March 20-23, Shonan, 2017 (organizer)<br />
* NIG International Symposium (commemorating DDBJ 30th) "Life, Environment and Evolution revealed by Genomes" (general chair)<br />
* ROIS International Workshop on Data Science (DSWS2018) "Present & Future of Open Data & Open Science" (local organizer)</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/JSBi/TestAritalab:Lecture/JSBi/Test2019-11-15T21:52:17Z<p>Adm: /* トピックまとめ */</p>
<hr />
<div>=JSBi バイオインフォマティクス技術者認定試験に合格しよう=<br />
<br />
==傾向と対策==<br />
問題数は80問。内訳は大体以下の通りです。<br />
* 20問 ... 分子生物学<br />
* 20問 ... 情報科学<br />
** 統計<br />
** データ構造とアルゴリズム<br />
* 40問 ... バイオインフォマティクス<br />
** 配列アライメント、検索<br />
** データベース<br />
** タンパク質立体構造<br />
** ゲノム医療、医療統計<br />
** システム生物学、シミュレーション<br />
<br />
過去の問題を眺めると、出題範囲に偏りがあることがわかります。出題範囲キーワードにはあってもあまり重要視されていないのが数値演算（誤差）やハードウェア、マイクロアレイ、プログラミング言語に関する質問です。これらを詳しく学ぶより、むしろキーワードをたくさん憶えましょう。<br />
<br />
==どれくらい点を取ればよいか==<br />
合格のボーダーラインは６割、問題が全て4択です。<br />
つまり、選択肢を半分消去する知識があれば合格できます。<br />
もう少し具体的に考えてみましょう。2-3割の問題は正解がわかるけれど、残りはよくわからない人が多いと思います。そのとき、選択肢を半分消去できれば後は当てずっぽうでも正解数は半分。<br />
つまり 2 割 ＋ 8 割の半分 ＝ 6 割 となって合格のボーダーラインに届きます。<br />
<br />
==問題の解き方==<br />
;選択肢を見比べる<br />
選択肢が文章の場合も絵の場合も、一番の基本は見比べてみることです。共通している部分は正解の可能性が高いので、どこが違うかを見極め、その検証に集中しましょう。これから見極めのコツを並べます。<br />
<br />
;重複する選択肢を選ぶ<br />
多くの選択肢で、使われる言葉がオーバーラップしています。そのとき、回答者を惑わせるように正解に含まれる言葉が重複する場合が多くなるでしょう。その特徴を利用します。<br />
<br />
:例１<br />
{| class="wikitable" style="text-align:center"<br />
! 選択肢 || ミトコンドリア || ゴルジ体 || 核<br />
|-<br />
| 1 || (イ) || (オ) || (ア)<br />
|-<br />
| 2 || (ウ) || (ア) || (エ)<br />
|-<br />
| 3 || (エ) || (ウ) || (ア)<br />
|-<br />
| 4 || (オ) || (ウ) || (イ)<br />
|}<br />
<br />
このとき、記号の頻度をみると2列目に（ウ）がふたつ、3列目に（ア）がふたつあります。ここから選択肢3が正解であることが予想できます。<br />
<br />
;断定する選択肢を選ぶ<br />
多くの問題は「もっとも不適切なものを選べ」という形式を取ります。つまり誰がみても明らかな誤りを探せということです。非現実的であることを示すには、どうしても言葉の使い方が断定的であったり、大げさな表現になりがちです。そうした言葉を探します。<br />
<br />
:例２<br />
# ミトコンドリアは地球上の全ての生物の細胞内に存在する<br />
# ミトコンドリアは独自のゲノムを持ち、母系遺伝する<br />
# ミトコンドリアには核の染色体ゲノム由来のタンパク質も存在する<br />
# ミトコンドリアは内膜と外膜の二重膜で形成されている<br />
<br />
このとき、「地球上の全ての生物の」という表現は真実であるにはかなり大胆な主張です。我々はすべての生物について知っているわけではないし、知りえません。ここから選択肢1が正解であることが予想できます。<br />
<br />
;とても短い選択肢はあきらめる<br />
選択肢として短い専門用語が並んでいる場合は知識を問われています。こうした問題でどの用語も意味がわからない場合は考えても仕方ありません。適当に１つ選んでおきましょう。<br />
<br />
:例３<br />
# 最大節約法<br />
# 近隣結合法<br />
# 動的計画法<br />
# 最尤法<br />
<br />
これらのキーワードが全部わからない場合は仕方ありません。ただ、動的計画法だけは聞いたことがあるかもしれません。その場合、知っている言葉を選んでおきましょう。誰も知らないような難しい手法が正解になることはないからです。<br />
<br />
;数式や計算問題は、時間が十分あれば楽<br />
数式や計算を必要とする場合は、高校生でも解けるように優しい導入文がついています。驚かずにゆっくり読んでいけば必ずわかります。<br />
<br />
:例４<br />
「…位置の情報量を ... &minus; &Sigma; f(i,a) log<sub>2</sub> f(i,a) ... で定義される量である」<br />
<br />
このとき、f(i,a)という式は出現頻度と書いてあるので例えば 1/2, 1/4 といった値になります（詳しくは実際の試験問題参照）。これらの値を素直に計算してみましょう。<br />
<br />
&minus; (1/2) log<sub>2</sub>(1/2) &minus; (1/4) log<sub>2</sub>(1/4) = &minus; (1/2) * (-1) &minus; (1/4) * (-2) = ...<br />
<br />
としていけば解くことができます。ただ1問あたり５分かかるので、長い問題は後回しにします。解ける問題を最後まで行なった後、残った時間で解くようにします。<br />
<br />
==トピックまとめ==<br />
===タンパク質科学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/Biochem/Protein|タンパク質について]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Biochem/ProteinStructure|タンパク質の立体構造]]<br />
<br />
===情報科学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/JSBi/Test/CompSci|情報科学]]<br />
<br />
===数学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/Basic/Expectation|期待値と分散について]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Basic/Distribution|確率分布について]]<br />
<br />
==関連ウェブサイト==<br />
* [http://www.jsbi.org/nintei/ JSBiのホームページ] ... 過去問。２０１０年度より解説付き<br />
* [https://www.jst.go.jp/nbdc/bird/jinzai/literacy/ JSTバイオインフォマティクス推進センター] ... 試験対策講座などのストリーミング映像や講義資料</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/JSBi/TestAritalab:Lecture/JSBi/Test2019-11-15T21:51:00Z<p>Adm: /* 問題の解き方 */</p>
<hr />
<div>=JSBi バイオインフォマティクス技術者認定試験に合格しよう=<br />
<br />
==傾向と対策==<br />
問題数は80問。内訳は大体以下の通りです。<br />
* 20問 ... 分子生物学<br />
* 20問 ... 情報科学<br />
** 統計<br />
** データ構造とアルゴリズム<br />
* 40問 ... バイオインフォマティクス<br />
** 配列アライメント、検索<br />
** データベース<br />
** タンパク質立体構造<br />
** ゲノム医療、医療統計<br />
** システム生物学、シミュレーション<br />
<br />
過去の問題を眺めると、出題範囲に偏りがあることがわかります。出題範囲キーワードにはあってもあまり重要視されていないのが数値演算（誤差）やハードウェア、マイクロアレイ、プログラミング言語に関する質問です。これらを詳しく学ぶより、むしろキーワードをたくさん憶えましょう。<br />
<br />
==どれくらい点を取ればよいか==<br />
合格のボーダーラインは６割、問題が全て4択です。<br />
つまり、選択肢を半分消去する知識があれば合格できます。<br />
もう少し具体的に考えてみましょう。2-3割の問題は正解がわかるけれど、残りはよくわからない人が多いと思います。そのとき、選択肢を半分消去できれば後は当てずっぽうでも正解数は半分。<br />
つまり 2 割 ＋ 8 割の半分 ＝ 6 割 となって合格のボーダーラインに届きます。<br />
<br />
==問題の解き方==<br />
;選択肢を見比べる<br />
選択肢が文章の場合も絵の場合も、一番の基本は見比べてみることです。共通している部分は正解の可能性が高いので、どこが違うかを見極め、その検証に集中しましょう。これから見極めのコツを並べます。<br />
<br />
;重複する選択肢を選ぶ<br />
多くの選択肢で、使われる言葉がオーバーラップしています。そのとき、回答者を惑わせるように正解に含まれる言葉が重複する場合が多くなるでしょう。その特徴を利用します。<br />
<br />
:例１<br />
{| class="wikitable" style="text-align:center"<br />
! 選択肢 || ミトコンドリア || ゴルジ体 || 核<br />
|-<br />
| 1 || (イ) || (オ) || (ア)<br />
|-<br />
| 2 || (ウ) || (ア) || (エ)<br />
|-<br />
| 3 || (エ) || (ウ) || (ア)<br />
|-<br />
| 4 || (オ) || (ウ) || (イ)<br />
|}<br />
<br />
このとき、記号の頻度をみると2列目に（ウ）がふたつ、3列目に（ア）がふたつあります。ここから選択肢3が正解であることが予想できます。<br />
<br />
;断定する選択肢を選ぶ<br />
多くの問題は「もっとも不適切なものを選べ」という形式を取ります。つまり誰がみても明らかな誤りを探せということです。非現実的であることを示すには、どうしても言葉の使い方が断定的であったり、大げさな表現になりがちです。そうした言葉を探します。<br />
<br />
:例２<br />
# ミトコンドリアは地球上の全ての生物の細胞内に存在する<br />
# ミトコンドリアは独自のゲノムを持ち、母系遺伝する<br />
# ミトコンドリアには核の染色体ゲノム由来のタンパク質も存在する<br />
# ミトコンドリアは内膜と外膜の二重膜で形成されている<br />
<br />
このとき、「地球上の全ての生物の」という表現は真実であるにはかなり大胆な主張です。我々はすべての生物について知っているわけではないし、知りえません。ここから選択肢1が正解であることが予想できます。<br />
<br />
;とても短い選択肢はあきらめる<br />
選択肢として短い専門用語が並んでいる場合は知識を問われています。こうした問題でどの用語も意味がわからない場合は考えても仕方ありません。適当に１つ選んでおきましょう。<br />
<br />
:例３<br />
# 最大節約法<br />
# 近隣結合法<br />
# 動的計画法<br />
# 最尤法<br />
<br />
これらのキーワードが全部わからない場合は仕方ありません。ただ、動的計画法だけは聞いたことがあるかもしれません。その場合、知っている言葉を選んでおきましょう。誰も知らないような難しい手法が正解になることはないからです。<br />
<br />
;数式や計算問題は、時間が十分あれば楽<br />
数式や計算を必要とする場合は、高校生でも解けるように優しい導入文がついています。驚かずにゆっくり読んでいけば必ずわかります。<br />
<br />
:例４<br />
「…位置の情報量を ... &minus; &Sigma; f(i,a) log<sub>2</sub> f(i,a) ... で定義される量である」<br />
<br />
このとき、f(i,a)という式は出現頻度と書いてあるので例えば 1/2, 1/4 といった値になります（詳しくは実際の試験問題参照）。これらの値を素直に計算してみましょう。<br />
<br />
&minus; (1/2) log<sub>2</sub>(1/2) &minus; (1/4) log<sub>2</sub>(1/4) = &minus; (1/2) * (-1) &minus; (1/4) * (-2) = ...<br />
<br />
としていけば解くことができます。ただ1問あたり５分かかるので、長い問題は後回しにします。解ける問題を最後まで行なった後、残った時間で解くようにします。<br />
<br />
==トピックまとめ==<br />
===タンパク質科学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/Biochem/Protein|タンパク質について]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Biochem/Protein|タンパク質の立体構造]]<br />
<br />
===情報科学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/JSBi/Test/CompSci|情報科学]]<br />
<br />
===数学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/Basic/Expectation|期待値と分散について]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Basic/Distribution|確率分布について]]<br />
<br />
==関連ウェブサイト==<br />
* [http://www.jsbi.org/nintei/ JSBiのホームページ] ... 過去問。２０１０年度より解説付き<br />
* [https://www.jst.go.jp/nbdc/bird/jinzai/literacy/ JSTバイオインフォマティクス推進センター] ... 試験対策講座などのストリーミング映像や講義資料</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Biochem/ProteinAritalab:Lecture/Biochem/Protein2019-11-15T10:55:45Z<p>Adm: /* 構造の分類と測定 */</p>
<hr />
<div>{| style="float:right"<br />
| __TOC__<br />
|}<br />
<br />
==タンパク質のみかた==<br />
<br />
タンパク質は20種類の[[Aritalab:Lecture/Biochem/Amino_Acid|アミノ酸]]が連なったポリペプチドです。<br />
<br />
タンパク質を大きく分けると表のようになります。<br />
{| class="wikitable"<br />
|rowspan="2"| 水溶性タンパク || 球状 (globular) || 酵素や転写因子で、細胞質のようなゾル内で機能するタンパク質です。分子内部は疎水性、外部は親水性アミノ酸が分布しています。<br />
|-<br />
| 不定形 (disordered) || 真核生物に多い構造不定のタンパク質です。親水性アミノ酸（とりわけKEPQRS）が多く、転写因子などの相互作用にその性質が利用されるといわれています。<br />
<br />
|-<br />
|colspan="2"| 膜タンパク || 受容体、トランスポーターなど、脂質二重膜に付着したり埋没した形で機能するタンパク質です。疎水性アミノ酸が多く、とりわけ膜貫通領域は疎水性です。全タンパク質の 3 割ほどを占めるにもかかわらず、結晶化しにくく構造がほとんどわかっていません。<br />
|}<br />
<br />
==アミノ酸指標==<br />
Kyte と Doolittle は 1982 年に疎水性スケール (hydropathy scale) というアミノ酸毎の疎水度を求めました。<ref>Kyte J, Doolittle R (1982) "A simple method for displaying the hydropathic character of a protein" J Mol Biol 157:105-132</ref> アミノ酸配列をこの数値に変換し、5 から 7 残基のウィンドウで平均化するとタンパク質表面にある領域を予測できます。またウィンドウを 19 から 21 残基にとることで膜貫通領域の予測もできます。（後者の場合、平均値が 1.6 以上が目安とされています。）<br />
<br />
この後、様々な類似の指標が発表されました。例えばHopp-Woods指標は抗体の抗原部分を予測するために発表されたもので基本的に Kyte-Doolittle の符号が逆転している事がわかります。<ref>Hopp TP, Woods KR (1983) "A computer program for predicting protein antigenic determinants" Mol Immunol 20(4):483-489</ref>また Engelman 指標は Kyte-Doolittle と同様に疎水性の指標として現在も使われています。<ref>Engelman DM, Steitz TA, Goldman A (1986) "Identifying<br />
nonpolar transbilayer helices in amino acid sequences of membrane proteins" Annu Rev Biophys Biophys Chem 15:321-353</ref> Kyte-Doolittle とは、S, T, W などの値が異なるところが特徴です。これらで計算される値はあくまで「傾向」であり、正確に予測するものではありません。<br />
<br />
何百と発表されてきたアミノ酸指標は、[http://www.genome.jp/dbget/aaindex.html AAIndex] データベースで検索可能です。<br />
<br />
{|<br />
|<br />
{| class="wikitable"<br />
!colspan=2| Amino acids<br />
! Kyte-Doolittle<br />
! Hopp-Woods<br />
! Engelman<br />
|-<br />
| A || Alanine || 1.80 || -0.50 || 1.60<br />
|-<br />
| C || Cysteine || 2.50 || -1.00 || 2.00<br />
|-<br />
| D || Aspartic acid || -3.50 || 3.00 || -9.20<br />
|-<br />
| E || Glutamic acid || -3.50 || 3.00 || -8.20<br />
|-<br />
| F || Phenylalanine || 2.80 || -2.50 || 3.70<br />
|-<br />
| G || Glycine || -0.40 || 0.00 || 1.00<br />
|-<br />
| H || Histidine || -3.20 || -0.50 || -3.00<br />
|-<br />
| I || Isoleucine || 4.50 || -1.80 || 3.10<br />
|-<br />
| K || Lysine || -3.90 || 3.00 || -8.80<br />
|-<br />
| L || Leucine || 3.80 || -1.80 || 2.80<br />
|}<br />
|<br />
{| class="wikitable"<br />
!colspan=2| Amino acids<br />
! Kyte-Doolittle<br />
! Hopp-Woods<br />
! Engelman<br />
|-<br />
| M || Methionine || 1.90 || -1.30 || 3.40<br />
|-<br />
| N || Asparagine || -3.50 || 0.20 || -4.80<br />
|-<br />
| P || Proline || -1.60 || 0.00 || -0.20<br />
|-<br />
| Q || Glutamine || -3.50 || 0.20 || -4.10<br />
|-<br />
| R || Arginine || -4.50 || 3.00 || -12.3<br />
|-<br />
| S || Serine || -0.80 || 0.30 || 0.60<br />
|-<br />
| T || Threonine || -0.70 || -0.40 || 1.20<br />
|-<br />
| V || Valine || 4.20 || -1.50 || 2.60<br />
|-<br />
| W || Tryptophan || -0.90 || -3.40 || 1.90<br />
|-<br />
| Y || Tyrosine || -1.30 || -2.30 || -0.70<br />
|}<br />
|}<br />
<br />
==ラマチャンドランプロット==<br />
<br />
{|<br />
|valign="top"|<br />
アミノ酸配列は、ペプチド結合における二面角のリスト &phi;<sub>1</sub>, &psi;<sub>1</sub>, &phi;<sub>2</sub>, &psi;<sub>2</sub>, ..., &phi;<sub>N</sub>, &psi;<sub>N</sub> で表すことができます。<br />
この値を平面に散布図としてプロットしたものをラマチャンドラン (Ramachandran) プロットと呼びます。<br />
<br />
ラマチャンドラン (Gopalasamudram Narayana Ramachandran) は、インド出身の生物物理学者です。<br />
ペプチド鎖の特徴をみるのに、各アミノ酸の&phi;角度と&psi;角度を平面にプロットする方法を考え出しました。角度はそれぞれ&alpha;炭素からアミノ基(C-N結合)とカルボキシル基(C-C結合)を見たとき時計回りに何度ねじれているかを表現しています。180°ずれると互い違いのトランス配置を取ると憶えておくと楽です。タンパク質構造の場合、ペプチド結合の平面が互い違いに平面に揃う場合が&plusmn;180°です。<br />
<br />
二面角をプロットするとへリックスとシート構造がきれいに分離され、タンパク質の構造分類に使えます。<br />
<br />
* &alpha;ヘリックス ... 二面角をプロットすると (&phi;, &psi;)=(&minus;60°,&minus;45°)を中心に分布します。<br />
* (逆）並行&beta;シート ... 二面角は (&phi;, &psi;)=(&minus;130°,&minus;120°)を中心に分布します。平面に近い構造なので二面角が180に近づきます。<br />
<br />
| [[Image:JSBi-Ramaplot.png|250px]](図は[http://ja.wikipedia.org/wiki/%E4%BA%8C%E6%AC%A1%E6%A7%8B%E9%80%A0 ウィキペディア]より)<br />
|}<br />
<br />
==コンタクトマップ==<br />
[[File:JSBi-contactmap.png|right]]<br />
縦(上から下にN&rarr;C)横(左から右にN&rarr;C)にペプチド鎖を並べ、C<sub>&alpha;</sub>原子間の距離が10オングストローム以内であれば色を塗ったものをコンタクトマップと呼びます。<br />
対角線は同一の残基がくるので黒くなります。&alpha;-へリックスは、およそ3.6残基で一周してその径が12オングストローム程度なので、この対角線上に重なるように表示されます。<br />
<br />
平行&beta;-シートは対角線から離れた位置に対角線と同じ角度で現れます。逆平行&beta;-シートの場合、向きが逆になるので対角線と直行する角度に現れます。<br />
<br />
==構造の分類と測定==<br />
タンパク質立体構造の研究はミオグロビン（myoglobin: 筋肉にある赤いタンパク質）から始まりました。ジョン・ケンドリュー（John Kendrew)がX線回折で世界ではじめてタンパク質の構造を明らかにしたのは1960年です（そんなに昔ではないのです。予測した構造の<br />
写真が[http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/photo-archive/john-kendrew-lecturing/ ここ]にあります。）。立体構造解析に対する功績により、ケンドリューはわずか2年後の1962年にノーベル化学賞を授与されています（ペルーツと共同）。<br />
<br />
[[Image:Lecture-biochem-protein-myoglobin.jpg|thumb|PDB (1mbn) Myoglobin]]<br />
<br />
DNAに比較すると、タンパク質の構造は遥かに複雑で理解が難しいものでした。<br />
<br />
現在、タンパク質の構造は、長さが 50-150アミノ酸程度(平均100)のドメインと呼ばれるブロックに分けて考えます。各ドメインは機能部位や疎水性コアを持ち、ドメイン間の二次構造どうしは近接しません。ドメインとはつまり、タンパク質の構造（および機能）モジュールと捉えられます。金属イオンと結合して構造を形成するドメイン（例. ジンクフィンガー）もあります。<br />
<br />
<br />
立体構造を分類するデータベースには、手作業で構造を分けた [http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ SCOP] (structural classification of proteins) や [http://www.cathdb.info/ CATH] があります。いずれもドメインを考慮した分類を採用しており、大きく分けると以下のようになります。(図はCATH DBより）より詳しくは [[Aritalab:Lecture/Biochem/ProteinStructure|構造のページ]]をみてください。<br />
<br />
{|<br />
| mainly &alpha;<br/> [[Image:Lecture-Biochem-Protein-MainlyA.gif]]<br />
| mainly &beta;<br/>[[Image:Lecture-Biochem-Protein-MainlyB.gif]]<br />
| &alpha; and &beta;<br/>[[Image:Lecture-Biochem-Protein-MainlyAB.gif]]<br />
| few structures<br/>[[Image:Lecture-Biochem-Protein-NoAB.gif]]<br />
|}<br />
<br />
==測定方法==<br />
;ゲル電気泳動<br />
タンパク質は帯電しているので、ポリアクリルアミド電気泳動 (PAGE) で分離できます。<br />
<br />
;Ｘ線回折<br />
タンパク質を結晶化させられる場合はＸ線結晶解析により原子位置を特定できます。<br />
粒子加速器から得られるＸ線を用いると、C<sub>&alpha;</sub>ほか、重い原子の位置を計算できます。水素の位置はわかりません。<br />
<br />
;ＮＭＲ解析<br />
NMRとはNuclear Magnetic Resonanceの略で、原子核の磁気共鳴を用いて原子の位置を特定します。<br />
<br />
<br />
;参考<br />
<references/></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/JSBi/TestAritalab:Lecture/JSBi/Test2019-11-15T02:18:28Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div>=JSBi バイオインフォマティクス技術者認定試験に合格しよう=<br />
<br />
==傾向と対策==<br />
問題数は80問。内訳は大体以下の通りです。<br />
* 20問 ... 分子生物学<br />
* 20問 ... 情報科学<br />
** 統計<br />
** データ構造とアルゴリズム<br />
* 40問 ... バイオインフォマティクス<br />
** 配列アライメント、検索<br />
** データベース<br />
** タンパク質立体構造<br />
** ゲノム医療、医療統計<br />
** システム生物学、シミュレーション<br />
<br />
過去の問題を眺めると、出題範囲に偏りがあることがわかります。出題範囲キーワードにはあってもあまり重要視されていないのが数値演算（誤差）やハードウェア、マイクロアレイ、プログラミング言語に関する質問です。これらを詳しく学ぶより、むしろキーワードをたくさん憶えましょう。<br />
<br />
==どれくらい点を取ればよいか==<br />
合格のボーダーラインは６割、問題が全て4択です。<br />
つまり、選択肢を半分消去する知識があれば合格できます。<br />
もう少し具体的に考えてみましょう。2-3割の問題は正解がわかるけれど、残りはよくわからない人が多いと思います。そのとき、選択肢を半分消去できれば後は当てずっぽうでも正解数は半分。<br />
つまり 2 割 ＋ 8 割の半分 ＝ 6 割 となって合格のボーダーラインに届きます。<br />
<br />
==問題の解き方==<br />
;選択肢を見比べる<br />
選択肢が文章の場合も絵の場合も、一番の基本は見比べてみることです。共通している部分は正解の可能性が高いので、どこが違うかを見極め、その検証に集中しましょう。これから見極めのコツを並べます。<br />
<br />
;重複する選択肢を選ぶ<br />
多くの選択肢で、使われる言葉がオーバーラップしています。そのとき、回答者を惑わせるように正解に含まれる言葉が重複する場合が多くなるでしょう。その特徴を利用します。<br />
<br />
:例１<br />
{| class="wikitable" style="text-align:center"<br />
! 選択肢 || ミトコンドリア || ゴルジ体 || 核<br />
|-<br />
| 1 || (イ) || (オ) || (ア)<br />
|-<br />
| 2 || (ウ) || (ア) || (エ)<br />
|-<br />
| 3 || (エ) || (ウ) || (ア)<br />
|-<br />
| 4 || (オ) || (ウ) || (イ)<br />
|}<br />
<br />
このとき、記号の頻度をみると2列目に（ウ）がふたつ、3列目に（ア）がふたつあります。ここから選択肢3が正解であることが予想できます。<br />
<br />
;断定する選択肢を選ぶ<br />
多くの問題は「もっとも不適切なものを選べ」という形式を取ります。つまり誰がみても明らかな誤りを探せということです。非現実的であることを示すには、どうしても言葉の使い方が断定的であったり、大げさな表現になりがちです。そうした言葉を探します。<br />
<br />
:例２<br />
# ミトコンドリアは地球上の全ての生物の細胞内に存在する<br />
# ミトコンドリアは独自のゲノムを持ち、母系遺伝する<br />
# ミトコンドリアには核の染色体ゲノム由来のタンパク質も存在する<br />
# ミトコンドリアは内膜と外膜の二重膜で形成されている<br />
<br />
このとき、「地球上の全ての生物の」という表現は真実であるにはかなり大胆な主張です。我々はすべての生物について知っているわけではないし、知りえません。ここから選択肢1が正解であることが予想できます。<br />
<br />
;とても短い選択肢はあきらめる<br />
選択肢として短い専門用語が並んでいる場合は知識を問われています。こうした問題でどの用語も意味がわからない場合は考えても仕方ありません。適当に１つ選んでおきましょう。<br />
<br />
:例３<br />
# 最大節約法<br />
# 近隣結合法<br />
# 動的計画法<br />
# 最尤法<br />
<br />
これらのキーワードが全部わからない場合は仕方ありません。ただ、動的計画法だけは聞いたことがあるかもしれません。その場合、知っている言葉を選んでおきましょう。誰も知らないような難しい手法が正解になることはないからです。<br />
<br />
;数式や計算問題は楽<br />
数式や計算を必要とする場合は、高校生でも解けるように優しい導入文がついています。驚かずにゆっくり読んでいけば必ずわかります。<br />
<br />
:例４<br />
「…位置の情報量を ... &minus; &Sigma; f(i,a) log<sub>2</sub> f(i,a) ... で定義される量である」<br />
<br />
このとき、f(i,a)という式は出現頻度と書いてあるので例えば 1/2, 1/4 といった値になります（詳しくは実際の試験問題参照）。これらの値を素直に計算してみましょう。<br />
<br />
&minus; (1/2) log<sub>2</sub>(1/2) &minus; (1/4) log<sub>2</sub>(1/4) = &minus; (1/2) * (-1) &minus; (1/4) * (-2) = ...<br />
<br />
としていけば解くことができます。ただ1問あたり数分はかかりるので、長い問題は後回しにします。解ける問題を最後まで行なった後、残った時間で解くようにします。<br />
<br />
==トピックまとめ==<br />
===タンパク質科学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/Biochem/Protein|タンパク質について]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Biochem/Protein|タンパク質の立体構造]]<br />
<br />
===情報科学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/JSBi/Test/CompSci|情報科学]]<br />
<br />
===数学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/Basic/Expectation|期待値と分散について]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Basic/Distribution|確率分布について]]<br />
<br />
==関連ウェブサイト==<br />
* [http://www.jsbi.org/nintei/ JSBiのホームページ] ... 過去問。２０１０年度より解説付き<br />
* [https://www.jst.go.jp/nbdc/bird/jinzai/literacy/ JSTバイオインフォマティクス推進センター] ... 試験対策講座などのストリーミング映像や講義資料</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/JSBi/TestAritalab:Lecture/JSBi/Test2019-11-15T02:12:48Z<p>Adm: /* 関連ウェブサイト */</p>
<hr />
<div>=JSBi バイオインフォマティクス技術者認定試験に合格しよう=<br />
<br />
==傾向と対策==<br />
問題数は80問。内訳は大体以下の通りです。<br />
* 20問 ... 分子生物学<br />
* 20問 ... 情報科学<br />
** 統計<br />
** データ構造とアルゴリズム<br />
* 40問 ... バイオインフォマティクス<br />
** 配列アライメント、検索<br />
** データベース<br />
** タンパク質立体構造<br />
** ゲノム医療、医療統計<br />
** システム生物学、シミュレーション<br />
<br />
過去の問題を眺めると、出題範囲に偏りがあることがわかります。出題範囲キーワードにはあってもあまり重要視されていないのが数値演算（誤差）やハードウェア、マイクロアレイ、プログラミング言語に関する質問です。これらを詳しく学ぶより、むしろキーワードをたくさん憶えましょう。<br />
<br />
==どれくらい点を取ればよいか==<br />
合格のボーダーラインは６割、問題が全て4択です。<br />
つまり、選択肢を半分消去する知識があれば合格できます。<br />
もう少し具体的に考えてみましょう。2-3割の問題は正解がわかるけれど、残りはよくわからない人が多いと思います。そのとき、選択肢を半分消去できれば後は当てずっぽうでも正解数は半分。<br />
つまり 2 割 ＋ 8 割の半分 ＝ 6 割 となって合格のボーダーラインに届きます。<br />
<br />
==問題の解き方==<br />
;選択肢を見比べる<br />
選択肢が文章の場合も絵の場合も、一番の基本は見比べてみることです。共通している部分は正解の可能性が高いので、どこが違うかを見極め、その検証に集中しましょう。これから見極めのコツを並べます。<br />
<br />
;重複する選択肢を選ぶ<br />
多くの選択肢で、使われる言葉がオーバーラップしています。そのとき、回答者を惑わせるように正解に含まれる言葉が重複する場合が多くなるでしょう。その特徴を利用します。<br />
<br />
:例１<br />
{| class="wikitable" style="text-align:center"<br />
! 選択肢 || ミトコンドリア || ゴルジ体 || 核<br />
|-<br />
| 1 || (イ) || (オ) || (ア)<br />
|-<br />
| 2 || (ウ) || (ア) || (エ)<br />
|-<br />
| 3 || (エ) || (ウ) || (ア)<br />
|-<br />
| 4 || (オ) || (ウ) || (イ)<br />
|}<br />
<br />
このとき、記号の頻度をみると2列目に（ウ）がふたつ、3列目に（ア）がふたつあります。ここから選択肢3が正解であることが予想できます。<br />
<br />
;断定する選択肢を選ぶ<br />
多くの問題は「もっとも不適切なものを選べ」という形式を取ります。つまり誰がみても明らかな誤りを探せということです。非現実的であることを示すには、どうしても言葉の使い方が断定的であったり、大げさな表現になりがちです。そうした言葉を探します。<br />
<br />
:例 平成23年度試験 問4<br />
# ミトコンドリアは地球上の全ての生物の細胞内に存在する<br />
# ミトコンドリアは独自のゲノムを持ち、母系遺伝する<br />
# ミトコンドリアには核の染色体ゲノム由来のタンパク質も存在する<br />
# ミトコンドリアは内膜と外膜の二重膜で形成されている<br />
<br />
このとき、「地球上の全ての生物の」という表現は真実であるにはかなり大胆な主張です。我々はすべての生物について知っているわけではないし、知りえません。ここから選択肢1が正解であることが予想できます。<br />
<br />
;とても短い選択肢はあきらめる<br />
選択肢として短い専門用語が並んでいる場合は知識を問われています。こうした問題でどの用語も意味がわからない場合は考えても仕方ありません。適当に１つ選んでおきましょう。<br />
<br />
:例 平成23年度試験 問69<br />
# 最大節約法<br />
# 近隣結合法<br />
# 動的計画法<br />
# 最尤法<br />
<br />
これらのキーワードが全部わからない場合は仕方ありません。ただ、動的計画法だけは聞いたことがあるかもしれません。その場合、知っている言葉を選んでおきましょう。誰も知らないような難しい手法が正解になることはないからです。<br />
<br />
;数式や計算問題は楽<br />
数式や計算を必要とする場合は、高校生でも解けるように優しい導入文がついています。驚かずにゆっくり読んでいけば必ずわかります。<br />
<br />
:例 平成23年度試験 問51<br />
「…位置の情報量を ... &minus; &Sigma; f(i,a) log<sub>2</sub> f(i,a) ... で定義される量である」<br />
<br />
このとき、f(i,a)という式は出現頻度と書いてあるので例えば 1/2, 1/4 といった値になります（詳しくは実際の試験問題参照）。これらの値を素直に計算してみましょう。<br />
<br />
&minus; (1/2) log<sub>2</sub>(1/2) &minus; (1/4) log<sub>2</sub>(1/4) = &minus; (1/2) * (-1) &minus; (1/4) * (-2) = ...<br />
<br />
としていけば解くことができます。ただ1問あたり数分はかかります。長い問題は後回しにして、残った時間で解くようにします。<br />
<br />
==トピックまとめ==<br />
===タンパク質科学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/Biochem/Protein|タンパク質について]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Biochem/Protein|タンパク質の立体構造]]<br />
<br />
===情報科学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/JSBi/Test/CompSci|情報科学]]<br />
<br />
===数学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/Basic/Expectation|期待値と分散について]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Basic/Distribution|確率分布について]]<br />
<br />
==関連ウェブサイト==<br />
* [http://www.jsbi.org/nintei/ JSBiのホームページ] ... 過去問。２０１０年度より解説付き<br />
* [http://www.genome.jp/Japanese/lect/course.html 京都大学の理論分子生物学講義] ... ちょっと古いですが、配列アライメントやデータベース技術が非常によくまとまっています<br />
* [http://www-bird.jst.go.jp/jinzai/literacy/streaming/ JSTバイオインフォマティクス推進センター] ... 試験対策講座などのストリーミング映像と講義資料</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/JSBi/TestAritalab:Lecture/JSBi/Test2019-11-15T02:11:22Z<p>Adm: /* 問題の解き方 */</p>
<hr />
<div>=JSBi バイオインフォマティクス技術者認定試験に合格しよう=<br />
<br />
==傾向と対策==<br />
問題数は80問。内訳は大体以下の通りです。<br />
* 20問 ... 分子生物学<br />
* 20問 ... 情報科学<br />
** 統計<br />
** データ構造とアルゴリズム<br />
* 40問 ... バイオインフォマティクス<br />
** 配列アライメント、検索<br />
** データベース<br />
** タンパク質立体構造<br />
** ゲノム医療、医療統計<br />
** システム生物学、シミュレーション<br />
<br />
過去の問題を眺めると、出題範囲に偏りがあることがわかります。出題範囲キーワードにはあってもあまり重要視されていないのが数値演算（誤差）やハードウェア、マイクロアレイ、プログラミング言語に関する質問です。これらを詳しく学ぶより、むしろキーワードをたくさん憶えましょう。<br />
<br />
==どれくらい点を取ればよいか==<br />
合格のボーダーラインは６割、問題が全て4択です。<br />
つまり、選択肢を半分消去する知識があれば合格できます。<br />
もう少し具体的に考えてみましょう。2-3割の問題は正解がわかるけれど、残りはよくわからない人が多いと思います。そのとき、選択肢を半分消去できれば後は当てずっぽうでも正解数は半分。<br />
つまり 2 割 ＋ 8 割の半分 ＝ 6 割 となって合格のボーダーラインに届きます。<br />
<br />
==問題の解き方==<br />
;選択肢を見比べる<br />
選択肢が文章の場合も絵の場合も、一番の基本は見比べてみることです。共通している部分は正解の可能性が高いので、どこが違うかを見極め、その検証に集中しましょう。これから見極めのコツを並べます。<br />
<br />
;重複する選択肢を選ぶ<br />
多くの選択肢で、使われる言葉がオーバーラップしています。そのとき、回答者を惑わせるように正解に含まれる言葉が重複する場合が多くなるでしょう。その特徴を利用します。<br />
<br />
:例１<br />
{| class="wikitable" style="text-align:center"<br />
! 選択肢 || ミトコンドリア || ゴルジ体 || 核<br />
|-<br />
| 1 || (イ) || (オ) || (ア)<br />
|-<br />
| 2 || (ウ) || (ア) || (エ)<br />
|-<br />
| 3 || (エ) || (ウ) || (ア)<br />
|-<br />
| 4 || (オ) || (ウ) || (イ)<br />
|}<br />
<br />
このとき、記号の頻度をみると2列目に（ウ）がふたつ、3列目に（ア）がふたつあります。ここから選択肢3が正解であることが予想できます。<br />
<br />
;断定する選択肢を選ぶ<br />
多くの問題は「もっとも不適切なものを選べ」という形式を取ります。つまり誰がみても明らかな誤りを探せということです。非現実的であることを示すには、どうしても言葉の使い方が断定的であったり、大げさな表現になりがちです。そうした言葉を探します。<br />
<br />
:例 平成23年度試験 問4<br />
# ミトコンドリアは地球上の全ての生物の細胞内に存在する<br />
# ミトコンドリアは独自のゲノムを持ち、母系遺伝する<br />
# ミトコンドリアには核の染色体ゲノム由来のタンパク質も存在する<br />
# ミトコンドリアは内膜と外膜の二重膜で形成されている<br />
<br />
このとき、「地球上の全ての生物の」という表現は真実であるにはかなり大胆な主張です。我々はすべての生物について知っているわけではないし、知りえません。ここから選択肢1が正解であることが予想できます。<br />
<br />
;とても短い選択肢はあきらめる<br />
選択肢として短い専門用語が並んでいる場合は知識を問われています。こうした問題でどの用語も意味がわからない場合は考えても仕方ありません。適当に１つ選んでおきましょう。<br />
<br />
:例 平成23年度試験 問69<br />
# 最大節約法<br />
# 近隣結合法<br />
# 動的計画法<br />
# 最尤法<br />
<br />
これらのキーワードが全部わからない場合は仕方ありません。ただ、動的計画法だけは聞いたことがあるかもしれません。その場合、知っている言葉を選んでおきましょう。誰も知らないような難しい手法が正解になることはないからです。<br />
<br />
;数式や計算問題は楽<br />
数式や計算を必要とする場合は、高校生でも解けるように優しい導入文がついています。驚かずにゆっくり読んでいけば必ずわかります。<br />
<br />
:例 平成23年度試験 問51<br />
「…位置の情報量を ... &minus; &Sigma; f(i,a) log<sub>2</sub> f(i,a) ... で定義される量である」<br />
<br />
このとき、f(i,a)という式は出現頻度と書いてあるので例えば 1/2, 1/4 といった値になります（詳しくは実際の試験問題参照）。これらの値を素直に計算してみましょう。<br />
<br />
&minus; (1/2) log<sub>2</sub>(1/2) &minus; (1/4) log<sub>2</sub>(1/4) = &minus; (1/2) * (-1) &minus; (1/4) * (-2) = ...<br />
<br />
としていけば解くことができます。ただ1問あたり数分はかかります。長い問題は後回しにして、残った時間で解くようにします。<br />
<br />
==トピックまとめ==<br />
===タンパク質科学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/Biochem/Protein|タンパク質について]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Biochem/Protein|タンパク質の立体構造]]<br />
<br />
===情報科学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/JSBi/Test/CompSci|情報科学]]<br />
<br />
===数学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/Basic/Expectation|期待値と分散について]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Basic/Distribution|確率分布について]]<br />
<br />
==関連ウェブサイト==<br />
* [http://www.jsbi.org/nintei/ JSBiのホームページ] ... 過去問４年分。２０１０年度より解説付き<br />
* [http://www.genome.jp/Japanese/lect/course.html 京都大学の理論分子生物学講義] ... ちょっと古いですが、配列アライメントやデータベース技術が非常によくまとまっています<br />
* [http://www-bird.jst.go.jp/jinzai/literacy/streaming/ JSTバイオインフォマティクス推進センター] ... 試験対策講座などのストリーミング映像と講義資料</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/JSBi/TestAritalab:Lecture/JSBi/Test2019-11-15T02:10:31Z<p>Adm: /* 傾向と対策 */</p>
<hr />
<div>=JSBi バイオインフォマティクス技術者認定試験に合格しよう=<br />
<br />
==傾向と対策==<br />
問題数は80問。内訳は大体以下の通りです。<br />
* 20問 ... 分子生物学<br />
* 20問 ... 情報科学<br />
** 統計<br />
** データ構造とアルゴリズム<br />
* 40問 ... バイオインフォマティクス<br />
** 配列アライメント、検索<br />
** データベース<br />
** タンパク質立体構造<br />
** ゲノム医療、医療統計<br />
** システム生物学、シミュレーション<br />
<br />
過去の問題を眺めると、出題範囲に偏りがあることがわかります。出題範囲キーワードにはあってもあまり重要視されていないのが数値演算（誤差）やハードウェア、マイクロアレイ、プログラミング言語に関する質問です。これらを詳しく学ぶより、むしろキーワードをたくさん憶えましょう。<br />
<br />
==どれくらい点を取ればよいか==<br />
合格のボーダーラインは６割、問題が全て4択です。<br />
つまり、選択肢を半分消去する知識があれば合格できます。<br />
もう少し具体的に考えてみましょう。2-3割の問題は正解がわかるけれど、残りはよくわからない人が多いと思います。そのとき、選択肢を半分消去できれば後は当てずっぽうでも正解数は半分。<br />
つまり 2 割 ＋ 8 割の半分 ＝ 6 割 となって合格のボーダーラインに届きます。<br />
<br />
==問題の解き方==<br />
;選択肢を見比べる<br />
選択肢が文章の場合も絵の場合も、一番の基本は見比べてみることです。共通している部分は正解の可能性が高いので、どこが違うかを見極め、その検証に集中しましょう。これから見極めのコツを並べます。<br />
<br />
;重複する選択肢を選ぶ<br />
多くの選択肢で、使われる言葉がオーバーラップしています。そのとき、回答者を惑わせるように正解に含まれる言葉が重複する場合が多くなるでしょう。その特徴を利用します。<br />
<br />
:例 平成23年度試験 問3<br />
{| class="wikitable" style="text-align:center"<br />
! 選択肢 || ミトコンドリア || ゴルジ体 || 核<br />
|-<br />
| 1 || (イ) || (オ) || (ア)<br />
|-<br />
| 2 || (ウ) || (ア) || (エ)<br />
|-<br />
| 3 || (エ) || (ウ) || (ア)<br />
|-<br />
| 4 || (オ) || (ウ) || (イ)<br />
|}<br />
<br />
このとき、記号の頻度をみると2列目に（ウ）がふたつ、3列目に（ア）がふたつあります。ここから選択肢3が正解であることが予想できます。<br />
<br />
;断定する選択肢を選ぶ<br />
多くの問題は「もっとも不適切なものを選べ」という形式を取ります。つまり誰がみても明らかな誤りを探せということです。非現実的であることを示すには、どうしても言葉の使い方が断定的であったり、大げさな表現になりがちです。そうした言葉を探します。<br />
<br />
:例 平成23年度試験 問4<br />
# ミトコンドリアは地球上の全ての生物の細胞内に存在する<br />
# ミトコンドリアは独自のゲノムを持ち、母系遺伝する<br />
# ミトコンドリアには核の染色体ゲノム由来のタンパク質も存在する<br />
# ミトコンドリアは内膜と外膜の二重膜で形成されている<br />
<br />
このとき、「地球上の全ての生物の」という表現は真実であるにはかなり大胆な主張です。我々はすべての生物について知っているわけではないし、知りえません。ここから選択肢1が正解であることが予想できます。<br />
<br />
;とても短い選択肢はあきらめる<br />
選択肢として短い専門用語が並んでいる場合は知識を問われています。こうした問題でどの用語も意味がわからない場合は考えても仕方ありません。適当に１つ選んでおきましょう。<br />
<br />
:例 平成23年度試験 問69<br />
# 最大節約法<br />
# 近隣結合法<br />
# 動的計画法<br />
# 最尤法<br />
<br />
これらのキーワードが全部わからない場合は仕方ありません。ただ、動的計画法だけは聞いたことがあるかもしれません。その場合、知っている言葉を選んでおきましょう。誰も知らないような難しい手法が正解になることはないからです。<br />
<br />
;数式や計算問題は楽<br />
数式や計算を必要とする場合は、高校生でも解けるように優しい導入文がついています。驚かずにゆっくり読んでいけば必ずわかります。<br />
<br />
:例 平成23年度試験 問51<br />
「…位置の情報量を ... &minus; &Sigma; f(i,a) log<sub>2</sub> f(i,a) ... で定義される量である」<br />
<br />
このとき、f(i,a)という式は出現頻度と書いてあるので例えば 1/2, 1/4 といった値になります（詳しくは実際の試験問題参照）。これらの値を素直に計算してみましょう。<br />
<br />
&minus; (1/2) log<sub>2</sub>(1/2) &minus; (1/4) log<sub>2</sub>(1/4) = &minus; (1/2) * (-1) &minus; (1/4) * (-2) = ...<br />
<br />
としていけば解くことができます。ただ1問あたり数分はかかります。長い問題は後回しにして、残った時間で解くようにします。<br />
<br />
==トピックまとめ==<br />
===タンパク質科学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/Biochem/Protein|タンパク質について]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Biochem/Protein|タンパク質の立体構造]]<br />
<br />
===情報科学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/JSBi/Test/CompSci|情報科学]]<br />
<br />
===数学===<br />
* [[Aritalab:Lecture/Basic/Expectation|期待値と分散について]]<br />
* [[Aritalab:Lecture/Basic/Distribution|確率分布について]]<br />
<br />
==関連ウェブサイト==<br />
* [http://www.jsbi.org/nintei/ JSBiのホームページ] ... 過去問４年分。２０１０年度より解説付き<br />
* [http://www.genome.jp/Japanese/lect/course.html 京都大学の理論分子生物学講義] ... ちょっと古いですが、配列アライメントやデータベース技術が非常によくまとまっています<br />
* [http://www-bird.jst.go.jp/jinzai/literacy/streaming/ JSTバイオインフォマティクス推進センター] ... 試験対策講座などのストリーミング映像と講義資料</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/User:Aritalab/Masanori_Arita/PublicationUser:Aritalab/Masanori Arita/Publication2019-10-02T00:03:00Z<p>Adm: /* 招待講演、トークイベント */</p>
<hr />
<div>==Refereed Journal Articles==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kajikawa A, Kanesaki Y, Kubota E, Arita M, Dicks L, Endo A "A pseudo-fructophilic Leuconostoc citreum strain F192-5 isolated from the peel of satsuma mandarin" Applied and Environmental Microbiology, 2019<br />
Modesto M, Satti M, Watanabe K, Sciavilla P, Felis GE, Sandri C, Spiezio C, Arita M, Mattarelli P "Alloscardovia theropitheci sp. nov., isolated from the faeces of gelada baboon, the 'bleeding heart' monkey (Theropithecus gelada)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2019<br />
Tsugawa H, Satoh A, Uchino H, Cajka T, Arita M, Arita M "Mass Spectrometry Data Repository Enhances Novel Metabolite Discoveries with Advances in Computational Metabolomics" Metabolites 9(6):E119, 2019<br />
Modesto M, Watanabe K, Arita M, Satti M, Oki K, Sciavilla P, Patavino C, Cammà C, Michelini S, Sgorbati B, Mattarelli P "Bifidobacterium jacchi sp. nov., isolated from the faeces of a baby common marmoset (Callithrix jacchus)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 69(8):2477-2485, 2019<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Arita M, Nakamura Y "Generating Publication-Ready Prokaryotic Genome Annotations with DFAST" Methods in Molecular Biology, 1962, 215-226, 2019<br />
Tsugawa H, Nakabayashi R, Mori T, Yamada Y, Takahashi M, Rai A, Sugiyama R, Yamamoto H, Nakaya T, Yamazaki M, Kooke R, Bac-Molenaar JA, Oztolan-Erol N, Keurentjes JJB, Arita M, Saito K "A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms" Nature Methods, 16(4), 295-298, 2019<br />
Endo A, Tanizawa Y, Arita M "Isolation and Identification of Lactic Acid Bacteria from Environmental Samples" Methods in Molecular Biology, 1887, 3-13, 2019<br />
Itoh H, Matsui M, Miyamura Y, Takeda I, Ishii J, Kumagai T, Machida M, Shibata T, Arita M "Biosynthesis of Novel Statins by Combining Heterologous Genes from Xylaria and Aspergillus" ACS Synthetic Biology, 7(12), 2783-2789, 2018<br />
Burla B, Arita M, Arita M, Bendt AK, Cazenave-Gassiot A, Dennis EA, Ekroos K, Han X, Ikeda K, Liebisch G, Lin MK, Loh TP, Meikle PJ, Orešič M, Quehenberger O, Shevchenko A, Torta F, Wakelam MJO, Wheelock CE, Wenk MR "MS-based lipidomics of human blood plasma: a community-initiated position paper to develop accepted guidelines" Journal of Lipid Research, 59(10), 2001-2017, 2018<br />
Tanizawa Y, Tada I, Kobayashi H, Endo A, Maeno S, Toyoda A, Arita M, Nakamura Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Tohno M "Lactobacillus paragasseri sp. nov., a sister taxon of Lactobacillus gasseri, based on whole-genome sequence analyses" International journal of systematic and evolutionary microbiology 68: 3512-3517, 2018<br />
Tanaka W, Arita M "Physicochemical Prediction of Metabolite Fragmentation in Tandem Mass Spectrometry" Mass Spectrometry (Tokyo), 7(1):A0066, 2018<br />
Itoh H, Miura A, Matsui M, Arazoe T, Nishida K, Kumagai T, Arita M, Tamano K, Machida M, Shibata T "Knockout of the SREBP system increases production of the polyketide FR901512 in filamentous fungal sp. No. 14919 and lovastatin in Aspergillus terreus ATCC20542" Applied Microbiology and Biotechnology, 102(3):1393-1405, 2018<br />
Lai Z, Tsugawa H, Wohlgemuth G, Mehta S, Mueller M, Zheng Y, Ogiwara A, Meissen J, Showalter M, Takeuchi K, Kind T, Beal P, Arita M, Fiehn O "Identifying metabolites by integrating metabolome databases with mass spectrometry cheminformatics" Nature Methods 15:53-56, 2018<br />
Tohno M, Tanizawa Y, Irisawa T, Masuda T, Sakamoto M, Arita M, Ohkuma M, Kobayashi H "Lactobacillus silagincola sp. nov. and Lactobacillus pentosiphilus sp. nov., isolated from silage" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 67(9):3639-3644, 2017<br />
Tanizawa Y, Kobayashi H, Kaminuma E, Sakamoto M, Ohkuma M, Nakamura Y, Arita M, Tohno M "Genomic characterization reconfirms the taxonomic status of Lactobacillus parakefiri" Bioscience of microbiota food and health 36(3):129-134, 2017<br />
Tada I, Tanizawa Y, Endo A, Tohno M, Arita M "Revealing the genomic differences between two subgroups in Lactobacillus gasseri" Bioscience of microbiota food and health 36(4):155-159, 2017 <br />
Tsugawa H, Ikeda K, Tanaka W, Senoo Y, Arita M, Arita M "Comprehensive identification of sphingolipid species by in silico retention time and tandem mass spectral library" Journal of Cheminformatics 9:19, 2017 doi: 10.1186/s13321-017-0205-3<br />
Wohlgemuth G, Mehta SS, Mejia RF, Neumann S, Pedrosa D, Pluskal T, Schymanski EL, Willighagen EL, Wilson M, Wishart DS, Arita M, Dorrestein PC, Bandeira N, Wang M, Schulze T, Salek RM, Steinbeck C, Nainala VC, Mistrik R, Nishioka T, Fiehn O "SPLASH, a hashed identifier for mass spectra" Nature Biotechnol 34(11):1099-1101, 2016<br />
Padermshoke A, Ogawa T, Nishio K, Nakazawa M, Nakamoto M, Okazawa A, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Critical Involvement of Environmental Carbon Dioxide Fixation to Drive Wax Ester Fermentation in Euglena" PLoS ONE 11(9):e0162827, 2016<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kanesaki Y, Kubota E, Kumar H, Dicks L, Salminen S, Nakagawa J, Arita M, Endo A "Genomic characterization of a fructophilic bee symbiont Lactobacillus kunkeei reveals its niche-specific adaptation" Syst Appl Microbiol 39(8):516-526, 2016<br />
Yamada O, Machida M, Hosoyama A, Goto M, Takahashi T, Futagami T, Yamagata Y, Takeuchi M, Kobayashi T, Koike H, Abe K, Asai K, Arita M, Fujita N, Fukuda K, Higa KI, Horikawa H, Ishikawa T, Jinno K, Kato Y, Kirimura K, Mizutani O, Nakasone K, Sano M, Shiraishi Y, Tsukahara M, Gomi K "Genome sequence of Aspergillus luchuensis NBRC 4314" DNA Research 23(6):507-515, 2016<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M "DFAST and DAGA: web-based integrated genome annotation tools and resources" Biosci Microbiota Food Health. 35(4):173-184, 2016<br />
Tsugawa H, Kind T, Nakabayashi R, Yukihira D, Tanaka W, Cajka T, Saito K, Fiehn O, Arita M. "Hydrogen Rearrangement Rules: Computational MS/MS Fragmentation and Structure Elucidation Using MS-FINDER Software" Analytical Chemistry 88(16):7946-7958, 2016<br />
Sriyudthsak K, Mejia RF, Arita M, Hirai MY. "PASMet: a web-based platform for prediction, modelling and analyses of metabolic systems" Nucleic Acids Research, 44(W1):W205-211, 2016<br />
Mukaida S, Ogawa T, Ohishi K, Tanizawa Y, Ohta D, Arita M. "The effect of rapamycin on biodiesel-producing protist Euglena gracilis" Biosci Biotechnol Biochem, 80:1223-1229, 2016<br />
Rocca-Serra P, Salek RM, Arita M, Correa E, Dayalan S, Gonzalez-Beltran A, Ebbels T, Goodacre R, Hastings J, Haug K, Koulman A, Nikolski M, Oresic M, Sansone SA, Schober D, Smith J, Steinbeck C, Viant MR, Neumann S "Data standards can boost metabolomics research, and if there is a will, there is a way" Metabolomics 12(1):14, 2016<br />
Endo A, Tanizawa Y, Tanaka N, Maeno S, Kumar H, Shiwa Y, Okada S, Yoshikawa H, Dicks L, Nakagawa J, Arita M "Comparative genomics of Fructobacillus spp. and Leuconostoc spp. reveals niche-specific evolution of Fructobacillus spp." BMC Genomics 16(1):1117, 2015<br />
Tanaka K, Arita M, Sakurai H, Ono N, Tezuka Y "Analysis of Chemical Properties of Edible and Medicinal Ginger by Metabolomics Approach" Biomed Research International 2015:671058, 2015<br />
Tsugawa H, Cajka T, Kind T, Ma Y, Higgins B, Ikeda K, Kanazawa M, VanderGheynst J, Fiehn O, Arita M "MS-DIAL: data-independent MS/MS deconvolution for comprehensive metabolome analysis" Nature Methods 12(6), 523-526, 2015<br />
Li D, Ono N, Sato T, Sugiura T, Altaf-Ul-Amin M, Ohta D, Suzuki H, Arita M, Tanaka K, Ma Z, Kanaya S "Targeted Integration of RNA-Seq and Metabolite Data to Elucidate Curcuminoid Biosynthesis in Four Curcuma Species" Plant Cell Physiology, 56(5), 843-851, 2015<br />
Ara T, Enomoto M, Arita M, Ikeda C, Kera K, Yamada M, Nishioka T, Ikeda T, Nihei Y, Shibata D, Kanaya S, Sakurai N "Metabolonote: a wiki-based database for managing hierarchical metadata of metabolome analyses" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 3:38, 2015<br />
Tanizawa Y, Tohno M, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M "Complete genome sequence and analysis of Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260(T), a psychrotrophic lactic acid bacterium isolated from silage" BMC Genomics, 16:240, 2015<br />
Tanaka K, Arita M, Li D, Ono N, Tezuka Y, Kanaya S "Metabolomic Characterization of a Low Phytic Acid and High Anti-oxidative Cultivar of Turmeric" Natural Product Communications, 10(2), 329-334, 2015<br />
Tsugawa H, Ohta E, Izumi Y, Ogiwara A, Yukihira D, Bamba T, Fukusaki E, Arita M "MRM-DIFF: Data Processing Strategy for Differential Analysis in Large Scale MRM-based Lipidomics Studies" Frontiers in Genetics, 5:471, 2015<br />
Hasegawa Y, Arita M "Optimal implementations for reliable circadian clocks" Physical Review Letters, 113(10), 108101, 2014<br />
Tsugawa H, Kanazawa M, Ogiwara A, Arita M "MRMPROBS suite for metabolomics using large-scale MRM assays" Bioinformatics, 30(16), 2379-2380, 2014<br />
Furuhashi T, Ogawa T, Nakai R, Nakazawa M, Okazawa A, Padermschoke A, Nishio K, Hirai MY, Arita M, Ohta D "Wax ester and lipophilic compound profiling of Euglena gracilis by gas chromatography-mass spectrometry: toward understanding of wax ester fermentation under hypoxia" Metabolomics, 11(1), 175-183, 2015<br />
Ogawa T, Furuhashi T, Okazawa A, Nakai R, Nakazawa M, Kind T, Fiehn O, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Exploration of Polar Lipid Accumulation Profiles in Euglena gracilis Using LipidBlast, a MS/MS Spectral Library Constructed in Silico" Bioscience Biotechnology and Biochemistry 78(1), 14-18, 2014<br />
Hasegawa Y, Arita M "Circadian clocks optimally adapt to sunlight for reliable synchronization" Journal of the Royal Society Interface 11(92):20131018, 2014<br />
Tsugawa H, Arita M, Kanazawa M, Ogiwara A, Bamba T, Fukusaki E "MRMPROBS: Data Assessment and Metabolite Identification Tool for Large-scale MRM-based Widely Targeted Metabolomics" Analytical Chemistry, 85(10), 5191–5199, 2013<br />
Hasegawa Y, Arita M "Enhanced entrainability of genetic oscillators by period mismatch" Journal of the Royal Society Interface 10(81) 20121020, 2013<br />
Hasegawa Y, Arita M "Fluctuating noise drives Brownian transport" Journal of the Royal Society Interface 9(77), 3554-3363, 2012<br />
Peng CH, Lin SH, Peng SC, Lyu PC, Arita M, Tang CY "Feature Identification of Compensatory Gene Pairs without Sequence Homology in Yeast" Comparative and Functional Genomics 2012(653174), 2012<br />
Lin SH, Yoshimoto M, Lyu PC, Tang CY, Arita M "Phylogenomic and Domain Analysis of Iterative Polyketide Synthases in Aspergillus Species" Journal of Evolutionary Bioinformatics, 7:1-14, 2012<br />
Hasegawa Y, Arita M "Escape Process and Stochastic Resonance Under Noise Intensity Fluctuation" Physics Letters A, 375, 3450-3458, 2011<br />
Redestig H, Kusano M, Ebana K, Kobayashi M, Oikawa A, Okazaki Y, Matsuda F, Arita M, Fujita N, Saito K "Exploring molecular backgrounds of quality traits in rice by predictive models based on high-coverage metabolomics" BMC Systems Biology 5(1):176, 2011<br />
Tsugawa H, Tsujimoto Y, Arita M, Bamba T, Fukusaki E "GC/MS based metabolomics: development of a data mining system for metabolite identification by using soft independent modeling of class analogy (SIMCA)" BMC Bioinformatics 12:131, 2011<br />
Scalbert A, Andres-Lacueva C, Arita M, Kroon P, Manach C, Urpi-Sarda M, Wishart D "Databases on Food Phytochemicals and Their Health-Promoting Effects" Journal of Agricultural and Food Chemistry 59(9), 4331-4348, 2011<br />
Hasegawa Y, Arita M "Noise-intensity fluctuation in Langevin model and its higher-order Fokker–Planck equation" Physica A 390(6) 1051-1063, 2011<br />
Tanaka K, Hayashi K, Fahad A, Arita M "Multi-stage mass spectrometric analysis of saponins in glycyrrhiza radix" Natural Product Communications 6(1):7-10, 2011<br />
Kusano M, Redestig H, Hirai T, Oikawa A, Matsuda F, Fukushima A, Arita M, Watanabe S, Yano M, Hiwasa-Tanase K, Ezura H, Saito K "Covering chemical diversity of genetically-modified tomatoes using metabolomics for objective substantial equivalence assessment" PLoS One 6(2):e16989, 2011<br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Metabolomic correlation-network modules in Arabidopsis based on a graph-clustering approach" BMC Systems Biology 5:1, 2011<br />
Horai H, Arita M, Kanaya S, Nihei Y, Ikeda T, Suwa K, Ojima Y, Tanaka K, Tanaka S, Aoshima K, Oda Y, Kakazu Y, Kusano M, Tohge T, Matsuda F, Sawada Y, Hirai MY, Nakanishi H, Ikeda K, Akimoto N, Maoka T, Takahashi H, Ara T, Sakurai N, Suzuki H, Shibata D, Neumann S, Iida T, Tanaka K, Funatsu K, Matsuura F, Soga T, Taguchi R, Saito K, Nishioka T "MassBank: a public repository for sharing mass spectral data for life sciences" Journal of Mass Spectrometry 45(7), 703-714, 2010<br />
Redestig H, Kusano M, Fukushima A, Matsuda F, Saito K, Arita M "Consolidating metabolite identifiers to enable contextual and multi-platform metabolomics data analysis" BMC Bioinformatics 11:214, 2010<br />
Hasegawa Y, Arita M "Bistable stochastic processes in the q-exponential family" Physica A 389(21):4450-4461, 2010<br />
Takemoto K, Arita M "Nested structure acquired through simple evolutionary process" Journal of Theoretical Biology 264(3), 782-786, 2010<br />
Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Period–phase map: two-dimensional selection of circadian rhythm-related genes" IET System Biology 3(6), 487-495, 2009 <br />
Fukushima A, Kanaya S, Arita M "Characterizing gene coexpression modules in Oryza sativa based on a graph-clustering approach" Plant Biotechnology 26, 485-493, 2009<br />
Redestig H, Fukushima A, Stenlund H, Moritz T, Arita M, Saito K, Kusano M "Compensation for systematic cross-contribution improves normalization of mass spectrometry based metabolomics data" Analytical Chemistry 81(19), 7974-7980, 2009 <br />
Hasegawa Y, Arita M "Properties of the maximum q-likelihood estimator for independent random variables" Physica A 388, 3399-3412, 2009<br />
Takemoto K, Arita M "Heterogeneous distribution of metabolites across plant species" Physica A 388(13), 2771-2780, 2009<br />
Arita M "A pitfall of wiki solution for biological databases" Briefings Bioinformatics 10(3), 295-296, 2009<br/>Interview article by a web magazine "Bioinform" in Jan 2009<br />
Fukushima A, Wada M, Kanaya S, Arita M "SVD-based anatomy of gene-expression for correlation analysis in Arabidopsis thaliana" DNA research 15(6), 367-374, 2008 <br />
Arita M, Suwa K "Search extension transforms Wiki into a relational system: a case for flavonoid metabolite database" BMC BioData Mining 1:7, 2008 <br />
Sato S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Time-resolved metabolomics reveals metabolic modulation in rice foliage" BMC Systems Biology 2:51, 2008 <br />
Kusano M, Fukushima A, Arita M, Jonsson P, Moritz T, Kobayashi M, Hayashi N, Tohge T, Saito K "Unbiased characterization of genotype-dependent metabolic regulations by metabolo mic approach in Arabidopsis thaliana" BMC Systems Biology 1:53, 2007 <br />
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Automated classification of alternative splicing and transcriptional initiation and construction of visual database of classified patterns" Bioinformatics 22(10), 1211-1216, 2006 <br />
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Species-specific variation of alternative splicing and transcriptional initiation in six eukaryotes" Gene 364, 53-62, 2005 <br />
Arita R, Arita M, Kawai M, Mashima Y, Yamada M "Evaluation of corneal endothelial pump function with a cold stress test" Cornea 24(5), 571-575, 2005 <br />
Sugimoto M, Kikuchi S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Large-scale prediction of cationic metabolite identity and migration time in capillary electrophoresis mass spectrometry using artificial neural networks" Analytical Chemistry 77(1), 78-84, 2005 <br />
Arita M, Ohashi Y "Secret signatures inside genomic DNA" Biotechnology Progress 20(5), 1605-1607, 2004 <br />
Hirai MY, Yano M, Goodenowe DB, Kanaya S, Kimura T, Awazuhara M, Arita M, Fujiwara T, Saito K "Integration of transriptomics and metabolomics for understanding of global responses to nutritional stresses in Arabidopsis thaliana" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(27), 10205-10210, 2004 <br />
Arita M "Computational resources for metabolomics" Briefings in Functional Genomics and Proteomics 3(1), 84-93, 2004 <br />
Arita M "Comma-free design for DNA words" Communications of the ACM, 47(5), 99-100, 2004 <br />
Arita M "The metabolic world of Escherichia coli is not small" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(6), 1543-1547, 2004 <br />
Yamazaki Y, Kitajima M, Arita M, Takayama H, Sudo H, Yamazaki M, Aimi N, Saito K "Biosynthesis of camptothecin. In silico and in vivo tracer study from [1-13C]glucose" Plant Physiology 134(1), 161-170, 2004 <br />
Arita M "In silico Atomic tracing by substrate-product relationships in Escherichia coli intermediary metabolism" Genome Research 13(11), 2455-2466, 2003 <br />
Kikuchi S, Tominaga D, Arita M, Takahashi K, Tomita M "Dynamic modeling of genetic networks using genetic algorithm and S-system" Bioinformatics 19(5), 643-650, 2003 <br />
Arita M, Kobayashi S "DNA sequence design using templates" New Generation Computing 20(3), 263-277, 2002 <br />
Arita M "Graph modeling of metabolism" Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence (JSAI), 15(4), 703-710, 2000<br />
Arita M "Metabolic reconstruction using shortest paths" Simulation Practice and Theory 8(2), 109-125, 2000<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" International Journal of Artificial Intelligence Tools 4(4), 511-524, 1995<br />
}}<br />
<br />
==Refereed Conference Proceedings==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Satti M, Tanizawa Y, Endo A, Arita M "Comparative analysis of probiotic bacteria based on a new definition of core genome" Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Proceedings GIW 2017), 16(3):1840012, 2018<br />
Tada I, Tanizawa Y, Arita M "Visualization of consensus genome structure without using a reference genome" BMC Genomics (Proceedings APBC 2017), 18(Suppl 2):208, 2017<br />
Arita M, Yoshimoto M, Suwa K, Hirai A, Kanaya S, Shibahara N, Tanaka K “Database for crude drugs and kampo medicine” Genome Informatics 25(1) Special Issue JSBi2010, 1-11, 2011<br />
Chang CW, Lyu PC, Arita M "Reconstructing phylogeny from metabolic substrate-product relationships" BMC Bioinformatics (Proceedings 9th APBC in Korea) 12(Suppl 1):S27, 2011<br />
Arita M, Suwa K, Yoshimoto M, Hirai A, Kanaya S "Ontology checking and integration of crude-drug and kampo information" Proceedings of the 2nd International Conference of Biomedical Engineering and Informatics (BMEI2009), Tianjin China, 3:1304-1307, 2009<br />
Horai H, Arita M, Ojima Y, Nihei Y, Kanaya S, Nishioka T "Traceable analysis of multiple-stage mass spectra through precursor-product annotations" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'09) (GI-Edition Lecture Notes in Informatics), Halle, Germany, 157:173-178, 2009<br />
Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Phase shifts of circadian transcripts in rat suprachiasmatic nucleus" Proceedings of the 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB2008), Lijiang China, 101-106, 2008<br />
Chen LC, Lin YC, Arita M, Tseng VS "A Novel Approach for Handling Missing Values in Microarray Data" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 45-50, 2008<br />
Wijekoon A, Kusano M, Arita M "Comparison of Gas Chromatography-Mass Spectrometry Data from Different Laboratories using Dynamic Programming" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 57-62, 2008<br />
Horai H, Arita M, Nishioka T "Comparison of ESI-MS Spectra in MassBank Database" Proceedings of the International Conference on BioMedical Engineering and Informatics (BMEI2008), Hainan China, 1:853-857, 2008<br />
Arita M, Tokimatsu T "Detection of monosaccharide types from coordinates" Proceedings of the 18th International Conference on Genome Informatics (Genome Informatics Series Vol.19), Singapore, 3-14, 2007 <br />
Okada K, Asai K, Arita M "Flow Model of the Protein-protein Interaction Network for Finding Credible Interactions." Proceedings of 5th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2007), Hong Kong, 2007<br />
Tuji H, Altaf-Ul-Amin Md, Arita M, Nishio H, Shinbo Y, Kurokawa K, Kanaya S "Comparison of Protein Complexes Predicted from PPI Networks by DPClus and Newman Clustering Algorithms" IPSJ Transactions on Bioinformatics, 47 (SIG17):31-41, 2006<br />
Oka H, Arita M "Searching Similar Motifs in Protein Interaction Networks" Proceedings of 1st International Workshop on Biomedical Data Engineering, Tokyo Japan, 52-59, 2005<br />
Ueno Y, Arita M, Kumagai T, Asai K "Processing sequence annotation data using the lua programming language" Proceedings of 14th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.14), Yokohama Japan, 154-163, 2003 <br />
Arita M, Tsuda K, Asai K "Modeling splicing sites with pairwise correlations." Bioinformatics (Proceedings 1st European Conference on Computational Biology, Saarbrucken Germany), 18:S27-S34, Oxford Univ Press, 2002 <br />
Kobayashi S, Kondo T, Arita M "On template method for DNA sequence design" Proceedings of 8th DNA Based Computers, Sapporo Japan, LNCS(2568) 205-214, Springer Verlag, 2002<br />
Arita M, Kobayashi S "The power of sequence design" Proceedings of 4th International Conference on Computational Intelligence and Multimedia Applications, Yokosuka Japan, 163-166, IEEE Press, 2001<br />
(Journal version listed above, titled "DNA sequence design using templates.")<br />
Komiya K, Sakamoto K, Gouzu H, Yokoyama S, Arita M, Nishikawa A, Hagiya M "Successive state transitions with I/O interface by molecules." Proceedings of 6th DNA Based Computers, Leiden Netherland, LNCS(2054) 17-26, Springer Verlag, 2001<br />
Arita M, Nishikawa A, Hagiya M, Komiya K, Gouzu H, Sakamoto K "Improving sequence design for DNA computing" Proceedings of 5th Gnenetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO'00), Las Vegas USA, 875-882, Morgan-Kaufmann, 2000<br />
Arita M, Asai K, Nishioka T "Reconstructing metabolic pathways with new enzyme classification" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'00), Heidelberg Germany, 99-106, Logos-Verlag, 2000<br />
Arita M "Bio-computing in the 21st century" Proceedings of 5th International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB'00), Ohita Japan, 737-740, 2000<br />
Arita M "Metabolic reconstruction using shortest path algorithm" Proceedings of 1st Conference on Modelling and Simulation in Biological, Medical, and Biomedical Engineering (BioMedSim'99), Paris France, 1-4, 1999<br />
(Journal version listed above, titled "Metabolic reconstruction using shortest paths.")<br />
Ueno Y, Asai K, Arita M "Integrating application programs for bioinformatics using a web browser" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 166-175, 1999 <br />
Arita M, Asai K, Nishioka T "Finding precursor compounds in secondary metabolism" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 113-120, 1999 <br />
Hagiya M, Arita M, Kiga D, Sakamoto K, Yokoyama S "Towards parallel evaluation and learning of boolean mu-formulas with molecules"<br />
DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:57-72, American Mathematics Society, 1999<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Solid phase DNA solution to the Hamiltonian path problem" DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:193-206, American Mathematics Society, 1999<br />
Arita M, Hagiya M, Suyama A "Joining and rotating data with molecules" Proceedings of IEEE 4th International Conference on Evolutional Computation (ICEC'97), Indianapolis USA, 243-248, IEEE Press, 1997<br />
Arita M, Suyama A, Hagiya M "A heuristic approach for Hamiltonian path problem with molecules" Proceedings of 2nd Annual Conference on Genetic Programming, Stanford USA, 457-462, Morgan Kaufmann, 1997<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Stepwise generation of Hamiltonian path with molecules" Proceedings of 1st International Conference on Biocomputing and Emergent Computation (BCEC'97), Skovde Sweden, 184-192, World Scientific, 1997<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" Proceedings of 1st International IEEE Symposium on Intelligence in Neural and Biological Systems (INBS '95), Washington DC. USA, 92-99, IEEE Press, 1995<br />
(Journal version listed above, with the same title.)<br />
Arita M "SIMFLY2: simulation of a fly embryo" Proceedings of 6th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 29-38, Universal Academy Press, 1995<br />
Arita M, Hagiya M, Shiratori T "GEISHA SYSTEM: an environment for simulating protein interaction" Proceedings of 5th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 80-90, Universal Academy Press, 1994<br />
}}<br />
<br />
==Reviews, Editorials, Book Chapters==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Endo A, Maeno S, Tanizawa Y, Kneifel W, Arita M, Dicks L, Salminen S "Fructophilic Lactic Acid Bacteria, a Unique Group of Fructose-Fermenting Microbes" Applied and Environmental Microbiology, 84(19), 2018<br />
Kind T, Tsugawa H, Cajka T, Ma Y, Lai Z, Mehta SS, Wohlgemuth G, Barupal DK, Showalter MR, Arita M, Fiehn O "Identification of small molecules using accurate mass MS/MS search" Mass Spectrometry Reviews, 37(4):513-532, 2018 doi: 10.1002/mas.21535<br />
Carroll AJ, Salek RM, Arita M, Kopka J, Walther D. "Editorial: Metabolome Informatics and Statistics: Current State and Emerging Trends" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 4:63, 2016<br />
Salek RM, Arita M, Dayalan S, Ebbels T, Jones AR, Neumann S, Rocca-Serra P, Viant MR, Vizcaino JA. "Embedding standards in metabolomics: the Metabolomics Society data standards task group" Metabolomics, 11(4), 782-783, 2015<br />
Arita M "From metabolic reactions to networks and pathways" Methods in Molecular Biology 804:93-106, Springer Verlag, 2012 ([[File:fromReactionsToPathways.pdf]])<br />
Arita M, Hagiya M, Takinoue M, Tanaka F "DNA Memory" In Handbook of Natural Computing (Volume II, Molecular Computation), Springer Verlag, 2011<br />
Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" Current Opinion in Biotechnology 20, 610-615, 2009 <br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Integrated omics approaches in plant systems biology" Current Opinion in Chemical Biology 13, 532–538, 2009<br />
Arita M, Fujiwara Y, Nakanishi Y "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM)" Chapter II.3 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 129-140, 2006<br />
Shinbo Y, Nakamura Y, Altaf-Ul-Amin Md, Asahi H, Kurokawa K, Arita M, Saito K, Ohta D, Shibata D, Kanaya S "KNApSAcK: A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database" Chapter II.6 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 165-184, 2006<br />
Arita M "Scale-freeness and biological networks" Journal of Biochemistry, 138, 1-4, Oxford Univ Press, 2005 <br />
Arita M, Robert M, Tomita M "All systems go: launching cell simulation fueled by integrated experimental biology data" Current Opinion in Biotechnology, 16(3), 344-349, Elsevier, 2005 <br />
Arita M "Introduction to the ARM Database: Database on Chemical Transformations in Metabolism for Tracing Pathways" Chapter 13 (pp.193-211) In Metabolomics: The Frontier of Systems Biology (Tomita M and Nishioka T eds.) Springer verlag, 2005<br />
Arita M "Writing Information Into DNA" In Aspects of Molecular Computing (Jonoska N, Paun G, and Rozenberg G eds.), LNCS(2950), 23-35, Springer Verlag, 2004 ([[File:writingInformationIntoDNA.pdf]])<br />
}}<br />
<br />
==総説、書籍==<br />
研究以外の連載や本は[[User:Aritalab/Masanori_Arita/Publication-J|こちら]]を御覧ください。<br />
<br />
# 有田正規、遠藤 明仁, 多田 一風太, 谷沢 靖洋, 遠野 雅徳「データベースから発見されたガセリ菌のサブグループ」化学と生物, 56(7), 459-460, 2018<br />
# 有田正規、津川裕司 「化学とメタボロミクス」 化学, 72(2), 26-30, 2017<br />
# 津川裕司、有田正規 「生体内の低分子代謝産物を網羅的に捉えるための新技術」化学と生物, 54(3), 151-153, 2016<br />
# 有田 正規,...,望月 敦史(代表) 計11名[http://coop-math.ism.ac.jp/info/coop-math-life 「数学協働プログラム提言 数理生命科学」] 文部科学省 科学技術試験研究委託事業「数理・生命科学」WG（統計数理研究所） 12/26, 2014<br />
# 美宅 成樹ほか [http://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-22-h140917-1.pdf 「大容量情報時代の次世代生物学」] 日本学術会議 報告 (バイオインフォマティクス分科会), 9/17, 2014<br />
# 有田 正規「理系総合のための生命科学 第3版」羊土社 2013 (27章 生物情報科学)<br />
# 有田 正規（編）「使えるデータベース・ウェブツール」実験医学別冊 9月 29(15), 羊土社, 2011<br />
# 有田 正規 「代謝産物の検索に役立つデータベース：化合物の素性・素行を調べるウェブサイト」 実験医学9月号 Vol.28(14), 2301-2303, 2010<br />
# 有田 正規, 蓬莱 尚幸, 尾嶌 雄也, 二瓶 義人, 金谷 重彦, 西岡 孝明 「化合物情報とマススペクトルを活用するためのウェブ基盤」 CICSJ Bulletin, 27(2), 48-50, 日本化学会 情報化学部会, 2009<br />
# 有田正規, 諏訪和大 「Wikiによるフラボノイドのデータベース」実験医学増刊,「バイオデータベースとソフトウェア最前線」, 4月, 1148-1154, 羊土社, 2008<br />
# 福島敦史, 草野都, 有田正規, 斉藤和季 「植物メタボロミクス―代謝プロファイルからシステム解析へ」 実験医学, 1月号, 羊土社, 2008<br />
# 有田正規 「生体ネットワークをどう研究するべきか」 数理科学5月号(527)79-83, サイエンス社, 2007<br />
# 時松敏明, 有田正規 「代謝マップビューワで見るフラボノイド」 細胞工学, 25(12), 1388-1393, 2006<br />
# 小林徹也, 有田正規, 森下喜弘, 合原一幸 「細胞内現象のシステム的理解―今理論に何が求められているのか？」 システム/制御/情報 50(8), システム制御情報学会誌 2006<br />
# 杉峰伸明, 大塚一路, 有田正規, 合原一幸「ネットワーク的思考で生命現象をよみとく」（特集「意識・脳・身体の接続へ」）科学 76(3), 岩波書店 2006<br />
# 有田 正規 「スケールフリーにご用心」 蛋白質核酸酵素 12月号増刊「ゲノムから生命システムへ」50(16 Suppl), 2294-2299, 共立出版, 2005<br />
# 有田 正規、田口 良 「メタボロームによる脂質代謝パスウェイ解析」 実験医学増刊号 「ダイナミックに新展開する脂質研究 」23(6), 151-157, 羊土社, 2005<br />
# 有田 正規 「代謝マップを電子化するARMプロジェクト」CICSJ Bulletin, 22(4), 64-67, 日本化学会 情報化学部会, 2004<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの解析法」 バイオインダストリー 特集「システム生物学の最前線」21(9), 34-39, シーエムシー出版, 2004<br />
# 有田 正規 「ARMデータベース」（執筆分担） 冨田勝、西岡孝明（編） 「メタボローム研究の最前線」, シュプリンガー東京, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と高分子への応用」 炎症と免疫 11(6), 46-51, 先端医学社 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 蛋白質核酸酵素 48(7), 823-828, 共立出版, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝は原子レベルで記述しよう －電子化の意義と将来性－」 JITAニュース March, 16-19, 日本産業技術振興協会, 2003<br />
# 有田 正規 「ベイジアンネットとバイオインフォマティクス」 人工知能学会誌 17(5), 539-545, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と有用物質の生産」 実験医学 9月号 1868-1872, 羊土社, 2002<br />
#「DNAコンピュータ」（執筆分担。第4章配列設計担当） 萩谷昌己、横森貴（編）, 培風館, 148-164, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの情報解析」 日本計算工学会誌 6(1), 10-12, 2001<br />
# 有田 正規 「パスウェイマップの探索」 日本シミュレーション学会誌, vol.20(2), 16-20, 2001<br />
# 萩谷 昌己, 有田 正規 「分子計算とその物理的基礎」 日本物理学会誌, Vol.56, 6月号, 403-410, 2001<br />
# 有田 正規 「遺伝子ネットワークと確率モデル」 ベイジアンネットチュートリアル予稿集 (BN2001), 50-53, 2001<br />
# 有田 正規 「グラフで見る代謝」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.5, 149-156, 2000<br />
# 西川 明男, 有田 正規, 三好 直人, 萩谷 昌己 「DNA計算の塩基配列設計におけるバランスの指標について」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.16, 67-69, 2000<br />
# 有田 正規, 西岡 孝明 「生体内化学反応の階層分類」 バイオインダストリー 特集「バイオインフォマティクス」, 17(7), 45-50, シーエムシー出版 2000 (再掲: DNAチップ応用技術 II 第6章, 227-236, シーエムシー出版 2001)<br />
# 有田 正規 「DNA計算における配列設計」 数理科学 特集「分子コンピューティング」, No.445 七月号, 32-38, サイエンス社 2000 (再掲：数理科学 SGCライブラリ31 「分子コンピュータの現状と展望」 萩谷昌己編著, II章3, サイエンス社 2004)<br />
# 有田 正規 「代謝系の再構築」（執筆分担。第4章の1担当） ポストシークエンスのゲノム科学シリーズ 「ゲノム情報生物学」 高木利久、冨田勝（編）, 148-164, 中山書店 2000<br />
# 角野宏司, 有田正規, 萩谷昌己, 白取知樹 「Computing-as-Editing(CAEP)に基づいた数式処理システムのユーザ・インタフェース」 インタラクティブシステムとソフトウェアIII, レクチャーノート/ソフトウェア学, 12, 161-170, 近代科学社 1995<br />
<br />
==Invited Talks and Lectures==<br />
<small>¢ ... support of hotel & participation fee only</small><br />
# Arita M "Data sharing and the power of omics integration" 6th Global Forum of Leaders for Agricultural Science and Technology (GLAST), Chengdu, China, Nov 12 (12-14), 2019<br />
# Arita M "Cheminformatics for Predicting Structures from Mass Spectra" 1st Annual Conference of Chinese Society of Metabolomics (plenary), Shanghai, China, April 20 (19-21), 2019<br />
# Arita M "Open genome analysis in the post-genomic era" International Workshop on Data Science, Mishima, November 15 (12-15), 2018<br />
# Arita M "Computational Metabolomics" 6th Annual Korea Metabolomics Society (plenary), Seoul, Korea, April 6 (5-6), 2018<br />
# Arita M "Distribution of Glycosphingolipids Revealed by LipidBank" International Life Science Integration Workshop, Tokyo, March 5 (5-6), 2018 ¢<br />
# Arita M "Identifying Metabolites with Theoretical References" The 26th International KOGO Annual Conference (plenary), Seoul, Korea, Sep 6 (6-8), 2017<br />
# Arita M "Prediction of Molecular Structures from their Spectra" The 4th International Conference on Plant Metabolism (ICPM 2017), July 17 (16-20), 2017<br />
# Arita M "Computational Mass Spectrometry" SLING workshop `Mass spectrometry-based lipidomics of human blood plasma' National University of Singapore, May 2, 2017 (teleconference talk)<br />
# Arita M "Comprehensive Acquisition of MS/MS Spectra Benefits Database Research" 6th International Singapore Lipid Symposium, December 1 (Nov30-Dec1), 2015 ¢<br />
# Arita M "Impact of Metabolome Database in Plant Science" The 38th Naito Conference "Molecule-based biological systems", October 8 (7-10), Sapporo, Japan, 2014<br />
# Arita M "MassBank Past, Present and Future" Norman Massbank Workshop, September 17 (-18), Duebendorf, Switzerland, 2014 (no travel support)<br />
# Arita M "Genetic, Protein, and Metabolic Networks: Which Choice Is Amenable to Modelling" International Conference on Mathematical Modeling and Applications (ICMMA 2013), November 28 (26-28), Tokyo, Japan, 2013<br />
# Arita M "Cyberinfrastructure for metabolomics and synthetic biology" International Symposium on Biotechnology for Green Growth, October 24 (-26), Kobe, Japan, 2012 ¢<br />
# Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" International Conference of Research and Application on Traditional Complementary and Alternative Medicine (TCAM), June 22 (21-23), Muhammadiyah University of Surakarta (Indonesia), 2012<br />
# Arita M "Update on Lipid Databank and other lipidomics initiatives" EMBL-EBI Industry Programme & MetaboLights Project Workshop May 22, Hinxton, 2012<br />
# Arita M "Wiki-based Databases: Integration of knowledge through the web" C-NAIR Seminar Nasional, Gadjah Mada University (Indonesia) Dec 5, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Structural Classification for PKS in Aspergilli" IUMS2011 (International Union of Microbiological Societies Congress), Sep 9 (6-10), Sapporo, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Knowledge Management using a Wiki-based System and its Application to Mass Spectra" EBI Seminar, April 19, EBI, Hinxton UK, 2011<br />
# Arita M "Wiki-based platform for PKS in Aspergilli" Pacifichem, Dec 19 (15-20), Honolulu (Hawaii), 2010 ¢<br />
# Arita M "Circulating information and knowledge through a cyber-infrastructure" Mass Spectrometry Informatics in Systems Biology (MSiB) Oct 28-29, Helsinki, 2010 [JSPS Japan-Finland Bilateral Workshop (self-organized)]<br />
# Arita M "Integration of Flavonoid Information through Wiki" Satellite Symposium of 4th International Conference on Polyphenols and Health (ICPH2009), Dec 11 (7-11), Yorkshire England, 2009 ¢<br />
# Arita M "Web-based Resources for Metabolomics", Tutorial at the CBI-KSBSB joint conference (Bioinfo2009), Nov 4 (4-6), Haeundae Busan Korea, 2009 ¢<br />
# Arita M "Data Management of Cross-disciplinary Information using Wiki", 16th International Conference on Cytochrome P450, June 21 (21-25), Okinawa Japan, 2009<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Analysis using Wiki", The Sixth International Aspergillus Meeting (Asperfest 6), March 15-17, Monterey USA, 2009 ¢<br />
# Arita M "Wiki-based Database of Secondary Metabolites", JSPS-KOSEF Joint Seminar -Pioneering researches on fungal molecular biology-, November 19-20, Kanazawa Japan, 2008<br />
# Arita M "Computational Analysis of Metabolism" iPlant Mechanistic modeling grand challenge workshop, November 7-10, Biosphere2 Arizona USA, 2008<br />
# Arita M "Software Tools to Study Flavonoids", Systems Biology and Bioinformatics Symposium (SBBS07), March 27-29 Taipei Taiwan, 2007<br />
# Arita M "Databaes for Flavonoids and Measurement in Arabidopsis", 2nd International Symposium on Environmental Metabolomics, March 24-25, University of Louisville(KY), USA, 2007<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Chart for Flavonoid", 2nd Taiwan-Japan Bilateral Symposium on Bioinformatics, Nov 7-9, Tainan Taiwan, 2006<br />
# Arita M " Atomic-level analysis of metabolism and mass spectral database", Invited Lecture Course, May9-14, Center for Regulatory, Environmental, Analytical Metabolomics, University of Louisville(KY), USA, 2006<br />
# Arita M "Metabolomics in Japan and the Need for a Metabolic Map Editor", 1st Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics, March 13-17, Tokyo Japan, 2006 ¢<br />
# Arita M "ARM Database for Interactive Metabolic Maps", 1st International BioPAX Symposium, November 18, Tokyo Japan, 2005 ¢<br />
# Arita M "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism", 1st Louisville Symposium on Environmental Metabolomics, November 5-6, Louisville (KY) USA, 2005<br />
# Arita M "Interpretation of Metabolic Networks", 50th NIBB Conference, Structure and Dynamics of Complex Biological Networks, February 8-10, Okazaki Japan, 2005<br />
# Arita M "Scale-free Network and Biological Network", Invited Lecture Course, June 9 - 13, Centre National de la Recherche Scientifique, Marseille, France, 2004<br />
# Arita M "Computer Applications for Metabolome Analysis", ICSB2002 Satellite Meeting "Metabolome Analysis and Systems Biology", December 16, Stockholm Sweden, 2002 ¢<br />
# Arita M "Computer Applications for Comprehensive Metabolite Analysis", Cambridge Healthtech Institute's Second Annual Metabolic Profiling: Pathways in Discovery, December 2 - 3, Research Triangle Park (North Carolina) USA, 2002<br />
# Arita M "Atomic Representation of Metabolism", Invited Lecture Course, June26 - July 2, Department of Computer Science, University of Helsinki, Finland, 2002<br />
# Arita M "Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM) Project", Workshop on Protein Interaction and Clinical Data Analysis, May 28 - 31, National University of Singapore, 2002<br />
# Hagiya M. and Arita M "Several Approaches to Bio-simulation", International Symposium on Human Genome Project and Computer Science Sanjo Hall, March 9-10, Tokyo University, 1995 ¢<br />
<br />
==招待講演、トークイベント== <br />
# 有田 正規 「バイオインフォマティクスが推し進めるバイオの世界」バイオインフォマティクスフォーラム, 8/24, 那覇, 2019<br />
# 有田 正規 「データ時代における学術出版とデータベース」第90回日本医学図書館協会総会, 5/31, 2019<br />
# 有田 正規 「学術データは誰のものか」日本医学会第五回研究倫理教育研修会, 5/30, 東京, 2019<br />
# 有田 正規 「元素から眺める地球・生命・食事」静岡県保育所連合会東部支部総会, 5/14, 沼津, 2019<br />
# 有田 正規 「生薬情報のデータベース」薬用資源の持続的利用促進に関する研究会, 11/21, 草津（滋賀）, 2018<br />
# 有田 正規 「遺伝子から見た地球生命」静岡県教育研究会夏季研究大会（理科）, 8/8, 三島, 2018<br />
# 有田 正規 「生命科学データ共有のあり方」Japan Open Science Summit, 6/19, 東京, 2018<br />
# 有田 正規 「DNAレベルからみたミシマサイコ」ミシマサイコの会 3/24 三島 2018<br />
# 有田 正規 「たべものは体の中でどうなるか」三島遺伝学講座 3/4 三島 2018<br />
# 有田 正規 「これからのスペクトルデータベース」日本質量分析学会第65回質量分析総合討論会（基調講演） 5/17 つくば 2017<br />
# 有田 正規 津川裕司 「MS2スペクトルのフラグメンテーション解析と前駆体構造予測」日本分子生物学会年会 シンポジウム「生命システムを俯瞰するための質量分析情報解析技術とデータベースの活用」 11/30 横浜 2016<br />
# 有田 正規 「クリエイティブは毒か薬か」 三島市クリエイティブファクトリー 「うるまの部屋」第一回 9/16 2016<br />
# 有田 正規 「Comprehensive lipidomics and Mass/LipidBank databases」日本分子生物・生化学会大会（BMB2015）シンポジウム「リピドミクスから見えてきた脂質の新機能 –基礎から臨床まで-」12/4 神戸 2015<br />
# 有田 正規 「科学者から見た学術のオープン化」林和弘氏、有田正規氏講演会「オープンな知がイノベーションを生む -オープンサイエンスの潮流と図書館の可能性-」(東大新図書館トークイベント14) 10/17 東京 2015<br />
# 有田 正規 「代謝の杜:分子の食物連鎖」[http://izukeidai.tumblr.com/post/128890729785/%E5%A4%A7%E8%AC%9B%E5%A0%82%E3%82%A4%E3%82%BA%E3%82%B1%E3%83%BC%E5%A4%A7%E3%81%AB%E6%9C%AC%E7%89%A9%E3%81%AE%E6%95%99%E6%8E%88%E3%81%AE%E8%AC%9B%E7%BE%A9%E7%99%BB%E5%A0%B4%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80-1%E6%9C%89%E7%94%B0%E6%AD%A3%E8%A6%8F%E6%95%99%E6%8E%88-22%E6%97%A5 地域イベント伊豆経済大学] 9/22 三島 2015<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「ノンターゲットMS/MSによる藻類脂質の網羅的解析とデータベース化」 健康・長寿研究談話会（旧ホスファチジルセリン研究会）11/7 品川 2014<br />
# 有田 正規 "Database for Biology: which data deserve maintaining?" 第52回日本生物物理学会年会 シンポジウム「大容量生命情報時代の新しい生物学とは？」(兼オーガナイザ) 9/27 (25-27) 札幌 2014<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「藻類メタボロミクス：植物との違い」日本植物学会第78回大会シンポジウム「バイオリソースとゲノム情報から考える藻類研究の未来形」 9/12 (12-14) 東京 2014<br />
# 有田 正規 「マススペクトルのデータベースを使いこなす」第31回日本植物細胞分子生物学会 バイオインフォマティクス講習会 9/12 (10-12) 札幌 2013<br />
# 有田 正規 「和漢薬データベースの構築」日本薬学会第133年会 シンポジウム "和漢薬の科学基盤：共同研究による先駆的統合的解明" 3/29 (27-30) 横浜 2013<br />
# 有田 正規 「ポリケチド合成酵素の進化解析」革新的バイオマテリアル実現のための高機能化ゲノムデザイン技術開発キックオフシンポジウム 10/30 東京 2012<br />
# 有田 正規 「Knowledge Management using a Wiki-based System」 細胞を作る研究会 4.0 10/27(-28) 大阪 2011<br />
# 有田 正規 「コミュニティとして機能するためのインフラストラクチャ」第84会日本生化学会大会シンポジウム "ゲノムデザインの最前線" 9/22 (21-24) 京都 2011<br />
# 有田 正規 「ウェブを通じた生薬知識のアウトリーチ」南方資源利用技術研究会 11/26 那覇 2010<br />
# 長谷川禎彦 有田正規 「細胞内のノイズと遺伝子スイッチ」細胞を作る研究会 3.0 11/12(-13) 駒場 2010<br />
# 有田 正規 「Wikiを通じて学会をまとめよう 代謝データベースを例に」 第20回記念微生物資源ワークショップ 11/14 (13-14) 修善寺 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬の知識流通を促すウェブ基盤の構築」 第30回和漢医薬学総合研究所特別セミナー「和漢薬とインフォマティクス」 10/9, 富山 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬Wikiデータベースの開発」 第26回和漢医薬学会学術大会 メインテーマ企画「生薬とデータベース」 8/29 (29-30), 幕張 2009<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス解析におけるインフォマティクス」 日本薬物動態学会第２回ビジョン・シンポジウム 6/6 (5-6), 本郷 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるマススペクトルの共有と知識抽出」 日本質量分析学会 第57回質量分析総合討論会ワークショップ 「マススペクトルを日本発のツールで解析、整理しよう」 5/14, 大阪 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるオミクスデータ管理と知識発見」 農芸化学会大会シンポジウム「OMICSを基盤とした生物機能の戦略的高度化と物質生産」3/29 福岡 2009<br />
# 有田 正規 「百科事典とデータベースを区別できない生物学者」 BMB2008 日本分子生物・生化学会合同年会シンポジウム「最新メタボロミクス事情と植物科学への貢献」(兼オーガナイザ) 12/12 神戸 2008<br />
# 有田 正規 「バイオデータベースのあるべき姿」 第五回 コンビナトリアル・バイオエンジニアリング会議 11/7 大阪 2008<br />
# 有田 正規 「メタボロームデータベースを統合する：*Bankと*Wiki」 第2回メタボロームシンポジウム(兼実行委員) 10/30 鶴岡 2008<br />
# 有田 正規 「Wiki をもちいたデータベース設計」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第7回連携研究会 9/13, Spring-8普及棟 2008<br />
# 有田 正規 「ウィキによるフラボノイドのデータベース」 日本植物生理学会年会 シンポジウム「データベースの中に築く生物像」 3/20, 札幌 2008<br />
# 有田 正規 「化学構造と植物種をつなぐフラボノイドデータベース」 日本化学会 化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム 12/7, 東京 2007<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス －代謝を研究する新しいOmics分野－」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第六回連携研究会 8/4, Spring-8普及棟 2007<br />
# 有田 正規 「マススペクトルデータベースMassBankの検索技法」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会ワークショップ 「ケミカルバイオロジーとマススペクトルデータベース」 5/15, 広島 2007<br />
# 有田 正規 「原子レベルでみる代謝ネットワーク」 京大理 数学教室 研究集会「スケールフリーネットワークとランダムグラフ」 1/27, けいはんな 2007<br />
# 有田 正規 「化学構造データベースから代謝経路へ」 奈良先端大 植物科学研究教育推進ユニットワークショップ 「植物研究にいかに役立てるか、『システム生物学』」 12/12, 奈良 2006<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップによるメタボローム解析」 日本医用マススペクトル学会 シンポジウム 「メタボローム解析への質量分析の応用」9/29, 名古屋 2006<br />
# 有田 正規 「バクテリアの代謝はどこまでわかっているか」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第五回連携研究会 8/12, Spring-8普及棟 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ 」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロミクスとバイオインフォマティクス」5/26, 大阪 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームは本当に網羅的か」 日本分子生物学会 年会シンポジウム 12/7, 福岡 2005<br />
# 有田 正規「バイオインフォマティクスの環境バイオへの適用可能性」 環境バイオ・新規提案検討国際ワークショップ －微生物集団機能の高効率利用・デザイン化技術の創出のために－ 10/21, 東京 2005<br />
# 有田 正規「生体ネットワークの大域情報と局所情報をつなぐソフトウェア」 第10回分生研シンポジウム「情報生物学」9/22, 東京 2005<br />
# 有田 正規「代謝のネットワークとスケールフリー性」 日本数理生物学会 第15回大会シンポジウム 「複雑ネットワークの展開」 9/16, 横浜 2005<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」5/26, 大宮 2005<br />
# 有田 正規 「マップエディタを用いたオンデマンドの代謝解析」 日本農芸化学会シンポジウム「モノづくりの代謝工学」 3/29, 札幌 2005<br />
# 有田 正規 「代謝のネットワーク解析：大域的特徴から分子構造変化まで」 (財)新世代研究所 中性子生体ナノマシン・バイオナノ合同研究会 1/28, 東海村 2005<br />
# 有田 正規 「お気楽マップエディタによる代謝解析」 日本分子生物学会 年会ワークショップ 「メタボローム研究の新展開」 12/10, 神戸 2004<br />
# 有田 正規 「生物ネットワークとスケールフリー性」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「分子ネットワークのシステム特性」 10/16, 横浜 2004<br />
# 有田 正規 「脂質代謝を原子レベルで表現するデータベース」 日本脂質栄養学会 第13回大会 9/3, 酒田 2004<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップに基づくメタボローム解析」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」6/4, 名古屋 2004<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と機能予測」 新資源生物変換研究会シンポジウム 12/5, 東京 2003<br />
# 有田 正規 「代謝データベースとその盲点」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「メタボローム研究の最前線」 10/15, 横浜 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「ポストゲノム時代を担う若手研究者」 5/16, つくば 2003<br />
# 有田 正規 「ARMプロジェクト： 細胞内代謝の電子化技術」 基礎生物学研究所研究会「生命科学におけるInformaticsと Mathematics」 3/11-12, 岡崎 2003<br />
# 有田 正規 「大腸菌の代謝経路再構築」 JST異分野研究者交流フォーラム 3/1-2, 大仁 2002<br />
# 有田 正規 「計算論的バイオテクノロジー」 計測自動制御学会 第7回創発システムシンポジウム「創発夏の学校」, 8/24-26, 富山, 2001<br />
<br />
==Meeting series and Workshops==<br />
* AYRCOB Conference Series (http://ayrcob.org/) 2008-2016<br />
* International Metabolomics Society<br />
** Board Member (2014 Oct-2016 Sep)<br />
** Organization and talks<br />
*** Workshop "Data Sharing and Standardisation" (SF, 29 Jun, 2015; Dublin, 27 Jun 2016; Brisbane, 26 Jun, 2017)<br />
*** NSF-JST "Metabolomics for a Low Carbon Society", San Francisco, 28 Jun 2015<br />
*** JST-NSF "Metabolomics Measurement Technology and Application" Tsuruoka, 23 Jun 2014<br />
* Annual Metabolome Symposium (domestic) 2006-2018<br />
** Mishima meeting (2015)<br />
* NII Shonan meeting "Computational metabolomics", March 20-23, Shonan, 2017 (organizer)<br />
* NIG International Symposium (commemorating DDBJ 30th) "Life, Environment and Evolution revealed by Genomes" (general chair)<br />
* ROIS International Workshop on Data Science (DSWS2018) "Present & Future of Open Data & Open Science" (local organizer)</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/User:Aritalab/Masanori_Arita/PublicationUser:Aritalab/Masanori Arita/Publication2019-10-02T00:01:22Z<p>Adm: /* Invited Talks and Lectures */</p>
<hr />
<div>==Refereed Journal Articles==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kajikawa A, Kanesaki Y, Kubota E, Arita M, Dicks L, Endo A "A pseudo-fructophilic Leuconostoc citreum strain F192-5 isolated from the peel of satsuma mandarin" Applied and Environmental Microbiology, 2019<br />
Modesto M, Satti M, Watanabe K, Sciavilla P, Felis GE, Sandri C, Spiezio C, Arita M, Mattarelli P "Alloscardovia theropitheci sp. nov., isolated from the faeces of gelada baboon, the 'bleeding heart' monkey (Theropithecus gelada)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2019<br />
Tsugawa H, Satoh A, Uchino H, Cajka T, Arita M, Arita M "Mass Spectrometry Data Repository Enhances Novel Metabolite Discoveries with Advances in Computational Metabolomics" Metabolites 9(6):E119, 2019<br />
Modesto M, Watanabe K, Arita M, Satti M, Oki K, Sciavilla P, Patavino C, Cammà C, Michelini S, Sgorbati B, Mattarelli P "Bifidobacterium jacchi sp. nov., isolated from the faeces of a baby common marmoset (Callithrix jacchus)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 69(8):2477-2485, 2019<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Arita M, Nakamura Y "Generating Publication-Ready Prokaryotic Genome Annotations with DFAST" Methods in Molecular Biology, 1962, 215-226, 2019<br />
Tsugawa H, Nakabayashi R, Mori T, Yamada Y, Takahashi M, Rai A, Sugiyama R, Yamamoto H, Nakaya T, Yamazaki M, Kooke R, Bac-Molenaar JA, Oztolan-Erol N, Keurentjes JJB, Arita M, Saito K "A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms" Nature Methods, 16(4), 295-298, 2019<br />
Endo A, Tanizawa Y, Arita M "Isolation and Identification of Lactic Acid Bacteria from Environmental Samples" Methods in Molecular Biology, 1887, 3-13, 2019<br />
Itoh H, Matsui M, Miyamura Y, Takeda I, Ishii J, Kumagai T, Machida M, Shibata T, Arita M "Biosynthesis of Novel Statins by Combining Heterologous Genes from Xylaria and Aspergillus" ACS Synthetic Biology, 7(12), 2783-2789, 2018<br />
Burla B, Arita M, Arita M, Bendt AK, Cazenave-Gassiot A, Dennis EA, Ekroos K, Han X, Ikeda K, Liebisch G, Lin MK, Loh TP, Meikle PJ, Orešič M, Quehenberger O, Shevchenko A, Torta F, Wakelam MJO, Wheelock CE, Wenk MR "MS-based lipidomics of human blood plasma: a community-initiated position paper to develop accepted guidelines" Journal of Lipid Research, 59(10), 2001-2017, 2018<br />
Tanizawa Y, Tada I, Kobayashi H, Endo A, Maeno S, Toyoda A, Arita M, Nakamura Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Tohno M "Lactobacillus paragasseri sp. nov., a sister taxon of Lactobacillus gasseri, based on whole-genome sequence analyses" International journal of systematic and evolutionary microbiology 68: 3512-3517, 2018<br />
Tanaka W, Arita M "Physicochemical Prediction of Metabolite Fragmentation in Tandem Mass Spectrometry" Mass Spectrometry (Tokyo), 7(1):A0066, 2018<br />
Itoh H, Miura A, Matsui M, Arazoe T, Nishida K, Kumagai T, Arita M, Tamano K, Machida M, Shibata T "Knockout of the SREBP system increases production of the polyketide FR901512 in filamentous fungal sp. No. 14919 and lovastatin in Aspergillus terreus ATCC20542" Applied Microbiology and Biotechnology, 102(3):1393-1405, 2018<br />
Lai Z, Tsugawa H, Wohlgemuth G, Mehta S, Mueller M, Zheng Y, Ogiwara A, Meissen J, Showalter M, Takeuchi K, Kind T, Beal P, Arita M, Fiehn O "Identifying metabolites by integrating metabolome databases with mass spectrometry cheminformatics" Nature Methods 15:53-56, 2018<br />
Tohno M, Tanizawa Y, Irisawa T, Masuda T, Sakamoto M, Arita M, Ohkuma M, Kobayashi H "Lactobacillus silagincola sp. nov. and Lactobacillus pentosiphilus sp. nov., isolated from silage" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 67(9):3639-3644, 2017<br />
Tanizawa Y, Kobayashi H, Kaminuma E, Sakamoto M, Ohkuma M, Nakamura Y, Arita M, Tohno M "Genomic characterization reconfirms the taxonomic status of Lactobacillus parakefiri" Bioscience of microbiota food and health 36(3):129-134, 2017<br />
Tada I, Tanizawa Y, Endo A, Tohno M, Arita M "Revealing the genomic differences between two subgroups in Lactobacillus gasseri" Bioscience of microbiota food and health 36(4):155-159, 2017 <br />
Tsugawa H, Ikeda K, Tanaka W, Senoo Y, Arita M, Arita M "Comprehensive identification of sphingolipid species by in silico retention time and tandem mass spectral library" Journal of Cheminformatics 9:19, 2017 doi: 10.1186/s13321-017-0205-3<br />
Wohlgemuth G, Mehta SS, Mejia RF, Neumann S, Pedrosa D, Pluskal T, Schymanski EL, Willighagen EL, Wilson M, Wishart DS, Arita M, Dorrestein PC, Bandeira N, Wang M, Schulze T, Salek RM, Steinbeck C, Nainala VC, Mistrik R, Nishioka T, Fiehn O "SPLASH, a hashed identifier for mass spectra" Nature Biotechnol 34(11):1099-1101, 2016<br />
Padermshoke A, Ogawa T, Nishio K, Nakazawa M, Nakamoto M, Okazawa A, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Critical Involvement of Environmental Carbon Dioxide Fixation to Drive Wax Ester Fermentation in Euglena" PLoS ONE 11(9):e0162827, 2016<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kanesaki Y, Kubota E, Kumar H, Dicks L, Salminen S, Nakagawa J, Arita M, Endo A "Genomic characterization of a fructophilic bee symbiont Lactobacillus kunkeei reveals its niche-specific adaptation" Syst Appl Microbiol 39(8):516-526, 2016<br />
Yamada O, Machida M, Hosoyama A, Goto M, Takahashi T, Futagami T, Yamagata Y, Takeuchi M, Kobayashi T, Koike H, Abe K, Asai K, Arita M, Fujita N, Fukuda K, Higa KI, Horikawa H, Ishikawa T, Jinno K, Kato Y, Kirimura K, Mizutani O, Nakasone K, Sano M, Shiraishi Y, Tsukahara M, Gomi K "Genome sequence of Aspergillus luchuensis NBRC 4314" DNA Research 23(6):507-515, 2016<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M "DFAST and DAGA: web-based integrated genome annotation tools and resources" Biosci Microbiota Food Health. 35(4):173-184, 2016<br />
Tsugawa H, Kind T, Nakabayashi R, Yukihira D, Tanaka W, Cajka T, Saito K, Fiehn O, Arita M. "Hydrogen Rearrangement Rules: Computational MS/MS Fragmentation and Structure Elucidation Using MS-FINDER Software" Analytical Chemistry 88(16):7946-7958, 2016<br />
Sriyudthsak K, Mejia RF, Arita M, Hirai MY. "PASMet: a web-based platform for prediction, modelling and analyses of metabolic systems" Nucleic Acids Research, 44(W1):W205-211, 2016<br />
Mukaida S, Ogawa T, Ohishi K, Tanizawa Y, Ohta D, Arita M. "The effect of rapamycin on biodiesel-producing protist Euglena gracilis" Biosci Biotechnol Biochem, 80:1223-1229, 2016<br />
Rocca-Serra P, Salek RM, Arita M, Correa E, Dayalan S, Gonzalez-Beltran A, Ebbels T, Goodacre R, Hastings J, Haug K, Koulman A, Nikolski M, Oresic M, Sansone SA, Schober D, Smith J, Steinbeck C, Viant MR, Neumann S "Data standards can boost metabolomics research, and if there is a will, there is a way" Metabolomics 12(1):14, 2016<br />
Endo A, Tanizawa Y, Tanaka N, Maeno S, Kumar H, Shiwa Y, Okada S, Yoshikawa H, Dicks L, Nakagawa J, Arita M "Comparative genomics of Fructobacillus spp. and Leuconostoc spp. reveals niche-specific evolution of Fructobacillus spp." BMC Genomics 16(1):1117, 2015<br />
Tanaka K, Arita M, Sakurai H, Ono N, Tezuka Y "Analysis of Chemical Properties of Edible and Medicinal Ginger by Metabolomics Approach" Biomed Research International 2015:671058, 2015<br />
Tsugawa H, Cajka T, Kind T, Ma Y, Higgins B, Ikeda K, Kanazawa M, VanderGheynst J, Fiehn O, Arita M "MS-DIAL: data-independent MS/MS deconvolution for comprehensive metabolome analysis" Nature Methods 12(6), 523-526, 2015<br />
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Ara T, Enomoto M, Arita M, Ikeda C, Kera K, Yamada M, Nishioka T, Ikeda T, Nihei Y, Shibata D, Kanaya S, Sakurai N "Metabolonote: a wiki-based database for managing hierarchical metadata of metabolome analyses" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 3:38, 2015<br />
Tanizawa Y, Tohno M, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M "Complete genome sequence and analysis of Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260(T), a psychrotrophic lactic acid bacterium isolated from silage" BMC Genomics, 16:240, 2015<br />
Tanaka K, Arita M, Li D, Ono N, Tezuka Y, Kanaya S "Metabolomic Characterization of a Low Phytic Acid and High Anti-oxidative Cultivar of Turmeric" Natural Product Communications, 10(2), 329-334, 2015<br />
Tsugawa H, Ohta E, Izumi Y, Ogiwara A, Yukihira D, Bamba T, Fukusaki E, Arita M "MRM-DIFF: Data Processing Strategy for Differential Analysis in Large Scale MRM-based Lipidomics Studies" Frontiers in Genetics, 5:471, 2015<br />
Hasegawa Y, Arita M "Optimal implementations for reliable circadian clocks" Physical Review Letters, 113(10), 108101, 2014<br />
Tsugawa H, Kanazawa M, Ogiwara A, Arita M "MRMPROBS suite for metabolomics using large-scale MRM assays" Bioinformatics, 30(16), 2379-2380, 2014<br />
Furuhashi T, Ogawa T, Nakai R, Nakazawa M, Okazawa A, Padermschoke A, Nishio K, Hirai MY, Arita M, Ohta D "Wax ester and lipophilic compound profiling of Euglena gracilis by gas chromatography-mass spectrometry: toward understanding of wax ester fermentation under hypoxia" Metabolomics, 11(1), 175-183, 2015<br />
Ogawa T, Furuhashi T, Okazawa A, Nakai R, Nakazawa M, Kind T, Fiehn O, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Exploration of Polar Lipid Accumulation Profiles in Euglena gracilis Using LipidBlast, a MS/MS Spectral Library Constructed in Silico" Bioscience Biotechnology and Biochemistry 78(1), 14-18, 2014<br />
Hasegawa Y, Arita M "Circadian clocks optimally adapt to sunlight for reliable synchronization" Journal of the Royal Society Interface 11(92):20131018, 2014<br />
Tsugawa H, Arita M, Kanazawa M, Ogiwara A, Bamba T, Fukusaki E "MRMPROBS: Data Assessment and Metabolite Identification Tool for Large-scale MRM-based Widely Targeted Metabolomics" Analytical Chemistry, 85(10), 5191–5199, 2013<br />
Hasegawa Y, Arita M "Enhanced entrainability of genetic oscillators by period mismatch" Journal of the Royal Society Interface 10(81) 20121020, 2013<br />
Hasegawa Y, Arita M "Fluctuating noise drives Brownian transport" Journal of the Royal Society Interface 9(77), 3554-3363, 2012<br />
Peng CH, Lin SH, Peng SC, Lyu PC, Arita M, Tang CY "Feature Identification of Compensatory Gene Pairs without Sequence Homology in Yeast" Comparative and Functional Genomics 2012(653174), 2012<br />
Lin SH, Yoshimoto M, Lyu PC, Tang CY, Arita M "Phylogenomic and Domain Analysis of Iterative Polyketide Synthases in Aspergillus Species" Journal of Evolutionary Bioinformatics, 7:1-14, 2012<br />
Hasegawa Y, Arita M "Escape Process and Stochastic Resonance Under Noise Intensity Fluctuation" Physics Letters A, 375, 3450-3458, 2011<br />
Redestig H, Kusano M, Ebana K, Kobayashi M, Oikawa A, Okazaki Y, Matsuda F, Arita M, Fujita N, Saito K "Exploring molecular backgrounds of quality traits in rice by predictive models based on high-coverage metabolomics" BMC Systems Biology 5(1):176, 2011<br />
Tsugawa H, Tsujimoto Y, Arita M, Bamba T, Fukusaki E "GC/MS based metabolomics: development of a data mining system for metabolite identification by using soft independent modeling of class analogy (SIMCA)" BMC Bioinformatics 12:131, 2011<br />
Scalbert A, Andres-Lacueva C, Arita M, Kroon P, Manach C, Urpi-Sarda M, Wishart D "Databases on Food Phytochemicals and Their Health-Promoting Effects" Journal of Agricultural and Food Chemistry 59(9), 4331-4348, 2011<br />
Hasegawa Y, Arita M "Noise-intensity fluctuation in Langevin model and its higher-order Fokker–Planck equation" Physica A 390(6) 1051-1063, 2011<br />
Tanaka K, Hayashi K, Fahad A, Arita M "Multi-stage mass spectrometric analysis of saponins in glycyrrhiza radix" Natural Product Communications 6(1):7-10, 2011<br />
Kusano M, Redestig H, Hirai T, Oikawa A, Matsuda F, Fukushima A, Arita M, Watanabe S, Yano M, Hiwasa-Tanase K, Ezura H, Saito K "Covering chemical diversity of genetically-modified tomatoes using metabolomics for objective substantial equivalence assessment" PLoS One 6(2):e16989, 2011<br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Metabolomic correlation-network modules in Arabidopsis based on a graph-clustering approach" BMC Systems Biology 5:1, 2011<br />
Horai H, Arita M, Kanaya S, Nihei Y, Ikeda T, Suwa K, Ojima Y, Tanaka K, Tanaka S, Aoshima K, Oda Y, Kakazu Y, Kusano M, Tohge T, Matsuda F, Sawada Y, Hirai MY, Nakanishi H, Ikeda K, Akimoto N, Maoka T, Takahashi H, Ara T, Sakurai N, Suzuki H, Shibata D, Neumann S, Iida T, Tanaka K, Funatsu K, Matsuura F, Soga T, Taguchi R, Saito K, Nishioka T "MassBank: a public repository for sharing mass spectral data for life sciences" Journal of Mass Spectrometry 45(7), 703-714, 2010<br />
Redestig H, Kusano M, Fukushima A, Matsuda F, Saito K, Arita M "Consolidating metabolite identifiers to enable contextual and multi-platform metabolomics data analysis" BMC Bioinformatics 11:214, 2010<br />
Hasegawa Y, Arita M "Bistable stochastic processes in the q-exponential family" Physica A 389(21):4450-4461, 2010<br />
Takemoto K, Arita M "Nested structure acquired through simple evolutionary process" Journal of Theoretical Biology 264(3), 782-786, 2010<br />
Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Period–phase map: two-dimensional selection of circadian rhythm-related genes" IET System Biology 3(6), 487-495, 2009 <br />
Fukushima A, Kanaya S, Arita M "Characterizing gene coexpression modules in Oryza sativa based on a graph-clustering approach" Plant Biotechnology 26, 485-493, 2009<br />
Redestig H, Fukushima A, Stenlund H, Moritz T, Arita M, Saito K, Kusano M "Compensation for systematic cross-contribution improves normalization of mass spectrometry based metabolomics data" Analytical Chemistry 81(19), 7974-7980, 2009 <br />
Hasegawa Y, Arita M "Properties of the maximum q-likelihood estimator for independent random variables" Physica A 388, 3399-3412, 2009<br />
Takemoto K, Arita M "Heterogeneous distribution of metabolites across plant species" Physica A 388(13), 2771-2780, 2009<br />
Arita M "A pitfall of wiki solution for biological databases" Briefings Bioinformatics 10(3), 295-296, 2009<br/>Interview article by a web magazine "Bioinform" in Jan 2009<br />
Fukushima A, Wada M, Kanaya S, Arita M "SVD-based anatomy of gene-expression for correlation analysis in Arabidopsis thaliana" DNA research 15(6), 367-374, 2008 <br />
Arita M, Suwa K "Search extension transforms Wiki into a relational system: a case for flavonoid metabolite database" BMC BioData Mining 1:7, 2008 <br />
Sato S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Time-resolved metabolomics reveals metabolic modulation in rice foliage" BMC Systems Biology 2:51, 2008 <br />
Kusano M, Fukushima A, Arita M, Jonsson P, Moritz T, Kobayashi M, Hayashi N, Tohge T, Saito K "Unbiased characterization of genotype-dependent metabolic regulations by metabolo mic approach in Arabidopsis thaliana" BMC Systems Biology 1:53, 2007 <br />
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Automated classification of alternative splicing and transcriptional initiation and construction of visual database of classified patterns" Bioinformatics 22(10), 1211-1216, 2006 <br />
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Species-specific variation of alternative splicing and transcriptional initiation in six eukaryotes" Gene 364, 53-62, 2005 <br />
Arita R, Arita M, Kawai M, Mashima Y, Yamada M "Evaluation of corneal endothelial pump function with a cold stress test" Cornea 24(5), 571-575, 2005 <br />
Sugimoto M, Kikuchi S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Large-scale prediction of cationic metabolite identity and migration time in capillary electrophoresis mass spectrometry using artificial neural networks" Analytical Chemistry 77(1), 78-84, 2005 <br />
Arita M, Ohashi Y "Secret signatures inside genomic DNA" Biotechnology Progress 20(5), 1605-1607, 2004 <br />
Hirai MY, Yano M, Goodenowe DB, Kanaya S, Kimura T, Awazuhara M, Arita M, Fujiwara T, Saito K "Integration of transriptomics and metabolomics for understanding of global responses to nutritional stresses in Arabidopsis thaliana" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(27), 10205-10210, 2004 <br />
Arita M "Computational resources for metabolomics" Briefings in Functional Genomics and Proteomics 3(1), 84-93, 2004 <br />
Arita M "Comma-free design for DNA words" Communications of the ACM, 47(5), 99-100, 2004 <br />
Arita M "The metabolic world of Escherichia coli is not small" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(6), 1543-1547, 2004 <br />
Yamazaki Y, Kitajima M, Arita M, Takayama H, Sudo H, Yamazaki M, Aimi N, Saito K "Biosynthesis of camptothecin. In silico and in vivo tracer study from [1-13C]glucose" Plant Physiology 134(1), 161-170, 2004 <br />
Arita M "In silico Atomic tracing by substrate-product relationships in Escherichia coli intermediary metabolism" Genome Research 13(11), 2455-2466, 2003 <br />
Kikuchi S, Tominaga D, Arita M, Takahashi K, Tomita M "Dynamic modeling of genetic networks using genetic algorithm and S-system" Bioinformatics 19(5), 643-650, 2003 <br />
Arita M, Kobayashi S "DNA sequence design using templates" New Generation Computing 20(3), 263-277, 2002 <br />
Arita M "Graph modeling of metabolism" Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence (JSAI), 15(4), 703-710, 2000<br />
Arita M "Metabolic reconstruction using shortest paths" Simulation Practice and Theory 8(2), 109-125, 2000<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" International Journal of Artificial Intelligence Tools 4(4), 511-524, 1995<br />
}}<br />
<br />
==Refereed Conference Proceedings==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Satti M, Tanizawa Y, Endo A, Arita M "Comparative analysis of probiotic bacteria based on a new definition of core genome" Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Proceedings GIW 2017), 16(3):1840012, 2018<br />
Tada I, Tanizawa Y, Arita M "Visualization of consensus genome structure without using a reference genome" BMC Genomics (Proceedings APBC 2017), 18(Suppl 2):208, 2017<br />
Arita M, Yoshimoto M, Suwa K, Hirai A, Kanaya S, Shibahara N, Tanaka K “Database for crude drugs and kampo medicine” Genome Informatics 25(1) Special Issue JSBi2010, 1-11, 2011<br />
Chang CW, Lyu PC, Arita M "Reconstructing phylogeny from metabolic substrate-product relationships" BMC Bioinformatics (Proceedings 9th APBC in Korea) 12(Suppl 1):S27, 2011<br />
Arita M, Suwa K, Yoshimoto M, Hirai A, Kanaya S "Ontology checking and integration of crude-drug and kampo information" Proceedings of the 2nd International Conference of Biomedical Engineering and Informatics (BMEI2009), Tianjin China, 3:1304-1307, 2009<br />
Horai H, Arita M, Ojima Y, Nihei Y, Kanaya S, Nishioka T "Traceable analysis of multiple-stage mass spectra through precursor-product annotations" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'09) (GI-Edition Lecture Notes in Informatics), Halle, Germany, 157:173-178, 2009<br />
Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Phase shifts of circadian transcripts in rat suprachiasmatic nucleus" Proceedings of the 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB2008), Lijiang China, 101-106, 2008<br />
Chen LC, Lin YC, Arita M, Tseng VS "A Novel Approach for Handling Missing Values in Microarray Data" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 45-50, 2008<br />
Wijekoon A, Kusano M, Arita M "Comparison of Gas Chromatography-Mass Spectrometry Data from Different Laboratories using Dynamic Programming" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 57-62, 2008<br />
Horai H, Arita M, Nishioka T "Comparison of ESI-MS Spectra in MassBank Database" Proceedings of the International Conference on BioMedical Engineering and Informatics (BMEI2008), Hainan China, 1:853-857, 2008<br />
Arita M, Tokimatsu T "Detection of monosaccharide types from coordinates" Proceedings of the 18th International Conference on Genome Informatics (Genome Informatics Series Vol.19), Singapore, 3-14, 2007 <br />
Okada K, Asai K, Arita M "Flow Model of the Protein-protein Interaction Network for Finding Credible Interactions." Proceedings of 5th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2007), Hong Kong, 2007<br />
Tuji H, Altaf-Ul-Amin Md, Arita M, Nishio H, Shinbo Y, Kurokawa K, Kanaya S "Comparison of Protein Complexes Predicted from PPI Networks by DPClus and Newman Clustering Algorithms" IPSJ Transactions on Bioinformatics, 47 (SIG17):31-41, 2006<br />
Oka H, Arita M "Searching Similar Motifs in Protein Interaction Networks" Proceedings of 1st International Workshop on Biomedical Data Engineering, Tokyo Japan, 52-59, 2005<br />
Ueno Y, Arita M, Kumagai T, Asai K "Processing sequence annotation data using the lua programming language" Proceedings of 14th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.14), Yokohama Japan, 154-163, 2003 <br />
Arita M, Tsuda K, Asai K "Modeling splicing sites with pairwise correlations." Bioinformatics (Proceedings 1st European Conference on Computational Biology, Saarbrucken Germany), 18:S27-S34, Oxford Univ Press, 2002 <br />
Kobayashi S, Kondo T, Arita M "On template method for DNA sequence design" Proceedings of 8th DNA Based Computers, Sapporo Japan, LNCS(2568) 205-214, Springer Verlag, 2002<br />
Arita M, Kobayashi S "The power of sequence design" Proceedings of 4th International Conference on Computational Intelligence and Multimedia Applications, Yokosuka Japan, 163-166, IEEE Press, 2001<br />
(Journal version listed above, titled "DNA sequence design using templates.")<br />
Komiya K, Sakamoto K, Gouzu H, Yokoyama S, Arita M, Nishikawa A, Hagiya M "Successive state transitions with I/O interface by molecules." Proceedings of 6th DNA Based Computers, Leiden Netherland, LNCS(2054) 17-26, Springer Verlag, 2001<br />
Arita M, Nishikawa A, Hagiya M, Komiya K, Gouzu H, Sakamoto K "Improving sequence design for DNA computing" Proceedings of 5th Gnenetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO'00), Las Vegas USA, 875-882, Morgan-Kaufmann, 2000<br />
Arita M, Asai K, Nishioka T "Reconstructing metabolic pathways with new enzyme classification" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'00), Heidelberg Germany, 99-106, Logos-Verlag, 2000<br />
Arita M "Bio-computing in the 21st century" Proceedings of 5th International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB'00), Ohita Japan, 737-740, 2000<br />
Arita M "Metabolic reconstruction using shortest path algorithm" Proceedings of 1st Conference on Modelling and Simulation in Biological, Medical, and Biomedical Engineering (BioMedSim'99), Paris France, 1-4, 1999<br />
(Journal version listed above, titled "Metabolic reconstruction using shortest paths.")<br />
Ueno Y, Asai K, Arita M "Integrating application programs for bioinformatics using a web browser" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 166-175, 1999 <br />
Arita M, Asai K, Nishioka T "Finding precursor compounds in secondary metabolism" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 113-120, 1999 <br />
Hagiya M, Arita M, Kiga D, Sakamoto K, Yokoyama S "Towards parallel evaluation and learning of boolean mu-formulas with molecules"<br />
DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:57-72, American Mathematics Society, 1999<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Solid phase DNA solution to the Hamiltonian path problem" DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:193-206, American Mathematics Society, 1999<br />
Arita M, Hagiya M, Suyama A "Joining and rotating data with molecules" Proceedings of IEEE 4th International Conference on Evolutional Computation (ICEC'97), Indianapolis USA, 243-248, IEEE Press, 1997<br />
Arita M, Suyama A, Hagiya M "A heuristic approach for Hamiltonian path problem with molecules" Proceedings of 2nd Annual Conference on Genetic Programming, Stanford USA, 457-462, Morgan Kaufmann, 1997<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Stepwise generation of Hamiltonian path with molecules" Proceedings of 1st International Conference on Biocomputing and Emergent Computation (BCEC'97), Skovde Sweden, 184-192, World Scientific, 1997<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" Proceedings of 1st International IEEE Symposium on Intelligence in Neural and Biological Systems (INBS '95), Washington DC. USA, 92-99, IEEE Press, 1995<br />
(Journal version listed above, with the same title.)<br />
Arita M "SIMFLY2: simulation of a fly embryo" Proceedings of 6th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 29-38, Universal Academy Press, 1995<br />
Arita M, Hagiya M, Shiratori T "GEISHA SYSTEM: an environment for simulating protein interaction" Proceedings of 5th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 80-90, Universal Academy Press, 1994<br />
}}<br />
<br />
==Reviews, Editorials, Book Chapters==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Endo A, Maeno S, Tanizawa Y, Kneifel W, Arita M, Dicks L, Salminen S "Fructophilic Lactic Acid Bacteria, a Unique Group of Fructose-Fermenting Microbes" Applied and Environmental Microbiology, 84(19), 2018<br />
Kind T, Tsugawa H, Cajka T, Ma Y, Lai Z, Mehta SS, Wohlgemuth G, Barupal DK, Showalter MR, Arita M, Fiehn O "Identification of small molecules using accurate mass MS/MS search" Mass Spectrometry Reviews, 37(4):513-532, 2018 doi: 10.1002/mas.21535<br />
Carroll AJ, Salek RM, Arita M, Kopka J, Walther D. "Editorial: Metabolome Informatics and Statistics: Current State and Emerging Trends" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 4:63, 2016<br />
Salek RM, Arita M, Dayalan S, Ebbels T, Jones AR, Neumann S, Rocca-Serra P, Viant MR, Vizcaino JA. "Embedding standards in metabolomics: the Metabolomics Society data standards task group" Metabolomics, 11(4), 782-783, 2015<br />
Arita M "From metabolic reactions to networks and pathways" Methods in Molecular Biology 804:93-106, Springer Verlag, 2012 ([[File:fromReactionsToPathways.pdf]])<br />
Arita M, Hagiya M, Takinoue M, Tanaka F "DNA Memory" In Handbook of Natural Computing (Volume II, Molecular Computation), Springer Verlag, 2011<br />
Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" Current Opinion in Biotechnology 20, 610-615, 2009 <br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Integrated omics approaches in plant systems biology" Current Opinion in Chemical Biology 13, 532–538, 2009<br />
Arita M, Fujiwara Y, Nakanishi Y "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM)" Chapter II.3 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 129-140, 2006<br />
Shinbo Y, Nakamura Y, Altaf-Ul-Amin Md, Asahi H, Kurokawa K, Arita M, Saito K, Ohta D, Shibata D, Kanaya S "KNApSAcK: A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database" Chapter II.6 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 165-184, 2006<br />
Arita M "Scale-freeness and biological networks" Journal of Biochemistry, 138, 1-4, Oxford Univ Press, 2005 <br />
Arita M, Robert M, Tomita M "All systems go: launching cell simulation fueled by integrated experimental biology data" Current Opinion in Biotechnology, 16(3), 344-349, Elsevier, 2005 <br />
Arita M "Introduction to the ARM Database: Database on Chemical Transformations in Metabolism for Tracing Pathways" Chapter 13 (pp.193-211) In Metabolomics: The Frontier of Systems Biology (Tomita M and Nishioka T eds.) Springer verlag, 2005<br />
Arita M "Writing Information Into DNA" In Aspects of Molecular Computing (Jonoska N, Paun G, and Rozenberg G eds.), LNCS(2950), 23-35, Springer Verlag, 2004 ([[File:writingInformationIntoDNA.pdf]])<br />
}}<br />
<br />
==総説、書籍==<br />
研究以外の連載や本は[[User:Aritalab/Masanori_Arita/Publication-J|こちら]]を御覧ください。<br />
<br />
# 有田正規、遠藤 明仁, 多田 一風太, 谷沢 靖洋, 遠野 雅徳「データベースから発見されたガセリ菌のサブグループ」化学と生物, 56(7), 459-460, 2018<br />
# 有田正規、津川裕司 「化学とメタボロミクス」 化学, 72(2), 26-30, 2017<br />
# 津川裕司、有田正規 「生体内の低分子代謝産物を網羅的に捉えるための新技術」化学と生物, 54(3), 151-153, 2016<br />
# 有田 正規,...,望月 敦史(代表) 計11名[http://coop-math.ism.ac.jp/info/coop-math-life 「数学協働プログラム提言 数理生命科学」] 文部科学省 科学技術試験研究委託事業「数理・生命科学」WG（統計数理研究所） 12/26, 2014<br />
# 美宅 成樹ほか [http://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-22-h140917-1.pdf 「大容量情報時代の次世代生物学」] 日本学術会議 報告 (バイオインフォマティクス分科会), 9/17, 2014<br />
# 有田 正規「理系総合のための生命科学 第3版」羊土社 2013 (27章 生物情報科学)<br />
# 有田 正規（編）「使えるデータベース・ウェブツール」実験医学別冊 9月 29(15), 羊土社, 2011<br />
# 有田 正規 「代謝産物の検索に役立つデータベース：化合物の素性・素行を調べるウェブサイト」 実験医学9月号 Vol.28(14), 2301-2303, 2010<br />
# 有田 正規, 蓬莱 尚幸, 尾嶌 雄也, 二瓶 義人, 金谷 重彦, 西岡 孝明 「化合物情報とマススペクトルを活用するためのウェブ基盤」 CICSJ Bulletin, 27(2), 48-50, 日本化学会 情報化学部会, 2009<br />
# 有田正規, 諏訪和大 「Wikiによるフラボノイドのデータベース」実験医学増刊,「バイオデータベースとソフトウェア最前線」, 4月, 1148-1154, 羊土社, 2008<br />
# 福島敦史, 草野都, 有田正規, 斉藤和季 「植物メタボロミクス―代謝プロファイルからシステム解析へ」 実験医学, 1月号, 羊土社, 2008<br />
# 有田正規 「生体ネットワークをどう研究するべきか」 数理科学5月号(527)79-83, サイエンス社, 2007<br />
# 時松敏明, 有田正規 「代謝マップビューワで見るフラボノイド」 細胞工学, 25(12), 1388-1393, 2006<br />
# 小林徹也, 有田正規, 森下喜弘, 合原一幸 「細胞内現象のシステム的理解―今理論に何が求められているのか？」 システム/制御/情報 50(8), システム制御情報学会誌 2006<br />
# 杉峰伸明, 大塚一路, 有田正規, 合原一幸「ネットワーク的思考で生命現象をよみとく」（特集「意識・脳・身体の接続へ」）科学 76(3), 岩波書店 2006<br />
# 有田 正規 「スケールフリーにご用心」 蛋白質核酸酵素 12月号増刊「ゲノムから生命システムへ」50(16 Suppl), 2294-2299, 共立出版, 2005<br />
# 有田 正規、田口 良 「メタボロームによる脂質代謝パスウェイ解析」 実験医学増刊号 「ダイナミックに新展開する脂質研究 」23(6), 151-157, 羊土社, 2005<br />
# 有田 正規 「代謝マップを電子化するARMプロジェクト」CICSJ Bulletin, 22(4), 64-67, 日本化学会 情報化学部会, 2004<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの解析法」 バイオインダストリー 特集「システム生物学の最前線」21(9), 34-39, シーエムシー出版, 2004<br />
# 有田 正規 「ARMデータベース」（執筆分担） 冨田勝、西岡孝明（編） 「メタボローム研究の最前線」, シュプリンガー東京, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と高分子への応用」 炎症と免疫 11(6), 46-51, 先端医学社 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 蛋白質核酸酵素 48(7), 823-828, 共立出版, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝は原子レベルで記述しよう －電子化の意義と将来性－」 JITAニュース March, 16-19, 日本産業技術振興協会, 2003<br />
# 有田 正規 「ベイジアンネットとバイオインフォマティクス」 人工知能学会誌 17(5), 539-545, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と有用物質の生産」 実験医学 9月号 1868-1872, 羊土社, 2002<br />
#「DNAコンピュータ」（執筆分担。第4章配列設計担当） 萩谷昌己、横森貴（編）, 培風館, 148-164, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの情報解析」 日本計算工学会誌 6(1), 10-12, 2001<br />
# 有田 正規 「パスウェイマップの探索」 日本シミュレーション学会誌, vol.20(2), 16-20, 2001<br />
# 萩谷 昌己, 有田 正規 「分子計算とその物理的基礎」 日本物理学会誌, Vol.56, 6月号, 403-410, 2001<br />
# 有田 正規 「遺伝子ネットワークと確率モデル」 ベイジアンネットチュートリアル予稿集 (BN2001), 50-53, 2001<br />
# 有田 正規 「グラフで見る代謝」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.5, 149-156, 2000<br />
# 西川 明男, 有田 正規, 三好 直人, 萩谷 昌己 「DNA計算の塩基配列設計におけるバランスの指標について」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.16, 67-69, 2000<br />
# 有田 正規, 西岡 孝明 「生体内化学反応の階層分類」 バイオインダストリー 特集「バイオインフォマティクス」, 17(7), 45-50, シーエムシー出版 2000 (再掲: DNAチップ応用技術 II 第6章, 227-236, シーエムシー出版 2001)<br />
# 有田 正規 「DNA計算における配列設計」 数理科学 特集「分子コンピューティング」, No.445 七月号, 32-38, サイエンス社 2000 (再掲：数理科学 SGCライブラリ31 「分子コンピュータの現状と展望」 萩谷昌己編著, II章3, サイエンス社 2004)<br />
# 有田 正規 「代謝系の再構築」（執筆分担。第4章の1担当） ポストシークエンスのゲノム科学シリーズ 「ゲノム情報生物学」 高木利久、冨田勝（編）, 148-164, 中山書店 2000<br />
# 角野宏司, 有田正規, 萩谷昌己, 白取知樹 「Computing-as-Editing(CAEP)に基づいた数式処理システムのユーザ・インタフェース」 インタラクティブシステムとソフトウェアIII, レクチャーノート/ソフトウェア学, 12, 161-170, 近代科学社 1995<br />
<br />
==Invited Talks and Lectures==<br />
<small>¢ ... support of hotel & participation fee only</small><br />
# Arita M "Data sharing and the power of omics integration" 6th Global Forum of Leaders for Agricultural Science and Technology (GLAST), Chengdu, China, Nov 12 (12-14), 2019<br />
# Arita M "Cheminformatics for Predicting Structures from Mass Spectra" 1st Annual Conference of Chinese Society of Metabolomics (plenary), Shanghai, China, April 20 (19-21), 2019<br />
# Arita M "Open genome analysis in the post-genomic era" International Workshop on Data Science, Mishima, November 15 (12-15), 2018<br />
# Arita M "Computational Metabolomics" 6th Annual Korea Metabolomics Society (plenary), Seoul, Korea, April 6 (5-6), 2018<br />
# Arita M "Distribution of Glycosphingolipids Revealed by LipidBank" International Life Science Integration Workshop, Tokyo, March 5 (5-6), 2018 ¢<br />
# Arita M "Identifying Metabolites with Theoretical References" The 26th International KOGO Annual Conference (plenary), Seoul, Korea, Sep 6 (6-8), 2017<br />
# Arita M "Prediction of Molecular Structures from their Spectra" The 4th International Conference on Plant Metabolism (ICPM 2017), July 17 (16-20), 2017<br />
# Arita M "Computational Mass Spectrometry" SLING workshop `Mass spectrometry-based lipidomics of human blood plasma' National University of Singapore, May 2, 2017 (teleconference talk)<br />
# Arita M "Comprehensive Acquisition of MS/MS Spectra Benefits Database Research" 6th International Singapore Lipid Symposium, December 1 (Nov30-Dec1), 2015 ¢<br />
# Arita M "Impact of Metabolome Database in Plant Science" The 38th Naito Conference "Molecule-based biological systems", October 8 (7-10), Sapporo, Japan, 2014<br />
# Arita M "MassBank Past, Present and Future" Norman Massbank Workshop, September 17 (-18), Duebendorf, Switzerland, 2014 (no travel support)<br />
# Arita M "Genetic, Protein, and Metabolic Networks: Which Choice Is Amenable to Modelling" International Conference on Mathematical Modeling and Applications (ICMMA 2013), November 28 (26-28), Tokyo, Japan, 2013<br />
# Arita M "Cyberinfrastructure for metabolomics and synthetic biology" International Symposium on Biotechnology for Green Growth, October 24 (-26), Kobe, Japan, 2012 ¢<br />
# Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" International Conference of Research and Application on Traditional Complementary and Alternative Medicine (TCAM), June 22 (21-23), Muhammadiyah University of Surakarta (Indonesia), 2012<br />
# Arita M "Update on Lipid Databank and other lipidomics initiatives" EMBL-EBI Industry Programme & MetaboLights Project Workshop May 22, Hinxton, 2012<br />
# Arita M "Wiki-based Databases: Integration of knowledge through the web" C-NAIR Seminar Nasional, Gadjah Mada University (Indonesia) Dec 5, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Structural Classification for PKS in Aspergilli" IUMS2011 (International Union of Microbiological Societies Congress), Sep 9 (6-10), Sapporo, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Knowledge Management using a Wiki-based System and its Application to Mass Spectra" EBI Seminar, April 19, EBI, Hinxton UK, 2011<br />
# Arita M "Wiki-based platform for PKS in Aspergilli" Pacifichem, Dec 19 (15-20), Honolulu (Hawaii), 2010 ¢<br />
# Arita M "Circulating information and knowledge through a cyber-infrastructure" Mass Spectrometry Informatics in Systems Biology (MSiB) Oct 28-29, Helsinki, 2010 [JSPS Japan-Finland Bilateral Workshop (self-organized)]<br />
# Arita M "Integration of Flavonoid Information through Wiki" Satellite Symposium of 4th International Conference on Polyphenols and Health (ICPH2009), Dec 11 (7-11), Yorkshire England, 2009 ¢<br />
# Arita M "Web-based Resources for Metabolomics", Tutorial at the CBI-KSBSB joint conference (Bioinfo2009), Nov 4 (4-6), Haeundae Busan Korea, 2009 ¢<br />
# Arita M "Data Management of Cross-disciplinary Information using Wiki", 16th International Conference on Cytochrome P450, June 21 (21-25), Okinawa Japan, 2009<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Analysis using Wiki", The Sixth International Aspergillus Meeting (Asperfest 6), March 15-17, Monterey USA, 2009 ¢<br />
# Arita M "Wiki-based Database of Secondary Metabolites", JSPS-KOSEF Joint Seminar -Pioneering researches on fungal molecular biology-, November 19-20, Kanazawa Japan, 2008<br />
# Arita M "Computational Analysis of Metabolism" iPlant Mechanistic modeling grand challenge workshop, November 7-10, Biosphere2 Arizona USA, 2008<br />
# Arita M "Software Tools to Study Flavonoids", Systems Biology and Bioinformatics Symposium (SBBS07), March 27-29 Taipei Taiwan, 2007<br />
# Arita M "Databaes for Flavonoids and Measurement in Arabidopsis", 2nd International Symposium on Environmental Metabolomics, March 24-25, University of Louisville(KY), USA, 2007<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Chart for Flavonoid", 2nd Taiwan-Japan Bilateral Symposium on Bioinformatics, Nov 7-9, Tainan Taiwan, 2006<br />
# Arita M " Atomic-level analysis of metabolism and mass spectral database", Invited Lecture Course, May9-14, Center for Regulatory, Environmental, Analytical Metabolomics, University of Louisville(KY), USA, 2006<br />
# Arita M "Metabolomics in Japan and the Need for a Metabolic Map Editor", 1st Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics, March 13-17, Tokyo Japan, 2006 ¢<br />
# Arita M "ARM Database for Interactive Metabolic Maps", 1st International BioPAX Symposium, November 18, Tokyo Japan, 2005 ¢<br />
# Arita M "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism", 1st Louisville Symposium on Environmental Metabolomics, November 5-6, Louisville (KY) USA, 2005<br />
# Arita M "Interpretation of Metabolic Networks", 50th NIBB Conference, Structure and Dynamics of Complex Biological Networks, February 8-10, Okazaki Japan, 2005<br />
# Arita M "Scale-free Network and Biological Network", Invited Lecture Course, June 9 - 13, Centre National de la Recherche Scientifique, Marseille, France, 2004<br />
# Arita M "Computer Applications for Metabolome Analysis", ICSB2002 Satellite Meeting "Metabolome Analysis and Systems Biology", December 16, Stockholm Sweden, 2002 ¢<br />
# Arita M "Computer Applications for Comprehensive Metabolite Analysis", Cambridge Healthtech Institute's Second Annual Metabolic Profiling: Pathways in Discovery, December 2 - 3, Research Triangle Park (North Carolina) USA, 2002<br />
# Arita M "Atomic Representation of Metabolism", Invited Lecture Course, June26 - July 2, Department of Computer Science, University of Helsinki, Finland, 2002<br />
# Arita M "Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM) Project", Workshop on Protein Interaction and Clinical Data Analysis, May 28 - 31, National University of Singapore, 2002<br />
# Hagiya M. and Arita M "Several Approaches to Bio-simulation", International Symposium on Human Genome Project and Computer Science Sanjo Hall, March 9-10, Tokyo University, 1995 ¢<br />
<br />
==招待講演、トークイベント== <br />
# 有田 正規 「データ時代における学術出版とデータベース」第90回日本医学図書館協会総会, 5/31, 2019<br />
# 有田 正規 「学術データは誰のものか」日本医学会第五回研究倫理教育研修会, 5/30, 東京, 2019<br />
# 有田 正規 「元素から眺める地球・生命・食事」静岡県保育所連合会東部支部総会, 5/14, 沼津, 2019<br />
# 有田 正規 「生薬情報のデータベース」薬用資源の持続的利用促進に関する研究会, 11/21, 草津（滋賀）, 2018<br />
# 有田 正規 「遺伝子から見た地球生命」静岡県教育研究会夏季研究大会（理科）, 8/8, 三島, 2018<br />
# 有田 正規 「生命科学データ共有のあり方」Japan Open Science Summit, 6/19, 東京, 2018<br />
# 有田 正規 「DNAレベルからみたミシマサイコ」ミシマサイコの会 3/24 三島 2018<br />
# 有田 正規 「たべものは体の中でどうなるか」三島遺伝学講座 3/4 三島 2018<br />
# 有田 正規 「これからのスペクトルデータベース」日本質量分析学会第65回質量分析総合討論会（基調講演） 5/17 つくば 2017<br />
# 有田 正規 津川裕司 「MS2スペクトルのフラグメンテーション解析と前駆体構造予測」日本分子生物学会年会 シンポジウム「生命システムを俯瞰するための質量分析情報解析技術とデータベースの活用」 11/30 横浜 2016<br />
# 有田 正規 「クリエイティブは毒か薬か」 三島市クリエイティブファクトリー 「うるまの部屋」第一回 9/16 2016<br />
# 有田 正規 「Comprehensive lipidomics and Mass/LipidBank databases」日本分子生物・生化学会大会（BMB2015）シンポジウム「リピドミクスから見えてきた脂質の新機能 –基礎から臨床まで-」12/4 神戸 2015<br />
# 有田 正規 「科学者から見た学術のオープン化」林和弘氏、有田正規氏講演会「オープンな知がイノベーションを生む -オープンサイエンスの潮流と図書館の可能性-」(東大新図書館トークイベント14) 10/17 東京 2015<br />
# 有田 正規 「代謝の杜:分子の食物連鎖」[http://izukeidai.tumblr.com/post/128890729785/%E5%A4%A7%E8%AC%9B%E5%A0%82%E3%82%A4%E3%82%BA%E3%82%B1%E3%83%BC%E5%A4%A7%E3%81%AB%E6%9C%AC%E7%89%A9%E3%81%AE%E6%95%99%E6%8E%88%E3%81%AE%E8%AC%9B%E7%BE%A9%E7%99%BB%E5%A0%B4%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80-1%E6%9C%89%E7%94%B0%E6%AD%A3%E8%A6%8F%E6%95%99%E6%8E%88-22%E6%97%A5 地域イベント伊豆経済大学] 9/22 三島 2015<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「ノンターゲットMS/MSによる藻類脂質の網羅的解析とデータベース化」 健康・長寿研究談話会（旧ホスファチジルセリン研究会）11/7 品川 2014<br />
# 有田 正規 "Database for Biology: which data deserve maintaining?" 第52回日本生物物理学会年会 シンポジウム「大容量生命情報時代の新しい生物学とは？」(兼オーガナイザ) 9/27 (25-27) 札幌 2014<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「藻類メタボロミクス：植物との違い」日本植物学会第78回大会シンポジウム「バイオリソースとゲノム情報から考える藻類研究の未来形」 9/12 (12-14) 東京 2014<br />
# 有田 正規 「マススペクトルのデータベースを使いこなす」第31回日本植物細胞分子生物学会 バイオインフォマティクス講習会 9/12 (10-12) 札幌 2013<br />
# 有田 正規 「和漢薬データベースの構築」日本薬学会第133年会 シンポジウム "和漢薬の科学基盤：共同研究による先駆的統合的解明" 3/29 (27-30) 横浜 2013<br />
# 有田 正規 「ポリケチド合成酵素の進化解析」革新的バイオマテリアル実現のための高機能化ゲノムデザイン技術開発キックオフシンポジウム 10/30 東京 2012<br />
# 有田 正規 「Knowledge Management using a Wiki-based System」 細胞を作る研究会 4.0 10/27(-28) 大阪 2011<br />
# 有田 正規 「コミュニティとして機能するためのインフラストラクチャ」第84会日本生化学会大会シンポジウム "ゲノムデザインの最前線" 9/22 (21-24) 京都 2011<br />
# 有田 正規 「ウェブを通じた生薬知識のアウトリーチ」南方資源利用技術研究会 11/26 那覇 2010<br />
# 長谷川禎彦 有田正規 「細胞内のノイズと遺伝子スイッチ」細胞を作る研究会 3.0 11/12(-13) 駒場 2010<br />
# 有田 正規 「Wikiを通じて学会をまとめよう 代謝データベースを例に」 第20回記念微生物資源ワークショップ 11/14 (13-14) 修善寺 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬の知識流通を促すウェブ基盤の構築」 第30回和漢医薬学総合研究所特別セミナー「和漢薬とインフォマティクス」 10/9, 富山 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬Wikiデータベースの開発」 第26回和漢医薬学会学術大会 メインテーマ企画「生薬とデータベース」 8/29 (29-30), 幕張 2009<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス解析におけるインフォマティクス」 日本薬物動態学会第２回ビジョン・シンポジウム 6/6 (5-6), 本郷 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるマススペクトルの共有と知識抽出」 日本質量分析学会 第57回質量分析総合討論会ワークショップ 「マススペクトルを日本発のツールで解析、整理しよう」 5/14, 大阪 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるオミクスデータ管理と知識発見」 農芸化学会大会シンポジウム「OMICSを基盤とした生物機能の戦略的高度化と物質生産」3/29 福岡 2009<br />
# 有田 正規 「百科事典とデータベースを区別できない生物学者」 BMB2008 日本分子生物・生化学会合同年会シンポジウム「最新メタボロミクス事情と植物科学への貢献」(兼オーガナイザ) 12/12 神戸 2008<br />
# 有田 正規 「バイオデータベースのあるべき姿」 第五回 コンビナトリアル・バイオエンジニアリング会議 11/7 大阪 2008<br />
# 有田 正規 「メタボロームデータベースを統合する：*Bankと*Wiki」 第2回メタボロームシンポジウム(兼実行委員) 10/30 鶴岡 2008<br />
# 有田 正規 「Wiki をもちいたデータベース設計」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第7回連携研究会 9/13, Spring-8普及棟 2008<br />
# 有田 正規 「ウィキによるフラボノイドのデータベース」 日本植物生理学会年会 シンポジウム「データベースの中に築く生物像」 3/20, 札幌 2008<br />
# 有田 正規 「化学構造と植物種をつなぐフラボノイドデータベース」 日本化学会 化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム 12/7, 東京 2007<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス －代謝を研究する新しいOmics分野－」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第六回連携研究会 8/4, Spring-8普及棟 2007<br />
# 有田 正規 「マススペクトルデータベースMassBankの検索技法」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会ワークショップ 「ケミカルバイオロジーとマススペクトルデータベース」 5/15, 広島 2007<br />
# 有田 正規 「原子レベルでみる代謝ネットワーク」 京大理 数学教室 研究集会「スケールフリーネットワークとランダムグラフ」 1/27, けいはんな 2007<br />
# 有田 正規 「化学構造データベースから代謝経路へ」 奈良先端大 植物科学研究教育推進ユニットワークショップ 「植物研究にいかに役立てるか、『システム生物学』」 12/12, 奈良 2006<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップによるメタボローム解析」 日本医用マススペクトル学会 シンポジウム 「メタボローム解析への質量分析の応用」9/29, 名古屋 2006<br />
# 有田 正規 「バクテリアの代謝はどこまでわかっているか」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第五回連携研究会 8/12, Spring-8普及棟 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ 」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロミクスとバイオインフォマティクス」5/26, 大阪 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームは本当に網羅的か」 日本分子生物学会 年会シンポジウム 12/7, 福岡 2005<br />
# 有田 正規「バイオインフォマティクスの環境バイオへの適用可能性」 環境バイオ・新規提案検討国際ワークショップ －微生物集団機能の高効率利用・デザイン化技術の創出のために－ 10/21, 東京 2005<br />
# 有田 正規「生体ネットワークの大域情報と局所情報をつなぐソフトウェア」 第10回分生研シンポジウム「情報生物学」9/22, 東京 2005<br />
# 有田 正規「代謝のネットワークとスケールフリー性」 日本数理生物学会 第15回大会シンポジウム 「複雑ネットワークの展開」 9/16, 横浜 2005<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」5/26, 大宮 2005<br />
# 有田 正規 「マップエディタを用いたオンデマンドの代謝解析」 日本農芸化学会シンポジウム「モノづくりの代謝工学」 3/29, 札幌 2005<br />
# 有田 正規 「代謝のネットワーク解析：大域的特徴から分子構造変化まで」 (財)新世代研究所 中性子生体ナノマシン・バイオナノ合同研究会 1/28, 東海村 2005<br />
# 有田 正規 「お気楽マップエディタによる代謝解析」 日本分子生物学会 年会ワークショップ 「メタボローム研究の新展開」 12/10, 神戸 2004<br />
# 有田 正規 「生物ネットワークとスケールフリー性」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「分子ネットワークのシステム特性」 10/16, 横浜 2004<br />
# 有田 正規 「脂質代謝を原子レベルで表現するデータベース」 日本脂質栄養学会 第13回大会 9/3, 酒田 2004<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップに基づくメタボローム解析」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」6/4, 名古屋 2004<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と機能予測」 新資源生物変換研究会シンポジウム 12/5, 東京 2003<br />
# 有田 正規 「代謝データベースとその盲点」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「メタボローム研究の最前線」 10/15, 横浜 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「ポストゲノム時代を担う若手研究者」 5/16, つくば 2003<br />
# 有田 正規 「ARMプロジェクト： 細胞内代謝の電子化技術」 基礎生物学研究所研究会「生命科学におけるInformaticsと Mathematics」 3/11-12, 岡崎 2003<br />
# 有田 正規 「大腸菌の代謝経路再構築」 JST異分野研究者交流フォーラム 3/1-2, 大仁 2002<br />
# 有田 正規 「計算論的バイオテクノロジー」 計測自動制御学会 第7回創発システムシンポジウム「創発夏の学校」, 8/24-26, 富山, 2001<br />
<br />
==Meeting series and Workshops==<br />
* AYRCOB Conference Series (http://ayrcob.org/) 2008-2016<br />
* International Metabolomics Society<br />
** Board Member (2014 Oct-2016 Sep)<br />
** Organization and talks<br />
*** Workshop "Data Sharing and Standardisation" (SF, 29 Jun, 2015; Dublin, 27 Jun 2016; Brisbane, 26 Jun, 2017)<br />
*** NSF-JST "Metabolomics for a Low Carbon Society", San Francisco, 28 Jun 2015<br />
*** JST-NSF "Metabolomics Measurement Technology and Application" Tsuruoka, 23 Jun 2014<br />
* Annual Metabolome Symposium (domestic) 2006-2018<br />
** Mishima meeting (2015)<br />
* NII Shonan meeting "Computational metabolomics", March 20-23, Shonan, 2017 (organizer)<br />
* NIG International Symposium (commemorating DDBJ 30th) "Life, Environment and Evolution revealed by Genomes" (general chair)<br />
* ROIS International Workshop on Data Science (DSWS2018) "Present & Future of Open Data & Open Science" (local organizer)</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/User:Aritalab/Masanori_Arita/PublicationUser:Aritalab/Masanori Arita/Publication2019-08-28T07:23:15Z<p>Adm: /* Refereed Journal Articles */</p>
<hr />
<div>==Refereed Journal Articles==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kajikawa A, Kanesaki Y, Kubota E, Arita M, Dicks L, Endo A "A pseudo-fructophilic Leuconostoc citreum strain F192-5 isolated from the peel of satsuma mandarin" Applied and Environmental Microbiology, 2019<br />
Modesto M, Satti M, Watanabe K, Sciavilla P, Felis GE, Sandri C, Spiezio C, Arita M, Mattarelli P "Alloscardovia theropitheci sp. nov., isolated from the faeces of gelada baboon, the 'bleeding heart' monkey (Theropithecus gelada)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2019<br />
Tsugawa H, Satoh A, Uchino H, Cajka T, Arita M, Arita M "Mass Spectrometry Data Repository Enhances Novel Metabolite Discoveries with Advances in Computational Metabolomics" Metabolites 9(6):E119, 2019<br />
Modesto M, Watanabe K, Arita M, Satti M, Oki K, Sciavilla P, Patavino C, Cammà C, Michelini S, Sgorbati B, Mattarelli P "Bifidobacterium jacchi sp. nov., isolated from the faeces of a baby common marmoset (Callithrix jacchus)" International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 69(8):2477-2485, 2019<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Arita M, Nakamura Y "Generating Publication-Ready Prokaryotic Genome Annotations with DFAST" Methods in Molecular Biology, 1962, 215-226, 2019<br />
Tsugawa H, Nakabayashi R, Mori T, Yamada Y, Takahashi M, Rai A, Sugiyama R, Yamamoto H, Nakaya T, Yamazaki M, Kooke R, Bac-Molenaar JA, Oztolan-Erol N, Keurentjes JJB, Arita M, Saito K "A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms" Nature Methods, 16(4), 295-298, 2019<br />
Endo A, Tanizawa Y, Arita M "Isolation and Identification of Lactic Acid Bacteria from Environmental Samples" Methods in Molecular Biology, 1887, 3-13, 2019<br />
Itoh H, Matsui M, Miyamura Y, Takeda I, Ishii J, Kumagai T, Machida M, Shibata T, Arita M "Biosynthesis of Novel Statins by Combining Heterologous Genes from Xylaria and Aspergillus" ACS Synthetic Biology, 7(12), 2783-2789, 2018<br />
Burla B, Arita M, Arita M, Bendt AK, Cazenave-Gassiot A, Dennis EA, Ekroos K, Han X, Ikeda K, Liebisch G, Lin MK, Loh TP, Meikle PJ, Orešič M, Quehenberger O, Shevchenko A, Torta F, Wakelam MJO, Wheelock CE, Wenk MR "MS-based lipidomics of human blood plasma: a community-initiated position paper to develop accepted guidelines" Journal of Lipid Research, 59(10), 2001-2017, 2018<br />
Tanizawa Y, Tada I, Kobayashi H, Endo A, Maeno S, Toyoda A, Arita M, Nakamura Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Tohno M "Lactobacillus paragasseri sp. nov., a sister taxon of Lactobacillus gasseri, based on whole-genome sequence analyses" International journal of systematic and evolutionary microbiology 68: 3512-3517, 2018<br />
Tanaka W, Arita M "Physicochemical Prediction of Metabolite Fragmentation in Tandem Mass Spectrometry" Mass Spectrometry (Tokyo), 7(1):A0066, 2018<br />
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Chen LC, Lin YC, Arita M, Tseng VS "A Novel Approach for Handling Missing Values in Microarray Data" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 45-50, 2008<br />
Wijekoon A, Kusano M, Arita M "Comparison of Gas Chromatography-Mass Spectrometry Data from Different Laboratories using Dynamic Programming" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 57-62, 2008<br />
Horai H, Arita M, Nishioka T "Comparison of ESI-MS Spectra in MassBank Database" Proceedings of the International Conference on BioMedical Engineering and Informatics (BMEI2008), Hainan China, 1:853-857, 2008<br />
Arita M, Tokimatsu T "Detection of monosaccharide types from coordinates" Proceedings of the 18th International Conference on Genome Informatics (Genome Informatics Series Vol.19), Singapore, 3-14, 2007 <br />
Okada K, Asai K, Arita M "Flow Model of the Protein-protein Interaction Network for Finding Credible Interactions." Proceedings of 5th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2007), Hong Kong, 2007<br />
Tuji H, Altaf-Ul-Amin Md, Arita M, Nishio H, Shinbo Y, Kurokawa K, Kanaya S "Comparison of Protein Complexes Predicted from PPI Networks by DPClus and Newman Clustering Algorithms" IPSJ Transactions on Bioinformatics, 47 (SIG17):31-41, 2006<br />
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(Journal version listed above, titled "DNA sequence design using templates.")<br />
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(Journal version listed above, titled "Metabolic reconstruction using shortest paths.")<br />
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Arita M, Hagiya M, Suyama A "Joining and rotating data with molecules" Proceedings of IEEE 4th International Conference on Evolutional Computation (ICEC'97), Indianapolis USA, 243-248, IEEE Press, 1997<br />
Arita M, Suyama A, Hagiya M "A heuristic approach for Hamiltonian path problem with molecules" Proceedings of 2nd Annual Conference on Genetic Programming, Stanford USA, 457-462, Morgan Kaufmann, 1997<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Stepwise generation of Hamiltonian path with molecules" Proceedings of 1st International Conference on Biocomputing and Emergent Computation (BCEC'97), Skovde Sweden, 184-192, World Scientific, 1997<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" Proceedings of 1st International IEEE Symposium on Intelligence in Neural and Biological Systems (INBS '95), Washington DC. USA, 92-99, IEEE Press, 1995<br />
(Journal version listed above, with the same title.)<br />
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}}<br />
<br />
==Reviews, Editorials, Book Chapters==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Endo A, Maeno S, Tanizawa Y, Kneifel W, Arita M, Dicks L, Salminen S "Fructophilic Lactic Acid Bacteria, a Unique Group of Fructose-Fermenting Microbes" Applied and Environmental Microbiology, 84(19), 2018<br />
Kind T, Tsugawa H, Cajka T, Ma Y, Lai Z, Mehta SS, Wohlgemuth G, Barupal DK, Showalter MR, Arita M, Fiehn O "Identification of small molecules using accurate mass MS/MS search" Mass Spectrometry Reviews, 37(4):513-532, 2018 doi: 10.1002/mas.21535<br />
Carroll AJ, Salek RM, Arita M, Kopka J, Walther D. "Editorial: Metabolome Informatics and Statistics: Current State and Emerging Trends" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 4:63, 2016<br />
Salek RM, Arita M, Dayalan S, Ebbels T, Jones AR, Neumann S, Rocca-Serra P, Viant MR, Vizcaino JA. "Embedding standards in metabolomics: the Metabolomics Society data standards task group" Metabolomics, 11(4), 782-783, 2015<br />
Arita M "From metabolic reactions to networks and pathways" Methods in Molecular Biology 804:93-106, Springer Verlag, 2012 ([[File:fromReactionsToPathways.pdf]])<br />
Arita M, Hagiya M, Takinoue M, Tanaka F "DNA Memory" In Handbook of Natural Computing (Volume II, Molecular Computation), Springer Verlag, 2011<br />
Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" Current Opinion in Biotechnology 20, 610-615, 2009 <br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Integrated omics approaches in plant systems biology" Current Opinion in Chemical Biology 13, 532–538, 2009<br />
Arita M, Fujiwara Y, Nakanishi Y "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM)" Chapter II.3 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 129-140, 2006<br />
Shinbo Y, Nakamura Y, Altaf-Ul-Amin Md, Asahi H, Kurokawa K, Arita M, Saito K, Ohta D, Shibata D, Kanaya S "KNApSAcK: A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database" Chapter II.6 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 165-184, 2006<br />
Arita M "Scale-freeness and biological networks" Journal of Biochemistry, 138, 1-4, Oxford Univ Press, 2005 <br />
Arita M, Robert M, Tomita M "All systems go: launching cell simulation fueled by integrated experimental biology data" Current Opinion in Biotechnology, 16(3), 344-349, Elsevier, 2005 <br />
Arita M "Introduction to the ARM Database: Database on Chemical Transformations in Metabolism for Tracing Pathways" Chapter 13 (pp.193-211) In Metabolomics: The Frontier of Systems Biology (Tomita M and Nishioka T eds.) Springer verlag, 2005<br />
Arita M "Writing Information Into DNA" In Aspects of Molecular Computing (Jonoska N, Paun G, and Rozenberg G eds.), LNCS(2950), 23-35, Springer Verlag, 2004 ([[File:writingInformationIntoDNA.pdf]])<br />
}}<br />
<br />
==総説、書籍==<br />
研究以外の連載や本は[[User:Aritalab/Masanori_Arita/Publication-J|こちら]]を御覧ください。<br />
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# 有田正規、遠藤 明仁, 多田 一風太, 谷沢 靖洋, 遠野 雅徳「データベースから発見されたガセリ菌のサブグループ」化学と生物, 56(7), 459-460, 2018<br />
# 有田正規、津川裕司 「化学とメタボロミクス」 化学, 72(2), 26-30, 2017<br />
# 津川裕司、有田正規 「生体内の低分子代謝産物を網羅的に捉えるための新技術」化学と生物, 54(3), 151-153, 2016<br />
# 有田 正規,...,望月 敦史(代表) 計11名[http://coop-math.ism.ac.jp/info/coop-math-life 「数学協働プログラム提言 数理生命科学」] 文部科学省 科学技術試験研究委託事業「数理・生命科学」WG（統計数理研究所） 12/26, 2014<br />
# 美宅 成樹ほか [http://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-22-h140917-1.pdf 「大容量情報時代の次世代生物学」] 日本学術会議 報告 (バイオインフォマティクス分科会), 9/17, 2014<br />
# 有田 正規「理系総合のための生命科学 第3版」羊土社 2013 (27章 生物情報科学)<br />
# 有田 正規（編）「使えるデータベース・ウェブツール」実験医学別冊 9月 29(15), 羊土社, 2011<br />
# 有田 正規 「代謝産物の検索に役立つデータベース：化合物の素性・素行を調べるウェブサイト」 実験医学9月号 Vol.28(14), 2301-2303, 2010<br />
# 有田 正規, 蓬莱 尚幸, 尾嶌 雄也, 二瓶 義人, 金谷 重彦, 西岡 孝明 「化合物情報とマススペクトルを活用するためのウェブ基盤」 CICSJ Bulletin, 27(2), 48-50, 日本化学会 情報化学部会, 2009<br />
# 有田正規, 諏訪和大 「Wikiによるフラボノイドのデータベース」実験医学増刊,「バイオデータベースとソフトウェア最前線」, 4月, 1148-1154, 羊土社, 2008<br />
# 福島敦史, 草野都, 有田正規, 斉藤和季 「植物メタボロミクス―代謝プロファイルからシステム解析へ」 実験医学, 1月号, 羊土社, 2008<br />
# 有田正規 「生体ネットワークをどう研究するべきか」 数理科学5月号(527)79-83, サイエンス社, 2007<br />
# 時松敏明, 有田正規 「代謝マップビューワで見るフラボノイド」 細胞工学, 25(12), 1388-1393, 2006<br />
# 小林徹也, 有田正規, 森下喜弘, 合原一幸 「細胞内現象のシステム的理解―今理論に何が求められているのか？」 システム/制御/情報 50(8), システム制御情報学会誌 2006<br />
# 杉峰伸明, 大塚一路, 有田正規, 合原一幸「ネットワーク的思考で生命現象をよみとく」（特集「意識・脳・身体の接続へ」）科学 76(3), 岩波書店 2006<br />
# 有田 正規 「スケールフリーにご用心」 蛋白質核酸酵素 12月号増刊「ゲノムから生命システムへ」50(16 Suppl), 2294-2299, 共立出版, 2005<br />
# 有田 正規、田口 良 「メタボロームによる脂質代謝パスウェイ解析」 実験医学増刊号 「ダイナミックに新展開する脂質研究 」23(6), 151-157, 羊土社, 2005<br />
# 有田 正規 「代謝マップを電子化するARMプロジェクト」CICSJ Bulletin, 22(4), 64-67, 日本化学会 情報化学部会, 2004<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの解析法」 バイオインダストリー 特集「システム生物学の最前線」21(9), 34-39, シーエムシー出版, 2004<br />
# 有田 正規 「ARMデータベース」（執筆分担） 冨田勝、西岡孝明（編） 「メタボローム研究の最前線」, シュプリンガー東京, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と高分子への応用」 炎症と免疫 11(6), 46-51, 先端医学社 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 蛋白質核酸酵素 48(7), 823-828, 共立出版, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝は原子レベルで記述しよう －電子化の意義と将来性－」 JITAニュース March, 16-19, 日本産業技術振興協会, 2003<br />
# 有田 正規 「ベイジアンネットとバイオインフォマティクス」 人工知能学会誌 17(5), 539-545, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と有用物質の生産」 実験医学 9月号 1868-1872, 羊土社, 2002<br />
#「DNAコンピュータ」（執筆分担。第4章配列設計担当） 萩谷昌己、横森貴（編）, 培風館, 148-164, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの情報解析」 日本計算工学会誌 6(1), 10-12, 2001<br />
# 有田 正規 「パスウェイマップの探索」 日本シミュレーション学会誌, vol.20(2), 16-20, 2001<br />
# 萩谷 昌己, 有田 正規 「分子計算とその物理的基礎」 日本物理学会誌, Vol.56, 6月号, 403-410, 2001<br />
# 有田 正規 「遺伝子ネットワークと確率モデル」 ベイジアンネットチュートリアル予稿集 (BN2001), 50-53, 2001<br />
# 有田 正規 「グラフで見る代謝」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.5, 149-156, 2000<br />
# 西川 明男, 有田 正規, 三好 直人, 萩谷 昌己 「DNA計算の塩基配列設計におけるバランスの指標について」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.16, 67-69, 2000<br />
# 有田 正規, 西岡 孝明 「生体内化学反応の階層分類」 バイオインダストリー 特集「バイオインフォマティクス」, 17(7), 45-50, シーエムシー出版 2000 (再掲: DNAチップ応用技術 II 第6章, 227-236, シーエムシー出版 2001)<br />
# 有田 正規 「DNA計算における配列設計」 数理科学 特集「分子コンピューティング」, No.445 七月号, 32-38, サイエンス社 2000 (再掲：数理科学 SGCライブラリ31 「分子コンピュータの現状と展望」 萩谷昌己編著, II章3, サイエンス社 2004)<br />
# 有田 正規 「代謝系の再構築」（執筆分担。第4章の1担当） ポストシークエンスのゲノム科学シリーズ 「ゲノム情報生物学」 高木利久、冨田勝（編）, 148-164, 中山書店 2000<br />
# 角野宏司, 有田正規, 萩谷昌己, 白取知樹 「Computing-as-Editing(CAEP)に基づいた数式処理システムのユーザ・インタフェース」 インタラクティブシステムとソフトウェアIII, レクチャーノート/ソフトウェア学, 12, 161-170, 近代科学社 1995<br />
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==Invited Talks and Lectures==<br />
<small>¢ ... support of hotel & participation fee only</small><br />
# Arita M "Cheminformatics for Predicting Structures from Mass Spectra" 1st Annual Conference of Chinese Society of Metabolomics (plenary), Shanghai, China, April 20 (19-21), 2019<br />
# Arita M "Open genome analysis in the post-genomic era" International Workshop on Data Science, Mishima, November 15 (12-15), 2018<br />
# Arita M "Computational Metabolomics" 6th Annual Korea Metabolomics Society (plenary), Seoul, Korea, April 6 (5-6), 2018<br />
# Arita M "Distribution of Glycosphingolipids Revealed by LipidBank" International Life Science Integration Workshop, Tokyo, March 5 (5-6), 2018 ¢<br />
# Arita M "Identifying Metabolites with Theoretical References" The 26th International KOGO Annual Conference (plenary), Seoul, Korea, Sep 6 (6-8), 2017<br />
# Arita M "Prediction of Molecular Structures from their Spectra" The 4th International Conference on Plant Metabolism (ICPM 2017), July 17 (16-20), 2017<br />
# Arita M "Computational Mass Spectrometry" SLING workshop `Mass spectrometry-based lipidomics of human blood plasma' National University of Singapore, May 2, 2017 (teleconference talk)<br />
# Arita M "Comprehensive Acquisition of MS/MS Spectra Benefits Database Research" 6th International Singapore Lipid Symposium, December 1 (Nov30-Dec1), 2015 ¢<br />
# Arita M "Impact of Metabolome Database in Plant Science" The 38th Naito Conference "Molecule-based biological systems", October 8 (7-10), Sapporo, Japan, 2014<br />
# Arita M "MassBank Past, Present and Future" Norman Massbank Workshop, September 17 (-18), Duebendorf, Switzerland, 2014 (no travel support)<br />
# Arita M "Genetic, Protein, and Metabolic Networks: Which Choice Is Amenable to Modelling" International Conference on Mathematical Modeling and Applications (ICMMA 2013), November 28 (26-28), Tokyo, Japan, 2013<br />
# Arita M "Cyberinfrastructure for metabolomics and synthetic biology" International Symposium on Biotechnology for Green Growth, October 24 (-26), Kobe, Japan, 2012 ¢<br />
# Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" International Conference of Research and Application on Traditional Complementary and Alternative Medicine (TCAM), June 22 (21-23), Muhammadiyah University of Surakarta (Indonesia), 2012<br />
# Arita M "Update on Lipid Databank and other lipidomics initiatives" EMBL-EBI Industry Programme & MetaboLights Project Workshop May 22, Hinxton, 2012<br />
# Arita M "Wiki-based Databases: Integration of knowledge through the web" C-NAIR Seminar Nasional, Gadjah Mada University (Indonesia) Dec 5, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Structural Classification for PKS in Aspergilli" IUMS2011 (International Union of Microbiological Societies Congress), Sep 9 (6-10), Sapporo, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Knowledge Management using a Wiki-based System and its Application to Mass Spectra" EBI Seminar, April 19, EBI, Hinxton UK, 2011<br />
# Arita M "Wiki-based platform for PKS in Aspergilli" Pacifichem, Dec 19 (15-20), Honolulu (Hawaii), 2010 ¢<br />
# Arita M "Circulating information and knowledge through a cyber-infrastructure" Mass Spectrometry Informatics in Systems Biology (MSiB) Oct 28-29, Helsinki, 2010 [JSPS Japan-Finland Bilateral Workshop (self-organized)]<br />
# Arita M "Integration of Flavonoid Information through Wiki" Satellite Symposium of 4th International Conference on Polyphenols and Health (ICPH2009), Dec 11 (7-11), Yorkshire England, 2009 ¢<br />
# Arita M "Web-based Resources for Metabolomics", Tutorial at the CBI-KSBSB joint conference (Bioinfo2009), Nov 4 (4-6), Haeundae Busan Korea, 2009 ¢<br />
# Arita M "Data Management of Cross-disciplinary Information using Wiki", 16th International Conference on Cytochrome P450, June 21 (21-25), Okinawa Japan, 2009<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Analysis using Wiki", The Sixth International Aspergillus Meeting (Asperfest 6), March 15-17, Monterey USA, 2009 ¢<br />
# Arita M "Wiki-based Database of Secondary Metabolites", JSPS-KOSEF Joint Seminar -Pioneering researches on fungal molecular biology-, November 19-20, Kanazawa Japan, 2008<br />
# Arita M "Computational Analysis of Metabolism" iPlant Mechanistic modeling grand challenge workshop, November 7-10, Biosphere2 Arizona USA, 2008<br />
# Arita M "Software Tools to Study Flavonoids", Systems Biology and Bioinformatics Symposium (SBBS07), March 27-29 Taipei Taiwan, 2007<br />
# Arita M "Databaes for Flavonoids and Measurement in Arabidopsis", 2nd International Symposium on Environmental Metabolomics, March 24-25, University of Louisville(KY), USA, 2007<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Chart for Flavonoid", 2nd Taiwan-Japan Bilateral Symposium on Bioinformatics, Nov 7-9, Tainan Taiwan, 2006<br />
# Arita M " Atomic-level analysis of metabolism and mass spectral database", Invited Lecture Course, May9-14, Center for Regulatory, Environmental, Analytical Metabolomics, University of Louisville(KY), USA, 2006<br />
# Arita M "Metabolomics in Japan and the Need for a Metabolic Map Editor", 1st Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics, March 13-17, Tokyo Japan, 2006 ¢<br />
# Arita M "ARM Database for Interactive Metabolic Maps", 1st International BioPAX Symposium, November 18, Tokyo Japan, 2005 ¢<br />
# Arita M "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism", 1st Louisville Symposium on Environmental Metabolomics, November 5-6, Louisville (KY) USA, 2005<br />
# Arita M "Interpretation of Metabolic Networks", 50th NIBB Conference, Structure and Dynamics of Complex Biological Networks, February 8-10, Okazaki Japan, 2005<br />
# Arita M "Scale-free Network and Biological Network", Invited Lecture Course, June 9 - 13, Centre National de la Recherche Scientifique, Marseille, France, 2004<br />
# Arita M "Computer Applications for Metabolome Analysis", ICSB2002 Satellite Meeting "Metabolome Analysis and Systems Biology", December 16, Stockholm Sweden, 2002 ¢<br />
# Arita M "Computer Applications for Comprehensive Metabolite Analysis", Cambridge Healthtech Institute's Second Annual Metabolic Profiling: Pathways in Discovery, December 2 - 3, Research Triangle Park (North Carolina) USA, 2002<br />
# Arita M "Atomic Representation of Metabolism", Invited Lecture Course, June26 - July 2, Department of Computer Science, University of Helsinki, Finland, 2002<br />
# Arita M "Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM) Project", Workshop on Protein Interaction and Clinical Data Analysis, May 28 - 31, National University of Singapore, 2002<br />
# Hagiya M. and Arita M "Several Approaches to Bio-simulation", International Symposium on Human Genome Project and Computer Science Sanjo Hall, March 9-10, Tokyo University, 1995 ¢<br />
<br />
==招待講演、トークイベント== <br />
# 有田 正規 「データ時代における学術出版とデータベース」第90回日本医学図書館協会総会, 5/31, 2019<br />
# 有田 正規 「学術データは誰のものか」日本医学会第五回研究倫理教育研修会, 5/30, 東京, 2019<br />
# 有田 正規 「元素から眺める地球・生命・食事」静岡県保育所連合会東部支部総会, 5/14, 沼津, 2019<br />
# 有田 正規 「生薬情報のデータベース」薬用資源の持続的利用促進に関する研究会, 11/21, 草津（滋賀）, 2018<br />
# 有田 正規 「遺伝子から見た地球生命」静岡県教育研究会夏季研究大会（理科）, 8/8, 三島, 2018<br />
# 有田 正規 「生命科学データ共有のあり方」Japan Open Science Summit, 6/19, 東京, 2018<br />
# 有田 正規 「DNAレベルからみたミシマサイコ」ミシマサイコの会 3/24 三島 2018<br />
# 有田 正規 「たべものは体の中でどうなるか」三島遺伝学講座 3/4 三島 2018<br />
# 有田 正規 「これからのスペクトルデータベース」日本質量分析学会第65回質量分析総合討論会（基調講演） 5/17 つくば 2017<br />
# 有田 正規 津川裕司 「MS2スペクトルのフラグメンテーション解析と前駆体構造予測」日本分子生物学会年会 シンポジウム「生命システムを俯瞰するための質量分析情報解析技術とデータベースの活用」 11/30 横浜 2016<br />
# 有田 正規 「クリエイティブは毒か薬か」 三島市クリエイティブファクトリー 「うるまの部屋」第一回 9/16 2016<br />
# 有田 正規 「Comprehensive lipidomics and Mass/LipidBank databases」日本分子生物・生化学会大会（BMB2015）シンポジウム「リピドミクスから見えてきた脂質の新機能 –基礎から臨床まで-」12/4 神戸 2015<br />
# 有田 正規 「科学者から見た学術のオープン化」林和弘氏、有田正規氏講演会「オープンな知がイノベーションを生む -オープンサイエンスの潮流と図書館の可能性-」(東大新図書館トークイベント14) 10/17 東京 2015<br />
# 有田 正規 「代謝の杜:分子の食物連鎖」[http://izukeidai.tumblr.com/post/128890729785/%E5%A4%A7%E8%AC%9B%E5%A0%82%E3%82%A4%E3%82%BA%E3%82%B1%E3%83%BC%E5%A4%A7%E3%81%AB%E6%9C%AC%E7%89%A9%E3%81%AE%E6%95%99%E6%8E%88%E3%81%AE%E8%AC%9B%E7%BE%A9%E7%99%BB%E5%A0%B4%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80-1%E6%9C%89%E7%94%B0%E6%AD%A3%E8%A6%8F%E6%95%99%E6%8E%88-22%E6%97%A5 地域イベント伊豆経済大学] 9/22 三島 2015<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「ノンターゲットMS/MSによる藻類脂質の網羅的解析とデータベース化」 健康・長寿研究談話会（旧ホスファチジルセリン研究会）11/7 品川 2014<br />
# 有田 正規 "Database for Biology: which data deserve maintaining?" 第52回日本生物物理学会年会 シンポジウム「大容量生命情報時代の新しい生物学とは？」(兼オーガナイザ) 9/27 (25-27) 札幌 2014<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「藻類メタボロミクス：植物との違い」日本植物学会第78回大会シンポジウム「バイオリソースとゲノム情報から考える藻類研究の未来形」 9/12 (12-14) 東京 2014<br />
# 有田 正規 「マススペクトルのデータベースを使いこなす」第31回日本植物細胞分子生物学会 バイオインフォマティクス講習会 9/12 (10-12) 札幌 2013<br />
# 有田 正規 「和漢薬データベースの構築」日本薬学会第133年会 シンポジウム "和漢薬の科学基盤：共同研究による先駆的統合的解明" 3/29 (27-30) 横浜 2013<br />
# 有田 正規 「ポリケチド合成酵素の進化解析」革新的バイオマテリアル実現のための高機能化ゲノムデザイン技術開発キックオフシンポジウム 10/30 東京 2012<br />
# 有田 正規 「Knowledge Management using a Wiki-based System」 細胞を作る研究会 4.0 10/27(-28) 大阪 2011<br />
# 有田 正規 「コミュニティとして機能するためのインフラストラクチャ」第84会日本生化学会大会シンポジウム "ゲノムデザインの最前線" 9/22 (21-24) 京都 2011<br />
# 有田 正規 「ウェブを通じた生薬知識のアウトリーチ」南方資源利用技術研究会 11/26 那覇 2010<br />
# 長谷川禎彦 有田正規 「細胞内のノイズと遺伝子スイッチ」細胞を作る研究会 3.0 11/12(-13) 駒場 2010<br />
# 有田 正規 「Wikiを通じて学会をまとめよう 代謝データベースを例に」 第20回記念微生物資源ワークショップ 11/14 (13-14) 修善寺 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬の知識流通を促すウェブ基盤の構築」 第30回和漢医薬学総合研究所特別セミナー「和漢薬とインフォマティクス」 10/9, 富山 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬Wikiデータベースの開発」 第26回和漢医薬学会学術大会 メインテーマ企画「生薬とデータベース」 8/29 (29-30), 幕張 2009<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス解析におけるインフォマティクス」 日本薬物動態学会第２回ビジョン・シンポジウム 6/6 (5-6), 本郷 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるマススペクトルの共有と知識抽出」 日本質量分析学会 第57回質量分析総合討論会ワークショップ 「マススペクトルを日本発のツールで解析、整理しよう」 5/14, 大阪 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるオミクスデータ管理と知識発見」 農芸化学会大会シンポジウム「OMICSを基盤とした生物機能の戦略的高度化と物質生産」3/29 福岡 2009<br />
# 有田 正規 「百科事典とデータベースを区別できない生物学者」 BMB2008 日本分子生物・生化学会合同年会シンポジウム「最新メタボロミクス事情と植物科学への貢献」(兼オーガナイザ) 12/12 神戸 2008<br />
# 有田 正規 「バイオデータベースのあるべき姿」 第五回 コンビナトリアル・バイオエンジニアリング会議 11/7 大阪 2008<br />
# 有田 正規 「メタボロームデータベースを統合する：*Bankと*Wiki」 第2回メタボロームシンポジウム(兼実行委員) 10/30 鶴岡 2008<br />
# 有田 正規 「Wiki をもちいたデータベース設計」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第7回連携研究会 9/13, Spring-8普及棟 2008<br />
# 有田 正規 「ウィキによるフラボノイドのデータベース」 日本植物生理学会年会 シンポジウム「データベースの中に築く生物像」 3/20, 札幌 2008<br />
# 有田 正規 「化学構造と植物種をつなぐフラボノイドデータベース」 日本化学会 化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム 12/7, 東京 2007<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス －代謝を研究する新しいOmics分野－」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第六回連携研究会 8/4, Spring-8普及棟 2007<br />
# 有田 正規 「マススペクトルデータベースMassBankの検索技法」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会ワークショップ 「ケミカルバイオロジーとマススペクトルデータベース」 5/15, 広島 2007<br />
# 有田 正規 「原子レベルでみる代謝ネットワーク」 京大理 数学教室 研究集会「スケールフリーネットワークとランダムグラフ」 1/27, けいはんな 2007<br />
# 有田 正規 「化学構造データベースから代謝経路へ」 奈良先端大 植物科学研究教育推進ユニットワークショップ 「植物研究にいかに役立てるか、『システム生物学』」 12/12, 奈良 2006<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップによるメタボローム解析」 日本医用マススペクトル学会 シンポジウム 「メタボローム解析への質量分析の応用」9/29, 名古屋 2006<br />
# 有田 正規 「バクテリアの代謝はどこまでわかっているか」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第五回連携研究会 8/12, Spring-8普及棟 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ 」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロミクスとバイオインフォマティクス」5/26, 大阪 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームは本当に網羅的か」 日本分子生物学会 年会シンポジウム 12/7, 福岡 2005<br />
# 有田 正規「バイオインフォマティクスの環境バイオへの適用可能性」 環境バイオ・新規提案検討国際ワークショップ －微生物集団機能の高効率利用・デザイン化技術の創出のために－ 10/21, 東京 2005<br />
# 有田 正規「生体ネットワークの大域情報と局所情報をつなぐソフトウェア」 第10回分生研シンポジウム「情報生物学」9/22, 東京 2005<br />
# 有田 正規「代謝のネットワークとスケールフリー性」 日本数理生物学会 第15回大会シンポジウム 「複雑ネットワークの展開」 9/16, 横浜 2005<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」5/26, 大宮 2005<br />
# 有田 正規 「マップエディタを用いたオンデマンドの代謝解析」 日本農芸化学会シンポジウム「モノづくりの代謝工学」 3/29, 札幌 2005<br />
# 有田 正規 「代謝のネットワーク解析：大域的特徴から分子構造変化まで」 (財)新世代研究所 中性子生体ナノマシン・バイオナノ合同研究会 1/28, 東海村 2005<br />
# 有田 正規 「お気楽マップエディタによる代謝解析」 日本分子生物学会 年会ワークショップ 「メタボローム研究の新展開」 12/10, 神戸 2004<br />
# 有田 正規 「生物ネットワークとスケールフリー性」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「分子ネットワークのシステム特性」 10/16, 横浜 2004<br />
# 有田 正規 「脂質代謝を原子レベルで表現するデータベース」 日本脂質栄養学会 第13回大会 9/3, 酒田 2004<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップに基づくメタボローム解析」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」6/4, 名古屋 2004<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と機能予測」 新資源生物変換研究会シンポジウム 12/5, 東京 2003<br />
# 有田 正規 「代謝データベースとその盲点」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「メタボローム研究の最前線」 10/15, 横浜 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「ポストゲノム時代を担う若手研究者」 5/16, つくば 2003<br />
# 有田 正規 「ARMプロジェクト： 細胞内代謝の電子化技術」 基礎生物学研究所研究会「生命科学におけるInformaticsと Mathematics」 3/11-12, 岡崎 2003<br />
# 有田 正規 「大腸菌の代謝経路再構築」 JST異分野研究者交流フォーラム 3/1-2, 大仁 2002<br />
# 有田 正規 「計算論的バイオテクノロジー」 計測自動制御学会 第7回創発システムシンポジウム「創発夏の学校」, 8/24-26, 富山, 2001<br />
<br />
==Meeting series and Workshops==<br />
* AYRCOB Conference Series (http://ayrcob.org/) 2008-2016<br />
* International Metabolomics Society<br />
** Board Member (2014 Oct-2016 Sep)<br />
** Organization and talks<br />
*** Workshop "Data Sharing and Standardisation" (SF, 29 Jun, 2015; Dublin, 27 Jun 2016; Brisbane, 26 Jun, 2017)<br />
*** NSF-JST "Metabolomics for a Low Carbon Society", San Francisco, 28 Jun 2015<br />
*** JST-NSF "Metabolomics Measurement Technology and Application" Tsuruoka, 23 Jun 2014<br />
* Annual Metabolome Symposium (domestic) 2006-2018<br />
** Mishima meeting (2015)<br />
* NII Shonan meeting "Computational metabolomics", March 20-23, Shonan, 2017 (organizer)<br />
* NIG International Symposium (commemorating DDBJ 30th) "Life, Environment and Evolution revealed by Genomes" (general chair)<br />
* ROIS International Workshop on Data Science (DSWS2018) "Present & Future of Open Data & Open Science" (local organizer)</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/User:Aritalab/Masanori_Arita/PublicationUser:Aritalab/Masanori Arita/Publication2019-08-28T07:03:25Z<p>Adm: /* Commissioned Reviews, Editorials, Book Chapters */</p>
<hr />
<div>==Refereed Journal Articles==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Arita M, Nakamura Y "Generating Publication-Ready Prokaryotic Genome Annotations with DFAST" Methods in Molecular Biology, 1962, 215-226, 2019<br />
Tsugawa H, Nakabayashi R, Mori T, Yamada Y, Takahashi M, Rai A, Sugiyama R, Yamamoto H, Nakaya T, Yamazaki M, Kooke R, Bac-Molenaar JA, Oztolan-Erol N, Keurentjes JJB, Arita M, Saito K "A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms" Nature Methods, 16(4), 295-298, 2019<br />
Endo A, Tanizawa Y, Arita M "Isolation and Identification of Lactic Acid Bacteria from Environmental Samples" Methods in Molecular Biology, 1887, 3-13, 2019<br />
Itoh H, Matsui M, Miyamura Y, Takeda I, Ishii J, Kumagai T, Machida M, Shibata T, Arita M "Biosynthesis of Novel Statins by Combining Heterologous Genes from Xylaria and Aspergillus" ACS Synthetic Biology, 7(12), 2783-2789, 2018<br />
Burla B, Arita M, Arita M, Bendt AK, Cazenave-Gassiot A, Dennis EA, Ekroos K, Han X, Ikeda K, Liebisch G, Lin MK, Loh TP, Meikle PJ, Orešič M, Quehenberger O, Shevchenko A, Torta F, Wakelam MJO, Wheelock CE, Wenk MR "MS-based lipidomics of human blood plasma: a community-initiated position paper to develop accepted guidelines" Journal of Lipid Research, 59(10), 2001-2017, 2018<br />
Tanizawa Y, Tada I, Kobayashi H, Endo A, Maeno S, Toyoda A, Arita M, Nakamura Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Tohno M "Lactobacillus paragasseri sp. nov., a sister taxon of Lactobacillus gasseri, based on whole-genome sequence analyses" International journal of systematic and evolutionary microbiology 68: 3512-3517, 2018<br />
Tanaka W, Arita M "Physicochemical Prediction of Metabolite Fragmentation in Tandem Mass Spectrometry" Mass Spectrometry (Tokyo), 7(1):A0066, 2018<br />
Itoh H, Miura A, Matsui M, Arazoe T, Nishida K, Kumagai T, Arita M, Tamano K, Machida M, Shibata T "Knockout of the SREBP system increases production of the polyketide FR901512 in filamentous fungal sp. No. 14919 and lovastatin in Aspergillus terreus ATCC20542" Applied Microbiology and Biotechnology, 102(3):1393-1405, 2018<br />
Lai Z, Tsugawa H, Wohlgemuth G, Mehta S, Mueller M, Zheng Y, Ogiwara A, Meissen J, Showalter M, Takeuchi K, Kind T, Beal P, Arita M, Fiehn O "Identifying metabolites by integrating metabolome databases with mass spectrometry cheminformatics" Nature methods 15:53-56, 2018<br />
Tohno M, Tanizawa Y, Irisawa T, Masuda T, Sakamoto M, Arita M, Ohkuma M, Kobayashi H "Lactobacillus silagincola sp. nov. and Lactobacillus pentosiphilus sp. nov., isolated from silage" International journal of systematic and evolutionary microbiology 67(9):3639-3644, 2017<br />
Tanizawa Y, Kobayashi H, Kaminuma E, Sakamoto M, Ohkuma M, Nakamura Y, Arita M, Tohno M "Genomic characterization reconfirms the taxonomic status of Lactobacillus parakefiri" Bioscience of microbiota food and health 36(3):129-134, 2017<br />
Tada I, Tanizawa Y, Endo A, Tohno M, Arita M "Revealing the genomic differences between two subgroups in Lactobacillus gasseri" Bioscience of microbiota food and health 36(4):155-159, 2017 <br />
Tsugawa H, Ikeda K, Tanaka W, Senoo Y, Arita M, Arita M "Comprehensive identification of sphingolipid species by in silico retention time and tandem mass spectral library" Journal of Cheminformatics 9:19, 2017 doi: 10.1186/s13321-017-0205-3<br />
Wohlgemuth G, Mehta SS, Mejia RF, Neumann S, Pedrosa D, Pluskal T, Schymanski EL, Willighagen EL, Wilson M, Wishart DS, Arita M, Dorrestein PC, Bandeira N, Wang M, Schulze T, Salek RM, Steinbeck C, Nainala VC, Mistrik R, Nishioka T, Fiehn O "SPLASH, a hashed identifier for mass spectra" Nature Biotechnol 34(11):1099-1101, 2016<br />
Padermshoke A, Ogawa T, Nishio K, Nakazawa M, Nakamoto M, Okazawa A, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Critical Involvement of Environmental Carbon Dioxide Fixation to Drive Wax Ester Fermentation in Euglena" PLoS ONE 11(9):e0162827, 2016<br />
Maeno S, Tanizawa Y, Kanesaki Y, Kubota E, Kumar H, Dicks L, Salminen S, Nakagawa J, Arita M, Endo A "Genomic characterization of a fructophilic bee symbiont Lactobacillus kunkeei reveals its niche-specific adaptation" Syst Appl Microbiol 39(8):516-526, 2016<br />
Yamada O, Machida M, Hosoyama A, Goto M, Takahashi T, Futagami T, Yamagata Y, Takeuchi M, Kobayashi T, Koike H, Abe K, Asai K, Arita M, Fujita N, Fukuda K, Higa KI, Horikawa H, Ishikawa T, Jinno K, Kato Y, Kirimura K, Mizutani O, Nakasone K, Sano M, Shiraishi Y, Tsukahara M, Gomi K "Genome sequence of Aspergillus luchuensis NBRC 4314" DNA Research 23(6):507-515, 2016<br />
Tanizawa Y, Fujisawa T, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M "DFAST and DAGA: web-based integrated genome annotation tools and resources" Biosci Microbiota Food Health. 35(4):173-184, 2016<br />
Tsugawa H, Kind T, Nakabayashi R, Yukihira D, Tanaka W, Cajka T, Saito K, Fiehn O, Arita M. "Hydrogen Rearrangement Rules: Computational MS/MS Fragmentation and Structure Elucidation Using MS-FINDER Software" Analytical Chemistry 88(16):7946-7958, 2016<br />
Sriyudthsak K, Mejia RF, Arita M, Hirai MY. "PASMet: a web-based platform for prediction, modelling and analyses of metabolic systems" Nucleic Acids Research, 44(W1):W205-211, 2016<br />
Mukaida S, Ogawa T, Ohishi K, Tanizawa Y, Ohta D, Arita M. "The effect of rapamycin on biodiesel-producing protist Euglena gracilis" Biosci Biotechnol Biochem, 80:1223-1229, 2016<br />
Rocca-Serra P, Salek RM, Arita M, Correa E, Dayalan S, Gonzalez-Beltran A, Ebbels T, Goodacre R, Hastings J, Haug K, Koulman A, Nikolski M, Oresic M, Sansone SA, Schober D, Smith J, Steinbeck C, Viant MR, Neumann S "Data standards can boost metabolomics research, and if there is a will, there is a way" Metabolomics 12(1):14, 2016<br />
Endo A, Tanizawa Y, Tanaka N, Maeno S, Kumar H, Shiwa Y, Okada S, Yoshikawa H, Dicks L, Nakagawa J, Arita M "Comparative genomics of Fructobacillus spp. and Leuconostoc spp. reveals niche-specific evolution of Fructobacillus spp." BMC Genomics 16(1):1117, 2015<br />
Tanaka K, Arita M, Sakurai H, Ono N, Tezuka Y "Analysis of Chemical Properties of Edible and Medicinal Ginger by Metabolomics Approach" Biomed Research International 2015:671058, 2015<br />
Tsugawa H, Cajka T, Kind T, Ma Y, Higgins B, Ikeda K, Kanazawa M, VanderGheynst J, Fiehn O, Arita M "MS-DIAL: data-independent MS/MS deconvolution for comprehensive metabolome analysis" Nature Methods 12(6), 523-526, 2015<br />
Li D, Ono N, Sato T, Sugiura T, Altaf-Ul-Amin M, Ohta D, Suzuki H, Arita M, Tanaka K, Ma Z, Kanaya S "Targeted Integration of RNA-Seq and Metabolite Data to Elucidate Curcuminoid Biosynthesis in Four Curcuma Species" Plant Cell Physiology, 56(5), 843-851, 2015<br />
Ara T, Enomoto M, Arita M, Ikeda C, Kera K, Yamada M, Nishioka T, Ikeda T, Nihei Y, Shibata D, Kanaya S, Sakurai N "Metabolonote: a wiki-based database for managing hierarchical metadata of metabolome analyses" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 3:38, 2015<br />
Tanizawa Y, Tohno M, Kaminuma E, Nakamura Y, Arita M "Complete genome sequence and analysis of Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260(T), a psychrotrophic lactic acid bacterium isolated from silage" BMC Genomics, 16:240, 2015<br />
Tanaka K, Arita M, Li D, Ono N, Tezuka Y, Kanaya S "Metabolomic Characterization of a Low Phytic Acid and High Anti-oxidative Cultivar of Turmeric" Natural Product Communications, 10(2), 329-334, 2015<br />
Tsugawa H, Ohta E, Izumi Y, Ogiwara A, Yukihira D, Bamba T, Fukusaki E, Arita M "MRM-DIFF: Data Processing Strategy for Differential Analysis in Large Scale MRM-based Lipidomics Studies" Frontiers in Genetics, 5:471, 2015<br />
Hasegawa Y, Arita M "Optimal implementations for reliable circadian clocks" Physical Review Letters, 113(10), 108101, 2014<br />
Tsugawa H, Kanazawa M, Ogiwara A, Arita M "MRMPROBS suite for metabolomics using large-scale MRM assays" Bioinformatics, 30(16), 2379-2380, 2014<br />
Furuhashi T, Ogawa T, Nakai R, Nakazawa M, Okazawa A, Padermschoke A, Nishio K, Hirai MY, Arita M, Ohta D "Wax ester and lipophilic compound profiling of Euglena gracilis by gas chromatography-mass spectrometry: toward understanding of wax ester fermentation under hypoxia" Metabolomics, 11(1), 175-183, 2015<br />
Ogawa T, Furuhashi T, Okazawa A, Nakai R, Nakazawa M, Kind T, Fiehn O, Kanaya S, Arita M, Ohta D "Exploration of Polar Lipid Accumulation Profiles in Euglena gracilis Using LipidBlast, a MS/MS Spectral Library Constructed in Silico" Bioscience Biotechnology and Biochemistry 78(1), 14-18, 2014<br />
Hasegawa Y, Arita M "Circadian clocks optimally adapt to sunlight for reliable synchronization" Journal of the Royal Society Interface 11(92):20131018, 2014<br />
Tsugawa H, Arita M, Kanazawa M, Ogiwara A, Bamba T, Fukusaki E "MRMPROBS: Data Assessment and Metabolite Identification Tool for Large-scale MRM-based Widely Targeted Metabolomics" Analytical Chemistry, 85(10), 5191–5199, 2013<br />
Hasegawa Y, Arita M "Enhanced entrainability of genetic oscillators by period mismatch" Journal of the Royal Society Interface 10(81) 20121020, 2013<br />
Hasegawa Y, Arita M "Fluctuating noise drives Brownian transport" Journal of the Royal Society Interface 9(77), 3554-3363, 2012<br />
Peng CH, Lin SH, Peng SC, Lyu PC, Arita M, Tang CY "Feature Identification of Compensatory Gene Pairs without Sequence Homology in Yeast" Comparative and Functional Genomics 2012(653174), 2012<br />
Lin SH, Yoshimoto M, Lyu PC, Tang CY, Arita M "Phylogenomic and Domain Analysis of Iterative Polyketide Synthases in Aspergillus Species" Journal of Evolutionary Bioinformatics, 7:1-14, 2012<br />
Hasegawa Y, Arita M "Escape Process and Stochastic Resonance Under Noise Intensity Fluctuation" Physics Letters A, 375, 3450-3458, 2011<br />
Redestig H, Kusano M, Ebana K, Kobayashi M, Oikawa A, Okazaki Y, Matsuda F, Arita M, Fujita N, Saito K "Exploring molecular backgrounds of quality traits in rice by predictive models based on high-coverage metabolomics" BMC Systems Biology 5(1):176, 2011<br />
Tsugawa H, Tsujimoto Y, Arita M, Bamba T, Fukusaki E "GC/MS based metabolomics: development of a data mining system for metabolite identification by using soft independent modeling of class analogy (SIMCA)" BMC Bioinformatics 12:131, 2011<br />
Scalbert A, Andres-Lacueva C, Arita M, Kroon P, Manach C, Urpi-Sarda M, Wishart D "Databases on Food Phytochemicals and Their Health-Promoting Effects" Journal of Agricultural and Food Chemistry 59(9), 4331-4348, 2011<br />
Hasegawa Y, Arita M "Noise-intensity fluctuation in Langevin model and its higher-order Fokker–Planck equation" Physica A 390(6) 1051-1063, 2011<br />
Tanaka K, Hayashi K, Fahad A, Arita M "Multi-stage mass spectrometric analysis of saponins in glycyrrhiza radix" Natural Product Communications 6(1):7-10, 2011<br />
Kusano M, Redestig H, Hirai T, Oikawa A, Matsuda F, Fukushima A, Arita M, Watanabe S, Yano M, Hiwasa-Tanase K, Ezura H, Saito K "Covering chemical diversity of genetically-modified tomatoes using metabolomics for objective substantial equivalence assessment" PLoS One 6(2):e16989, 2011<br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Metabolomic correlation-network modules in Arabidopsis based on a graph-clustering approach" BMC Systems Biology 5:1, 2011<br />
Horai H, Arita M, Kanaya S, Nihei Y, Ikeda T, Suwa K, Ojima Y, Tanaka K, Tanaka S, Aoshima K, Oda Y, Kakazu Y, Kusano M, Tohge T, Matsuda F, Sawada Y, Hirai MY, Nakanishi H, Ikeda K, Akimoto N, Maoka T, Takahashi H, Ara T, Sakurai N, Suzuki H, Shibata D, Neumann S, Iida T, Tanaka K, Funatsu K, Matsuura F, Soga T, Taguchi R, Saito K, Nishioka T "MassBank: a public repository for sharing mass spectral data for life sciences" Journal of Mass Spectrometry 45(7), 703-714, 2010<br />
Redestig H, Kusano M, Fukushima A, Matsuda F, Saito K, Arita M "Consolidating metabolite identifiers to enable contextual and multi-platform metabolomics data analysis" BMC Bioinformatics 11:214, 2010<br />
Hasegawa Y, Arita M "Bistable stochastic processes in the q-exponential family" Physica A 389(21):4450-4461, 2010<br />
Takemoto K, Arita M "Nested structure acquired through simple evolutionary process" Journal of Theoretical Biology 264(3), 782-786, 2010<br />
Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Period–phase map: two-dimensional selection of circadian rhythm-related genes" IET System Biology 3(6), 487-495, 2009 <br />
Fukushima A, Kanaya S, Arita M "Characterizing gene coexpression modules in Oryza sativa based on a graph-clustering approach" Plant Biotechnology 26, 485-493, 2009<br />
Redestig H, Fukushima A, Stenlund H, Moritz T, Arita M, Saito K, Kusano M "Compensation for systematic cross-contribution improves normalization of mass spectrometry based metabolomics data" Analytical Chemistry 81(19), 7974-7980, 2009 <br />
Hasegawa Y, Arita M "Properties of the maximum q-likelihood estimator for independent random variables" Physica A 388, 3399-3412, 2009<br />
Takemoto K, Arita M "Heterogeneous distribution of metabolites across plant species" Physica A 388(13), 2771-2780, 2009<br />
Arita M "A pitfall of wiki solution for biological databases" Briefings Bioinformatics 10(3), 295-296, 2009<br/>Interview article by a web magazine "Bioinform" in Jan 2009<br />
Fukushima A, Wada M, Kanaya S, Arita M "SVD-based anatomy of gene-expression for correlation analysis in Arabidopsis thaliana" DNA research 15(6), 367-374, 2008 <br />
Arita M, Suwa K "Search extension transforms Wiki into a relational system: a case for flavonoid metabolite database" BMC BioData Mining 1:7, 2008 <br />
Sato S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Time-resolved metabolomics reveals metabolic modulation in rice foliage" BMC Systems Biology 2:51, 2008 <br />
Kusano M, Fukushima A, Arita M, Jonsson P, Moritz T, Kobayashi M, Hayashi N, Tohge T, Saito K "Unbiased characterization of genotype-dependent metabolic regulations by metabolo mic approach in Arabidopsis thaliana" BMC Systems Biology 1:53, 2007 <br />
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Automated classification of alternative splicing and transcriptional initiation and construction of visual database of classified patterns" Bioinformatics 22(10), 1211-1216, 2006 <br />
Nagasaki H, Arita M, Nishizawa T, Suwa M, Gotoh O "Species-specific variation of alternative splicing and transcriptional initiation in six eukaryotes" Gene 364, 53-62, 2005 <br />
Arita R, Arita M, Kawai M, Mashima Y, Yamada M "Evaluation of corneal endothelial pump function with a cold stress test" Cornea 24(5), 571-575, 2005 <br />
Sugimoto M, Kikuchi S, Arita M, Soga T, Nishioka T, Tomita M "Large-scale prediction of cationic metabolite identity and migration time in capillary electrophoresis mass spectrometry using artificial neural networks" Analytical Chemistry 77(1), 78-84, 2005 <br />
Arita M, Ohashi Y "Secret signatures inside genomic DNA" Biotechnology Progress 20(5), 1605-1607, 2004 <br />
Hirai MY, Yano M, Goodenowe DB, Kanaya S, Kimura T, Awazuhara M, Arita M, Fujiwara T, Saito K "Integration of transriptomics and metabolomics for understanding of global responses to nutritional stresses in Arabidopsis thaliana" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(27), 10205-10210, 2004 <br />
Arita M "Computational resources for metabolomics" Briefings in Functional Genomics and Proteomics 3(1), 84-93, 2004 <br />
Arita M "Comma-free design for DNA words" Communications of the ACM, 47(5), 99-100, 2004 <br />
Arita M "The metabolic world of Escherichia coli is not small" Proceedings of the National Academy of Sciences USA 101(6), 1543-1547, 2004 <br />
Yamazaki Y, Kitajima M, Arita M, Takayama H, Sudo H, Yamazaki M, Aimi N, Saito K "Biosynthesis of camptothecin. In silico and in vivo tracer study from [1-13C]glucose" Plant Physiology 134(1), 161-170, 2004 <br />
Arita M "In silico Atomic tracing by substrate-product relationships in Escherichia coli intermediary metabolism" Genome Research 13(11), 2455-2466, 2003 <br />
Kikuchi S, Tominaga D, Arita M, Takahashi K, Tomita M "Dynamic modeling of genetic networks using genetic algorithm and S-system" Bioinformatics 19(5), 643-650, 2003 <br />
Arita M, Kobayashi S "DNA sequence design using templates" New Generation Computing 20(3), 263-277, 2002 <br />
Arita M "Graph modeling of metabolism" Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence (JSAI), 15(4), 703-710, 2000<br />
Arita M "Metabolic reconstruction using shortest paths" Simulation Practice and Theory 8(2), 109-125, 2000<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" International Journal of Artificial Intelligence Tools 4(4), 511-524, 1995<br />
}}<br />
<br />
==Refereed Conference Proceedings==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Satti M, Tanizawa Y, Endo A, Arita M "Comparative analysis of probiotic bacteria based on a new definition of core genome" Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Proceedings GIW 2017), 16(3):1840012, 2018<br />
Tada I, Tanizawa Y, Arita M "Visualization of consensus genome structure without using a reference genome" BMC Genomics (Proceedings APBC 2017), 18(Suppl 2):208, 2017<br />
Arita M, Yoshimoto M, Suwa K, Hirai A, Kanaya S, Shibahara N, Tanaka K “Database for crude drugs and kampo medicine” Genome Informatics 25(1) Special Issue JSBi2010, 1-11, 2011<br />
Chang CW, Lyu PC, Arita M "Reconstructing phylogeny from metabolic substrate-product relationships" BMC Bioinformatics (Proceedings 9th APBC in Korea) 12(Suppl 1):S27, 2011<br />
Arita M, Suwa K, Yoshimoto M, Hirai A, Kanaya S "Ontology checking and integration of crude-drug and kampo information" Proceedings of the 2nd International Conference of Biomedical Engineering and Informatics (BMEI2009), Tianjin China, 3:1304-1307, 2009<br />
Horai H, Arita M, Ojima Y, Nihei Y, Kanaya S, Nishioka T "Traceable analysis of multiple-stage mass spectra through precursor-product annotations" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'09) (GI-Edition Lecture Notes in Informatics), Halle, Germany, 157:173-178, 2009<br />
Morioka R, Arita M, Sakamoto K, Kawaguchi S, Tei H, Horimoto K "Phase shifts of circadian transcripts in rat suprachiasmatic nucleus" Proceedings of the 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB2008), Lijiang China, 101-106, 2008<br />
Chen LC, Lin YC, Arita M, Tseng VS "A Novel Approach for Handling Missing Values in Microarray Data" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 45-50, 2008<br />
Wijekoon A, Kusano M, Arita M "Comparison of Gas Chromatography-Mass Spectrometry Data from Different Laboratories using Dynamic Programming" Proceedings of the International Computer Symposium (ICS2008) Taipei, 57-62, 2008<br />
Horai H, Arita M, Nishioka T "Comparison of ESI-MS Spectra in MassBank Database" Proceedings of the International Conference on BioMedical Engineering and Informatics (BMEI2008), Hainan China, 1:853-857, 2008<br />
Arita M, Tokimatsu T "Detection of monosaccharide types from coordinates" Proceedings of the 18th International Conference on Genome Informatics (Genome Informatics Series Vol.19), Singapore, 3-14, 2007 <br />
Okada K, Asai K, Arita M "Flow Model of the Protein-protein Interaction Network for Finding Credible Interactions." Proceedings of 5th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2007), Hong Kong, 2007<br />
Tuji H, Altaf-Ul-Amin Md, Arita M, Nishio H, Shinbo Y, Kurokawa K, Kanaya S "Comparison of Protein Complexes Predicted from PPI Networks by DPClus and Newman Clustering Algorithms" IPSJ Transactions on Bioinformatics, 47 (SIG17):31-41, 2006<br />
Oka H, Arita M "Searching Similar Motifs in Protein Interaction Networks" Proceedings of 1st International Workshop on Biomedical Data Engineering, Tokyo Japan, 52-59, 2005<br />
Ueno Y, Arita M, Kumagai T, Asai K "Processing sequence annotation data using the lua programming language" Proceedings of 14th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.14), Yokohama Japan, 154-163, 2003 <br />
Arita M, Tsuda K, Asai K "Modeling splicing sites with pairwise correlations." Bioinformatics (Proceedings 1st European Conference on Computational Biology, Saarbrucken Germany), 18:S27-S34, Oxford Univ Press, 2002 <br />
Kobayashi S, Kondo T, Arita M "On template method for DNA sequence design" Proceedings of 8th DNA Based Computers, Sapporo Japan, LNCS(2568) 205-214, Springer Verlag, 2002<br />
Arita M, Kobayashi S "The power of sequence design" Proceedings of 4th International Conference on Computational Intelligence and Multimedia Applications, Yokosuka Japan, 163-166, IEEE Press, 2001<br />
(Journal version listed above, titled "DNA sequence design using templates.")<br />
Komiya K, Sakamoto K, Gouzu H, Yokoyama S, Arita M, Nishikawa A, Hagiya M "Successive state transitions with I/O interface by molecules." Proceedings of 6th DNA Based Computers, Leiden Netherland, LNCS(2054) 17-26, Springer Verlag, 2001<br />
Arita M, Nishikawa A, Hagiya M, Komiya K, Gouzu H, Sakamoto K "Improving sequence design for DNA computing" Proceedings of 5th Gnenetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO'00), Las Vegas USA, 875-882, Morgan-Kaufmann, 2000<br />
Arita M, Asai K, Nishioka T "Reconstructing metabolic pathways with new enzyme classification" Proceedings of German Conference in Bioinformatics (GCB'00), Heidelberg Germany, 99-106, Logos-Verlag, 2000<br />
Arita M "Bio-computing in the 21st century" Proceedings of 5th International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB'00), Ohita Japan, 737-740, 2000<br />
Arita M "Metabolic reconstruction using shortest path algorithm" Proceedings of 1st Conference on Modelling and Simulation in Biological, Medical, and Biomedical Engineering (BioMedSim'99), Paris France, 1-4, 1999<br />
(Journal version listed above, titled "Metabolic reconstruction using shortest paths.")<br />
Ueno Y, Asai K, Arita M "Integrating application programs for bioinformatics using a web browser" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 166-175, 1999 <br />
Arita M, Asai K, Nishioka T "Finding precursor compounds in secondary metabolism" Proceedings of 10th Genome Informatics Workshop (Genome Informatics Series Vol.10), Tokyo Japan, 113-120, 1999 <br />
Hagiya M, Arita M, Kiga D, Sakamoto K, Yokoyama S "Towards parallel evaluation and learning of boolean mu-formulas with molecules"<br />
DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:57-72, American Mathematics Society, 1999<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Solid phase DNA solution to the Hamiltonian path problem" DNA Based Computers III, H Rubin and DH Wood (editors), DIMACS series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 48:193-206, American Mathematics Society, 1999<br />
Arita M, Hagiya M, Suyama A "Joining and rotating data with molecules" Proceedings of IEEE 4th International Conference on Evolutional Computation (ICEC'97), Indianapolis USA, 243-248, IEEE Press, 1997<br />
Arita M, Suyama A, Hagiya M "A heuristic approach for Hamiltonian path problem with molecules" Proceedings of 2nd Annual Conference on Genetic Programming, Stanford USA, 457-462, Morgan Kaufmann, 1997<br />
Morimoto N, Arita M, Suyama A "Stepwise generation of Hamiltonian path with molecules" Proceedings of 1st International Conference on Biocomputing and Emergent Computation (BCEC'97), Skovde Sweden, 184-192, World Scientific, 1997<br />
Shimada T, Hagiya M, Arita M, Nishizaki S, Tan CL "Knowledge based simulation of regulatory action lambda phage" Proceedings of 1st International IEEE Symposium on Intelligence in Neural and Biological Systems (INBS '95), Washington DC. USA, 92-99, IEEE Press, 1995<br />
(Journal version listed above, with the same title.)<br />
Arita M "SIMFLY2: simulation of a fly embryo" Proceedings of 6th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 29-38, Universal Academy Press, 1995<br />
Arita M, Hagiya M, Shiratori T "GEISHA SYSTEM: an environment for simulating protein interaction" Proceedings of 5th Genome Informatics Workshop, Tokyo Japan, 80-90, Universal Academy Press, 1994<br />
}}<br />
<br />
==Reviews, Editorials, Book Chapters==<br />
{{#repeat:ArticleList/Row|1|<br />
Endo A, Maeno S, Tanizawa Y, Kneifel W, Arita M, Dicks L, Salminen S "Fructophilic Lactic Acid Bacteria, a Unique Group of Fructose-Fermenting Microbes" Applied and Environmental Microbiology, 84(19), 2018<br />
Kind T, Tsugawa H, Cajka T, Ma Y, Lai Z, Mehta SS, Wohlgemuth G, Barupal DK, Showalter MR, Arita M, Fiehn O "Identification of small molecules using accurate mass MS/MS search" Mass Spectrometry Reviews, 37(4):513-532, 2018 doi: 10.1002/mas.21535<br />
Carroll AJ, Salek RM, Arita M, Kopka J, Walther D. "Editorial: Metabolome Informatics and Statistics: Current State and Emerging Trends" Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 4:63, 2016<br />
Salek RM, Arita M, Dayalan S, Ebbels T, Jones AR, Neumann S, Rocca-Serra P, Viant MR, Vizcaino JA. "Embedding standards in metabolomics: the Metabolomics Society data standards task group" Metabolomics, 11(4), 782-783, 2015<br />
Arita M "From metabolic reactions to networks and pathways" Methods in Molecular Biology 804:93-106, Springer Verlag, 2012 ([[File:fromReactionsToPathways.pdf]])<br />
Arita M, Hagiya M, Takinoue M, Tanaka F "DNA Memory" In Handbook of Natural Computing (Volume II, Molecular Computation), Springer Verlag, 2011<br />
Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" Current Opinion in Biotechnology 20, 610-615, 2009 <br />
Fukushima A, Kusano M, Redestig H, Arita M, Saito K "Integrated omics approaches in plant systems biology" Current Opinion in Chemical Biology 13, 532–538, 2009<br />
Arita M, Fujiwara Y, Nakanishi Y "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM)" Chapter II.3 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 129-140, 2006<br />
Shinbo Y, Nakamura Y, Altaf-Ul-Amin Md, Asahi H, Kurokawa K, Arita M, Saito K, Ohta D, Shibata D, Kanaya S "KNApSAcK: A Comprehensive Species-Metabolite Relationship Database" Chapter II.6 In Plant Metabolomics (Eds. K Saito, RA Dixon, L Willmitzer) Biotechnology in Agriculture and Forestry Vol.57, Springer Verlag, 165-184, 2006<br />
Arita M "Scale-freeness and biological networks" Journal of Biochemistry, 138, 1-4, Oxford Univ Press, 2005 <br />
Arita M, Robert M, Tomita M "All systems go: launching cell simulation fueled by integrated experimental biology data" Current Opinion in Biotechnology, 16(3), 344-349, Elsevier, 2005 <br />
Arita M "Introduction to the ARM Database: Database on Chemical Transformations in Metabolism for Tracing Pathways" Chapter 13 (pp.193-211) In Metabolomics: The Frontier of Systems Biology (Tomita M and Nishioka T eds.) Springer verlag, 2005<br />
Arita M "Writing Information Into DNA" In Aspects of Molecular Computing (Jonoska N, Paun G, and Rozenberg G eds.), LNCS(2950), 23-35, Springer Verlag, 2004 ([[File:writingInformationIntoDNA.pdf]])<br />
}}<br />
<br />
==総説、書籍==<br />
研究以外の連載や本は[[User:Aritalab/Masanori_Arita/Publication-J|こちら]]を御覧ください。<br />
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# 有田正規、遠藤 明仁, 多田 一風太, 谷沢 靖洋, 遠野 雅徳「データベースから発見されたガセリ菌のサブグループ」化学と生物, 56(7), 459-460, 2018<br />
# 有田正規、津川裕司 「化学とメタボロミクス」 化学, 72(2), 26-30, 2017<br />
# 津川裕司、有田正規 「生体内の低分子代謝産物を網羅的に捉えるための新技術」化学と生物, 54(3), 151-153, 2016<br />
# 有田 正規,...,望月 敦史(代表) 計11名[http://coop-math.ism.ac.jp/info/coop-math-life 「数学協働プログラム提言 数理生命科学」] 文部科学省 科学技術試験研究委託事業「数理・生命科学」WG（統計数理研究所） 12/26, 2014<br />
# 美宅 成樹ほか [http://www.scj.go.jp/ja/info/kohyo/pdf/kohyo-22-h140917-1.pdf 「大容量情報時代の次世代生物学」] 日本学術会議 報告 (バイオインフォマティクス分科会), 9/17, 2014<br />
# 有田 正規「理系総合のための生命科学 第3版」羊土社 2013 (27章 生物情報科学)<br />
# 有田 正規（編）「使えるデータベース・ウェブツール」実験医学別冊 9月 29(15), 羊土社, 2011<br />
# 有田 正規 「代謝産物の検索に役立つデータベース：化合物の素性・素行を調べるウェブサイト」 実験医学9月号 Vol.28(14), 2301-2303, 2010<br />
# 有田 正規, 蓬莱 尚幸, 尾嶌 雄也, 二瓶 義人, 金谷 重彦, 西岡 孝明 「化合物情報とマススペクトルを活用するためのウェブ基盤」 CICSJ Bulletin, 27(2), 48-50, 日本化学会 情報化学部会, 2009<br />
# 有田正規, 諏訪和大 「Wikiによるフラボノイドのデータベース」実験医学増刊,「バイオデータベースとソフトウェア最前線」, 4月, 1148-1154, 羊土社, 2008<br />
# 福島敦史, 草野都, 有田正規, 斉藤和季 「植物メタボロミクス―代謝プロファイルからシステム解析へ」 実験医学, 1月号, 羊土社, 2008<br />
# 有田正規 「生体ネットワークをどう研究するべきか」 数理科学5月号(527)79-83, サイエンス社, 2007<br />
# 時松敏明, 有田正規 「代謝マップビューワで見るフラボノイド」 細胞工学, 25(12), 1388-1393, 2006<br />
# 小林徹也, 有田正規, 森下喜弘, 合原一幸 「細胞内現象のシステム的理解―今理論に何が求められているのか？」 システム/制御/情報 50(8), システム制御情報学会誌 2006<br />
# 杉峰伸明, 大塚一路, 有田正規, 合原一幸「ネットワーク的思考で生命現象をよみとく」（特集「意識・脳・身体の接続へ」）科学 76(3), 岩波書店 2006<br />
# 有田 正規 「スケールフリーにご用心」 蛋白質核酸酵素 12月号増刊「ゲノムから生命システムへ」50(16 Suppl), 2294-2299, 共立出版, 2005<br />
# 有田 正規、田口 良 「メタボロームによる脂質代謝パスウェイ解析」 実験医学増刊号 「ダイナミックに新展開する脂質研究 」23(6), 151-157, 羊土社, 2005<br />
# 有田 正規 「代謝マップを電子化するARMプロジェクト」CICSJ Bulletin, 22(4), 64-67, 日本化学会 情報化学部会, 2004<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの解析法」 バイオインダストリー 特集「システム生物学の最前線」21(9), 34-39, シーエムシー出版, 2004<br />
# 有田 正規 「ARMデータベース」（執筆分担） 冨田勝、西岡孝明（編） 「メタボローム研究の最前線」, シュプリンガー東京, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と高分子への応用」 炎症と免疫 11(6), 46-51, 先端医学社 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 蛋白質核酸酵素 48(7), 823-828, 共立出版, 2003<br />
# 有田 正規 「代謝は原子レベルで記述しよう －電子化の意義と将来性－」 JITAニュース March, 16-19, 日本産業技術振興協会, 2003<br />
# 有田 正規 「ベイジアンネットとバイオインフォマティクス」 人工知能学会誌 17(5), 539-545, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と有用物質の生産」 実験医学 9月号 1868-1872, 羊土社, 2002<br />
#「DNAコンピュータ」（執筆分担。第4章配列設計担当） 萩谷昌己、横森貴（編）, 培風館, 148-164, 2002<br />
# 有田 正規 「代謝ネットワークの情報解析」 日本計算工学会誌 6(1), 10-12, 2001<br />
# 有田 正規 「パスウェイマップの探索」 日本シミュレーション学会誌, vol.20(2), 16-20, 2001<br />
# 萩谷 昌己, 有田 正規 「分子計算とその物理的基礎」 日本物理学会誌, Vol.56, 6月号, 403-410, 2001<br />
# 有田 正規 「遺伝子ネットワークと確率モデル」 ベイジアンネットチュートリアル予稿集 (BN2001), 50-53, 2001<br />
# 有田 正規 「グラフで見る代謝」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.5, 149-156, 2000<br />
# 西川 明男, 有田 正規, 三好 直人, 萩谷 昌己 「DNA計算の塩基配列設計におけるバランスの指標について」 IPSJ Symposium Series Vol.2000, No.16, 67-69, 2000<br />
# 有田 正規, 西岡 孝明 「生体内化学反応の階層分類」 バイオインダストリー 特集「バイオインフォマティクス」, 17(7), 45-50, シーエムシー出版 2000 (再掲: DNAチップ応用技術 II 第6章, 227-236, シーエムシー出版 2001)<br />
# 有田 正規 「DNA計算における配列設計」 数理科学 特集「分子コンピューティング」, No.445 七月号, 32-38, サイエンス社 2000 (再掲：数理科学 SGCライブラリ31 「分子コンピュータの現状と展望」 萩谷昌己編著, II章3, サイエンス社 2004)<br />
# 有田 正規 「代謝系の再構築」（執筆分担。第4章の1担当） ポストシークエンスのゲノム科学シリーズ 「ゲノム情報生物学」 高木利久、冨田勝（編）, 148-164, 中山書店 2000<br />
# 角野宏司, 有田正規, 萩谷昌己, 白取知樹 「Computing-as-Editing(CAEP)に基づいた数式処理システムのユーザ・インタフェース」 インタラクティブシステムとソフトウェアIII, レクチャーノート/ソフトウェア学, 12, 161-170, 近代科学社 1995<br />
<br />
==Invited Talks and Lectures==<br />
<small>¢ ... support of hotel & participation fee only</small><br />
# Arita M "Cheminformatics for Predicting Structures from Mass Spectra" 1st Annual Conference of Chinese Society of Metabolomics (plenary), Shanghai, China, April 20 (19-21), 2019<br />
# Arita M "Open genome analysis in the post-genomic era" International Workshop on Data Science, Mishima, November 15 (12-15), 2018<br />
# Arita M "Computational Metabolomics" 6th Annual Korea Metabolomics Society (plenary), Seoul, Korea, April 6 (5-6), 2018<br />
# Arita M "Distribution of Glycosphingolipids Revealed by LipidBank" International Life Science Integration Workshop, Tokyo, March 5 (5-6), 2018 ¢<br />
# Arita M "Identifying Metabolites with Theoretical References" The 26th International KOGO Annual Conference (plenary), Seoul, Korea, Sep 6 (6-8), 2017<br />
# Arita M "Prediction of Molecular Structures from their Spectra" The 4th International Conference on Plant Metabolism (ICPM 2017), July 17 (16-20), 2017<br />
# Arita M "Computational Mass Spectrometry" SLING workshop `Mass spectrometry-based lipidomics of human blood plasma' National University of Singapore, May 2, 2017 (teleconference talk)<br />
# Arita M "Comprehensive Acquisition of MS/MS Spectra Benefits Database Research" 6th International Singapore Lipid Symposium, December 1 (Nov30-Dec1), 2015 ¢<br />
# Arita M "Impact of Metabolome Database in Plant Science" The 38th Naito Conference "Molecule-based biological systems", October 8 (7-10), Sapporo, Japan, 2014<br />
# Arita M "MassBank Past, Present and Future" Norman Massbank Workshop, September 17 (-18), Duebendorf, Switzerland, 2014 (no travel support)<br />
# Arita M "Genetic, Protein, and Metabolic Networks: Which Choice Is Amenable to Modelling" International Conference on Mathematical Modeling and Applications (ICMMA 2013), November 28 (26-28), Tokyo, Japan, 2013<br />
# Arita M "Cyberinfrastructure for metabolomics and synthetic biology" International Symposium on Biotechnology for Green Growth, October 24 (-26), Kobe, Japan, 2012 ¢<br />
# Arita M "What can metabolomics learn from genomics and proteomics?" International Conference of Research and Application on Traditional Complementary and Alternative Medicine (TCAM), June 22 (21-23), Muhammadiyah University of Surakarta (Indonesia), 2012<br />
# Arita M "Update on Lipid Databank and other lipidomics initiatives" EMBL-EBI Industry Programme & MetaboLights Project Workshop May 22, Hinxton, 2012<br />
# Arita M "Wiki-based Databases: Integration of knowledge through the web" C-NAIR Seminar Nasional, Gadjah Mada University (Indonesia) Dec 5, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Structural Classification for PKS in Aspergilli" IUMS2011 (International Union of Microbiological Societies Congress), Sep 9 (6-10), Sapporo, 2011 (no travel support)<br />
# Arita M "Knowledge Management using a Wiki-based System and its Application to Mass Spectra" EBI Seminar, April 19, EBI, Hinxton UK, 2011<br />
# Arita M "Wiki-based platform for PKS in Aspergilli" Pacifichem, Dec 19 (15-20), Honolulu (Hawaii), 2010 ¢<br />
# Arita M "Circulating information and knowledge through a cyber-infrastructure" Mass Spectrometry Informatics in Systems Biology (MSiB) Oct 28-29, Helsinki, 2010 [JSPS Japan-Finland Bilateral Workshop (self-organized)]<br />
# Arita M "Integration of Flavonoid Information through Wiki" Satellite Symposium of 4th International Conference on Polyphenols and Health (ICPH2009), Dec 11 (7-11), Yorkshire England, 2009 ¢<br />
# Arita M "Web-based Resources for Metabolomics", Tutorial at the CBI-KSBSB joint conference (Bioinfo2009), Nov 4 (4-6), Haeundae Busan Korea, 2009 ¢<br />
# Arita M "Data Management of Cross-disciplinary Information using Wiki", 16th International Conference on Cytochrome P450, June 21 (21-25), Okinawa Japan, 2009<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Analysis using Wiki", The Sixth International Aspergillus Meeting (Asperfest 6), March 15-17, Monterey USA, 2009 ¢<br />
# Arita M "Wiki-based Database of Secondary Metabolites", JSPS-KOSEF Joint Seminar -Pioneering researches on fungal molecular biology-, November 19-20, Kanazawa Japan, 2008<br />
# Arita M "Computational Analysis of Metabolism" iPlant Mechanistic modeling grand challenge workshop, November 7-10, Biosphere2 Arizona USA, 2008<br />
# Arita M "Software Tools to Study Flavonoids", Systems Biology and Bioinformatics Symposium (SBBS07), March 27-29 Taipei Taiwan, 2007<br />
# Arita M "Databaes for Flavonoids and Measurement in Arabidopsis", 2nd International Symposium on Environmental Metabolomics, March 24-25, University of Louisville(KY), USA, 2007<br />
# Arita M "Metabolic Pathway Chart for Flavonoid", 2nd Taiwan-Japan Bilateral Symposium on Bioinformatics, Nov 7-9, Tainan Taiwan, 2006<br />
# Arita M " Atomic-level analysis of metabolism and mass spectral database", Invited Lecture Course, May9-14, Center for Regulatory, Environmental, Analytical Metabolomics, University of Louisville(KY), USA, 2006<br />
# Arita M "Metabolomics in Japan and the Need for a Metabolic Map Editor", 1st Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics, March 13-17, Tokyo Japan, 2006 ¢<br />
# Arita M "ARM Database for Interactive Metabolic Maps", 1st International BioPAX Symposium, November 18, Tokyo Japan, 2005 ¢<br />
# Arita M "Map Editor for the Atomic Reconstruction of Metabolism", 1st Louisville Symposium on Environmental Metabolomics, November 5-6, Louisville (KY) USA, 2005<br />
# Arita M "Interpretation of Metabolic Networks", 50th NIBB Conference, Structure and Dynamics of Complex Biological Networks, February 8-10, Okazaki Japan, 2005<br />
# Arita M "Scale-free Network and Biological Network", Invited Lecture Course, June 9 - 13, Centre National de la Recherche Scientifique, Marseille, France, 2004<br />
# Arita M "Computer Applications for Metabolome Analysis", ICSB2002 Satellite Meeting "Metabolome Analysis and Systems Biology", December 16, Stockholm Sweden, 2002 ¢<br />
# Arita M "Computer Applications for Comprehensive Metabolite Analysis", Cambridge Healthtech Institute's Second Annual Metabolic Profiling: Pathways in Discovery, December 2 - 3, Research Triangle Park (North Carolina) USA, 2002<br />
# Arita M "Atomic Representation of Metabolism", Invited Lecture Course, June26 - July 2, Department of Computer Science, University of Helsinki, Finland, 2002<br />
# Arita M "Atomic Reconstruction of Metabolism (ARM) Project", Workshop on Protein Interaction and Clinical Data Analysis, May 28 - 31, National University of Singapore, 2002<br />
# Hagiya M. and Arita M "Several Approaches to Bio-simulation", International Symposium on Human Genome Project and Computer Science Sanjo Hall, March 9-10, Tokyo University, 1995 ¢<br />
<br />
==招待講演、トークイベント== <br />
# 有田 正規 「データ時代における学術出版とデータベース」第90回日本医学図書館協会総会, 5/31, 2019<br />
# 有田 正規 「学術データは誰のものか」日本医学会第五回研究倫理教育研修会, 5/30, 東京, 2019<br />
# 有田 正規 「元素から眺める地球・生命・食事」静岡県保育所連合会東部支部総会, 5/14, 沼津, 2019<br />
# 有田 正規 「生薬情報のデータベース」薬用資源の持続的利用促進に関する研究会, 11/21, 草津（滋賀）, 2018<br />
# 有田 正規 「遺伝子から見た地球生命」静岡県教育研究会夏季研究大会（理科）, 8/8, 三島, 2018<br />
# 有田 正規 「生命科学データ共有のあり方」Japan Open Science Summit, 6/19, 東京, 2018<br />
# 有田 正規 「DNAレベルからみたミシマサイコ」ミシマサイコの会 3/24 三島 2018<br />
# 有田 正規 「たべものは体の中でどうなるか」三島遺伝学講座 3/4 三島 2018<br />
# 有田 正規 「これからのスペクトルデータベース」日本質量分析学会第65回質量分析総合討論会（基調講演） 5/17 つくば 2017<br />
# 有田 正規 津川裕司 「MS2スペクトルのフラグメンテーション解析と前駆体構造予測」日本分子生物学会年会 シンポジウム「生命システムを俯瞰するための質量分析情報解析技術とデータベースの活用」 11/30 横浜 2016<br />
# 有田 正規 「クリエイティブは毒か薬か」 三島市クリエイティブファクトリー 「うるまの部屋」第一回 9/16 2016<br />
# 有田 正規 「Comprehensive lipidomics and Mass/LipidBank databases」日本分子生物・生化学会大会（BMB2015）シンポジウム「リピドミクスから見えてきた脂質の新機能 –基礎から臨床まで-」12/4 神戸 2015<br />
# 有田 正規 「科学者から見た学術のオープン化」林和弘氏、有田正規氏講演会「オープンな知がイノベーションを生む -オープンサイエンスの潮流と図書館の可能性-」(東大新図書館トークイベント14) 10/17 東京 2015<br />
# 有田 正規 「代謝の杜:分子の食物連鎖」[http://izukeidai.tumblr.com/post/128890729785/%E5%A4%A7%E8%AC%9B%E5%A0%82%E3%82%A4%E3%82%BA%E3%82%B1%E3%83%BC%E5%A4%A7%E3%81%AB%E6%9C%AC%E7%89%A9%E3%81%AE%E6%95%99%E6%8E%88%E3%81%AE%E8%AC%9B%E7%BE%A9%E7%99%BB%E5%A0%B4%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E6%89%80-1%E6%9C%89%E7%94%B0%E6%AD%A3%E8%A6%8F%E6%95%99%E6%8E%88-22%E6%97%A5 地域イベント伊豆経済大学] 9/22 三島 2015<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「ノンターゲットMS/MSによる藻類脂質の網羅的解析とデータベース化」 健康・長寿研究談話会（旧ホスファチジルセリン研究会）11/7 品川 2014<br />
# 有田 正規 "Database for Biology: which data deserve maintaining?" 第52回日本生物物理学会年会 シンポジウム「大容量生命情報時代の新しい生物学とは？」(兼オーガナイザ) 9/27 (25-27) 札幌 2014<br />
# 有田 正規 津川 裕司 「藻類メタボロミクス：植物との違い」日本植物学会第78回大会シンポジウム「バイオリソースとゲノム情報から考える藻類研究の未来形」 9/12 (12-14) 東京 2014<br />
# 有田 正規 「マススペクトルのデータベースを使いこなす」第31回日本植物細胞分子生物学会 バイオインフォマティクス講習会 9/12 (10-12) 札幌 2013<br />
# 有田 正規 「和漢薬データベースの構築」日本薬学会第133年会 シンポジウム "和漢薬の科学基盤：共同研究による先駆的統合的解明" 3/29 (27-30) 横浜 2013<br />
# 有田 正規 「ポリケチド合成酵素の進化解析」革新的バイオマテリアル実現のための高機能化ゲノムデザイン技術開発キックオフシンポジウム 10/30 東京 2012<br />
# 有田 正規 「Knowledge Management using a Wiki-based System」 細胞を作る研究会 4.0 10/27(-28) 大阪 2011<br />
# 有田 正規 「コミュニティとして機能するためのインフラストラクチャ」第84会日本生化学会大会シンポジウム "ゲノムデザインの最前線" 9/22 (21-24) 京都 2011<br />
# 有田 正規 「ウェブを通じた生薬知識のアウトリーチ」南方資源利用技術研究会 11/26 那覇 2010<br />
# 長谷川禎彦 有田正規 「細胞内のノイズと遺伝子スイッチ」細胞を作る研究会 3.0 11/12(-13) 駒場 2010<br />
# 有田 正規 「Wikiを通じて学会をまとめよう 代謝データベースを例に」 第20回記念微生物資源ワークショップ 11/14 (13-14) 修善寺 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬の知識流通を促すウェブ基盤の構築」 第30回和漢医薬学総合研究所特別セミナー「和漢薬とインフォマティクス」 10/9, 富山 2009<br />
# 有田 正規 「和漢薬Wikiデータベースの開発」 第26回和漢医薬学会学術大会 メインテーマ企画「生薬とデータベース」 8/29 (29-30), 幕張 2009<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス解析におけるインフォマティクス」 日本薬物動態学会第２回ビジョン・シンポジウム 6/6 (5-6), 本郷 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるマススペクトルの共有と知識抽出」 日本質量分析学会 第57回質量分析総合討論会ワークショップ 「マススペクトルを日本発のツールで解析、整理しよう」 5/14, 大阪 2009<br />
# 有田 正規 「Wikiによるオミクスデータ管理と知識発見」 農芸化学会大会シンポジウム「OMICSを基盤とした生物機能の戦略的高度化と物質生産」3/29 福岡 2009<br />
# 有田 正規 「百科事典とデータベースを区別できない生物学者」 BMB2008 日本分子生物・生化学会合同年会シンポジウム「最新メタボロミクス事情と植物科学への貢献」(兼オーガナイザ) 12/12 神戸 2008<br />
# 有田 正規 「バイオデータベースのあるべき姿」 第五回 コンビナトリアル・バイオエンジニアリング会議 11/7 大阪 2008<br />
# 有田 正規 「メタボロームデータベースを統合する：*Bankと*Wiki」 第2回メタボロームシンポジウム(兼実行委員) 10/30 鶴岡 2008<br />
# 有田 正規 「Wiki をもちいたデータベース設計」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第7回連携研究会 9/13, Spring-8普及棟 2008<br />
# 有田 正規 「ウィキによるフラボノイドのデータベース」 日本植物生理学会年会 シンポジウム「データベースの中に築く生物像」 3/20, 札幌 2008<br />
# 有田 正規 「化学構造と植物種をつなぐフラボノイドデータベース」 日本化学会 化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム 12/7, 東京 2007<br />
# 有田 正規 「メタボロミクス －代謝を研究する新しいOmics分野－」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第六回連携研究会 8/4, Spring-8普及棟 2007<br />
# 有田 正規 「マススペクトルデータベースMassBankの検索技法」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会ワークショップ 「ケミカルバイオロジーとマススペクトルデータベース」 5/15, 広島 2007<br />
# 有田 正規 「原子レベルでみる代謝ネットワーク」 京大理 数学教室 研究集会「スケールフリーネットワークとランダムグラフ」 1/27, けいはんな 2007<br />
# 有田 正規 「化学構造データベースから代謝経路へ」 奈良先端大 植物科学研究教育推進ユニットワークショップ 「植物研究にいかに役立てるか、『システム生物学』」 12/12, 奈良 2006<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップによるメタボローム解析」 日本医用マススペクトル学会 シンポジウム 「メタボローム解析への質量分析の応用」9/29, 名古屋 2006<br />
# 有田 正規 「バクテリアの代謝はどこまでわかっているか」 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第五回連携研究会 8/12, Spring-8普及棟 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ 」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロミクスとバイオインフォマティクス」5/26, 大阪 2006<br />
# 有田 正規 「メタボロームは本当に網羅的か」 日本分子生物学会 年会シンポジウム 12/7, 福岡 2005<br />
# 有田 正規「バイオインフォマティクスの環境バイオへの適用可能性」 環境バイオ・新規提案検討国際ワークショップ －微生物集団機能の高効率利用・デザイン化技術の創出のために－ 10/21, 東京 2005<br />
# 有田 正規「生体ネットワークの大域情報と局所情報をつなぐソフトウェア」 第10回分生研シンポジウム「情報生物学」9/22, 東京 2005<br />
# 有田 正規「代謝のネットワークとスケールフリー性」 日本数理生物学会 第15回大会シンポジウム 「複雑ネットワークの展開」 9/16, 横浜 2005<br />
# 有田 正規 「メタボロームのための代謝パスウェイ電子マップ」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」5/26, 大宮 2005<br />
# 有田 正規 「マップエディタを用いたオンデマンドの代謝解析」 日本農芸化学会シンポジウム「モノづくりの代謝工学」 3/29, 札幌 2005<br />
# 有田 正規 「代謝のネットワーク解析：大域的特徴から分子構造変化まで」 (財)新世代研究所 中性子生体ナノマシン・バイオナノ合同研究会 1/28, 東海村 2005<br />
# 有田 正規 「お気楽マップエディタによる代謝解析」 日本分子生物学会 年会ワークショップ 「メタボローム研究の新展開」 12/10, 神戸 2004<br />
# 有田 正規 「生物ネットワークとスケールフリー性」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「分子ネットワークのシステム特性」 10/16, 横浜 2004<br />
# 有田 正規 「脂質代謝を原子レベルで表現するデータベース」 日本脂質栄養学会 第13回大会 9/3, 酒田 2004<br />
# 有田 正規 「インタラクティブ代謝マップに基づくメタボローム解析」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「メタボロームとＭＳ」6/4, 名古屋 2004<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化と機能予測」 新資源生物変換研究会シンポジウム 12/5, 東京 2003<br />
# 有田 正規 「代謝データベースとその盲点」 日本生化学会 全国大会シンポジウム 「メタボローム研究の最前線」 10/15, 横浜 2003<br />
# 有田 正規 「代謝の電子化プロジェクト」 日本質量分析学会 質量分析総合討論会シンポジウム 「ポストゲノム時代を担う若手研究者」 5/16, つくば 2003<br />
# 有田 正規 「ARMプロジェクト： 細胞内代謝の電子化技術」 基礎生物学研究所研究会「生命科学におけるInformaticsと Mathematics」 3/11-12, 岡崎 2003<br />
# 有田 正規 「大腸菌の代謝経路再構築」 JST異分野研究者交流フォーラム 3/1-2, 大仁 2002<br />
# 有田 正規 「計算論的バイオテクノロジー」 計測自動制御学会 第7回創発システムシンポジウム「創発夏の学校」, 8/24-26, 富山, 2001<br />
<br />
==Meeting series and Workshops==<br />
* AYRCOB Conference Series (http://ayrcob.org/) 2008-2016<br />
* International Metabolomics Society<br />
** Board Member (2014 Oct-2016 Sep)<br />
** Organization and talks<br />
*** Workshop "Data Sharing and Standardisation" (SF, 29 Jun, 2015; Dublin, 27 Jun 2016; Brisbane, 26 Jun, 2017)<br />
*** NSF-JST "Metabolomics for a Low Carbon Society", San Francisco, 28 Jun 2015<br />
*** JST-NSF "Metabolomics Measurement Technology and Application" Tsuruoka, 23 Jun 2014<br />
* Annual Metabolome Symposium (domestic) 2006-2018<br />
** Mishima meeting (2015)<br />
* NII Shonan meeting "Computational metabolomics", March 20-23, Shonan, 2017 (organizer)<br />
* NIG International Symposium (commemorating DDBJ 30th) "Life, Environment and Evolution revealed by Genomes" (general chair)<br />
* ROIS International Workshop on Data Science (DSWS2018) "Present & Future of Open Data & Open Science" (local organizer)</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Basic/Probability_Generating_FunctionAritalab:Lecture/Basic/Probability Generating Function2019-08-07T01:03:36Z<p>Adm: /* 平均と分散 */</p>
<hr />
<div>{{Lecture/Header}}<br />
<br />
==まとめ==<br />
<br />
確率母関数 <math>G_X(z)</math> が与えられたとき<br />
* 平均 <math>E(X) = G_X'(1) \,</math><br />
* 分散 <math>V(X) = G_X''(1) + G_X'(1) - G_X'(1)^2 \,</math><br />
<br />
{| class ="wikitable"<br />
! 分布名 || 分布関数 || 母関数 || 平均 || 分散<br />
|-<br />
| 一様分布 || <math>\frac{1}{n}\ </math> || <math>\frac{1}{n} (1 + z + z^2 \cdots z^{n-1})\ </math> || <math>\frac{n-1}{2}\ </math> || <math>\frac{n^2 - 1}{12}\ </math><br />
|-<br />
| ポアソン分布 || <math>e^{\lambda} \frac{\lambda^k}{k!}\ </math> || <math>e^{\lambda (z-1)}\ </math> || <math>\lambda\ </math> || <math>\lambda\ </math> <br />
|-<br />
| 指数分布 || <math>\lambda e^{- \lambda k}\ </math> || <math>\frac{1}{1 - k/\lambda}\ </math> || <math>1 / \lambda\ </math> || <math> 2 / \lambda^2\ </math><br />
|}<br />
<br />
==確率母関数==<br />
<br />
ある確率分布 '''Pr'''<math>(X=k)</math> の確率母関数 (probability generating function または pgf) を以下のように定義します。<br />
<br />
<math>\textstyle G_X(z) = \Sigma_{k=0}^{\infty}\mbox{Pr}(X=k)z^k</math><br />
<br />
確率<math>\mbox{Pr}(X=k)</math>は全て正の値で ''k'' について全て足しあわせると 1 になります。<br />
<br />
<math>\textstyle G_X(1) <br />
= \Sigma_{k=0}^{\infty}\mbox{Pr}(X=k)z^k <br />
= \Sigma_{k=0}^{\infty}\mbox{Pr}(X=k) = 1</math><br />
<br />
逆に係数が非負で <math>G(1) = 1</math> であるようなべき級数 <math>G(z)</math> があれば、それは何らかの確率母関数といいます。<br />
<br />
===平均と分散===<br />
確率母関数を使うと平均と分散の計算が容易にできます。<br />
<br />
<math>\textstyle<br />
\begin{align}<br />
E(X) &= \Sigma_{k=0}^{\infty}k\mbox{Pr}(X=k) \\<br />
&= \Sigma_{k=0}^{\infty}\mbox{Pr}(X=k) \cdot kz^{k-1} \bigg|_{z=1} \\<br />
&= G_X'(1)<br />
\end{align}<br />
</math><br />
<br />
<math>\textstyle<br />
\begin{align}<br />
E(X^2) &= \Sigma_{k=0}^{\infty}k^2\mbox{Pr}(X=k) \\<br />
&= \Sigma_{k=0}^{\infty}\mbox{Pr}(X=k) \cdot \big( k(k-1) z^{k-2} + kz^{k-1} \big) \bigg|_{z=1} \\<br />
&= G_X''(1) + G_X'(1)<br />
\end{align}<br />
</math><br />
<br />
したがって<br />
<br />
<math>\textstyle<br />
V(X) = G_X''(1) + G_X'(1) - G_X'(1)^2<br />
</math><br />
<br />
==一様分布==<br />
''n''次の一様分布 (uniform distribution) とは確率変数が<math>{0, 1, \ldots, n-1}</math>の値を確率<math>1/n</math>でとるものです。<br />
<br />
<math>\textstyle<br />
\mbox{Pr}(X=k) = 1/n<br />
</math><br />
<br />
確率母関数は以下の等比級数になります。<br />
<math>\textstyle<br />
\mbox{U}_n(z) = \frac{1}{n}(1 + z + \cdots + z^{n-1}) = \frac{1}{n}\frac{1-z^n}{1-z}<br />
</math><br />
<br />
この式は<math>1-z</math>を分母に含んでしまうため、<math>\mbox{U}_n'(1)</math>や<math>\mbox{U}_n''(1)</math>を求める際に不都合です。そこでテイラーの定理を応用します。<br />
<br />
<math><br />
G(1+t) = G(1) + \frac{G'(1)}{1!} t + \frac{G''(1)}{2!} t^2 + \frac{G'''(1)}{3!} t^3 + \cdots<br />
</math><br />
<br />
この係数、つまり<math>G(z)</math>の導関数を以下の式と見比べます。<br />
<br />
<math><br />
\begin{align}<br />
\mbox{U}_n(1+t) &= \frac{1}{n}\frac{(1+t)^n - 1}{t} \\<br />
&= \frac{1}{n}\binom{n}{1} + \frac{1}{n}\binom{n}{2} t + \frac{1}{n}\binom{n}{3} t^2 + \cdots + \frac{1}{n}\binom{n}{t} t^{n-1}<br />
\end{align}<br />
</math><br />
<br />
ここから<br />
<br />
<math>\textstyle<br />
\mbox{U}_n(1) = 1 \quad<br />
\mbox{U}_n'(1) = \frac{n-1}{2} \quad<br />
\mbox{U}_n''(1) = \frac{(n-1)(n-2)}{3} \quad<br />
</math><br />
<br />
平均と分散は<br />
<br />
<math>\textstyle<br />
\mbox{U}_n'(1) = \frac{n-1}{2} <br />
\quad<br />
\mbox{U}_n''(1) + \mbox{U}_n'(1) - \mbox{U}_n'(1)^2 = \frac{n^2-1}{12}.<br />
</math><br />
<br />
==連続分布と積率母関数==<br />
<br />
積率母関数の説明を入れる。<br />
<br />
<br />
==ポアソン分布==<br />
<br />
ポアソン分布とは単位時間中に平均 <math>\lambda</math> 回発生する事象がちょうど ''k'' 回発生する確率をあらわしています。<br />
<br />
<math><br />
\mbox{Pr}(X=k) = e^{-\lambda}\frac{\lambda^k}{k!}<br />
</math><br />
<br />
離散型の確率母関数では<br />
<br />
<math><br />
G(z) = \sum_{k=0}^{\infty} e^{-\lambda}\frac{\lambda^k}{k!} z^k <br />
= e^{-\lambda}\sum_{k=0}^{\infty}\frac{(\lambda z)^k}{k!}<br />
= e^{-\lambda} e^{\lambda z} = e^{\lambda (z-1)}<br />
</math><br />
<br />
平均と分散は<br />
<br />
<math><br />
\mbox{G}'(1) = \lambda \quad \mbox{G}''(1) + \mbox{G}'(1) - \mbox{G}'(1)^2<br />
= \lambda<br />
</math><br />
<br />
連続型の積率母関数では<br />
<br />
==指数分布==<br />
<br />
<math><br />
\mbox{Pr}(X=k) = \lambda e^{-\lambda x}<br />
</math><br />
<br />
確率母関数は<br />
<math><br />
\begin{align}<br />
G(z) &= \lambda \sum_{k=0}^{\infty} e^{-\lambda k} z^k<br />
= \lambda \sum_{k=0}^{\infty} (e^{-\lambda}z)^k<br />
= \frac{\lambda e^\lambda}{e^\lambda - z}<br />
\end{align}<br />
</math><br />
<br />
平均と分散は</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/NetworkBiology/CytoscapeAritalab:Lecture/NetworkBiology/Cytoscape2019-06-14T02:09:13Z<p>Adm: /* ネットワークのレイアウト */</p>
<hr />
<div>==Cytoscapeによるネットワーク可視化==<br />
<br />
Cytoscapeは1990年代から継続して開発されるネットワーク可視化ツールです。もともとタンパク質相互作用ネットワークを表示するために作られたのでCytoscape（当時はNetscapeブラウザが隆盛だった）と名付けられました。画像が美しいので次第に多くのユーザに使われ、JavaScriptによるウェブ版もできました。<br />
<br />
===インストール===<br />
Cytoscape v.3 は Java8 でしか動きません。起動しても"The maximum heap size (-Xmx) might be too large or an antivirus or firewall tool could block the execution..." というメッセージが出るだけの場合、Java8 が使われているか確認してください。Windows の場合は https://cytoscape.org/troubleshooting.html に環境確認バッチファイルが用意されています。<br />
<br />
Java8はAdoptOpenJDK (https://adoptopenjdk.net/) からインストールしましょう。Oracleは無償サポートを廃止するため、あまりお薦めしません。AdoptOpenJDKをインストールする際に、JAVA_HOME等を自動設定するスクリプトをONにすると楽です。<br />
<br />
===ネットワークの読み込み===<br />
初期画面でサンプル例を選ぶとすぐにネットワークを見られます。自前のデータはタブ区切りテキストやExcelファイルからでも読み込め、Excelの場合は頂点とするカラムを指定できます。<br />
<tt>File -> Import -> Table from File</tt><br />
<br />
===ネットワークのレイアウト===<br />
Layout メニューから選択。yFilesレイアウトとあるのは、yFilesという描画パッケージに基づくもの。<br />
* グリッド ... 碁盤の目に置く形でほとんど使えない<br />
* 階層型 ... 樹状のフローチャート以外には使えない<br />
* 円環状 ... アトリビュートと呼ばれる特徴（次数などの中心度）に基づいてソートすると便利。次数の大きな頂点や次数相関をみられる。<br />
* 直線状 ... これもほとんど使えない<br />
* Prefuse Force ... 力学モデルに基づくレイアウト。Prefuseとは同名の描画Javaパッケージのこと。</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/NetworkBiology/CytoscapeAritalab:Lecture/NetworkBiology/Cytoscape2019-06-14T01:55:37Z<p>Adm: /* ネットワークのレイアウト */</p>
<hr />
<div>==Cytoscapeによるネットワーク可視化==<br />
<br />
Cytoscapeは1990年代から継続して開発されるネットワーク可視化ツールです。もともとタンパク質相互作用ネットワークを表示するために作られたのでCytoscape（当時はNetscapeブラウザが隆盛だった）と名付けられました。画像が美しいので次第に多くのユーザに使われ、JavaScriptによるウェブ版もできました。<br />
<br />
===インストール===<br />
Cytoscape v.3 は Java8 でしか動きません。起動しても"The maximum heap size (-Xmx) might be too large or an antivirus or firewall tool could block the execution..." というメッセージが出るだけの場合、Java8 が使われているか確認してください。Windows の場合は https://cytoscape.org/troubleshooting.html に環境確認バッチファイルが用意されています。<br />
<br />
Java8はAdoptOpenJDK (https://adoptopenjdk.net/) からインストールしましょう。Oracleは無償サポートを廃止するため、あまりお薦めしません。AdoptOpenJDKをインストールする際に、JAVA_HOME等を自動設定するスクリプトをONにすると楽です。<br />
<br />
===ネットワークの読み込み===<br />
初期画面でサンプル例を選ぶとすぐにネットワークを見られます。自前のデータはタブ区切りテキストやExcelファイルからでも読み込め、Excelの場合は頂点とするカラムを指定できます。<br />
<tt>File -> Import -> Table from File</tt><br />
<br />
===ネットワークのレイアウト===<br />
Layout メニューから選択<br />
* グリッド ... 碁盤の目に置く形でほとんど使えない<br />
* 階層型 ... 樹状のフローチャート以外には使えない<br />
* 円環状 ... アトリビュートと呼ばれる特徴（次数などの中心度）に基づいてソートすると便利。次数の大きな頂点や次数相関をみられる。<br />
* 直線状 ... これもほとんど使えない<br />
* Prefuse Force ... 力学モデルに基づくレイアウト。Prefuseとは同名の描画Javaパッケージのこと。</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/NetworkBiology/CytoscapeAritalab:Lecture/NetworkBiology/Cytoscape2019-06-13T06:21:03Z<p>Adm: Created page with "==Cytoscapeによるネットワーク可視化== Cytoscapeは1990年代から継続して開発されるネットワーク可視化ツールです。もともとタンパク..."</p>
<hr />
<div>==Cytoscapeによるネットワーク可視化==<br />
<br />
Cytoscapeは1990年代から継続して開発されるネットワーク可視化ツールです。もともとタンパク質相互作用ネットワークを表示するために作られたのでCytoscape（当時はNetscapeブラウザが隆盛だった）と名付けられました。画像が美しいので次第に多くのユーザに使われ、JavaScriptによるウェブ版もできました。<br />
<br />
===インストール===<br />
Cytoscape v.3 は Java8 でしか動きません。起動しても"The maximum heap size (-Xmx) might be too large or an antivirus or firewall tool could block the execution..." というメッセージが出るだけの場合、Java8 が使われているか確認してください。Windows の場合は https://cytoscape.org/troubleshooting.html に環境確認バッチファイルが用意されています。<br />
<br />
Java8はAdoptOpenJDK (https://adoptopenjdk.net/) からインストールしましょう。Oracleは無償サポートを廃止するため、あまりお薦めしません。AdoptOpenJDKをインストールする際に、JAVA_HOME等を自動設定するスクリプトをONにすると楽です。<br />
<br />
===ネットワークの読み込み===<br />
初期画面でサンプル例を選ぶとすぐにネットワークを見られます。自前のデータはタブ区切りテキストやExcelファイルからでも読み込め、Excelの場合は頂点とするカラムを指定できます。<br />
<tt>File -> Import -> Table from File</tt><br />
<br />
===ネットワークのレイアウト===</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/SystemsBiologyAritalab:Lecture/SystemsBiology2019-06-07T02:05:18Z<p>Adm: /* システム生物学概論 */</p>
<hr />
<div>==システム生物学概論==<br />
<br />
===概要===<br />
オーム研究とも呼ばれる網羅的な実験結果を処理するための、統計的、グラフ論的手法について簡単に解説します。特に、遺伝子や代謝のネットワーク解析、ネットワークモチーフなど、「生命をシステムとして理解する」という概念やアプローチを紹介します。<br />
<br />
===授業内容===<br />
* ネットワーク生物学<br />
** [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Barabasi-Albert_Model|スケールフリーネットワーク]]<br />
** [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Link_Analysis|リンク解析、ページランク]]<br />
** [[Aritalab:Lecture/NetworkBiology/Software|ネットワーク用ソフトウェア]]<br />
** [[Aritalab:Lecture/Biochem/Modularity|生体のモジュラリティ]]<br />
<br />
* システム生物学<br />
** [[Aritalab:Lecture/Biochem/Modularity|モジュラリティ]]<br />
** [[Aritalab:Lecture/Biochem/Database|タンパク質データベース]]<br />
** [[Aritalab:Lecture/Biochem/Database|代謝データベース]]<br />
** [[Aritalab:Lecture/Biochem/Proteomics|タンパク質の測定]]<br />
** [[Aritalab:Lecture/Math/LR|回帰分析]]<br />
** [[Aritalab:Lecture/Math/PCA|主成分分析]]<br />
** [[Aritalab:Lecture/Math/PLS|PLS分析]]</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Biochem/Modularity/NFAritalab:Lecture/Biochem/Modularity/NF2019-06-06T19:35:59Z<p>Adm: /* MAPK カスケードと負のフィードバック */</p>
<hr />
<div>__FORCETOC__<br />
<br />
==MAPK カスケードと負のフィードバック==<br />
ここでは Cell Designer ソフトウェアを用いて、MAPK カスケードのシミュレーションを実感することを目標としています。<br />
Cell Designer ソフトウェアのデータベースBioModelsから、 MAPK を検索してBIOMD0000000010を選択してください。<br />
{|<br />
|valign="top"|<br />
Mitogen-activated Protein Kinase (MAPK) は全身の細胞で発現し、細胞外のシグナルを核内に伝える代表的なシグナル伝達経路です。<br />
MAPK とは総称で、代表的なものにERK1/2があります。ここでは MAPK が MAPキナーゼキナーゼ (MAPKK) により 2 段階のリン酸化を受け、MAPKK はMAPKKキナーゼにより 2 段階のリン酸化を受けるモデルになっています。最終的にできるMAPK二リン酸は、MKKK を抑制しています。<br />
左図の右下から左上に戻ってくる経路 （抑制する反応を┴型で表現) が、抑制効果を表しています。<br />
このサイクルには、一つだけ「抑制」の効果があるので、負のフィードバックループになっています。<br />
|valign="top"|<br />
[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MAPK.png|400px|MAPK pathway by Cell Designer]]<br />
|}<br />
{|<br />
|valign="top"|<br />
BioModelsからダウンロードしたモデルが上のモデルと同じかどうかは一見わかりにくいですが、エディタでタンパク質の位置関係を整理すると、同じモデルであることがわかります。<br />
* MAPK ... Erk2<br />
* MKK ... Mek1<br />
* MKKK ... Mos<br />
という対応関係です。最後のMAPKによるフィードバック部分は<br />
MKKK / ((1 + pow(MAPK_PP / Ki, n)) * (K1 + MKKK))<br />
というヒル式になっています。<br />
|valign="top"|<br />
[[File:0000000010.png|400px|MAPK pathway by Cell Designer]]<br />
|}<br />
<br />
{|<br />
|valign="top"|<br />
とりあえず経路全体をシミュレーションしてみます（Simulationパネル）。8種のタンパク質が複雑な動きをすることがわかります。<br />
<br />
初期値をみると Mos, Mek1, Erk2 がそれぞれ 90, 280, 280 になっています。(リン酸化されていない初期状態。) シミュレーション結果のグラフでは、黄色、赤、緑色の線がそれぞれ 90, 280, 280 の値からスタートしているのがわかります。<br />
残りの初期値はすべて 10 になっていて、全てリン酸化されたタンパク質を表現しています。Mek1, Erk2 は2段階のリン酸化がおこなわれます。<br />
|valign="top"|<br />
[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MAPKsim.png|300px|MKKK and MKK]]<br />
|}<br />
<br />
{|<br />
|valign="top"|<br />
ここでフィードバックに当たる部分のヒル式を MKKK / (K1 + MKKK) 形に修正し、フィードバックをなくします。ループがないため、MosとMos-P（リン酸化された状態）が平衡状態、つまり量の変動がない状態に落ち着きます。<br />
<br />
左図で黄色が Mos-P, 赤色が Mos です。全ての Mos がリン酸化されてそのまま動かないことがわかります。<br />
Mos とMos-Pはそれぞれ 90, 10 が初期値だったので合計した 100 が最終的な Mos-P の量になっています。<br />
|valign="top"|<br />
[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MKKKonly.png|300px|MAPK pathway by Cell Designer]]<br />
|}<br />
<br />
{|<br />
|valign="top"|<br />
つぎにシミュレーションパネルのチェックボックスを利用して、Mos, Mek1だけの表示にしてみます。フィードバックループがないため、やはり量の変動がない状態に落ち着くはずです。<br />
|valign="top"|<br />
[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MKKKandMKK.png|300px|MKKK and MKK]]<br />
|}<br />
{|<br />
|valign="top"|<br />
Mosとそのリン酸化体、Mek1とそのリン酸化体はいずれも相補的な挙動をみせています。二段階リン酸化を経る場合、一段階目のリン酸化体は量が大きく増えない点にも注意しましょう。<br />
|valign="top"|<br />
[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MKKKandMKKsim.png|300px|MKKK and MKK]]<br />
|}<br />
{|<br />
|valign="top"|<br />
ここまでの知見はカスケードが何段階になっても同じです。フィードバックがない状態では、それぞれのタンパク質がリン酸化されておわります。<br />
|valign="top"|<br />
[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MKKKandMKKandMAPK.png|300px|MKKK and MKK and MAPK]]<br />
|}<br />
{|<br />
|valign="top"|<br />
フィードバックがない状態で8種類のタンパク質を観測すると<br />
: Mos: 黄色と水色<br />
: Mek1: 赤とマゼンタ<br />
: Erk2: 緑と薄いグレー<br />
という3組の動きがどれも似て、いずれも相補的に動いていることがわかります。（ちょっとわかりにくいですが色を確認してください。）<br />
量が変化しはじめる時間をみると、その順序は Mos &rarr; Mek1 &rarr; Erk2 です。Mek2の薄いグレーだけは増加のスピードが速くマゼンタを追い抜いて量が増えますが、増加し始めるタイミングはマゼンタより遅いことに注目してください。<br />
|valign="top"|<br />
[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MKKKandMKKandMAPKsim.png|300px|MKKK and MKK and MAPK]]<br />
|}<br />
<br />
{|<br />
|valign="top"|<br />
ここで最初のネットワークに戻って、フィードバックを考慮した状態でシミュレーションをやってみましょう。<br />
黄色と水色、赤とマゼンタ、緑と薄いグレーが相補的な動きを見せるところは一緒です。<br />
ネットワーク図における各タンパク質をモジュールと考え、代表タンパク質 (Mos-P, Mek1-PP, Erk2-PP) だけを表示させてみます。<br />
この3者がネットワークの挙動を示す鍵となっています。<br />
薄いグレー色が上がってくるにつれて量が増えていた水色 (Mos-P) が減ってくることに注意してください。<br />
水色が減るということは、これと相補的な挙動をする黄色 (Mos) が増えるということで、シミュレーションの初期に近い状態に戻っていきます。<br />
|<br />
|valign="top"|<br />
[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MAPKsim-reduced.png|300px|MKKK-P and MKK-PP and MAPK-PP only]]<br />
|}<br />
<br />
ここまで読んできた人は、最初のシミュレーション結果を複雑で難しいとは思わなくなります。なぜなら、3つのモジュールに分けて考えればよく、水色、マゼンタ、薄いグレーの挙動だけ把握すればあとは補えることがわかったからです。<br />
下の図で左が「難しく見える」シミュレーション結果です。このうち、3モジュールに注目すると真ん中のようになります。結局、3つのタンパク質グループ（ネットワーク図における黄色、黄緑、青の３種）が順番に量を増加させ、順番に量を減少させるだけです。<br />
ですから、時間軸を長くとると右図のようになり、振動していることがわかります。<br />
<br />
{|<br />
|[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MAPKsim.png|300px|MKKK and MKK and MAPK]]<br />
|[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MAPKcycle-reduced.png|300px|MKKK and MKK and MAPK]]<br />
|[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MAPKcycle-long.png|300px|MKKK and MKK and MAPK]]<br />
|}<br />
<br />
===まとめ===<br />
;負のフィードバックは、振動現象を実現する。</div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/File:0000000010.pngFile:0000000010.png2019-06-06T18:50:03Z<p>Adm: </p>
<hr />
<div></div>Admhttp://metabolomics.jp/wiki/Aritalab:Lecture/Biochem/Modularity/NFAritalab:Lecture/Biochem/Modularity/NF2019-06-06T18:49:38Z<p>Adm: /* MAPK カスケードと負のフィードバック */</p>
<hr />
<div>__FORCETOC__<br />
<br />
==MAPK カスケードと負のフィードバック==<br />
ここでは Cell Designer ソフトウェアを用いて、MAPK カスケードのシミュレーションを実感することを目標としています。<br />
Cell Designer ソフトウェアのデータベースBioModelsから、 MAPK を検索してBIOMD0000000010を選択してください。<br />
{|<br />
|valign="top"|<br />
Mitogen-activated Protein Kinase (MAPK) は全身の細胞で発現し、細胞外のシグナルを核内に伝える代表的なシグナル伝達経路です。<br />
MAPK とは総称で、代表的なものにERK1/2があります。ここでは MAPK が MAPキナーゼキナーゼ (MAPKK) により 2 段階のリン酸化を受け、MAPKK はMAPKKキナーゼにより 2 段階のリン酸化を受けるモデルになっています。最終的にできるMAPK二リン酸は、MKKK を抑制しています。<br />
左図の右下から左上に戻ってくる経路 （抑制する反応を┴型で表現) が、抑制効果を表しています。<br />
このサイクルには、一つだけ「抑制」の効果があるので、負のフィードバックループになっています。<br />
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[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MAPK.png|400px|MAPK pathway by Cell Designer]]<br />
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BioModelsからダウンロードしたモデルが上のモデルと同じかどうかは一見わかりにくいですが、エディタでタンパク質の位置関係を整理すると、同じモデルであることがわかります。<br />
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[[File:0000000010.png|400px|MAPK pathway by Cell Designer]]<br />
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とりあえず経路全体をシミュレーションしてみます。8種のタンパク質が複雑な動きをすることがわかります。<br />
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初期値をみると MKKK, MKK, MAPK がそれぞれ 90, 280, 280 になっています。(ネットワーク図でいうと3種に色分けされた行方向のグループについて、それぞれ一番左の要素です。) シミュレーション結果のグラフでは、黄色、赤、緑色の線がそれぞれ 90, 280, 280 の値からスタートしているのがわかります。<br />
残りの初期値はすべて 10 になっていて、全てリン酸化されたタンパク質を表現しています。MKK, MAPK は2段階のリン酸化がおこなわれるので、ネットワーク図を見るとＰが記される丸印がボックスに2箇所ずつ用意されています。<br />
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[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MAPKsim.png|300px|MKKK and MKK]]<br />
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ここで一番上の行（黄色）に注目します、つまりMKKKのリン酸化だけを考えてみましょう。一番上の行（黄色）だけを残して残りを消去し、シミュレーションをおこなってみます。<br />
フィードバックループがないため、MKKKとMKKK-P（リン酸化された状態）が平衡状態、つまり量の変動がない状態に落ち着くはずです。<br />
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左図で黄色が MKKK-P, 赤色が MKKK です。全ての MKKK がリン酸化されてそのまま動かないことがわかります。<br />
MKKKとMKKK-Pはそれぞれ 90, 10 が初期値だったので合計した 100 が最終的な MKKK-P の量になっています。<br />
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[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MKKKonly.png|300px|MAPK pathway by Cell Designer]]<br />
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つぎにMKKKとMKKだけに注目したネットワークを作って動きを見てみます。ネットワーク図でいうと、黄色と緑の要素だけ残してシミュレーションをおこなうので、右図のようになります。フィードバックループがないため、やはり量の変動がない状態に落ち着くはずです。<br />
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[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MKKKandMKK.png|300px|MKKK and MKK]]<br />
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これがシミュレーション結果です。（MKKK関連の2タンパク質だけシミュレーションした場合と同じタンパクでも色が変わっています。）上の図にあった黄色と赤のライン (MKKK) はこの図において黄色と緑になっています。一つ前のシミュレーション結果とはy軸方向のスケーリングが異なることにも注意してください。MKKの三つが左から順にそれぞれ赤、水色、青です。赤と青に注目してください。MKKKの動きと同じく、相補的な挙動をみせています。MKK, MKK-P, MKK-PPの初期値はそれぞれ 280, 10, 10 だったので合計した 300 に近い値が MKK-PP （青）の最終値です。 また MKK-P （水色）は初めに量が増えるものの、最終的には小さい値で平衡を保つことになります。<br />
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[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MKKKandMKKsim.png|300px|MKKK and MKK]]<br />
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ここまでの知見はMKKK, MKK, MAPK とカスケードが3段階になっても同じ動きのはずです。（何段階になっても同じ。）フィードバックがない状態では、全くリン酸化されていないMAPK と 二回リン酸化された MAPK の関係は、初期状態から量が逆転しておわるだけと予想されます。フィードバックがないだけのネットワークをシミュレーションしてみます。<br />
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[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MKKKandMKKandMAPK.png|300px|MKKK and MKK and MAPK]]<br />
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フィードバックがない状態で8種類のタンパク質を観測すると<br />
: MKKK: 黄色と水色<br />
: MKK: 赤とマゼンタ<br />
: MAPK: 緑と薄いグレー<br />
という3組の動きがどれも似て、いずれも相補的に動いていることがわかります。（ちょっとわかりにくいですが色を確認してください。）<br />
量が変化しはじめる時間をみると、その順序は MKKK &rarr; MKK &rarr; MAPK です。MAPKの薄いグレーだけは増加のスピードが速くマゼンタを追い抜いて量が増えますが、増加し始めるタイミングはマゼンタより遅いことに注目してください。<br />
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[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MKKKandMKKandMAPKsim.png|300px|MKKK and MKK and MAPK]]<br />
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ここで最初のネットワークに戻って、フィードバックを考慮した状態でシミュレーションをやってみましょう。<br />
黄色と水色、赤とマゼンタ、緑と薄いグレーが相補的な動きを見せるところは一緒です。<br />
ネットワーク図における MKKK, MKK, MAPK の各グループをモジュールと考え、代表タンパク質 (MKKK-P, MKK-PP, MAPK-PP) だけを表示させてみます。<br />
この3者がネットワークの挙動を示す鍵となっています。<br />
薄いグレー色が上がってくるにつれて量が増えていた水色 (MKKK-P) が減ってくることに注意してください。<br />
水色が減るということは、これと相補的な挙動をする黄色 (MKKK) が増えるということで、シミュレーションの初期に近い状態に戻っていきます。<br />
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[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MAPKsim-reduced.png|300px|MKKK-P and MKK-PP and MAPK-PP only]]<br />
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ここまで読んできた人は、最初のシミュレーション結果を複雑で難しいとは思わなくなります。なぜなら、3つのモジュールに分けて考えればよく、水色、マゼンタ、薄いグレーの挙動だけ把握すればあとは補えることがわかったからです。<br />
下の図で左が「難しく見える」シミュレーション結果です。このうち、3モジュールに注目すると真ん中のようになります。結局、3つのタンパク質グループ（ネットワーク図における黄色、黄緑、青の３種）が順番に量を増加させ、順番に量を減少させるだけです。<br />
ですから、時間軸を長くとると右図のようになり、振動していることがわかります。<br />
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|[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MAPKsim.png|300px|MKKK and MKK and MAPK]]<br />
|[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MAPKcycle-reduced.png|300px|MKKK and MKK and MAPK]]<br />
|[[File:Lecture-Biochem-Modularity-MAPKcycle-long.png|300px|MKKK and MKK and MAPK]]<br />
|}<br />
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===まとめ===<br />
;負のフィードバックは、振動現象を実現する。</div>Adm